生物化学核酸的生物合成
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▪引物(primer): 由引物酶催化生成的短链RNA,它可为DNA聚合提供
3'-OH末端。
合成RNA引物
(五)、DNA聚合酶(DNA polymerase)
聚合反应的特点:
▪DNA 新链生成需引物和模板; ▪新链的延长只可沿5 → 3方向进行 。
5
3
3
5
聚合反应机理
DNA聚合酶
▪全称:依赖DNA的DNA聚合酶 (DNA-dependent DNA polymerase)
400,000 10-20 + + 50
功能
切除引物 修复 修复
复制
DNA-pol Ⅲ
ε
ε
DNA-pol Ⅲ
前导链和随后链的合成方向相反, DNA-pol Ⅲ是怎样同时将两条链复制出来
?
前导链和随后链同时合成的工作模型
(六)、DNA连接酶(DNAБайду номын сангаасligase)
▪在复制中起接合双链中单链缺口的作用。
▪半保留复制 ▪双向复制 ▪半不连续复制 ▪方向性和高保真性
(一)、半保留复制 (semi-conservative replication)
AT
GC CG
亲代 DNA
TA
AT
AT
GC CG
G C 子代DNA CG
TA
TA
DNA复制的三种可能方式:
全保留式
半保留式
混合式
DNA半保留复制实验:
半保留复制的意义:
复制
DNA
转录 逆转录
RNA
翻译
蛋白质
复制
第一节 DNA的生物合成
DNA Biosynthesis
复制(DNA指导下的DNA合成)
DNA的生物合成
逆转录(RNA指导下的DNA的合成)
复制(replication):
以母链DNA为模板合成子链DNA的过程。
亲代DNA
复制
子代DNA
一、复制的基本规律
科恩伯格 Arthur Kornberg
▪1959 年获诺贝尔生理学或医学奖
5´ A G C T T C A G G A T A
3´
? | | | | | | | | | | |
3´ T C G A A G T C C T A G C G A C 5´
▪3 5外切酶活性 ▪5 3外切酶活性
3 5外切酶活性
第十章 核酸的生物合成
Nucleic acid Biosynthesis
基 因 (gene):
为蛋白质或RNA编码的DNA功能片段,是以碱基排列 顺序的方式储存的遗传信息。
基 因 组(genome):
某一物种拥有的全部遗传物质,从分子意义上说, 是指全部DNA序列。
中心法则(the central dogma)
领头链
5
(leading strand)
解链方向
3
随从链
(lagging strand)
5
冈崎片段(Okazaki fragment) :
♦1968年日本生化学者冈崎用电镜及放射自显影技术,
观察到DNA复制中出现一些不连续的片段,将这些不 连续的片段称为冈崎片段。 ♦原核生物: 1000~2000个核苷酸 ♦真核生物: 100~200个核苷酸
5’
O
3’
O P O- HO
O-
DNA连接酶
ATP(NAD+)
AMP
5’
O
3’
O P O-
O-
3’ 5’
3’ 5’
小结:
三、真核生物端粒的复制
▪端粒(telomere):
是指真核生物染色体线 性DNA分子末端的结构 部分,通常膨大成粒状。
TTTTGGGGTTTTGGGG…
▪又称解链酶或rep蛋白 ▪利用ATP供能,作用于氢键,使DNA双链解开成为两条单链。 ▪每解开一对碱基,需消耗2分子ATP。
Dna C Dna B
解链方向
(三)、单链结合蛋白(SSBP)
▪在复制中维持模板处于单链状态并保护单链的完整性。
(四)、引物酶(primase)
▪作用:它以单链DNA为模板,以ATP、GTP、CTP、UTP为 原料,从5→3方向合成出RNA片段,即引物。
真核生物: ♦基因组是线性的;
♦染色体DNA有多个复制起始点; ♦两个起始点之间的DNA片段称为复制子(replicon)。
在原核生物双向复制中, DNA被描述为眼睛状。为说明 方便而做的图为形。
oriC
起起 点点
多个起点复制
起起 点点
起
起
点
点
(三)、半不连续复制 (semi-discontinuous replication) 3
▪按半保留复制方式,子代DNA与亲代DNA的碱基序 列一致,即子代保留了亲代的全部遗传信息,体现了 遗传的保守性。
▪遗传的保守性,是物种稳定性的分子基础,但不 是绝对的。
(二)、双向复制 (bidirectional replication)
原核生物:
♦基因组是环状DNA; ♦只有一个复制起始点(origin) 。
▪简称:DNA-pol ▪原核生物的DNA聚合酶:
• DNA-pol Ⅰ • DNA-pol Ⅱ • DNA-pol Ⅲ
N端
DNA-pol Ⅰ
C端
木瓜蛋白酶
小片段
323个氨基酸 5 核酸外切酶活性
大片段/Klenow 片段
604个氨基酸 DNA聚合酶活性 5 核酸外切酶活性
奥乔亚 Severo Ochoa
解链过程中,DNA分子会过度拧紧、打结、缠绕、 连环等现象。
(一)、DNA拓扑异构酶(DNA topoisomerase)
作用:改变DNA分子构象,理顺DNA链,使复制能顺利进行。 分类:拓扑酶Ⅰ(切断DNA双链中一股链)
拓扑酶Ⅱ(切断DNA分子两股链)
拓扑异构酶Ⅰ的作用
拓扑异构酶Ⅱ的作用
(二)、DNA解旋酶(helicase)
(四)、高保真性(高度忠实性)
▪差错率仅为10-9-10-10
?
