多重序列比对
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安徽大学生命科学学院
GenBank
National Center for Biotechnology Information (NCBI) National Library of Medicine National Institutes of Health http://www.ncbi.nlm.nih.gov/
安徽大学生命科学学院
蛋白质序列数据库
世界主要蛋白质序列数据库
(2) SwissProt
1986年始创于瑞士日内瓦大学 ，现由瑞士生物信息学研究所(SIB)和 欧洲生物信息学研究所(EBI)共同管理和维护。
( http://www.expasy.ch/sprot/ )
SwissProt数据库的特点：所有序列条目经过专家核实，可靠性与可 信度高；注释详细，包括蛋白质的功能、序列及结构域的结构、翻译后 修饰及其位点、突变体等
生物信息技术应用
分子序列比对分析
Sequence alignment
Contents
1 序列数据库
2 成对序列比对与BLAST工具 3 多重序列比对与Clustal工具
4 序列比对的应用
安徽大学生命科学学院
1 序列数据库
基本类型： 初级数据库 收录、存储序列的基本数据资源，如核酸（蛋白质）序列、 蛋白质空间结构及基因组信息。 次级数据库 在初级库资源基础上进行整理和标注，为特定专业领域服 务的派生数据库，如表达序列标记、微列阵（基因芯片）、 代谢和信号途径、遗传疾病数据库、免疫数据库等等。
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核酸序列数据库
以核苷酸顺序及注释信息为基本内容的数据库 世界三大核酸数据库
1. GenBank in USA ( http://www.ncbi.nlm.nih.gov ) 2. EMBL in Europe ( http://www.ebi.ac.uk/embl ) 3. DDBJ in Japan ( http://www.ddbj.nig.ac.jp ) 1998年，GenBank, EMBL, DDBJ共同成立国际核酸序列数据库协会 (INSDC, http://www.insdc.org )，实现了全球范围内的核酸序列的同步更 新和交换互享。
( http://pir.georgetown.edu/ ) 1988年，日本国际蛋白质信息库(JIPID)和德国慕尼黑蛋白质序列信 息中心(MIPS)加入PIR，合作成立了国际蛋白质信息中心（PIRInternational）。PIR为较全面和权威注释的蛋白质数据库，具有非冗余、 高质量注释和分类全面等特点。
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蛋白质序列数据库
全球统一的蛋白质序列与功能数据库
UniProt (Universal Protein Resource, 通用蛋白质资源)
( http://www.uniprot.org/ ) 2002年，PIR、SIB、EBI合并了分属其下的PIR-PSD、Swiss-Prot和 TrEMBL数据库，形成了统一的蛋白质数据库UniProt 截止2008年8月，UniProt共收录蛋白质序列 6,462,751个
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生物大分子结构数据库
以生物大分子各原子空间信息为基本内容的数据库
给定序列的蛋白质如何折叠为稳定、具一定生物功能的三维结构？ 信息来源：对蛋白质晶体的X射线衍射、核磁共振及冷冻电镜分析
主要数据库：美国Brookhaven国家实验室的PDB (Protein Data Bank,
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GenBank
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/
全球著名的生物信息综合数据库
GenBank（1982年成立）包含所有已知的核苷酸及蛋白质序列以及与
之相关的生物学信息和参考文献，现由美国生物技术信息中心（NCBI， 成立于1988年）管理维护，是世界上的权威序列数据库。
数据库序列的来源为作者直接递交或间接查寻文献所得，并与世界上
其他公开发行的数据库，如EMBL，DDBJ交换每日更新的数据。
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GenBank
GenBank 核酸数据库的增长（1982-2008）
Fra Baidu bibliotek
截止2008年2月，GenBank 共收录核酸序列近8300万条， 约860亿碱基对，来自26万余种生物
NCBI 数据库检索系统 Entrez
Entrez为基于万维网 的NCBI数据库检索 系统，通过输入关 键词，运用布尔算 符，可在NCBI所有 数据库中进行文本 搜索。
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GenBank
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/ Home page
安徽大学生命科学学院
NCBI 数据库检索系统 Entrez
Entrez为基于万维网的NCBI数据库检索系统，通过输入关 键词，运用布尔算符，可在NCBI所有数据库中进行文本搜 索。
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1971年成立) 联合MSD-EBI、PDBj，于2003年组建全球共享的worldwide PDB (wwPDB)
( http://www.wwpdb.org/ )
截止2008年8月，共收录蛋白质结构52684个 http://www.rcsb.org/pdb
Research Collaboratory for Structural Bioinformatics
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蛋白质序列数据库
世界主要蛋白质序列数据库
(3) TrEMBL (translation of EMBL)
建立于1996年，是从EMBL中的cDNA序列翻译得到的蛋白质数据库。 相似的还有GenPept (GenBank)数据库。
TrEMBL、GenPept数据库的特点：序列条目来自核酸序列库的翻译， 即时性强；但未经专家的注释、分析和核实，因而错误率和冗余度都较 高。
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蛋白质序列数据库
以蛋白质氨基酸顺序及注释信息为基本内容的数据库 世界主要蛋白质序列数据库
(1) PIR-PSD (Protein information resource-protein sequence database)
founded by NBRF of USA (美国国家医学研究基金会) in 1984
GenBank
