贵州威宁黄牛线粒体DNA D—loop区全序列分析

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中国地方黄牛线粒体DNA D-loop区遗传多样性分析

中国地方黄牛线粒体DNA D-loop区遗传多样性分析

中国地方黄牛线粒体DNA D-loop区遗传多样性分析线粒体DNA(mtDNA)具有突变率高、非重组、母系遗传等特点,已广泛应用于动物遗传多样性和起源进化研究。

中国黄牛品种十分丰富,具有明显不同于国外牛品种的地理谱系结构和种质特征。

与中国黄牛丰富的遗传资源相比,以前的研究不足以表征所有中国黄牛的遗传多样性和母系起源情况。

因此,本研究采集了14个中国地方黄牛品种/群体(蒙古牛、岭南牛、大别山牛、夷陵牛、黄陂牛、三江牛、湘西牛、广丰牛、吉安牛、锦江牛、威宁牛、滇中牛、文山牛和西藏牛)共计459个样本,采用PCR扩增、测序和生物信息学的方法,对其进行遗传多样性与起源进化分析;同时,从GenBank数据库下载646条中国黄牛mtDNA D-loop序列,综合分析中国黄牛57个品种/群体共计1105头牛的mtDNA D-loop区的遗传多样性与母系起源,以期为中国黄牛的遗传资源保护与利用提供科学依据。

本研究得到以下主要结果:(1)中国黄牛mtDNA遗传多样性非常丰富,为普通牛和瘤牛起源,西藏牛主要为普通牛起源,伴有牦牛基因渗入。

(2)牛的T1a支系主要集中分布在亚洲的东北地区(中国东北、韩国和日本);I2支系只分布在中国西南地区(云贵高原和西藏)和新疆地区。

(3)在蒙古牛中发现了5种普通牛的单倍型组(T1a、T2、T3、T4和T5)和2种瘤牛的单倍型组(I1和I2)。

本研究综合分析了中国黄牛mtDNA的遗传多样性,对全面了解中国黄牛品种/群体的遗传多样性、遗传结构和母系起源提供了理论依据。

线粒体d-loop基因

线粒体d-loop基因

线粒体d-loop基因线粒体d-loop基因是线粒体DNA的一个重要区域,也被称为控制区。

它在线粒体DNA复制和转录中起着重要的调控作用。

本文将从d-loop基因的结构、功能及其在疾病中的作用等方面进行详细介绍。

一、d-loop基因的结构线粒体d-loop基因位于线粒体DNA的非编码区域,长度约为1kb 左右。

它由两个主要区域组成:重复区域和保守区域。

重复区域是指在d-loop基因中存在重复序列的区域,其中包括了一些重要的启动子和转录因子结合位点。

保守区域是指在不同物种中高度保守的序列区域,其中包含了一些重要的结构域和调控元件。

二、d-loop基因的功能1. 调控线粒体DNA复制:d-loop基因中的启动子和转录因子结合位点可以调控线粒体DNA复制的起始和速率。

这些序列位点的变异或突变可能会导致线粒体DNA复制的异常,进而影响线粒体功能。

2. 调控线粒体DNA转录和基因表达:d-loop基因中存在一些转录因子结合位点,这些转录因子能够调控线粒体DNA的转录和基因表达。

通过与转录因子的结合,d-loop基因可以调控线粒体中多个基因的表达水平,从而影响线粒体功能。

3. 维持线粒体DNA的稳定性:d-loop基因中的保守区域含有一些重要的结构域,如D-loop结构和三重鞘结构等。

这些结构域可以维持线粒体DNA的稳定性,防止其受到外界环境的损伤。

三、d-loop基因在疾病中的作用1. 线粒体疾病:d-loop基因的突变或变异与一些线粒体疾病的发生和发展密切相关。

例如,d-loop基因中的某些突变可能导致线粒体DNA复制异常,进而导致线粒体功能受损,引发线粒体疾病。

2. 肿瘤:d-loop基因的突变也与某些肿瘤的发生和发展相关。

一些研究发现,d-loop基因中的某些突变可能导致线粒体功能异常,进而影响细胞的正常生长和分裂,最终导致肿瘤的发生。

3. 衰老:d-loop基因的变异或突变也与人体衰老过程有关。

一些研究表明,d-loop基因的突变可能影响线粒体DNA复制和修复的能力,加速细胞衰老的进程。

贵州黄牛mtDNA D-loop遗传多样性研究

贵州黄牛mtDNA D-loop遗传多样性研究

Abstact Th o plt tch n ilD—oo s ue c r : e c m e e mio o dra l p eq n es, 91 i ln h, i 2 n vd l atl r m b ee i 0 bp n e gt n 8 idiiua c te fo 4 r ds n Guz o o n e wer al e ih u pr vic e an yz d. Th es t e ald e r ul r ve e 31 i h d il apl yp s m t on ra h ot es, 6 p y o phc st s, co ern oc 5 olm r i ie v ig 7 4% o h n ie l g h o h equ n e.Am o g t es olm o phc st .1 ft e e tr en t fte s ec n h e p y r i i es,t er e e 62 tan iin h e w r r sto s.2 ta ve si s r ns r on a d c xit tst fta sionan r s er in.Th n cl td dier i ( rvale) a apot e dve st ( n 1 oe sen ie o r n t d tan v so i e u eo ie v st T u y nd h l yp i r iy H) e s.
i t l eeds i n Ca te Br n Gui ou zh
LI Ru - ’ ,Xl Xin Li ,L h . a ; U o Yu A a — n EI u Zh o’ C
ZHANG ig— on .C HEN Han ’ YANG n - e’ M n Zh g。 g . Go g Sh

