生物信息学期末期末复习

■一、选择题:

1.以下哪一个是mRNA条目序列号：

A. J01536 ■. NM_15392 C. NP_52280 D. AAB134506

2.确定某个基因在哪些组织中表达的最直接获取相关信息方式是：

■. Unigene B. Entrez C. LocusLink D. PCR

3.一个基因可能对应两个Unigene簇吗？

■可能 B. 不可能

4.下面哪种数据库源于mRNA信息：

■dbEST B. PDB C. OMIM D. HTGS

5.下面哪个数据库面向人类疾病构建：

A. EST

B. PDB ■. OMIM D. HTGS

6.Refseq和GenBank有什么区别：

A. Refseq包括了全世界各个实验室和测序项目提交的DNA序列

B. GenBank提供的是非冗余序列

■. Refseq源于GenBank，提供非冗余序列信息 D. GenBank源于Refseq

7.如果你需要查询文献信息，下列哪个数据库是你最佳选择：

A. OMIM

B. Entrez ■PubMed D. PROSITE

8.比较从Entrez和ExPASy中提取有关蛋白质序列信息的方法，下列哪种说法正确：

A. 因为GenBank的数据比EMBL更多，Entrez给出的搜索结果将更多

B. 搜索结果很可能一样，因为GenBank和EMBL的序列数据实际一样

■搜索结果应该相当，但是ExPASy中的SwissProt记录的输出格式不同

9.天冬酰胺、色氨酸和酪氨酸的单字母代码分别对应于：

■N/W/Y B. Q/W/Y C. F/W/Y D. Q/N/W

10.直系同源定义为：

■不同物种中具有共同祖先的同源序列

B. 具有较小的氨基酸一致性但是有较大的结构相似性的同源序列

C. 同一物种中由基因复制产生的同源序列

D. 同一物种中具有相似的并且通常是冗余的功能的同源序列

11.下列那个氨基酸最不容易突变：

A. 丙氨酸

B. 谷氨酰胺

C. 甲硫氨酸■半胱氨酸

12.PAM250矩阵定义的进化距离为两同源序列在给定的时间有多少百分比的氨基酸发生改变：

A. 1%

B. 20% ■. 80% D. 250%

13.下列哪个句子最好的描述了两个序列全局比对和局部比对的不同：

A. 全局比对通常用于比对DNA序列，而局部比对通常用于比对蛋白质序列

B. 全局比对允许间隙，而局部比对不允许

C. 全局比对寻找全局最大化，而局部比对寻找局部最大化

■全局比对比对整体序列，而局部比对寻找最佳匹配子序列

14.假设你有两条远源相关蛋白质序列。为了比较它们，最好使用下列哪个BLOSUM和PAM矩阵：

■BLOSUM45和PAM250 B. BLOSUM45和PAM 1

C. BLOSUM80和PAM250

D. BLOSUM10和PAM1

15.与PAM打分矩阵比较，BLOSUM打分矩阵的最大区别是：

A. 最好用于比对相关性高的蛋白

B. 它是基于近相关蛋白的全局多序列比对

■它是基于远相关蛋白的局部多序列比对 D. 它结合了全局比对和局部比对

16.如果有一段DNA序列，它可能编码多少种蛋白质序列： A. 1 B. 2 C. 3 ■. 6

17.要在数据库查询一段与某DNA序列编码蛋白质最相似的序列，应选择：

A. blastn

B. blastp

C. tblastn

D. tblastp ■blastx

18.为什么ClustalW（一个采用了Feng-Doolittle渐进比对算法的程序）不报告E值：

A. ClustalW报告E值■使用了全局比对 C. 使用了局部比对 D. 因为是多序列比对

19.Feng-Doolittle方法提出“一旦是空隙，永远是空隙”规则的依据是：

A. 保证空隙不会引物序列加入而填充

B. 假定进化早期分歧的序列有较高优先级别

■假定最近序列空隙应该保留 D. 假定最远序列空隙应该保留

20.根据分子钟假说：

A. 所有蛋白质都保持一个相同的恒定进化速率

B. 所有蛋白质的进化速率都与化石记录相符合

C. 对于每一个给定的蛋白质，分子进化的速率是逐渐减慢的，就如同不准时的钟

■对于每一个给定的蛋白质，其分子进化的速率在所有的进化分支上大致是恒定

21.系统发生树的两个特征是：

A. 进化分支和进化节点■树的拓扑结构和分支长度

C. 进化分支和树根

D. 序列比对和引导检测方法

22.下列哪一个是基于字母特征的系统发生分析的算法：

A. 邻位连接法（NJ法）

B. Kimura算法■最大似然法（ML） D. 非加权平均法（UPGMA）

23.基于字母特征和基于距离的系统发生分析的算法的基本差异是：

■基于字母特征的算法没有定义分支序列的中间数据矩阵

B. 基于字母特征的算法可应用于DNA或者蛋白质序列，而基于距离仅能用于DNA

C. 基于字母特征的算法无法运用简约算法

D. 基于字母特征的算法的进化分支与进化时间无关

24.一个操作分类单元（OTU）可指：

A. 多序列比对■蛋白质序列 C. 进化分支 D. 进化节点

25.构建进化树最直接的错误来源是：

■多序列比对错误 B. 采样的算法差异 C. 假设进化分支是单一起源 D. 尝试推测基因的进化关系

26.第一个被完整测定的基因组序列是：

A. 啤酒酵母的3号染色体

B. 流感病毒■ФX174 D. 人类基因组

27.普通的真核生物线粒体基因组编码大约多少个蛋白质：

■10 B. 100 C. 1000 D. 10000

28.根据基因组序列预测蛋白质编码基因的算法的最大问题是：

A. 软件太难使用■. 假阳性率太高，许多不是外显子的序列部分被错误指定

C. 假阳性率太高，许多不是外显子功能未知

D. 假阴性率太高，丢失太多外显子位点

29.HIV病毒亚型的系统演化研究可以：

A. 证实HIV病毒是由牛病毒演化而来

■. 用于指导开发针对保守蛋白的疫苗

C. 证实哪些人类组织最容易遭受病毒侵染

30.一个典型的细菌基因组大小约为多少bp：

A. 20000 ■. 200000 C. 2000000 D. 20000000

31.细菌基因组与真核生物基因组分析工具存在较大差异的主要原因是：

A. 细菌拥有不同的密码子

B. 细菌没有细胞核

C. 细菌很少有基因与真核同源■细菌DNA的基因含量、组成结构很不一样

32.下列具有最小基因组的原核生物可能是：

A. 嗜极生物

B. 病毒■胞内细菌 D. 杆菌