R数据分析:竞争风险模型的做法和解释二_附R文件
竞争风险模型介绍
国外研究现状
[1] Sr R B D. Validation of the Framingham Coronary Heart Disease Prediction Scores: Results of a Multiple Ethnic Groups Investigation[J]. Jama the Journal of the American Medical Association, 2001, 286(2):180.
重点难点
(1)竞争风险相关中文文献较少; (2)理论方法学习与实际应用操作难度较大。
邮箱:jicunZhu@
[3] Puddu P E, Piras P, Menotti A. Competing risks and lifetime coronary heart disease incidence during 50 years of follow-up[J]. International Journal of Cardiology, 2016, 219:79-83.
总累积风险函数为:
统计工具
Cumulative incidence function和Fine and Gray model通 过 R 软 件 (/) 加 载 包 “ cmprsk” 中 的 “ crr ” 函数和“ cuminc” 函数进行。疾病竞争风险模型通过 “mstate”加载包实现。 模型预测能力评价采用区分度和校正能力,采用的指标 分别为 ROC 曲线下面积(AUC)和 Ho江一涛,胡海兰,魏巧玲,方亚. 竞争风险模型的发展与应用[J]. 中 国卫生统计,2009,04:445-447. [2]戚晴,王洪源,任倩,纪立农. 竞争风险模型在2型糖尿病治疗临床 试验中的应用[J]. 中华临床医师杂志(电子版),2012,12:3322-3326. [3]宋艳龙. 竞争风险模型在阿尔茨海默病转归研究中的应用[D].山 西医科大学,2014. [4]郭胜楠,陈慧林,李丽贤,陈金宝,侯雅文,刘棣,陈征,陈平雁. 应用竞 争风险模型探索宫颈癌患者预后的影响因素[J]. 肿瘤,2015,09:10061012. [5]刘龙, 汤哲, 李霞,等. 基于竞争风险模型的北京市老年人群心血 管疾病短期风险评估[J]. 首都医科大学学报, 2016, 37(2):181-187.
R数据分析生存分析的做法和结果解释
R数据分析生存分析的做法和结果解释生存分析是一种用于研究事件发生时间的统计方法,常用于医学、生物学、经济学等领域。
在R语言中,有多种包可用于生存分析,如survival、KMsurv、rms等。
本文将介绍生存分析的主要做法和结果解释。
一、生存分析的做法1.整理数据:首先需要整理数据,包括事件发生时间、事件状态(例如生存还是死亡)、危险因素(例如性别、年龄、治疗方案等)等变量。
一般来说,数据需要按照时间顺序排列。
2. Kaplan-Meier方法:Kaplan-Meier方法是一种估计生存函数的非参数方法。
它假设风险在整个随访期间都是常数,并使用生存曲线来描述事件发生的时间。
在R中,可以使用survival包中的survfit(函数计算生存曲线,然后使用plot(函数绘制生存曲线。
3. 生存曲线比较:在生存分析中,常常需要比较不同危险因素对生存时间的影响。
通常使用log-rank检验或Cox比例风险模型进行比较。
使用survdiff(函数进行log-rank检验,使用coxph(函数进行Cox模型分析。
二、结果解释1.生存曲线:生存曲线是生存分析的主要结果之一、横轴表示时间,纵轴表示生存率。
曲线上下边界表示95%的置信区间。
可以通过观察生存曲线的形状和趋势判断危险因素对生存时间的影响。
2.中位生存时间:生存曲线可以帮助估计中位生存时间,即有一半样本的生存时间小于等于该时间点,另一半样本的生存时间大于等于该时间点。
中位生存时间可以用作评估治疗效果的一个指标。
3. P值和风险比(Hazard Ratio):在生存分析中,通常会使用log-rank检验或Cox比例风险模型来比较不同危险因素对生存时间的影响。
log-rank检验可以得到一个P值,用于判断两个或多个组别之间生存情况是否存在显著差异。
Cox模型可以计算相对风险(Hazard Ratio),用于评估不同危险因素对生存时间的影响程度。
4. 危险比图:危险比图(Forest Plot)是显示危险比和其置信区间的图表。
使用R语言进行金融风险预测的方法
使用R语言进行金融风险预测的方法随着金融市场的不断发展和变化,金融风险管理变得越来越重要。
为了有效地管理金融风险,预测金融市场的波动和风险成为一项关键任务。
R语言作为一种强大的统计分析工具,被广泛应用于金融风险预测。
本文将介绍使用R语言进行金融风险预测的一些常用方法。
