第十六章DNA的生物合成 Microsoft PowerPoint 演示文稿
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DNA、RNA和蛋白质的生物合成-PPT资料38页
反转录酶是一种多功 能酶: RNA指导的DNA聚 合酶活力;
核糖核酸酶H的 活力:
DNA指导的DNA 聚合酶活力
R 模 板 NA DNA-杂 R化 N 双 A 链 单 链 DN 双 链 DNA
反转录的生物学意义
补充丰富了中心法则
解释了致癌病毒引起 癌细胞产生的机制
RNA的生物合成
需要延长因子(EF): 原核:EF-T(EF-Tu,EF-Ts)、EF-G 真核:EF-1、EF-2
(一)进位
氨基酰-tRNA根据遗传密码的指引, 在GTP和EF-T的协助下,进入核蛋白体 的A位。
AUG 5'?
3'
fM 2
(二)成肽
转肽酶催化肽键的形成。
55'?'?
AA UU G
33''
fOMH 2 fM
蛋白质生物合成方向:由多肽链的氨基端开始, 向羧基端方向逐步延伸。
合成过程分为:
氨基酸的活化与转移——准备阶段 肽链合成的起始 肽链的延长 肽链的终止
1.氨基酸的活化与转移
氨酰-tRNA合成酶
tRNA携带并转运氨基酸,氨基
酸的结合位点是tRNA3’-末端的CCA-OH。氨基酸和tRNA在氨酰tRNA合成酶的催化下合成氨基酰tRNA。
DNA、RNA和 蛋白质的生物合成
吴菲菲 2019.11.29
转录
复制 DN A 反转录
1958年Crick将生物 遗传信息的这种传递 方式称为中心法则
RN A 复制
翻译
蛋白质
复制—以原来的DNA分子为模板,合成出相同分 子的过程。
转录—在DNA分子上合成出与其核苷酸顺序相对 应的RNA的过程。
DNA的生物合成
DNA聚合酶只能催化DNA链从5'端至3'方向合成,故子链沿着模板复制时,DNA复制的酶学与拓扑学 参与DNA复制的物质 底物(substrate): dATP, dGTP, dCTP, dTTP; 聚合酶(polymerase): 依赖DNA的DNA聚合酶,简写为 DNA-pol; 模板(template): 解开成单链的DNA母链; 引物(primer): 提供3'-OH末端使dNTP可以依次聚合; 其他的酶和蛋白质因子。 生成磷酸二酯键是复制的基本化学反应 (dNMP)n + dNTP → (dNMP)n+1 + PPi DNA 新链生成需引物和模板; 新链的延长只可沿5'→ 3'方向进行 DNA聚合酶(依赖DNA的DNA聚合酶)催化核苷酸之间聚合 活性 5'-3' 的聚合活性 核酸外切酶活性 3'-5'外切酶活性 能辨认错配的碱基对,并将其水解 5'-3'外切酶活性 能切除突变的 DNA片段 原核生物的DNA聚合酶分为三型
双向复制 (bidirectional replication) 定义 原核生物复制时,DNA从起始点(origin)向两个方向解链,形成两个延伸方向相反的复 制叉,称为双向复制 原核生物
A. 环状双链DNA及复制起始点(一个复制点) B. 复制中的两个复制叉 C. 复制接近终止点 真核生物
多个复制起点,多起点双复制特征 从一个DNA复制起点起始的DNA复制区域称为复制子 半不连续复制 (semi-discontinuous replication)
拓扑异构分类 拓扑异构酶Ⅰ 切断DNA双链中一股链,使DNA解链旋转不致打结;适当时候封闭切口, DNA变为松弛状态。 反应不需ATP。 拓扑异构酶Ⅱ
双向复制 (bidirectional replication) 定义 原核生物复制时,DNA从起始点(origin)向两个方向解链,形成两个延伸方向相反的复 制叉,称为双向复制 原核生物
A. 环状双链DNA及复制起始点(一个复制点) B. 复制中的两个复制叉 C. 复制接近终止点 真核生物
多个复制起点,多起点双复制特征 从一个DNA复制起点起始的DNA复制区域称为复制子 半不连续复制 (semi-discontinuous replication)
拓扑异构分类 拓扑异构酶Ⅰ 切断DNA双链中一股链,使DNA解链旋转不致打结;适当时候封闭切口, DNA变为松弛状态。 反应不需ATP。 拓扑异构酶Ⅱ
DNA的生物合成
13/16.DNA的生物合成 13.2 原核生物DNA的复制 13.2.1 参与原核DNA复制的酶和蛋白质
1.原核生物的DNA聚合酶 (1)DNA聚合酶Ⅰ:
Klenow片段,含DNA聚合 酶和3´→5´核酸外切酶活性
13/16.DNA的生物合成
13.2 原核生物DNA的复制
13.2.1 参与原核DNA复制的酶和蛋白质
• 基因组能独立进行复制的单位称为复制子,每个复制子都含有控制复制起始
