MaizeGDB查看基因表达谱
全基因组表达谱检索方法的研究
全基因组表达谱检索方法的研究近年来，随着高通量测序技术的广泛运用，全基因组表达谱（Whole-Genome Expression Analysis）也逐渐得到了人们的关注。
全基因组表达谱分析是对整个基因组内所有基因在特定条件下的表达变化进行高通量测序和数据分析的方法，其重要性在于可以发现基因转录水平的变化，并深入了解细胞状态的分析。
然而，全基因组表达谱分析需要利用大量的数据进行计算和分析。
如何有效的检索、存储和分析这些大量的基因表达谱数据，是目前全基因组表达谱研究的关键问题。
在全基因组表达谱数据分析方面，最常用的方法是聚类分析和差异表达分析。
聚类分析可以将相似的基因表达模式聚为一组，帮助人们发现基因在特定条件下的共同表达模式。
而差异表达分析则可以检测出基因在不同样本之间的表达水平差异，从而发现与特定物质、环境等因素相关的基因。
当数据规模从小到中等级别时，可以采用计算机的通用工具，如Excel、R语言等，进行分析。
但是，当数据规模超过几千甚至几万个，就需要更加专业的软件和方法，以保证数据的准确性，最大限度地挖掘样本之间的差异性。
全基因组表达谱检索方法涉及到许多领域，如数据库技术、机器学习和数据挖掘。
一个有效的全基因组表达谱检索方法必须考虑到样本之间的差异性、噪声的影响、数据的可视化等多个方面。
例如，在建立基因表达谱数据库时，需要考虑样本原始数据的采集和处理质量，以及数据验证和记录过程。
同时，数据库的设计需要考虑到数据的安全性和结构化、可查询性等方面。
最新的数据库技术趋势也在逐渐向云端化、分布式和容器化方向发展，以更灵活、快速和智能的方式进行数据存储和分析。
除了数据库技术，机器学习和数据挖掘技术也被广泛应用于全基因组表达谱分析中。
通过机器学习算法，可以发现基因之间的相互作用模式，甚至预测未来基因表达状态。
而数据挖掘方法也可以挖掘出隐藏在数据中的规律，为基因功能研究提供可靠的依据。
在面对大量基因表达谱数据时，其可视化也是非常重要的。
基因表达谱数据分析方法
基因表达谱数据分析方法基因表达谱是对生物体内基因表达情况的记录，通过对基因表达谱的分析，可以了解到基因在不同条件下的表达状态，从而揭示生命现象的本质和规律。
这对于研究基本生物现象、发现新的治疗手段等具有重要的意义。
随着高通量技术的发展，获取基因表达谱数据已经成为了常规操作。
但是，如何对这些数据进行分析和处理，是一个相当复杂的问题。
本文将介绍基因表达谱数据分析的基本方法和技巧。
我们将从预处理数据、差异分析、聚类分析、通路分析和生物信息学工具等几个方面进行论述。
一、预处理数据首先，我们需要将原始数据进行预处理，去除质量较差的数据，检查样本之间的差异和异常值等。
预处理过程旨在保证数据的准确性和可靠性，为后续的分析奠定基础。
二、差异分析差异分析是对基因表达谱数据进行质量评估和过滤的关键步骤。
常用的差异分析方法包括T检验、方差分析、Wilcoxon秩和检验等。
差异分析的目标是找出在不同实验条件下，哪些基因的表达发生了变化。
这是为了找到有生物学意义的差异基因集合并进一步进行研究。
三、聚类分析聚类分析是将基因表达谱数据中的基因和样本分别分成若干类，使得同一类中的基因或样本具有相似的表达模式，不同类之间具有较大的差异。
这样的分类结果有助于我们找出基因表达谱数据中的模式。
聚类分析常用的方法包括层次聚类和k-平均聚类等。
四、通路分析通路分析是将差异基因集合与特定生物过程或通路进行关联，以揭示差异基因集合在生物学上的意义。
通常，通路分析需要利用基因注释或生物信息学数据库中的信息，将差异基因集合与通路相对应，从而找到可能受到影响的通路。
五、生物信息学工具最后，利用生物信息学工具进行综合分析和可视化。
有很多生物信息学工具可以用来对基因表达谱数据进行分析和可视化，比如R、Python、Cytoscape等。
这些工具可以帮助我们更好地理解和解释基因表达谱数据中的生物学意义。
总结：基因表达谱数据分析是序列分析的一个重要分支，广泛应用于生物信息学、系统生物学和合成生物学等领域。
基因表达谱分析的实验方法及数据解读
基因表达谱分析的实验方法及数据解读基因是生物体内最基本的生物学信息单元，它们的表达水平可以反映生物活动的差异性。
为了更好地了解基因表达的机制，越来越多的科学家开始关注基因表达谱分析。
通过基因表达谱分析，我们可以了解基因的表达情况以及基因与疾病相关的信息。
本文将从实验方法和数据解读两个方面进行介绍，帮助读者更好地了解基因表达谱分析。
一、实验方法1. 前期准备基因表达谱分析需要进行实验，而实验的准备工作非常重要。
