Windows下R软件及其程序包packages安装使用必读
合集下载
相关主题
- 1、下载文档前请自行甄别文档内容的完整性，平台不提供额外的编辑、内容补充、找答案等附加服务。
- 2、"仅部分预览"的文档,不可在线预览部分如存在完整性等问题,可反馈申请退款(可完整预览的文档不适用该条件!)。
- 3、如文档侵犯您的权益，请联系客服反馈,我们会尽快为您处理(人工客服工作时间：9:00-18:30)。
很多关于这方面的资料，而有些人则表示这是不行的。 我认为，将源程序 source 编译为程序 binary，不能直接解压缩然后再压
缩，这样是错误的，在第四章中，有关于创建 R 程序包（包括.tar.gz 或.zip 格 式）这方面的详细介绍。
如何将.tar.gz 转换为.zip 格式的包，可以通过 R 语言作为中介，但是该方 法不具有通用性，只对一些安装包起作用。
三、 运行 R 程序
运行 R 程序，或者说 R 脚本，可以打开 Rgui.exe 程序窗口->文件->运行 r 脚本文件，或者输入命令 source(“ filepath\script.R ”)同样执行 R 程序。
注意，如果程序中引用了部分程序包 packages，要获取这些程序包的支 持，首先要加载该程序包，使用命令 library（packagename），如果缺省路径 则表示系统 lib 的路径，否则需要自定义路径，例如 library('pls',lib.loc='D:/ lib')
REMOVE，check，build 等，可输入 Rcmd 查看提示的功能。
这里的安装同样需要自己下载的程序包，或者自己开发的包，或者从
Linux 系统上 build 的文件，其格式应该为.tar.gz（源程序，source），或者为.ZIP
格式（程序，binary）。 可以在命令后加入-L 自定义安装包路径，不用全部安装到系统路径中，
window 下的 tar.gz 格式的安装方法，请联系本人 marybr66@。
3、 使用 R 程序的命令方式安装（Rcmd INSTALL）（zip 或者 tar.gz 格式均可）：
首先，需要将 R 程序的路径添加到系统的环境变量 PATH，如本人就将
C:\Program Files\R\R-2.13.1\bin\i386 这个添加到 PATH 里面了。这样在开始-> 运行->cmd 后，就可以直接使用 Rcmd 命令了。
四、 创建 R 程序包
创建 R 程序包，在 linux 系统，只需要 build 就行，输出为.tar.gz，在输 出时加入 –binary，则输出为.zip，方便实用。
那么，在 Windows 环境下如何编写 R 程序包？也就是生成供 linux 环境 编译运行的 tar.gz 文件，也生成供 windows 下使用的.zip 文件？
1） CYGWIN 在 Windows 下模拟 UNIX 环境 2） MinGW 编译器，可用来编译 C 和 Fortran 语言。 3） Perl 下载地址： /Rtools/ （2） MikTeX 或 CteX（备选） 用来生成 PDF 格式的帮助文件，一种比较高效的排版编译软件 下载地址：http://www. /，www.ctex. org / 分别按照要求安装好。
言的代码如 C、C++、Fortran 等，则安装时会不通过，因为缺少相应编译器，
可能会安装失败，这时候，需要安装另一个在 windows 下支持 R 的 Rtools 软
件，可以在 /Rtools/上下载到，该软件支
持其他语言在 R 软件上安装 package，其具体作用在后续的创建 R 程序包中 详细介绍。
4、 格式说明：
程序包的格式包括四个，例如 pls 程序包：
Package source:
pls_2.1-0.tar.gz
MacOS X binary: pls_2.1-0.tgz
Windows binary: pls_2.1-0.zip
Reference manual: pls.pdf
这里主要介绍两种： .tar.gz 格式（源程序，source，一般在 linux 系统下生成）； .ZIP 格式（程序，binary，一般 windows 环境下很好安装）。 至于如何将.tar.gz 转换为.zip 格式的包，在网上找了很多，发现确实没有
二、 下载和安装 R 程序包（packages）
1、 使用 R 图形界面的菜单栏安装（zip 格式的安装包）： 1．1 选择镜像安装 安装好 R 之后，打开 Rgui.exe 程序窗口->程序包->安装程序包，注意需 要使用网络（默认的安装使用了 Internet2，可以查看桌面的 R 图标，命令中 带--internet2） 在弹出的镜像中选择一个，镜像的连接与官网一致，然后下一个窗口会 弹出 packages 的选择框，选中你所需的包，最后就会连接下载安装，信息会 在 Rgui 窗口中显示。 1．2 选择本地安装 需要从网上下载安装包，注意类型必须是.zip 格式，关于格式会在后面 说明。 还是从官网上 /mirrors/CRAN/下载 packages，然后打开 Rgui.exe 程序窗口->程序包->从本地 zip 文件安装程序包，就 ok 了，信息会在 Rgui 窗口中显示。
