第十章 微生物的分类与鉴定
第十章微生物的分类与鉴定
第十章微生物的分类与鉴定
§.1 通用分类单元 （一）种的概念
●种：微生物的基本分类单位，具有许多共同特征 的菌株的集合。
●典型菌株（type strain） : 最具种特征的代表菌株。(Kribbella amoyensis
sp. nov. type strain is XMU 198T )
《 The fungi 》, Ainsworth, 1973 《Ainsworth and Bisby’s Dictionary of the Fungi》
----7版，1983年，Hawksworth ----8版，1995年， Hawksworth
第十章微生物的分类与鉴定
书355
第十章微生物的分类与鉴定
Acetobacter pasteurianus subsp. pasteurianus
(三名法)
●学名(科学名):拉丁文,斜体 ●属名第一字母大写 ● 性、数、格一致
第十章微生物的分类与鉴定
●名字的应用：
Bacillus subtilis CMCC 63501 Bacillus subtilis Cohn 1874 Bacillus sp. Bacillus spp. ●缩写：B . Subtilis
第十章微生物的分类与鉴定
1995, Haemophilus influenzae 和Mycoplasma genetalium 最 早被测序
第十章微生物的分类与鉴定
●细菌新种发表的要求 1）在IJSB（IJSEM)等国际刊物上发表 2）国内发表应送副本给IJSB编辑，以获
有效目录公布 3）提供模式种 4）符合命名法规要求 5）符合优先律
微生物的分类知识
化石资料、形态学、比较胚胎学
高等动植分类
较正确反映其系统发育
微生物分类的难题：
绝大部分微生物个体小、形态简单、易受环境 影响而变异、缺少有性繁殖、缺乏化石资料。 生物分类的二种基本原则：
a）根据表型(phenetic)特征的相似程度分群归类，这种 表型分类重在应用，不涉及生物进化或不以反映生 物亲缘关系为目标；
若二个在形态及生理生化特性方面及其相似的菌株，如果 其G+C含量的差别大于5%，则肯定不是同一个种，大于15% 则肯定不是同一个属。 在疑难菌株鉴定、新种命名、建立一个新的分类单位时， G+C含量是一项重要的，必不可少的鉴定指标。
其分类学意义主要是作为建立新分类单元的一项基本特 征和把那些G+C含量差别大的种类排除出某一分类单元。 G+C含量的比较主要用于分类鉴定中的否定
（亲缘关系相对远的微生物之间的亲缘关系比较）
c）核酸探针；
（利用特异性的探针，用于细菌等的快速鉴定）
(3) 16SrRNA或18SrRNA的核酸序列分析
16SrRNA被普遍公认为是一把好的谱系分析的“分子尺”：
16SrRNA的序列高度保守，可精确指示细菌之间的亲缘关系
16SrRNA的大小为1500bp左右，所含信息能反映生物界进化关 系，易操作，适用于各级分类单元 目前常用的是建立在PCR技术基础上的16SrRNA基因的直接测 序法，方便快捷。
☆生理生化特征 与微生物的酶和调节蛋白质的本质和活性直接相关； 酶及蛋白质都是基因产物； 对微生物生理生化特征的比较也是对微生物基因组的间接比较； 测定生理生化特征比直接分析基因组要容易得多；
营养类型； 与氧的关系； 对温度的适应性； 对渗透压的适应性； 对pH的适应性； 代谢产物等
11第十章微生物分类14年
2.《伯杰氏系统细菌学手册》
（Bergey’s Manual of systematic Bocteriology, 1984）
放线菌： 1. 中国科学院微生物研究所编著的放线菌目分科、分属检索表。 2. 克拉西里尼可夫（前苏联）“细菌放线菌分类手册”。 3. 瓦克斯曼（美）“放线菌分类”
18
二、真菌的分类系统
11
菌株（strain)或品系，从自然界分离得到的任何一种
微生物的纯培养物都可以称为微生物的一个菌株；用 实验方法（如通过诱变）所获得的某一菌株的变异型， 也可以称为一个新的菌株，以便与原来的菌株相区别。
模式菌株：一个被指定为能代表一个种群的菌株，是
活体标本
12
第二节 微生物在自然界的地位
科学家估计有分类纪录的各类物种大约 有150万，其中微生物超过10万种，而且其数 目还在不断增加。微生物学工作者要认识、 研究和利用微生物或控制有害微生物，必须 对它们进行分类（classification）。
与微生物的酶和调节蛋白质的本质和活性直接相关； 酶及蛋白质都是基因产物；
对微生物生理生化特征的比较也是对微生物基因组的间接比较；
测定生理生化特征比直接分析基因组要容易得多；
营养类型； 与氧的关系；
对温度的适应性；
对渗透压的适应性；对pH的适应性； 代谢产物等
27
28
微型、简便、快速或自动化鉴定技术
样， 具有既不同其他细菌也不同于其核生物的序列特征，
而它们之间则具有许多共同的序列特征。
三界(域)为：
Bacteria(细菌)、Archaea(古生菌)和Eukarya(真核生物)。
16
17
第三节 各大类微生物的分类系统纲要
章十 微生物的分类和鉴定
亚种以下的分类单元
