Canoco基本操作
崔玉洁 Canoco 4.5 教程
此笔记为自己在学习过程中积累过程，描述了许多被忽略的小细节，留做自己复习资料！崔玉洁2016-11-31. 概述入门CANOCO for Window带有比较全面的排序方法。
核心部分是基于线性模型的PCA和RDA，基于单峰的模型的CA,DCA和CCA。
在这些基本排序方法基础上，CANOCO也可以做CVA（典范变量分析）,PCoA（主坐标分析）。
The Canoco for Windows 4.5 软件包主要包含以下几个模块：图安装程序显示主要模块1）Canoco for Windows：软件包的核心，用来指定要分析的数据和排序模型，排序方法以及分析结果的查看等基本操作命令均被集中在该模块的对话框中2）WcanoImp：将以电子表格形式（Excel 等）保存的外部数据转化为CANOCO 识别的形式3）CanoDraw 4.0 for Windows：用来绘制各种类型的排序图，同时也可以生成多种等值线和回归模型图，并进一步深层次发掘排序结果，该模块可以直接从主程序界面工具栏激活4）CanoMerge：合并Canoco 识别的dta 类型数据文件，并可以将数据文件以带制表分隔符的文本形式输出（基本常用统计软件均兼容该类型文件），同时该模块具有滤掉低频率物种的功能5）PrCoord这个程序是CANOCO的核心。
通过使用它，你可以指定要分析的数据和排序模型，选择分析的类型。
你也可以选定一部分的被解释的变量和环境因子进入分析，也可以任意改变样方或物种的权重。
所以这些选择都被集中在CANOCO程序的对话框中。
1.1 WcanoImp使用在整理原始数据时由于环境因子，物种的量纲存在较大差异，一般采用LOG(X+1)的方式对数据去量纲，缩小数据变化范围。
在使用WcanoImp时，先在excle中先复制SPECIES 数据（图），使得数据进入粘贴板，然后打开WcanoImp，点击SAVE……，后缀加上.dta,使得后续数据处理时可自动识别该文件。
CANOCO之CCA排序(中文完整版)
Canoco for Windows 4.5 之 CCA 排序以下为软件使用的详细步骤，具体探讨如何使用Canoco forWindows 4.5软件包完成Canon ical Corresp on de nee An alysis （CCA ） 分析，软件包的大部分程序都将在步骤中涉及， 鉴于分析中所采用的公用数据集， 大家可以基于Canoco 测试版重做这些分析。
（提醒：Canoco测试版默认安装路径为C:\Canoco ，如果您在别的地方重新安装， 请恰当的调整文件夹路径。
）步骤共划分为四个过程 :借助WCanolmp 导入电子表数据借助 Canoco for Windows 进行 CCA 排序 借助CanoDraw 画出排序图 修正Ca noDraw 排序图亠、借助 WCanoImp 导入电子表数据图1从快捷菜单中打开 WCa noImp2•此时，WCan olmp 程序已经开始运行，这里我们选择保存数据为 Con de nsed 格式（如果数据包括很多0值的话，而且这对于物种数据还很常见，那么浓缩格式可以节省文件空间）。
核对以下选项后，就可以点击保存按钮了（见图2 ）。
1. 打开路径 C:\Ca no co\Samples\du ne_en v.xls 形式。
在Excel 表中，要选择整个矩形区域的数据， 样本名称），然后复制数据到剪贴板（也可使用 中的Excel 文件，当然也可以使用其他可读 包括第一行 （含变量名称）和第一列 （含Excel 中的Edit f Copy 菜单命令），之后，从快捷菜单中打开Canoco for Win dows 的子采单WCa noImp （见图 1）AVM™FT£i-图2 Weanolmp的文件保存3•此时出现一个文件选择框，选择文件路径为C:\Ca no co'Samples ，同时输入文件名duneenv2.dta，此时不要输入duneenv.dta，因为这个文件已经存在，如果你保存的话将会覆盖（当然前提需要你的确认），之后，点击“ Save ”按钮。