中国部分牦牛品种线粒体DNA遗传多态性研究

中国部分牦牛品种线粒体DNA遗传多态性研究

中国部分牦牛品种线粒体DNA遗传多态性研究赖松家;王玲;刘益平;李学伟【期刊名称】《遗传学报:英文版》【年(卷),期】2005(32)5【摘要】采用DNA测序技术首次测定了中国5个牦牛品种(类群)35个个体线粒体DNA控制区(D loop)全序列,结果表明:牦牛线粒体DNA控制区全序列长度为891~895bp,T、C、A、G4种核苷酸的含量分别为28.5%、25.3%、32.5%、13.7%。

检测到55个变异位点,约占分析位点总数的6.16%,核甘酸变异类型有转换、颠换、插入/缺失4种。

确定了24种单倍型,单倍型H4和H6为中国牦牛的主体单倍型,各单倍型在品种间分布不平衡,所测定的5个牦牛品种(类群)单倍型多样度平均为0.9697±0.0180,说明我国牦牛D loop单倍型类型丰富。

牦牛品种内各序列平均核苷酸差异数为10.936,核苷酸多样度为1.231%;牦牛品种间核苷酸分歧度(Dxy)约为0.760%~2.155%,品种间双参数距离范围为0.000~0.029,表明我国牦牛遗传多态性丰富。

对D环序列变异的分子方差分析和单倍型网络关系图的结果表明:我国牦牛品种间出现显著的遗传分化,牦牛单倍型网络关系图聚为2个聚类簇,表明我国牦牛有2个母系来源,或者有2个主要的驯化地点。

【总页数】8页(P463-470)【关键词】牦牛;多态性;D-loop;单倍型【作者】赖松家;王玲;刘益平;李学伟【作者单位】四川农业大学动科院;西南农业大学荣昌校区动科院【正文语种】中文【中图分类】S813.1【相关文献】1.中国云南怒族群体线粒体DNA D环区SNP遗传多态性研究 [J], 高树辉;刘清波;桂宏胜;乔可;李生斌2.中国撒拉族线粒体DNA序列遗传多态性研究 [J], 刘新社;李生斌3.10个山羊品种线粒体DNA的遗传多态性 [J], 武艳平;关伟军;赵倩君;何晓红;浦亚斌;马月辉4.中国部分山羊品种线粒体DNA D-loop序列遗传多样性分析 [J], 刘益平;曹少先;傅泽红;徐敏;刘铁铮5.中国牦牛线粒体DNA多态性及遗传分化 [J], 涂正超;张亚平;邱怀因版权原因,仅展示原文概要,查看原文内容请购买。

贵州3个地域苗族人群mtDNA 9 bp序列缺失频率

贵州3个地域苗族人群mtDNA 9 bp序列缺失频率

贵州3个地域苗族人群mtDNA 9 bp序列缺失频率任凌雁;何燕;张婷;王婵娟;王欢;官志忠;单可人【摘要】目的分析贵州3个地域苗族人群线粒体DNA COⅡ/t RNALys基因间小非编码V区串联重复序列9 bp缺失频率。

方法采用聚合酶链反应-聚丙烯酰胺凝胶法(PCR-PAGE)及DNA序列分析法进行检测。

结果从江岜沙、黔西沙井、威宁龙街等3个地域苗族人群缺失频率分别为19.15%(9/47)、42.5%(17/40)和29.55%(13/43);岜沙苗族人群与沙井苗族人群9 bp缺失频率比较差异有统计学意义(P<0.05)。

结论3个地域苗族人群mtDNA 9 bp缺失基因频率较高,不同地域苗族人群间缺失频率有一定差异。

%Objective To analysis the frequency of 9 bp deletion polymorphism of mitochondrial DNA(mt DNA)among Miao population in three geographical regions of Guizhou.Methods Polymerase chain reaction and polyacrylamide gel electrophoresis (PCR-PAGE)were used in the study of mtDNA 9 bp deletion polymorphism,DNA sequence was used to verify the results.Results Each group who come from Basa,Shajin,Longjie in Guizhou,the frequency of 9 bp deletion of mtDNA value as 19.15%(9/47), 42.5%(17/40)and29.55%(13/43).Short polymorphic frequency difference was statistically significant between Basa and Shajin groups(P<0.05).Conclusion The frequencies of 9 bp deletion of mtDNA are relatively high in Miao ethnic group in Guizhou. There are certain differences of the delegation frequencies among these groups.【期刊名称】《重庆医学》【年(卷),期】2013(000)022【总页数】3页(P2586-2587,2590)【关键词】线粒体DNA;遗传多态性;苗族;贵州【作者】任凌雁;何燕;张婷;王婵娟;王欢;官志忠;单可人【作者单位】贵阳医学院分子生物学重点实验室,贵阳,550004;贵阳医学院分子生物学重点实验室,贵阳,550004;贵阳医学院分子生物学重点实验室,贵阳,550004;贵阳医学院分子生物学重点实验室,贵阳,550004;贵阳医学院分子生物学重点实验室,贵阳,550004;贵阳医学院分子生物学重点实验室,贵阳,550004;贵阳医学院分子生物学重点实验室,贵阳,550004【正文语种】中文贵州是一个多民族聚居的地区,有17个世居少数民族,其中苗族人口最多,占全国苗族总人口的50%左右。