亚种（subspeciers）：种的进一步细分，一般指其某 一民而稳定的特征与模式中不同的种常在种名、署名 的加词后写上subsp.然后再写具体亚种的加词； 变种（ variety）：容易引起混乱； 型 form：使用中用型作为后缀；表示细菌菌株，现已 作废； 类群（group）：没有分类地位非正式地指定一组具有 某些共同性状的生物； 菌株（strain）：表示任何由一个独立分离的单细胞繁 殖而成的纯种群体极其一切后代；实际上是一个微生 物达到遗传性纯的标志。 小种（race）：涵义较乱，在不同分支学科中由不同 涵义； 相（phase）：自然界存在的微生物交互变异的一定阶 段； 态（state）：通常指微生物的菌落变异状态。
《伯杰氏系统细菌学手册》
1st ed, 1984-1989, 分为4卷；是在《伯杰氏鉴定细菌 手册》 8th ed 的基础之上增加了大量的分子生物学资料。 但由于当时细菌系统发育的资料仍较零碎，所以有相当一 部分类群未能科目级别分类，从实际需要出发，主要根据 表型特征将整个原核生物分为33组，33个组的划分见表。 国际上最为流行的版本。微生物分类技术和学术理论的发 展促进了生物科学的进步。 2ed ed, 2000开始出版，分为5卷，提出完整的系统分类， 将原核生物分为：古细菌界（2门、5组、8纲、11目、17科、 63属、208种）；细菌界：（16门、26组、27纲、62目、 163科、814属、4727种）；反映了人们对生物系统发育的 深刻认识。
微生物的分类与鉴定
高通量鉴定技术的展望
01 基因测序技术
高通量测序技术能够快速获取微生物全基因组信 息，为微生物分类与鉴定提供了新的手段。
02 自动化鉴定系统
开发自动化鉴定系统，能够快速、准确地鉴定大 量微生物样本，提高鉴定效率。
03 标准化与数据库建设
建立标准化的微生物分类与鉴定数据库，为高通 量鉴定技术的广泛应用提供支持。
THANKS
感谢观看
微生物的分类与鉴定
汇报人：
202X-12-24
目录
• 微生物的分类 • 微生物的鉴定方法 • 微生物的鉴定技术 • 微生物鉴定的应用 • 微生物分类与鉴定的挑战与展望
01
微生物的分类
细菌
革兰氏阳性菌
具有厚重的细胞壁，对青霉素敏感。
厌氧菌
在缺氧环境中生长繁殖。
革兰氏阴性菌
具有较薄的细胞壁，对青霉素不敏感。
详细描述
分子生物学鉴定是通过分析微生物的基因序列、蛋白质表达等分子特征来进行分类和鉴定的方法。这种方法具有 很高的准确性和灵敏度，可以用于鉴定难以通过形态和生理生化特征鉴别的微生物。例如，PCR技术和基因测序 技术可以用于检测和鉴定特定的微生物。
03
微生物的鉴定技术
基因测序技术
基因测序技术是利用现代生物技术对微生物基因组进行 测序，通过比对已知基因库，确定微生物的种属和基因 型。
微生物分类与鉴定的挑战与
05
展望
微生物多样性的挑战
微生物种类繁多
微生物种类数量庞大，形态多样，给分类与鉴定带来很大挑战。
鉴定方法有限
传统的微生物鉴定方法依赖于形态、生理生化特征等，对于某些特 殊或稀有微生物可能难以准确鉴定。
微生物生态学研究需求
微生物的分类与鉴定
23
➢ 《伯杰氏系统细菌学手册》1984-1989（第一版） ➢ 1986年第一卷 :一般医学上或工业的重要的革兰
氏阴性菌 ➢ 1988年第二卷:除了放线菌之外的革兰氏阳性菌 ➢ 1989年第三卷:古细菌、蓝细菌和第一卷以外的
其余的G-菌 ➢ 1989年第四卷:放线菌
生物分类的传统指标
形态学特征、 生理学特征、 生态学特征
从不同层次(细胞的、分子的)，用不同学科(化学、物理学、遗传 学、免疫学、分子生物学等)的技术方法来研究和比较不同微生 物的细胞、细胞组分或代谢产物，从中发现的反映微生物类群特征 的资料。
在现代微生物分类中，任何能稳定地反映微生物种类特征的资料， 都有分类学意义，都可以作为分类鉴定的依据。
生物分类学上种以下的分类单位。但其基本特征仍未超脱原种范 围的一群个体。
种内某一个体可能由于突变而发生变异，在自然选择和人工选择 下，这种变异会在种内不断扩散，最后形成某些遗传性不同于原 种的一个群体。
变种仍能和原种进行基因交流。 变种和亚种没有本质差别，有时常混用。
指某一明显而稳定的特征与模式种不同的种，有时称 小种。
一、分类单元及其等级
界 （Kingdom） (Regnum) 门 （Phylum） (Phylum) 纲（Class） (Classis) 目（Order） (Ordo) 科（Family） (Familia)
属（Genus） (Genus) 种（Species） (Species)
微生物的分类单位
种和亚种指定模式菌株（type strain）； 亚属和属指定模式种（type species）； 属以上至目级分类单元指定模式属（type genus）； 模式菌株应送交菌种保藏机构保藏，以便备查考和索取。
微生物学在线测试答案
微生物学在线测试答案第十章微生物的分类与鉴定选择题（每题1分，共10题，10分）1.Bacillus的译名为：（ D ）正确A.假单胞菌属B. 乳酸杆菌属C. 梭菌属D. 芽孢杆菌属2.下列传统指标中始终被用作微生物分类和鉴定的重要依据的是（ A ）正确A. 形态学特征B. 生理特征C. 生态学特征D. 免疫特征3.Staphylococcus aureus的译名为：（ A ）正确A. 葡萄球菌属B. 乳酸杆菌属C. 梭菌属D. 芽孢杆菌属4.1978年，下列哪位科学家提出新的生物分类概念，根据16SrRNA的碱基序列将生物清晰地划分为三原界。
