蛋白组学

MS（mass spectrum）质谱法：一种测量离子质荷比的分析方法

tamdam-MS 串联质谱：将两个或更多质谱连接在一起。

MALDI（Matrix-Assisted laser Desrption Ionization）基质辅助激光解吸电离离子源：用激光照射样品与基质形成的光结晶薄膜、基质从激光中吸收能量传递到生物分子，而电解过程中将质子转移到生物分子或生物分子得到质子而使生物分子电离的过程

ESI（Electron spray Ionization）点喷雾离子源：属于一种软电离源，能使大质量的有机分子生成多电荷的离子。

2D-DIGE（two dimension difference gel electrophoresis）一种新的荧光标记的定量蛋白质组学技术。利用电荷和分子量的差异分离蛋白质混合物，并通过多通道激光扫描分析不同蛋白质的第二向SDS-PAGE凝胶图像。

zoom gel 变焦镜头凝胶成像：利用百变焦镜头的设备对凝胶进行拍摄成像。

two-in-one-gel 二合一凝胶：将相同PH范围胶条一起进行SDS-PAGE的技术

SILAC（stable isotope labeling with amino acids in cell culture）细胞培养下稳定同位素标记技术）：是在细胞培养过程中，利用稳定同位素标记的氨基酸结合质谱技术对蛋白表达进行定量分析的技术。

CDIT（charge detection ion trap）电荷检测离子阱：一种将离子通过电磁场限定在有限空间内的设备，用于多级质谱分析。

ICAT（Isotope Coded Affinity Taq）同位素亲和标签技术:用具有不同质量同位素亲和标签标记处于不同状态下的细胞中的半胱氨酸，利用串联质谱技术对混合样品进行质谱分析。iTRAQ（isobaric taqs fur relative and absolute guentitation）同位素标记相对和绝对定量技术：该技术利用多种同位素试剂标记蛋白多肽N末端或赖氨酸侧链基团，经高精度质谱仪分析，可同时比较8种样品间蛋白表达量。

ladder sequencing梯状测序法：用化学探针使蛋白或肽H-N或C端逐一降解下氨基酸残基，形成相互间无一个氨基酸残基的系列肽，进行质谱检测测序的方法。

tamdam-MS sequencing串联质谱法测序：利用串联后质谱分析进行蛋白测序。

FRET（Forster Resonance energy transfer）荧光能量共振转移：两个距离很近的荧光分子吸收光谱重叠，距离在10nm以内时发生一种非放射性的能量转移。

BRET（bioluminescence Resonance Energy Transfer）生物发光能量共振转移：在一些海洋生物中自然发生一种能量转移现象。

PCA（plate count agar）平板计数琼脂培养基：用于菌落总数测定的一种培养基。

BiFC（Bimolecular fluorecular complementation）双分子荧光互补计数：该计数将荧光蛋白分子的两个互补片段与目标蛋白融合表达，如果荧光蛋白活性恢复则表明两目标蛋白发生了相互作用，直观快速判断目标蛋白定位和互补作用。

phage display噬菌体展示：是一种将外源肽或蛋白基团与噬菌体特定蛋白基因在其表明进行融合表达的技术。

far western assay蛋白免疫印迹分析：基于western blot，用能够与目标蛋白结合的非抗体蛋白质，检测蛋白质间的相互作用。

peptide mass fingerprinting肽质量指纹图谱：理论上每个蛋白消化后不同的肽的分子量的图谱

peptide taq肽标签：指那些分子量小，不影响介质蛋白活性的多肽。

proteome contip蛋白质组重叠群：细胞表达所有蛋白质中彼此可以通过末端重叠序列相互连接形成连接DNA长片段中一组克隆。

Laser capture microdissection激光捕获显微切割：在不破坏组织结构、保存要捕获的细胞和其周围组织形态完整的前提下直接从冰冻或石蜡包埋的组织切片中获取目标细胞。

genome基因组：一个细胞或生物体所携带的一套完整单倍体序列

transcriptome转录组：细胞内所有转录产物集合，mRNA，rRNA , Trna,非编码RNA proteome蛋白组学：一个基因组或一个细胞组织表达的所有蛋白质

expression proteomics表达蛋白组学：把细胞中蛋白建立蛋白定量表达图谱，整体水平上研究生物体蛋白质表达的变化。

differential proteomics 差异蛋白组学：通过寻找各种因素引起的蛋白质表达差异，以解释细胞生理和病理机制。

targeted proteomics 定向蛋白组学：利用质谱仪对一组过预筛选的蛋白质样品进行分析。定向蛋白质组是指对特定已知蛋白质进行质谱检测，而不会像发现蛋白质组那样对所有未知蛋白进行全检测。包括定向和定量。

第一章：蛋白质组学简介

1.why proteomics?为何进行蛋白组研究？

①.蛋白质的重要性

a.蛋白质是细胞中的功能的承载者

b.蛋白质参与了几乎所有的细胞过程，并实现了许多功能

c.从正常状态的偏差是造成疾病

d.蛋白质是药物/治疗靶点

②.全基因组序列的优势：包含了巨大的信息

③.全基因组序列的缺陷

a.基因组序列-完成，不显示蛋白质的功能或生物过程发生

b.DNA、RNA和蛋白质之间的限制关系

c.一种蛋白质的功能往往取决于它的定位

d.一些生物样品不含核酸

④.蛋白质研究本身的重要性

a.蛋白质组反映生物系统状态的动态性

b.翻译后修饰

c.蛋白质折叠成特定的三维结构，确定功能

d.获得选择性剪接的洞察

e.艾滋病在基因组的注释

2.基因组（genome）、转录组（transcriptome）、蛋白组（proteome）三者的区别与联系

联系：total concept，connect by central dogma

区别：gene mRNA protein

static dynamic dynamic

simple complex complex

static:一个有机体从它的发生、发展、到衰老、死亡，不同细胞、组织、器官的基因组是基本稳定不变的。

dynamic：转录组和蛋白组作为基因组转录表达的产物随时间、地点、环境等条件的变化而变化。

complex：由于一个基因有多个转录产物，一个转录产物有多个蛋白。