1. 历史模拟法历史模拟法是一种简单直观的金融风险预测方法。
它基于过去一段时间内的市场数据,通过计算历史收益率的标准差来衡量风险水平。
在R语言中,我们可以使用quantmod包来获取金融市场数据,并利用stats包中的函数计算收益率的标准差。
通过历史模拟法,我们可以得到一个基于历史数据的风险估计,但它忽略了市场的动态变化和未来的不确定性。
2. 方差-协方差法方差-协方差法是一种常用的金融风险预测方法,它基于资产收益率之间的协方差矩阵来衡量风险。
在R语言中,我们可以使用quantmod包获取金融市场数据,并利用stats包中的函数计算协方差矩阵。
通过方差-协方差法,我们可以得到一个基于资产间关系的风险估计,但它假设资产收益率服从正态分布,忽略了尾部风险的存在。
3. 基于GARCH模型的风险预测GARCH(Generalized Autoregressive Conditional Heteroskedasticity)模型是一种常用的金融时间序列模型,用于描述金融市场的波动性。
在R语言中,我们可以使用fGarch包来拟合GARCH模型,并进行风险预测。
GARCH模型考虑了波动的自回归特性和波动的异方差性,能够更准确地预测金融市场的风险。
4. 基于机器学习的风险预测机器学习在金融风险预测中也有广泛的应用。
在R语言中,我们可以使用caret包来进行机器学习算法的训练和预测。
常用的机器学习算法包括支持向量机(SVM)、随机森林(Random Forest)和神经网络(Neural Network)等。
通过机器学习算法,我们可以利用大量的市场数据和特征,建立起一个更准确的金融风险预测模型。
r语言竞争风险模型校准曲线
r语言竞争风险模型校准曲线R语言竞争风险模型校准曲线是用于评估和比较竞争风险模型在不同参数设置下的性能的工具。
校准曲线通常是一个二维图,横轴表示模型预测的竞争风险概率,纵轴表示实际观测到的概率。
通过绘制不同参数设置下的校准曲线,可以帮助研究人员选择最佳的模型参数设置。
以下是在R语言中绘制竞争风险模型校准曲线的一个示例代码:```{r}#加载所需的包library(survival)library(cmprsk)library(pec)library(rms)#生成一个示例数据集data(lung)lung$time2 <- lung$time + rnorm(nrow(lung))lung$status2 <- 1 - lung$status#拟合竞争风险模型fit <- cmpreg(Surv(time, status) + Surv(time2, status2) ~ age + sex + ph.ecog,data = lung)#预测竞争风险概率pred <- predict(fit, type = "risk")#绘制校准曲线calibration_curve(pred, lung$status, title = "Calibration Curve") ```这段代码通过加载需要的包,生成一个示例数据集,并使用`cmpreg()`函数拟合竞争风险模型。
然后,使用`predict()`函数预测竞争风险概率。
最后,使用`calibration_curve()`函数绘制校准曲线并指定标题为"Calibration Curve"。
绘制的校准曲线可以帮助评估模型的校准性能。
如果校准曲线的点落在理想的45度对角线上,表示模型的预测与实际观测一致,即模型具有良好的校准性能。
如果校准曲线的点偏离对角线,表示模型的预测存在偏差。
竞争风险模型介绍参考课件
2020/3/24
2
定义
竞争风险模型(Competing Risk Model, CR)是多状态 模型的一种标准化结构,是处理多种终点事件和竞争风险 事件存在的生存数据的分析方法。它是1999年Fine和Gray 提出部分分布的半参数比例风险模型,使用累积风险函数 来估计结局事件的累计发生概率。部分分布风险的回归模 型可利用部分似然函数和加权技术得到估计值,然后再利 用边际风险模型估计出个体的累积风险及其置信区间,分 析众多影响因素对结局事件的影响大小,很适合应用于多 影响因素的疾病研究。
[2] Kempen B J H V, Ferket B S, Kavousi M, et al. Performance of Framingham cardiovascular disease (CVD) predictions in the Rotterdam Study taking into account competing risks and disentangling CVD into coronary heart disease (CHD) and stroke[J]. International Journal of Cardiology, 2014, 171(3):413-418.