（ B ）正确A .ConardB. WoeseC. LeedaleD. Jahn5.Bacillus subtilis AS1.389 是（ C ）正确A. 种名B. 属名C. 菌株名D. 科名6.有关菌株的说法，下列哪项说法不对（ B ）正确A. 菌株强调的是遗传型纯的谱系B. 菌株的名称不可随意确定C. 菌株与克隆相同，为一个物种内遗传多态性的客观反映D. 菌株实际上是某一微生物达到遗传型纯的标志7.根据你所掌握的知识，你认为形态学特征在以下几类微生物中的哪一类分类鉴定中显得更加重要? （ D ）正确A.病毒B.细菌C.酵母菌D.霉菌8.《伯杰氏系统细菌学手册》第二版把葡萄球菌属和微球菌属分别放在不同的门中，最可能的原因是（ D ）正确A.生理生化特征不同B. DNA-DNA杂交同源性不同C.革兰氏染色反应不同D. G+c含量和rRNA序列不同9.细菌的种名也用双名法命名，即种的学名由属名和种名加词两部分组合而成。
第一个词的首字母要大写，该词是（ B ）正确A. 种名B. 属名C. 人名D. 科名10.细菌的下列哪项特性一般不用作对细菌进行分类鉴定的依据（ C ）错误正确答案：DA.球菌直径B.球菌的分裂及排列C.杆菌的直径D.杆菌的分裂及排列第九章传染与免疫选择题（每题1分，共15题，15分）1.类毒素是（ A ）正确A.外毒素脱毒而来B.内毒素脱毒而来C.类似外毒素毒性的毒素D.类似内毒素毒性的毒素2.下列革兰氏染色结果不是阴性的是（ B ）正确A.支原体B.立克次氏体C.衣原体D.放线菌3.与细菌侵袭力无关的致病因素无关的是（ C ）正确A.透明质酸酶B.荚膜C.磷壁酸D.血浆凝固酶4.细菌内毒素的主要成分为（ B ）正确A.肽聚糖B.脂多糖C.脂蛋白D.核蛋白5.下列物质中，属于抗体的是（ D ）正确A. 外毒素B. 内毒素C. 类毒素D. 抗毒素6.以下微生物具有特殊的发育周期的是（ B ）正确A.支原体B.衣原体C.立克次体D.螺旋体7.与细菌致病性无关的结构是（ C ）正确A. 荚膜B. 菌毛C. 异染颗粒D. 脂多糖8.细菌代谢产物中，与致病性无关的是（ D ）正确A.毒素B.血浆凝固酶C.透明质酸酶D.细菌素9.与细菌侵袭力无关的物质是（ D ）正确A.荚膜B.菌毛C.血浆凝固酶D.芽胞10.具有粘附作用的细菌结构是（ B ）正确A. 鞭毛B. 普通菌毛C. 芽胞D. 性菌毛11.对机体非特异性免疫叙述，错误的是（ C ）正确A.在种系发育和进化过程中形成B.与生具有，人皆有之C.对某种细菌感染针对性强D.对入侵的病原菌最先发挥作用12.有助于细菌在体内扩散的物质是（ C ）正确A 菌毛B 荚膜C透明质酸酶D 血浆凝固酶13.内毒素的中心成分是（ B ）错误正确答案：CA.特异性多糖B.脂多糖C.核心多糖D.内脂A14.带菌者是指（ D ）正确A. 感染后，临床症状明显，并可传染他人者B.病原菌潜伏在体内，不向体外排菌者C.体内带有条件致病菌者D.感染后，临床症状消失，但体内病原菌未被彻底清除，又不断向体外排菌者15.细菌由局部侵入血流，在血中繁殖，产生大量毒性物质，而引起人体中毒，称为（ D ）正确A. 毒血症B. 脓毒血症C. 菌血症D. 败血症第八章微生物生态选择题（每题1分，共25题，25分）1.生长于下列海水水域中的微生物应认为是极端环境微生物的是（ C ）正确A. 近海海水微生物B. 远洋浅层海水微生物C. 远洋深处海水微生物D. 表面海水微生物2.自然界最适合微生物生活的环境是（ A ）正确A.土壤B.空气D.海水3.植物根系因种类不同而分泌不同的物质，因而对于根际微生物具有（ B ）正确A. 生长促进作用B.种群选择作用C. 生长抑制作用D. 不显示影响。
第十章M分类
三、亚种以下的几个分类单元：
• （一） 亚种（Subspecies Subsp ssp） • 是种的进一步细分单元，一般指其某一明显而 • • •
• •
稳定的特征与模式种不同的种。 （二） 变种（Variety Var）： 是亚种的同义词，因易引起混乱，故已不主张 使用。 （三） 型：是亚种以下的单位，目前已不使用， 目前使用其作命名后缀，如生物变异型、化学 型、血清变异型等。 （四） 菌株（Strain）： 又称品系（在病毒中则称毒株或株）表示任何 由一个独立分离的单细胞（或单个病毒粒子） 繁殖而成的纯种群体及其一切后代。
种是一大群表型特征高度相似，亲缘关系极其接近，与同属内 其它种存在明显差异的菌株的总称。 二、微生物的学名：
学名=属名+种的加词（代表一个种的次要特征也由拉丁词组成）构成， 有时还在其后+（首次定名人）+现定名人+定名年份（可省略） 如：大肠埃希氏菌（简称大肠杆菌）Escherichia coli (Migula) Castellani et Chalmers 1919 枯草芽孢杆菌（简称枯草杆菌）Bacillus subtilis (Ehrenberg) Cohn 1872
第一节 通用分类单元
• 一、 种以上的系统分类单元： • （一） 七级分类单元：通用于整个生物界
界（KINGDOM） 门（PHYLUM） 纲（CLASS） 目（ORDER） 科（FAMILY） 属（GENUS） 种（SPECIES） • 必要时每一级可有几个辅助单元，如亚门、超 纲、亚纲等。
（二）种的概念：
第三节 各大类微生物的分类 系统简介
• 一、细菌的分类位置：P349
• 二、菌物系统分类纲要：P354
6、三总界五界系统：
微生物的分类和鉴定
微生物的分类和鉴定第十章微生物的分类和鉴定一、名词解释：01.系统学（systematics）：是研究生物多样性及其分类和演化关系的科学。