首先，必须选择要研究的样本，如人类组织、小鼠细胞、大麦品种等。
因为样本数量和质量对结果的影响非常大，因此在选择样本时必须严谨。
其次，为了确保数据的准确性和可重复性，必须严格按照实验流程操作。
如RNA提取、RNA浓度、DNA酶处理等步骤，如果有一步出错，就会影响整个实验的结果。
最后，选择适当的实验方法也非常重要，可以根据研究的目的和研究条件选择不同的方法。
2. 基本实验方法（1）Microarray分析Microarray分析是一种快速高通量的DNA分析技术，它可以同时分析成千上万个基因在不同条件下的表达水平。
使用这种方法需要用特定的芯片进行实验，芯片的制作需要基因组数据和探针的设计。
该方法可以发现全局基因的表达差异，但是只能分析已知基因，因此对于基因组结构不完整的生物来说不是很适用。
（2）RNA-seq分析RNA-seq分析是一种利用高通量测序技术的快速分析RNA的方法。
使用这种方法需要进行RNA的提取、建库、测序，然后通过数据分析得到基因表达谱。
与Microarray相比，这种方法可以分析未知基因和表达水平较低的基因，因此适用于各种不同生物的表达分析。
二、数据解读1. 数据聚类和热图分析一般来说，在基因表达数据处理中，处理出来的基因表达数据大小可能会很大，观察起来非常困难，不方便数据分析和判断。
因此，聚类分析和热图是可视化数据的常用方式。
聚类可以将基因根据其表达水平分为不同的类别，所以可以更好地理解垂直方向上类别的信息。
基因表达谱的分析和解读
基因表达谱的分析和解读基因表达谱是指生物体内基因在特定环境或状态下的表达情况的记录，是基因组学、分子生物学和计算生物学的交叉学科。
目前，随着高通量测序技术和计算能力的迅猛发展，基因表达谱分析逐渐成为生命科学研究的重要领域。
一、基因表达谱的分析1、测定基因表达谱基因表达谱的测定主要有两种方法：芯片技术和转录组测序。
芯片技术是通过制备特定的DNA探针，然后将其固定到芯片表面，用于检测样品中的RNA，可以同时检测几百万个基因。
转录组测序则是通过高通量测序技术，对RNA进行测序，可以获取到全基因组的表达信息。
两种方法具有互补性，可以提供更为全面的基因表达谱信息。
2、处理基因表达谱数据分析基因表达谱数据的主要任务是将大量的原始数据转化为可解释和可视化的结果。
常用的数据处理方法包括以下几个步骤：（1）数据归一化：由于样品之间的RNA浓度和RNA种类的差异，需要进行数据归一化，以消除这些技术差异。
（2）差异分析：根据生物实验的目的，选择适宜的分析方法，比较不同样品在基因表达水平上的差异。
（3）聚类分析：聚类分析可以将相似的基因表达谱分为一组，便于发掘潜在的基因功能和作用途径。
二、基因表达谱的解读1、生物信息学分析基因表达谱数据的解析和生物信息学密切相关。
常见的生物信息学分析包括基因富集分析、通路富集分析和功能注释分析。
基因富集分析是通过将基因表达谱中显著性差异的基因与特定的基因功能数据库相比较，来鉴定具有显著富集的通路和生物过程。
通路富集分析则是将差异基因与已知通路或生物过程相匹配，以确定哪些通路或过程与表型变化相关。
2、机器学习方法机器学习是一种人工智能的分析方法，目的是从数据中挖掘模式和规律。
基于机器学习的基因表达谱分类方法可以将样本分为不同的亚型或状态，以进一步理解基因表达谱的生物学意义。
常见的机器学习方法包括支持向量机、随机森林和人工神经网络等。
机器学习方法通常需要多个数据集的共同验证，以确保分析的稳健性和可靠性。
如何查找基因的基本信息
如何查找基因的基本信息查找基因的基本信息，涉及到基因的编码区和引物设计等几个主要方面。
下面将详细介绍如何进行基因信息的查找。
第一步是确定所要查找的基因名称或基因序列。
基因名称通常使用基因符号或别名表示，例如TP53是TP53基因的基因符号，也可以通过其他名称如p53来。
如果已经有基因序列，可以直接在数据库中进行。
第二步是选择适当的数据库进行基因信息的。
常用的基因数据库包括：GenBank、EMBL、DDBJ、NCBI Gene、Ensembl等。
这些数据库都提供了基因的编码区和引物设计等基本信息。
第三步是进行基因信息的。
在选择数据库后，可以通过以下几种方式进行：1.基因名称：在数据库的栏中输入基因名称或基因符号，例如输入TP53或p53，以查找该基因的基本信息。
2.基因序列：如果已经有基因序列，可以将其复制粘贴到数据库的栏中进行。
数据库会自动匹配相似的序列并返回相应的基因信息。
3. Blast：如果只有部分基因序列或希望查找与已知序列相似的基因，可以使用基因比对工具如BLAST进行。