1、新合成的子链与母链之间碱基配对严格性 2、使用引物RNA 3、DNA聚合酶对底物专一性 4、DNA聚合酶的校对作用 5、DNA修复机制
二、参与DNA复制的主要酶类和蛋白质
DNA复制需要什么
?
模板
酶
底物
引物
主要酶类和蛋白质
♦(一)DNA聚合酶 ♦(二)DNA解旋酶 ♦(三)引物酶 ♦(四)DNA连接酶 ♦(五)单链结合蛋白(SSBP) ♦(六)拓扑异构酶
5´- 3´外切酶活性
5´ 单链缺口
5´- 3´核酸外切 酶水解位点
比较项目
pol I
pol II pol III
分子量 每个细胞的分子统计数 5´-3 ´聚合酶作用 3´-5 ´核酸外切酶 5´-3 ´核酸外切酶 转化率
109,000 400 + + + 1
120,000 100 + + 0 .05
3'-OH末端。
合成RNA引物
(五)、DNA聚合酶(DNA polymerase)
聚合反应的特点:
▪DNA 新链生成需引物和模板; ▪新链的延长只可沿5 → 3方向进行 。
5
3
3
5
聚合反应机理
DNA聚合酶
▪全称:依赖DNA的DNA聚合酶 (DNA-dependent DNA polymerase)
400,000 10-20 + + 50
功能
切除引物 修复 修复
复制
DNA-pol Ⅲ
ε
ε
DNA-pol Ⅲ
前导链和随后链的合成方向相反, DNA-pol Ⅲ是怎样同时将两条链复制出来
?
前导链和随后链同时合成的工作模型
(六)、DNA连接酶(DNAБайду номын сангаасligase)
▪在复制中起接合双链中单链缺口的作用。
▪半保留复制 ▪双向复制 ▪半不连续复制 ▪方向性和高保真性
(一)、半保留复制 (semi-conservative replication)
AT
GC CG
亲代 DNA
TA
AT
AT
GC CG
G C 子代DNA CG
TA
TA
DNA复制的三种可能方式:
全保留式
半保留式
混合式
DNA半保留复制实验:
半保留复制的意义:
复制
DNA
转录 逆转录
RNA
翻译
蛋白质
复制
第一节 DNA的生物合成
DNA Biosynthesis
复制(DNA指导下的DNA合成)
DNA的生物合成
逆转录(RNA指导下的DNA的合成)
复制(replication):
以母链DNA为模板合成子链DNA的过程。
亲代DNA
复制
子代DNA
一、复制的基本规律
科恩伯格 Arthur Kornberg
▪1959 年获诺贝尔生理学或医学奖
5´ A G C T T C A G G A T A
3´
? | | | | | | | | | | |
3´ T C G A A G T C C T A G C G A C 5´
▪3 5外切酶活性 ▪5 3外切酶活性
3 5外切酶活性
第十章 核酸的生物合成
Nucleic acid Biosynthesis
基 因 (gene):
为蛋白质或RNA编码的DNA功能片段,是以碱基排列 顺序的方式储存的遗传信息。
基 因 组(genome):
某一物种拥有的全部遗传物质,从分子意义上说, 是指全部DNA序列。
中心法则(the central dogma)
领头链
5
(leading strand)
解链方向
3
随从链
(lagging strand)
5
冈崎片段(Okazaki fragment) :
♦1968年日本生化学者冈崎用电镜及放射自显影技术,