两种贵州地方鸡线粒体DNA控制区全序列分析

两种贵州地方鸡线粒体DNA控制区全序列分析

两种贵州地方鸡线粒体DNA控制区全序列分析作者:王文涛陈彬傅筑荫来源:《湖北农业科学》2011年第15期摘要:采用PCR和直接测序的方法测定兴义矮脚鸡和长顺绿壳蛋鸡线粒体DNA控制区全序列,分析比较两者mtDNAD-loop序列3个区的变异。

结果表明,兴义矮脚鸡和长顺绿壳蛋鸡线粒体DNA控制区全序列长分别为1231和1230bp,其中兴义矮脚鸡mtDNA控制区的碱基摩尔分数分别为A26.92%、T33.41%、G13.39%、C26.29%,长顺绿壳蛋鸡的分别是A27.13%、T33.58%、G13.20%、C26.09%。

t检验显示两种贵州地方鸡种间线粒体DNA控制区碱基A与C的含量差异显著,说明A与C之间的颠换较多。

兴义矮脚鸡和长顺绿壳蛋鸡的遗传距离是0.0386,根据分子钟计算,二者大约在193万年前分歧进化。

关键词:线粒体DNA控制区;兴义矮脚鸡;长顺绿壳蛋鸡;遗传变异中图分类号:Q343.3文献标识码:A文章编号:0439-8114(2011)15-3114-02AnalysisonthemtDNAControlRegionofTwo K indsofGuizhouNativeChickenWANGWen-taoa,CHENBina,FUZhu-yinb(a.KeyLaboratoryofAnimalGenetic,BreedingandReproductioninthePlateauMountainousRegion,MinistryofEducation;b.CollegeofAnimalSciences,GuizhouUniversity,Guiyang550025,China)Abstract:PCRanddirectsequencingmethodswereusedtoanalyzetheentiremtDNAD-loopinXingyiBantamChickenandChangshunBlue-shelledEggChicken.TheD-loopofXingyiBantamandChangshunBlue-shelledEggChickenwas1231and1230nucleotideslong,respectively.Thenucleotide molar fraction ofXingyiBantamwasA26.92%,T33.41%,G13.39%,andC26.29%,whilethecompsitionofChangshunBlue-shelledEggChickenwasA27.13%,T33.58%,G13.20%andC26.09%.The t-testresultsshowedthatthedifferenceofthenucleotideAandCcontentinthemtDNAcontrolregionofthetwochickenbreedswassignificant.Thegeneticdistancebetweenthetwobreedswas0.0386.Calculatedbymolecularclock,thetwobreedsdivergedandevolved about1.93millionyearsago.Keywords:mtDNAD-loop;XingyiBantam chicken;ChangshunBlue-shelledEggChicken; genetic v ariation线粒体DNA控制区是非编码基因区,在进化过程中受环境的选择压力小,表现出进化速率快和母系遗传等特点,在鸟类的分类研究中常用作种系发生的分子标记[1]。

贵州黄牛mtDNAD_loop遗传多样性研究

贵州黄牛mtDNAD_loop遗传多样性研究

遗 传HEREDITAS(Beijing)28(3):279~284,2006研究报告贵州黄牛mtDNA D loop遗传多样性研究刘若余1,2,夏先林2,雷初朝1,张明忠3,陈 宏1,杨公社1(1 西北农林科技大学动物科技学院,陕西省农业分子生物学重点实验室,杨凌712100;2 贵州大学动物科技学院,贵阳550025;3 贵州省农业厅,贵阳550001)摘 要:对贵州4个地方黄牛品种共计82个个体的线粒体DN A D loop区全序列910bp进行分析,检测到31种单倍型,其核苷酸多态位点65个,约占所测核苷酸总长的7.14%,其中有62个转换,2个颠换,1个转换/颠换共存。

贵州4个黄牛品种m tDN A D l oop区核苷酸多样度( 值)为2.16%~2.61%,单倍型多样度(H)为0 695~0 909,表明贵州黄牛m tDN A遗传多样性比较丰富。

