NGS用于指导晚期恶性肿瘤治疗的 ppt课件
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《NGS基础培训》课件
数据分析
对原始数据进行处理、分析和 解读，提取有用的信息。
样本准备
样本类型
根据研究目的和实验需 求选择合适的样本类型
，如血液、组织等。
样本采集
确保采集过程的无菌操 作，避免污染和交叉感
染。
样本保存
选择适当的保存方式， 确保样本在实验前后的
稳定性和一致性。
样本量
根据实验需求确定所需 的样本量，确保实验结 果的可靠性和可重复性
伦理问题
隐私权保护
NGS技术可能涉及个人基因信息，需 确保这些信息不被滥用或泄露。
基因歧视
防止基于基因信息的歧视，确保公平 对待。
临床试验和患者权益
确保临床试验的公正性和患者的知情 同意权。
基因编辑技术的伦理界限
关于基因编辑技术的使用范围和目的 ，应明确其伦理界限。
法律问题
知识产权保护
法律责任和赔偿
对基因的表达产物转录本进行注 释，包括转录本的序列、表达量
、变异等信息。
蛋白质注释
对蛋白质进行注释，包括蛋白质 的序列、结构、功能等信息。
变异检测
单核苷酸变异（SNV）
检测基因组中单个碱基的变异。
结构变异（SV）
检测基因组中的大片段结构变异，如拷贝数 变异、倒位、易位等。
插入和缺失（INDEL）
检测基因组中的片段插入和缺失。
。
数据质量控制
数据完整性
评估原始测序数据的完整性， 确保数据没有缺失或损坏。
数据准确性
对测序数据进行质量评估，确 保数据的准确性和可靠性。
数据重复性
评估测序数据的重复性，确保 数据的一致性和可重复性。
数据可比性
对不同样本或实验条件下的数 据进行可比性分析，确保数据
ngs肺癌临床应用PPT课件
三代 二代 一代
4
测序成本迅速下降，超过了摩尔定律 Cost is Decreasing Exponentially, Beating Moore’s Law
单人全基因组测序成本（美金）：
HGP: $3 Billion
2004: $30,000,000
2008: $100,000
2010: $10,000
2011: $4,000 2014: $1,000
Sequencing Gets Cheaper and Faster
???:
$100
5
目前高通量测序大量应用于国内外临床癌症研究
2013年NEJM发表的临床文献，43%运用高通量技术
6
21世纪的癌症分型需要病理和分子联合进行
– ASCO 2014, Chicago, Dr. M Stratton ( 英国首相医学顾问）
结论：
• •OIVS多期因PI素3K分异析常：肺考鳞虑癌到患年者龄的、生性存别较、差KPS因素后，仍然显示PI3K与生存期短相关
• 脑转移在PI3K异常的患者中更常见，且仅出现在PI3K异常的患者中 - • HPRI3K=通3.路3，活(9化5具%C有I:1不.5同-7的, p生=物0.0学3特) 点，以该通路为靶点的治疗方法可能是伴脑转移的肺鳞
VHL1 1.4% PTPN11 GNAS
0.7% 0.7%
MLH1 4.9%
PIK3CA 14.1%
EGFR 43%
KRAS 17.6%
140例日本肺腺癌
与欧美人群不同，EGFR依然是亚裔腺癌最常见的驱动基因
Koh Y, et al. 2013 ASCO Abstract 7572. Wu YL, et al. 2011.
4
测序成本迅速下降，超过了摩尔定律 Cost is Decreasing Exponentially, Beating Moore’s Law
单人全基因组测序成本（美金）：
HGP: $3 Billion
2004: $30,000,000
2008: $100,000
2010: $10,000
2011: $4,000 2014: $1,000
Sequencing Gets Cheaper and Faster
???:
$100
5
目前高通量测序大量应用于国内外临床癌症研究
2013年NEJM发表的临床文献，43%运用高通量技术
6
21世纪的癌症分型需要病理和分子联合进行
– ASCO 2014, Chicago, Dr. M Stratton ( 英国首相医学顾问）
结论：
• •OIVS多期因PI素3K分异析常：肺考鳞虑癌到患年者龄的、生性存别较、差KPS因素后，仍然显示PI3K与生存期短相关
• 脑转移在PI3K异常的患者中更常见，且仅出现在PI3K异常的患者中 - • HPRI3K=通3.路3，活(9化5具%C有I:1不.5同-7的, p生=物0.0学3特) 点，以该通路为靶点的治疗方法可能是伴脑转移的肺鳞
VHL1 1.4% PTPN11 GNAS
0.7% 0.7%
MLH1 4.9%
PIK3CA 14.1%
EGFR 43%
KRAS 17.6%
140例日本肺腺癌
与欧美人群不同，EGFR依然是亚裔腺癌最常见的驱动基因
Koh Y, et al. 2013 ASCO Abstract 7572. Wu YL, et al. 2011.