竞争风险过程过程:
事件1
0
右删失
事件1
0
事件.. 2
右删失
可能发生的终点事件 (endpoint)只有一个
2020/3/24
可能发生的终点事件 (endpoint)有多个类型 事件之间为生终点事件的原因别风险模型如下:
λ(t)表示终点事件的原因别基础风险,β表示对终点事件的回归系数。
竞争风险模型
汇报人:朱继存 导 师:孙长青 教 授 时 间:2017年04月12日
stata竞争风险模型定义
stata竞争风险模型定义
Stata是一个统计分析软件,竞争风险模型是用来评估企业或个体在市场竞争中面临的风险和机会的模型。
在Stata中,竞争风险模型通常使用生存分析方法,如Cox比例风险模型或Weibull模型来评估竞争环境下个体或企业的生存时间或退出概率。
这些模型可以帮助分析人员预测市场竞争中的风险因素,识别关键的竞争因素,并评估这些因素对生存时间或退出概率的影响。
竞争风险模型在Stata中的定义包括以下几个方面:
1. 数据准备,在Stata中,竞争风险模型的建立首先需要对数据进行准备,包括收集竞争环境中的相关数据,如市场份额、竞争对手数量、市场增长率等。
2. 模型选择,在Stata中,可以使用各种竞争风险模型,如Cox比例风险模型或Weibull模型等。
根据具体情况选择适合的模型。
3. 变量选择,在建立竞争风险模型时,需要选择合适的解释变量和控制变量,这些变量可以包括市场份额、市场增长率、竞争对
手数量、市场集中度等。
4. 模型拟合,使用Stata中的相应命令进行模型拟合,得到模型的参数估计和显著性检验结果。
5. 结果解释,最后,需要解释模型的结果,包括各个变量的影响程度、风险比、生存曲线等,以便对竞争环境中的风险因素进行深入分析和预测。
总之,在Stata中,竞争风险模型是用来评估市场竞争中个体或企业面临的风险和机会的重要工具,通过对竞争环境中的数据进行建模和分析,可以帮助决策者更好地理解市场竞争的动态变化,制定相应的竞争策略和风险管理措施。
生存分析之不满足风险比例假定的竞争风险模型:STATA还是R,总有一款适合你!
生存分析之不满足风险比例假定的竞争风险模型:STATA还是R,总有一款适合你!笔者在<<非比例风险的Cox回归模型_分层分析法>>中用到一个例子:示例:从TCGA(The Cancer Genome Atlas, 癌症基因组图谱,/)下载的多发性骨髓瘤CoMMpass研究中的临床资料(2021年9月),数据经过了清理。
变量包括id、age(年龄)、gender(性别,0=female;1=male);race(种族:0=white;1=others)、FamHist(家族癌症史:0=No;1=Yes)、stage(病理学分期:1=I 期;2=II期;3=III期)、Trt(治疗方案,0=药物联合治疗,1=制剂+干细胞移植),status(状态:0=alive;1=dead)、cause(死亡原因:0=Alive;1=Not Cancer Related;2=Cancer Related);time(确诊后生存时间,days)。
治疗多发性骨髓瘤时在药物治疗中加入干细胞移植有助于降低患者的癌症死亡率?疾病介绍:中国多发性骨髓瘤诊治指南(2022年修订),/zLN0Uqi9,密码:Memocl严格来说除了以全因死亡为研究结局,以死因、复发等为结局的研究都广泛存在着竞争风险。
非癌症相关死亡的发生的时候,癌症死亡就不可能出现了,也就是说癌症相关死亡和非癌症相关死亡互为竞争事件。
<<非比例风险的Cox回归模型_分层分析法>>中没有使用全因死亡作为死亡事件只是为了示例非比例风险的Cox回归模型的分层分析法,因为如果以全因死亡作为研究结局,stage等变量都满足风险比例假定,就不需要进行分层分析了。
生存分析的竞争风险模型笔者前面也做过一次长篇笔记:《R笔记:生存分析之竞争风险模型[概念与实操]》。
竞争风险模型有两种分析方法:(1)特定原因风险模型,(2)子分布风险模型。
使用R软件分析竞争风险模型简明攻略
在进行 竞争 风 险模 型 分 析 前 , 需 依 次 载入 程 序 必
包 sl e,uvvl c rk 然后 在命 令窗 口键 入 : pi ss ria 和 mps , n
>x cmic f mesau, i ; <一u n (t ,ttsds x i )
其 中 c mic u n 是进 行累 积发 生率 和 Gry检 验 的命 a
他意 外结 局 , 它的 出现 会 导 致感 兴 趣 的事 件 永 远 不 会
cnr / A K GE.t 下 载 , 在 主界 面 “ 序 包 ” o ti P C A b hml 并 程
菜单 中进 行安 装 。 分 析步 骤 1 数据 集 的读入 与分析 前 的准备 。 . R可 以直接读 取纯 文本 文件 , 对于 读 取像 S S 而 PS 格式 的 文 件 则 必 需 先 载 入程 序 包 frin oe 。安 装 c g m. p s , 程序 包 已出现 在选择 列表 中。 r k后 该 接下来 , R 的命 令 窗 口键 入 命 令 , 可 读 入 数 在 即
