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试剂二:NaOH-SDS液
NaOH的作用是促使DNA变性,SDS是表面活性剂,除去蛋白质。
样品研磨需要充分研磨,组织结块、样品成团将极大的影响裂解液渗透和生物膜体系崩解,影响核酸溶出。
总RNA提取技术细节及原因:
RNase控制问题,裂解液处理完毕后的实验步骤必须严格无酶操作。原因在于样品经裂解处理离心后各步骤中样品不再处于RNase抑制剂保护下,如果在后续步骤使用的耗材中沾染RNase将对总量本就较少的RNA造成严重破坏。
对策:
OD230一般是多糖类物质(碳水化合物主要吸收峰),
4、电泳-胶孔发亮
对策:
胶孔发亮多是蛋白和多酚物质污染
1、上样量与裂解体系
上样量是DNA提取的经典问题,无论用什么方法,首先要解决的就是上样量问题,不同的上样量对应不同的试剂体系,上样量过多或多少都会影响裂解的效果。以GNT-B02的磁珠法全血基因组DNA提取试剂盒为例,标准上样量为200ul,上下浮动不超过100ul,搭配的裂解液用量为400ul,有些老师由于实验要求,需要大体积的上样量,这在实际操作中,就需要对磁珠法的操作流程进行改良,一般的改良思路是按比例放大裂解体系;但有些实验的上样量达到毫升以上,这种情况下,就不能再简单的放大裂解体系了,需要先用红细胞裂解液对样品进行处理,将上样体积浓缩后,再进行磁珠法操作流程的优化。
2、OD260/280不理想
对策:
OD260通常是表征核酸的,核酸因为共轭环光吸收发生在240~290nm之间,最大吸收峰一般在260nm左右,单链RNA,双链DNA,环状DNA等吸光略有差别,基因组DNA OD260/280应为1.8左右,偏高则意味着RNA污染;偏低意味着蛋白/多酚污染。
3பைடு நூலகம்OD260/230不理想
核酸提取大体上主要分三大类:基因组DNA、总RNA和质粒
一、常见提取方法/原理:
基因组DNA:CTAB法、SDS法等
以去污剂CTAB/SDS等处理样品,破坏细胞膜结构,裂解细胞(裂解液通常含EDTA抑制DNase活性,Tris-Cl缓冲防止核酸被破坏,同时具有较高NaCl浓度,维持核酸溶解性);加氯仿去除蛋白复合物(有机相),离心分离,回收水相(内含核酸);异丙醇沉淀DNA,离心回收絮状DNA,梯度乙醇清洗,自然挥干,溶解DNA于TEbuffer。
通过修改试剂配方,优化试剂配置,可以改善磁珠的结团现象,但是该工作较为复杂,需要对各种参数进行调整。不过对于磁吸速度较慢的磁珠,结团后能明显提高磁吸速度,提高实验效率,只要磁珠在洗脱步骤能够分散,而且结果也在标准范围内,磁珠结团并不会影响整体效果。
3、得率低
得率是影响下游实验的最直接因素,根据我们的经验,200ul的全血,得率一般在3ug以上,用GNT-B02的试剂盒,能稳定在5ug以上,有些老师的实验结果只有2ug左右,甚至更低,这就需要重点排查两个环节,一是裂解环节,二是洗脱环节,若是裂解环节的问题,往往会是在结合的时候磁珠不结团,或在洗涤的时候上清液颜色为深黄色或红色,这种情况下,更换全新的裂解液,并且严格按照SOP操作是较为效率的解决办法
总RNA:TRIzol法(苯酚+硫氰化胍)、异硫氰酸胍盐两步法、CTAB-PVP法等
与DNA提取的原理步骤基本一致。TRIzol/CTAB等buffer裂解细胞,解聚染色体,释放核酸;氯仿除蛋白,离心后回收水性酚相/水相(RNA提取必须是酸性酚或低盐水相);异丙醇沉淀,乙醇清洗,挥干,溶解于TEbuffer。
质粒提取:碱裂解法
溶液I,50 mM葡萄糖/ 25 mM Tris-Cl / 10 mM EDTA,pH 8.0;(作用于重悬细胞、保护DNA);
溶液II,0.2 N NaOH / 1% SDS;(碱裂解)
溶液III,3 M醋酸钾/ 2 M醋酸;(中和碱液,SDS钠离子取代,促蛋白-基因复合物沉淀)
样品研磨尽量迅速。原因在于通过减少样品细胞裂解的时间,使含RNase抑制剂的裂解液尽快浸润样品,阻遏样品内源RNase活性。
质粒抽提技术细节及原因:
溶液II加入进行样品碱解时,动作必须轻缓。原因在于NaOH+SDS的组合主要目标在于迅速裂解样品,但强碱存在的情况下,基因组DNA极有可能断裂,如果裂解过程中过于粗放,基因组DNA将断裂进入裂解液,无法伴随蛋白沉淀而从体系中清除。
洗脱环节的问题,经常表现为结团的磁珠未被打散,可考虑加大震荡力度,或用吸头吹吸、搅拌。有些老师在得率较低的时候,喜欢加大上样量,这可能会适得其反:过大的上样量会抑制裂解液的裂解能力。
总RNA提取常见问题与对策:
质粒提取常见问题与对策:
1.提质粒主要用到三种试剂:
试剂一:溶菌液
其中的溶菌酶的作用是水解细胞壁,葡萄糖的作用是增加溶液的粘度,维持渗透压,EDTA作螯合金属离子用。
三、核酸提取常见问题及对策
基因组DNA提取常见问题与对策:
1、DNA得率低
对策:
“巧妇难为无米之炊”,因此收集尽可能多的样本是首选方法!!!
在样品量无法增加的情况下,裂解液务必与样品充分混匀,各种试剂千万不要过期(PS:节俭是美德,但要不坏事才是美德)
若全程操作规范,得率尚不理想,则可以考虑对抽提DNA过程进行重复。
从上清回收质粒
二、核酸提取技术细节注意点:
基因组DNA提取技术细节及原因:
CTAB/SDS裂解液配制中必须注意pH值,酸碱度严重影响提取所得核酸的质量。原因在于DNA提取与RNA提取所用的裂解液理论上是可以通用的,但DNA与RNA在溶解性差异上的表现在高盐状态下DNA-蛋白复合物可溶,低盐状态下RNA-蛋白复合物可溶;而在苯酚溶液中,酸性酚下RNA可溶,碱性酚下DNA可溶;故必须注意buffer酸碱和盐平衡问题。
2、磁珠结团
磁珠结团是经常遇到的现象,是由磁珠本身特性和磁珠所处试剂环境两方面造成的,有些磁珠不仅在全血DNA提取过程中会结团,其他的样本也同样会结团,有些老师在初次遇到这种现象的时候会感觉不适应,其实结团现象可以用来提前预判实验结果,结团往往是吸附了大量核酸,如果哪次实验没有结团,本次的实验结果或许会不太好,不过也不能一概而论,杂质太多也是引起磁珠结团的原因。
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