NGS用于指导晚期恶性肿瘤治疗的ASCO新进展-医学课件
Presented By David Hayes at 2016 ASCO Annual Meeting
近8年，ASCO年会上与NGS相关的摘要数目投稿
内容：
NGS指导下的肿瘤免疫治疗 cfDNA检测与肿瘤治疗 NGS在多种实体肿瘤治疗中的应用
癌症是一种……的疾病?
DNA
免疫系统
• 胚系 —家族性肿瘤综合征
码区序列 Aims —突变负荷和特殊突变与临床结果的相关性 —与全外显子测序所得突变负荷相比较
• T细胞受体测序与结果的相关性
Presented By Douglas Johnson at 2016 ASCO Annual Meeting
方法：
Methods
Presented By Douglas Johnson at 2016 ASCO Annual Meeting
简介
• 在进展期黑色素瘤患者中， 抗IntroPductiDon -1治疗有30-45%的有 效率；
• 反应可能持续存在； • 较难辨别有效人群； • 因此需要有效预测标记物。
Presented By Douglas Johnson at 2016 ASCO Annual Meeting
抗PD-1/PD-L1的候选标记物
突变负荷和反应
Mutation load and response
Presented By Douglas Johnson at 2016 ASCO Annual Meeting
突变负荷和生存率
Mutation load and survival
Presented By Douglas Johnson at 2016 ASCO Annual Meeting
特定突变
近8年，ASCO年会上与NGS相关的摘要数目投稿
内容：
NGS指导下的肿瘤免疫治疗 cfDNA检测与肿瘤治疗 NGS在多种实体肿瘤治疗中的应用
癌症是一种……的疾病?
DNA
免疫系统
• 胚系 —家族性肿瘤综合征
码区序列 Aims —突变负荷和特殊突变与临床结果的相关性 —与全外显子测序所得突变负荷相比较
• T细胞受体测序与结果的相关性
Presented By Douglas Johnson at 2016 ASCO Annual Meeting
方法：
Methods
Presented By Douglas Johnson at 2016 ASCO Annual Meeting
简介
• 在进展期黑色素瘤患者中， 抗IntroPductiDon -1治疗有30-45%的有 效率；
• 反应可能持续存在； • 较难辨别有效人群； • 因此需要有效预测标记物。
Presented By Douglas Johnson at 2016 ASCO Annual Meeting
抗PD-1/PD-L1的候选标记物
突变负荷和反应
Mutation load and response
Presented By Douglas Johnson at 2016 ASCO Annual Meeting
突变负荷和生存率
Mutation load and survival
Presented By Douglas Johnson at 2016 ASCO Annual Meeting
特定突变
NGS系列讲座——NGS基本原理ppt课件
3’
5’
5’
TGCGCGGCCCAGTCTTGGGCT
21 bp
5’
TGCGCGGCCCAGTCTTGGGCTAGCGC
26 bp
5’
TGCGCGGCCCAGTCTTGGGCTA
22 bp
11
Sanger 测序
Prime
5’ T G C G rC G G C C C A G T C T T G G G C
ACGCGCCGGGTCAGAACCCGATCGCG
3’
5’
5’
TGCGCGGCCCAGTCTTGGGCT
21 bp
5’
TGCGCGGCCCAGTCTTGGGCTAGCGC
26 bp
10
Sanger 测序
Prime
5’ T G C G rC G G C C C A G
ACGCGCCGGGTCAGAACCCGATCGCG
NGS系列讲座（一）—— NGS简介及原理
2017/06/01 魏冬凯
1
Outline 二代测序技术背景 Solexa测序原理
2
Outline 二代测序技术背景 Solexa测序原理 其他平台测序技术简介
3
什么是DNA测序？测序的研究对象是什么？
DNA测序（DNA sequencing，或译DNA定序）是指分析特定DNA片 段的碱基序列，也就是腺嘌呤（A）、胸腺嘧啶（T）、胞嘧啶（C） 与鸟嘌呤的（G）排列方式。
38
测序种类
Single-Read Sequencing(SR)
Paired-End Sequencing(PE) Index Sequencing(PE)
39
测序种类
《NGS基础培训》课件
社会问题
ngs技术的应用也涉及到社会公平和资源分配等问题，需要加 强社会宣传和教育，促进技术的合理应用和社会可持续发展 。
THANK YOU.