据集 :
> b ra .ps “ rt sv ,o d t.rme mt ed ss( b .a ” t . aa f a a
TRUE)
发生 ( 被认 为是 与 右删 失数据 (ih — nodd t) 这 r t e sr aa 的 g c 最大差 别 ) 即 出现 了竞 争。 现 在 学 界 的 主 流 观 点 认 ,
本文 并不 准备 对竞 争风 险模型 的 理论 和算 法进行
探讨 , 而是 试 图提 供 一个 使用 R软 件 竞 争风 险模 型模 块 的简 明分析 指南 , 我国广 大一 线工 作者 能较 迅速 、 使 准 确地将 该模 型应 用于 实际工 作 。 示例 数据 与 R软件 的下 载与 安装 本文 的示 例数 据是 一个关 于 急性 白血病 骨髓 移植
r语言计算风险平价的例子
r语言计算风险平价的例子
风险平价是一种投资组合优化策略,旨在将投资组合中各项资产的风险权重调整为相等。
在R语言中,我们可以使用现有的金融数据和优化工具来计算风险平价投资组合的权重。
下面我将给出一个简单的例子来说明如何在R语言中计算风险平价投资组合。
首先,我们需要准备数据。
假设我们有一组股票的历史收益率数据,我们可以使用quantmod包来获取这些数据。
然后,我们可以计算这些股票的协方差矩阵,这可以通过cov函数来实现。
接下来,我们可以使用投资组合优化工具来计算风险平价投资组合的权重。
在R语言中,可以使用PortfolioAnalytics包来进行投资组合优化。
我们可以使用该包中的函数来指定优化目标为风险平价,并输入股票的协方差矩阵作为优化的输入。
然后,我们可以运行优化算法,得到风险平价投资组合的权重。
最后,我们可以将得到的权重应用于我们的投资组合,从而构建风险平价的投资组合。
我们可以使用这些权重来分配资金到不同的资产上,以达到风险平价的目标。
需要注意的是,这只是一个简单的例子,实际应用中可能涉及更多的细节和调整。
另外,投资涉及风险,投资者应该在了解风险的基础上做出决策。
希望这个例子能够帮助你初步了解在R语言中如何计算风险平价投资组合。
竞争风险模型介绍
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重点难点
(1)竞争风险相关中文文献较少; (2)理论方法学习与实际应用操作难度较大。
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恳请批评指正!
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如基线未发生心血管疾病的研究对象在观察期间内死于癌症车祸等其他原因前并未发生心血管疾病就不能为cvd的发病做出贡献传统的生存分析方法将其他原因死亡的个体失访个体和存活个体同样被记为删失数据这样处理会高估cvd的累积发病率
竞争风险模型
汇报人:朱继存 导 师:孙长青 教 授 时 间:2017年04月12日
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国外研究现状
[1] Sr R B D. Validation of the Framingham Coronary Heart Disease Prediction Scores: Results of a Multiple Ethnic Groups Investigation[J]. Jama the Journal of the American Medical Association, 2001, 286(2):180.
生存函数是指没有发生任何终点事件的概率。表示为:
总累积风险函数为:
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统计工具
Cumulative incidence function和Fine and Gray model通 过 R 软 件 (/) 加 载 包 “ cmprsk” 中 的 “crr”函数和“cuminc”函数进行。疾病竞争风险模型通过 “mstate”加载包实现。 模型预测能力评价采用区分度和校正能力,采用的指标 分别为 ROC 曲线下面积(AUC)和 Hosmer-Lemeshow 拟合优 度检验。
竞争风险模型原理及应用
竞争风险模型原理及应用1.引言1.1 概述竞争风险模型是一种用于评估和预测企业面临的竞争环境中的风险的工具。
在现代商业领域,竞争是不可避免的,企业需要对竞争环境进行有效的管控和应对,以保持其市场地位和利润。
竞争风险模型的出现,为企业提供了一种系统性的方法来分析和解决竞争带来的各种风险。
竞争风险模型基于对竞争力的评估,考虑了多个方面,包括市场份额、市场增长率、竞争对手的行为和策略等因素。
通过对这些因素的综合分析,竞争风险模型可以帮助企业识别出竞争中存在的风险,进而采取相应的策略进行应对。
这可以包括调整定价、改进产品或服务、加强市场营销等措施,以增强企业的竞争力并降低风险。
竞争风险模型的应用范围广泛,适用于各个行业和企业规模。
