一个新的二色补血草金属硫蛋白基因LbMT2的克隆及其表达分析
小金海棠金属硫蛋白基因MxMT2克隆与生物信息学分析
b iee t lsre ig o h u t ce DN irr rm Mau ioie s h n tJa g w ih w sn me y df rni ce nn fte s br td c A l ay f lsxaj ni C e g e in , hc a a d f a a b o n s
( . 岛农 业 大 学 园林 园艺 学 院 , 东 青 岛 1青 山 2 60 2 中 国农 业 大 学 园艺 植 物 研 究 所 , 京 6 19;. 北 10 9 ) 0 13
摘 要 : 苹 果 属植 物 小 金 海 棠 ( ls ionniC ege J n ) 试 材 , 差 异 筛 选 消 减 c N 文 库 得 到 的 2 以 Mau af es hn t i g 为 x s a 将 DA 7个 金 属硫 蛋 白 c N 片段 序 列 构 建 成 本 地数 据 库 , 过 电 子 拼 接 和 R -C 相结 合 的方 法 , 离 到 了 小 金 海 棠 金 属 硫 蛋 D A 通 TP R 分
( . o eeo ot ut e QndoA r utr nvr t, i do 26 0 , hn ; 1C l g f rc l r , iga gi l a U ie i Q n a 6 19 C ia l H i u c u l sy g
2 Istt f o i l r lnsC iaA r u ua U i rt, e ig 109 ,hn ) .ntue o H rc t a Pa t,hn g c l rl nv sy B in 0 13 C i i r t uu l i t ei j a
tecne e o a s h r lk o nM , hc a 4C s s u sc sta hv osr dsq e c oio h osr ddm i ae i a nw T w i h s yr i e( y)ht aecnev eu neps i v n s dn l h 1 ed e tn
二色补血草中2个金属硫蛋白基因的克隆及分析
p g WagY ceg WagBnf g S ho o oet ,N r es F rs nvrt,Ha i 104 ,P . C i i , n u hn , n i e ( col fFrs y ot at o t U i s y n gn r h er y ei r n 0 0 .R b 5 h—
维普资讯
第 3 5卷 第 8期 20
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Vo . No. 135 8
Au g. 2 07 0
J OURN ORT AL OF N HEA T F S ORE T S RY UNI R I Y VE S T
1c lr we【h fe o i r ti s 8 0 wih t e io lcrc p i f5. e u a i to nc ng p e n i 0 0 t h s ec ti onto 0. Boh LbM T1 n d Lb 7 a e 1 Cy r sd es g d o t a M 2 h v 4 se i u
I T1 g n s5 9 b n lngh.i l dig 2 p o u r n ltd rg o d 3 0 f3 u ta lt d r go e e i 6 p i e t ncu n 3 b f5 nta sae e in a 0 bp o n rnsae e in. I a n n th a s
二 色补 血 草 中 2个 金属 硫 蛋 白基 因 的克 隆及 分 析 ’
李 红 艳 杨 传 平 王 玉 成 王 丙锋
( 林木遗传育种与生物技术教育部重点实验室 ( 东北林业大学), 尔滨 ,50 0 哈 10 4 )
摘 要 从二 色补血草 中分 离出2个金属硫 蛋 白基 因的 c N 全序 列, DA 分别命 名为 L n 和 L MT 。L n b b 2 b 全 长 为 59b , 中 5非 编码 区 2 p3非 编 码 区 30b , 放读 码框 ( R ) 26b , 码 含 8 个 氨 基 酸 的蛋 白 , 6 p 其 3b , 0 p 开 O F 长 4 p 编 1 相 对 分子 质 量 为 87 , 电点 为 4 7 L M/ 全 长 为 5 3 p 其 中 5非 编码 区 6 p3非 编 码 区 26 p 开放 读 码 框 长 2 00 等 、 ;b 2 2 , b l , b 1 , b 6 4 b, p 编码 8 个氨基 酸, 1 编码蛋 白的相对分子质量为 80 , 电点为 5 0 00 等 . 。这 2个基 因编码的氨基 酸都含有 l 4个半胱 氨 酸 C s 分布 在 蛋 白质 的 N 端和 c端 , C C C和 C X y, 呈 C、X X C形 式排 列 。疏 水性 分析 表 明 : 2个蛋 白都 存在 3 4 这 5— 8 个氨 基 酸之 间较 强 的疏 水 区。 通过 对 多种 植 物 的 MT蛋 白序 列 比 对 分析 表 明 , 属 硫 蛋 白家 族 在 氨 基 酸 数 目上 保 守 金 性 差 , 半胱 氨 酸 残基 ( y) 但 C s 的位 置 和数 目保 守性 达 到 10 , 示 了 C s 金 属 硫 蛋 白 的功 能 十 分 重要 。 这 2个基 0% 揭 y对 因 已经在 G n ak上 注 册 ,b e bn L n 基 因的 登 录 号 为 E 13 7 ,b 2 基 因 的 G n ak登 录号 为 E 137 。 F0 54 L M/ e bn F0 55 关 键 词 二 色补 血 草 ; 因克 隆 ; 属 硫 蛋 白 基 金 分 类 号 Q 8 75
二色补血草硫氧还蛋白(Trx)的克隆和表达分析
论等 电点(I为 96 B at p) . 8 ls P分析表 明二 色补血草
与拟 南芥 序 列 同源性为 5 %,与葡萄 序列 同源性为 7 %,从 2 6
l 个物种 的氨基 酸多序 列比对可 以看 出T x氨基 酸序 列保 守性较 高。实时定量 R .C 1 r T P R方法检测低温、Na 1 P G胁迫 C和 E 不同时间后的基 因在二 色补血草 中表达模式 的结果表明 ,N C 能诱导 Tx基 因在二 色补血草叶 中表 达 ,胁迫 2 a1 r 4h后达到 高峰 ,而聚 乙二 醇和低温 处理 则抑 制 Tx r 在二 色补血 草根 和叶 的表 达。 关键 词:二 色补血草 ;硫 氧还蛋 白;基 因克隆 ;实时荧光定量 P R C
u ta —ltdr go .t a no e a igfa n n sae in I h da p nr dn rme( )o 9 pa de c d dap oenwi 6 mioa i r e e OI f 8b n o e rti t 2 5a n cd 7 n h
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Abs r t t ac :Thef lln h c ul e gt DNA fan e hi r d i sc o e r m mon u b c l rc o ov l o e ox n wa l n d fo Li t i m i o o DNA i a y. e lbr r T h s q nc o e ox n wa 38 b n l ng h, nc u i 2 f5 u r nsa e e i nd 21 ’ e ue e oft r d i s 11 p i e t i l d ng 1 8 bp O ’ nta l t d r g on a 2 bp Of3 hi
二色补血草LbGST基因的原核表达载体构建与表达
刁桂萍 刘彬令 雷作霖 郭荫久 王玉成
( 东北林业 大学 , 哈尔滨 ,5 00 104 )
摘 要 从二 色补 血草 ( io im b o r 中分 离出一个 编码谷 胱甘肽硫转 移酶 ( b S ) 因 , Lm n i l ) u co LG T 基 并将该 基 因构 建到 p E 4 - G X一 T 2原核表 达载体 , 转入 大肠杆 菌( s ei i l B21中, 用 O 1m o L的 IT Ec rh c i I h ca o ) 利 . m l / P G诱 导该基 因在 大肠杆 茵 B 2 L 1中进行表 达。S S P G D — A E检测表 明, 出现 了特 异 的分子 量为 5 D 左 右的融合 蛋 白, 明该基 因 Ok a 说 在大肠杆菌 中成功表达 , 该基 因的成功表达为分 离纯化 L G T蛋 白并研 究其 功能奠定 了基 础。 bS 关键词 二 色补血草 ; 谷胱甘肽硫转移酶 ; 原核表 达
中华补血草金属硫蛋白基因的克隆及高盐处理下的表达模式分析
h 利 用半 定量 一P R技 术 对该基 因在 盐胁迫 下表 达模 式的 分析表 明 , 3 N C 处理条 , C 在 % a1 件 下 , 着盐 处理 处理 时 间的 延 长该基 因的表 达 量逐 渐 升 高 , 盐处理 4 随 在 8h时表 达 量 最
高, 之后 其表 达 量 出现 下 降.
的质量 . 1g 用 t g的中华补 血草 总 R A用 于 c N N DA
( 台 大学 化 学 生 物 理 工 学 院 , 烟 山东 烟 台 24 0 ) 6 0 5
摘要 :以中华补 血草 叶 片为材 料 , 取 其 总 R A 并反 转 录 c N 并 以 c N 提 N D A, D A为 模 板 , 克 隆得 到 包含该 基 因完整 开 放 阅读框 的 c N D A序 列 , 列 分 析表 明 , 基 因开 放 阅读 框 长 序 该
助 项 目( Y 7 1 ) H 0 B6 .
作者简介 : 刘瑜 (92 ) 女 , 18 一 , 山东蓬莱人 , 硕士研究生 , 研究方 向: 植物发育分子生物学 ; 通信作者 : 陈世华 (s - na chy t a i @ 13 cm) 博士 , 6 .o , 副教授 ; 郭善利 (s@yu eu c ) 博士 , gl t. d .n , 教授.