03
ngs在临床疾病研究中的应用
遗传性疾病诊断和预测
遗传性疾病诊断
NGS可以检测患者基因序列的异常，从而确诊和预测遗传性 疾病。
遗传性疾病预测
NGS可以对患者携带的遗传变异进行检测，预测患者未来可 能发生的遗传性疾病。
肿瘤个性化治疗
个性化治疗方案
通过NGS对肿瘤进行基因分析，可以发现肿瘤的特异性和耐药性，为患者制 定个性化的治疗方案。
单分子测序技术(PacBio RS)的出现 ，打破了基因组测序的限制。
ngs应用领域
肿瘤诊断和治疗
药物研发和个性化治疗
遗传疾病诊断和预防
罕见疾病研究
生物进化研究等
02
ngs工作原理及测序技术
双端测序技术
总结词
双端测序技术是NGS中应用最为广泛的技术之一，可以有效测定生物体基因 组的变异情况。
详细描述
06
ngs技术在未来医学中的应用前景
基因治疗和精准医疗
基因治疗
下一代测序技术可以应用于基因治疗领域，例如利用CRISPR-Cas9技术进行 基因敲除、基因插入或基因修饰，治疗遗传性疾病和癌症等。
精准医疗
基于ngs技术，可以根据患者的基因组信息，为患者制定个性化的治疗方案和 药物选择，提高治疗效果和减少副作用。
生态系统中生物多样性的研究
总结词
ngs技术可以用于研究生态系统中生物多样性，通过对环境中的微生物进行ngs测 序，可以揭示生态系统中微生物群落的种类、数量和分布情况。
详细描述
微生物是生态系统中的重要组成部分，它们参与了物质的循环、能量的转化和信 息的传递。通过ngs技术对微生物群落进行测序，可以了解微生物群落的演替规 律、对环境因素的响应机制等，为环境保护和生态修复提供科学依据。
ngs技术的应用也涉及到社会公平和资源分配等问题，需要加 强社会宣传和教育，促进技术的合理应用和社会可持续发展 。
THANK YOU.
03
ngs在临床疾病研究中的应用
遗传性疾病诊断和预测
遗传性疾病诊断
NGS可以检测患者基因序列的异常，从而确诊和预测遗传性 疾病。
遗传性疾病预测
NGS可以对患者携带的遗传变异进行检测，预测患者未来可 能发生的遗传性疾病。
肿瘤个性化治疗
个性化治疗方案
通过NGS对肿瘤进行基因分析，可以发现肿瘤的特异性和耐药性，为患者制 定个性化的治疗方案。
单分子测序技术(PacBio RS)的出现 ，打破了基因组测序的限制。
ngs应用领域
肿瘤诊断和治疗
药物研发和个性化治疗
遗传疾病诊断和预防
罕见疾病研究
生物进化研究等
02
ngs工作原理及测序技术
双端测序技术
总结词
双端测序技术是NGS中应用最为广泛的技术之一，可以有效测定生物体基因 组的变异情况。
详细描述
06
ngs技术在未来医学中的应用前景
基因治疗和精准医疗
基因治疗
下一代测序技术可以应用于基因治疗领域，例如利用CRISPR-Cas9技术进行 基因敲除、基因插入或基因修饰，治疗遗传性疾病和癌症等。
精准医疗
基于ngs技术，可以根据患者的基因组信息，为患者制定个性化的治疗方案和 药物选择，提高治疗效果和减少副作用。
生态系统中生物多样性的研究
总结词
ngs技术可以用于研究生态系统中生物多样性，通过对环境中的微生物进行ngs测 序，可以揭示生态系统中微生物群落的种类、数量和分布情况。
详细描述
微生物是生态系统中的重要组成部分，它们参与了物质的循环、能量的转化和信 息的传递。通过ngs技术对微生物群落进行测序，可以了解微生物群落的演替规 律、对环境因素的响应机制等，为环境保护和生态修复提供科学依据。
《NGS基础培训》课件
CATALOGUE目录•NGS技术概述•NGS实验流程•NGS数据解读•NGS技术的生物信息学应用•NGS技术的实际应用案例•NGS技术的未来发展趋势及前景展望NGS技术的发展历程2018年，NGS技术已经成为了生物医药领域的研究热点，并逐渐应用于临床实践。
NGS技术的应用场景NGS技术可以快速、准确地检测基因变异，为遗传病、肿瘤等疾病的诊断和治疗提供依据。
基因组学研究微生物学研究肿瘤学研究免疫学研究NGS技术可以用于微生物种群结构分析、病原菌检测等，有助于感染性疾病的诊断和治疗。
NGS技术可以用于肿瘤基因检测、耐药性分析等，为个性化治疗提供依据。
NGS技术可以用于免疫分型分析、免疫治疗等，有助于免疫相关疾病的诊断和治疗。
NGS技术的优势与局限性优势NGS技术具有高通量、高灵敏度、高分辨率等优点，可以同时检测多个基因位点，为复杂疾病的诊断和治疗提供更全面的信息。
局限性NGS技术也存在一些局限性，如数据解析的复杂性和准确性问题，以及高昂的技术成本和设备成本等。
此外，对于某些特定类型的样本，如低质量的样本或难以提取的DNA样本，NGS技术的适用性也受到限制。
03质量控制样本准备01样本采集02样本处理建库流程文库构建对处理后的核酸进行文库构建，包括片段化、末端修复、加接头等步骤。
富集通过PCR扩增或其他方法，对文库中的目标序列进行富集，提高测序的准确性。