CANOCOCCA分析最简明教程
Canoco基本操作
1、打开excel文档，如下图所示，包含环境变量（12个）和生物因子（7种N转化生物）。
共是12个处理，每个处理三个重复，总共是36个土壤样品。
然后打开canoco 软件中WcanoIMP，如下图所示。
然后选中save in condensed format，分别选中环境变量和生物因子（包括前面的数字），点击复制，然后点击save。
保存形成两个dat文件
这俩文件都可以用文本文档打开
此时打开canoco 软件，得到下面的界面。
点击project如图，选择species and environmental date available、
3．点下一步后，有三个brown窗口，前2个分别选择environ.dta 和species.dta. 第三个选择软件自带合适的处理方法（如CCA和RDA等）。
本文是选用CCA分析。
一直下一步，
这里选择both above tests
我这个软件只能在xp上用，windows7 里面运行回报vf错误,但是可以用RunAsDate.exe帮忙，百度搜索绿色版，完美可用。
但作图没问题
5．点击create 窗口，如下图所示。
得到最后的结果。
保存
然后create-。
canoco4.5中文教程
Canoco for Windows 4.5 中文简明教程2009-9第一章 CANOCO简介一 软件功能Canoco for Windows 是新一代的 CANOCO 软件，是生态学应用软件中用于约束与非约束排序的最流行工具。
Canoco for Windows 整合了排序以及回归和排列方法学，以便得到健全的生态数据统计模型。
Canoco for Windows 包括线性和曲线单峰方法。
使用 Canoco for Windows 进行排序，能够洞察：● 生物群落结构● 植物与动物群落以及它们的环境之间的联系● 一个对环境和(或)其生物群落的假设冲击所能造成的影响● 在生物群落上进行的复杂生态学和生态毒理学实验的相关处理所能造成的影响一个排序被计算出来后，排序图可以立即显示在显示器上。
Canoco 具体独特的能力，可以说明用协变量表示的背景变异，而用它的扩展工具来进行排列测试，包括测试的互动效果。
这些独特的特性使得Canoco for Windows 能特别有效的解决应用研究方面的问题。
二 软件模块The Canoco for Windows软件包主要包含以下几个模块：● Canoco for Windows：软件包的核心，用来指定要分析的数据和排序模型，排序方法以及分析结果的查看等基本操作命令均被集中在该模块的对话框中● WcanoImp：将以电子表格形式（Excel等）保存的外部数据转化为CANOCO识别的形式● CanoDraw 4.0 for Windows：用来绘制各种类型的排序图，同时也可以生成多种等值线和回归模型图，并进一步深层次发掘排序结果，该模块可以直接从主程序界面工具栏激活● CanoMerge：合并Canoco识别的dta类型数据文件，并可以将数据文件以带制表分隔符的文本形式输出（基本常用统计软件均兼容该类型文件），同时该模块具有滤掉低频率物种的功能● PrCoord：对特定数据集进行主坐标分析以及冗余分析三 统计方法这里只简要阐述CANOCO具有的统计分析方法，不做赘述，后面章节将详细论述操作步骤。
Canoco+for+Windows+4.5+中文简明教程
Canoco for Windows 4.5 中文简明教程2009-9第一章 CANOCO简介一 软件功能Canoco for Windows 是新一代的 CANOCO 软件，是生态学应用软件中用于约束与非约束排序的最流行工具。
Canoco for Windows 整合了排序以及回归和排列方法学，以便得到健全的生态数据统计模型。
Canoco for Windows 包括线性和曲线单峰方法。