收 稿 日期 : 0 0 1—0 2 1—2 1
(Lm nu ) i o im 多年 生 泌 盐 草 本 植 物 . 植 物 可 该
以使 盐土脱 盐 , 改善 土壤 结构 , 被誉 为盐 碱地 改造
的” 锋植 物 ” 本研 究从 中华 补 血草 中克 隆 出 了 先 . 金 属硫 蛋 白基 因 , 对该 基 因进 行 了序 列 分析 和功 能预测 , 并分 析 了该基 因在 3 N C 高盐 胁 迫 下 % aI 的表达 模 式 , 为研 究 中华 补 血 草 MT参 与 的盐 胁 迫 相关 生理 过程及 分 子应答 机 制打 下 良好 基础 .
两个菜心CBL基因的克隆、生物信息学分析及其表达特性分析
㊀山东农业科学㊀2023ꎬ55(7):1~9ShandongAgriculturalSciences㊀DOI:10.14083/j.issn.1001-4942.2023.07.001收稿日期:2022-10-17基金项目:国家自然科学基金项目(32202465)ꎻ广东省自然科学基金项目(2019A1515011680)ꎻ韶关市科技攻关项目(200810224537535)ꎻ韶关学院博士科研启动项目(99000613)作者简介:朱云娜(1982 )ꎬ女ꎬ博士ꎬ讲师ꎬ主要从事蔬菜生理与分子生物学研究工作ꎮE-mail:zhuyn326@126.com通信作者:刘建国(1981 )ꎬ男ꎬ博士研究生ꎬ助理实验师ꎬ主要从事园艺生理生态研究工作ꎮE-mail:jgliu@sgu.edu.cn两个菜心CBL基因的克隆、生物信息学分析及其表达特性分析朱云娜1ꎬ2ꎬ符质2ꎬ冯慧敏1ꎬ2ꎬ王斌1ꎬ2ꎬ沈雪晴2ꎬ汤婉君2ꎬ刘建国1ꎬ2(1.广东省粤北食药资源利用与保护重点实验室ꎬ广东韶关㊀512005ꎻ2.韶关学院英东生物与农业学院ꎬ广东韶关㊀512005)㊀㊀摘要:本研究以 油绿501 菜心(BrassicacampestrisL.ssp.chinensisvar.utilisTsenetLee)为材料ꎬ采用同源克隆方法对其CBL1㊁CBL9基因进行克隆ꎬ运用DNAMAN和MEGA软件对其编码蛋白序列进行同源性分析和系统进化分析ꎬ并利用qRT-PCR技术分析二者在菜心组织中及不同氮素形态条件下的表达模式ꎮ结果表明:菜心CBL1㊁CBL9基因的cDNA全长均为642bpꎬ编码213个氨基酸ꎬ分别命名为BcCBL1和BcCBL9ꎬ具有CBL蛋白结合Ca2+所必需的EF-hand型结构域(EFh)ꎮBcCBL1㊁BcCBL9编码的氨基酸序列与拟南芥(Arabi ̄dopsisthaliana)㊁大白菜(Brassicarapa)等物种的同源性均达95%以上ꎻ二者分别与大白菜的BrCBL1㊁BrCBL9遗传距离最近ꎬ并与拟南芥AtCBL1㊁AtCBL9共同聚类为一支ꎮBcCBL1和BcCBL9在菜心各组织器官中均有表达ꎬ前者在菜心叶片中表达水平较高ꎬ后者在菜心荚果等组织中表达水平较高ꎻ两者表达受氮素形态及水平影响ꎬ前者在低浓度NO-3或NH+4处理后上调表达ꎬ后者表达随NH+4浓度增加而上调表达ꎮ该研究结果可为进一步研究菜心CBL1和CBL9在氮素吸收利用过程中的功能及其调控机制提供一定理论基础ꎮ关键词:菜心ꎻ氮素形态ꎻ类钙调磷酸酶B亚基蛋白ꎻ基因克隆ꎻ生物信息学分析ꎻ表达分析中图分类号:S634.9:Q781㊀㊀文献标识号:A㊀㊀文章编号:1001-4942(2023)07-0001-09CloningꎬBioinformationAnalysisandExpressionCharacteristicsofTwoCBLGenesinFloweringChineseCabbageZhuYunna1ꎬ2ꎬFuZhi2ꎬFengHuimin1ꎬ2ꎬWangBin1ꎬ2ꎬShenXueqing2ꎬTangWanjun2ꎬLiuJianguo1ꎬ2(1.GuangdongProvincialKeyLaboratoryofUtilizationandConservationofFoodandMedicinalResourcesinNorthernRegionꎬShaoguan512005ꎬChinaꎻ2.HenryFokCollegeofBiologyandAgricultureꎬShaoguanUniversityꎬShaoguan512005ꎬChina)Abstract㊀InthisstudyꎬtheCBL1andCBL9geneswereclonedbyhomologouscloningmethodfromfloweringChinesecabbage(BrassicacampestrisL.ssp.chinensisvar.utilisTsenetLee)variety Youlü501 ꎬwhosehomologyandphylogeneticanalysisofproteinsequenceswereanalyzedusingDNAMANandMEGAsoftware.AdditionallyꎬtheexpressionpatternsofthetwoCBLgenesintissuesoffloweringChinesecabbageandunderdifferentnitrogenformswereinvestigatedbyqRT ̄PCRmethod.Theresultsshowedthatthefull ̄lengthcDNAsequencesofCBL1andCBL9geneswereboth642bpꎬwhichencoded213aminoacidsandnamedBcCBL1andBcCBL9ꎬrespectively.BoththetwoCBLgenespossessedEF ̄handdomain(EFh)ꎬwhichwasnecessaryforCBLproteintobindCa2+.HomologyanalysisshowedthatthehomologyofthetwoCBLgenesoffloweringChinesecabbagewiththoseofArabidopsisthalianaandBrassicarapawerehigherthan95%.Ac ̄cordingtotheresultsofphylogeneticanalysisꎬitwasfoundthatBcCBL1andBcCBL9werethemostcloselyrelatedwithBrCBL1andBrCBL9ofB.rapaꎬandclusteredintothesamebranchwithAtCBL1andAtCBL9ofA.thalianaꎬrespectively.AccordingtotheresultsofqRT ̄PCRanalysisꎬitshowedthatBcCBL1andBcCBL9wereexpressedindifferenttissuesoffloweringChinesecabbageꎬBcCBL1geneexpressedhigherinleavesandBcCBL9geneexpressedhigherinpods.InadditionꎬtheexpressionlevelsofBcCBL1andBcCBL9wereaffect ̄edbytheformsandlevelsofnitrogen.BcCBL1wasup ̄regulatedatthelowerconcentrationofNO-3orNH+4ꎬwhiletheexpressionofBcCBL9wasup ̄regulatedwiththeconcentrationincreasingofNH+4.Theseresultspro ̄videdtheoreticalbasesforfurtherstudyingthefunctionsandregulationmechanismsofCBL1andCBL9offlow ̄eringChinesecabbageintheprocessofnitrogenuptakeandutilization.Keywords㊀FloweringChinesecabbageꎻNitrogenformsꎻCalcineurinB ̄likeproteinꎻGenecloningꎻBioinformaticsanalysisꎻExpressionanalysis㊀㊀钙作为第二信使在植物信号转导中具有重要调控作用[1ꎬ2]ꎮ钙调蛋白(calmodulinꎬCaM)㊁类钙调蛋白(CaM-likeproteinꎬCML)㊁类钙调磷酸酶B亚基蛋白(calcineurinB-likeproteinꎬCBL)和钙依赖型蛋白激酶(Ca2+-dependentproteinkinaseꎬCD ̄PK)是植物体内常见的钙感受器种类[3ꎬ4]ꎮ除CDPK中含有蛋白激酶结构域外ꎬ其他3个钙感受器都不含激酶结构域ꎬ必须与靶蛋白结合形成复合体才能传递钙信号[4ꎬ5]ꎮCBL起源于绿藻和苔藓ꎬ现广泛存在于被子植物和裸子植物中ꎬ是一种古老的钙感受器[6]ꎬ具有典型的结合Ca2+结构域 EF手臂(EF ̄hand)[1]ꎮ类钙调磷酸酶B亚基蛋白激酶(CBLs-interactingproteinkinasesꎬCIPK)是CBL特异结合的蛋白激酶ꎬ通过形成CBL-CIPK复合体参与调控植物生长发育和非生物胁迫响应[1ꎬ4ꎬ5]ꎮ不同植物CBL成员数量不同ꎬ拟南芥[1ꎬ7]㊁烟草[8]㊁黄瓜[9]㊁大白菜[10]中分别有10㊁20㊁6㊁13个CBLs成员ꎮ植物CBLs参与种子发芽㊁花粉管萌发等生长发育过程[1ꎬ2]ꎬ也参与响应高盐㊁低温㊁干旱等逆境胁迫[1ꎬ4ꎬ11-13]ꎮCIPK23在调控矿质营养转运蛋白方面具有重要作用[1ꎬ4ꎬ11-14]ꎮ低钾胁迫下ꎬAtCBL1/AtCBL9可将AtCIPK23定位到质膜ꎬ使其通过磷酸化激活钾离子通道蛋白(ArabidopsisK+transporter1ꎬAKT1)ꎬ从而增加拟南芥细胞对K+的吸收[15]ꎮ近年来的研究表明ꎬ水稻早期氮响应因子在蛋白质磷酸化等方面富集[16]ꎬ而氮转运蛋白活性也依赖于外界氮信号所触发的磷酸化[17]ꎬ因此ꎬ蛋白磷酸化在氮信号传导㊁氮代谢方面发挥重要作用ꎮ如:CBL-CIPK复合体通过调控氮转运蛋白磷酸化水平调控拟南芥氮信号通路[18-20]ꎻAtCBL1/9-AtCIPK23通过磷酸化修饰ꎬ调控拟南芥硝态氮转运蛋白(nitratetransporter1.1ꎬNRT1.1)亲和性的转变ꎬ以适应不同浓度硝酸盐(NO-3)条件下对NO-3的吸收[18]ꎻ在高铵(NH+4)胁迫下ꎬAtCBL1-AtCIPK23可调控铵态氮转运蛋白(ammoniumtransporterꎬAMT)AMT1.1和AMT1.2的磷酸化ꎬ使其失去活性ꎬ避免吸收过量NH+4[19ꎬ21]ꎮ我们最近研究发现ꎬ菜心铵转运蛋白BcAMT1s可与CIPK23互作[22]ꎬ菜心CIPK23表达受氮素水平和氮素形态的影响(待发表)ꎮ不同CBLs可能参与同一种非生物胁迫ꎬ相同CBL可能参与不同非生物胁迫响应[1]ꎮ为此ꎬ本文选择可与CIPK23互作的CBL1㊁CBL9为研究对象ꎬ采用同源克隆法获得菜心CBL1和CBL9的全长序列ꎬ并分析其生物学特性㊁组织表达特性以及对不同氮素形态的响应ꎬ以期为提高菜心氮素吸收利用的作用机理研究提供一定的理论支撑ꎮ1㊀材料与方法1.1㊀试验材料及样品处理供试菜心(BrassicacampestrisL.ssp.chinensisvar.utilisTsenetLee)品种为 油绿501 (由广州市农业科学研究院选育)ꎬ于2021年3 5月在广东省韶关市韶关学院英东生物与农业学院生态园玻璃温室内培养ꎮ将菜心种子用7.5%的NaClO消毒10minꎬ用无菌水清洗4~5次ꎬ然后播种于海绵块上进行育苗ꎬ待幼苗长至三叶一心时移植到改良霍格兰营养液中进行培养ꎮ之后根据不同2㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀山东农业科学㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀第55卷㊀试验要求进行处理㊁取样ꎮ1.1.1㊀基因表达组织特异性分析的样品采集㊀菜心幼苗移栽后生长30~40dꎬ待角果结荚后ꎬ分别取根㊁茎㊁叶㊁花㊁叶柄㊁荚果㊁花蕾㊁薹茎等组织样品ꎬ用于基因表达的组织特异性分析ꎮ每个样品设3个生物学重复ꎬ每重复取4~6株ꎬ液氮速冻后保存在-80ħ冰箱中备用ꎮ1.1.2㊀不同水平氮素处理试验的样品处理㊀菜心移苗后在1个剂量的改良霍格兰营养液中培养4dꎬ取出用蒸馏水冲洗根部ꎬ然后转移到缺氮营养液中再培养4dꎬ将菜心苗分苗移栽到1㊁4㊁8mmol/LNH4Cl/NaNO3营养液中处理2hꎬ分别对叶片和根系进行取样ꎬ每个样品设3个生物学重复ꎬ每重复取4~6株ꎬ液氮速冻后置于-80ħ冰箱保存备用ꎮ1.2㊀总RNA提取及cDNA合成采用Eastep®Super植物总RNA提取试剂盒[普洛麦格(北京)生物技术有限公司]提取总RNAꎬ采用PrimeScriptTMRTreagentKitwithgDNAEraser试剂盒[宝生物工程(大连)有限公司]反转录合成cDNAꎮ1.3㊀菜心CBLs基因克隆在NCBI数据库(https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi)查找拟南芥(Arabidopsisthaliana)AtCBL1㊁AtCBL9的基因序列ꎬ然后在大白菜(Bras ̄sicarapa)基因组进行BLAST比对ꎬ得到与其同源性最高的BrCBL1(XM_009138607.3)㊁BrCBL9(XM_009130690.3)基因序列ꎮ菜心是大白菜的一个变种ꎬ亲缘关系较近ꎬ因此根据大白菜BrCBL1㊁BrCBL9基因序列设计同源引物用于克隆菜心相应的基因ꎮ利用PrimerPremier5.0软件设计引物ꎬ引物序列见表1ꎮ设置20μLPCR反应体系:PrimerstarMaxprimer10μLꎬcDNA模板链1μLꎬ上下游引物各1μLꎬ加ddH2O补充至20μLꎮPCR反应程序:98ħ预变性5minꎻ98ħ20sꎬ58ħ20sꎬ72ħ1minꎬ35个循环ꎻ72ħ延伸1minꎮ回收扩增产物ꎬ连接到pMD20-T载体并转化大肠杆菌DH5α感受态细胞ꎬ将经PCR鉴定的阳性克隆送广州擎科生物技术有限公司测序ꎮ1.4㊀生物信息学分析利用表2所列软件对菜心CBL1㊁CBL9基因编码蛋白及其氨基酸序列进行分析ꎮ㊀㊀表1㊀所用引物及其序列引物序列(5ᶄ-3ᶄ)用途CBL1F:ATGGGCTGCTTCCAATCAAAGR:TCATGTGACAATCTCATCCACCBL9F:ATGGGCTGTTTACATTCCACR:TCAAGTCGCAATCTCATCCAC基因克隆q-CBL1F:ACTGGAGTGGAGCGATTTTGR:CATCCACCTCCGAGTTAAAGATq-CBL9F:GGATGCAGATGTGGACCGAR:TGGAAACGTGGTCGTTATGT荧光定量PCRGADPHF:CAGGTTTGGAATTGTCGAGGR:GAGCTGTGGAAGCACCTTTCActin2F:GACTACGAGCANGAGNTNGAGACR:CTGTTGGAANGTGCTGAGGGA荧光定量PCR内参㊀㊀表2㊀所用软件及其网址软件网址用途ProtParamhttps://web.expasy.org/protparam/蛋白质理化特性分析ExPASyProtScalehttps://web.expasy.org/protsca/蛋白疏水性分析Cell-Ploc2.0http://www.csbio.sjtu.edu.cn/bioinf/Cell-PLoc-2/ProtCompv.9.0http://linux1.softberry.com/berry.phtml?group=programs&subgroup=proloc&topic=protcomppl蛋白亚细胞定位TMHMMServer2.0https://services.healthtech.dtu.dk/service.php?TMHMM-2.0蛋白质跨膜结构分析NetPhos3.1http://www.cbs.dtu.dk/services/NetPhos/磷酸化位点分析SignalP5.0https://services.healthtech.dtu.dk/service.php?SignalP-5.0蛋白质信号肽预测Expasyhttps://www.expasy.org/蛋白质二级结构分析SWISS-MODELhttps://www.swissmodel.expasy.org/蛋白质三维结构预测SMARThttp://smart.embl-heidelberg.de/保守结构域分析STRINGhttps://string-db.org/蛋白互作分析1.5㊀基因表达量的qRT-PCR分析按照1.2中的方法提取菜心样品的RNA并反转录为cDNAꎬcDNA样品用RNase-FreeddH2O稀释5倍后作为模板ꎬ利用SYBRGreen®PremixExTaqTM进行荧光定量PCR分析ꎮ扩增体系:2ˑSYBRGreenTaqTM10μLꎬ10μmol/L上下游引物各0.4μLꎬcDNA模板2μLꎬ用RNase ̄FreeddH2O补充到20.0μLꎮ扩增程序:95ħ预变性3minꎬ95ħ10sꎬ60ħ30sꎬ循环40次ꎮ以GADPH和Actin2为内参基因ꎬ用2-ΔΔCt计算基因相对表达量[23]ꎮ1.6㊀数据统计分析与作图用MicrosoftExcel2010整理数据ꎬ用SPSS19.0进行统计分析ꎬ用Duncan s法进行显著性分析ꎬ用SigmaPlot11.0作图ꎮ2㊀结果与分析2.1㊀菜心CBL1、CBL9基因的克隆以菜心叶片cDNA为模板ꎬ用CBL1-F㊁CBL1-3㊀第7期㊀㊀㊀朱云娜ꎬ等:两个菜心CBL基因的克隆㊁生物信息学分析及其表达特性分析R和CBL9-F㊁CBL9-R引物进行PCR扩增ꎬ均获得约650bp的基因片段(图1)ꎮ经测序ꎬ克隆得到的基因片段长度均为642bpꎮ通过BLAST在线比对ꎬ菜心CBL1基因片段与拟南芥的AtCBL1(NM_001341238.1)㊁甘蓝型油菜(Brassicanapus)的BnCBL1(XM_013881846.3)㊁大白菜的BrCBL1(XM_009138607.3)的核苷酸序列同源性分别为91.12%㊁98.29%㊁98.44%ꎻ而菜心CBL9基因片段与AtCBL9(NM_124081.4)㊁BnCBL9(XM_013840912.3)㊁BrCBL9(XM_009130690.3)的核苷酸序列同源性分别为92.21%㊁99.69%㊁99.69%ꎮ初步表明所克隆的两个基因片段分别为菜心CBL1㊁CBL9基因序列ꎮ将这两个基因分别命名为BcCBL1㊁BcCBL9ꎮM:DL2000DNAMarkerꎻ1:BcCBL1基因扩增条带ꎻ2:BcCBL9基因扩增条带ꎮ图1㊀菜心CBL1㊁CBL9基因的PCR扩增图谱2.2㊀BcCBL1㊁BcCBL9的氨基酸序列分析利用ProtParam和ExPASyProtScale对Bc ̄CBL1㊁BcCBL9编码蛋白序列进行分析ꎬ结果显示ꎬBcCBL1编码213个氨基酸ꎬ分子量为24.60kDꎬ原子组成为C1109H1725N277O336S9ꎬ理论等电点(pI)为4.64ꎬ平均疏水率为-0.173ꎬ脂肪酸系数为89.20ꎬ不稳定系数为36.35ꎮBcCBL9编码213个氨基酸ꎬ分子量为24.41kDꎬ原子组成为C1097H1703N275O338S8ꎬpI为4.58ꎬ平均疏水率为-0.185ꎬ脂肪酸系数为88.31ꎬ不稳定系数为34.69ꎮBcCBL1㊁BcCBL9均为可溶性亲水蛋白ꎮ通过SignalP5.0预测分析发现二者均无信号肽序列ꎬ为非分泌型蛋白ꎮBcCBL1㊁BcCBL9均有多个丝氨酸磷酸位点(ser)和苏氨酸磷酸位点(Thr)ꎮ利用Cell-Ploc2.0和ProtCompv.9.0预测BcCBL1㊁BcCBL9亚细胞定位ꎬ均定位于细胞膜上ꎻTMHMMServer2.0分析结果表明二者均无跨膜结构ꎮ2.3㊀BcCBL1和BcCBL9的二㊁三级结构分析运用Expasy的SOPMA对BcCBL1㊁BcCBL9蛋白的二级结构进行预测分析ꎬ结果(图2)显示ꎬBcCBL1蛋白含有α-螺旋(alphahelix)50.70%㊁β-折叠延伸链(extendedstrand)11.74%㊁β-转角(be ̄taturn)5.16%㊁无规则卷曲(randomcoil)32.39%ꎬ而BcCBL9蛋白的α-螺旋㊁β-折叠延伸链㊁β-转角㊁无规则卷曲分别为52.11%㊁7.98%㊁6.57%㊁33.33%ꎮ可见ꎬ两者的主要组成部分均为α-螺旋ꎬβ-折叠延伸链㊁β-转角㊁无规则卷曲则散布于蛋白结构中ꎮ三级结构预测结果与该结果一致ꎮ另外ꎬBcCBL1蛋白三级结构为单体结构ꎬ而BcCBL9蛋白三级结构为二聚体结构(图3)ꎮ2.4㊀BcCBL1㊁BcCBL9氨基酸序列同源性比对及系统进化分析将BcCBL1㊁BcCBL9与AtCBL1(NP_567533.1)㊁AtCBL9(NP_199521.1)㊁BrCBL1(XP_009136855.1)㊁BrCBL9(XP_009128938.1)进行氨基酸序列多重比对分析ꎬ结果(图4)显示ꎬBcCBL1㊁BcCBL9与两个物种CBL1㊁CBL9的氨基酸相似性介于95.31%~100%ꎬ其中ꎬBcCBL1与BrCBL1相似性高达100%ꎬBcCBL9与BrCBL9相似性为99.53%ꎮ蓝色代表α-螺旋ꎻ绿色代表β-转角ꎻ紫色代表β-折叠延伸链ꎻ红色代表无规则卷曲ꎮ图2㊀BcCBL1和BcCBL9蛋白二级结构预测4㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀山东农业科学㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀第55卷㊀图3㊀BcCBL1㊁BcCBL9蛋白三级结构预测图4㊀菜心㊁拟南芥㊁大白菜CBL1㊁CBL9氨基酸序列多重比对结果㊀㊀利用SMART在线工具对两个菜心CBL基因编码氨基酸进行保守结构域分析ꎬ结果(图5)表明ꎬBc ̄CBL1㊁BcCBL9均具有CBL蛋白结合Ca2+所必需的EF-hand型结构域(EFh)ꎬ保守结构域均为3个且位置相同ꎬ位于第71~99㊁108~136㊁152~180位氨基酸ꎬFANRIFDMFDVKRKGVIDFGDFVRSLNVF(BcCBL1)和FANRIFDLFDVKRKGVIDFGDFVRSLNVF(BcCBL9)ꎬKIDFTFRLYDMDCTGFIERQEVKQMLIAL(BcCBL1)和KTDFTFRLYDMDCTGFIERQEVKQMLIAL(Bc ̄CBL9)ꎬILDKTFEDADVNQDGKIDKLEWSDFVNKN(BcCBL1)和ILDQTFEDADVDRDGKIDKTEWSD ̄FVIKN(BcCBL9)ꎮ图5㊀BcCBL1㊁BcCBL9保守结构域分析进化树分析结果(图6)表明ꎬBcCBL1与BrCBL1图6㊀BcCBL1㊁BcCBL9与拟南芥㊁大白菜CBLs的进化树分析5㊀第7期㊀㊀㊀朱云娜ꎬ等:两个菜心CBL基因的克隆㊁生物信息学分析及其表达特性分析亲缘关系最近ꎬBcCBL9与BrCBL9亲缘关系最近ꎬ其次分别为AtCBL1和AtCBL9ꎬ且菜心㊁大白菜㊁拟南芥的CBL1与CBL9同聚类在一个分支ꎬ而与拟南芥㊁大白菜的其他CBL成员相距较远ꎮ进一步表明本研究分离得到的2个菜心CBL基因属于植物CBLs基因家族成员ꎬ编码类钙调磷酸酶B亚基蛋白ꎮ2.5㊀BcCBL1㊁BcCBL9在菜心不同器官中的表达分析由图7可知ꎬBcCBL1和BcCBL9在菜心根㊁茎㊁叶㊁叶柄㊁薹茎㊁花蕾㊁花㊁荚果中均有表达ꎮBcCBL1在菜心叶中表达量最高ꎬ显著高于其他器官ꎬ其次为根㊁茎ꎻ在叶柄㊁薹茎㊁花蕾㊁花㊁荚果中表达量相对较低ꎬ且器官间无显著差异ꎮBcCBL9在菜心荚果中表达量最高ꎬ其次为薹茎ꎬ两者间差异显著且均显著高于其他器官ꎻ在叶㊁叶柄㊁花㊁根㊁茎中表达量相对较低ꎬ在花蕾中的表达量最低ꎬ显著低于其他器官ꎬ仅为荚果中表达量的3.33%ꎮ两个基因均以菜心根系中BcCBL1的相对表达量为1进行比较分析ꎮ不同小写字母表示在P<0.05水平上差异显著ꎬ下同ꎮ图7㊀BcCBL1(A)和BcCBL9(B)在菜心不同器官中的表达分析2.6㊀BcCBL1和BcCBL9对不同氮素形态的响应由图8可知ꎬBcCBL1㊁BcCBL9表达量受氮素形态及其水平影响ꎬ二者表现出不同的表达模式ꎮBcCBL1在低浓度氮条件表达量较高ꎬ表达量有随氮浓度增加而明显下降的趋势ꎻ在8mmol/LNO-3(或NH+4)条件下ꎬ菜心根和叶中的BcCBL1表达量也较高ꎬ为1mmol/LNO-3(或NH+4)条件下的5.92%~41.41%ꎮBcCBL1表达还受不同氮素形态影响ꎬ在相同浓度条件下ꎬNH+4处理的菜心根中BcCBL1表达量最高ꎬNO-3处理的次之ꎬNH4NO3处理的最低(图8A)ꎻ在菜心叶中ꎬBcCBL1表达也呈现出与根中类似的变化规律(图8B)ꎮ由图8C看出ꎬ在菜心根中ꎬBcCBL9表达量随着NH+4浓度增加显著增加ꎬ8mmol/LNH+4处理下最高ꎬ分别是中㊁低浓度NH+4处理下的1.96倍和48.16倍ꎻ而在NO-3和NH4NO3处理下ꎬ随其浓度增加ꎬBcCBL9表达量均呈现出先下降后上升的趋势ꎬ且不同浓度处理间差异显著ꎬ但表达量最高值分别出现在低浓度和高浓度处理时ꎮ在菜心叶中(图8D)ꎬBcCBL9表达水平随NO-3浓度增加而降低ꎬ中㊁高浓度处理间表达量差异不显著ꎬ但显著低于低浓度处理ꎻ在NO-3和NH4NO3处理下ꎬBc ̄CBL9表达水平随浓度的变化趋势与根系中相似ꎬ但变化幅度略小ꎬ其中ꎬ中浓度与高浓度NH+4处理间㊁低浓度与高浓度NH4NO3处理间差异不显著ꎮ此外ꎬ与BcCBL1相比ꎬ无论在菜心根还是叶中ꎬBcCBL9均保持较高的表达水平ꎬ暗示两基因可能在氮素吸收利用方面发挥着不同作用ꎮ2.7㊀BcCBL1㊁BcCBL9蛋白互作关系在STRING交互式数据库中输入BcCBL1㊁BcCBL9蛋白序列ꎬ选择 拟南芥 为所属物种ꎬ利用拟南芥蛋白构建互作关系网络ꎬ据此推测Bc ̄CBL1㊁BcCBL9的互作蛋白ꎮ由图9推测可知ꎬBcCBL1蛋白与丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶家族(CIPK1㊁CIPK3㊁CIPK7㊁CIPK8㊁CIPK9㊁CIPK15㊁CIPK23㊁SOS2㊁SIP3)㊁钾离子通道蛋白AKT1具有互作关系ꎻ而BcCBL9蛋白也可与AKT1和CIPK家族蛋白互作ꎬ但其互作网络中未包含CIPK7和CIPK15ꎬ此外ꎬ菜心BcCBL9还可与免疫亲和蛋白(FKBP12)和AT2G20050蛋白互作ꎮ6㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀山东农业科学㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀第55卷㊀横坐标的N㊁A㊁NA分别代表NO-3㊁NH+4㊁NH4NO3ꎬ1㊁4㊁8分别指3种浓度处理ꎬ单位均为mmol/Lꎮ两个基因均以1mmol/LNO-3处理的菜心根系BcCBL1表达量为1进行比较分析ꎮ图8㊀BcCBL1(A㊁B)和BcCBL9(C㊁D)对不同氮素形态的响应图9㊀BcCBL1(A)和BcCBL9(B)蛋白的互作网络3㊀讨论与结论本研究从菜心中克隆到两个完整的CBL基因 BcCBL1㊁BcCBL9ꎬ开放阅读框均为642bpꎬ均编码213个氨基酸残基ꎻBcCBL1㊁BcCBL9蛋白均具有CBL蛋白结合Ca2+所必需的EF-hand结构域ꎻ与大白菜㊁拟南芥CBL1㊁CBL9的氨基酸序列同源性均在95%以上ꎬ聚类于同一进化分支ꎬ但与其他CBL成员的遗传距离较远ꎮBcCBL1㊁BcCBL9编码蛋白均为稳定性蛋白ꎬ具有较强的亲水性ꎬ定位于细胞质膜上ꎬ无跨膜结构ꎬ无信号肽ꎬ与拟南芥AtCBL1㊁AtCBL9[24]和唐古特白刺Nt ̄CBL的定位结果一致[11]ꎮCBL定位于质膜上表明其可能通过结合膜蛋白在细胞中发挥作用[11]ꎮBcCBL1和BcCBL9蛋白结构的主要组成部分均为α-螺旋ꎬ散布β-折叠延伸链㊁β-转角㊁无规则7㊀第7期㊀㊀㊀朱云娜ꎬ等:两个菜心CBL基因的克隆㊁生物信息学分析及其表达特性分析卷曲ꎻ然而ꎬBcCBL1为单体结构ꎬBcCBL9蛋白为二聚体结构ꎬ暗示两者可能发挥着不同的生物学功能ꎮ基因在不同组织中的表达特性可能暗示其在相应表达部位的生物学功能[25]ꎮ在已研究的植物中ꎬ多数CBL在各个组织或器官中具有不同程度表达ꎬ在某些组织中具有表达优势[8]ꎮ本研究结果表明ꎬBcCBL1和BcCBL9在菜心根㊁茎㊁叶㊁叶柄㊁薹茎㊁花蕾㊁花㊁荚果中均有表达ꎬ其中ꎬBc ̄CBL1在叶中的表达量远高于在其他组织中ꎬ而BcCBL9在荚果中的表达量显著高于在其他组织中ꎬ暗示两基因可能分别主要在菜心叶和荚果生长发育过程中发挥作用ꎮ研究报道ꎬCBL1/9可与CIPK23形成CBL-CIPK复合体参与拟南芥氮信号通路调控[18ꎬ19]ꎬ并可响应低温㊁高盐㊁干旱㊁低钾等多种逆境胁迫ꎬ在植物生长发育过程和非生物胁迫中具有重要作用[13ꎬ20]ꎮ本研究结果表明ꎬBcCBL1㊁BcCBL9确实可响应外界氮素变化ꎬ二者的表达水平不仅受不同氮素形态影响ꎬ也受氮素水平影响ꎬ但二者呈现出不同的变化趋势ꎮ其中ꎬBcCBL1在低浓度(1mmol/L)单一氮源(NO-3或NH+4)条件上调表达ꎬ而在中(4mmol/L)㊁高浓度(8mmol/L)或混合氮源(NH4NO3)条件下调表达ꎬ甚至不表达ꎻBcCBL9在低浓度NH+4条件下表达量低ꎬ在中㊁高浓度NH+4条件下表达量高ꎬ而在NO-3和NH4NO3处理时ꎬBcCBL9在低/高氮浓度下表达水平较高ꎬ在中等浓度下表达量较低ꎮ这与AtCBL1/9受低浓度NO-3诱导上调表达而在高浓度NO-3时下调表达[18]的结论一致ꎮStraub[24]报道ꎬ拟南芥AtCBL1表达依赖于NH+4ꎬ缺氮后恢复供2mmol/LNH+4可诱导其表达ꎬ供NH+430min时ꎬAtCBL1表达量达到峰值ꎬ随后开始下降ꎻ而AtCBL9表达量在供NH+430min后才开始增加ꎬ随后基本无明显变化ꎮ本研究主要对供不同浓度不同形态氮素2h后BcCBL1㊁BcCBL9基因在菜心中的表达情况进行分析ꎬ并未比较不同供氮时间对二者表达量的影响ꎬ可在今后研究中增加该项目ꎮ通过STRING交互式数据库ꎬ利用拟南芥CBL1㊁CBL9蛋白构建互作蛋白网络ꎬ据此推测菜心的BcCBL1与CIPK1㊁CIPK3㊁CIPK7㊁CIPK8㊁CIPK9㊁CIPK15㊁CIPK23等CIPK家族成员及钾离子通道蛋白AKT1互作ꎻ而BcCBL9虽可与AKT1㊁CIPKs互作ꎬ但CIPK成员不包含CIPK7和CIPK15ꎬ此外ꎬBcCBL9还可与FKBP12和AT2G20050蛋白互作ꎮSTRING数据库对AT2G20050蛋白注释为含有蛋白磷酸酶2C和环核苷酸结合/激酶结构域蛋白ꎬ参与调控蛋白质磷酸化ꎮAtCBL1/9受低浓度NO-3诱导表达ꎬ促进其与CIPK23形成复合体以调控AtNRT1.1磷酸化水平ꎬ从而促进NO-3运输[18]ꎮ在拟南芥中ꎬAtCBL1与AtCIPK23形成CBL-CIPK复合体ꎬ参与调控AtAMT1.1和AtAMT1.2蛋白磷酸化水平ꎬ从而调控拟南芥根系对NH+4的吸收ꎬ而AtCBL9并未参与调控[19ꎬ21ꎬ24]ꎮ本研究发现菜心BcCBL1和BcCBL9表达均受不同氮素形态和氮素水平影响ꎬ二者在不同氮素形态下如何调控氮素吸收利用ꎬ是否存在功能冗余现象ꎬ仍需进一步研究ꎮ综上ꎬ本研究分离得到的BcCBL1㊁BcCBL9基因属于菜心CBL基因家族成员ꎬ具有组织表达特异性ꎬ受氮素不同形态不同水平影响ꎬ但两者表达模式不同ꎬ可能参与调控不同氮素条件下的氮吸收与利用过程ꎬ具体作用机制还需进一步探究ꎮ在今后研究中ꎬ可将氮素供应时间进一步细化ꎬ观察BcCBL1㊁BcCBL9基因在不同供氮时间下的表达模式ꎬ再利用VIGS对基因进行沉默ꎬ验证其功能ꎮ本研究结果可对进一步探究菜心氮素吸收利用分子机制提供一定的理论依据ꎮ参㊀考㊀文㊀献:[1]㊀张传鹏ꎬ戴绍军ꎬ魏建华ꎬ等.CBL家族在植物逆境胁迫响应和生长发育中的作用[J].现代农业科技ꎬ2013ꎬ5:230-231ꎬ234.[2]㊀MähsAꎬSteinhorstLꎬHanJPꎬetal.ThecalcineurinB 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二色补血草海藻糖-6-磷酸磷酸酯酶基因的克隆及分析
二色补血草海藻糖-6-磷酸磷酸酯酶基因的克隆及分析马辉;刘桂丰;徐晨曦;王玉成;杨传平【期刊名称】《东北林业大学学报》【年(卷),期】2008(036)008【摘要】以二色补血草叶片组织为材料构建了cDNA文库,文库的初始滴度为2.0×106pfu,重组率为95%,平均插入片段为0.8 kb,扩增后文库的滴度为4.0×109 pfu·mL-1.通过随机测序从文库中获得的海藻糖-6-磷酸磷酸酯酶(trehalose-6-phosphate phosphatase,TPP)基因的全长cDNA序列,该序列长1 986 bp,其中5'非翻译区163 bp,3'非翻译区680 bp,开放读码框长1 143 bp,编码380个氨基酸,蛋白分子质量为42 KD,理论等电点为6.68.海藻糖-6-磷酸磷酸酯酶在海藻糖合成过程中起关键作用,该基因的克隆为研究海藻糖在二色补血草中的合成奠定了基础.【总页数】4页(P1-3,7)【作者】马辉;刘桂丰;徐晨曦;王玉成;杨传平【作者单位】林木遗传育种与生物技术教育部重点实验室(东北林业大学),哈尔滨,150040;林木遗传育种与生物技术教育部重点实验室(东北林业大学),哈尔滨,150040;林木遗传育种与生物技术教育部重点实验室(东北林业大学),哈尔滨,150040;林木遗传育种与生物技术教育部重点实验室(东北林业大学),哈尔滨,150040;林木遗传育种与生物技术教育部重点实验室(东北林业大学),哈尔滨,150040【正文语种】中文【中图分类】Q789【相关文献】1.碱茅6-磷酸海藻糖合成酶基因的克隆及其耐逆性分析 [J], 李莹;柳参奎2.坛紫菜6-磷酸海藻糖合成酶(TPS)家族基因的克隆及表达特征分析 [J], 史健志;徐燕;纪德华;陈昌生;谢潮添3.木薯海藻糖-6-磷酸酯酶MeTPP6基因克隆及其表达分析 [J], 丁泽红;吴春来;颜彦;付莉莉;胡伟4.矮牵牛海藻糖-6-磷酸合酶基因PhTPS6的克隆与表达分析 [J], 王琦;刘同瑞;刘娜;熊枫;张水明;董丽丽5.香蕉海藻糖-6-磷酸合成酶基因MaTPS2克隆及表达特性分析 [J], 王安邦;吴琼;舒海燕;许桂莺;苗红霞;柯建浩;贾彩虹;邢文婷;许奕因版权原因,仅展示原文概要,查看原文内容请购买。