质量控制对构建好的文库进行质量评估，如浓度、纯度、插入大小等，以确保满足测序要求。
010302测序流程测序仪运行数据产出质量控制数据分析流程数据预处理基因组组装基因注释数据分析学习NGS数据的基本格式和结构，包括FASTQ、BAM、VCF等常见格式。
了解NGS数据基本格式掌握序列质量和数据质量的概念及评估方法，以便后续的数据分析。
理解序列质量和数据质量学习基因组注释文件（如GFF/GTF）的基本结构和内容，便于解析基因组位置和结构信息。
掌握基因组注释文件读懂NGS数据了解NGS数据中可能存在的质量问题，如序列质量低、测序深度不足等，掌握处理和筛选高质量数据的方法。
《NGS基础培训》课件
基因治疗
通过将正常基因导入病变细胞，补偿缺陷基因，从而治疗遗 传性疾病和某些癌症。
05
ngs面临的挑战与未来发展
数据安全与隐私保护
1 2
数据加密与安全存储
采用数据加密技术和安全存储设备，确保测序 数据不被窃取或篡改。
数据匿名化
通过匿名化处理，减少敏感信息暴露，保护个 人隐私。
3
合规性与法规遵守
遵守相关法律法规和伦理规范，确保个人基因 数据得到合法使用和保护。
通过对肿瘤组织进行NGS检测，发现患者的突变基因，为靶向治疗提供依据，如 非小细胞肺癌中的EGFR突变。
指导靶向药物选择
根据肿瘤基因检测结果，医生可以针对性地选择靶向药物，提高治疗效果并减少 副作用。
个性化医疗与精准预防
个性化治疗方案
根据患者的基因特征和疾病状况，制定个性化的治疗方案， 提高治疗效果并减少不良反应。
THANKS
谢谢您的观看
数据质量控制与评估
总结词
数据质量控制与评估是NGS数据分析中非常重要的环 节，通过质量控制可以评估数据的质量、准确性和一 致性。
详细描述
数据质量控制是通过专门的软件，如FastQC、Trim Galore等，对NGS数据进行质量评估。这些软件可以 根据数据的基本特征和质量指标，如序列长度、质量 值、GC含量等，对数据进行过滤、修剪和优化。同时 ，通过使用多个样本的比较分析，可以评估数据的一 致性和准确性。最终得到高质量的NGS数据分析结果 。
NGS技术可以对微生物群落进行基因组测 序，研究微生物多样性和功能。
02
ngs工作原理及测序技术
双端测序技术
总结词
双端测序技术是NGS测序技术中的一种，可以同时对正向和反向序列进行测序。
通过将正常基因导入病变细胞，补偿缺陷基因，从而治疗遗 传性疾病和某些癌症。
05
ngs面临的挑战与未来发展
数据安全与隐私保护
1 2
数据加密与安全存储
采用数据加密技术和安全存储设备，确保测序 数据不被窃取或篡改。
数据匿名化
通过匿名化处理，减少敏感信息暴露，保护个 人隐私。
3
合规性与法规遵守
遵守相关法律法规和伦理规范，确保个人基因 数据得到合法使用和保护。
通过对肿瘤组织进行NGS检测，发现患者的突变基因，为靶向治疗提供依据，如 非小细胞肺癌中的EGFR突变。
指导靶向药物选择
根据肿瘤基因检测结果，医生可以针对性地选择靶向药物，提高治疗效果并减少 副作用。
个性化医疗与精准预防
个性化治疗方案
根据患者的基因特征和疾病状况，制定个性化的治疗方案， 提高治疗效果并减少不良反应。
THANKS
谢谢您的观看
数据质量控制与评估
总结词
数据质量控制与评估是NGS数据分析中非常重要的环 节，通过质量控制可以评估数据的质量、准确性和一 致性。
详细描述
数据质量控制是通过专门的软件，如FastQC、Trim Galore等，对NGS数据进行质量评估。这些软件可以 根据数据的基本特征和质量指标，如序列长度、质量 值、GC含量等，对数据进行过滤、修剪和优化。同时 ，通过使用多个样本的比较分析，可以评估数据的一 致性和准确性。最终得到高质量的NGS数据分析结果 。
NGS技术可以对微生物群落进行基因组测 序，研究微生物多样性和功能。
02
ngs工作原理及测序技术
双端测序技术
总结词
双端测序技术是NGS测序技术中的一种，可以同时对正向和反向序列进行测序。
如何读懂一份NGS检测报告 PPT培训课件
➢ 变异按照临床意义的重要性分为四个等级： ➢ I类变异（具有A级或B级证据） ➢ Ⅱ类变异（具有C级或D级证 据）
I-II类变异有详细解读
➢ Ⅲ类变异（尚无相关临床证据） ➢ IV类变异（已知无临床意义，报告未列）
The Journal of Molecular Diagnostics, Vol. 19, No. 1, January 2017
CAPP-seq
Guardant 360
5000X 40000X
<0.01%
读懂NGS报告，最后了解 报告是否真实可靠
靠谱的NGS报告：清晰明了的检测信息+详细的质控信息
送检临床样本，却出现质控不过关的情况？
单基因异常分析—罕见耐药突变EGFR L747P
患者基本信息： 61岁男性患者，吸烟史30年，120支/年；病理 诊断：腺癌；IV期，多处肋骨及脊柱转移。
燃石NGS液体活检结果提示为EGFR L747P