的起点,可能还有终止复制的终点
• 大多数原核生物染色体DNA的复制是双向,形成复制眼,单向复制的特殊形
式,称为滚动环式
• 真核生物染色体DNA是线形双链分子,含有许多复制起点,因此是多复制子。
13/16.DNA的生物合成 13.1 DNA复制的概况 13.1.2 DNA复制的起点和方向
13/16.DNA的生物合成 13.2 原核生物DNA的复制 13.2.1 参与原核DNA复制的酶和蛋白质
1.原核生物的DNA聚合酶
β-滑动夹子 将正在复制的DNA固定在夹子中心,并能随DNA复制沿着模板DNA链滑动 使DNA聚合酶不易从模板脱离,有利于DNA的连续复制
13/16.DNA的生物合成 13.2 原核生物DNA的复制 13.2.1 参与原核DNA复制的酶和蛋白质
2.参与原核生物DNA复制的其他酶和蛋白质 (5)其它蛋白因子
单链结合蛋白(SSB-single-strand binding protein) 稳定已被解开的DNA单链,阻止复性和保护单链不被核酸酶降解。
引发前体 它由多种蛋白质dnaA、dnaB、dnaC、n、n´、n´´ 和i组成。引发前体再与引发
若双链DNA中一条链有切口,一端是3´-OH,另一端是5´-磷酸基,连接酶可 催化这两端形成磷酸二酯键,而使切口连接。
基因的遗传与表达—DNA的生物合成(生物化学课件)
DNA在代谢上的稳定性并非指DNA是一种惰性物质。
项目一 DNA的生物合成
❖ (二)复制必须具备的基本条件
模板:母链DNA
原料:dNTP(包括dATP、dGTP、dCTP、dTTP) 酶和蛋白质因子: 引物:一小段RNA 能量(ATP)及某些无机离子
项目一 DNA的生物合成 参与DNA复制的酶类与蛋白质因子及其主要作用 1.拓扑异构酶(Topo)
6.DNA连接酶
项目一 DNA的生物合成
作用:在有模板指导的条件下,催化2个DNA片段(两片段间的距离 为1个3' ,5' -磷酸二酯键的键长)的连接。
原理:在一个DNA片段的3' -OH末端和另一个DNA片段的5'-P末端形 成3',5'-磷酸二酯键,从而实现连接。
特点:原核细胞:需辅助因子NAD+ 真核细胞:不需辅助因子NAD+,但需耗能(ATP)
解链酶
项目一 DNA的生物合成
3.单链DNA结合蛋白(DNA结合蛋白)(SSB)
作用:防止重新形成双 链和防止单链模板被核酸酶水解,维持 DNA单链状态和完整性
项目一 DNA的生物合成 4.引物酶 DNA不能从无→有合成,需在一小段RNA基础上合成DNA RNA的合成:需引物酶,它是一种特殊的RNA聚合酶。
项目一 DNA的生物合成 复制起始阶段的特点 真核细胞:具有多个
起始位点
原核细胞:仅有一个复制起始位点,但往往是双向复制
项目一 DNA的生物合成
项目一 DNA的生物合成 链的延长
引物合成后,由DNA polⅢ(真核细胞为DNA聚合酶或)催 化,在引物3'-OH末端逐一添加与模板链对应互补的脱氧核苷 磷酸,使新合成的链不断延长。
项目一 DNA的生物合成
❖ (二)复制必须具备的基本条件
模板:母链DNA
原料:dNTP(包括dATP、dGTP、dCTP、dTTP) 酶和蛋白质因子: 引物:一小段RNA 能量(ATP)及某些无机离子
项目一 DNA的生物合成 参与DNA复制的酶类与蛋白质因子及其主要作用 1.拓扑异构酶(Topo)
6.DNA连接酶
项目一 DNA的生物合成
作用:在有模板指导的条件下,催化2个DNA片段(两片段间的距离 为1个3' ,5' -磷酸二酯键的键长)的连接。
原理:在一个DNA片段的3' -OH末端和另一个DNA片段的5'-P末端形 成3',5'-磷酸二酯键,从而实现连接。
特点:原核细胞:需辅助因子NAD+ 真核细胞:不需辅助因子NAD+,但需耗能(ATP)
解链酶
项目一 DNA的生物合成
3.单链DNA结合蛋白(DNA结合蛋白)(SSB)
作用:防止重新形成双 链和防止单链模板被核酸酶水解,维持 DNA单链状态和完整性
项目一 DNA的生物合成 4.引物酶 DNA不能从无→有合成,需在一小段RNA基础上合成DNA RNA的合成:需引物酶,它是一种特殊的RNA聚合酶。
项目一 DNA的生物合成 复制起始阶段的特点 真核细胞:具有多个
起始位点
原核细胞:仅有一个复制起始位点,但往往是双向复制
项目一 DNA的生物合成
项目一 DNA的生物合成 链的延长
引物合成后,由DNA polⅢ(真核细胞为DNA聚合酶或)催 化,在引物3'-OH末端逐一添加与模板链对应互补的脱氧核苷 磷酸,使新合成的链不断延长。
DNA的生物合成
第十二章
DNA的生物合成 (复制)
DNA Biosynthesis,Replication
什么是DNA的复制?