这一过程并不复杂，但要下载一些工具软件，按照相应的步骤填写相应
的“表格”，继而在控制台中输入一些指令。
(以下内容来自网上，微做修改，仅供学习参考) 在 Windows 下编写 R 程序包通常包括以下几步：
（1）工具软件 Rtools 的安装和备选软件的安装。 （2）r 脚本的准备，也就是用来生成程序包的函数脚本。 （3）利用 R 中自带的 package.skeleton()函数，生成制作包所需要的 Description 文件和帮助文件.rd 。 （4）按要求填写生成的 Description 文件和帮助文件.rd （5）在 windows cmd 的命令行中输入相应的命令，生成 zip 文件或 者.tar.gz,并进行相应的检查。 1. 工具软件安装和配置 制作 r 包的工具软件包括 Rtools，HTML 编译器(R2.10 后不需要 HTML 编 译器)，MikTeX 或 Ctex (如果不想获得 pdf 手册，则不需要安装) 1.1 安装： （1）Rtools（制作 R 包的主要工具） Rtools 是在 windows 下制作 R 包的一系列工具，其中包括
method, available = NULL, destdir = NULL, dependencies = NA, type = getOption("pkgType"), configure.args = getOption("configure.args"), configure.vars = getOption("configure.vars"), clean = FALSE, Ncpus = getOption("Ncpus", 1L), libs_only = FALSE, INSTALL_opts, ...) pkgs 为安装包名称，如果 repos = NULL，就是本地安装，需要写成全路
注意，R 中可能对路径符“\”敏感，可以使用“/”或者“\\”代替。
注意，这个安装包可以在 R 脚本程序中使用，因为这是一个 R 的函数。
另外，据说 linux 下可以安装.tar.gz 格式的源程序，不过在 windows 下好 像只能安装 zip 格式，windows 下好像不方便 source 的安装，如果有人知道
From marybr66@
一、 下载和安装 R 客户端
1、下载： 从 R 官网：/ 下载最新的 R 版本（2.13.1 版 until 2011.7.8）。 官网上还有大量的资源和资料可以查看，不过都是英文版，需要花点功夫去 看。
2、安装： 直接默认安装，基本上没有什么问题。如果是自定义安装，注意选择使用 Internet2，否则安装后的客户端不能使用网络下载和更新安装包，注意看安 装后的桌面图标，右键属性，后面会有--internet2 的命令选项，而选择 Standard 安装后，生产的桌面图标没有--internet2 的命令选项。
2、 使用 R 客户端的 install.packages()函数安装（zip 格式的安装包）： 可以使用？install.packages()查看帮助，具体命令为 install.packages(pkgs, lib, repos = getOption("repos"), contriburl = contrib.url(repos, type),
关于 library，有两个意思，一个是指 package 的安装路径，另一个是加 载 package 的函数命令。
下面给出一些 windows 下 R 的使用心得： 1、工作空间文件.Rdata 文件，会随着文件夹的地址改变而自动改变工作 空间，十分方便。 2、只要在工作开始前，一次性装好 packages，只要能正确加载程序包， 多次（开多个相同的 R 程序）重复（开多个不同的程序）使用，都不受路径 的影响。 3、程序包只要是正确安装后生成的文件夹，可以在不同的路径下使用 和移动。 对 于 系 统 默 认 的 路 径 ， 比 如 C:\Program Files\R\R-2.13.1\library 和 C:\Documents and Settings\Administrator\My Documents\R\win-library\2.13， 在这中间加入或者相互移动正确的安装包文件夹，无论加载或者调用安装包， 完全没有任何影响。 对 于 自 定 义 的 安 装 包 路 径 ， 需 要 在 使 用 library() 加 载 时 ， 加 入 lib.loc='package_path'。这样就可以使用了。 4、对于服务器或者 Win7 来说，由于权限问题或者用户账户的使用问题， 可能导致 package 安装路径无权限而不能安装到系统默认路径，此时，可以 安装到自定义的路径，通过 library(packagename,lib.loc='package_path')解决。