治疗方案： 一线， 六个周期的培美曲塞+顺铂化疗，PD。
二线，EGFR-TKI（厄洛替尼）1个月，PD。 带有EGFR-L747P突变的NSCLC对于TKI不敏感
NGS应用的局限性
读懂NGS报告，你首先需要知道 报告核心信息有哪些？
核心结构
➢Summary小结 ➢体细胞突变 对应有何药物？ ➢胚系突变 遗传风险？ ➢TMB/MSI等结果 免疫治疗获益？ ➢质控 样本是否符合要求
1：总体小结
信息提取
临床信息：肺癌，血浆样本 有临床意义变异：NTRK基因融合 肿瘤突变负荷：7.9个突变/Mb 胚系致病变异：无 样本质量评估：合格
CDH1(40~83%)、STK11(29%)、BMPR1A、SMAD4、MUTYH、MLH1/MSH2/MSH6/PMS2/EPCAM、SDHA、SDHB(77%)、SDHC、 SDHD(86%)、SDAF2、MET、PDGFR、KIT
I-II类变异有详细解读
➢ Ⅲ类变异（尚无相关临床证据） ➢ IV类变异（已知无临床意义，报告未列）
The Journal of Molecular Diagnostics, Vol. 19, No. 1, January 2017
CAPP-seq
Guardant 360
5000X 40000X
<0.01%
读懂NGS报告，最后了解 报告是否真实可靠
靠谱的NGS报告：清晰明了的检测信息+详细的质控信息
送检临床样本，却出现质控不过关的情况？
单基因异常分析—罕见耐药突变EGFR L747P
患者基本信息： 61岁男性患者，吸烟史30年，120支/年；病理 诊断：腺癌；IV期，多处肋骨及脊柱转移。
燃石NGS液体活检结果提示为EGFR L747P
治疗方案： 一线， 六个周期的培美曲塞+顺铂化疗，PD。
二线，EGFR-TKI（厄洛替尼）1个月，PD。 带有EGFR-L747P突变的NSCLC对于TKI不敏感
NGS应用的局限性
读懂NGS报告，你首先需要知道 报告核心信息有哪些？
核心结构
➢Summary小结 ➢体细胞突变 对应有何药物？ ➢胚系突变 遗传风险？ ➢TMB/MSI等结果 免疫治疗获益？ ➢质控 样本是否符合要求
1：总体小结
信息提取
临床信息：肺癌，血浆样本 有临床意义变异：NTRK基因融合 肿瘤突变负荷：7.9个突变/Mb 胚系致病变异：无 样本质量评估：合格
CDH1(40~83%)、STK11(29%)、BMPR1A、SMAD4、MUTYH、MLH1/MSH2/MSH6/PMS2/EPCAM、SDHA、SDHB(77%)、SDHC、 SDHD(86%)、SDAF2、MET、PDGFR、KIT
临床NGS检测报告解读与肿瘤精准诊疗护理课件
肿瘤患者康复与随访
康复训练
根据患者的具体情况，制定康复 训练计划，包括肢体功能训练、 语言康复等。
随访管理
定期对患者进行随访，监测病情 变化，及时调整治疗方案，提高 治疗效果。
05
案例分享与讨论
BIG DATA EMPOWERS TO CREATE A NEW
ERA
典型病例分析
1 2 3
病例一
鼓励患者家属参与护理，提供必 要的家庭和社会支持，让患者感
受到关爱和温暖。
患者生活护理与饮食指导
生活护理
关注患者的日常生活需求，提供必要的日常照护 ，如口腔护理、皮肤护理等。
饮食指导
根据患者的病情和营养需求，制定个性化的饮食 方案，提供营养支持。
运动与休息
指导患者进行适当的运动和休息，促进身体康复 ，提高生活质量。
靶向药物选择与使用
根据患者的基因突变，选择能够针对 性抑制肿瘤生长的靶向药物。
根据基因测序结果，选择能够与肿瘤 细胞特定基因突变结合的靶向药物， 从而精准地抑制肿瘤细胞的生长，提 高治疗效果并降低副作用。
免疫治疗在肿瘤中的应用
利用免疫系统来攻击肿瘤细胞的治疗方法。
通过激活或增强患者自身的免疫系统来识别和攻击肿瘤细胞，从而达到治疗肿瘤 的目的。免疫治疗已成为肿瘤治疗的重要手段之一，尤其在某些类型的癌症中取 得了显著疗效。
预后判断
根据突变类型和特点，评 估患者的疾病预后和生存 期。
临床指导
为医生制定治疗方案和患 者管理提供依据。
耐药性分析及指导治疗
耐药性分析
分析突变基因与耐药性的关系， 预测患者对抗癌药物的反应。
指导治疗
根据耐药性分析结果，为患者提供 针对性的治疗方案和药物选择。
NGS用于指导晚期恶性肿瘤治疗
总生存率
N 爆发 130 缓慢 42 局部 55
中位
P
17.1
39.4 <0001
23.1
20
40
60
80 100
时间 (月)
病例
患者，女性，53岁，“确诊肺癌5月，反复咳嗽半年余加重1月” 于 2016-2-19入院。 2015-8-26至浙一医院就诊，查胸部CT增强（2015-8-31）示：左肺占位，肿瘤考虑，
N=18 15 2 2 7 1 3 1 2
Yu HA, et al. 2012 ASCO Abstract 7527.