是指遗传物质的传代,以母链DNA为模板 合成子链DNA的过程。
复制
亲代DNA
子代DNA
生物的遗传现象,与遗传物质的复制有关, 多数生物的遗传物质为DNA 。
第一节:复制的基本规律
❖ 半保留(semi-conservative ) ❖ 双向复制 (bidirectional replication) ❖ 半不连续复制 (semi-discontinuous replication) ❖ 高保真性 (high fidelity)
(一)原核生物的DNA聚合酶
DNA-pol Ⅰ DNA-pol Ⅱ DNA-pol Ⅲ
(一)原核生物的DNA聚合酶
分子量(kD) 组成
分子数/细胞 5→3核酸外切酶活性 基因突变后的致死性
DNA-pol I 109
单肽链
400 有 可能
DNA-pol II DNA-pol III
120 ?
? 无 不可能
(二). *DNA复制的保真性
•严格地遵守碱基配对规律:A与T、G与C • DNA-pol III 的ε亚基在复制延长中对碱 基的选择功能 • 复制出错时DNA-pol I 有及时的校读功能
三、复制中的分子解链及DNA 分子 拓扑学变化
DNA分子的碱基埋 在双螺旋内部,只有把 DNA解成单链,它才能 起模板作用。
(一)解螺旋酶、引物酶和单链DNA结合蛋白
原核生物复制起始的相关蛋白质
蛋白质(基因)
通用名
DnaA (dnaA) DnaB (dnaB) DnaC (dnaC)
解螺旋酶
DNA的生物合成 (复制)
DNA Biosynthesis,Replication
什么是DNA的复制?
是指遗传物质的传代,以母链DNA为模板 合成子链DNA的过程。
复制
亲代DNA
子代DNA
生物的遗传现象,与遗传物质的复制有关, 多数生物的遗传物质为DNA 。
第一节:复制的基本规律
❖ 半保留(semi-conservative ) ❖ 双向复制 (bidirectional replication) ❖ 半不连续复制 (semi-discontinuous replication) ❖ 高保真性 (high fidelity)
(一)原核生物的DNA聚合酶
DNA-pol Ⅰ DNA-pol Ⅱ DNA-pol Ⅲ
(一)原核生物的DNA聚合酶
分子量(kD) 组成
分子数/细胞 5→3核酸外切酶活性 基因突变后的致死性
DNA-pol I 109
单肽链
400 有 可能
DNA-pol II DNA-pol III
120 ?
? 无 不可能
(二). *DNA复制的保真性
•严格地遵守碱基配对规律:A与T、G与C • DNA-pol III 的ε亚基在复制延长中对碱 基的选择功能 • 复制出错时DNA-pol I 有及时的校读功能
三、复制中的分子解链及DNA 分子 拓扑学变化
DNA分子的碱基埋 在双螺旋内部,只有把 DNA解成单链,它才能 起模板作用。
(一)解螺旋酶、引物酶和单链DNA结合蛋白
原核生物复制起始的相关蛋白质
蛋白质(基因)
通用名
DnaA (dnaA) DnaB (dnaB) DnaC (dnaC)
解螺旋酶
DNA合成原理及操作PPT课件
第三步:偶合(Coupling):亚磷酰胺四唑中间体与CPG所连接的核苷酸的5′ 羟基发生缩合反应,缩合脱掉四唑,形 成延长一个碱基的核苷酸链。
第四步:盖帽(Capping):少量未反应 (2%)的载体上的核苷酸链的5′羟基会 在后续的循环中参加反应,生成少一个 碱基的核苷酸链,因此需要在反应后进 行封闭。常用乙酰化反应与5′羟基缩合 成酯键,一般用混合乙酸酐和N-甲基咪 唑等做乙酰化试剂。
脱盐纯化:12-15小时
合成2-3小时→ 氨解2小时→ 抽干2-3小时→ 脱 盐0.5小时→ 定量分装1小时→ 抽干2-3小时→ 抽
DNA合成中碱基缺失或错误原因分析
一般客户提出异议时,我们首先给客户重新合成,然后再分析原因。 从合成机理上分析就可以很清楚的表明:人为的因素不可能造成碱基
缺失或个别的碱基错误。如果说某一个碱基由于种种原因(如瓶中溶液 没有了,或管道堵塞),未加入到正在延伸的Oligo上,那么下一个反应 Capping将会把Oligo封死,使整个oligo合成立即中止 。造成的原因可 能是: 1、Taq酶的原因。因为在PCR扩增时引物也被扩增,就可能出现错误 , 2、化学原因 。在合成过程中,如果本公司提供的DNA合成报告单是正确的, 表示合成是成功的 。化学合成的DNA片段要比天然的DNA片段有更多的 碱基突变概率。但其真正的化学机理还不太清楚,但可以肯定的是要保 证100%不发生错误是不可能的。 解决的办法: 1、采用高保真的 Taq酶 2、重新挑克隆 3、重合引物
一定要合成效果很好才选用此方法。
4.4 HPLC纯化
HPLC吸附基质分反相柱和离子柱:
RP(反相柱)是根据疏水性的差别来分离 的:疏水性更强的长片段比短片段在柱内保留的时 间更长。
分子生物学原理--DNA的生物合成演示课件
合酶的活性,称为Klenow片段。 • 真核生物中发现的DNA聚合酶有、、和。
09.10.2020
6
DNA聚合酶催化的反应
• 5’到3’的聚合活性 (dNMP)n+dNTP(d
NMP)n+1+Ppi
09.10.2020
7
