蛋白质结构预测
合集下载
相关主题
- 1、下载文档前请自行甄别文档内容的完整性，平台不提供额外的编辑、内容补充、找答案等附加服务。
- 2、"仅部分预览"的文档,不可在线预览部分如存在完整性等问题,可反馈申请退款(可完整预览的文档不适用该条件!)。
- 3、如文档侵犯您的权益，请联系客服反馈,我们会尽快为您处理(人工客服工作时间：9:00-18:30)。
SWISS-MODEL使用方法：
Fra Baidu bibliotek
粘贴蛋白质序列fasta
输入Email 点击Build Model自 动建模
>tr|Q00P14|Q00P14_PENMO Rab7 OS=Penaeus monodon GN=Rab7 PE=2 SV=1 MASRKKILLKVIILGDSGVGKTSLMNQFVNKKFSNQYKATIGADFLTKEVMVDDRLVTMQ IWDTAGQERFQSLGVAFYRGADCCVLVYDVTSPNTFKSLDSWRDEFLIQASPRDPDHFPF VVLGNKIDLENRAVSTKRAQQWCHSKNEVPYFETSAKEAINVELAFQTIARNALAQESEV ELYNEFPDQIKLTNDNKAKQDACSC
Bioinformatics
Liaoning University
Super-folds：Super-folds是在进化中多次出现的蛋白质 折叠类型。 例如免疫球蛋白的TIM-barrel折叠类型 TIM-barrel是一种非常 保守的蛋白质折叠类型， 包括间隔出现的8个a螺旋和8个b-折叠。所 有TIM-barrel都非常类 似，但是他们之间的序 列相似性可以非常低。
Bioinformatics
Liaoning University
蛋白质三维结构预测：使用蛋白质的序列预测蛋白质的 三维结构。
多种方法可以进行蛋白质三维结构预测：同源建模法、 折叠识别法、从头预测法。
蛋白质三维结构预测可以帮助我们理解蛋白质的功能个 作用机制，可用于理性药物设计。
Bioinformatics
Bioinformatics
Liaoning University
SWISS-MODEL：基于同源建模法与PDB数据库已知 结构的蛋白质序列比对，使用同源建模方法预测蛋白质 结构的在线服务器。 网址：http://swissmodel.expasy.org/
Bioinformatics
Liaoning University
Liaoning University
同源建模法的理论基础：序列相似性大于20%，长度大 于80个氨基酸的蛋白质具有相似的三维结构。
同源建模是目前最为成功且实用的蛋白质结构预测方法， 建模的前提是已知一个或多个同源蛋白质的结构。
同源建模的大体过程分为4个步骤：1鉴定结构模板；2 目标序列和模板结构比对；3建立模型；4模型质量评估。
Bioinformatics
Liaoning University
PSIPRED预测二级结构
粘贴蛋白质序列fasta
输入Email 输入一个名称 点击Predict预测
Bioinformatics
Liaoning University
pmRab7二级结构预测结果
http://bioinf.cs.ucl.ac.uk/psipred/result/a728be72-d6b6-11e3-9c06-00163e110593 Bioinformatics
Bioinformatics
Liaoning University
其他蛋白质三维结构预测服务器 MODELLER：http://salilab.org/modweb/ HHpred：http://toolkit.tuebingen.mpg.de/hhpred ESyPred3D：http://www.fundp.ac.be/urbm/bioinfo/esypred/ Geno3D：http://geno3d-pbil.ibcp.fr/
Liaoning University
bioinformatics
Bioinformatics
Liaoning University
蛋白质结构预测
张力
Bioinformatics
Liaoning University
蛋白质结构分类：依据蛋白质结构的相似性及公共的进 化起源，将蛋白质进行分类。蛋白质结构的分类主要依 赖于序列比较和结构比较。 CATH和SCOP是两个蛋白质结构分类数据库。
CATH
SCOP
Bioinformatics
Liaoning University
拜氏梭菌的黄素氧还蛋白在SCOP中的分类情况
• Root SCOP • Class a and b protein (a/b) • Fold Flavodoxin-like – Three layers, a/b/a; paraelle b-sheet of vie strands, order 21345 • Superfamily Flavoproteins • Family Flavodoxin-related. Binds FMN (flavin monoucleotide) • Protein Flavodoxin • Species Clostridium bejerinckii
Liaoning University
常用的二级结构预测服务器 PSIPRED：http://bioinf.cs.ucl.ac.uk/psipred/ Jpred：http://www.compbio.dundee.ac.uk/www-jpred/ PredictProtein：https://www.predictprotein.org/ RaptorX：http://raptorx.uchicago.edu/
Bioinformatics
Liaoning University
pmRab7三维结构预测结果：
http://swissmodel.expasy.org/interactive/kmwKkE/models/
Bioinformatics
Liaoning University
预测结果分析：
模型质量评估
模板信息
目标序列与靶序列比对
Bioinformatics
Liaoning University
蛋白质二级结构预测：使用蛋白质的序列预测蛋白质的 二级结构。
