Pipeline Pilot 在化学信息学中的运用

Pipeline Pilot（PP）是美国Accelrys公司旗下用于信息整合和流程定制的软件，是一款功能强大的信息整合和流程定制的科学平台，其在优化研究创新周期、提高工作效率与减少研究和IT经费方面能发挥巨大作用。通过Pipeline Pilot，用户不仅能够整合和挖掘杂乱无章的海量研究数据，自动化数据的分析流程，而且还可以实现企业级的研究成果快速分析、可视化与共享，提升大范围的协作能力。

Pipeline Pilot Chemistry 模块提供了多种对化合物的筛选和学习方法，实现化合物的性质计算、分析和处理等功能，并能将您的化合物与其他数据库中的化合物进行对比，发现其中性质独特、结构新颖的分子。另外还能快速枚举和分析组合化学的反应产物，识别一系列化合物中的公共子结构，实现第三方处理程序与Pipeline Pilot 的无缝连接，自动执行对化合物的全部分析过程。

授课对象：

药物设计者，化学信息学者，药物化学家。

课程安排：

本课程教学的主要内容包括两个部分：

一、Pipeline Pilot基础内容培训

? Pipeline Pilot基础架构简介

? Pipeline Pilot操作界面介绍

? 构建第一个protocol

? 熟悉Pipeline Pilot的Components

? 基本的数据操作和筛选

? PilotScript介绍

? 数据的合并

? Subprotocol的创建和处理

? 将构建好的Protocols发布到Web Services

? 课程讨论及答疑

二、Pipeline Pilot 在化学信息学中的运用

? Pipeline Pilot Chemistry模块概述

? 计算化合物的理化性质

? 标准化和处理分子结构

? 分子指纹的介绍和使用

? 化合物的相似性搜索

? 化合物的聚类分析

? 分子筛选：子结构、类药性、HTS筛选

? 组合化学库的设计：通过化学反应和R基团方法

? 生成SAR（构效关系）Table

? 识别化合物的MCSS（最大公共子结构）

? 利用生物等电子体进行先导化合物优化

? 枚举化合物的互变异构体和立体化合物结构

? 课程讨论及答疑

1、根据学员感兴趣的问题及在PP学习过程中常遇见的问题进行生动的讲述。

2、所有学员都能够上机操作，并有工程师进行现场答疑。

3、每节课都会留出一定的时间进行讨论交流，并进行答疑。