陆地棉光合系统ⅡPsbR基因的克隆与表达分析
陆地棉光合系统ⅡPsbR基因的克隆与表达分析摘要:陆地棉(Gossypium hirsutum)是一种重要的经济作物,其光合系统的正常功能对植物的生长与发育至关重要。
本研究旨在克隆并分析陆地棉光合系统Ⅱ中的PsbR基因,探究其在植物生理过程中的作用。
通过PCR技术克隆并测序得到陆地棉PsbR基因的全长序列,并利用组织特异性表达分析了该基因在不同组织中的表达情况。
结果显示,陆地棉PsbR基因的开放阅读框(ORF)长约489 bp,编码一个约162个氨基酸的蛋白质。
系统发育树分析表明,陆地棉PsbR基因与其他植物的PsbR基因高度保守。
实时荧光定量PCR结果显示,在陆地棉的根、茎、叶、花中,PsbR基因均有表达,其中以叶中表达量最高。
利用融合表达系统成功表达了PsbR蛋白,并进行了纯化和功能鉴定。
关键词:陆地棉;光合系统Ⅱ;PsbR基因;克隆;表达引言陆地棉是一种重要的经济作物,广泛种植于全球多个地区。
作为一种C3植物,陆地棉的光合系统起着至关重要的作用,是植物进行光合作用和生物质合成的基础。
光合系统Ⅱ是光合电子转运链中的一个重要组成部分,参与光合作用产生的ATP和NADPH的合成。
PsbR基因是光合系统Ⅱ中的重要组成部分,其编码的蛋白质在光合系统的正常功能中发挥重要的作用。
虽然陆地棉的光合系统已有详细研究,但对其中PsbR基因的研究尚非常有限。
因此,本研究旨在克隆并表达陆地棉光合系统ⅡPsbR基因,进一步了解其在陆地棉生理过程中的作用。
材料与方法1. 材料本研究使用陆地棉(Gossypium hirsutum)品种作为实验材料。
植物根、茎、叶片和花朵分别采集自生长良好的陆地棉植株。
2. 克隆与序列分析根据已知的PsbR基因序列,设计引物并进行PCR扩增反应。
将扩增产物进行电泳检测后,纯化并进行测序。
通过比对分析确定克隆得到的PsbR基因序列。
3. 组织特异性表达分析采用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)技术,分别在根、茎、叶和花中检测PsbR基因的表达情况。
二色补血草LbGST基因的原核表达载体构建与表达
二色补血草LbGST基因的原核表达载体构建与表达刁桂萍;刘彬令;雷作霖;郭荫久;王玉成【期刊名称】《东北林业大学学报》【年(卷),期】2011(039)004【摘要】从二色补血草(Limonium bicolor)中分离出一个编码谷胱甘肽硫转移酶(LbGST)基因,并将该基因构建到pGEX-4T-2原核表达载体,转入大肠杆菌(Escherichia coli)BL21中,利用0.1 mmol/L的IPTG诱导该基因在大肠杆菌BL21中进行表达.SDS-PAGE检测表明,出现了特异的分子量为50 kDa左右的融合蛋白,说明该基因在大肠杆菌中成功表达,该基因的成功表达为分离纯化LbGST蛋白并研究其功能奠定了基础.【总页数】2页(P125-126)【作者】刁桂萍;刘彬令;雷作霖;郭荫久;王玉成【作者单位】东北林业大学,哈尔滨,150040;东北林业大学,哈尔滨,150040;东北林业大学,哈尔滨,150040;东北林业大学,哈尔滨,150040;东北林业大学,哈尔滨,150040【正文语种】中文【中图分类】Q943.2【相关文献】1.黄肿树JcFATA基因原核表达载体构建及表达体系优化 [J], 刘颖;陈建平;刘国选;黄川腾;杨亚利;唐家年;周开源;林诗婉;高美芳;吴东霖2.桃果实PpPAE基因的原核表达载体构建与诱导表达 [J], 丛丽君;王滨;段艳欣;吴军帅;冯静3.茶树CsSMT基因的克隆、原核表达及植物超表达载体构建 [J], 刘声传;鄢东海;周雪;曹雨;莫雪;胡伊然;周玉锋4.生菜质体表达载体构建及gfp基因原核表达分析 [J], 周丽英;李虎;丁玉梅;卜璐璐;侯思明;许俊强;张应华;杨正安5.APEC毒力基因ygeG的原核表达载体构建、表达纯化及鉴定 [J], 姜楠;郑倩倩;李倩文;涂健;宋祥军;邵颖;刘红梅;祁克宗因版权原因,仅展示原文概要,查看原文内容请购买。
金属硫蛋白及其编码基因与应用[发明专利]
专利名称:金属硫蛋白及其编码基因与应用专利类型:发明专利
发明人:储成才,杨昭,吴耀荣
申请号:CN200910078200.8
申请日:20090226
公开号:CN101817879A
公开日:
20100901
专利内容由知识产权出版社提供
摘要:本发明公开了一种金属硫蛋白及其编码基因与应用。
该蛋白质是序列表中序列2所示的氨基酸序列组成的蛋白质;该蛋白可用于培育抗旱能力提高和/或锌含量提高的植物。
本发明还公开了一种培育抗旱能力提高和/或锌含量提高的植物的方法,是将所述基因导入植物中,得到抗旱能力提高和/或锌含量提高的转基因植物。
本发明的金属硫蛋白及其编码基因对农业生产具有重要的意义。
申请人:中国科学院遗传与发育生物学研究所
地址:100080 北京市海淀区中关村南一条3号
国籍:CN
代理机构:北京纪凯知识产权代理有限公司
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二色补血草硫氧还蛋白过氧化物酶基因LbTPx的克隆及其表达
二色补血草硫氧还蛋白过氧化物酶基因LbTPx的克隆及其表达刁桂萍 ;杨传平 ;王玉成【期刊名称】《东北林业大学学报》【年(卷),期】2011(039)008【摘要】从二色补血草(Limonium bicolor)cDNA文库中分离出一个新的硫氧还蛋白过氧化物酶基因(LbTPx)全长cDNA序列.基因全长1016 bp,其中:5'非翻译区146 bp,3'非翻译区69 bp,开放读码框(ORF)801 bp,共编码266个氨基酸;编码蛋白的分子质量为47.99× 10-24 kg,理论等电点为(pI)8.83.利用荧光定量PCR 方法研究了二色补血草LbTPx基因在NaCl 、ABA、CuSO4、ZnCl2和CdCl2胁迫下不同时间的表达模式.结果表明:NaCl和CuSO4处理均能诱导LbTPx基因在二色补血草根和叶中的表达;ABA、ZnCl2和CdCl2处理则只能诱导Lb TPx基因在二色补血草叶中的表达,而抑制其在二色补血草根中的表达.【总页数】4页(P85-87,115)【作者】刁桂萍 ;杨传平 ;王玉成【作者单位】东北林业大学,哈尔滨,150040;东北林业大学,哈尔滨,150040;东北林业大学,哈尔滨,150040【正文语种】中文【中图分类】Q943.2【相关文献】1.细粒棘球绦虫硫氧还蛋白过氧化物酶基因的克隆、表达及鉴定 [J], 王慧;侯秋莲;张壮志;张富春;张文宝2.湖北钉螺硫氧还蛋白过氧化物酶全长基因克隆、表达与蛋白活性分析 [J], 马宪亮;刘琴;张仪3.巨片形吸虫硫氧还蛋白过氧化物酶的克隆、表达和免疫学诊断价值评价 [J], 王月祺;周岩;程娜;陈木新;艾琳;刘榆华;张建国;罗家军;许学年4.二色补血草硫氧还蛋白(Trx)的克隆和表达分析 [J], 张大伟;杨传平;王玉成;班巧英;马辉5.多头带绦虫硫氧还蛋白过氧化物酶基因的克隆及序列分析 [J], 李永光;李文卉;盖文燕;姚菊霞;曲自刚;贾万忠;Radu Blaga;付宝权因版权原因,仅展示原文概要,查看原文内容请购买。
二色补血草凝集素(Lectin)序列分析及表达
t f d c t n H r i 1 0 4 P .C ia / Ju l f ot at o s yU i r t. 2 0 ,6 1 ) 一 2~ 4 r o u a o , a n 5 0 0, .R hn ) / o ma o r e s F r t nv s y 一 0 8 3 ( 1 . 5 5 y E i b N h e r ei
K e r Li n u bc l r e tn; RT— y wo ds mo i m ioo ;L ci PCR .