将序列输入到BLAST程序中，它会比对数据库中的序列并给出相似度高的匹配结果。
第四步是查找编码区信息。
在数据库中，可以找到基因的编码区序列、外显子和内含子的信息。
可以利用这些信息来了解基因的结构、序列特征和位置等。
第五步是引物设计。
根据所需引物的要求（如位点数量、长度、引物间的距离等），可以使用基因数据库提供的引物设计工具进行引物的设计。
常见的引物设计工具有Primer3、IDT PrimerQuest等。
这些工具可以根据基因序列自动设计合适的引物序列，并给出引物的物理化学参数和引物间的配对情况等信息。
第六步是验证基因信息。
在获得基因的基本信息、编码区和引物设计后，需要进行验证。
可以利用实验室技术如PCR、测序等对基因进行验证。
总结起来，查找基因的基本信息涉及到确定基因名称或序列、选择适当的数据库、进行基因信息的、查找编码区信息和引物设计等几个主要步骤。
如何查找基因的序列(带图表)
gi|125806|sp|P01658|KV3F_MOUSE IG KAPPA CHAIN V-III REGION ... 33
0.30
gi|125808|sp|P01659|KV3G_MOUSE IG KAPPA CHAIN V-III REGION ... 33
0.30
gi|1172451|sp|Q05793|PGBM_MOUSE Basement membrane-specific ... 33
Query: 181 Sbjct: 175
EYEDENLYEGLNLDDCSMYEDISRGLQGTYQDVGSLNIGDVQLEKP 226 +YEDENLYEGLNLDDCSMYEDISRGLQGTYQDVG+L+IGD QLEKP DYEDENLYEGLNLDDCSMYEDISRGLQGTYQDVGNLHIGDAQLEKP 220
如果想找的基因是第一个序列即isoform a, 就可以点击NM_001025366.1， 得到如下界面：
If the gene sequence is known, and you want to find the corresponding GenBank ID, use /BLAST/ Click on the type of nucleotide search you want and enter the sequence. Results will be displayed with the GenBank ID included. To view information about a gene sequence with a given GenBank ID, go to /entrez/query.fcgi? db=Nucleotide
基因表达谱数据分析方法综述
基因表达谱数据分析方法综述随着生物学研究的深入发展，基因表达谱数据分析成为了解生物体内基因表达的关键工具。
基因表达谱数据分析方法的选择和应用对于研究人员来说至关重要，它们能够揭示基因在不同生物过程和疾病中的功能和调控机制。
本文将对常用的基因表达谱数据分析方法进行综述。
一、预处理基因表达谱数据的预处理是整个分析流程中的第一步。
预处理包括数据清洗、异常值处理和标准化等。
首先，数据清洗旨在去除无效或错误的测量结果，比如删除纯噪声数据、对缺失值进行填充等。
其次，异常值处理能够排除实验误差和技术噪声对结果的影响，例如使用离群值检测方法剔除异常值。
最后，标准化使得不同样本之间的差异可比较，常用方法包括Z得分标准化、基线转换等。
二、差异分析差异分析是基因表达谱数据分析的关键步骤，用于检测不同样本之间的差异表达基因。
常用的差异分析方法包括t检验、方差分析和正态分布检验等。
在差异分析中，需要设定阈值以确定显著差异基因，一般会引入多重比较校正方法，如Bonferroni校正和FDR校正等，以控制误差率。
三、聚类分析聚类分析是一种将样本或基因分类的方法，它能够在没有先验知识的情况下探索样本之间的内在结构。
常用的聚类方法有层次聚类和K均值聚类。
层次聚类通过计算样本或基因间的距离，将相似的样本或基因分组在一起。
而K均值聚类则是将样本或基因划分为K个不同的簇，使得簇内的样本或基因间的距离最小化。
四、功能富集分析功能富集分析能够将差异表达基因与生物学功能和通路联系起来，揭示其在细胞过程和疾病中的作用。
常用的功能富集分析方法包括基于基因本体论的富集分析和基于数据库的富集分析。
基因本体富集分析将差异表达基因映射到基因本体，通过比较差异表达基因与所有基因的分布，发现富集在特定基因本体条目下的功能。