根据单倍型构建了贵州4个黄牛品种的N J分子系统树。

聚类表明,贵州黄牛有普通牛和瘤牛2大母系起源,其影响较为均一。

并探讨了用核苷酸多样度 值的大小来衡量黄牛群体遗传分化程度的可行性。

关键词:贵州黄牛;线粒体DN A;D loop;遗传多样性;起源中图分类号:S828 文献标识码:A 文章编号:0253-9772(2006)03-0279-06Genetic Diversity of Mitochondrial DNA D loop Sequencesin Cattle Breeds in GuizhouLIU Ru o Yu1,2,XIA Xian Lin2,LEI Chu Zhao1,ZHANG Ming Zhong3,CH EN Hong1,YAN G Gong She1(1.College of Animal S cience and Technology,Northw est A&F University,S haanxi Key La boratory of Malecula rBiology for Agricul ture,Yangling712100,China;2.College of Animal Science and Technology,Guiz houUni versity,Guiyang550025,China;3.Agricultural Depa rtment of Guizhou Province,Guiyang550001,China)Abst ract:The complete m i tochondrial D loop sequences,910bp i n length,in82i ndi vidual cattle from4breeds inG ui zhou province were analyzed.The r esults revealed31mitochondrial hapl otypes,65polymorphic sites,covering7 14%of the entire length of the sequence.Am ong these polymorphic sites,there were62transitions,2transversionsand1coexi s tent site of transition and transversion.The nucleotide di ver s i ty( value)and haplotype diversity(H)es timated from m tDN A D l oop region in4cattle breeds in Gui z hou varied fr om2.16%~2.61%and0.695~0.909,re spectively,showing that abundant mitochondri al genetic divers i ty exists in Guizhou cattle breeds.The Nei ghbor-Join ing molecular phylogenetic tree of mtDNA D loop of4Guizhou cattle breeds was constructed according to the31hapl o types.The NJ tree indi cated that the origi n of cattle breeds was from Bo s ta urus a nd Bos indicus which had nearly the sam e influence on cattle breeds in Guizhou.The feasibili ty of applying nucleotide di versi ty( value)to the evaluation of bovine genetic differenti ation was di s cuss ed.Key words:Guizhou cattle;m itochondrial D NA;D loop;genetic diversity;origi n收稿日期:20050402;修回日期:20050607基金项目:贵州省十五攻关项目 贵州优质肉牛产业化技术研究及示范工程(黔科合农社字(2001)1143号);国家自然科学基金(编号: 30471238)[Su pported by10th Five Years Plan S pecial Research P rogram me of G uizhou P rovin ce High Q uality Beef Cattle In dustrializa tion and Dem onstration P rogramme in G uizhou P rovin ce(No.2001 1143)an d th e N ational Natural Scien ce Foundation of Chin a(No.30471238)]作者简介:刘若余(1963!),男,湖南人,副教授,博士,研究方向:动物遗传育种。

基于线粒体D-loop_区序列的4_个黄尾鲴养殖群体遗传多样性分析

基于线粒体D-loop_区序列的4_个黄尾鲴养殖群体遗传多样性分析

广东农业科学 2023,50(11):139-145Guangdong Agricultural Sciences DOI:10.16768/j.issn.1004-874X.2023.11.014刘士力,陈大伟,郑建波,程顺,蒋文枰,迟美丽,夏冯博,李飞. 基于线粒体D-loop区序列的4个黄尾鲴养殖群体遗传多样性分析[J]. 广东农业科学,2023,50(11):139-145.基于线粒体D-loop区序列的4个黄尾鲴养殖群体遗传多样性分析刘士力1,陈大伟1,2,郑建波1,程 顺1,蒋文枰1,迟美丽1,夏冯博3,李 飞1(1. 浙江省淡水水产研究所/农业农村部淡水渔业健康养殖重点实验室/浙江省淡水水产遗传育种重点实验室,浙江 湖州 313001;2. 上海海洋大学水产与生命学院/农业农村部淡水水产种质资源重点实验室,上海 201306;3. 湖州师范学院生命科学学院,浙江 湖州 313001)摘 要:【目的】黄尾鲴(Xenocypris davidi)是以腐殖质、有机碎屑为饵料,兼食浮游生物和底栖动物的的淡水经济鱼类,是浙江省自然水域鱼类增殖放流的主要品种之一。

了解人工繁育对黄尾鲴遗传多样性的影响,可为自然水域黄尾鲴的增殖放流策略设计和实施提供参考。

【方法】对浙江长兴、八里店、双浦和湖南醴陵4个黄尾鲴养殖群体的线粒体DNA(mtDNA)D-loop序列进行PCR扩增和测序,通过序列分析研究4个群体的遗传多样性。

【结果】黄尾鲴线粒体D-loop序列长度为1 038~1 093 bp,碱基A+T含量(65.3%)显著高于C+G 含量(34.7%),平均转换/颠换比值(TS/TV)为4.6。

在128条黄尾鲴的D-loop序列中共检测到101个变异位点,包括97个简约信息位点;界定了19种单倍型,其中长兴、双浦、八里店和醴陵群体的单倍型数目分别为5、12、4和2;单倍型多样性(h)介于0.226~0.915之间,核苷酸多样性(π)介于0.00640~0.01433之间。

基于线粒体DNA控制区(mtDNA D-loop)序列分析瓢鸡的遗传多样性

基于线粒体DNA控制区(mtDNA D-loop)序列分析瓢鸡的遗传多样性

基于线粒体DNA控制区(mtDNA D-loop)序列分析瓢鸡的遗传多样性贡潘偏抽;刘丽仙;李大林;袁跃云;孙利民;杨润;刘文瑜;刘伟;苗永旺【期刊名称】《云南农业大学学报》【年(卷),期】2011(026)002【摘要】采用PCR产物直接测序技术对云南省镇沅县50只瓢鸡样品的线粒体DNA控制区(mtDNA D-loop)第Ⅰ高变区序列进行了分析.结果表明:在所分析的D-loop区序列中(520 bp),T,C,A,G平均含量分别为30.4%,29.6%,27.4%,12.6%;共检测到27个核苷酸多态位点,其中24个为转换,3个为颠换,序列突变率为5.19%;序列存在13种单倍型,单倍型多样度(H)为0.883±0.028,核苷酸多样度(π值)为0.015 03±0.000 99,表明瓢鸡群体内遗传变异较丰富.瓢鸡样品可划分为A,B,E,F,G等5个世系,在NJ无根系统树上聚为5大枝,揭示瓢鸡在遗传组成上具有5个母系血统来源.【总页数】5页(P211-214,223)【作者】贡潘偏抽;刘丽仙;李大林;袁跃云;孙利民;杨润;刘文瑜;刘伟;苗永旺【作者单位】云南农业大学,动物科学技术学院,云南,昆明,650201;云南农业职业技术学院,畜牧兽医系,云南,昆明,650212;云南省家畜改良工作站,云南,昆明,650021;云南省家畜改良工作站,云南,昆明,650021;云南省家畜改良工作站,云南,昆明,650021;云南省普洱市畜牧工作站,云南,普洱,665000;云南省普洱市镇沅县畜牧工作站,云南,镇沅,666500;云南农业大学,动物科学技术学院,云南,昆明,650201;云南农业大学,动物科学技术学院,云南,昆明,650201【正文语种】中文【中图分类】S831.2【相关文献】1.基于线粒体DNA控制区(mtDNA D-loop)序列分析贵妃鸡的遗传多样性 [J],吴婵;李辉;李敬瑞;张大权;谢国午;孔嫣;易恒洁2.和田黑鸡mtDNA控制区D-Loop序列分析 [J], 於建国;陈静波;多来提尼牙孜·依明;杨飞;张伟;邓生荣3.基于线粒体DNA控制区(mtDNA D-loop)基因序列分析钦州尖鳍鲤的遗传多样性 [J], 王超;麦炜;姚东林;谢少林4.基于线粒体DNA控制区(mtDNA D-loop)基因序列分析钦州尖鳍鲤的遗传多样性 [J], 王超;麦炜;姚东林;谢少林;;;;5.基于线粒体DNA D-loop区全序列分析儋州鸡遗传多样性及其起源进化关系 [J], 李义书;侯冠彧;曹婷;施力光;周汉林;周雄因版权原因,仅展示原文概要,查看原文内容请购买。