PFS (%) OS (%)
病例符合目前肺癌治疗的模式： 检测——用药——耐药——检测——用药调整循环
15
Politi K, et al. Clin Cancer Res. 2015 May 15;21(10):2213-20.
EGFR-TKI获得性耐药的可能机制
获得性耐药患者的管理策略？
三种临床失败模式
24.2% (55/227)
18.5% (42/227)
57.3% (130/227)
爆发进展:
• •
疾病控制≥3个月 与以往评估相比，肿瘤负荷快速增加
• 症状评分达到2
• 疾病控制≥6个月
缓慢进展 • 与以往评估相比，肿瘤负荷轻微增加
耐药
- T790M - MET扩增 - HGF过表达 - 其他
AXL 表达
MAPK1扩增 HER2扩增 SCLC PIK3CA Met扩增
T790M突变
新药
化疗
持续EGFR-TKI +化疗
局部治疗 放疗，手术
T790M
不可逆EGFR-TKI 突变特异性TKI
NGS简介ppt课件
Illumina测序原理
15
Ilumina测序原理
cBot
17
测序芯片—Flowcell
Lane：八条相对独立通道 两端小孔：进液孔与出液孔 Oligo：DNA小片段，通过化
学键连接在Flowcell上， 能与两端碱基互补配对oligo
Illumina测序原理
18
杂交
Illumina测序原理
变性：双链DNA变 为单链DNA， 杂交在Flowcell上
Index
结合方式：碱基互补配对原则
19
延伸
RCR扩增
模版：杂交结合链 引物：Oligo
Illumina测序原理
20
变性
Original template： 与Flowcell 氢键连接， 不稳定
Newly synthesized strand： 与Flowcell 磷酸二酯键 连接，稳定
3
4
第一代DNA测序技术用 的是1975年由桑格（Sanger） 和 考 尔 森 （ Coulson ） 开 创 的 链 终 止 法 ， 以 及 19761977 年 由 马 克 西 姆 （ Maxam ） 和 吉 尔 伯 特 （ Gilbert ） 发 明的化学法（链降解）。
在 1977 年 ， 由 桑 格 老 人家测定了第一个基因组序 列——噬菌体phiX-174。
36
37
基因测序技术简介
主讲人：徐德阳
1
目录
一、测序技术发展与比较 二、illumina测序原理 三、Pacbio测序原理
2
全基因组测序的英文是Whole Genome Sequencing，简称WGS，目前默认指的 是人类的全基因组测序。 所谓全（Whole），指的就是 把物种细胞里面完整的基因组序列从第1个DNA开 始一直到最后一个DNA，完完整整地检测出来，并排列好，因此这个技术几乎 能够鉴定出基因组上任何类型的突变。
《NGS基础培训》课件
NGS应用领域
主要应用于基因组学、转录组学、表观组学等领域，涉及疾病诊断、生物进化、农业育种 等方向。
ngs测序原理及技术
01
NGS测序原理
NGS测序主要采用大规模并行测序技术，将DNA或RNA序列在短时
间内进行大量测序，得到大量的序列数据。
02
NGS测序技术分类
NGS测序技术主要分为链终止法、可逆终止法和边合成边测序法等几
ngs技术在其它领域中的应用
农业领域
NGS技术可以对动植物进行基因测序，发现优良性状基因和品种 改良的分子基础等，有助于提高农业生产效率。
环境科学领域
NGS技术可以对环境中的微生物群落进行基因测序，分析微生物 生态结构和功能等，为环境保护和治理提供帮助。
生物安全领域
NGS技术可以对生物安全相关的微生物进行基因测序，鉴定病原 微生物种类和进化关系等，为生物安全防范和应急处理提供支持 。
建库原理
了解建库的基本原理和建库的 必要性。
建库步骤
掌握建库的基本步骤和注意事项 。
建库常见问题
了解建库中可能遇到的问题和解决 方法。
ngs基础实验-测序
测序原理
了解测序的基本原理和测序技 术的应用。
测序步骤
掌握测序的基本步骤和注意事 项。
测序常见问题
了解测序中可能遇到的问题和 解决方法。
ngs基础实验-数据分析
NGS技术可以对人类基因组进行测序，发现导致遗传疾病的基因 变异等，为临床诊断和治疗提供依据。
肿瘤诊断和治疗
NGS技术可以对肿瘤进行基因测序，发现突变基因和免疫治疗靶 点等，有助于肿瘤的诊断和治疗方案的制定。
感染性疾病诊断
NGS技术可对病毒、细菌等病原微生物进行基因测序，提高感染性 疾病的诊断准确性和速度。
主要应用于基因组学、转录组学、表观组学等领域，涉及疾病诊断、生物进化、农业育种 等方向。
ngs测序原理及技术
01
NGS测序原理
NGS测序主要采用大规模并行测序技术，将DNA或RNA序列在短时
间内进行大量测序，得到大量的序列数据。
02
NGS测序技术分类
NGS测序技术主要分为链终止法、可逆终止法和边合成边测序法等几
ngs技术在其它领域中的应用
农业领域
NGS技术可以对动植物进行基因测序，发现优良性状基因和品种 改良的分子基础等，有助于提高农业生产效率。
环境科学领域
NGS技术可以对环境中的微生物群落进行基因测序，分析微生物 生态结构和功能等，为环境保护和治理提供帮助。
生物安全领域