数据库富集分析则是将差异表达基因与特定数据库中的功能和通路进行比较，找出富集在特定功能和通路中的基因。
五、生存分析生存分析能够评估差异表达基因与疾病进程或预后的关联性，对于临床研究具有重要意义。
基因表达谱的分析与功能注释
基因表达谱的分析与功能注释基因表达谱是指特定时期或组织中基因的转录水平。
新一代高通量测序技术的发展，已经让很多实验室都能够利用RNA-seq技术获取准确和可靠的基因表达数据，从而对基因功能进行深入的理解和研究。
本文将简要介绍如何分析基因表达谱和进行功能注释。
1. 基因表达谱的处理与分析在RNA-seq实验中，RNA被提取，转录本被建库，建库后的测序产生了巨量的短读序列。
在确定了这些短序列与参考基因组的匹配后，就可以得到每个基因的表达水平。
这些表达谱数据可以被进一步用于聚类分析、差异表达分析和富集分析等操作。
1.1 聚类分析聚类分析（Cluster Analysis）是将一组数据分成若干个类别的过程。
聚类分析可以用于基因表达谱数据的分析，目的是寻找在特定条件下调节一起的基因。
聚类算法通常可以分为两大类：层次聚类法和K-means聚类法。
层次聚类法是一种自下而上的层次聚类法。
它最常见的方法是采用离差平方和或相关系数来计算组内差异，以此来评估每个类之间的距离或相似度。
由于聚类算法的不同，层次聚类法还可以分为分枝聚类（Dendrogram Clustering）和BIRCH与其派生算法。
而K-means聚类法是将数据点分成K个簇的聚类方法。
其过程主要是将空间上离得近的点放在同一个簇中，将最靠近的k个点聚在一个点周围形成一个簇。
1.2 差异表达分析差异表达分析（Differential Expression Analysis）是指通过比较不同条件下的基因表达水平，找出那些显著的差异基因。
在RNA-seq中，由于基因表达水平的差异很大，因此采用了EdgeR、DESeq和limma等差异分析算法。
其中，edgeR采用定量的基因表达和小样本推断，可以为核心数据提供最强的统计方法。
而DESeq 则更适用于中等规模数据的分析。
limma可以应用于大量的基因表达数据分析，包括微阵列和RNA-seq。
1.3 富集分析富集分析（Enrichment Analysis）是针对基因表达谱数据分析中的一种常用方法，旨在确定在差异表达基因与全基因组之间是否有显着的聚集。
基因组织表达谱
基因组织表达谱
基因组织表达谱（Gene Tissue Expression Profile）是指在不同组织或细胞类型中，基因的表达水平及其变化情况的系统性记录。
这种表达谱可以通过高通量测序技术（如RNA-Seq）获得，也可以通过其他分子生物学技术（如定量PCR、微阵列分析等）来构建。
基因组织表达谱是了解基因在生物体中功能的重要工具，它可以帮助科学家们研究基因表达的特异性、组织发育、疾病发生机制以及基因调控网络。
一、基因组织表达谱的数据分析通常包括以下几个步骤：
1. 数据预处理：包括质量控制、归一化、标准化和去除噪音等，以确保数据的准确性和可比性。
2. 差异表达分析：比较不同组织或细胞类型中基因表达水平的差异，识别显著差异表达的基因。
3. 聚类分析：根据基因表达谱的相似性，将基因或样本分为不同的类别，以揭示潜在的生物学功能或状态。
4. 功能富集分析：将差异表达基因与已知的生物学过程、通路或分子功能进行关联，以发现这些基因的潜在功能。
5. 遗传调控网络分析：构建基因调控网络，分析基因之间的相互作用和调控关系。
二、基因组织表达谱的研究对于多个领域都具有重要意义，例如：
基础生物学研究：了解基因在不同组织和发育阶段的表达模式，揭示基因的生物学功能。
遗传育种：通过分析作物在不同环境条件下的基因表达谱，筛选出耐逆性强的品种，提高作物产量。
医学研究：研究疾病状态下基因表达的变化，发现新的治疗靶点，为疾病的诊断和治疗提供依据。
生物信息学：开发新的数据分析方法和工具，提高基因表达谱分析的准确性和效率。
随着测序技术的发展和生物信息学工具的不断完善，基因组织表达谱的研究将在生物医学研究中发挥越来越重要的作用。
基因表达谱
基因表达谱基因表达谱是一种系统性研究，利用分子生物学技术，研究不同基因是如何表达的，从而探索基因表达规律及其对生物存在的重要影响。
它是现代生物学的基础，为解释生命现象提供了重要参考。
基因表达谱的建立是分子生物学的重要任务之一，在过去的几十年中得到了很大的突破。
基因表达谱的研究不仅揭示了基因如何调控彼此之间的表达量以及如何响应外界刺激，而且给出了每个基因表达量的精确数据，为我们理解基因表达调控过程提供了重要的研究信息。