使用 Canoco for Windows 进行排序，能够洞察：● 生物群落结构● 植物与动物群落以及它们的环境之间的联系● 一个对环境和(或)其生物群落的假设冲击所能造成的影响● 在生物群落上进行的复杂生态学和生态毒理学实验的相关处理所能造成的影响一个排序被计算出来后，排序图可以立即显示在显示器上。
Canoco 具体独特的能力，可以说明用协变量表示的背景变异，而用它的扩展工具来进行排列测试，包括测试的互动效果。
这些独特的特性使得Canoco for Windows 能特别有效的解决应用研究方面的问题。
二 软件模块The Canoco for Windows软件包主要包含以下几个模块：● Canoco for Windows：软件包的核心，用来指定要分析的数据和排序模型，排序方法以及分析结果的查看等基本操作命令均被集中在该模块的对话框中● WcanoImp：将以电子表格形式（Excel等）保存的外部数据转化为CANOCO识别的形式● CanoDraw 4.0 for Windows：用来绘制各种类型的排序图，同时也可以生成多种等值线和回归模型图，并进一步深层次发掘排序结果，该模块可以直接从主程序界面工具栏激活● CanoMerge：合并Canoco识别的dta类型数据文件，并可以将数据文件以带制表分隔符的文本形式输出（基本常用统计软件均兼容该类型文件），同时该模块具有滤掉低频率物种的功能● PrCoord：对特定数据集进行主坐标分析以及冗余分析三 统计方法这里只简要阐述CANOCO具有的统计分析方法，不做赘述，后面章节将详细论述操作步骤。
CANOCO 软件的使用简单教程
4.3 决定排序的模型：单峰还是线性（Deciding on the ordination
4.2 CANOCO 典型分析流程图（Typical flow-chart of data analysis with Canoco for Windows）
输数据到电子 表格里
用 WCanoImp 将数 据转换为 Canoco 能识别格式文件
选择合适的模型 并进行排序分析
决定作图
数或列数两者均超过 255 个变量很有用，能够拼接起来。如果你的数据列数超过了 255 列，就可以分割为多个文件，注意，最好每个文件行数一样，而且行数最好是 代表样方。分别将这些分割开的表格用 1.7 节介绍的方法，转化一个个单独文件， 然后利用 CanoMerge （如图 4-1）将几个文件合成一个新的文件。“Add file” 是添 加文件的按钮，把需要合成的文件加进来，然后按 Merge 按钮，给新的文件名字， 就可以了。 2) 可以用来将您的数据文件输出带制表符分隔的 ASCII（文本）文件。这个功能是非常 有用的，特别是如果您的数据因为太大而不适合存在 Excel 表格里。而制表符格式文 件可以被常有统计软件包直接应用。你直接将需要转为文本文件的数据文件用 add files 按 钮 选 到 对 话 框 ， 然 后 选 中 对 话 框 最 底 下 的 选 项 “ Write merged table in TAB-separated values format” （图 4-1），按下“Merge”按钮，即可生成文本文件。 3) 最后一个功能是可以过滤掉一些低频率的物种。在“Exclude variables with less than X positive values”中的框中填上一个数字（图 4-1），这个数字代表如果一个物种所存 在的样方少于 X 个，将被剔除出去。这个功能是相当有用的，因为在 Canoco 程序里 面，尽管你可以任意剔除任一变量，也可以用“downweighting of rare species”来减 少稀少种的权重，但都是很盲目的，无量化的标准。而 CanoMerge 程序中这个选项 可以让你有目标地剔除一些低频率的物种。
Canoco5.0软件应用.pptx
排序分为两类。一是群落排序，用植物群落本身属性（如种的出现与否， 种的频度、盖度等），排定群落样地的位序，称为连接排序，又称间 接梯度分析或者组成分析。另一类排序是利用环境因素的排序，称为 直接排序，又称为直接梯度分析或者梯度分析，即以群落生境或其 中某一生态因子的变化，排定样地生境位序。