黄陂牛mtDNA D-loop区遗传多样性研究

黄陂牛mtDNA D-loop区遗传多样性研究

黄陂牛mtDNA D-loop区遗传多样性研究孙婷;党瑞华;黄永震;蓝贤勇;梁小军;陈宏;雷初朝【摘要】[目的]探究黄陂牛的遗传多样性与母系起源.[方法]采用PCR扩增、测序及生物信息学方法.[结果]在21头黄陂牛mtDNA D-loop区共检测到55个变异位点,定义了10个mtDNA单倍型,平均单倍型多样度为0.7760,平均核苷酸多样度为0.0234,表明黄陂牛具有丰富的遗传多样性.构建的NJ系统发育树表明黄陂牛具有瘤牛和普通牛两个母系起源.[结论]黄陂牛有丰富的遗传多样性,有瘤牛和普通牛两个母系起源,且受瘤牛的影响较大.【期刊名称】《中国牛业科学》【年(卷),期】2017(043)003【总页数】3页(P1-3)【关键词】黄陂牛;mtDNA D-loop;遗传多样性;母系起源【作者】孙婷;党瑞华;黄永震;蓝贤勇;梁小军;陈宏;雷初朝【作者单位】西北农林科技大学动物科技学院,陕西杨凌712100;西北农林科技大学动物科技学院,陕西杨凌712100;西北农林科技大学动物科技学院,陕西杨凌712100;西北农林科技大学动物科技学院,陕西杨凌712100;宁夏农林科学院动物科学研究所,宁夏银川750002;西北农林科技大学动物科技学院,陕西杨凌712100;西北农林科技大学动物科技学院,陕西杨凌712100【正文语种】中文【中图分类】S823中国黄牛的品种数量多且分布范围广泛,是世界牛属遗传资源的重要组成部分。

目前,我国有53个地方黄牛品种[1]。

按地理分布区域的不同,将中国黄牛分为北方黄牛、中原黄牛和南方黄牛三大类[2]。

黄陂牛属于南方黄牛,是一个役肉兼用型优良地方品种,主要分布在武汉市黄陂区,故被命名为黄陂牛[3]。

1982年,全国品种志编委会将分布在大别山及其周边地区的黄牛统一命名为大别山黄牛,黄陂牛也属于此类[3]。

哺乳动物线粒体DNA(mitochondrial DNA,mtDNA)是一个双链闭合的环状DNA分子,具有结构简单、遵循母系遗传、无重组、进化速度快等特点,在动物的系统发育、演化及遗传多样性方面得到广泛应用[4]。

威宁黄牛SOCS1基因外显子区SNP与体尺性状关联性研究

威宁黄牛SOCS1基因外显子区SNP与体尺性状关联性研究

威宁黄牛SOCS1基因外显子区SNP与体尺性状关联性研究蒋会梅;向程举;袁军;刘章忠;张贵祥;张义玲;杨永强;刘若余【摘要】In order to study the effect of mutation of SOCS1 gene on the growth performance of Weining cattle,a total of 106 Weining cattles were used in this study,SSCP and DNA sequencing methods were used to analyse the association between SNP and specific traits.Results showed that various genotypes existed in different animals for the SNP ofA+815C.For the male cattle populations,A+ 815C had highly significant effects on body height and body length,the individuals with CC genotype had significantly higher mean values than those with AA and AC genotypes for those traits and CC was the favorable genotype,furthermore,A+815C also had significant effects on chest depth.Additionally,for the female cattle populations,A+815C had significant effect on chest width and the mean values of AC genotype animals were the highest.%为研究SOCS1基因突变对威宁黄牛生长性能的影响,以106头威宁黄牛为研究对象,采用SSCP、DNA测序方法分析SOCS1基因外显子区SNP与不同个体体尺性状的相关性。