研究基因表达谱的方法有许多，其中最常用的方法是定量PCR （qPCR）和DNA微阵列技术（简称DNA阵列技术）。
定量PCR是一种可以定量检测特定基因表达量的实验方法，它可以检测出微量的物质，并可以进行定量比较。
DNA阵列技术是一种把多个基因同时检测的技术，能够同时检测数千个基因的表达量，这种技术可以检测出多个基因表达量的变化，可以给出完整的基因表达谱。
基因表达谱的研究为生物学的发展提供了重要的支持。
它不仅给生物学的研究提供了一个重要研究视角，也为我们了解基因在生物体内的表达谱提供了有价值的定量数据。
例如，基因表达谱研究可以帮助我们了解基因及其调控机制，从而为病理生理研究以及药物筛选提供重要的信息，如抗病毒药物的研发、癌症治疗的设计等。
同时，基因表达谱的研究也极大地促进了生物计算和数据分析领域的发展。
由于基因表达谱研究得到了大量高质量的基因数据，生物信息学家可以使用这些数据进行模式建构和数据挖掘，从而帮助我们更深入地了解基因表达调控机制，以及基因如何影响细胞及机体间的各个层次。
总之，基因表达谱研究是现代生物学的一个重要组成部分，其研究成果在细胞、分子及系统生物学研究中都起着重要的作用。
未来，基因表达谱的研究仍将继续发展，并在多种领域发挥越来越重要的作用，为更好的了解生命的规律，营造人类健康的环境提供重要的支持。
(精编资料推荐)一步一步教你使用 NCBI 查找DNA、mRNA、cDNA、Protein、promoter、引物设计、BLAST 序列比
一步一步教你使用NCBI 查找DNA、mRNA、cDNA、Protein、promoter、引物设计、BLAST 序列比对等最近看到很多战友在论坛上询问如何查询基因序列、如何进行引物设计、如何使用BLAST 进行序列比对……，这些问题在NCBI 上都可以方便的找到答案。
现在我就结合我自己使用NCBI的一些经历（经验）跟大家交流一下BCBI 的使用。
希望大家都能发表自己的使用心得，让我们共同进步！我分以下几个部分说一下NCBI 的使用：Part one 如何查找基因序列、mRNA、PromoterPart two 如何查找连续的mRNA、cDNA、蛋白序列Part three 运用STS 查找已经公布的引物序列Part four 如何运用BLAST 进行序列比对、检验引物特异性特别感谢本版版主，将这个帖子置顶！从发帖到现在，很多战友对该帖给与了积极的关注，在此向给我投票的（以及想给我投票却暂时不能投票的）各位战友表示真诚的感谢，谢谢各位战友！请大家对以下我发表的内容提出自己的意见。
关于NCBI 其他方面的使用也请水平较高的战友给予补充First of all，还是让我们从查找基因序列开始。
第一部分利用Map viewer 查找基因序列、mRNA 序列、启动子（Promoter）下面以人的IL6（白细胞介素6）为例讲述一下具体的操作步骤1．打开Map viewer 页面，网址为：/mapview/index.html 在search 的下拉菜单里选择物种，for 后面填写你的目的基因。
操作完毕如图所示：2．点击“GO”出现如下页面：3．在步骤二图示的右下角有一个Quick Filter,下面是让你选择的几个复选框，在Gene 前面的小方框里打勾，然后点击Filter. 出现下图：说明一下：1、染色体的红色区域即为你的目的基因所处位置。
2、下面参考序列给出了三个，是不同的部门做出来的，经我验证，序列有微小的差异，但总体来说基本相同。
如何快速查看一个基因在各个肿瘤中的表达情况
如何快速查看⼀个基因在各个肿瘤中的表达情况GCBI，是⼀个发现和创造基因知识的地⽅。
GCBI注重知识的科学性、权威性、丰富性和创新性，为科研⼯作者提供更为优质便捷的资源，包括⽂献分享、经验技术和最新资讯等。
GCBI吸收了⼤数据、新知识和新技术，输出的是医学创新的动⼒引擎。
数据挖掘除了基因之间的定性关系，若想进⾏更深层⾯的研究，还是得落到原始数据上去。
但找原始数据，还要整理，简直让⼈⽣⽆可恋。
表达雷达今天给⼤家介绍⼀个⼩⼯具-表达雷达，通过它可查看基因在33种肿瘤中的表达概况。
这么多的信息，感觉想咋⽤咋⽤。
看⽂献找到⼀个感兴趣的基因，可以⽤它看看在某些肿瘤中是否差异表达；⾃⼰有数据，可以⽤它做参考来筛差异基因；若是做肿瘤间差异的，表达雷达就是素材。
还有⼀个万能的地⽅⾮常之合适，那就是⽂章中的讨论部分，讨论⼀下××基因在不同肿瘤间的⼀个表达概况，由此得出……表达雷达在线⽹址:(https:///gcanalyze/html/generadar/index)表达雷达怎么⽤说了那么多，怎么⽤表达雷达呢？五个字，⾮常之简单。