简单来说，就是通过 Rcmd INSTALL packagename.tar.gz -l yourpath，然后 将 yourpath\ packagename 这个文件夹用 WinRAR 打包成 packagename_版本 号.ZIP，这样我们就获得了 Zip 格式的安装包。
注意，该 zip 格式的安装包安装时只会做解压缩的工作，所以不会有提 示安装成功的信息，但实际上是安装成功的。与上文提到的 zip 格式的 binary 文件略有不同，上文的 binary 格式安装时会检测安装包的完整性和安全性。
径的.Zip 文件安装包，lib 表示安装的位置，缺省则为客户端中的系统包的位
置，如果需要更改位置，则需要自定义，repos 表示程序库的 URL(s)，如 CRAN 镜像的安装连接的是""，本地文件安装的时候，可以
将 repos = NULL，后续的参量一般缺省即可。
Windows 下 R 软件及程序包 packages
安装使用必读—R.2.13.1 版（2011.7.8）
前言：
高效、开源的统计计算及图形软件—R 软件，在多门学科中有着重要的、广 泛的应用，但由于其使用平台过多于 Linux 系统，虽然目前的版本（2.13.1 版 upto2011.7.8）已经兼容了 Windows 和苹果机，但是使用起来还是不太方便，特 别是中文的使用，存在一些小问题，本人经过自己摸索和上网查找资料，获取了 一下的使用心得，分享给大家。
检查环境变量添加是否正确的方式，就是在命令提示符中输入 r，如果
进入 Rgui.exe 类似的文字显示时，表示进入了 R 系统，可以使用 R 中的函数
比如 ls()等。
Rcmd 命令，（老版本是 R cmd，现在更新后改了），其实是刚添加的路径 下的 EXE 程序，其功能是支持类似 linux 系统中的命令行操作，比如 INSTALL，
方便管理，对应的删除命令就是 REMOVE。
完整的 package 安装命令就是：
Rcmd INSTALL your_download_path\packagename.zip 安装.tar.gz 格式的源程序（这也是 windows 下 安装.tar.gz 的 source 文件最成功的一个方法），但注意，如果程序中有其他语
缩，这样是错误的，在第四章中，有关于创建 R 程序包（包括.tar.gz 或.zip 格 式）这方面的详细介绍。
如何将.tar.gz 转换为.zip 格式的包，可以通过 R 语言作为中介，但是该方 法不具有通用性，只对一些安装包起作用。
三、 运行 R 程序
运行 R 程序，或者说 R 脚本，可以打开 Rgui.exe 程序窗口->文件->运行 r 脚本文件，或者输入命令 source(“ filepath\script.R ”)同样执行 R 程序。
注意，如果程序中引用了部分程序包 packages，要获取这些程序包的支 持，首先要加载该程序包，使用命令 library（packagename），如果缺省路径 则表示系统 lib 的路径，否则需要自定义路径，例如 library('pls',lib.loc='D:/ lib')
REMOVE，check，build 等，可输入 Rcmd 查看提示的功能。
这里的安装同样需要自己下载的程序包，或者自己开发的包，或者从
Linux 系统上 build 的文件，其格式应该为.tar.gz（源程序，source），或者为.ZIP
格式（程序，binary）。 可以在命令后加入-L 自定义安装包路径，不用全部安装到系统路径中，
window 下的 tar.gz 格式的安装方法，请联系本人 marybr66@。
3、 使用 R 程序的命令方式安装（Rcmd INSTALL）（zip 或者 tar.gz 格式均可）：
首先，需要将 R 程序的路径添加到系统的环境变量 PATH，如本人就将
C:\Program Files\R\R-2.13.1\bin\i386 这个添加到 PATH 里面了。这样在开始-> 运行->cmd 后，就可以直接使用 Rcmd 命令了。
四、 创建 R 程序包
创建 R 程序包，在 linux 系统，只需要 build 就行，输出为.tar.gz，在输 出时加入 –binary，则输出为.zip，方便实用。
那么，在 Windows 环境下如何编写 R 程序包？也就是生成供 linux 环境 编译运行的 tar.gz 文件，也生成供 windows 下使用的.zip 文件？
