第十章 微生物的分类和鉴定

元音和辅音 元音：a, e, i, o, u. (i 和y 发同一个元音[i] ) 辅音：b, d, f, g, h, j, k, l, m, n, p, r, s, t, v, z
浊辅音—b, d, g, v, j, l, m, n, r, z. 清辅音—p, t, k, f, s, h. 某些字母的读音规则
罗马帝国的国语就是拉丁语。 从公元前八世纪到公元476年罗马帝国的崩溃，拉丁语曾被
应用了一千多年，在科学、宗教与文化方面，尤其是诗歌文 学方面给人类留下了大量不朽著作，从而深刻的影响着当今 的欧洲文化。
随着罗马帝国的灭亡，拉丁语渐渐地向两个方向演变和发 展：
(1) 拉丁语和西班牙、意大利、法兰西、罗马尼亚以及葡 萄牙等国土语相结合而演变成这些国家的国语，即现代拉 丁语系的语言。
名称 发音
[a] [a] [be] [b] [tse] [k] [ts] [de] [d] [e] [e] [ef] [f] [ge] [g] [ha] [h] [i] [i] [jota] [j] [ka] [k] [el] [l] [em] [m] [en] [n]
O o [o] [o] P p [pe] [p] Q q [ku] [k] [kv] R r [er] [r] S s [es] [s] [z] T t [te] [t] U u [u] [u] V v [ve] [v] X x [iks] [ks] Y y [ipsilon] [i] Z z [zeta] [z]
Dictionary of the fungi (ed.9, Kirk, P. M. et al. 2001)
Ainsworth （ed.7, 1983）
Ainsworth （ed.8, 1995）
第四节 微生物的鉴定
微生物鉴定的技术水平有三个不同水平 一、经典分类鉴定方法 二、现代分类鉴定方法 （一）微生物遗传型的鉴定
（二）种的概念：
种是一个基本分类单位，它是一大群表型特征高度相 似、亲缘关系极其接近、与同属内其他种有着明显差 异的菌株的总称。
在微生物中，一个种只能用该种内的一个典型菌株 (type strain)来作具体标本，故这一典型菌株就是该种 的模式种(type species)。
种的定义应建立在遗传物质即DNA鉴定的基础上，把 DNA同源性的大小作为划分种的标准。
蜡状芽孢杆菌荧光变种：
把Bacillus cereus var. fluorescens Laubach
variety
有关学名的其他知识： 1）属名 2）种加词 3）学名的发音 — 拉丁文
拉丁语
拉丁语是公元前八世纪时居住在地中海阿平宁半岛上的拉丁 民族的语言。
拉丁民族在建成罗马城之后，将其版图扩展至几乎整个欧洲， 印度，非洲。这就是历史上的罗马帝国。
③组织分化程度差，一般有发达的菌丝体和各种子实体构造。
④核分裂方式简单，除正常有性生殖外，还有准性生殖（发 生在体细胞间的基因重组方式，从而导致了变异和广泛 适应不同环境的特性）。
⑤真菌细胞色素c的结构比较接近动物而远于植物，它与动 物的差别要大与动物与植物的差异。
（3）真菌界及其有代表性的分类系统 Ainsworth系统（1966年） Ainsworth （ed.7, 1983）的真菌分类系统纲要:
五界系统
二、三域学说及其发展
三域学说(Three Domains Theory)： 1977年C. R. Woese提 出三域学说：（真）细菌域、古细菌域和真核生 物域。
依据：生物的16S和18S rRNA的寡核苷酸测序，并比 较其同源性水平，而提出各个界级分类新系统。
三域学说
内共生学说
第三节 各大类微生物的分类系统纲要
拉丁文有九种词，分变化词与无变化词两大类 。 1）变化词，有性、数、格变化的词类：
名词：aqua, 水 形容词：albus, 白的 代词：tu, 你 动词：signa, 标明 数词：unus, 一 2）无变化词： 副词：non, 不 前置词：cum, 和，用 连接词：et, 和，及 感叹词：o! 噢！
灰色链霉菌 原核生物界