③ 典范轴/约束性轴canonical axis:受到自变量与因变量约束 的坐标轴。
④ 蒙特卡洛检验Monte Carlo methods:检验是否显著 ⑤ 简单效应与边界效应simple/conditional effect ⑥ 前向选择forward selection：剔除自变量的多重共线性
3 CANOCO 5.0使用
3. 作图
双标图
步骤-以冗余分析RDA为例
1，数据准备，最好在一个excel文件中准备两个sheet表格，一个是物种变量数据，一个是环境变 量数据，注：行数应该一样即样方数一样。
2，打开canoco5.0软件，数据导入： File->Import project->from Excel 打开数据导入对话框导入物种数据(同时兼容可以导入5.0之前的数
提纲
1 为什么需要排序？ 2 排序的含义 3 CANOCO 5.0使用
1 为什么需要排序？
当考察植物或动物群落沿着一系列环境条件下的变化 情况，我们经常发现在不同条件的群落不仅物种组成 变化很大，而且这些变化往往具有连续性和可预测性。
通过排序分析，我们可以认识群落格局，也可以 将排序轴跟我们已知的环境条件联系起来，看是否代 表某一环境梯度。当然，也许我们必须用统计手段来 检验排序轴到底是否真能代表环境因子的梯度。
CANOCO 软件的使用简单教程
基于 CANOCO 的生态学数据的多元统计分析 Jan Leps, Petr Smilauer 著 赖江山 编译 方法的局限性。就是 CA 的第二排序轴在许多情况下是第一轴的二次变形，即所谓的“弓形 效应”（Arch effect）或者“马蹄形效应”（Horse—shoe effect）。样方在第二轴上的坐标与第 一轴的坐标是二次曲线关系，这是正交化的必然结果（Gauch 1982）。
当所有选择完成后，按下“analyze”按钮后，程序即可运行排序分析，分析完后，界 面上会保持两个窗口，一个窗口为“Project View”，这个窗口为 project 的一些属性特征（比 如，排序的类型、数据的维数、数据文件的名称等等），还有一些相关按钮。另外一个窗口 是“Log View”，记录的是分析过程与分析的结果。但仅仅是一部分的统计结果（四个轴的 统计总结、轴与环境因子的相关性、蒙特卡罗检验结果）被存储在这个窗口中，其他一些分 析结果，比如物种、环境因子及样方的得分（坐标）均存在另外一个与.sol 作为后缀的文件 中，此文件一般在当前目录下，以记事本打开即可。
4.4 PCA 或 RDA 排序：中心化和标准化（PCA or RDA ordination:
centring and standardizing）
CANOCO 里面的线性模型（PCA 和 RDA）过程有个物种中心化和标准化的选择(图
3
基于 CANOCO 的生态学数据的多元统计分析 Jan Leps, Petr Smilauer 著 赖江山 编译 4.3)，这个选择可以很大程度上影响分析的结果。实际上，你必须根据你的数据情况和所回 答的问题来选择物种数据中心化和标准化（将在 14.3 节的案例讨论）。在这里，我们仅仅简 要介绍一下如何正确选择中心化和标准化。
Canoco for Windows 4.5 中文简明教程
Canoco for Windows 4.5 中文简明教程2009-9第一章 CANOCO简介一 软件功能Canoco for Windows 是新一代的 CANOCO 软件，是生态学应用软件中用于约束与非约束排序的最流行工具。
Canoco for Windows 整合了排序以及回归和排列方法学，以便得到健全的生态数据统计模型。
Canoco for Windows 包括线性和曲线单峰方法。
使用 Canoco for Windows 进行排序，能够洞察：● 生物群落结构● 植物与动物群落以及它们的环境之间的联系● 一个对环境和(或)其生物群落的假设冲击所能造成的影响● 在生物群落上进行的复杂生态学和生态毒理学实验的相关处理所能造成的影响一个排序被计算出来后，排序图可以立即显示在显示器上。