DNA聚合酶催化的反应
• 5’到3’的聚合活性 (dNMP)n+dNTP(d
09.10.2020
4
第一节 参与DNA复制的酶
• 底物:脱氧三磷酸核苷 • 聚合酶:依赖DNA的DNA聚合酶 • 模板:解开成单链的DNA母链 • 引物:一段寡核苷酸 • 其它酶和蛋白质因子:起解链、理顺双螺
旋、稳定单链的作用。连接酶。
09.10.2020
5
一、DNA聚合酶
• 大肠杆菌中有DNA聚合酶I,II和III。 • Pol III被认为是原核生物细胞内真正起复制作用的酶。 • Pol I可以被蛋白酶分成大小片段,大片段有DNA聚
• 拓扑酶对DNA分子的作用都 是既能水解,又能连接磷酸 二酯键。
• 拓扑酶I:不需要ATP,切断 DNA双链中的一股,使DNA 解链旋转中不打结,适当的 时候又把切口封闭,使DNA 变成松驰状态。
• 拓扑酶II在无ATP时,切断 处于超螺旋的DNA分子,使 超螺旋松驰。在有ATP时, 松驰状态的DNA进入负超螺 旋状态,断口在同一酶催化 下再连接起来。
• 连接酶连接的都是碱基互补基础上的双链中的 单链缺口,它并没有连接单独存在的DNA单 链或RNA单链的作用。
09.10.2020
16
三种酶催化生成磷酸二酯键的比较
提供核糖 3’-OH 提供 5’-P
结果
DNA 聚合酶 连接酶
09.10.2020
6
DNA聚合酶催化的反应
• 5’到3’的聚合活性 (dNMP)n+dNTP(d
NMP)n+1+Ppi
09.10.2020
7
DNA聚合酶催化的反应
• 5’到3’的聚合活性 (dNMP)n+dNTP(d
09.10.2020
4
第一节 参与DNA复制的酶
• 底物:脱氧三磷酸核苷 • 聚合酶:依赖DNA的DNA聚合酶 • 模板:解开成单链的DNA母链 • 引物:一段寡核苷酸 • 其它酶和蛋白质因子:起解链、理顺双螺
旋、稳定单链的作用。连接酶。
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5
一、DNA聚合酶
• 大肠杆菌中有DNA聚合酶I,II和III。 • Pol III被认为是原核生物细胞内真正起复制作用的酶。 • Pol I可以被蛋白酶分成大小片段,大片段有DNA聚
• 拓扑酶对DNA分子的作用都 是既能水解,又能连接磷酸 二酯键。
• 拓扑酶I:不需要ATP,切断 DNA双链中的一股,使DNA 解链旋转中不打结,适当的 时候又把切口封闭,使DNA 变成松驰状态。
• 拓扑酶II在无ATP时,切断 处于超螺旋的DNA分子,使 超螺旋松驰。在有ATP时, 松驰状态的DNA进入负超螺 旋状态,断口在同一酶催化 下再连接起来。
• 连接酶连接的都是碱基互补基础上的双链中的 单链缺口,它并没有连接单独存在的DNA单 链或RNA单链的作用。
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三种酶催化生成磷酸二酯键的比较
提供核糖 3’-OH 提供 5’-P
结果
DNA 聚合酶 连接酶
DNA的生物合成课件
(五) 复制的过程 3.复制叉的推进-复制叉推进的过程
一.DNA的复制
② 随后链的合成
冈崎片段的连结:DNA聚合酶 Ⅰ一面以其DNA聚合活 性在上游冈崎片段的3'-OH末端添加 脱氧核苷酸,一面以其5'→3'核酸外 切活性切除引物,直至将引物全部切 除。 DNA连接酶将最后的缺口补好。
(五) 复制的过程 3.复制叉的推进-复制叉推进的过程
第一节 DNA的生物合成
一. DNA的复制
复制部位:
真核生物: 细胞核 原核生物: 细胞质的核质区
(一) 复制的反应
一. DNA的复制
n1d
2TdP 3TdP 4TdPTTP
DNA聚合酶 DNA+ (
DNA模板
n1+n2+n3+n4)PPi
PPi随即被焦磷酸酶水解,从 而推动聚合反应的进行。
(二) 复制的方式 半保留复制
原核生物的DNA 上一般只有一个复制原点,但 在迅速生长时期,第一轮复制尚未完成,就在起 点处启动第二轮复制;
真核生物则有多个复制原点,可以同时启动 复制过程。
(五) 复制的过程
1. 复制的启动
一.DNA的复制
复制过程的调控主要取决于复制启动的频率, 而DNA延长的速度大体上是恒定的。由于真核生物 在多位点上启动复制,所以尽管其DNA比原核生物 DNA大得多,但复制的总速度反而比原核生物快。
(四)参与复制的酶和蛋白质
4. 使DNA双螺旋解开的酶和蛋白质
一.DNA的复制
单链结合蛋白(SSBP): 与解链后的DNA单链结合,阻止其再次形成双
螺旋。大肠杆菌SSB为177 aa 多肽,以四聚体形式 存在,与 32 个 bp DNA 区相结合,结合后的 DN 分子僵硬,不易 弯曲,有利于单链DNA分子的稳 定,避免核酸酶进攻;同时降低了Tm值,进一步 促进DNA的解链。
高中生物 DNA的生物合成课件
含有解螺旋酶、DnaC蛋白、引物酶和DNA 复制起始区域的复合结构称为引发体。
3
5 3
引物
5
引物是由引物酶催化合成的短链RNA分子。
(二)复制的延长
复制的延长指在 DNA-pol 催化下, dNTP 以 dNMP的方式逐个加入引物或延长中的子链上, 其化学本质是磷酸二酯键的不断生成。
3' 5'
3´
?