对于大型企业来说,竞争风险模型可以帮助其评估竞争环境的变化趋势,并制定相应的战略规划。
对于中小型企业来说,竞争风险模型可以帮助其发现潜在的竞争风险,并及时采取措施避免损失。
本文将深入探讨竞争风险模型的原理和应用。
在原理部分,我们将介绍竞争风险模型的基本概念和构建方法,以及其中涉及的数学模型和算法。
在应用部分,我们将结合实际案例,阐述竞争风险模型在企业管理中的具体应用和效果。
通过深入研究竞争风险模型,我们可以更好地了解竞争对手的行为和策略,有针对性地制定企业的竞争策略,并及时应对竞争中的风险。
这对于企业的长远发展具有重要意义,能够提高企业的竞争力和市场占有率。
同样,对于学术研究者和管理者来说,深入研究竞争风险模型也有助于推动该领域的理论发展和实践应用。
文章结构部分的内容可以写作如下:1.2 文章结构本文主要围绕竞争风险模型的原理及应用展开讨论。
为了使读者更好地理解和把握文章的内容,本文将按照以下结构进行组织和呈现。
首先,在引言部分,我们将对竞争风险模型的概述进行详细介绍,包括该模型的基本概念、发展历程以及研究背景等内容。
接着,我们将阐述本文的结构框架,并简要介绍各个章节的主要内容,以帮助读者对全文有一个整体的了解。
R风险评估
R风险评估R风险评估是一种专门用于评估特定环境下的风险和可能性的方法。
R风险评估可以帮助组织确定哪些风险是最重要的,并提出相应的管理措施来降低这些风险。
本文将对R风险评估的流程和应用进行详细阐述。
R风险评估的流程主要包括四个步骤:确定范围,评估可能性,评估严重性和确定管理措施。
第一步,确定范围。
在这一步骤中,需要确定评估的对象和目标,包括所评估的风险类型和相关的事物。
例如,如果评估的是网络安全风险,那么相关的事物可能包括网络设备、软件系统和网络用户等。
第二步,评估可能性。
在这一步骤中,需要评估风险发生的可能性。
可能性的评估可以采用定性和定量两种方法。
定性评估是使用专家判断和经验来确定风险的可能性。
定量评估是通过数据分析和建模来计算风险的可能性。
第三步,评估严重性。
在这一步骤中,需要评估风险发生后可能带来的严重程度。
严重性的评估可以考虑损失的程度、影响的范围和持续时间等因素。
评估的结果可以用一个风险矩阵来表示,其中将可能性和严重性进行交叉,得出风险的等级。
第四步,确定管理措施。
在这一步骤中,需要根据风险的等级来确定相应的管理措施。
管理措施可以分为预防性和应对性两类。
预防性的管理措施是为了降低风险发生的可能性,如加强安全防范措施和提供培训教育等。
应对性的管理措施是为了减轻风险发生后的影响,如建立紧急响应机制和备份系统等。
R风险评估可以广泛应用于各个领域。
例如,在信息安全领域中,可以通过R风险评估来评估网络攻击的风险,并采取相应的措施保护网络安全。
在环境保护领域中,可以通过R风险评估来评估生态系统的健康状况,并制定相应的保护策略。
在金融领域中,可以通过R风险评估来评估投资项目的风险,并制定相应的风险管理策略。
总结起来,R风险评估是一种有效的评估风险和可能性的方法。
通过R风险评估,组织可以更好地了解风险,并制定相应的管理措施来降低风险的发生和影响。
通过不断优化和完善R风险评估的流程和方法,可以提高风险管理的能力和效果。
竞争风险数据的统计分析方法(PARTⅢ)
竞争风险数据的统计分析方法(PARTⅢ)本上篇介绍过两篇竞争风险模型的文章,一是竞争风险数据的统计分析方法(PARTⅠ)该篇主要讲解竞争风险模型的理论知识,二是竞争风险数据的统计分析方法(PART Ⅱ),该篇主要介绍了竞争风险数据的累积风险率(CIF)的估计及两组累积风险率的比较(Gray 检验)。
本篇介绍如何建立竞争风险模型。
1.案例数据简介本文的案例数据来自Pintilie M的书《Competing Risks: A Practical Perspective. John Wiley& Sons, New York》中一项针对滤泡细胞淋巴瘤研究(Follicular cell lymphoma study)的数据。
数据集中包含541例Ⅰ期和Ⅱ期的淋巴瘤患者,这些患者治疗方式有两种,一种是只进行放疗(chemo=0),另外一种是放疗加化疗(chemo=1)。
结局变量,复发或者死亡是两个竞争事件。
患者年龄(age)均值57岁标准差14岁,血红蛋白水平(hgb)均值138,标准差15,随访时间中位数5.5年。
数据地址百度盘链接:https:///s/1jIGg9lc 密码:b974下载读入数据:fol <-read.table('follic.txt',sep=',' ,header="">具体数据R软件格式如下:先对数据做简单的清洗后cause变量里193例删失,272例复发,76例未复发死亡。