NGS技术可以对生物安全相关的微生物进行基因测序，鉴定病原 微生物种类和进化关系等，为生物安全防范和应急处理提供支持 。
建库原理
了解建库的基本原理和建库的 必要性。
建库步骤
掌握建库的基本步骤和注意事项 。
建库常见问题
了解建库中可能遇到的问题和解决 方法。
ngs基础实验-测序
测序原理
了解测序的基本原理和测序技 术的应用。
测序步骤
掌握测序的基本步骤和注意事 项。
测序常见问题
了解测序中可能遇到的问题和 解决方法。
ngs基础实验-数据分析
NGS技术可以对人类基因组进行测序，发现导致遗传疾病的基因 变异等，为临床诊断和治疗提供依据。
肿瘤诊断和治疗
NGS技术可以对肿瘤进行基因测序，发现突变基因和免疫治疗靶 点等，有助于肿瘤的诊断和治疗方案的制定。
感染性疾病诊断
NGS技术可对病毒、细菌等病原微生物进行基因测序，提高感染性 疾病的诊断准确性和速度。
基于NGS的肺癌组织基因检测与液体检测的一致性分析及对免疫治疗疗效的预测价值介绍演示培训课件
肿瘤标志物检测
NGS技术可以检测肺癌患者血液中的肿瘤标志物，如癌胚抗原、细胞角蛋白19片段等 ，为肺癌的诊断和治疗提供重要信息。
液体活检
通过NGS技术对肺癌患者的血液、尿液等液体样本进行检测，可以实现肺癌的无创诊 断和实时监测，为患者提供更加便捷的检测方式。
NGS技术在两种检测中的比较
样本获取方式
NGS技术在免疫治疗疗效预测中的应用
NGS技术在肺癌基因检测中的应用
NGS技术可用于检测肺癌患者的基因突变、基因表达等，为免疫治疗提供个性化 的治疗建议。
NGS技术在免疫治疗疗效预测中的价值
通过NGS技术检测患者的基因变异等信息，可以预测患者对免疫治疗的反应，从 而为医生制定治疗方案提供参考。
NGS技术对免疫治疗疗效的预测结果和讨论
基于NGS的肺癌组织基因检测 与液体检测的一致性分析及对
免疫治疗疗效的预测价值
汇报人:XXX
2024-01-10
目
CONTENCT
录
• 引言 • 肺癌组织基因检测与液体检测概述 • NGS技术在肺癌组织基因检测和液
体检测中的应用 • 基于NGS的肺癌组织基因检测与液
体检测的一致性分析
目
CONTENCT
提取肺癌患者体液（如血液、尿液等）中的外泌体，检测其携带的蛋白
质、RNA等生物标志物，反映肿瘤的生物学特性。
组织基因检测与液体检测的比较
样本获取
组织基因检测需要获取肺癌组织样本，通常通过手术或穿刺活检获取；液体检测则通过抽 取患者外周血或其他体液进行检测，相对更便捷。
检测灵敏度与特异性
组织基因检测具有较高的灵敏度和特异性，能够直接反映肿瘤组织的基因组特征；液性相对较低。
05
NGS技术对免疫治疗疗效的预测价值
NGS技术可以检测肺癌患者血液中的肿瘤标志物，如癌胚抗原、细胞角蛋白19片段等 ，为肺癌的诊断和治疗提供重要信息。
液体活检
通过NGS技术对肺癌患者的血液、尿液等液体样本进行检测，可以实现肺癌的无创诊 断和实时监测，为患者提供更加便捷的检测方式。
NGS技术在两种检测中的比较
样本获取方式
NGS技术在免疫治疗疗效预测中的应用
NGS技术在肺癌基因检测中的应用
NGS技术可用于检测肺癌患者的基因突变、基因表达等，为免疫治疗提供个性化 的治疗建议。
NGS技术在免疫治疗疗效预测中的价值
通过NGS技术检测患者的基因变异等信息，可以预测患者对免疫治疗的反应，从 而为医生制定治疗方案提供参考。
NGS技术对免疫治疗疗效的预测结果和讨论
基于NGS的肺癌组织基因检测 与液体检测的一致性分析及对
免疫治疗疗效的预测价值
汇报人:XXX
2024-01-10
目
CONTENCT
录
• 引言 • 肺癌组织基因检测与液体检测概述 • NGS技术在肺癌组织基因检测和液
体检测中的应用 • 基于NGS的肺癌组织基因检测与液
体检测的一致性分析
目
CONTENCT
提取肺癌患者体液（如血液、尿液等）中的外泌体，检测其携带的蛋白
质、RNA等生物标志物，反映肿瘤的生物学特性。
组织基因检测与液体检测的比较
样本获取
组织基因检测需要获取肺癌组织样本，通常通过手术或穿刺活检获取；液体检测则通过抽 取患者外周血或其他体液进行检测，相对更便捷。
检测灵敏度与特异性
组织基因检测具有较高的灵敏度和特异性，能够直接反映肿瘤组织的基因组特征；液性相对较低。
05
NGS技术对免疫治疗疗效的预测价值
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突变负荷和反应
Mutation load and response
Presented By Douglas Johnson at 2016 ASCO Annual Meeting
突变负荷和生存率
Mutation load and survival
Presented By Douglas Johnson at 2016 ASCO Annual Meeting
突变负荷比较
Mutation load comparisons
Presented By Douglas Johnson at 2016 ASCO Annual Meeting
在未选择患者中的突变负荷及生存率
在未选择患者中 突变负荷与生存 Mutation load and survival in unselected patients 率无关
