常用生物数据分析软件

生物信息学实用技术系列丛书--常用生物数据分析软件V2.0

北京华大基因研究中心

目录

第1章Unix/Linux操作系统介绍 (1)

1.1 远程登陆 (1)

1.2 文件的复制、删除和移动命令 (7)

1.3 目录的创建、删除及更改目录命令 (9)

1.4 文本查看命令 (11)

1.5 文本处理命令 (13)

1.6 改变文件或目录的权限命令 (16)

1.7 备份与压缩命令 (18)

1.8 磁盘及系统管理 (20)

1.9 软件安装简介 (22)

1.10 其他 (23)

第2章数据的基本处理 (25)

2.1 测序原理介绍 (25)

2.2 峰图转化 Phred (27)

2.3 Phd2Fasta (32)

2.4 载体屏蔽 cross_match (36)

2.5 序列聚类拼接 (43)

2.5.1 Phrap (43)

2.5.2 Cap3 (50)

2.6 Consed (54)

2.7 Primer3 (68)

第3章序列的比对 (73)

3.1 全局比对 (76)

3.1.1 Clustalw (76)

3.1.2 MUSCLE (93)

3.1.3 HMMER (99)

3.2 局部比对 (103)

3.2.1 Blast (103)

3.2.2 blat (117)

3.2.3 blastz (123)

3.2.4 GeneWise (130)

3.2.5 Fasta (138)

3.2.6 Exonerate (147)

3.2.7 Sim4 (152)

第4章基因组/基因的注释 (160)

4.1 重复序列分析 (160)

4.1.1 RepeatMasker (161)

4.1.2 Trf (172)

4.1.3 LTR_STRUC (177)

4.2 RNA分析 (179)

4.2.1 tRNAScan (180)

4.2.2 MicroRNA (185)

4.2.3 snoRNA (193)

4.2.4 rRNA（rfam） (198)

4.3 基因预测 (202)

4.3.1 Glimmer (205)

4.3.2 GlimmerM (210)

4.3.3 Genscan (215)

4.3.4 TwinScan (218)

4.3.5 BGF (221)

4.3.6 Fgenesh (223)

4.4 基因功能注释 (225)

4.4.1 InterproScan (225)

4.4.2 WEGO (231)

第5章SNP分析 (236)

5.1 Polyphred (237)

5.2 SNPdetector (243)

5.3 cross_match (250)

第6章进化分析专题 (253)

6.1 Phylip (255)

6.2 Paml (261)

6.3 KaKs_Calculator (267)

6.4 FGF (275)

6.5 mega (289)

第7章基因表达分析专题 (293)

7.1 EST(Expressed Sequence Tag)表达序列标签分析 (293)

7.1.1 EST基本介绍 (293)

7.1.2 EST分析流程介绍296

7.1.3 BGI EST Pipeline(BEP)介绍309

7.1.4 EST的应用 (316)

7.2 生物芯片(Microarray)分析 (318)

7.2.1 背景介绍 (318)

7.2.2 芯片的数据分析320

7.2.3 芯片Oligo设计333

7.3 Motif预测 (335)

7.3.1 MEME/MAST系统335

7.3.2 MDScan (351)

Motif预测小结 (353)

第8章蛋白质结构预测 (355)

8.1 蛋白质结构知识介绍 (355)

8.2 蛋白质结构预测方法 (362)

8.3 蛋白质结构预测的Threading方法 (363)

8.4 蛋白质三维结构预测流程介绍 (363)

第1章Unix/Linux操作系统介绍1第1章Unix/Linux操作系统介绍

1.1 远程登陆

进入Linux/Unix系统，必须要输入用户的账号和密码，普通用户的帐号由系统管理员创建，供普通用户使用，可以进行有限的操作。登陆大型机常用的有以下三种方式：

Telnet 登陆：

此方式登陆大型机，不需要特殊软件。

第一步：打开命令对话框（windows系统开始->开始->运行->cmd），输入远程主机IP，命令为telnet 192.168.1.120

图1-1 telnet登陆大型机，命令行

第二步：连接成功，系统会提示输入用户名：

图1-2 telnet登陆大型机，输入用户名

第三步，如果用户名存在，则提示输入密码：

图1-3 telnet登陆大型机，输入密码

第四步，密码输入正确，成功登陆：

图1-4 telnet登陆大型机，登陆成功

完成任务执行需要退出系统时，只需在shell提示符下，键入exit命令即可。

SSH 登陆：

需要软件辅助，常用的软件有SecureCRT，putty等，下面以putty为例讲解SSH登陆大型机：

图1-5 SSH登陆大型机，配置主机IP及登陆方式