基因组的遗传分析

定位克隆的步骤：
Candidate gene Complementation test Functional analysis
GWAS
(Genome Wide Association Studies)
概念：全基因组关联研究是一种检测特定物种中不同个体间 利用全基因组范围内筛选出高密度的分子标记对所研究
的全部或大部分基因，从而了解不同个体间的基因变化有多 的群体进行扫描，分析扫描得出的分子标记数据与表型 大的一种方法。不同的变化带来不同的性状，如各种疾病的 性状之间关联关系的方法。 不同。
建立研究群体 提取样本 DNA 检测和质量控制 对 SNP 和目标性状进行关联分析
分析及验证
谢谢观看
2015.11.10
定位克隆
(Positional Cloning)
概念：图位克隆(Map-based cloning) 又称定位克隆(positional
cloning) 用该方法分离基因是根据目的基因在染色体上的位置进行的， 无需预先知道基因的DNA 顺序，也无需预先知道其表达产 物的有关信息。
Primary mapping Fine mapping
由于SNP是明确的DNA序列
wt/m 单个碱基改变，用于分辨特 殊DNA序列的分子生物学方 法都可以用来检测SNP。 m/m
..G C G T T G A C.. ..G G C A A C T G..
SNP检测方法：原理区分
基于杂交方法： ASO，基因芯片，LNA，HRM，液相 芯片
基于结构，构象：
T→A(A →T)
..G C A T T G A C.. ..G G T A A C T G.. ..G C A T T G A C.. ..G G T A A C T G..
wt/wt
..G C A T T G A C.. ..G G T A A C T G..
..G C G T T G A C.. ..G G C A A C T G.. ..G C G T T G A C.. ..G G C A A C T G..
1000万
20万 10万 0.86万
SNPs
(single nucleotide polymorphisms)
概念：指在基因组水平由单个核苷酸的变异所引起的DNA
序列多态性。它是人类可遗传变异中最常见的一种。
人类的SNP一般为二等位基因(Biallelic)。包括一种转换
C→A(G→A)和三种颠换C→A(G→T)、C→G(G→C)、
荧光原位杂交 （FISH） 低 只能检测已知位 点，通量较小 不能检测
二代测序 高 覆盖全基因组 能检测
基因芯片 高 覆盖全基因组 能检测
针对FFPE样本
FFPE 失败率高
FFPE失败率高
有专门针对存放 FFPE样本运行测 时间较长的FFPE 序困难 样本的芯片产品 一张芯片，多种 数据，快速、准 确、高性价比
概念：指在人类基因组中广泛存在的，从1000bp到数百万bp
范围内的缺失、重复和复杂多位点的变异 CNPs与一些复杂疾病表型有关，但数据不足使得当前CNVs 发现技术的发现率远低于CNP
核型分析 分辨率 检测范围 杂合性缺失 （LOH）/单亲二 倍型（UPD） 低 只能检测大于510Mb突变 不能检测
01
02 04
PCR-SSRP，DGGE，CFLP， DHPLC，DASH
03
基于酶法 DNA聚合酶，连接酶，RNaseH
其他方法： 化学识别测序，分子信标，循环探针
InDel
(Deletion-insertion ploymorphism)
概念：指的是在人类基因组中，有一个或几个碱基对长度的
插入或缺失。
基因组的
遗传学分析
生科131 朱泽贤
2015.11.10
01 个体基因组的遗传变异
个体基因组的遗传变异
类型
Байду номын сангаас简称
大小/bp
发生频率/kb
基因座数量
单核苷酸多态性
插入或缺失 单序列重复 拷贝数变异 复杂变异
SNP
InDel SSR CNV/CNP
1
2-100 3-200 100-1000000
1
10 30 3000 500
可用DNA芯片技术和ASO技术，在SNP附近检测到75%长度
为1或者2个碱基对的DIP。
寡核苷酸探针特异杂交(ASO)
• 设计中包含SNP位置的特异的 寡核苷酸顺序，通过严格控制 杂交和洗脱条件，同时设置对 照，进行杂交时将SNP通过 ASO杂交区分出来。
CNV
(Copy Number Polymorphism)
优缺点
染色体处理过程 对操作者技术要 求高，不同人员 定制进口探针， 操作可能会导致 价格昂贵 完全不同的展带 效果
成本昂贵
1. 已知综合征及一些病例数据库：Decipher 2. 正常人拷贝数数据库：DGV 3. 病例数据库含很多中心上提的芯片数据及部分 资料：ISCA 4. UCSC上可以看到以上数据库的内容，用来查询 某特定区域或基因是否存在CNV等等