分子系统学是检测、描述并揭示生物在分子水平上的多样性及其演化规律的科学。
研究内容包括了群体遗传结构、分类学、系统发育和分子进化等领域。
02.系统树：在研究生物进化和系统分类中，常用一种树状分支的图型来概括各种（类）生物之间的亲缘关系，这种树状分支的图型也称为发育树（phylogenetic tree）。
03.分子系统树：通过比较生物大分子序列差异的数值构建的系统树称为分子系统树。
04.微生物分类学（microbial taxonomy）：是一门按微生物的亲缘关系把它们安排成条例清楚的各种分类单元或分类群的科学，其具体任务有三，即分类、鉴定和命名。
05.分类（classification）：根据文献资料，经过科学的归纳和理性的思考，整理成一个科学的分类系统。
即解决从个别到一般或从具体到抽象的问题。
06.鉴定（identification）：通过详细观察和描述一个未知名称纯种微生物的各种性状特征，然后查找现成的分类系统，以达到对其知类、辨名的目的。
即解决从一般到特殊或从抽象到具体的问题07.命名（nomenclature）：为一个新发现的微生物确定一个新学名的过程。
08.培养物（culture）：是指一定时间一定空间内微生物的细胞群或生长物。
如微生物的斜面培养物、摇瓶培养物等。
如果某一培养物是由单一微生物细胞繁殖产生的，就称之为该微生物的纯培养物（pure culture)。
09.菌株（strain）：从自然界分离得到的任何一种微生物的纯培养物，都可以称为微生物的一个菌株；用实验方法（如通过诱变）所获得的某一菌株的变异型，也可以称为一个新的菌株，以便与原来的菌株相区别。
菌株是微生物分类和研究工作中最基础的操作实体。
10.标准菌株：指能代表这个种的各典型性状的一个被指定的菌株。
考研必备《微生物》第10章微生物分类鉴定
(根据现有系统确定未知微生物分类归属的过程)
主要以细菌为例介绍微生物分类、命名和鉴定的有关知识
一、分类单元及其等级
界
门
纲
目
科 属
（参见P339）
种
根据Carl Woese的 理论，现在还在界 之上使用域(domain)
（把全部生物先分为 古生菌域、细菌域和 真核生物域， 域下面再分界。）
（参见P346）
（参见P360）
16S rRNA被普遍公认为是一把好的谱系分析的“分子尺”
1）rRNA普遍存在于一切细胞内； 2）它们的生理功能既重要又恒定； 3）16SrRNA在细胞中含量较高、较易提取；
4）编码rRNA的基因十分稳定；
5）rRNA的某些核苷酸序列非常保守; 6）相对分子量适中。
利用16SrRNA建立分子进化树的美国科学家
(根据现有数据建立系统的过程)
命名(nomenclature)：是根据命名法规，给每一个分类群一个专有 的名称；
(分类系统建立过程中的步骤之一)
鉴定(identification或determination)：借助于现有的微生物分类
系统，通过特征测定，确定未知的、或新发现的、或未明确分类
地位的微生物所应归属分类群的过程。
第10章
微生物的分类和鉴定
第一节：细菌分类
（参见P339）
分类是认识客观事物的一种基本方法。我们要认识、 研究和利用各种微生物资源也必须对它们进行分类。
分类学涉及三个相互依存又有区别的组成部分：
分类、
命名、
鉴定
分类(classification)：根据一定的原则(表型特征相似性或系统发育 相关性)对微生物进行分群归类，根据相似性或相关性水平排列成 系统，并对各个分类群的特征进行描述，以便查考和对未被分类的 微生物进行鉴定；
11+微生物分类
微生物命名 （拉丁文）
属名可用缩写，但种名不能缩写 属名可以单独用，但种名必须与属名一起用
属名和种名必须要用斜体，当手写时需用下划线
Escherichia coli K12
属名
种名 菌株名
例: Escherichia coli, E. coli, Escherichia sp. K12， Escherichia sp.，Escherichia spp., and “the genus Escherichia”
微生物的种（species，简写sp.，又译 物种）是一个基本分类单元，它是一大群
表型特征高度相似、亲缘关系极其接近、与 同属内其他物种有明显差异的菌株的总称。
菌株（strain） 菌株又称品系（在非细胞型的病毒中则称毒株或株），表示任何由一
个独立分离的单细胞（或单个病毒粒子）繁殖而成的纯遗传型群体及其 一切后代。
• Strain (菌株)
– Escherichia coli K12
• Type strain (典型菌株） Rhizobium daejeanense L61T
双名法（binominal nomenclature）
属名（generic name）
双名法
种名加词（specific epithet）
学名和俗名比较
命名法（Nomenclature）
• Approved List of Bacterial Name (International Journal of Systematic Bacteriology 1980, 30:255-429)
– 在 Approved List之前，没有固定的规律来描述新的种 e.g., 链霉菌（Streptomyces ）属曾同时包含超过3,000 种
微生物学-第十章 微生物的分类和鉴定.