1） CYGWIN 在 Windows 下模拟 UNIX 环境 2） MinGW 编译器，可用来编译 C 和 Fortran 语言。 3） Perl 下载地址： /Rtools/ （2） MikTeX 或 CteX（备选） 用来生成 PDF 格式的帮助文件，一种比较高效的排版编译软件 下载地址：http://www. /，www.ctex. org / 分别按照要求安装好。
言的代码如 C、C++、Fortran 等，则安装时会不通过，因为缺少相应编译器，
可能会安装失败，这时候，需要安装另一个在 windows 下支持 R 的 Rtools 软
件，可以在 /Rtools/上下载到，该软件支
持其他语言在 R 软件上安装 package，其具体作用在后续的创建 R 程序包中 详细介绍。
4、 格式说明：
程序包的格式包括四个，例如 pls 程序包：
Package source:
pls_2.1-0.tar.gz
MacOS X binary: pls_2.1-0.tgz
Windows binary: pls_2.1-0.zip
Reference manual: pls.pdf
这里主要介绍两种： .tar.gz 格式（源程序，source，一般在 linux 系统下生成）； .ZIP 格式（程序，binary，一般 windows 环境下很好安装）。 至于如何将.tar.gz 转换为.zip 格式的包，在网上找了很多，发现确实没有
二、 下载和安装 R 程序包（packages）
1、 使用 R 图形界面的菜单栏安装（zip 格式的安装包）： 1．1 选择镜像安装 安装好 R 之后，打开 Rgui.exe 程序窗口->程序包->安装程序包，注意需 要使用网络（默认的安装使用了 Internet2，可以查看桌面的 R 图标，命令中 带--internet2） 在弹出的镜像中选择一个，镜像的连接与官网一致，然后下一个窗口会 弹出 packages 的选择框，选中你所需的包，最后就会连接下载安装，信息会 在 Rgui 窗口中显示。 1．2 选择本地安装 需要从网上下载安装包，注意类型必须是.zip 格式，关于格式会在后面 说明。 还是从官网上 /mirrors/CRAN/下载 packages，然后打开 Rgui.exe 程序窗口->程序包->从本地 zip 文件安装程序包，就 ok 了，信息会在 Rgui 窗口中显示。
这一过程并不复杂，但要下载一些工具软件，按照相应的步骤填写相应
的“表格”，继而在控制台中输入一些指令。
(以下内容来自网上，微做修改，仅供学习参考) 在 Windows 下编写 R 程序包通常包括以下几步：
（1）工具软件 Rtools 的安装和备选软件的安装。 （2）r 脚本的准备，也就是用来生成程序包的函数脚本。 （3）利用 R 中自带的 package.skeleton()函数，生成制作包所需要的 Description 文件和帮助文件.rd 。 （4）按要求填写生成的 Description 文件和帮助文件.rd （5）在 windows cmd 的命令行中输入相应的命令，生成 zip 文件或 者.tar.gz,并进行相应的检查。 1. 工具软件安装和配置 制作 r 包的工具软件包括 Rtools，HTML 编译器(R2.10 后不需要 HTML 编 译器)，MikTeX 或 Ctex (如果不想获得 pdf 手册，则不需要安装) 1.1 安装： （1）Rtools（制作 R 包的主要工具） Rtools 是在 windows 下制作 R 包的一系列工具，其中包括
method, available = NULL, destdir = NULL, dependencies = NA, type = getOption("pkgType"), configure.args = getOption("configure.args"), configure.vars = getOption("configure.vars"), clean = FALSE, Ncpus = getOption("Ncpus", 1L), libs_only = FALSE, INSTALL_opts, ...) pkgs 为安装包名称，如果 repos = NULL，就是本地安装，需要写成全路
注意，R 中可能对路径符“\”敏感，可以使用“/”或者“\\”代替。
注意，这个安装包可以在 R 脚本程序中使用，因为这是一个 R 的函数。
另外，据说 linux 下可以安装.tar.gz 格式的源程序，不过在 windows 下好 像只能安装 zip 格式，windows 下好像不方便 source 的安装，如果有人知道
From marybr66@