evcens <- (fol$resp="='NR'" |=""fol$relsite!=''>#兴趣的事件:复发这里(fol$resp=='NR' | fol$relsite!='')是个逻辑判断语句,R语言会返回的是个逻辑判断结果“TRUE”或者'FALSE',后面加的“0”是个数值变量,在R语言中,逻辑判断语句的字符串和数据变量的加运算,会自动将字符串变量变成数值运算,也就是最终如果是TRUE会返回1,FALSE返回0.即发生结局事件1,0代表删失crcens <- (fol$resp="='CR'" &=""fol$relsite="=''" &="" fol$stat="">#竞争风险事件,代码语句意思同上cause <- ifelse(evcens="">#判断语句,如果发生兴趣事件死亡记为1.否则执行下面的语句,下句如果竞争风险事件为1,则记为2,否则为0.2.模型差异说明P.Fine和J.Gray教授对竞争风险数据做了大量的研究,他们提出了一种边际分布的半参数比例风险模型,这个模型主要优点在于:它可以直接估计协变量对边际概率模型的影响。
基于R语言的金融风险预测模型构建与验证
基于R语言的金融风险预测模型构建与验证金融风险预测一直是金融领域中的重要课题,通过建立有效的风险预测模型,可以帮助金融机构更好地识别和管理各种风险,提高风险控制能力,保障金融市场的稳定和健康发展。
在本文中,我们将探讨如何基于R语言构建和验证金融风险预测模型。
1. 金融风险预测模型概述金融风险预测模型是通过对金融市场数据进行分析和建模,来预测未来可能出现的各种风险情况。
常见的金融风险包括市场风险、信用风险、流动性风险等。
构建有效的风险预测模型可以帮助金融机构及时发现和评估潜在风险,采取相应措施进行应对。
2. R语言在金融领域的应用R语言作为一种开源的数据分析和统计软件,在金融领域有着广泛的应用。
其强大的数据处理和可视化能力,使其成为金融数据分析的首选工具之一。
通过R语言,我们可以对金融市场数据进行清洗、处理、分析和建模,为金融决策提供有力支持。
3. 构建金融风险预测模型的步骤3.1 数据收集与清洗在构建金融风险预测模型之前,首先需要收集相关的金融市场数据,并进行数据清洗工作。
数据清洗包括处理缺失值、异常值、重复值等问题,确保数据质量符合建模要求。
3.2 特征工程特征工程是构建预测模型中至关重要的一环,通过特征选择、特征变换等方式提取有效特征,为模型训练提供有力支持。
在R语言中,可以利用各种包如dplyr、tidyverse等进行特征工程操作。
3.3 模型选择与训练在选择合适的算法进行建模之前,需要对不同算法进行比较和评估。
常见的金融风险预测模型包括Logistic回归、决策树、随机森林等。
通过R语言中的机器学习包如caret、randomForest等进行模型训练和调参。
3.4 模型评估与验证构建完模型后,需要对模型进行评估和验证。
通过交叉验证、ROC曲线、混淆矩阵等指标来评估模型的性能表现,并对模型进行调优和改进。
4. 实例分析:基于R语言构建信用风险预测模型以信用风险为例,我们将基于R语言进行信用风险预测模型的构建与验证。
竞争风险数据的统计分析方法(PARTⅠ)
竞争风险数据的统计分析方法(PARTⅠ)经典的生存分析(survival analysis)一般只关心一个终点事件(即研究者感兴趣的结局),而临床研究中观察的终点往往并不唯一(即出现不感兴趣的结局)。
比如某肿瘤患者预后的研究,研究者关心的终点结局是患者是否复发,但在观随访期间患者可能发生了死亡、因其他疾病死亡、发生转移等原因而未复发,就不能为复发事件的出现做出贡献,即死亡或者发生转移等结局“竞争”了复发的发生。
传统统计方法将发生复发前死亡的个体、失访个体和未发生复发的个体均按删失数据(Censored Data)处理,可能会导致估计偏差。
这类数据正确分析应该选用竞争风险模型(Competing Risk Model),该模型是一种处理多种潜在结局生存数据的分析方法,早在1999年Fine和Gray就提出了部分分布的半参数比例风险模型,通常使用的终点指标是累积发生率函数(Cumulative Incidences Function,CIF)。
对于竞争风险数据,研究者最关注的是,发生的这几类结局的概率分别多高,也就是累计风险概率,通俗点讲,我们常做的单一结局的生存分析,主要关注的研究对象的生存概率或者死亡风险,这里的生存概率仅仅是这一个结局的生存的概率,而竞争风险中,这个生存概率不再是简单的一个结局的生存概率,可能是多个结局共同的总的生存概率或者总的死亡风险等,而我们研究的兴趣点的生存概率是这个总生存概率的一部分(在概率论中,这个称为边际函数或者边际概率等)。
处理单终点事件数据时,Kaplan-Meier估计、Log-Rank检验和Cox比例风险回归模型可分别作为非参数估计、生存曲线比较和半参数多因素分析的标准方法而被广泛应用。
但是在在竞争风险数据中,这几类方法不再适用(考虑各结局事件的关系),因为Kaplan-Meier 法高估了兴趣事件的发生率,随着随访时间的延长,该种方法得出兴趣事件的累积发生率与竞争分析下估计的累计发生率的差别也逐渐増大。
r语言竞争风险模型
r语言竞争风险模型
R语言竞争风险模型
一、竞争风险模型
竞争风险模型是一种统计学基础的模型,用来估计企业在一定时期内企业所面临的竞争风险,模型忽视了市场上其他因素对企业的影响(如经济、政治环境),主要关注企业在某个特定市场的竞争环境。