Canoco 具体独特的能力，可以说明用协变量表示的背景变异，而用它的扩展工具来进行排列测试，包括测试的互动效果。
这些独特的特性使得Canoco for Windows 能特别有效的解决应用研究方面的问题。
二 软件模块The Canoco for Windows软件包主要包含以下几个模块：● Canoco for Windows：软件包的核心，用来指定要分析的数据和排序模型，排序方法以及分析结果的查看等基本操作命令均被集中在该模块的对话框中● WcanoImp：将以电子表格形式（Excel等）保存的外部数据转化为CANOCO识别的形式● CanoDraw 4.0 for Windows：用来绘制各种类型的排序图，同时也可以生成多种等值线和回归模型图，并进一步深层次发掘排序结果，该模块可以直接从主程序界面工具栏激活● CanoMerge：合并Canoco识别的dta类型数据文件，并可以将数据文件以带制表分隔符的文本形式输出（基本常用统计软件均兼容该类型文件），同时该模块具有滤掉低频率物种的功能● PrCoord：对特定数据集进行主坐标分析以及冗余分析三 统计方法这里只简要阐述CANOCO具有的统计分析方法，不做赘述，后面章节将详细论述操作步骤。
Canoco中文简明教程1
Canoco for Windows 4.5 中文简明教程2009-9第一章 CANOCO简介一 软件功能Canoco for Windows 是新一代的 CANOCO 软件，是生态学应用软件中用于约束与非约束排序的最流行工具。
Canoco for Windows 整合了排序以及回归和排列方法学，以便得到健全的生态数据统计模型。
Canoco for Windows 包括线性和曲线单峰方法。
使用 Canoco for Windows 进行排序，能够洞察：● 生物群落结构● 植物与动物群落以及它们的环境之间的联系● 一个对环境和(或)其生物群落的假设冲击所能造成的影响● 在生物群落上进行的复杂生态学和生态毒理学实验的相关处理所能造成的影响一个排序被计算出来后，排序图可以立即显示在显示器上。
Canoco 具体独特的能力，可以说明用协变量表示的背景变异，而用它的扩展工具来进行排列测试，包括测试的互动效果。
这些独特的特性使得Canoco for Windows 能特别有效的解决应用研究方面的问题。
二 软件模块The Canoco for Windows软件包主要包含以下几个模块：● Canoco for Windows：软件包的核心，用来指定要分析的数据和排序模型，排序方法以及分析结果的查看等基本操作命令均被集中在该模块的对话框中● WcanoImp：将以电子表格形式（Excel等）保存的外部数据转化为CANOCO识别的形式● CanoDraw 4.0 for Windows：用来绘制各种类型的排序图，同时也可以生成多种等值线和回归模型图，并进一步深层次发掘排序结果，该模块可以直接从主程序界面工具栏激活● CanoMerge：合并Canoco识别的dta类型数据文件，并可以将数据文件以带制表分隔符的文本形式输出（基本常用统计软件均兼容该类型文件），同时该模块具有滤掉低频率物种的功能● PrCoord：对特定数据集进行主坐标分析以及冗余分析三 统计方法这里只简要阐述CANOCO具有的统计分析方法，不做赘述，后面章节将详细论述操作步骤。
canoco 教程
（4）约束性排序（直接排序）：在特定的梯度上 （环境轴）上探讨物种的变化情况。例如：RDA， CCA，DCCA等。 （5）非约束性排序（间接排序）：寻求潜在的或 在间接的环境梯度来解释物种数据的变化。 （6）偏分析：预先剔除物种变化中由协变量产生 的效应，再通过排序揭示剩下物种变化的排序方 法。 （7）混合排序分析：前面若干轴采用约束排序， 而剩下的轴是非约束性排序的梯度分析方法。
（4）结果
2.1.2 DCA
