用比较蛋白质组学

用比较蛋白质组学技术筛选口腔黏 膜上皮细胞体外癌变的相关蛋白
文生085-1 翟双
目的：探讨口腔黏膜上皮细胞在体外癌变不同阶段 表达的差异蛋白质。
方法：以口腔黏膜上皮细胞体外癌变模型 为对象，采用双向凝胶电泳技术和图像分 析软件PDQuest分离和分析不同阶段细胞 间的差异蛋白质点，采用LC-MS/MS质谱分 析系统鉴定差异蛋白质点，采用Gene Ontology Annotation将已知差异蛋白质进 行分类。
根据蛋白质的功能，将其中的已知差异蛋白质采 用GO注释(Gene Ontology Annotation)的分类方 法。Gene Ontology(GO)是GeneOntology Consortium建立起来的数据库，旨在建立一个适 用于各种物种、对基因和蛋白质功能进行限定和 描述、并随着研究的不断深入而更新的语言词汇 标准。GO是多种生物学本体论语言中的一种，作 为一种整合性分类系统，提供了3层结构的子层次， 用于描述基因及其产物的功能，包括细胞组成、 分子功能及生物过程。
差异蛋白质点的鉴定
以1号差异蛋白质点为例，经过胶内酶解、收集、 提取、浓缩和除盐后，采用LC-MS/MS鉴定肽段， 其总离子流图(图3)提示具有相对高丰度的肽段， 经过MS/MS分析，得到相应的肽段序列
将所有鉴定出的肽段序列，经过Bioworks软件搜 索IPI hu-man蛋白质数据库，确定吻合率最高的 蛋白质为候选差异蛋白质，即Calcyclin(S100A6)。 其中，与Cal-cyclin蛋白质吻合的肽段数有14条， 排除重复的肽段，独特性的肽段数有6条，这6条 肽段与Calcyclin氨基酸序列 (MACPLDQAIGLLVAIFHKYSGKEGDKNTLSKK ELKELIQKELTIGPKLQDADIAKLMDDLDRNKD QVVNFQEYVTFLGALALIYNDALKG，黑色横线 部分为吻合的氨基酸序列组合)吻合率达到 36.67%
2-DE分离、分析 HIOEC、HB56和 HB96细胞之间的差异 蛋白质点双向凝胶电 泳结束后，2-DE胶通 过银染，可以较好地 显示HIOEC、HB56和 HB96细胞蛋白质点的 分布情况
筛选HIOEC、HB56和 HB96细胞之间的差异 蛋白质点
采用PDQuest分析软件对HIOEC、HB56和HB96 细胞之间进行两两比较，选择蛋白质丰度差异倍 数在5倍以上的蛋白质点，并与原始2-DE胶进行 比对，合并重复的蛋白质点，共得到用于进一步 质谱分析的差异蛋白质点54个，其中位于HIOEC 细胞2-DE胶的差异蛋白质点29个，位于HB56细 胞2-DE胶的差异蛋白质点3个，位于HB96细胞2DE胶的差异蛋白质点22个
最终的候选差异蛋白 质汇总起来有45个。 在45个差异蛋白质中， 位于HIOEC细胞双向 凝胶电泳胶中的差异 蛋白质有26个
鉴定蛋白质的分类
根据蛋白质的功能，将以上鉴定出的已知 差异蛋白质进行分类，采用的分类方法是 GO注释(Gene O-tology Annotation)，主要 分为3大类Βιβλιοθήκη Baidu分别与细胞组成(cellular component)、分子功能(molecular function) 和生物过程(biologic process)相关