5´
T C G AA G T C C T A G C G A C
• 3 5外切酶活性 能辨认错配的碱基对,并将其水解。 • 5 3外切酶活性 能切除突变的 DNA片段。
目录
(一)原核生物的DNA聚合酶
DNA-pol Ⅰ
DNA-pol Ⅱ
DNA-pol Ⅲ
(一)原核生物的DNA聚合酶
拓扑异 构酶Ⅱ
切断DNA分子两股链,断端通过 切口旋转使超螺旋松弛。 利用ATP供能,连接断端, DNA 分子进入负超螺旋状态。
目录
五、DNA连接酶
• DNA连接酶(DNA ligase)作用方式
连接 DNA 链 3-OH 末端和相邻 DNA 链 5-P 末端,使二者生成磷酸二酯键,从而把两段相 邻的DNA链连接成一条完整的链。
DNA-pol I DNA-pol II 分子量(kD) 组成 分子数/细胞 5→3核酸外切酶活性 基因突变后的致死性 109 单肽链 400 有 可能 120 ? ? 无 不可能 DNA-pol III 250 多亚基不对称 二聚体 20 无 可能
DNA-pol Ⅰ
(109kD)
功能:对复制中的错误进行校读,对复制和 修复中出现的空隙进行填补。
• 解螺旋酶(helicase) ——利用ATP供能,作用于氢键,使DNA双链 解开成为两条单链 • 引物酶(primase) ——复制起始时催化生成RNA引物的酶 • 单链DNA结合蛋白(single stranded DNA binding protein, SSB) ——在复制中维持模板处于单链状态并保护单 链的完整
DNA合成原理ppt课件
O CPG
DM TO
Base 2
O
I2
O
NCH2CH2COP O O
Base 1 O
O CPG
核苷酸的纯化方法
在所有合成循环结束后,就得到一个目标DNA片段粗品, 首先需经过氨解步骤,然后再通过各种方式进行纯化。
氨解
❖切
割:将合成好的寡聚核苷酸从固体载体(CPG)上化学切割下来。 常用新鲜的浓氨水来裂解CPG 上连接化合物与初始核苷间的 酯键。
核酸
磷酸
核苷酸
核苷
戊糖:核糖 碱基:A 、G 、C 、U
脱氧核苷酸
磷酸 脱氧核 苷
戊糖:脱氧核糖 碱基:A 、G 、C 、T
A (腺嘌呤)、G (鸟嘌呤)、C (胞嘧啶)、 U (尿嘧啶)、T (胸腺嘧啶)
HO
O
Base HO
O
Base
O O P OH
OH
O
OH
O P OH
OH
脱氧核苷酸 Base=A, G, C, T
➢ 优点:自动化程度高,省人力,纯化效果好,纯度可达 99%以上,特别是在标记引物和特殊修饰探针纯 化中效果好。
➢ 缺点:纯化量小,不能纯化长片段,设备昂贵。
❖ 各纯化方法的比较
纯化方法
优点和缺点
C18柱脱盐 省时省力,但只能去除盐分,不能去除比目的片段短的小片段。
OPC PAGE HPLC
省时省力,纯化效果略好于C18柱,但对于小片段的去除效果 不太好,并且吸附量低,对于长于25bp的片段纯化效果不好。
➢ 优点:所有纯化方法中最简单的一种。
➢ 缺点:不能有效去除比目的片段短的小片段,前提是合成 效果很好时才能选用此法。
❖ OPC 纯化
DNA的生物合成生物化学课件
SSB曾被称为螺旋反稳定蛋白
(HDP)。在大肠杆菌,它是由177个氨
基酸残基组成的同四聚体,结合单链DNA
的跨度约32个核苷酸单位。
SSB与解开的DNA单链紧密结合,防
止
重新形成双链,并免受核酸酶降解。在复
制中维持模板处于单链状态。
43
3. DNA拓扑异构酶 (topoisomerase) :
拓扑:是指物体或图像作弹性移位而又保 持物体不变的性质。 拓扑异构酶:是一类可改变DNA拓扑性质 的酶。对DNA分子的作用是既能水解、又
27
28
第二、3′→5′的外切作用(3′→5′exonuclease action)
大肠杆菌DNA聚合酶Ⅰ除具有5′→3′的聚合
作用外,也能催化从3′-末端水解DNA链,而产
生游离的单核苷酸,称为3′→5′的外切作用。
其3′→5′的外切作用对DNA的聚合具有校正功
能。错位接上去的碱基C会被DNA聚合酶Ⅰ的
23
24
三、参与DNA复制的一些酶类和蛋白质
DNA链合成基本条件: dNTP Mg++ 3’-OH引物 DNA模板 酶和蛋白质因子
25
(一)DNA聚合酶 DNA聚合酶(DNA polymerase)在有 DNA模板存在时,可催化合成DNA,因此, 又 称 为 DNA 指 导 的 DNA 聚 合 酶 ( DNAdirected DNA polymerase , DDDP )。 1.大肠杆菌DNA聚合酶(原核生物) 1956 年, Kornberg 等人首次从大肠杆 菌的提取液中发现了一种能催化合成 DNA 的酶,称为DNA聚合酶Ⅰ。