观察到DNA复制中出现一些不连续的片段,将这些不 连续的片段称为冈崎片段。 ♦原核生物: 1000~2000个核苷酸 ♦真核生物: 100~200个核苷酸
5’
O
3’
O P O- HO
O-
DNA连接酶
ATP(NAD+)
AMP
5’
O
3’
O P O-
O-
3’ 5’
3’ 5’
小结:
三、真核生物端粒的复制
▪端粒(telomere):
是指真核生物染色体线 性DNA分子末端的结构 部分,通常膨大成粒状。
TTTTGGGGTTTTGGGG…
▪又称解链酶或rep蛋白 ▪利用ATP供能,作用于氢键,使DNA双链解开成为两条单链。 ▪每解开一对碱基,需消耗2分子ATP。
Dna C Dna B
解链方向
(三)、单链结合蛋白(SSBP)
▪在复制中维持模板处于单链状态并保护单链的完整性。
(四)、引物酶(primase)
▪作用:它以单链DNA为模板,以ATP、GTP、CTP、UTP为 原料,从5→3方向合成出RNA片段,即引物。
真核生物: ♦基因组是线性的;
♦染色体DNA有多个复制起始点; ♦两个起始点之间的DNA片段称为复制子(replicon)。
在原核生物双向复制中, DNA被描述为眼睛状。为说明 方便而做的图为形。
oriC
起起 点点
多个起点复制
起起 点点
起
起
点
点
(三)、半不连续复制 (semi-discontinuous replication) 3
▪按半保留复制方式,子代DNA与亲代DNA的碱基序 列一致,即子代保留了亲代的全部遗传信息,体现了 遗传的保守性。
▪遗传的保守性,是物种稳定性的分子基础,但不 是绝对的。
(二)、双向复制 (bidirectional replication)
原核生物:
♦基因组是环状DNA; ♦只有一个复制起始点(origin) 。
▪简称:DNA-pol ▪原核生物的DNA聚合酶:
• DNA-pol Ⅰ • DNA-pol Ⅱ • DNA-pol Ⅲ
N端
DNA-pol Ⅰ
C端
木瓜蛋白酶
小片段
323个氨基酸 5 核酸外切酶活性
大片段/Klenow 片段
604个氨基酸 DNA聚合酶活性 5 核酸外切酶活性
奥乔亚 Severo Ochoa
解链过程中,DNA分子会过度拧紧、打结、缠绕、 连环等现象。
(一)、DNA拓扑异构酶(DNA topoisomerase)
作用:改变DNA分子构象,理顺DNA链,使复制能顺利进行。 分类:拓扑酶Ⅰ(切断DNA双链中一股链)
拓扑酶Ⅱ(切断DNA分子两股链)
拓扑异构酶Ⅰ的作用
拓扑异构酶Ⅱ的作用
(二)、DNA解旋酶(helicase)
(四)、高保真性(高度忠实性)
▪差错率仅为10-9-10-10
?
1、新合成的子链与母链之间碱基配对严格性 2、使用引物RNA 3、DNA聚合酶对底物专一性 4、DNA聚合酶的校对作用 5、DNA修复机制
二、参与DNA复制的主要酶类和蛋白质
DNA复制需要什么
?
模板
酶
底物
引物
主要酶类和蛋白质
♦(一)DNA聚合酶 ♦(二)DNA解旋酶 ♦(三)引物酶 ♦(四)DNA连接酶 ♦(五)单链结合蛋白(SSBP) ♦(六)拓扑异构酶
5´- 3´外切酶活性
5´ 单链缺口
5´- 3´核酸外切 酶水解位点
比较项目
pol I
pol II pol III
分子量 每个细胞的分子统计数 5´-3 ´聚合酶作用 3´-5 ´核酸外切酶 5´-3 ´核酸外切酶 转化率
109,000 400 + + + 1
120,000 100 + + 0 .05