举个⼩例⼦，还是上次看⽂献看到的CCL5，其被证实和乳腺癌的转移有关（PMID:17914389）。
那它在其他肿瘤中的表达情况如何？是否和其他癌症的转移也有关系？在基因雷达中输⼊CCL5，查看表达概况，可看到CCL5在各个癌症中的表达值，红⾊为癌组织，蓝⾊为正常组织，左右两边为癌症缩写。
点其中某个，下⽅会有详细的列表说明，如样本表达的平均值，最⼤值，最⼩值，样本数，标准差等。
可以看到CCL5在⼀些癌症中都⾼表达，如SARC⾁瘤，KIRC肾癌，HNSC头颈鳞状细胞癌，并在淋巴样肿瘤弥漫性⼤B细胞淋巴瘤表达值最⾼。
CCL5在乳腺癌中⾼表达，并且其和乳腺癌转移有关，那CCL5在SARC⾁瘤，KIRC肾癌中表达差异倍数都⽐乳腺癌⾼，那是否也会和癌症转移相关呢？接下来就可以看看⽂献，CCL5在这些癌症转移中是否被研究过，没有的话恭喜你。
如何用PubMed搜索基因信息？
如何用PubMed搜索基因信息？在我们编标书写基因综述的时候，总会觉得找的文献还不够，不知道要怎么去抄。
其实直接在PubMed上就能搜到了。
PubMed还能搜索基因信息么，当然是可以的了。
只是你平时可能都没有用而已，首先在PubMed中搜一个基因比如“P53”：然后你会发现下面出现了一个基因的信息框，其中会显示出这些信息：1）P53基因和功能相关的8770篇文献2）NCBI的Gene数据库中的数据3）不同物种的P53基因点击到Gene的数据库的话，然后点击人类的P53，就进入了这样熟悉的Gene的界面。
当然，在这样的Gene的界面中，我们仍然可以找到PubMed。
就在右侧的Related Information这一栏下面：你会发现有这样的几个超链接：PubMed、PubMed（GeneRIF）、PubMed（OMIM）和PubMed（nucleotide/PMC），这几个是你平时都不一定会关注到的。
首先PubMed，就是关于这个基因在PubMed中的所有文献。
其他几个链接点进去后，出现的文献数量是不同的：这是因为其他三个链接，转到的是PubMed中经过筛选的文献。
首先，PubMed（GeneRIF）是指在GeneRIF中所涉及到的PubMed文献，GeneRIF中主要涉及到了基因的功能以及表型相关的内容，所以里面的文献也是与之相关的。
PubMed（OMIM）是网上人类孟德尔遗传学的数据库，主要是对于基因的发现起源以及简介，当然，这个超链里所涉及到的文献，就是与之相关的。
最后PubMed（nucleotide/PMC），这个代表了涉及到基因序列，以及PMC的文章。
涉及到序列大家都应该能明白，那PMC是什么呢？其实PMC就是PubMed Central®，它和PubMed的主要区别就是PMC中可以看得到全文（当然PMC中还包括一些书评）。
华丽丽的分割线李莫愁博士：其实PubMed在NCBI中几乎无处不在，大家如果留意的话，就能发现更多七七八八的技巧。
MaizeGDB网站功能-详细介绍
Mary (Polacco) Schaeffer, curator
USDA ARS and University of Missouri, Columbia, MO
Outline of Talk
1. Brief Introduction 2. General Features from the MaizeGDB homepage 3. Usage example: Finding more mutants like yours 4. Usage example: Finding QTLs 5. Usage example: Walking to genes 6. Usage example: Cytological to Genetic Distance 7. Open Discussion
•Community curation is uneven and requires professional closure of gaps
•Plant Ontology or PO annotation is limited to genes in MaizeGDB that have mutant phenotypes
d. Compile and make accessible at MaizeGDB the
annual Maize Newsletter.
•Objective 2: Provide community support services (e.g., coordinating Maize Meeting, MGEC Elections, Polls, etc.).
