生物信息学课程复习题2016-2017

2016-2017研究生《生物信息学》课程复习思考题

1.简述什么是NCBI数据库，其主要数据组成并以你最熟悉某个功能为例说明其应用。

2.假如你得到一段未知基因的DNA片段，如何分析该未知基因的功能和家族类别（包括系统发育树的构建）。

3.简述NCBI BLAST种类；说明Basic Blast的主要功能。

4、根据所学的生物信息学内容，结合自己的专业，浅谈一下生物信息学在所学专业或研究中的应用

5、蛋白质的二级结构及各自的特征

6、MM-PBSA方法的概述

7、结合你科研可能遇到的问题，谈谈你如何看待生物信息学的学习的意义？

8、你认为BCBI数据库的哪几个模块功能对你实验研究的最有帮助，需要上课重点讲述和演示？

9、对于NCBI数据库、及VectorNT、Oligo软件或其他在线软件资源，除了教师上课进行基本功能演示外，你认为如何教学或自学效果好？

10、分别测得15名健康人和13名III度肺气肿病人痰中α1抗胰蛋白酶含量（g/L）如下表：

健康人肺气肿病人

2.7

3.6

2.2

3.4

4.1 3.7

4.3

5.4

2.6

3.6

1.9 6.8

1.7 4.7

0.6 2.9

1.9 4.8

1.3 5.6

1.5 4.1

1.3 3.3

1.7 4.3

1.3

1.9

（1）根据表中数据，计算方差齐性，得到F=1.19 ，小于F0.05(12,14)=2.53, 应选用什么检验方法来比较两组人群抗胰蛋白酶含量是否不同？为什么

选择该方法？

（2）计算的检验统计量为 5.63。查找该检验方法相应界值表：自由度为26时，α=0.05，数值为2.056；α=0.001，数值为3.707。确定P值范

围并推断两组人群抗胰蛋白酶含量是否有差异？

11、同源建模技术有多大的应用价值？

12，分子动力学模拟及分子力学这二者与力场是什么关系？

13，分子模拟的概念

14，分子模拟的主要计算方法

15，分子模拟的主要应用

16，蛋白质的二级结构及各自的特征

17，同源建模定义及其理论基础

18，同源建模的四个关键点

19，分子力学与分子力场的基本概念

20，常见的分子力场及各自的特点

21，能量最小化方法及各自的特点

22，分子动力学模拟(MD)的概念

23，能量最小化(EM)与分子动力学模拟(MD)的关系

24，分子对接的概念及意义

25，分子对接的一般过程