(1) DCA一般都用区间去趋势“by segments ” ；DCCA一般用多项式去趋势 “by polynomials” 。 (2) 多项式去趋势阶数的选择标准：环境因子 小于10个，选2阶；小于13个，选3阶，大于 13个，选4阶。 (3) 注意：对于约束排序，去趋势一般是不必 要的。
3 专业术语
生态学原始数据一般由两个部分构成，一 组是响应变量 (response variable)，另外一组是解 释变量（explanatory variables）。 （1）解释变量：相当于自变量，又称预测变量， 经常分为主环境变量和协环境变量。
（2）响应变量：相当于因变量，又称物种数据。
（3）梯度分析：即通常所说的排序分析，是揭 示物种组成数据与实测或潜在环境因子之间关系 的方法的总称。包括约束性排序和非约束性排序。
（2） WCanoImp
这个程序的功能构建数据。但这个程序用 法受到了window的剪贴板和电子表格文件的限 制。比如在Excel2003以前的版本，列数仅有 256列，这就意味着样方数或物种数不能两个 同时超过256个，否则需要分割。当然行数宽 松点，但不能超过65536行。如果你的数据超 过这个限制，你可以将你的数据分割为几个部 分，经过WCanoImp转化后，再用CanoMerge程 序拼接起来。
Cano用户手册1
HT-6300商用收银机系列MODEL：HT-6300SH、HT、T1.1用户手册上海鸿图金税电子设备有限公司ShangHai HongTu Compter ECR Co., Ltd.商标注册声明CANO是上海鸿图金税电子设备有限公司的注册商标发行日期：2009年04月版权保护本手册为上海鸿图金税电子设备有限公司的知识产权，我们非常细心地编写此手册，但我们对于手册的内容不保证完全最新，因为我们的产品一直在持续的改良与更新，故我方保留随时做出修改而不予通知的权利。
修订记录本用户手册适用于上海鸿图6300SH安全指导1.务必请仔细通读本安全指导。
2.务必请妥善保管用户手册，以备将来参考。
3.请保持设备的干燥，使其远离潮湿环境。
4.在装配使用前，应将本设备置于稳固的平面上。
5.设备底部的开口缝隙是用于通风，避免设备内部的部件过热。
请勿将此类开口掩盖或堵塞。
6.在将本设备与电源连接时，请确认电源为：~220V，50Hz。
7.设备应正确连接地线。
8.请留意设备及手册上注明的所有注意事项与警告事项。
9.不得将任何液体自开口处注入，否则会产生严重损坏甚至会导致电击。
10.如发生以下情况，请找技术服务人员处理：●电源线或插头损坏●液体渗入设备内●设备工作不正常或用户不能按照用户手册的指导使其正常工作●设备跌落或受创●设备有明显的破损迹象11.请不要将设备置于温度高于60℃（140℉）的环境下，否则会对设备造成伤害。
目录概述 (7)1、菜单操作时有关按键说明 (7)2、文字编辑操作时有关按键说明 (7)3、权限与密码 (7)4、条码枪使用 (8)5、自定义键盘 (9)6、时钟和数据保持 (9)7、共享存储空间 (9)8、恢复默认键盘 (9)收款机初始安装 (10)1.调整时间 (10)2.初始化收款机 (10)收款机接口 (11)按键名称与功能 (11)系统参数设置 (13)1机器与收据编号 (13)2部类和收款员数量 (13)3抹零 (13)4店内码设置 (14)5按键音开关 (15)6开单电子日志功能 (15)7按键背景灯 (15)8小数点选择 (15)9金额允许输入小数点 (15)10训练模式 (15)11系统数据 (15)12初始化收款机 (15)13使用控制锁 (15)14出厂设置 (15)基本信息编程 (15)1.1商品价目表编程 (15)查看PLU内存使用情况 (16)商品销售 (16)单件PLU销售 (16)PLU商品重复销售 (16)变价销售 (16)折扣销售 (17)优惠、服务费销售 (17)挂单 (17)追加商品库存 (17)优惠券等支付方式 (18)追加商品库存 (18)删除PLU商品资料 (18)1.2部类编程 (18)1.3票据头尾编程 (19)旧收据模式 (19)双高收据 (19)省纸模式 (19)收据打印销售数量 (20)PLU编码打印 (20)PLU编码条码打印 (20)自动打印复制收据 (20)分单打印复制收据 (20)LOGO设置 (20)打印店标LOGO (20)1.4通讯设置 (21)PC通讯设置 (21)条码抢设置 (21)1.5电子称条码设置 (21)1.6外接打印机设置 (22)1.7经理密码和收款员密码设置.. 错误！未定义书签。