竞争风险模型可以通过简单的计算得出企业在一段时间内可能的竞争威胁,从而使企业更有效地管理资源,提高竞争优势,降低对环境的不利影响。
二、R语言
R语言是一种用于数据分析和可视化的计算机编程语言,它可以帮助我们轻松地实现竞争风险模型,使企业能够快速、准确地了解竞争情况,并采取有效的应对措施。
R语言有一个非常强大的统计分析函数库,可以帮助用户快速有效地实现竞争风险模型。
这些函数库中的工具可以给出企业在一定时期内可能面临的竞争的全面性分析,同时根据分析结果优化企业的经营策略,让企业在竞争中处于有利地位。
三、R语言竞争风险模型
R语言竞争风险模型是一种基于R语言的工具,可以帮助企业有效地识别和评估企业在特定市场中所面临的竞争风险。
基于R语言的竞争风险模型可以使用数据挖掘技术,从企业的历史和当前市场数据中提取竞争风险信息,从而分析企业在特定时间段内可能面临的竞争
威胁,以及应对策略。
R语言竞争风险模型可以为企业提供实时的分析结果,从而使企业能够更有效地管理资源,增强竞争优势,提高绩效。
r语言竞争风险模型决策曲线
在R语言中,可以使用QHScrnomo包进行竞争风险模型的决策曲线绘制。
QHScrnomo包在cmprsk包的基础上进行了功能完善,简化了流程,可以完成竞争风险模型建模、列线图、校准曲线、K折验证、外部验证等诸多功能。
以下是使用QHScrnomo包绘制竞争风险模型决策曲线的基本步骤:
安装并加载QHScrnomo包:首先需要安装QHScrnomo包,可以使用install.packages("QHScrnomo")进行安装。
然后,在R语言中加载QHScrnomo包,使用library(QHScrnomo)进行加载。
准备数据:准备好需要进行竞争风险模型分析的数据,包括观察时间、事件状态、协变量等信息。
拟合竞争风险模型:使用QHScrnomo包中的函数拟合竞争风险模型,例如使用fit_cr()函数。
在拟合模型时,需要指定模型类型、协变量和数据集等参数。
绘制决策曲线:使用QHScrnomo包中的函数绘制决策曲线。
例如,使用plot_decisions()函数绘制决策曲线。
在绘制决策曲线时,需要指定模型、阈值概率等参数。
R数据分析——方法与案例详解
R数据分析——方法与案例详解R数据分析是指使用R语言进行数据处理、数据可视化、数据建模和数据挖掘等分析工作的过程。
R是一种统计计算和图形化的开源语言和环境,具有强大的数据处理和分析能力,并且支持丰富的数据处理函数和图形化界面。
本文将介绍R数据分析的方法和案例,并结合具体的实例进行详细解析。
一、数据处理数据处理是数据分析的基础工作,它包括数据导入、数据清洗、数据整合、和数据转换等步骤。
R语言提供了丰富的数据处理函数,能够满足各种需求。
数据导入:R提供了多种方式导入数据,可以读取文本文件、csv文件、Excel文件、数据库等多种格式。
数据清洗:数据清洗是指对数据中的错误、缺失和异常值进行处理。
R提供了函数来处理缺失值、异常值和重复值等问题。
数据整合:数据整合是指将来自不同数据源的数据进行合并,R提供了函数来进行数据合并和连接操作。
数据转换:数据转换是指将原始数据进行加工,生成新的数据集。
R 提供了函数来进行数据抽样、排序、拆分、变量转换等操作。
二、数据可视化数据可视化是将数据以图形化的方式展示出来,帮助我们更好地理解数据。
R提供了丰富的绘图函数和图形库,能够绘制各种图形。
常见的数据可视化方法包括散点图、折线图、柱状图、饼图、箱线图、热力图、雷达图等。
其中,ggplot2是R中最为常用的可视化包,具有强大的绘图功能。
三、数据建模数据建模是指通过建立数学模型来对数据进行预测和分析。
R提供了多种建模方法和函数,能够进行统计建模、机器学习和深度学习等模型训练。
常见的数据建模方法包括线性回归、逻辑回归、决策树、随机森林、支持向量机、神经网络等。
R中的caret包提供了一套方便的函数集,用于模型选择、训练和评估。
四、数据挖掘数据挖掘是指从大规模数据中发现隐藏的模式、关联和趋势。
R提供了多种数据挖掘方法和函数,能够进行聚类、关联规则挖掘和时间序列分析等。
常见的数据挖掘方法包括k-means聚类、Apriori关联规则挖掘、ARIMA时间序列分析等。
Fine-Gray检验与竞争风险模型
Fine-Gray检验与竞争风险模型本文主要介绍生存资料处理的Fine-Gray检验与竞争风险模型,在生存资料处理中,这种方法目前应用越来越广泛。
1. 背景知识在观察某事件是否发生时,如果该事件被其他事件阻碍,即存在所谓“竞争风险”。
研究中结局事件可能有多个,某些结局将阻止感兴趣事件的出现或影响其发生的概率,各结局事件形成“竞争”关系,互为竞争风险事件。
举例来说,某研究人员收集了本市2007年确诊为轻度认知损害(MCI)的518例老年患者临床资料,包括基本人口学特征、生活方式、体格检查和合并疾病信息等,并于2010~2013年完成6次随访调查,主要观察结局为发生阿尔兹海默病(AD)。
随访期间,共发生AD78例,失访84例,其中28例搬迁、31例退出、25例死亡。
