基因启动子序列的查找知识讲解

基因序列查找
基因组区域，转录，产出：p53基因在不同转录本中的信息—点击GenBank
GenBank : 获得基因详细信息：位置、定义、登录号、版本、特征、碱基序列等。
基因序列查找
FASTA : 获得基因的全部序列（包括非转录区序列）。
启动子序列的查找
1、在NCBI中查找所需的基因（以p53为例） 查找P53的基因序列；
启动子序列的查找 1、在NCBI中查找所需的基因（以p53为例）
选择特定物种的P53基因，例如human.
启动子序列的查找
1、在NCBI中查找所需的基因（以p53为例） 获得human p53基因的详细信息
启动子序列的查找
2、确定此基因在染色体上的位置和转录方向（正向/反向）； •在染色体上的位置： Chromosome 17 - NC_000017.11 •转录方向：从右向左，反向转录，说明启动子区与第一外显子区位于 此段基因的右侧。
基因启动子序列的查找
一、基因序列查找
NCBI—选择“Gene”—输入基因的名字（eg.p53）--Search
基因序列查找
选择特定物种的p53基因—eg.TP53(human)
基因序列查找
获得TP53基因的详细信息：基因名称、全称、别名、类型等。 下拉获得更多详细信息
基因序列查找
基因组结构：不同版本中，此基因在染色体中的位置、转录方向等。
启动子序列的查找
3、确定启动子区与第一外显子区的长度； 进入P53基因mRNA的详细信息界面
启动子序Leabharlann Baidu的查找
3、确定启动子区与第一外显子区的长度； 进入P53基因mRNA的详细信息界面，找到exon（第一外显子）的位置：1-174bp
启动子序列的查找
3、确定启动子区与第一外显子区的长度； •进入P53基因FASTA信息的界面，确定第一外显子的长度： •第一外显子位于基因5’端1-174bp的位置，由于基因为从右向左反向转录，第一外 显子位于启动子（ 7687550-7689550bp ）的左侧174bp：7687376--7687550bp； •第一外显子+启动子： 7687376--7689550bp
THE END!
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启动子序列的查找
3、确定启动子区与第一外显子区的长度； 获得FASTA格式的序列信息，右侧为此段基因的长度：7668402-7687550bp. 启动子区位于基因5’端2000bp，即7687550-7689550bp
启动子序列的查找
3、确定启动子区与第一外显子区的长度； 查找第一外显子的位置：在p53基因的详细信息页面中查找mRNA的详细信息， 确定其在基因序列中的位置。
启动子序列的查找
4、下载启动子区与第一外显子区的序列； 数据保存为FASTA格式
启动子序列的查找
4、下载启动子区与第一外显子区的序列； 数据保存为FASTA格式，用word打开。
启动子序列的查找
4、下载启动子区与第一外显子区的序列； 去除序列中的段落标记：Word-查找替换-特殊格式-段落标记-全部替换