Canoco中文简明教程1
Canoco for Windows 4.5 中文简明教程2009-9第一章 CANOCO简介一 软件功能Canoco for Windows 是新一代的 CANOCO 软件，是生态学应用软件中用于约束与非约束排序的最流行工具。
Canoco for Windows 整合了排序以及回归和排列方法学，以便得到健全的生态数据统计模型。
Canoco for Windows 包括线性和曲线单峰方法。
使用 Canoco for Windows 进行排序，能够洞察：● 生物群落结构● 植物与动物群落以及它们的环境之间的联系● 一个对环境和(或)其生物群落的假设冲击所能造成的影响● 在生物群落上进行的复杂生态学和生态毒理学实验的相关处理所能造成的影响一个排序被计算出来后，排序图可以立即显示在显示器上。
Canoco 具体独特的能力，可以说明用协变量表示的背景变异，而用它的扩展工具来进行排列测试，包括测试的互动效果。
这些独特的特性使得Canoco for Windows 能特别有效的解决应用研究方面的问题。
二 软件模块The Canoco for Windows软件包主要包含以下几个模块：● Canoco for Windows：软件包的核心，用来指定要分析的数据和排序模型，排序方法以及分析结果的查看等基本操作命令均被集中在该模块的对话框中● WcanoImp：将以电子表格形式（Excel等）保存的外部数据转化为CANOCO识别的形式● CanoDraw 4.0 for Windows：用来绘制各种类型的排序图，同时也可以生成多种等值线和回归模型图，并进一步深层次发掘排序结果，该模块可以直接从主程序界面工具栏激活● CanoMerge：合并Canoco识别的dta类型数据文件，并可以将数据文件以带制表分隔符的文本形式输出（基本常用统计软件均兼容该类型文件），同时该模块具有滤掉低频率物种的功能● PrCoord：对特定数据集进行主坐标分析以及冗余分析三 统计方法这里只简要阐述CANOCO具有的统计分析方法，不做赘述，后面章节将详细论述操作步骤。
使用CANOCO进行CCA或RDA
关注样方 情况时选 择这个。
关注物种 时选择。
样方情况 与物种情 况都想关 注时选择。
选择这个时，物种 箭头长度代表了该 物种在多大程度上 被排序图解释。
物种箭头长度代表物种 在排序空间内的变异性。
由于对原理的不了解，Species scores的选择对箭头长度的影响
我还不能很好地理解。
此外，这两个选项的选择还将对解释有下面影响：
可编辑ppt
10
7、进入“Centering and Standardization”对话框，只有线性模型的分 析（PCA或RDA）才涉及此参数设置。此处参数的选择见Multivariate Analysis of Ecological Data Using Canoco的 P51。指定后点击下一步。 物种数据经过中心化和标准化后，各列变量的平均值均为0 ，方差均为1
11
8、进入“Data Editing Choices”对话框。这个对话框是用于对数据进 行选择操作的。指定后点击下一步。
在分析中删除 不想要分析的 物种数据
用于在分析中 排除不想要分 析的环境变量
如果数据都是想要分析的，则直接选择下一步即可。
可编辑ppt
12
9、进入“Forward selection of ……”对话框。这个对话框是用于对环 境数据进行预先选择操作的。指定后点击下一步。
物种数据量纲相同时选 择这个。
物种数据量纲不相同时 选择这个。
对于样方，中心化和标准化并不总是必要的；对于物种数据，中心化是必要的，
标准化不一定是必要的。
但是当物种数据量纲不同时，该数据一定要进行标准化!