是根据命名法规，给每一个分类群一个专有的名 称。
第一节 通用分类单元
一、种以上的系统分类单元
（一）7级分类单元 界 Kingdom 门 Phylum（或Division）——亚门 纲 Class ——亚纲 ——超目 目 Order ——亚目 科 Family ——亚科 ——族 ——亚族 属 Genus 种 Species
一、Bergey氏原核生物分类系统纲要 1、《伯杰氏手册》简介
20世纪60年代以前，国际上不少细菌分类学家都曾 对细菌进行过全面的分类，提出过一些在当代有影响的 细 菌 分 类 系 统 。 但 70 年 代 以 后 ， 对 细 菌 进 行 全 面 分 类 的、影响最大的是《伯杰氏手册》。所以该书目前已成 为对细菌进行分类鉴定的主要参考书。
二、微生物分类鉴定中的现代方法
（一）通过核酸分析鉴定微生物遗传型
核酸是微生物遗传信息载体。 每一种微生物都有自己特有的、稳定的DNA的成分 和结构，不同种微生物间基因组序列的差异程度代表它 们之间亲缘关系的远近、疏密。
4 PDF 文件使用 "pdfFactory Pro" 试用版本创建 ÿ
1、 DNA碱基比例的测定
每一种生物都有一定的碱基组成，亲缘关系近的生 物，它们应该具有相似的G＋C含量，若不同生物之间G＋C 含量差别大表明它们关系远。
现有数据表明：高等植物的G＋C含量范围大约为 35 ％～50％；脊椎动物G＋C含量约为35％～45％之间；而原 核生物中 G＋C含量变化幅度宽达22％～80％，这也足以 表明原核生物是一个极为多样性的类群。
1 PDF 文件使用 "pdfFactory Pro" 试用版本创建 ÿ
（三）种的分类地位举例
微生物学1010微生物的分类和鉴定
第二节 微生物在生物界的地位
一、生物的界级分类学说
动物界 植物界 林奈
动物界 植物界 原生生 物界
Haeckel
植物界 动物界 原始生 物界 菌界
Copeland
植物界 动物界 原核生物界 原生生物界 真菌界
Whittaker
五界上 加上病 毒界
细菌域 古生菌域 真核生物域 美国
Woese
R.H.Whittaker (1969) proposed a five kingdom classification. The kingdoms defined by him were named Monera, Protista, Fungi, Plantae & Animalia.
Type strain: ATCC 6051
=DSM 10
保藏机构 及其保藏号
=CCTCC AB 92068
当微生物名称是一个亚种（subspecies，简称 “subsp．”，排正体字）或变种（variety，简称 “var．”，排正体字）时，学名就应按“三名法” 构成，即：
例1：苏云金芽孢杆菌蜡螟亚种 Bacillus thuringiensis subsp．galleria 例2：酿酒酵母椭圆变种 Saccharomyces cerevisiae var．ellipsoideus
( 二) 三名法 当某种微生物是一个亚种或变种时，学名就按三名法拼写。 学名=属名+种名加词+符号subsp或var+亚种或变种的加词
属的模式
该属中一个具有代表性的种, 即模式种
属名
种的加词 Specific epithet
种名
定种人
年代
Bacillus
微生物的知识,习题
第十章微生物的分类和鉴定[习题]一、填空题.1．微生物分类学的任务有三，即对微生物进行、和。
2．种以上的系统分类单元有?级，它们是、、、、、和.3．微生物学名的表达方式有两种：①，由前面一个(首字母应)加上后面一个(首字母应)共两部分组成；②，由、和三部分组成；不管哪一种方法，在印刷品上，学名都应排成体字母。
4．在微生物分类学书刊中，每一微生物的学名除了屑名和种名加词外，常常还在其后附有三项内容，即(字体为，用括号括住) (字体为)和。
5，1895年，Migula首次把大肠杆菌定名为Bacteriumcoli，至1919年，Castellani和(ec)Chalmers把它重新定一新属名，称为大肠埃希氏菌，因此，完整的学名就应写成。
6，要书写或表达微生物正确的学名，必须遵守以下规则：属名的首字母应，种名加词的首字母应，出版物上的学名应排成，学名后的人名若放在括号内的是指，没有括号的是指，年份是指；学名后的字母或字母加编号是指。
7．Lactobacillus的中文译名为，StaphylococcusauFelgs的中文名为，BacillussP．葸为+，Bacillusspp可译为；Bacillusthuringiensis(subsp．)galleria为，Saccharomycescerevisiae为。
8．在微生物的学名之后通常都附有用英文或拉丁字母加编号组成的菌株名称，例如在Bacillus subtilis AS L 398中，菌名为，AS为拉丁文“Academia Sinica”的缩写，指，该菌是著名的生产菌；又如Bifidobacterium6fficacf阴A TCC 29521中的菌名是，ATCC指。
9．按真核生物起源的内共生假说来看，由于远古的古生菌细胞先后吞噬了细菌中的和并发生了内共生作用，从而形成了具有和细胞器的真核生物。