52
(一)原核生物DNA复制过程 1.复制的起始
6
(推荐)《DNA的生物合成》PPT
DNA复制时,亲代DNA双螺旋解开成为两 条单链,各自作为模板,按照碱基配对规 律合成一条与模板相互补的新链,形成两 个子代DNA分子。每一个子代DNA分子中 都保留有一条来自亲代的链。这种DNA复 制的方式称为半保留复制。
6
DNA半保留复制的实验证明
含15N-DNA的细菌
培养于普 通培养基
第一代细菌 继续培养于 普通培养基
Mechanism of DNA replication
3’
5’
P
P
C
G
P
P
G
C
P
P
A
T
P
3’
P
OH
P
T
A
P
A
T
P
T
5’ 23
template Primer and the direction of new strand
Mechanism of DNA replication
3’
5’
P
P
C
G
P
P
G
复制叉的解链方向
随从链
冈崎片段
5’
3’ 5’
31
四、复制的保真性
新链的延伸过程严格遵守碱基配对的规律,即 A=T,G ≡ C 。
DNA聚合酶对碱基的选择能力,能选择与亲代模 板链正确配对的碱基进入子链相应的位置。
校读修正错配碱基,通过DNA聚合酶的3′→5′外 切酶活性,在碱基发生错配时,及时切除并更换 上正确碱基。
46
三、引物酶和引发体(primase, primosome )
引物酶,即Dna G蛋白,催化引物的生成
引发体,由ori C,Dna A、Dna B、Dna C 及Dna G组成 引物为一段短的RNA片段 为什么需要引物?
6
DNA半保留复制的实验证明
含15N-DNA的细菌
培养于普 通培养基
第一代细菌 继续培养于 普通培养基
Mechanism of DNA replication
3’
5’
P
P
C
G
P
P
G
C
P
P
A
T
P
3’
P
OH
P
T
A
P
A
T
P
T
5’ 23
template Primer and the direction of new strand
Mechanism of DNA replication
3’
5’
P
P
C
G
P
P
G
复制叉的解链方向
随从链
冈崎片段
5’
3’ 5’
31
四、复制的保真性
新链的延伸过程严格遵守碱基配对的规律,即 A=T,G ≡ C 。
DNA聚合酶对碱基的选择能力,能选择与亲代模 板链正确配对的碱基进入子链相应的位置。
校读修正错配碱基,通过DNA聚合酶的3′→5′外 切酶活性,在碱基发生错配时,及时切除并更换 上正确碱基。
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三、引物酶和引发体(primase, primosome )
引物酶,即Dna G蛋白,催化引物的生成
引发体,由ori C,Dna A、Dna B、Dna C 及Dna G组成 引物为一段短的RNA片段 为什么需要引物?
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• 半保留复制的实验证据:1958年Meselson和 半保留复制的实验证据:1958年Meselson和 Stahl用同位素 标记大肠杆菌DNA, DNA,首先证明 Stahl用同位素15N标记大肠杆菌DNA,首先证明 DNA的半保留复制 的半保留复制。 了DNA的半保留复制。
15N-DNA的密度大于14N-DNA的密度 DNA的密度大于 DNA的密度
但是它不能将两条游离的DNA单链连接起来。 但是它不能将两条游离的DNA单链连接起来。 DNA单链连接起来
大肠杆菌和其它细菌的DNA连接酶要求NAD 提供能量, 大肠杆菌和其它细菌的DNA连接酶要求NAD+提供能量,在高等生 和其它细菌的DNA连接酶要求 物和噬菌体中,则要求ATP提供能量。T4噬菌体的DNA连接酶不 和噬菌体中,则要求ATP提供能量。T4噬菌体的DNA连接酶不 ATP提供能量 噬菌体的DNA连接酶 仅能在模板链上连接DNA和DNA链之间的切口, 仅能在模板链上连接DNA和DNA链之间的切口,而且能连接无单 DNA 链之间的切口 链粘性末端的平头双链DNA。 链粘性末端的平头双链DNA。 DNA
解螺旋酶 ATP
dnaA、B、C… 、 、
DnaA、B、C… 、 、
2.
