常用工具软件和生物信息学资源

功能名称
功能
Blastn 用核酸序列 搜索 核酸序列数据库
Blastp 用蛋白质序列 搜索 蛋白质序列数据库
Blastx 用核酸序列 (翻译成蛋白质) 搜索 蛋白质序列数据库
TBlastn 用蛋白质序列 (翻译成核酸) 搜索 核酸序列数据库
Tblastx
用核酸翻译的蛋白质序列搜索核酸翻译的蛋白质序列数据 库
NCBI
• 美国国家生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information)，NCBI管理着包括GenBank在内的一批数据库,如 UniGene、dbSNP、COG、LoccusLink、OMIM和MMDB等。它提供 Entrez数据库检索工具、BLAST数据库序列搜索等服务。
• GenBank :核酸数据库 • PubMed: 文献数据库
• BLAST ：“局部相似性基本查询工具”(Basic Local Alignment
Search Tool)的 缩写，Blast是NCBI研制的一个生物基因数据库系统 的查询工具，功能强大，检索速度快，流行于世界上几乎所有的 生物信息中心。
• Analyze • sequΒιβλιοθήκη Baiduncing Primers
（６）简并引物设计
• Aligment分析后, 手工设计
６．多重序列联配
4. ORF 酶谱分析
OK, OK
5.引物设计一:手工设计
P-设计
5.引物设计二:自动设计
• (1)选中所有序列 • (2) AnalyzeFind PCR Primers
(3) 检测引物
(4)克隆引物
酶切位点 和 保护碱基 需要手工加上去！
（５）测序引物
1.从GenBank下载目的基因序列
2. Vector NTI 8.0数据输入
打开软件
新建子目录
数据输入
3. ORF分析----线形化
在图形处，右键单击
提取 RRSV-S6-ORF 序列
• (1) Ctrl + C • (2) 打开TXT文挡 • (3) Ctrl + V • (4) 保存
分子生物学常用综合软件
• GCG : GCG包含130多个与分析有关的程序。有6种重要生物数据 库随程序包一起提供，并由GCG公司负责每两个月更新一 次。对DNA和蛋白质分析而言,GCG软件包是功能最强大， 使用最广泛的计算机程序之一。一般以网络版服务器提供 服务。主要功能：a) 限制性酶切图谱 b) 多序列对比 c) DNA到蛋白质的翻译 d) 蛋白质分析 e) 数据库搜寻 f) PCR引 物设计
• Vector NTI :
功能与GCG相似，单机版提供服务。它以美观的界面， 友好的操作方法在分子生物学界享有盛誉。
• >name tttttacg
Fast A格式
Vector-NTI 7.1的使用
学习内容提纲
• 1.从GenBank下载目的基因序列 • 2.Vector NTI 8.0数据输入 • 3. ORF的分析 • 4. 基因酶谱分析 • 5.引物设计 • 6.同源性分析