lo．在生物界级分类中，五界系统曾有较大的影响，这5个界即、、、、。
第十章 微生物的分类与鉴定
第一节
通用分类系统
一、种以上的系统分类单元
（一）7 级分类单元
界 门
纲
目
科
种是最基本分类单元
属 种
各级分类单元及其词尾
二、学名
微生物的种名采用林奈(1753年)所创立的双名法命名。 双名法：就是用属名和种名两个部分作为一种生物的学名。 命名规则：属名在前，一般用拉丁字名词表示，字首字母大写 种名在后，常用拉丁文形容词表示，全部小写 学名=属名+种名加词+(首次定名人)+现名定名人+现名定名年份
第二节
微生物在生物界的地位
一、生物的界级分类学学说
图8-1 生物界级的学说发展（阴影部分表示微生物）
植物界 动物界
原生生物界
原核生物界 真菌界
真细菌界 古细菌界
细菌域 古生菌域
病毒界？ 真核生物域
二、三域学说及其发展
20世纪70年代以前，生物类群间的亲缘关系 判断的主要根据：
表型特征： 形态结构——形体微小、结构简单
比较生物大分子序列差异的数值构建了系统树(分子系统树)。 特点:用一种树状分枝的图型来概括各种(类)生物之间的亲缘 关系。 真核生物域 细菌域 古生菌域
图8-2 三域学说及其 生物进化谱系树
利用16S rRNA建立分子进化树的美国科学家伍 斯 (C.R Woese )
二、三域学说及其发展
三域学说观点： 现在的一切生物均由一个共同的原始祖先，一种小细胞慢慢 进化而来。首先分化出细菌和古生菌两个分枝，而后在古生 菌的基础上吞噬了一些其他生物如蓝细菌、α朊细菌(相当于 G―细菌)等，经过长期的内共生后，两者逐渐进化形成一种 新的生物——真核生物。 发展中新的挑战： ①认为16S rRNA和18S rRNA分子的进化难以代表整个基因 组的分子进化； ②许多真核生物的基因组和它们所表达的功能蛋白与细菌 更为接近，而不是古生菌。
微生物的分类与鉴定 答案
第十章微生物的分类与鉴定(参考答案)一、填空：1．微生物菌种的命名采用"双名法",即由属名和种名加词构成。
2．来源于一个细胞在固体平板培养基上形成的群体称菌株。
3．1969年将生物界分成了五界，分别是动物界、植物界、原生生物界、真菌界、原核生物界。
4．细菌的分类单元分为七个基本的分类等级，由上而下依次为_界、_门__、纲、目、科、属、种。
5．生物分类的传统指标为形态特征、生理生化反应、和生态特性。
6．形态学特征始终被用作微生物分类和鉴定的重要依据之一，其主要原因为具有相对稳定性_和易观察。
7．分类学的内容包括_细菌分类_、放线菌分类和真菌分类_三部分，目前进行细菌分类和鉴定的重要参考书目是_《伯杰氏细菌鉴定手册》。
8．微生物分类和鉴定的特征包括_形态特征_和_生理生化反应_，其中__形态特征_对鉴定微生物的系统发育有决定性作用，而_生理生化反应_可作为判断亲缘关系的参考而且对以实用为目的的分类鉴定仍有重要价值。
9．核酸分子杂交_和_rRNA寡核苷酸编目分析__是目前通过直接比较基因组进行生物分类最常用的两种方法。
10．1978年，Woese等提出新的生物分类概念，根据16SrRNA的碱基序列将生物清晰地划分为三原界，即细菌域、古生菌域和真核生物域。
11．对微生物命定学名的表示方法分双名与三名两种。
12．在生物的界级分类学说研究中,1978年由R．H．whittake和“提出了一个崭新的三域学说。
13．填写以下10个数据：(1) 对牛奶等进行巴氏消毒时常用 63 ℃的温度；(2)用液氮保藏微生物的温度为 -196 ℃；(3)通常细菌的最适培养温度为 37 ℃：(4)用烘箱进行的干热灭菌温度一般为 150～170 ℃；(5)的代时一般为 17 min；(6)典型的酵母菌S．cerevisiae的代时一般为 120 min，其大小一般为～10 X ～21um 。
（7）至今已记载的微生物约 20万种（1995）；(8)我国卫生部门规定自来水中所含的大肠菌群数不得超过 3个/L ；(9)细菌总数不得超过 100个/ml 。
第十章微生物的分类
即种的学名由属名和种名加词两部分组合而成。
⑶ 亚种名：亚种名为三元式组合，即由属名、种名
加词和亚种名加词构成。 26
by YJ Kang
二、微生物的命名
2、命名模式及其指定 如前所述，由于细菌分类单元的划分缺乏一个易于
操作的统一标准，为了减少因采用不同标准界定分 类单元所造成的混乱， 细菌系统分类也像其他生物 分类一样采用“模式概念”。即根据命名法规要求， 正式命名的分类单元应指定一个命名模式(简称模式) 作为该分类单元命名的依据。
代表生物类群，分枝末端的结代表仍生存的种类。
系统树可能有时间比例，或者用两个结之间的分枝长度
变化来表示分子序列的差异数值。 17
by YJ Kang
五、三界生物的主要特征
根据形态和生理特征把地球上的生物分为动物界和 植物界的理论，统治了生物学100多年，20世纪60 年代主要根据细胞核的结构把生物分为原核生物和 真核生物两大类。
27
by YJ Kang
二、微生物的命名
3、新名称的发表 根据细菌命名法规的规定，有效发表新的细菌名称应在