National Center for Biotechnology Information (NCBI) National Library of Medicine National Institutes of Health http://www.ncbi.nlm.nih.gov/
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蛋白质序列数据库
世界主要蛋白质序列数据库
(2) SwissProt
1986年始创于瑞士日内瓦大学 ，现由瑞士生物信息学研究所(SIB)和 欧洲生物信息学研究所(EBI)共同管理和维护。
( http://www.expasy.ch/sprot/ )
SwissProt数据库的特点：所有序列条目经过专家核实，可靠性与可 信度高；注释详细，包括蛋白质的功能、序列及结构域的结构、翻译后 修饰及其位点、突变体等
生物信息技术应用
分子序列比对分析
Sequence alignment
Contents
1 序列数据库
2 成对序列比对与BLAST工具 3 多重序列比对与Clustal工具
4 序列比对的应用
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1 序列数据库
基本类型： 初级数据库 收录、存储序列的基本数据资源，如核酸（蛋白质）序列、 蛋白质空间结构及基因组信息。 次级数据库 在初级库资源基础上进行整理和标注，为特定专业领域服 务的派生数据库，如表达序列标记、微列阵（基因芯片）、 代谢和信号途径、遗传疾病数据库、免疫数据库等等。
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核酸序列数据库
以核苷酸顺序及注释信息为基本内容的数据库 世界三大核酸数据库
1. GenBank in USA ( http://www.ncbi.nlm.nih.gov ) 2. EMBL in Europe ( http://www.ebi.ac.uk/embl ) 3. DDBJ in Japan ( http://www.ddbj.nig.ac.jp ) 1998年，GenBank, EMBL, DDBJ共同成立国际核酸序列数据库协会 (INSDC, http://www.insdc.org )，实现了全球范围内的核酸序列的同步更 新和交换互享。
( http://pir.georgetown.edu/ ) 1988年，日本国际蛋白质信息库(JIPID)和德国慕尼黑蛋白质序列信 息中心(MIPS)加入PIR，合作成立了国际蛋白质信息中心（PIRInternational）。PIR为较全面和权威注释的蛋白质数据库，具有非冗余、 高质量注释和分类全面等特点。
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蛋白质序列数据库
全球统一的蛋白质序列与功能数据库
UniProt (Universal Protein Resource, 通用蛋白质资源)
( http://www.uniprot.org/ ) 2002年，PIR、SIB、EBI合并了分属其下的PIR-PSD、Swiss-Prot和 TrEMBL数据库，形成了统一的蛋白质数据库UniProt 截止2008年8月，UniProt共收录蛋白质序列 6,462,751个
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生物大分子结构数据库
以生物大分子各原子空间信息为基本内容的数据库
给定序列的蛋白质如何折叠为稳定、具一定生物功能的三维结构？ 信息来源：对蛋白质晶体的X射线衍射、核磁共振及冷冻电镜分析
主要数据库：美国Brookhaven国家实验室的PDB (Protein Data Bank,
安徽大学生命科学学院
GenBank
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/
全球著名的生物信息综合数据库
GenBank（1982年成立）包含所有已知的核苷酸及蛋白质序列以及与
之相关的生物学信息和参考文献，现由美国生物技术信息中心（NCBI， 成立于1988年）管理维护，是世界上的权威序列数据库。
数据库序列的来源为作者直接递交或间接查寻文献所得，并与世界上
其他公开发行的数据库，如EMBL，DDBJ交换每日更新的数据。
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GenBank
GenBank 核酸数据库的增长（1982-2008）
Fra Baidu bibliotek
截止2008年2月，GenBank 共收录核酸序列近8300万条， 约860亿碱基对，来自26万余种生物
NCBI 数据库检索系统 Entrez
Entrez为基于万维网 的NCBI数据库检索 系统，通过输入关 键词，运用布尔算 符，可在NCBI所有 数据库中进行文本 搜索。
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GenBank
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/ Home page
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NCBI 数据库检索系统 Entrez
Entrez为基于万维网的NCBI数据库检索系统，通过输入关 键词，运用布尔算符，可在NCBI所有数据库中进行文本搜 索。
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1971年成立) 联合MSD-EBI、PDBj，于2003年组建全球共享的worldwide PDB (wwPDB)
( http://www.wwpdb.org/ )
截止2008年8月，共收录蛋白质结构52684个 http://www.rcsb.org/pdb
Research Collaboratory for Structural Bioinformatics
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蛋白质序列数据库
世界主要蛋白质序列数据库
(3) TrEMBL (translation of EMBL)
建立于1996年，是从EMBL中的cDNA序列翻译得到的蛋白质数据库。 相似的还有GenPept (GenBank)数据库。
TrEMBL、GenPept数据库的特点：序列条目来自核酸序列库的翻译， 即时性强；但未经专家的注释、分析和核实，因而错误率和冗余度都较 高。
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蛋白质序列数据库
以蛋白质氨基酸顺序及注释信息为基本内容的数据库 世界主要蛋白质序列数据库
(1) PIR-PSD (Protein information resource-protein sequence database)
founded by NBRF of USA (美国国家医学研究基金会) in 1984