Perl语言与生物信息
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Perl的创建者
Larry Wall
Perl的创立时间
1980中期
创立的目的
处理文本报表等
应用范围
从一次性程序到大规模开发
Perl语言的前生今世
当前的版本
5.088 / 5.18
未来的发展
Perl6 —— 面向对象
FAQ
Perl是面向对象的语言么？
4.我很忙，没有足够的时间学怎么办？
坚持，坚持，还是坚持。
常见的计算机语言
编译型语言
Visual Basic C / C++ Java / C#
解释型语言
DOS / Shell VBScript / JavaScript
Perl / Python/R
Perl语言的前生今世
END
Perl6与Perl5的差别大么？ Perl难学么？
Perl的资源
Windows Perl
Active Perl
Linux
系统已经整合了Perl
Mac OS
Mac Perl
在线资源
CPAN
一些小插曲
Perl流行么？
比你想象的要流行。
为什么生物学家推荐使用Perl？
Perl的灵魂
轻舞飞扬的代码
轻舞飞扬的代码
轻舞飞扬的代码
轻舞飞扬的代码
轻舞飞扬的代码
Perl三部曲
Learning Perl（Perl语言入门） Intermediate Perl Programming Perl（Perl语言编程）
其它乐章
Perl & LWP Perl Cookbook Learning Perl Tk Beginning Perl for Bioinformatics
自由/灵活/开发快速/适合字符的处理/…
我可以用Perl来实现那些前面提到的任务？
数据库的建立
本地数据的处理 与网络中数据库的交互
生物学软件的编写
Perl的灵魂
正则表达式/模式匹配
字符处理的核心，超越其它语言的存在
模块
不再重复工作。 LWP模块
BioPerl模块
Sequence manipulation
Alignment manipulation
Sequence searching
Sequence searching
R 统计分析
R 统计分析
尚无非常系统，适合入门的教材 需要统计学基础
推荐书籍：
初级 《An Introduction to R》/《R导论》 《R Cookbook》/《R Graphs Cookbook》 进阶 《Statistics with R》/《The R book》。
常用分析包：
芯片分析 affy / simpleaffy / oligo limma 高通量测序分析 DESeq/DESeq2 edgeR 各种注释包 GOstat
R & Bioconductor
网址：http://www.bioconductor.org/
生物工作中的Perl —— BioPerl
Sequence manipulation Alignment manipulation
Sequence searching
Blast report processing Sequence alignments
Sequence manipulation
help()
R 统计分析 - CRAN
网址：http://cran.r-project.org/
R 统计绘图
R & Bioconductor
为芯片分析诞生的R模块组 已扩展为生物高通量数据分析的各个领域
安装与使用：
> source("http://bioconductor.org/biocLite.R") > biocLite()
计算机语言与生物信息
生物工作与Байду номын сангаас算机
数据库的建立 本地数据的处理
与网络中数据库的交互
生物学软件的编写
FAQ
1.我要不要学写程序呢？
看实际需要。
2.我想学一门语言，哪种语言是最好的呢？
没有最好，只有最合适。
3.我想学一门语言，应该如何入手呢？
我建议从实际工作开始。
Larry Wall
Perl的创立时间
1980中期
创立的目的
处理文本报表等
应用范围
从一次性程序到大规模开发
Perl语言的前生今世
当前的版本
5.088 / 5.18
未来的发展
Perl6 —— 面向对象
FAQ
Perl是面向对象的语言么？
4.我很忙，没有足够的时间学怎么办？
坚持，坚持，还是坚持。
常见的计算机语言
编译型语言
Visual Basic C / C++ Java / C#
解释型语言
DOS / Shell VBScript / JavaScript
Perl / Python/R
Perl语言的前生今世
END
Perl6与Perl5的差别大么？ Perl难学么？
Perl的资源
Windows Perl
Active Perl
Linux
系统已经整合了Perl
Mac OS
Mac Perl
在线资源
CPAN
一些小插曲
Perl流行么？
比你想象的要流行。
为什么生物学家推荐使用Perl？
Perl的灵魂
轻舞飞扬的代码
轻舞飞扬的代码
轻舞飞扬的代码
轻舞飞扬的代码
轻舞飞扬的代码
Perl三部曲
Learning Perl（Perl语言入门） Intermediate Perl Programming Perl（Perl语言编程）
其它乐章
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自由/灵活/开发快速/适合字符的处理/…
我可以用Perl来实现那些前面提到的任务？
数据库的建立
本地数据的处理 与网络中数据库的交互
生物学软件的编写
Perl的灵魂
正则表达式/模式匹配
字符处理的核心，超越其它语言的存在
模块
不再重复工作。 LWP模块
BioPerl模块
Sequence manipulation
Alignment manipulation
Sequence searching
Sequence searching
R 统计分析
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尚无非常系统，适合入门的教材 需要统计学基础
推荐书籍：
初级 《An Introduction to R》/《R导论》 《R Cookbook》/《R Graphs Cookbook》 进阶 《Statistics with R》/《The R book》。
常用分析包：
芯片分析 affy / simpleaffy / oligo limma 高通量测序分析 DESeq/DESeq2 edgeR 各种注释包 GOstat
R & Bioconductor
网址：http://www.bioconductor.org/
生物工作中的Perl —— BioPerl
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Sequence searching
Blast report processing Sequence alignments
Sequence manipulation
help()
R 统计分析 - CRAN
网址：http://cran.r-project.org/
R 统计绘图
R & Bioconductor
为芯片分析诞生的R模块组 已扩展为生物高通量数据分析的各个领域
安装与使用：
> source("http://bioconductor.org/biocLite.R") > biocLite()
计算机语言与生物信息
生物工作与Байду номын сангаас算机
数据库的建立 本地数据的处理
与网络中数据库的交互
生物学软件的编写
FAQ
1.我要不要学写程序呢？
看实际需要。
2.我想学一门语言，哪种语言是最好的呢？
没有最好，只有最合适。
3.我想学一门语言，应该如何入手呢？
我建议从实际工作开始。