单链DNA结合蛋白(SSB) 单链DNA结合蛋白(SSB) DNA结合蛋白
作用:防止单链DNA重 作用:防止单链DNA重 DNA 新形成双链,防止单 新形成双链, DNA被核酸酶水解 链DNA被核酸酶水解
SSB
3. 拓扑异构酶
ATP
TOPOⅡ Ⅱ
TOPOⅡ Ⅱ
DNA聚合酶 DNA-pol) 聚合酶( (三) DNA聚合酶(DNA-pol) 即依赖于DNA的DNA聚合酶(DDDP) 即依赖于DNA的DNA聚合酶(DDDP) DNA 聚合酶
原核生物有3 原核生物有3种:
DNA-polⅠ、 Ⅱ、 Ⅲ DNA-polⅠ
真核生物有多种: 真核生物有多种:
DNA聚合酶 聚合酶Ⅲ 是原核生物DNA DNA复制的主要聚合 ⑶ DNA聚合酶Ⅲ:是原核生物DNA复制的主要聚合 酶,该酶由10种亚基组成,其中α、ε、θ形成全酶 该酶由10种亚基组成,其中α 10种亚基组成 的核心酶。具有5 的核心酶。具有5’→3’DNA聚合酶活性( α亚基, DNA聚合酶活性( 亚基, 聚合酶活性 速率高); 具有3 外切酶( 亚基) 速率高); 具有3’ → 5’外切酶(ε亚基)的校 对功能,提高DNA复制的保真性;还具有5’ → 3’ 对功能,提高DNA复制的保真性;还具有5 DNA复制的保真性 外切酶活性(单链有效,其意义未知)。 外切酶活性(单链有效,其意义未知)。 DNA聚合酶IV和 聚合酶IV 1999年发现 年发现, DNA严重 (4) DNA聚合酶IV和V:1999年发现,当DNA严重 损伤时,诱导产生。 损伤时,诱导产生。
DNA聚合酶Ⅰ DNA聚合酶Ⅰ 聚合酶 亚基数目 5’ 3’聚合活性 聚合活性 3’ 5’外切活性 外切活性
保护DNA DNA复制的 (保护DNA复制的 忠实性fidelity fidelity) 忠实性fidelity)
DNA聚合酶Ⅱ DNA聚合酶Ⅱ 聚合酶 >1(多亚基酶 ) + 很低 +
DNA聚合酶Ⅲ DNA聚合酶Ⅲ 聚合酶 >1(多亚基酶) 多亚基酶) + 很高 +
(一)复制的化学反应
N1OH +dN TP +dN2 DNA pol
生成磷酸二酯键 5`
N1N2-OH
5`
3`
+PPi 3`
TAGAAGACCTATTGGCC——5’ 3’——TAGAAGACCTATTGGCC TAGAAGACCTATTGGCC 5 ATCTTCTGGATAACCGG 5’——ATCTTCTGGATAACCGG ATCTTCTGGATAACCGG——3’ 3
第十六章 DNA的生物合成
DNA是生物遗传的主要物质基础, DNA是生物遗传的主要物质基础,生物机体的 是生物遗传的主要物质基础 遗传信息以密码的形式编码在DNA分子上, DNA分子上 遗传信息以密码的形式编码在DNA分子上,表现为 特定的核苷酸排列顺序,并通过DNA DNA的复制由亲代 特定的核苷酸排列顺序,并通过DNA的复制由亲代 传递给子代。在后代的生长发育过程中, 传递给子代。在后代的生长发育过程中,遗传信 息自DNA转录给RNA,然后翻译成特异的蛋白质, DNA转录给RNA,然后翻译成特异的蛋白质 息自DNA转录给RNA,然后翻译成特异的蛋白质,以 执行各种生命功能, 执行各种生命功能,使后代表现出与亲代相似的 遗传性状。 遗传性状。
三、
DNA复制的酶学 DNA复制的酶学
模板:解开成单链的DNA DNA母链 1. 模板:解开成单链的DNA母链 底物dNTP dATP,dGTP,dCTP, 2. 底物dNTP :dATP,dGTP,dCTP,dTTP DNA聚合酶 DNA聚合酶, 3. DNA聚合酶,DNA-pol 引物(primer):RNA引物 ):RNA 4. 引物(primer):RNA引物 5. 其他酶和蛋白质因子
1(单体酶) 单体酶) + 中 +
5’ 3’外切活性 外切活性
+
-
DNA 复制的主要 聚合酶, 聚合酶,还具有 3’-5‘ 外切酶 的校对功能, 的校对功能,提 DNA复制的保真 高DNA复制的保真 性
主要是对DNA损伤的 主要是对DNA损伤的 DNA 修复;以及在DNA DNA复 修复;以及在DNA复 制时切除RNA RNA引物并 制时切除RNA引物并 填补其留下的空隙。 填补其留下的空隙。
-
-
+
+
+
功能
引物 合成