蛋白质二级结构的预测程序采用以下3种方法:(1)结合人 工神经网络、遗传算法等机器学习方法，统计氨基酸出 现频度; (2)以二级结构为模板，建立序列谱矩阵或未知 特异性记分矩阵;(3)利用同源蛋白多重比对。
Fra Baidu bibliotek
粘贴蛋白质序列fasta
输入Email 点击Build Model自 动建模
>tr|Q00P14|Q00P14_PENMO Rab7 OS=Penaeus monodon GN=Rab7 PE=2 SV=1 MASRKKILLKVIILGDSGVGKTSLMNQFVNKKFSNQYKATIGADFLTKEVMVDDRLVTMQ IWDTAGQERFQSLGVAFYRGADCCVLVYDVTSPNTFKSLDSWRDEFLIQASPRDPDHFPF VVLGNKIDLENRAVSTKRAQQWCHSKNEVPYFETSAKEAINVELAFQTIARNALAQESEV ELYNEFPDQIKLTNDNKAKQDACSC
Bioinformatics
Liaoning University
Super-folds：Super-folds是在进化中多次出现的蛋白质 折叠类型。 例如免疫球蛋白的TIM-barrel折叠类型 TIM-barrel是一种非常 保守的蛋白质折叠类型， 包括间隔出现的8个a螺旋和8个b-折叠。所 有TIM-barrel都非常类 似，但是他们之间的序 列相似性可以非常低。
Bioinformatics
Liaoning University
蛋白质三维结构预测：使用蛋白质的序列预测蛋白质的 三维结构。
多种方法可以进行蛋白质三维结构预测：同源建模法、 折叠识别法、从头预测法。
蛋白质三维结构预测可以帮助我们理解蛋白质的功能个 作用机制，可用于理性药物设计。
Bioinformatics
Bioinformatics
Liaoning University
SWISS-MODEL：基于同源建模法与PDB数据库已知 结构的蛋白质序列比对，使用同源建模方法预测蛋白质 结构的在线服务器。 网址：http://swissmodel.expasy.org/
Bioinformatics
Liaoning University
Liaoning University
同源建模法的理论基础：序列相似性大于20%，长度大 于80个氨基酸的蛋白质具有相似的三维结构。
同源建模是目前最为成功且实用的蛋白质结构预测方法， 建模的前提是已知一个或多个同源蛋白质的结构。
同源建模的大体过程分为4个步骤：1鉴定结构模板；2 目标序列和模板结构比对；3建立模型；4模型质量评估。
Bioinformatics
Liaoning University
PSIPRED预测二级结构
粘贴蛋白质序列fasta
输入Email 输入一个名称 点击Predict预测
Bioinformatics
Liaoning University
pmRab7二级结构预测结果
http://bioinf.cs.ucl.ac.uk/psipred/result/a728be72-d6b6-11e3-9c06-00163e110593 Bioinformatics
Bioinformatics
Liaoning University
其他蛋白质三维结构预测服务器 MODELLER：http://salilab.org/modweb/ HHpred：http://toolkit.tuebingen.mpg.de/hhpred ESyPred3D：http://www.fundp.ac.be/urbm/bioinfo/esypred/ Geno3D：http://geno3d-pbil.ibcp.fr/
Liaoning University
bioinformatics
Bioinformatics
Liaoning University
蛋白质结构预测
张力
Bioinformatics
Liaoning University
蛋白质结构分类：依据蛋白质结构的相似性及公共的进 化起源，将蛋白质进行分类。蛋白质结构的分类主要依 赖于序列比较和结构比较。 CATH和SCOP是两个蛋白质结构分类数据库。
CATH
SCOP
Bioinformatics
Liaoning University
拜氏梭菌的黄素氧还蛋白在SCOP中的分类情况
• Root SCOP • Class a and b protein (a/b) • Fold Flavodoxin-like – Three layers, a/b/a; paraelle b-sheet of vie strands, order 21345 • Superfamily Flavoproteins • Family Flavodoxin-related. Binds FMN (flavin monoucleotide) • Protein Flavodoxin • Species Clostridium bejerinckii
Liaoning University
常用的二级结构预测服务器 PSIPRED：http://bioinf.cs.ucl.ac.uk/psipred/ Jpred：http://www.compbio.dundee.ac.uk/www-jpred/ PredictProtein：https://www.predictprotein.org/ RaptorX：http://raptorx.uchicago.edu/
Bioinformatics
Liaoning University
pmRab7三维结构预测结果：
http://swissmodel.expasy.org/interactive/kmwKkE/models/
Bioinformatics
Liaoning University
预测结果分析：
模型质量评估
模板信息
目标序列与靶序列比对
Bioinformatics
Liaoning University
蛋白质二级结构预测：使用蛋白质的序列预测蛋白质的 二级结构。
蛋白质二级结构的预测程序采用以下3种方法:(1)结合人 工神经网络、遗传算法等机器学习方法，统计氨基酸出 现频度; (2)以二级结构为模板，建立序列谱矩阵或未知 特异性记分矩阵;(3)利用同源蛋白多重比对。