B73
MaizeGDB查看基因表达谱
MaizeGDB查看基因表达谱（以tb1为例）
1、打开MaizeGDB首页，在右上角选择数据库（B73 RefGen_V2）并输入要查找的基因；
2、在打开页面中勾选如下红色框中按钮，然后点击“更新图像”；
3、如下图红框，更新图像之后出现表达谱，此时有两种方式观察表达谱；
4、第一种方法：鼠标停靠在上图的表达谱中几秒，会出现下图中的红色框中表达谱图形，单击此图形，会弹出另一个窗口（见5）；
5、表达谱结果（MaizeGDB中）；
6、另一种显示方式是在PLEdb Expreriment Browser中显示结果，同时可以下载表达谱数据（表达谱数据我以前全部下载了，但是系统重装之后找不到了，等找到了再发，不过很有可能找不到）；
方法如下：在3中红色小框出现之后直接单击这个小的表达谱图形，网页会自动跳转到PLEdb Expreriment
Browser，结果如下图所示：。
如何找基因全序列
利用Pubmed Map viewer查找基因序列、mRNA 序列、启动子（Promoter）遗传分子统计2010-03-24 16:11:24 阅读759 评论0字号：大中小下面以大鼠（rattus norvegicus）的结缔组织生长因子（C T G F）为例讲述一下具体的操作步骤1．打开Map viewer 页面，网址/mapview/index.html在search 的下拉菜单里选择物种，for 后面填写你的目的基因。
操作完毕如图所示：2．点击“GO”出现如下页面：3．在步骤二图示的右下角有一个Quick Filter,下面是让你选择的几个复选框，在Gene 前面的小方框里打勾，然后点击Filter. 出现下图：说明一下：1、染色体的红色区域即为你的目的基因所处位置。
2、下面参考序列给出了三个，是不同的部门做出来的，经我验证，序列有微小的差异，但总体来说基本相同。
尽管你分别点击后，序列代码等有所差异，但碱基基本一致，不影响大家研究分析序列。
现在普遍采用的是最上面的那个序列，这一条是世界范围的生物科学家用计算机合成的一个序列。
我也推荐大家使用这个序列。
4．点击上述三条序列第一条序列（即reference）对应的"Genes seq"，出现新的页面，页面下方为：5．点击上图出现的“Download/View Sequence/Evidence ”，即下载查看序列等功能，结果如图所示：先对上面这张图做点简要的说明，在Sequence Format（序列输出格式）后面是一个下拉式选择菜单，默认的为FASTA 格式，还有一个是GenBank 格式。
我推荐大家选择GenBnak格式，因为这个格式提供了很多该基因的信息，而FASTA 格式只有基因序列。
6．在Sequence Format 后选择GenBank，然后点击下面的Display，目的基因的相关信息和序列就出现在眼前了。
如何查找基因在发表研究中的表达
如何查找基因在发表研究中的表达还在为不会分析大数据发愁吗？还在为无法查询和比较发表文章中感兴趣基因表达值抱怨吗？使用genevestigator，高效利用已经有研究结果，轻松与同行研究结果比较！！！GENEVESTIGATOR“基因研究员”，帮助研究者对已经发表的公共数据进行查询、比较和可视化呈现。
先在线注册一个帐号，注册时会选择Data Preference: 分 biomedical 生物医学偏动物和医学或plant biology植物，我主做植物选择了plant biology，一定要使用学校和科研单位学术邮箱可以免费使用基础版，每次查询4个基因；否则需要付费才可以使用。
注册完成需要进邮箱点激活链接才能使用。
先下载软件，安装，运行，需要使用刚才申请的帐号和密码才能进入软件主界面。
使用实例最简单的例子-查找拟南芥基因At3g29430在发表研究中的表达在左侧上部Quick Search栏输入’At3g29430’，点击Search按扭，瞬间返回了10615个查询结果，单击可散点图呈现。
软件界面、操作顺序和结果展示如下图：从选择的实验或样品中查看指定基因表达本示例以查询拟南芥中At3g29430 At3g32040基因是否在低氮、低磷胁迫条件下上调表达，来提高设计表型筛选条件的成功可能性。
点击左上 “Get start” 使用向导按扭，弹出窗口左侧单击 “View expression across samples from a choose study”出发点：对某一研究感觉兴趣；目标：查看样品中的基因表达；操作方法：选择1个或多个感兴趣的实验:点击右侧 “Experiments”蓝色链接，新窗口中有所有收集实验的列表，可在上方Filter后面文本框查找关键字过滤，如搜索”nitrogen”,会自动过滤相关研究；此时我们再单击下方的“Filter by platform”可以按物种和测序平台两次筛选，这里我们选择Arabidopsis(可以进一步展开拟南芥来选择其中不同的数据类型，如affymetrix, mRNA-seq)，结果只有5个实验符合条件，点击样品上方的复选框全选所有实验，或单独选择感觉兴趣的实验，点击下方”OK”即开始向服务器查询相关84个样品的表达数据；点Close关闭之前的使用向导窗口；输入基因ID查询：在左下方 “Gene Selection” 区域选择”new”，添加需要查询的基因，每个ID一行，本示例以查询拟南芥中At3g29430 换行 At3g3204，点OK，弹出查找基因列表再点OK，即返回查询结果；查看表达值：主界面右侧上部”Samples”工具，我们看到了两个目标基因在84个样品中的表达值。