公开发行的刊物上进行，在菌种目录、会议记录、会议 论文摘要的均不能视为有效发表。此外，若新名称是在 国际系统细菌学杂志（IJSB）以外的其他杂志上发表 的，还必须经过新名称的合格化发表，被认为合格后， 在该杂志上定期公布，命名日期即从公布之日算起，否 则不算合格发表，也不能取得国际上的承认。发表新名 称时，应在新名称之后加上所属新分类等级的缩写词， 如新目“ord.nov.”、新属“gen.nov.”、新种“sp.nov.”等。
直到60~70年代，有识之士才清醒地认识到：仅依靠 表型特征无法解决微生物的系统发育问题，必须寻 找新的特征作为生物进化的指征。
第十章微生物的分类和鉴定
4、 微生物全基因组序列的测定
对微生物全基因组进行测序，是当前生命科学 领域中掌握某微生物全部遗传信息的最佳途径。从 1990年起，在人类基因组计划的推动下，微生物全 基因组测序工作进展很快，在2000年的一年中，几 乎每个月都有新记录出现。
（二）细胞化学成分用作鉴定指标
细胞壁化学成分：如根据肽聚糖分子中肽尾第三位氨 基酸的种类、肽桥的结构以及与邻近肽尾交联的位置 的不同来划分。 全细胞水解液的糖型：对放线菌进行分类 磷酸类脂成分的分析 枝菌酸的分析：对“诺卡氏菌形放线菌”进行分类 醌类的分析：对放线菌鉴定上有一定的价值 气相色谱技术用于微生物鉴定：分析代谢产物中脂肪 酸和醇类等成分，对厌氧菌的鉴定十分有用。
四、 亚种以下的分类单元
亚种以下的分类单元（infrasubspecific taxa） 很多，其提出和使用均不受细菌命名法规的限制。 • 1.亚种（subspecies,subsp.,ssp.） • 2.变种（variety,var.） • 3.型（form） • 4.类群（group） • 5.菌株（strain） • 6.小种（race） • 7.相（phase） • 8.态（state）
第三节 各大类微生物的分类系统
分类学的最终目标是要建立起一套比较接近生物 系统发育规律的自然分类系统。
一、Bergey 氏原核生物分类系统纲要
《伯杰氏鉴定细菌学手册》 （Bergey’ Mamual of SystematicBacteriology）编写者集国际学术界的 权威学者，为各国微生物分类学界公认的一本经典佳 作。
（4） 五界系统：1969年，R.H.Whittaker在 Science上发表了“生物界级分类的新观点”的著名 论文。在吸取前人工作经验的基础上，提出了五界学 说。五界系统包括：动物界（ Animalia）、植物界 （Plantae）、原生生物界（Protista）（包括原生动 物、单细胞藻类、粘菌）、真菌界（Fungi）、原核 生物界（Monera）(包括细菌、蓝细菌）。
- 1、下载文档前请自行甄别文档内容的完整性，平台不提供额外的编辑、内容补充、找答案等附加服务。
- 2、"仅部分预览"的文档,不可在线预览部分如存在完整性等问题,可反馈申请退款(可完整预览的文档不适用该条件!)。
- 3、如文档侵犯您的权益，请联系客服反馈,我们会尽快为您处理(人工客服工作时间：9:00-18:30)。
第十章微生物的分类与鉴定
一、选择题
1.真菌的分类单元-门的词尾为（）
A、–mycota
B、–mycetes
C、–mycotina
D、-mycetidae
2.下列传统分类指标中始终被用作微生物分类和鉴定的重要依据的是（）
A、形态学特征
B、生理特征
C、生态学特征
D、分子生物学特征
3.下列拉丁文哪个书写格式正确（）
A、Fusarium oxysporium
B、Aspergillus japonicus Saito
C、Bacillus amyloliquefaciens
D、Clostridium Kluyveri
4.1978年，根据16S rRNA和18S rRNA的碱基序列将生物分为“三域”的科
学家是（）
A、Ainsworth
B、Bergey
C、Leedale
D、Woese
5.1995年，Ainsworth分类系统把菌物列入真核生物域，将其分为3个界，
下面哪项不属于其中（）
A、原生动物界
B、假菌界
C、真菌界
D、菌物界
6.有关菌株的说法，下列哪项说法不对（）
A、菌株强调的是遗传型纯的谱系
B、菌株的名称不可随意确定
C、菌株与克隆相同，为一个物种内遗传多态性的客观反映
D、菌株实际上是某一微生物达到遗传型纯的标志，
二、是非题
1．微生物的种是微生物分类的基本单元，但是目前还没有一个公认的、明确的定义。
（）
2．两个微生物菌株具有相同G+C含量表明它们之间的亲缘关系一定很相近。
（）
3．亚种是进一步细分种时所用的单元，一般指除某一明显而稳定的特征外，其余鉴定特征都与模式种相同的种，其命名方法按“三名法”处理。
（）4．变种是亚种的同义词，在《国际细菌命名法规》中不主张使用。
（）
5．在微生物分类中，DNA（G+C）mol%的比较只能做否定判断。
（）6．微生物DNA之间的同源性越高，说明它们之间亲缘关系就越近，反之亦然。
（）
7．菌株是一个物种内遗传多态性的客观反应，是遗传型纯的谱系，其名称可以随意确定。
（）
8．模式菌株是一个种的具体活标本。
（）
9．据科学家1992年估计，地球上生存的菌物约有150万种。
（）