试问影响MCI向AD转归的因素都有哪些?本例中,如果MCI患者在观察期间死于癌症、心血管疾病、车祸等原因而未发生AD,就不能为AD的发病做出贡献,即死亡“竞争”了AD的发生。
传统生存资料统计方法将发生AD前死亡的个体、失访个体和未发生AD个体均按删失数据(censored data)处理,可能会导致估计偏差[1]。
对于死亡率较高的老年人群,当有竞争风险事件存在时,采用传统生存分析方法(K-M法、Cox比例风险回归模型)会高估所研究疾病的发生风险,产生竞争风险偏倚,有人专门研究发现约46%的文献可能存在这种偏倚。
本例中若选用竞争风险模型处理较为恰当。
所谓竞争风险模型(Competing Risk Model)是一种处理多种潜在结局生存数据的分析方法,早在1999年Fine和Gray就提出了部分分布的半参数比例风险模型,通常使用的终点指标是累积发生率函数(Cumulative incidence function,CIF)[1-2]。
本例中可以将发生AD前死亡作为AD的竞争风险事件,采用竞争风险模型进行统计分析。
竞争风险的单因素分析常用来估计关心终点事件的发生率,多因素分析常用来探索预后影响因素及效应值。
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找了好久,中文的竞争风险模型的学习资料好少哦,再加上帮粉丝做了一个竞争模型的分析,今天顺带就给大家写一个竞争风险回归的例子。
也是接着上一篇文章的续R数据分析:竞争风险模型的做法和解释实例描述我们有177例干细胞移植的急性白血病患者,我们关心这些病人的白血病复发情况,但是记住,因为白细胞移植,其移植相关死亡风险也加大。
那么死亡和复发存在竞争关系,毕竟病人有可能还没等到复发就死了嘛,所以做数据分析的时候要考虑。
对于这样的数据我们应该用风险竞争模型。
同时我们更关心协变量比如说病人性别,白血病类型,移植时期,干细胞来源等等这些变量是如何影响病人白血病复发风险的。
我们的数据长这样:其中ftime为时间变量,status为删失或者竞争事件,我们要用到的预测变量包括Age, Sex, D, Phase, and Source共4个,分别代表病人的年龄,性别,疾病类型,阶段,干细胞来源。
首先我们必须将预测变量中的因子类型转化为哑变量,我们需要构建一个哑变量转化函数:factor2ind()这个函数就可以很方便的将因子转化为n-1列的矩阵,同时规定参考水平。
接下来要做的就是把所有预测变量进行绑定,形成预测变量矩阵:有了这个预测变量矩阵我们就可以开始拟合我们竞争风险模型了,主要要用到crr这个函数,这个函数最简单的模式就是你把随访事件喂给它,把结局事件喂给它,再把自变量喂给他,要注意删失数据编码为0,主要事件编码为1,竞可以看到,我们的竞争回归模型就拟合好了。
结果的第一部分首先给出了各个变量的系数和相对风险relative risk exp(β̂j),标准误,z值和p值,在我们的结果中,可以看出只有Phase这个变量是显著的。
结果的第二部分就给出各个变量的相对风险the relative risk for each term, exp(β̂j), and a 95% confidence interval和置信区间。
如何解释呢?The relative risk or subdistribution hazard ratio for a categorical covariate is the ratio of subdistribution hazards for the actual group with respect to the baseline, with all other covariates being equal. If the covariate iscontinuous then the relative risk refers to the effect of a one unit increase in the covariate, with all other covariates being equal. In our data, exp(−0.0352)=0.965 is the relative risk of a female with respect to a male, and exp(−0.0185)=0.982 is the relative risk for a 1 year increase in age.对于分类变量来说,相对风险就是相对于参考水平,该水平的风险是多少。
对于连续变量来说,相对风险解释为自变量每增加一个单位产生的效果。
在我们的例子中就有女性相对于男性的风险为exp(−0.0352)=0.965;病人的年龄每增加一岁白血病复发的风险相对于不增加为exp(−0.0185)=0.982。
小结今天给大家写了竞争风险回归模型的做法和结果解释,感谢大家耐心看完,自己的文章都写的很细,代码都在原文中,希望大家都可以自己做一做,请关注后私信回复“数据链接”获取所有数据和本人收集的学习资料。
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