NGS用于指导晚期恶性肿瘤治疗 2016 ASCO新进展
----精准检测，精准治疗
Insight on Novel Mechanisms and Precision Care
方勇
浙江大学医学院附属邵逸夫医院肿瘤内科
基因检测一览
同病异治 异病同治
遗传性肿瘤 重叠表型
Presented By Claudine Isaacs at 2016 ASCO Annual Meeting
Presented By Douglas Johnson at 2016 ASCO Annual Meeting
结论
• 二代杂交捕获法为基础的NGS检测突变负荷与抗PD-1/PD-L1疗 效相关
Conclusions
• 236-315个基因突变负荷的检测结果与全外显子测序结果一致
• 通过此法检测突变负荷可能有助于临床的治疗决策和预测疗 效。
码区序列 Aims —突变负荷和特殊突变与临床结果的相关性 —与全外显子测序所得突变负荷相比较
• T细胞受体测序与结果的相关性
Presented By Douglas Johnson at 2016 ASCO Annual Meeting
方法：
Methods
Presented By Douglas Johnson at 2016 ASCO Annualion load and response
Presented By Douglas Johnson at 2016 ASCO Annual Meeting
突变负荷和反应
Mutation load and response
Presented By Douglas Johnson at 2016 ASCO Annual Meeting
测序的优势
• 价格更低廉 • 品质更高 • 适用范围更广
—机器 Sequencing is … —试剂盒 —软件 • 组织灵活性更高 —石蜡标本 —无需细胞 —甚至RNA！
Presented By David Hayes at 2016 ASCO Annual Meeting
近8年，ASCO年会上与NGS相关的摘要数目投稿
Presented By David Hayes at 2016 ASCO Annual Meeting
以杂交捕获法为基础的二代基因测序法可作为预 测抗PD-1/PD-L1治疗黑色素瘤疗效的标记物
Presented By Douglas Johnson at 2016 ASCO Annual Meeting
Presented By Douglas Johnson at 2016 ASCO Annual Meeting
TCR克隆
TCR clonality
Presented By Douglas Johnson at 2016 ASCO Annual Meeting
潜在临床价值及意义
Potential implications
Presented By Douglas Johnson at 2016 ASCO Annual Meeting
内容：
NGS指导下的肿瘤免疫治疗 cfDNA检测与肿瘤治疗 NGS在多种实体肿瘤治疗中的应用
背景：
ctDNA PPV vs. tissue biopsy (NSCLC, CRC, Breast, Others)
特定突变
Specific mutations
Presented By Douglas Johnson at 2016 ASCO Annual Meeting
特定突变
Specific mutations
Presented By Douglas Johnson at 2016 ASCO Annual Meeting
简介
• 在进展期黑色素瘤患者 中Intro，duction抗PD-1治疗有30-45% 的有效率；
• 反应可能持续存在； • 较难辨别有效人群； • 因此需要有效预测标记
物。
Presented By Douglas Johnson at 2016 ASCO Annual Meeting
抗PD-1/PD-L1的候选标记物
600
518 500
425
400
382
300 299 307 278 303 314
200
100
0 2009 2010 2011 2012 2013 2014 2015 2016
内容：
NGS指导下的肿瘤免疫治疗 cfDNA检测与肿瘤治疗 NGS在多种实体肿瘤治疗中的应用
癌症是一种……的疾病?
DNA
• 胚系 —家族性肿瘤综合征
Cancer is a disease of …
—药物基因组学 • 体系
—单核苷酸变异（突变） —短序列插入/缺失 —长序列缺失/扩增 —结构的变异（易位）
免疫系统
• B细胞受体—克隆和多样性 （DNA或RNA）
• T细胞受体—克隆和多样性 （DNA或RNA）
• 突变负荷（RNA或DNA） • 肿瘤亚克隆 • RNA特征
Candidate biomarkers for anti-PD-1/PD-L1
克隆性增殖，突变或新的抗原
Presented By Douglas Johnson at 2016 ASCO Annual Meeting
目标：
• 假设：小片段基因能精确地代替基因突变负荷 • 以杂交捕获法为基础的二代基因测序法检测236-315个基因编