黄条鰤线粒体全基因组测序及结构特征分析

黄条鰤线粒体全基因组测序及结构特征分析

中国水产科学 2019年5月, 26(3): 405-415 Journal of Fishery Sciences of China研究论文收稿日期: 2018-11-01; 修订日期: 2019-01-23.基金项目: 现代农业产业技术体系专项经费资助项目(CARS-47); 中国水产科学研究院中央级公益性科研院所基本科研业务费专项资金(2018GH17); 青岛海洋科学与技术国家实验室海洋渔业科学与食物产出过程功能实验室开放课题(2017-3A01); 青岛市民生科技计划项目(17-3-3-61-nsh); 中国水产科学研究院黄海水产研究所基本科研业务费项目(20603022017016); 国家自然科学基金项目(31772829).作者简介: 史宝(1979–), 男, 博士, 副研究员, 主要从事鱼类繁育理论与增养殖技术研究. E-mail: shibao@ 通信作者: 柳学周, 研究员. E-mail: liuxz@ DOI: 10.3724/SP.J.1118.2019.18365黄条鰤线粒体全基因组测序及结构特征分析史宝1, 柳学周1, 2, 刘永山1, 2, 张言祥3, 高全义3, 徐永江1, 王滨1, 姜燕1, 宋雪松1, 21. 青岛海洋科学与技术试点国家实验室海洋渔业科学与食物产出过程功能实验室, 中国水产科学研究院黄海水产研究所, 山东 青岛 266071;2. 上海海洋大学水产与生命学院, 上海 201306;3. 大连富谷水产有限公司, 辽宁 大连 116400摘要: 通过二代测序、软件拼接获得中国黄海海域黄条鰤(Seriola aureovittata )线粒体基因组全序列。

其序列全长为16609 bp, 碱基组成分别为A(26.68%)、G(17.84%)、C(30.12%)和T(25.36%); 共有13条蛋白编码基因, 22个tRNA 基因, 2个rRNA 基因, 除NAD6、trnQ 、trnA 、trnN 、trnC 、trnY 、trnS 、trnE 、trnP 外, 其余基因均在H 链上编码。

野牦牛(Bos grunniens mutus)mtDNA D-Loop区的遗传多样性

野牦牛(Bos grunniens mutus)mtDNA D-Loop区的遗传多样性

野牦牛(Bos grunniens mutus)mtDNA D-Loop区的遗传多样性马志杰;钟金城;韩建林;徐惊涛;窦全林;常怀普【摘要】为从分子水平上评价野牦牛(Bos grunniens mutus)的遗传多样性,对6头野牦公牛线粒体DNA D-loop 区全序列进行了克隆和测定(GenBank登录号为:FJ548840~FJ548845),结合GenBank中已刊登的2条野牦牛的相应序列,使用BioEdit 7 0 9、DnaSP 4.10.1、Arlequin 3.11等生物信息学软件,对全部8条序列开展了比对分析,确定了多态位点与单倍型数目,计算了核苷酸多样度和单倍型多样度.结果表明8条野牦牛线粒体DNA D-loop 区全序列长度在891~894 bp之间,其中A、T、G和C 4种核苷酸的平均含量分别为32.68%、28.65%、13.46%和25.21%,A+T的平均含量为61.33%.排除4处核苷酸的插入或缺失后,共检测到39处转换和颠换位点,占分析序列总长度的4.38%,其中包括4处单一多态位点和35处简约信息位点.依据序列间核苷酸变异共确定了7种单倍型,单倍型多样度(h)为0.9643,核苷酸多样度(π)为0.02144,提示野牦牛群体具有丰富的遗传多样性.【期刊名称】《生态学报》【年(卷),期】2009(029)009【总页数】6页(P4798-4803)【关键词】野牦牛;线粒体DNA;D-Loop区;遗传多样性【作者】马志杰;钟金城;韩建林;徐惊涛;窦全林;常怀普【作者单位】青海大学畜牧兽医科学院,西宁810016;西南民族大学生命科学与技术学院,成都610041;中国农业科学院-国际家畜研究所畜禽与牧草遗传资源联合实验室北京畜牧兽医研究所,北京100193;青海大学畜牧兽医科学院,西宁810016;青海大学农牧学院,西宁810003;西南大学生物技术学院,重庆400715【正文语种】中文【中图分类】Q145;Q958野牦牛(Bos grunniens mutus)隶属于牛科(Bovidae)牛亚科(Bovinae),是青藏高原珍贵而特有的野生物种资源。

线粒体基因组D-loop区变异及辐射诱发突变

线粒体基因组D-loop区变异及辐射诱发突变

线粒体基因组D-loop区变异及辐射诱发突变
李玉文;刘青杰
【期刊名称】《辐射研究与辐射工艺学报》
【年(卷),期】2008(026)001
【摘要】线粒体基因组D环区作为非编码区,控制着mtDNA的复制与转录,由于自身的结构和功能特点,极易发生变异.变异形式包括突变和多态性,这些变异在疾病的发生和发展过程中起着非常重要的作用.此外,本文还简要介绍了辐射诱导的D环区突变的研究现状及其前景.
【总页数】4页(P1-4)
【作者】李玉文;刘青杰
【作者单位】中国疾病预防控制中心辐射防护与核安全医学所,北京,100088;中国疾病预防控制中心辐射防护与核安全医学所,北京,100088
【正文语种】中文
【中图分类】Q691.5;Q751
【相关文献】
1.急性粒细胞白血病线粒体基因组D-Loop区突变的研究 [J], 陆小军;贾永前;范红;贾劲;张磊
2.大蹼铃蟾的线粒体基因组D-loop区序列分析 [J], 张雁;韩毛振;罗学才;王晶晶
3.慢性肾功能衰竭患者线粒体基因组D-loop区突变研究 [J], 金劼;彭政;何援军;姜聪娇;黄百洋;杜晓英
4.线粒体基因组D-Loop区基因多态性与2型糖尿病的相关性 [J], 陈芳建;俞红;
樊璠;吕建新
5.青海湖裸鲤繁殖群体线粒体基因组D-loop区序列多态性 [J], 陈大庆;张春霖;鲁成;张信
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用线粒体D-loop和Cyt b基因序列分析拉氏(鲮)3个群体的遗传结构和遗传分化