10．微生物自动化鉴定技术一般都是利用微生物的生理生化反应特性而设计的。
（）
11．细菌分子鉴定常用16S rRNA序列分析，而真菌分子鉴定常用ITS序列分析。
（）
12．所谓“模式菌株”通常是指一个细菌的种内最具代表性的菌株。
（）13．对微生物生理生化特征的比较也是对微生物基因组的间接比较，加上测定生理生化特征比直接分析基因组要容易得多，因此生理生化特征
对于微生物的系统分类仍然是有意义的。
（）
14．现代微生物分类中，任何能稳定地反映微生物种类特征的资料，都有分类学意义，都可以作为分类鉴定的依据。
（）
15．DNA-DNA杂交主要用于种、属水平上的分类研究，而进行亲缘关系
（）更远(属以上等级)分类单元的比较，则需进行DNA-rRNA杂交。
16．数值分类由于采用了先进的计算机技术，减少了大量的特征测定的实验操作，所以它是比较科学的现代微生物系统分类方法。
（）
三、填空题
1.1995年，Ainsworth 系统把菌物列入真核生物域，分为_原生生物界
_________、_假菌界_和真菌界，真菌界又分为_子囊菌门_、_担子菌门__、_壶菌门_、接合菌门、_有丝孢真菌类五个门。
2.目前学术界广泛采用的菌物分类系统是Ainsworth分类系统（1983年），把真菌界分为粘菌门和真菌门，真菌门又分为5个亚门，分别为鞭毛菌亚门、接合菌亚门、子囊菌亚门、担子菌亚门和半知菌亚门。
3.细菌的分类单元分为七个基本的分类等级，由上而下依次为_____、
______、______、______、______、_____、_______。
4.菌物界（Mycetalia），即广义的真菌包括__________、__________、
______________三个门的微生物。
5.微生物分类学的任务和内容有3个，包括________、________和
_________，目前进行细菌分类和鉴定的权威著作是____________________，目前该著作已经出版到第_____版。
6.1969年，Whittaker提出生物五界分类系统包括__________、___________、________、__________和___________。
微生物界分别属于其中的三界，即
__________、_________和__________。
有人建议增补一个界，即__________。
7.每一种微生物都有自己专门的名称，名称分两类：___________和
_____________。
8.微生物分类鉴定方法分为4个不同水平：______、______、______和
________。
9.微生物的学名表示方法通常采用__________ 和“双名法”，是由
__________和_________组成的，前者采用以大写字母开头的拉丁语化的
__________，后者采用以小写字母开头的拉丁语化的__________。
10.生物分类学家将_________做为分类的基本单位，将相近似的分类基本单位归为一类，称之为_________，更高一级的分类单位依次推为________、
__________、_______、___________、_________。
11.微生物的分类方法通常有_____________、______________、
____________。
12.同一种细菌在同一种固体培养基上形成的菌落一般表现为________菌落形态，这是鉴定菌种的形态标志之一。
在液体培养基中，由于细菌生活习性不同，有的可形成均匀一致的________，有的形成________，有的形成_________。
13.1978年，Woese根据16S rRNA和18S rRNA的碱基序列对生物分界提出了新的认识，将生物分为_________、__________、__________三个域。
四、名词解释
模式（或典型）菌株、属、种、新种、菌落、分离物、学名、纯培养物、亚种、菌株、DNA（G+C）mol%值、三域学说、数值分类法
五、简答题
1.将拉丁文和中文名一一对应起来：A、Bacillus B、Nitrobacter C、
Pseudomonas D、Escherichia E、Xanthomonas F、Micrococcus （1）黄单胞菌属（2）芽孢杆菌属（3）假单胞菌属（4）微球菌属（5）大肠杆菌属（6）硝化杆菌属
2.什么是学名？举例说明什么是双名法？并说出微生物学名的命名和书写规则。
3.写出微生物的主要类群，并分别指出他们属生物分类系统中的哪一界。
4.微生物分类的依据主要有哪些？
5.简述内共生假说的基本内容。
6.微生物的基本分类单元是什么？种以上的分类单元分几级，各级中、英、拉
丁文名称是什么，请举一例进行分类单元排列。
7.你认为该如何确定一个新种？
8.微生物分类工作步骤离不开哪三项工作？
六、问答题
1微生物的微型、简便、快速的自动化鉴定系统主要有API系统、Enterotube 系统和Biology系统，请叙述各自的特点和应用。
2生物的界级分类学说有哪些，各主要类群的微生物在各界级分类学说中分别属于哪一界？
3叙述微生物数值分类工作的基本过程。
4微生物分类鉴定有哪些方法，请阐述各自的优缺点。