厚壁菌门 ――
枝形细菌纲 放线菌目 链霉菌科 链霉菌属
灰色链霉菌 伯杰氏手册（1984）
八孢裂殖酵母 真菌界 真菌门
子囊菌亚门 半子囊菌纲 内孢霉目 内孢霉科 裂殖酵母属 八孢裂殖酵母 Aingsworth(1971)
二、学名
学名＝ 属名＋种名加词 ＋（首次定名人）＋现名定名人＋定
第一节 通用分类单元
一、种以上的系统分类单元 （一）七级分类单元
界 Kingdom （拉：Regnum）
门Phylum（拉：phylum）或（拉：Divisio） 纲Class（拉：Classis） 目Order（拉：Ordo）
科Family（拉：Familia） 属Genus（拉：Genus） 种Species（拉：Species）
三、亚种以下的分类单元
（一）亚种(subspecies, subsp,ssp.)； （二）变种(variety, var)； （三）型(form)； （四）菌株(stain)：
菌株：任何由一个独立分离的单细胞（或单个病毒粒）繁殖
而成的纯遗传型群体及其一切后代。
一种微生物的每一个不同来源的纯培养物或纯分离物均可称
新种（species nova, sp.nov或nov sp.）:是权威性的 分类、鉴定手册中从未记载过的一种新分离并鉴定过 的微生物。
（三）种的分类地位举例
三种微生物的分类地位举例：
分类单元 界 门 亚门 纲 目 科 属 种
分类系统
海扇脊螺旋体 原核生物界 薄壁菌门
―― 暗细菌纲 螺旋体目 螺旋体科 脊螺旋体属 海扇脊螺旋体 伯杰氏手册（1984）
各种格的用途
①主格(Nominative: nominativus): 主格，主语格
②所有格(genetive: genetivus): 具有英文中“of”的， 或 “belonging to”(属于)之意。
③与格（dative: dativus）：间接宾语格，类似于英文中 的”for” 或”to”（对于）含意。
反应，有无运动，鞭毛着生位置和数目，芽孢的有无及芽 孢着生的部位和形状，细胞内含物，个体发育过程中形态 变化的规律性。 2.在固体培养基上观察菌落的形状、大小、颜色、光泽、粘稠 度、隆起形状、透明度及边比重特征，和水溶性色素、质 地、移动性、气味等。 3.在半固体培养基中观察穿刺接种后的生长及运动情况。 4.在液体培养基中观察生长特征，液体是否混浊及混浊的程度； 液面有无菌膜；管底有无沉淀以及沉淀的形状；管中有无 气泡；培养液中有无颜色变化等。
第十章 微生物的分类和鉴定
微生物分类学(microbial taxonomy) 微生物系统学(microbial systematics) 分类学的三个任务：分类、鉴定、命名 目的：熟知物种多样性；开发和利用物种资源。 第一节 通用分类单元 第二节 微生物在生物界的地位 第三节 各大类微生物的分类系统纲要 第四节 微生物的鉴定
2000— （5 卷） （1）内容丰富、5卷2界(古生菌界和细菌界） （2）分类特点：表型、实用性鉴定指标为主的旧体系向鉴定
遗传型的系统进化分类体系转变
二、真菌的分类系统纲要 （1）菌物与真菌的关系：
（2）真菌自成一界的原因（5要点）
①真菌的营养方式：分解吸收式
②细胞结构和化学成分：独特，如细胞壁主要成分为几丁质； 细胞中无叶绿体；线粒体、核糖体不同于植物。
名Βιβλιοθήκη Baidu份
（ 必要，用斜体排字）
（可省略，均用正体排字）
举例：
金黄葡萄菌 ：
Staphylococcus aureus Rosenback
猪霍乱沙门氏菌 ：
Salmonella cholerae-suis (Smith) Weldin,1927
Bacillus cholerae-suis Smith,1894
为某菌种的一个菌株。 菌株是一个物种内遗传多态性的反映，其数目是无数的。 强调遗传的纯谱系 菌株与克隆的概念相同 同一菌种间的不同菌株的性状差异 自发或人工变异后，应标记新菌株名称 使用菌种时，菌株名称的标记 菌株名称的确定。
第二节 微生物在生物界的地位
