数字基因表达谱
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数字基因表达谱
数字基因表达谱（DGE） 是基于 HiSeq 平台，研究特定组织在特定状态下的基因表达情况，全面、经济、 快速地检测不同材料间的差异表达基因，挖掘调控某一性状的关键靶点基因。
技术路线
总 RNA 收样、质检 文库构建、上机测序
数据过滤、质控 参考基因组比对
技术参数
样本要求 样品类型：total RNA 样品总量：≧ 1.5 μg 样品浓度：≧ 50 ng/ul
图 1 WGCNA 展示的所有基因表达关系并以此得到共表达基因模块
图 2 基因模块间可视化网络及相关功能关系
参考文献
Xue Z, Huang K, Cai C, et al. Genetic programs in human and mouse early embryos revealed by single-cell RNA sequencing [J]. Nature, 2013, 500(7464): 593-597.
项目周期 SE50-30 天；PE125-35 天
案例解析Leabharlann Baidu
案例一 人和小鼠早期胚胎发育的关键基因筛选
哺乳动物植入前胚胎发育的程序化过程，是发育生物学的核心问题，研究这一过程对于研究哺乳动物早期发育具有重 要意义。本研究利用 RNA-seq 技术对人胚胎早期发育各阶段转录组进行了系统分析，并结合共表达网络以期发现驱动胚 胎早期发育各阶段的关键候选基因。
1
测序策略 Illumina HiSeq 测序平台；SE50/PE125
整体质量评估 基因表达水平分析
差异基因筛选 差异基因 GO 富集分析 KEGG pathway 富集分析
转录因子注释 癌症基因注释 差异基因蛋白互作网络分析
……
数据量 SE50-6 M clean reads; PE125-3 Gb clean data
数字基因表达谱（DGE） 是基于 HiSeq 平台，研究特定组织在特定状态下的基因表达情况，全面、经济、 快速地检测不同材料间的差异表达基因，挖掘调控某一性状的关键靶点基因。
技术路线
总 RNA 收样、质检 文库构建、上机测序
数据过滤、质控 参考基因组比对
技术参数
样本要求 样品类型：total RNA 样品总量：≧ 1.5 μg 样品浓度：≧ 50 ng/ul
图 1 WGCNA 展示的所有基因表达关系并以此得到共表达基因模块
图 2 基因模块间可视化网络及相关功能关系
参考文献
Xue Z, Huang K, Cai C, et al. Genetic programs in human and mouse early embryos revealed by single-cell RNA sequencing [J]. Nature, 2013, 500(7464): 593-597.
项目周期 SE50-30 天；PE125-35 天
案例解析Leabharlann Baidu
案例一 人和小鼠早期胚胎发育的关键基因筛选
哺乳动物植入前胚胎发育的程序化过程，是发育生物学的核心问题，研究这一过程对于研究哺乳动物早期发育具有重 要意义。本研究利用 RNA-seq 技术对人胚胎早期发育各阶段转录组进行了系统分析，并结合共表达网络以期发现驱动胚 胎早期发育各阶段的关键候选基因。
1
测序策略 Illumina HiSeq 测序平台；SE50/PE125
整体质量评估 基因表达水平分析
差异基因筛选 差异基因 GO 富集分析 KEGG pathway 富集分析
转录因子注释 癌症基因注释 差异基因蛋白互作网络分析
……
数据量 SE50-6 M clean reads; PE125-3 Gb clean data