二色补血草( i oim b o r 又名付 氏矶松 , Lm n i l ) u co 属蓝 雪科 , 补血草属 , 2年生草本植物 , 是我 国北 方的一种重要牧草资源 和中草药 , 有较高的研究价值 。凝集素(et ) 具 Lcn 是一类可促 i
枸杞花药发育基因LbMS2的克隆及表达分析
枸杞花药发育基因LbMS2的克隆及表达分析石晶;管翠萍;郑蕊;王丽娟;尹颖;陈亮【期刊名称】《西北植物学报》【年(卷),期】2017(37)3【摘要】MS2(Male sterily 2)类基因编码脂肪酰基还原酶,参与了花药绒毡层中脂类代谢过程.该研究以宁夏枸杞('宁杞1号')为试验材料,采用RACE方法从枸杞花药cDNA中获得枸杞LbMS2基因.结果显示,LbMS2基因开放阅读框为1 782 bp,编码593个氨基酸,等电点为8.98;生物信息学分析显示,LbMS2蛋白定位于叶绿体;LbMS2蛋白序列与茄科植物矮牵牛、茸毛烟草、马铃薯、番茄以及甜辣椒中的MS2蛋白表现出较高的序列相似性;实时荧光定量PCR结果显示,LbMS2基因具有器官表达特异性,只在枸杞花器官中表达,并且在枸杞花药发育的四分体时期以及单核花粉时期表达量最高.研究表明,LbMS2基因是枸杞花器官发育过程中的重要基因.%MS2 gene encodes fatty acyl reductase which involves in the fat metabolism of anther tapetum.In this study, with Ningxia wolfberry (Lycium barbarum L.) variety 'Ningqi No.1' as material, we obtained LbMS2 gene with RACE(rapid-amplification of cDNA ends) method.The results indicated that: LbMS2 had an open reading frame (ORF) of 1 782 bp, which encoded a protein of 593 amino acid residues, and its isoelectric point was 8.98;Bioinformation analysis indicated that LbMS2 protein was located in the chloroplast;LbMS2 protein sequence showed the highest homology identity with MS2 protein from Petunia hybrida, Nicotiana tomentosiformis, Solanum tuberosum, Solanum lycopersicum and Capsicum annuum;Real-time PCR analysis indicated that LbMS2 gene was expressed in high transcript level in tetrad stage and single nucleus pollen stage of anther development.LbMS2 gene takes part in the flower development in wolfberry.【总页数】7页(P453-459)【作者】石晶;管翠萍;郑蕊;王丽娟;尹颖;陈亮【作者单位】宁夏大学生命科学学院,银川 750021;宁夏大学生命科学学院,银川750021;宁夏大学生命科学学院,银川 750021;宁夏大学生命科学学院,银川750021;宁夏大学生命科学学院,银川 750021;食用野生植物保育与利用湖北省重点实验室,湖北黄石435002【正文语种】中文【中图分类】Q785;Q786【相关文献】1.黑果枸杞外整流钾离子通道SKOR基因的克隆及表达分析 [J], 刘丽萍;戴逢斌;张冲;田菊;陈金焕2.枸杞己糖激酶基因LbHXK的克隆及表达分析 [J], LI Haoxia;YANG Bin;YIN Yue;AN Wei;WANG Yajun;ZHAO Jianhua3.栽培黑果枸杞活性成分生物合成关键基因克隆及表达分析 [J], 王德富;杨锋;崔丽艳;龙丹丹;李玲玉;申少斐;牛颜冰4.枸杞LbSPL 6基因的克隆及表达分析 [J], 张红雨;梁新华;石晶5.枸杞果胶酯酶基因LbPME克隆及表达分析 [J], 李浩霞;尹跃;杨斌;安巍;赵建华因版权原因,仅展示原文概要,查看原文内容请购买。
二色补血草凝集素(Lectin)序列分析及表达
二色补血草凝集素(Lectin)序列分析及表达齐晓天;王玉成;杨传平;曾丽萍【期刊名称】《东北林业大学学报》【年(卷),期】2008(036)011【摘要】从二色补血草cDNA文库中分离出一个凝集素(Lectin)基因全长cDNA 序列.该基因全长977 bp.其中:5′非翻译区(UTR)103 bp,3′非翻译区(UTR)208 bp,开放阅读框(ORF)全长663 bp,编码由221个氨基酸组成的蛋白质,该蛋白的相对分子质量为25 kD,理论等电点为8.82.利用实时定量RT-PCT方法进一步研究了二色补血草在植物病原菌(尖孢镰刀菌)侵染条件下不同时间点该基因的表达情况.结果表明,在尖孢镰刀菌胁迫处理的条件下,能诱导Lectin基因在二色补血草的根、叶中表达,说明该基因与植物抗病相关.【总页数】3页(P52-54)【作者】齐晓天;王玉成;杨传平;曾丽萍【作者单位】林木遗传育种与生物技术教育部重点实验室(东北林业大学),哈尔滨,150040;林木遗传育种与生物技术教育部重点实验室(东北林业大学),哈尔滨,150040;林木遗传育种与生物技术教育部重点实验室(东北林业大学),哈尔滨,150040;林木遗传育种与生物技术教育部重点实验室(东北林业大学),哈尔滨,150040【正文语种】中文【中图分类】Q943.2【相关文献】1.合浦珠母贝C型凝集素2的序列特征和表达分析 [J], 胡钰婷;张殿昌;江世贵;苏天凤;崔淑歌;郭华阳;陈明强2.新疆黄精凝集素基因的克隆、序列分析和表达 [J], 孙素荣;张智;李素丽;胡俊;张富春3.雪花莲外源凝集素基因的克隆,序列分析和植物表达载体的构建 [J], 朱玉;吴茜4.稻胚凝集素基因的克隆、序列分析及表达 [J], 郝峥嵘;刘庆法;季昀;叶鸣明;陈永青;沈大棱5.MAR序列介导野苋菜凝集素基因在白菜中的表达 [J], 邓智年;魏源文;吕维莉;李杨瑞因版权原因,仅展示原文概要,查看原文内容请购买。
二色补血草中2个金属硫蛋白基因的克隆及分析
第35卷第8期东 北 林 业 大 学 学 报Vol.35No.8 2007年8月JOURNAL OF NORT HE AST F ORESTRY UN I V ERSI TY Aug.2007二色补血草中2个金属硫蛋白基因的克隆及分析1)李红艳 杨传平 王玉成 王丙锋(林木遗传育种与生物技术教育部重点实验室(东北林业大学),哈尔滨,150040) 摘 要 从二色补血草中分离出2个金属硫蛋白基因的c DNA全序列,分别命名为Lb M T1和Lb M T2。
Lb M T1全长为569bp,其中5′非编码区23bp,3′非编码区300bp,开放读码框(ORF)长246bp,编码含81个氨基酸的蛋白,相对分子质量为8070,等电点为4.7;Lb M T2全长为523bp,其中5′非编码区61bp,3′非编码区216bp,开放读码框长246bp,编码81个氨基酸,编码蛋白的相对分子质量为8000,等电点为5.0。
这2个基因编码的氨基酸都含有14个半胱氨酸Cys,分布在蛋白质的N端和C端,呈CC、CXC和CXXC形式排列。
疏水性分析表明:这2个蛋白都存在35~48个氨基酸之间较强的疏水区。
通过对多种植物的MT蛋白序列比对分析表明,金属硫蛋白家族在氨基酸数目上保守性差,但半胱氨酸残基(Cys)的位置和数目保守性达到100%,揭示了Cys对金属硫蛋白的功能十分重要。
这2个基因已经在Genbank上注册,Lb M T1基因的登录号为EF103574,Lb M T2基因的Genbank登录号为EF103575。
关键词 二色补血草;基因克隆;金属硫蛋白分类号 Q785C lon i n g and Sequence Ana lysis of Two M et a lloth i one i n Genes fro m L i m on ium bicolor/L i Hongyan,Yang Chuan2p ing,W ang Yucheng,W ang B ingfeng(School of Forestry,Northeast Forestry University,Harbin150040,P.R.Chi2na)//Journal of Northeast Forestry University.-2007,35(8).-1~5T wo metall othi onein(MT)genes were cl oned fr om L i m onium bicolor,na med Lb M T1and Lb M T2,res pectively.The Lb M T1gene is569bp in length,including23bp of5′untranslated regi on and300bp of3′untranslated regi on.It has anopen reading fra me(ORF)of246bp,encoding a p r otein of81a mino acid residues,with p r otein molecular weight of8070and is oelectric point of4.7.The Lb M T2gene is523bp in length,including61bp of5′untranslated regi on and216bp of3′untranslated regi on.The open reading fra me(ORF)of Lb M T2is246bp,encoding81a m ino acid residues.The mo2lecular weight of encoding p r otein is8000with the is oelectric point of5.0.Both Lb M T1and Lb M T2have14Cysresidues(cys)that have conserved sequence positi on at N ter m inal and C ter m inal of p r otein,ranking in the for m s of CXC andCXXC.Hydr ophobicity analysis showed that there was a high hydr ophobic regi on bet w een35and48residue positi ons.M ulti p le sequence align ment of M T p r oteins fr om s ome p lants revealed that the M T gene fa m ily shared l ow identities in se2quence,but were conserved in Cys residue positi ons and the nu mber of Cys residues,i m p lying that Cys residues may p layvery i m portant r oles in the functi on of MT p r oteins.These t w o genes were accep ted by Genbank,the accessi on nu mber ofLb M T1is EF103574and Lb M T2is EF103575.Key words L i m onium bicolor;Gene cl oning;Metall othi onein 金属硫蛋白(metall othi oneins,M T)是一类低分子量、富含金属和巯基的非酶蛋白,广泛存在于生物界。