一、生物的界级分类学说 (提出的时间、提出者、内容） （一）二界系统；1755 Linne （二）三界系统；1866 Haeckel （三）四界系统；1938 Copeland （四）五界系统；1969 Whittaker （五）六界系统；1949 Jahn （六）三总界五界系统；1979 陈世骧
(2) 拉丁文在中世纪还继续存在，并且在文艺复兴时期又 保留了下来，一直到十八世纪，它作为欧洲各国人民一种 国际上通用的学术语言。当时（十六世纪末期以前）还没 有一个欧洲国家具有发达而又普遍的本国语言能够在外交、 法律、宗教等事务中与拉丁文的优势相抗衡。
大写 小写
A a B b C c D d E e F f G g H h I I J j K k L l M m N n
分类依据：形态特征、培养特征、生理生化特征以及血清学反 应和噬菌体敏感性等。
新分类方法：核酸分析法、数值分类法和DNA体外杂交法等。 一、原核微生物分类系统纲要 1、《伯杰氏鉴定细菌学手册》1923（主编Bergey）
1974 （第八版） 、1994 （第九版） （1）手册中的高级分类单元，有四个门 （2）手册所包括的主要科属 （3) 重要原核微生物类群简介 2、《伯杰氏系统细菌学手册》1984-1989（4卷）
血清学反应的方法同样可应用于病毒的分类，尤其是应用于 噬菌体的分类，具有良好的效果。一般噬菌体都是良好的 抗原，把它注射到动物体内可以产生特异性抗体。噬菌体 和抗体间的反应和其他常见的抗原抗体反应相似。
二、现代分类鉴定方法
（一）微生物遗传型的鉴定
1. DNA碱基比例的测定：（G+C）mol%，DNA分子中G和 C所占的摩尔百分比。 2. 核酸分子杂交法：按照碱基的互补配对原理，用人工方法 对两条不同来源的单链核酸进行复性，以构建新的杂合双 链核酸技术。 3. 16SrRNA寡核苷酸编目分析 4. 微生物全基因组序列测定
④受格(accusative: accusativus)：直接宾语格。
⑤工具格(Ablative: ablativus)：夺格，媒介格，具有英文 中”with”（和），或”by”（用，被），”in” （在），”from”（从）等的意义。
⑥呼格(vocative: vocativus)：称呼时用的格，植物拉丁文中 不用。
1、DNA碱基比例的测定 2、核酸分子杂交法 3、16SrRNA寡核苷酸编目分析 （二）细胞化学成分的鉴定 三、数值分类法
菌种鉴定工作的步骤：
1、获得该微生物的纯培养物 2、测定一系列必要的鉴定指标 3、查找权威性的菌种鉴定手册
一、经典分类鉴定方法
(一) 形态特征：包括个体形态和群体形态(即培养特征) 1.在显微镜下观察细胞的形状、大小及排列情况，革兰氏染色
Dictionary of the fungi (Hawksworth, D. L. et al. 1983) 两大门（粘菌门和真菌门），真菌门又分五亚门。
Dictionary of the fungi (ed. 8, Hawksworth, D. L. et al. 1995) 真核生物域：原生动物、假菌界、真菌界
(二) 生理生化特性
1.营养要求：可根据微生物对营养的不同利用能力来区别微生 物。试验多种营养能否被微生物作为碳源和能源利用，以及 微生物对一定有机化合物或CO2的利用能力。对于氮源来讲， 看其是取自蛋白质、蛋白胨、氨基酸或铵盐、硝酸盐，还是 大气中的游离氮。
2.代谢产物：不同的微生物，因生理特性的不同而产生不同的 代谢产物。因此，检查微生物的代谢产物，可以用来鉴别不 同的微生物。在培养基中检查微生物是否形成有机酸、酒精、 气体与类似的物质；能否与解色氨酸产生吲哚；是否产生色 素或其他物质，如抗生素等。
3.酶：产酶的种类何反应特性等。
4.对药物的敏感性。
（三）血清学反应
有时确定微生物的种，尤其是亚种，仅依据形态、生理生化 等特征很难区别开。因此，常借助于血清学反应。
在微生物分类鉴定中，应用血清学反应的基本原理，是用已 知菌种、型或菌株制成抗血清，然后根据它们与待鉴定微 生物是否发生特异性的血清学反应，来确定未知菌种、型 或菌株。