用线粒体D-loop和Cyt b基因序列分析拉氏(鲮)3个群体的遗传结构和遗传分化

用线粒体D-loop和Cyt b基因序列分析拉氏(鲮)3个群体的遗传结构和遗传分化杨培民;胡宗云;金广海;刘义新;王雷;骆小年【摘要】用线粒体DNA的D-loop和Cytb基因序列分析方法研究了吉林延吉、敦化和辽宁法台3个区域的29尾拉氏鱼岁Phoxinus lagowskii Dybowsky的遗传多样性.经PCR扩增和测序,获得了783~785bp D-loop和818bpCyt b的同源序列.两者多态性遗传参数统计显示,29尾个体分别存在47(D-loop)和89(Cyt b)个变异位点,分别检测出15 (D-loop)和1l(Cyt b)个单倍型,总群体单倍型(Hd)分别为0.8966 (D-loop)和0.8990(Cyt b),核苷酸多样性指数(Px)分别为0.0246(D-loop)和0.0498 (Cyt b),平均核苷酸差异数(K)分别为19.2857(D-loop)和40.7365(Cytb).分子方差分析(AMOVA)结果表明,79.02%(D-loop)和81.69%(Cyt b)变异来自群体间,20.98%(D-loop)和18.31%(Cyt b)来自群体内.单倍型呈明显的地理差异,分成2个分支,一个以延吉群体为主,一个以法台群体为主.拉氏(鲮)的遗传多样性水平较高,群体间遗传分化明显.该结果可为拉氏(鲮)的种质资源保护提供参考.%The genetic diversity and differentiation of fat minnow Phoxinus lagowskii Dybowsky were studied based on the sequences analysis of mtDNA (D-loop and Cyt b) in 29 individuals from 3 geographical populations including Dunhua (n=8),Yanji (n=9) and Fatai (n=12).Using PCR amplification and sequencing,783~785 bp of D-loop,which had polymorphic site number of 47,haplotype number of 15,haplotype diversity of 0.8966,nucleotide diversity of 0.0246,and average nucleotide difference of 19.2857,and 818 bp of Cyt b sequences,which had polymorphic site number of was 89,haplotype number of of 11,haplotypediversity of 0.8990,nucleotide diversity of 0.0498,and average nucleotide difference of 40.7365,were obtained.AMOVA revealed there was higher percentage variation of 79.02% among-population than that of 20.98%within-population in D-loop sequences.Similarly,the variation percentage of 81.69% was observed among-population,higher than that of 18.31%within-population in Cyt b sequences.The haplotype distribution was characterized by geographical differentiation,with two main branches of haplotypes,one from Yanjin population,and the other from Fatai population.There were high genetic diversity and the genetic differentiation between populations of fat minnow.The findings may be very useful to protect this species stock.【期刊名称】《水产学杂志》【年(卷),期】2017(030)004【总页数】7页(P7-12,27)【关键词】拉氏(鲮);D-loop;Cytb;遗传多样性;遗传分化【作者】杨培民;胡宗云;金广海;刘义新;王雷;骆小年【作者单位】辽宁省淡水水产科学研究院,辽宁省水生动物病害防治重点实验室,辽宁辽阳111000;辽宁省淡水水产科学研究院,辽宁省水生动物病害防治重点实验室,辽宁辽阳111000;辽宁省淡水水产科学研究院,辽宁省水生动物病害防治重点实验室,辽宁辽阳111000;辽宁省淡水水产科学研究院,辽宁省水生动物病害防治重点实验室,辽宁辽阳111000;辽宁省淡水水产科学研究院,辽宁省水生动物病害防治重点实验室,辽宁辽阳111000;辽宁省淡水水产科学研究院,辽宁省水生动物病害防治重点实验室,辽宁辽阳111000【正文语种】中文【中图分类】S917拉氏Phoxinus lagowskii Dybowsky亦称洛氏或长尾,隶属鲤科Cyprinidae、雅罗鱼亚科Leuciscinae、属Phoxinus,是一种广泛分布于我国东北、华中及西南地区的小型河流型鱼类[1]。

利用线粒体D-loop基因序列分析黑龙江上游北极茴鱼群体遗传结构

利用线粒体D-loop基因序列分析黑龙江上游北极茴鱼群体遗传结构

利用线粒体D-loop基因序列分析黑龙江上游北极茴鱼群体遗传结构马波;范兆廷【期刊名称】《水产学杂志》【年(卷),期】2013(000)006【摘要】分布在黑龙江上游呼玛河和额木尔河等水域的北极茴鱼一新纪录种Thymallus sp,种群数量少、分布范围狭小,群体资源面临濒危。

本研究采用PCR技术分析了黑龙江上游的北极茴鱼线粒体DNA控制区的序列,共获得了1104bp核苷酸全序列,与分布于勒拿河的该种茴鱼群体进行比较。

结果显示:在23尾个体中共检测到3个单倍型(Hap1、Hap2,及Hap3),其中Hap3为黑龙江和勒拿河共享;利用单倍型构建的分子系统树和网络图显示,黑龙江群体可能起源于勒拿河。