二色补血草LbARP基因的克隆及其表达分析
二色补血草LbARP基因的克隆及其表达分析作者:刁桂萍柳燕宋佳林佳忱刘志华来源:《安徽农业科学》2014年第32期摘要从二色补血草(Limonium bicolor)cDNA文库中分离出一个生长素抑制蛋白基因LbARP(GenBank登录号为KF886022)。
该基因全长698 bp,含有3个外显子和2个内含子,开放读码框(ORF)387 bp,共编码128个氨基酸,推测蛋白质分子量为13.84 kDa,理论等电点为9.69。
多序列比对结果显示,该基因编码的氨基酸序列与其他植物的ARP蛋白序列相似性达到50%以上,具有生长素抑制基因家族的保守结构域。
荧光定量PCR结果表明,LbARP基因能够对NaCl、ABA、CuSO4、CdCl2及ZnCl2等非生物胁迫作出应答。
关键词二色补血草;生长素抑制蛋白;实时定量PCR中图分类号 S567 ;文献标识码A ;文章编号 0517-6611(2014)32-11250-03Cloning and Expression of an Auxinrepressed Protein Gene LbARP from Limonium bicolorDIAO Guiping, LIU Yan, SONG Jia, LIU Zhihua et al ;(Northeast Forestry University,Harbin, Heilongjiang 150040)Abstract The full length cDNA of a novel auxin repressed protein (LbARP) gene was cloned from a cDNA library of Limonium bicolor (GenBank accession No. KF886022 ). The fulllength cDNA sequence of LbARP is 698 bp, including three exons and two introns. The open reading frame (ORF) is 387 bp in length, encoding a deduced amino acid sequence of 128 residues with a molecular weight of 13.84 kDa and an isoelectric point of 9.69. Sequence alignment of the deduced amino acids of LbARP revealed a low degree of similarity with other members of plant ARP and had a typical domain characteristic. The results of realtime quantitative PCR showed that LbARP can response to the treatments of NaCl, ABA, CuSO4, CdCl2 and ZnCl2.Key words Limonium bicolor; Auxinrepressed protein; Real time RTPCR生长素作为一类重要的信号分子,通过调节一系列基因的表达影响植物生长发育。
二色补血草的氨基酸含量测定及评价
二色补血草的氨基酸含量测定及评价
周浩;别红桂
【期刊名称】《黑龙江农业科学》
【年(卷),期】2011(000)003
【摘要】通过氨基酸分析仪测定了药用植物二色补血草中各种氨基酸的组成,并对其进行营养评价.结果表明:二色补血草中含有18种氨基酸,包括8种人体必需氨基酸,各种氨基酸配比合理;E/N=58-7%、E/T=37.0%,与WHO/FAO提出E/N约为60%、E/T约为40%的理想模式接近;除赖氨酸为限制性氨基酸外,其余氨基酸评分均在90分以上.
【总页数】3页(P104-106)
【作者】周浩;别红桂
【作者单位】江苏省滩涂生物资源与环境保护重点建设实验室/盐城师范学院生命科学与技术学院,江苏盐城,224051;江苏省滩涂生物资源与环境保护重点建设实验室/盐城师范学院生命科学与技术学院,江苏盐城,224051
【正文语种】中文
【中图分类】S567.23+7
【相关文献】
1.连城白鸭杂交后代肌肉氨基酸含量测定及评价 [J], 何宗亮;郗正林;虞德兵;杜文兴;张振岚;匡伟;王润之;姚远
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No t e s rh a t Foms ̄ Un v r i , r i 5 0 0 t i e s t Ha b n 1 0 4 ,Ch n y ia
关键 词:二色 3 血 草;金 属硫 蛋 白;实时定量 P R;原核 表达 1 、 C
Cl n n nd e p e so fa n v lm e a t 0 e n g n M T r m o i g a x r s i n o o e t U0 hi n i e eLb 2 fo Li n u b c l r mo i m io o
L MT e ewa sre t r k r oi x rsinv co p b 2g n si etdi oapo ay t e pe so e tr(GEX一T2 t r d c erc mbn t x rsinv co n n c 4 -) op o u et e o ia p eso e tr h n e
a i e i u sw i emol ulrm a so 1kD aa d t e e ial f4. . e e p e so M T2 g nei bio o n cd r sd e t t h h ec a s f8. ortc o 71 T x r si n ofLb n h pI h e n L. c l ri r p s o CuSO4 es on e t ,Cd 2 Na , ol a d PEG C1, C1 c d, n wasf t ri esi a e sn r a i equ tttv urhe nv tg t d u i g e ltm a ia ie PCR. n b n I om e fa d la n r to oo fL.biol ,t e e pr s in o c or h x e so fLbM T s i u e y Cu 2 wa nd c d b SO4 ,Cd 2 C1,Na ,a d c l ,b n bie C1 n o d utihi t d by PEG te s sr s .
L MT b 2基 因的原核 表达 载体 p E L MT ,通 过 IT 诱 导在大肠 杆菌( sh r ha c l L 1 中融合 表达, G X. 2 S .AG 电泳获得 3 Da 的蛋 白条带,大小 与预期 相符 。 DSP E 5k
研究报告
一
个新 的二色补血 草金属硫蛋 白基 因 L MT b 2的克隆及
其表达 分析
班巧英 , 桂 丰, 刘 王玉成 , 大伟 , 丽丽 张 蒋
东 北林 业 大 学 ,哈 尔滨 1 0 4 500
摘要 :从 二色3 血 草 c NA 中分 离 出一个新 的金 属硫蛋 白基 因 L MT 长 c NA序 列。 1 、 D b 2全 D 该基 因全 长 5 8b , 1 p
Ab ta t Th ul e ghc sr c: efl ln t DNA fan v l tl tin i L MT ) e ewa ln dfo ac o o e al ho en(b 2 g n sco e r m DNA irr fLmo im me o l ay o i nu b bc lr T eL MT e eco e 1 p i e g , ihicu e 4b f5 u ta sae e in( ioo . b 2g n ln di 5 8b ln t whc ld sa6 p o nrn ltdrgo UTR) da2 5b h s n h n n a 0 p o nr sae e in T i e eh sa p nra igfa f3 ta ltdrgo . sg n a o e e dn me( u n h n r ORF f2 9b e gh e c dn rti f8 mi o )o 4 p i ln t , n o ig ap oeno 2a n n
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其 中 5 翻译 区( T )4 b , 啡 翻译 区 2 5 b ,开放 阅读框( F 2 9 b ,编码 由 8 啡 U R6 p 3 0 p OR )4 p 2个 氨基酸 组成 的蛋 白质,
编码 蛋 白的分子量 为 81 k a . D ,理论 等 电点(I为 47 。利 用实 时定量 P R 方法研 究 了二色 3 血草 在 Cu O4 p) . 2 C 1 、 S 、 C C1、Na 1 d 2 C 、低温 和 P G胁迫 下不 同时间该基 因 的表 达模 式。结果 表 明, u O 、C C 2 E C S 4 d 1、Na 和低 温处理均 C1 能诱 导 L MT b 2基 因在二色 3 血草 的根和 叶 中的表 达,而 P G 处理则 抑制 了 L MT 1 、 E b 2在根 和 叶 中的表 达。构建