修复 线粒体DNA 作用 的复制
核DNA 的复制
修复 作用
DNA连接酶 1967年发现 连接酶( 年发现) (四) DNA连接酶(1967年发现)
若双链DNA中一条链有切口,一端是3 若双链DNA中一条链有切口,一端是3’-OH,另一端是5 ’ DNA中一条链有切口 OH,另一端是5 -磷酸基,连接酶可催化这两端形成磷酸二酯键,而使切口连接。 磷酸基,连接酶可催化这两端形成磷酸二酯键,而使切口连接。 3‘ 5‘ OH P 5‘ 3‘
Topo酶 切割DNA链 Topo酶:切割DNA链,使其松弛后再连接 DNA TopoⅡ(DNA Gyrase) Ⅱ )
Helicase
Supercoiled DNA
TOPOⅡ Ⅱ
Helicase
TOPOⅡ Ⅱ
TOPOⅡ Ⅱ
TOPOⅡ Ⅱ
TOPOⅡ Ⅱ
TOPOⅡ Ⅱ
TOPOⅡ Ⅱ
TOPOⅡ Ⅱ
DNA的半保留复制的生物学意义: DNA的半保留复制的生物学意义: 的半保留复制的生物学意义 • DNA的半保留复制表明DNA在代谢上的稳 DNA的半保留复制表明DNA在代谢上的稳 的半保留复制表明DNA 定性, 定性,保证亲代的遗传信息稳定地传递 给后代。 给后代。
DNA在代谢上的稳定性并非指DNA是一种惰性物 DNA在代谢上的稳定性并非指DNA是一种惰性物 在代谢上的稳定性并非指DNA 质。
催化DNA的拓扑连环数发生变化的酶, DNA重组修复和其他 催化DNA的拓扑连环数发生变化的酶,在DNA重组修复和其他 DNA的拓扑连环数发生变化的酶 转变方面起重要作用。 转变方面起重要作用。 除连环数不同外其它性质均相同的DNA分子称为拓扑异构体, 除连环数不同外其它性质均相同的DNA分子称为拓扑异构体, DNA分子称为拓扑异构体 引起拓扑异构体反应的酶称为拓扑异构酶 引起拓扑异构体反应的酶称为拓扑异构酶 拓扑异构酶І: DNA一条链发生断裂和再连接。 拓扑异构酶 :使DNA一条链发生断裂和再连接。作用是松 一条链发生断裂和再连接 解负超螺旋,反应不需要能量。主要集中在活性转录区, 解负超螺旋,反应不需要能量。主要集中在活性转录区, 同转录有关。 同转录有关。 拓扑异构酶Π 拓扑异构酶Π:使DNA两条链发生断裂和再连接。当引 DNA两条链发生断裂和再连接。 两条链发生断裂和再连接 入负超螺旋时需要由ATP提供能量,同复制有关。 ATP提供能量 入负超螺旋时需要由ATP提供能量,同复制有关。 二者共同控制DNA的拓扑结构。 二者共同控制DNA的拓扑结构。 DNA的拓扑结构
5’
3’
二、DNA的半不连续复制 的半不连续复制
拓扑异构酶 单链结合蛋白 解链酶 引物酶及引发体 DNA聚合酶 DNA聚合酶 DNA连接酶 DNA连接酶 引物 领头链 3′ 5′ 冈崎片段
随从链
3′
5′
几个重要概念 1.半不连续性:DNA复制过程中, 1.半不连续性:DNA复制过程中,一条链是连续 半不连续性 复制过程中 复制, 复制,另一条链是不连续复制的现象 2.领头链:链的延长方向(5’→ ) (5 2.领头链:链的延长方向(5 → 3’)与解链方向 领头链 相同, 相同, 为连续复制 随从链: 链的延长方向(5 (5’→ ) 3. 随从链: 链的延长方向(5 →3’)与解链方 向相反, 向相反,为不连续复制 4. 冈崎片段(Okazaki fragment): 冈崎片段( fragment): 不连续复制的片段
(二) 解链相关酶类 解旋酶(helicase) 1. 解旋酶(helicase) 2. 拓扑异构酶(topoisomerase I、II) 拓扑异构酶( I、II) 单链DNA结合蛋白(SSB) DNA结合蛋白 3. 单链DNA结合蛋白(SSB)
1.解旋酶 (helicase) 1.解旋酶
作用:断裂互补碱基间的氢键, DNA成单链 作用:断裂互补碱基间的氢键,使DNA成单链
修复紫外光引起 DNA损伤 的DNA损伤
在真核细胞内有五种DNA聚合酶 与细菌DNA DNA聚合酶的性质基本 在真核细胞内有五种DNA聚合酶 (与细菌DNA聚合酶的性质基本 DNA 相同:底物、模板、引物、方向) 相同:底物、模板、引物、方向) α β γ δ ε 定位 细胞核 细胞核 线粒体 细胞核 细胞核 3’- 5’ 外切 酶活性