用ClustalX做多序列比对分析

用ClustalX做多序列比对分析图示

1、打开程序

如下图所示：

2、Load Sequnce, 载入序列

如下图所示：

fasta格式的文件关键不在于文件名的后缀是什么，而是在于序列的格式。fasta的格式是：

1、第一行以>开头，紧接着序列的注释和描述。

2、第二行是纯序列atgcg....

其他序列再起一行，如此下去就可以了。

如：

>seq1 |this is a example

atgattggaacttgacgt....

>seq2 |this is another example

ttgagttgaccgtgacgtgag.....

3、选择序列文件，FASTA格式的

如下图所示：

4、用文本编辑器察看FASTA序列文件容，这里用的是记事本，推荐用EditPlus或者Ultraedit

如下图所示：

5、序列Load进去之后如下图所示：

6、Do Complete Alignment, 通常情况下直接选这个即可，无须修改比对参数

如下图所示：

7、点Do Complete Alignment之后弹出的文件对话框，.dnd的是输出的指导树文件，.aln的是序列比对结果，它们都是纯文本文件

如下图所示：

点“ALIGN”之后开始等待，如果序列不多，很快就可以算完，如果数据很多，可能要等一段时间，这时候可以用眼睛盯着ClustalX的状态栏，那里会有程序运行状态和现在正在比对那两条序列的提示信息，看看可以消磨时间。。。

8、比对结束之后，我们可以看到这个结果

如下图所示：

9、这时候我们可以发现ClustalX已经生成了.dnd和.aln两个文件，仍然用文本编辑器打开来看，这时.aln文件，这个文件可以用Mega2做进一步的bootstrap进化树分析

如下图所示：

10、这是.dnd文件（指导树）

如下图所示：

11、可以用Treeview打开dnd文件，看上去就像这样子如下图所示：