基于端粒G-四链体受体构建具有抗肿瘤药效团模型

作用方法
配体通过结合/稳定端粒G-四 链体DNA可以抑制端粒酶延 长端粒DNA，从而抑制了癌 细胞赖以生存的端粒维持机 制。
02 / 计算方法
二级标题
端粒G-四链体的受体配体复合物来源于文献的报道，为分子间的G-四链体四聚 体结构，由4条富含鸟嘌呤的DNA单链构成。 其三维结构(PDBID：2JWQ)下载至Protein Date Bank(PDB)数据库。 软件采用美国Accelrys研发的专业生命科学分子模拟。 软件Discovery Studio 3．5中的Structure Based Pharmacophore模块。
03 / 结果与讨论
3.1药效团模型的构建 在初次构建相互作用模型之 后，20个以内药效团特征元素是 一个比较合理的数目。 然后对药效团特征元素进行 聚类分析后，Acceptor 12个、 Donor 10个、Hydrophobe 8个。 去除离活性位点较远的药效团元 素；根据选取的原子产生排除体 积，最终得到一个含有排除体积 的基于端粒G-四链受体的药效团 模型
03 / 结果与讨论
3.2药效团模型的验证 在使用药效团模型之前，必 须对其进行验证，考察18个药效 团特征元素中比较关键的元素。 然后构建含有8个活性分子和 9个非活性分子的测试集来验证药 效团模型。 若模型匹配出的越多活性化 合物越多，非活性化合物越少， 表明模型的区分能力越强。
03 / 结果与讨论
基于端粒G．四链体受体构建具有抗 肿瘤功效的药效团模型
演讲：XXX
13生信班
2016年10月25日
目录
1 2 3 4 背景介绍 计算方法
结果与讨论
结论
01 / 背景介绍
G-四链体 G-四链体 端粒G-四链体DNA
是一种由端粒末端富 含鸟嘌呤的DNA序列通过 自身组装形成的一种特殊的 二级结构。
G-四链体结构存在于人体基因组 的某些重要部位，如染色体端粒 、部分癌基因等。研究表明，能 够诱导富含G序列DNA形成G． 四链体或稳定G一四链体结构的 小分子配体，可以干扰端粒的生 物功能，并通过抑制端粒酶活性 或降低癌基因转录表达可以达到 抑制肿瘤的效果。
03 / 结果与讨论
3.1药效团模型的构建 首先进行受体配体复合物的导 入，通过复合物的信息可以看到 其共有2个结合口袋。分别用不同 颜色标注活性口袋周围的残基。 蓝色表示活性位点l、绿色表 示活性位点2，中间灰色球状物体 为配体MMQ，灰红色相间的为另 2条DNA链。
03 / 结果与讨论
3.1药效团模型的构建 用Receptor-Ligand Interactions—Define and Edit Binding Site完成了受体分子的选 取，供下一步使用。然后通过 Pharmacophore—Edit and Cluster Pharmacophore Features 自动产生Leabharlann Baidu效团特征元素(图 2)，包括氢键受体(Acceptor)、氢 键供体(Donor)及疏水特征 (Hydrophobe)，此次产生了大量 的药效团特征元素。
3.2药效团模型的验证 在使用药效团模型构建之后 最后筛选出test_29，能够与 SBP01药效团模型匹配最好。 纵坐标test开头表示活性分子， 横坐标zinc开头是非活性分子。
01 / 结论
本文首先基于端粒G-四链体受体初步构建了药效团模型 ，验证结果显示：8个活性分子中7个能与药效团模型相匹配， 9个非活性分子中只有1个能与药效团模型相匹配； 这说明此药效团模型的区分能力很好。通过上述实验，最 终得到一个基于受体的药效团模型SBP01，这个模型能够用于 天然产物数据库的高通量虚拟筛选。为发现抗肿瘤药物设计的 先导化合物提供理论基础。