而当物种数据量纲相同时，不标准化物种数据可能比较好，因为当不同物种的
使用CANOCO进行CCA或31页PPT
以
寄
傲
，
审
容
膝
之
易
安
。
41、学问是异常珍贵的东西，从任何源泉吸 收都不可耻。——阿卜·日·法拉兹
42、只有在人群中间，才能认识自 己。——德国
43、重复别人所说的话，只需要教育； 而要挑战别人所说的话，则需要头脑。—— 玛丽·佩蒂博恩·普尔
44、卓越的人一大优点是：在不利与艰 难的遭遇里百折不饶。——贝多芬
45、自己的饭量自己知道。——苏联
使用CANOCO进行CCA或
6
、
露
凝
无
游
氛
，
天
高
风
景
澈
。
7、翩翩新 来燕，双双入我庐 ，先巢故尚在，相 将还旧居。
8
、
吁
嗟
身
后
名
，
于
我
若
浮
烟
。
9、 陶渊 明（ 约 365年 —427年 ），字 元亮， （又 一说名 潜，字 渊明 ）号五 柳先生 ，私 谥“靖 节”， 东晋 末期南 朝宋初 期诗 人、文 学家、 辞赋 家、散
文 家 。汉 族 ，东 晋 浔阳 柴桑 人 （今 江西 九江 ） 。曾 做过 几 年小 官， 后辞 官 回家 ，从 此 隐居 ，田 园生 活 是陶 渊明 诗 的主 要题 材， 相 关作 品有 《饮 酒 》 、 《 归 园 田 居 》 、 《 桃花 源 记 》 、 《 五 柳先 生 传 》 、 《 归 去来 兮 辞 》 等 。
如何使用Canoco软件对DGGE图谱数据进行主成分PCA分析
如何使用Canoco软件对DGGE图谱数据进行主成分PCA分析已有3397 次阅读 2013-7-23 00:59 |系统分类:科研笔记|关键词:Canoco DGGE PCA第1步，DGGE图谱数据的整理简单明了些，将Quantityone或者类似软件分辨匹配后得出的DGGE条带的相对百分亮度数据整理到excel表格中。
格式如下图，即纵向从上往下为样品编号，条带编号则在第一行从左往右，表格中填入对应条带的相对百分亮度值。
比如，条带3在泳道1中的亮度为0.591841.此表是本人某论文的原始数据的一部分。
第2步，DGGE图谱数据的导入。
使用Canoco软件进行相关分析。
Canoco在不少论坛，比如普兰塔等，都有破解版下载。
大家运行的时候只要调整下电脑系统时间到2002年以前即可（最新破解版似乎不需要这么麻烦了）。
Canoco不能直接识别excel格式的数据。
必须将DGGE图谱的条带数据转化为能识别的.dta后缀的文件才可以进行后续的PCA等相关分析。
具体操作如下：在excel表格中，将条带数据连同样品编号和条带编号一起鼠标选择，Ctrl + C 拷贝。
然后“开始”-“程序”下找到Canoco的子程序WcanoImp，这个子程序是专门导入数据的。
程序会弹出如下对话框：如果你的条带矩阵数据有很多0值，可以将最后的“Save in Condensed Format”勾上，至于为什么，没有太深究。
不过不勾上，似乎不影响分析结果。
点击“Save”，弹出如下对话框：这个时候，要自己选择条带数据矩阵的保存路径，并给该文件命名。
如，我将此文件保存到“PCA教程”文件夹下，命名为spe.dta，注意这个“spe.dta”是我自己打出来的。
点击“保存”，弹出如下对话框：点击“OK”，系统会提示你成功生成文件。
这个文件就是我们后续PCA分析所需要的Canoco 软件可识别的条带组成数据。
这个spe.dta文件就保存在PCA教程”文件夹下。
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Canoco基本操作
1、打开excel文档，如下图所示，包含环境变量（12个）和生物因子（7种N 转化生物）。
共是12个处理，每个处理三个重复，总共是36个土壤样品。
然后打开canoco 软件中WcanoIMP，如下图所示。
然后选中 save in condensed format，分别选中环境变量和生物因子（包括前面的数字），点击复制，然后点击save。
保存形成两个dat文件
这俩文件都可以用文本文档打开
此时打开 canoco 软件，得到下面的界面。
点击file-new project如图，选择species and environmental date available、
3．点下一步后，有三个brown窗口，前2个分别选择 environ.dta 和species.dta. 第三个选择软件自带合适的处理方法（如CCA和RDA等）。
本文是选用CCA分析。
一直下一步，
这里选择
both above tests
我这个软件只能在xp上用，windows7 里面运行回报vf错误,但是可以用RunAsDate.exe帮忙，百度搜索绿色版，完美可用。
但作图没问题
5．点击create 窗口，如下图所示。
得到最后的结果。
保存
然后
create-。