一、 下载和安装 R 客户端
1、下载： 从 R 官网：/ 下载最新的 R 版本（2.13.1 版 until 2011.7.8）。 官网上还有大量的资源和资料可以查看，不过都是英文版，需要花点功夫去 看。
2、安装： 直接默认安装，基本上没有什么问题。如果是自定义安装，注意选择使用 Internet2，否则安装后的客户端不能使用网络下载和更新安装包，注意看安 装后的桌面图标，右键属性，后面会有--internet2 的命令选项，而选择 Standard 安装后，生产的桌面图标没有--internet2 的命令选项。
2、 使用 R 客户端的 install.packages()函数安装（zip 格式的安装包）： 可以使用？install.packages()查看帮助，具体命令为 install.packages(pkgs, lib, repos = getOption("repos"), contriburl = contrib.url(repos, type),
关于 library，有两个意思，一个是指 package 的安装路径，另一个是加 载 package 的函数命令。
下面给出一些 windows 下 R 的使用心得： 1、工作空间文件.Rdata 文件，会随着文件夹的地址改变而自动改变工作 空间，十分方便。 2、只要在工作开始前，一次性装好 packages，只要能正确加载程序包， 多次（开多个相同的 R 程序）重复（开多个不同的程序）使用，都不受路径 的影响。 3、程序包只要是正确安装后生成的文件夹，可以在不同的路径下使用 和移动。 对 于 系 统 默 认 的 路 径 ， 比 如 C:\Program Files\R\R-2.13.1\library 和 C:\Documents and Settings\Administrator\My Documents\R\win-library\2.13， 在这中间加入或者相互移动正确的安装包文件夹，无论加载或者调用安装包， 完全没有任何影响。 对 于 自 定 义 的 安 装 包 路 径 ， 需 要 在 使 用 library() 加 载 时 ， 加 入 lib.loc='package_path'。这样就可以使用了。 4、对于服务器或者 Win7 来说，由于权限问题或者用户账户的使用问题， 可能导致 package 安装路径无权限而不能安装到系统默认路径，此时，可以 安装到自定义的路径，通过 library(packagename,lib.loc='package_path')解决。
简单来说，就是通过 Rcmd INSTALL packagename.tar.gz -l yourpath，然后 将 yourpath\ packagename 这个文件夹用 WinRAR 打包成 packagename_版本 号.ZIP，这样我们就获得了 Zip 格式的安装包。
注意，该 zip 格式的安装包安装时只会做解压缩的工作，所以不会有提 示安装成功的信息，但实际上是安装成功的。与上文提到的 zip 格式的 binary 文件略有不同，上文的 binary 格式安装时会检测安装包的完整性和安全性。
径的.Zip 文件安装包，lib 表示安装的位置，缺省则为客户端中的系统包的位
置，如果需要更改位置，则需要自定义，repos 表示程序库的 URL(s)，如 CRAN 镜像的安装连接的是""，本地文件安装的时候，可以
将 repos = NULL，后续的参量一般缺省即可。
Windows 下 R 软件及程序包 packages
安装使用必读—R.2.13.1 版（2011.7.8）
前言：
高效、开源的统计计算及图形软件—R 软件，在多门学科中有着重要的、广 泛的应用，但由于其使用平台过多于 Linux 系统，虽然目前的版本（2.13.1 版 upto2011.7.8）已经兼容了 Windows 和苹果机，但是使用起来还是不太方便，特 别是中文的使用，存在一些小问题，本人经过自己摸索和上网查找资料，获取了 一下的使用心得，分享给大家。
检查环境变量添加是否正确的方式，就是在命令提示符中输入 r，如果
进入 Rgui.exe 类似的文字显示时，表示进入了 R 系统，可以使用 R 中的函数
比如 ls()等。
Rcmd 命令，（老版本是 R cmd，现在更新后改了），其实是刚添加的路径 下的 EXE 程序，其功能是支持类似 linux 系统中的命令行操作，比如 INSTALL，
方便管理，对应的删除命令就是 REMOVE。
完整的 package 安装命令就是：
Rcmd INSTALL your_download_path\packagename.zip 安装.tar.gz 格式的源程序（这也是 windows 下 安装.tar.gz 的 source 文件最成功的一个方法），但注意，如果程序中有其他语