如何在PubMed中查询基因信息转录本以及CDS查询
如何在PubMed中查询基因信息转录本以及CDS查询首先打开PubMed：/pubmed/在搜索栏的选项卡中选择Gene：我们以p53基因为例，在搜索栏输入p53，如果你要搜索人的也可以直接输入“p53 human”，这样可能更便于你查询基因的信息。
或者利用PubMed右侧的T op Organisms选项筛选物种。
点开第二项TP53，可以看到该基因的信息页。
首先是该基因的缩写『TP53』、全称『tumor protein p53』和物种信息『Homo sapiens (human)』。
再下面就是该基因的ID和信息的更新日期。
在Summary一栏则是该基因的官方名、官方全称、别名和功能的概述等信息。
这些对于我们快速了解一个基因有很大的帮助。
再往下走我们就可以看到下图信息。
这个图片我们可以看到p53有15个不同的转录本。
很多基因都是有着多个转录本。
我们都知道，基因转录之后，首先是形成前体mRNA，通过剪切内含子连接外显子，5’端加帽及3’端加尾之后形成成熟的mRNA。
但是在剪切的过程中可能会剪切掉外显子，也有可能保留部分内含子，这样就形成了多种mRNA即多个转录本。
我们从上图可以看到每个转录本都有对应着一个NM号，那么NM、NP，甚至如果你做大鼠相关的基因你会遇到XM、XP，那这些缩写到底是什么鬼呢？好吧，如果你有此疑惑，那么下图应该可以回答你。
当你把鼠标放到绿色线上时会弹出一个窗口，该页面有该转录本的详细信息，当然也可以看到该转录本对应的CCDS，即该转录本的CDS序列。
当然，你继续往下拉就会看到下图，这里直接呈现了各个转录本的详细信息。
点击Consensus CDS后面的CCDS11118.1，即可查看该转录本对应的CDS区的序列了，而我们构建质粒、设计引物啥的就是用这个序列了。
有些基因没有Consensus CDS信息，那么你就只能点击NM号，按照『质粒构建：从入门到精通之初窥门径』讲的方法找到该基因的CDS区序列了。
如何查找基因的序列(带图表)
e-133
gi|728993|sp|P40293|C79A_BOVIN B-cell antigen receptor comp...
312
3e-85
gi|126779|sp|P11911|C79A_MOUSE B-cell antigen receptor comp... 278
5e-75
gi|728994|sp|P40259|C79B_HUMAN B-cell antigen receptor comp... 55
1
2 3
比对结果会在10秒左右后出现， 注意结果很多，一直下拉右侧工具条，会看到很多不同意义的比对结果。
• Search BLAST (/BLAST/) for P11912
Database: All non-redundant（非冗余） sequences 6,507,231 sequences; 2，219，987，828 total letters
如果想找的基因是第一个序列即isoform a, 就可以点击NM_001025366.1， 得到如下界面：
If the gene sequence is known, and you want to find the corresponding GenBank ID, use /BLAST/ Click on the type of nucleotide search you want and enter the sequence. Results will be displayed with the GenBank ID included. To view information about a gene sequence with a given GenBank ID, go to /entrez/query.fcgi? db=Nucleotide
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MaizeGDB查看基因表达谱（以tb1为例）
1、打开MaizeGDB首页，在右上角选择数据库（B73 RefGen_V2）并输入要查找的基因；
2、在打开页面中勾选如下红色框中按钮，然后点击“更新图像”；
3、如下图红框，更新图像之后出现表达谱，此时有两种方式观察表达谱；
4、第一种方法：鼠标停靠在上图的表达谱中几秒，会出现下图中的红色框中表达谱图形，单击此图形，会弹出另一个窗口（见5）；
5、表达谱结果（MaizeGDB中）；
6、另一种显示方式是在PLEdb Expreriment Browser中显示结果，同时可以下载表达谱数据（表达谱数据我以前全部下载了，但是系统重装之后找不到了，等找到了再发，不过很有可能找不到）；
方法如下：在3中红色小框出现之后直接单击这个小的表达谱图形，网页会自动跳转到PLEdb Expreriment
Browser，结果如下图所示：。