黑龙江上游群体的遗传多样性较低,单倍型多样性指数(0.530)和核苷酸多样性(0.00053)远低于同域分布的其它种茴鱼;黑龙江群体与勒拿河群体的Fst为38.56%(P<0.05),已产生一定的遗传分化。

%Thymallus sp. as a new recorded species of Arctic grayling found in Huma River, Emur River and other branches of the up-per Heilongjiang River is characterized by less number and small ranges and endangered population. The whole mitochondrial DNA D-Loop sequence was amplified in Thymallus sp. collected in the upper Heilongjiang River by PCR technique, and 1104bp nucleotide sequence was obtained, and compared with this species collected in Lena River. The results showed that there were 3 haplotypes (Hap1, Hap2, and Hap3) in 23 individuals, haplotype (Hap3) being sharedby Heilongjiang River and Lena River populations. The NJ molecular phylogenetic tree build by haploid types and notwork revealed that Heilongjiang River was originated from Lena River populations. The low genetic diversity was observed in the populations in upper Heilongjiang River, with Haplotype diversity index of 0.530 and Nucleotide diversity of 0.00053, much lower than those in the other kinds of Thymallus in the same area. The Fst of 38.56%was found in the population in Heilongjiang River and Lena River(P<0.05)with a certain differentiation.【总页数】6页(P7-12)【作者】马波;范兆廷【作者单位】东北农业大学动物科学技术学院,黑龙江哈尔滨 150030; 中国水产科学研究院黑龙江水产研究所,黑龙江哈尔滨 150070;东北农业大学动物科学技术学院,黑龙江哈尔滨 150030【正文语种】中文【中图分类】Q961;S917【相关文献】1.基于线粒体D-loop区分析黄颡鱼(Pelteobagrus fulvidraco)五个淡水湖泊群体的遗传多样性 [J], 刘朋朋;钟立强;潘建林;陈校辉;陈友明;王明华;杨家新2.用线粒体D-loop和Cyt b基因序列分析拉氏(鲮)3个群体的遗传结构和遗传分化 [J], 杨培民;胡宗云;金广海;刘义新;王雷;骆小年3.黑龙江上游3种茴鱼分类地位的线粒体D-loop序列变异分析 [J], 马波;孙家贤;姜作发4.线粒体DNA序列变异显示鸭绿江茴鱼为黑龙江茴鱼同物异名 [J], 马波;霍堂斌;姜作发5.基于线粒体控制区D-loop序列的内蒙古大鳍鼓鳔鳅群体遗传结构分析 [J], 杨艳平;杨丽文;乌兰;缪丽梅;罗旭光因版权原因,仅展示原文概要,查看原文内容请购买。

骨髓增生异常综合征线粒体DNA D-loop区突变研究的开题报告

骨髓增生异常综合征线粒体DNA D-loop区突变研究的开题报告

骨髓增生异常综合征线粒体DNA D-loop区突变研究的开
题报告
一、研究背景与意义
骨髓增生异常综合征(MDS)是一类获得性骨髓造血干细胞疾病,常见于老年人,在哺乳动物和人类中有一定发生率。

其临床表现为贫血、出血、感染等症状,最终可
能演化为急性髓系白血病。

MDS的发病机制尚不明确,但目前认为与多种基因异常、
细胞因子异常、DNA损伤等存在关联。

线粒体DNA D-loop区是线粒体DNA的控制区域,其突变可能导致线粒体的功能异常,对于MDS的发生及临床表现可能存在一定的影响。

因此,对于MDS患者的线粒体DNA D-loop区进行突变研究,对于深入了解MDS的发病机制、诊断及治疗具有一定的理论和实际意义。

二、研究内容及方法
本研究将收集50例MDS患者的骨髓样本,通过PCR扩增得到线粒体DNA D-loop区,将其进行测序,研究其在不同疾病阶段(初诊、转归)中的突变情况,并与
同期健康人的线粒体DNA D-loop区进行比较分析,探讨突变与MDS的发生及发展的
关系,为MDS的诊断、治疗提供一定的参考,同时也对于了解线粒体DNA D-loop区
在其他疾病中的作用具有一定的参考意义。

三、研究进度与预期结果
目前,该研究已经完成了对20例MDS患者的采样和PCR扩增工作,并对所得
样本进行了测序和初步分析。

根据初步观察,线粒体DNA D-loop区在MDS患者中存
在一定的突变频率,部分突变可能与疾病的发生及临床表现有关。

预计在本研究中,
将能够更全面地了解MDS患者线粒体DNA D-loop区的突变特征及其可能的生物学意义,为该病的预防、诊断及治疗提供一定的科学依据。

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摘 要 : 了解贵州威宁黄牛的遗传 多样性及遗传 背景 , 为 我们 分析 测定 了 1 个 个体 线粒体 9 D A D l p区序列。结果检测到 8 N - o o 种单倍型 , 种为普通牛血统的单倍型, 7 1种为瘤牛血统的
单倍型, 明威宁黄牛 同时受普通牛和瘤牛的影响。 表 本研 究同时构建 了1 个威宁黄牛个体的 系 9
1 材料与方法
1 1 组 织样 .
肌肉组织采 自贵州省威宁县 1 头威宁黄牛 , 9 冰 瓶运 回实验室, O 一2 ℃冰箱保存备用 。
12 D . NA 提取 及 序列 测定
采用 C e hn等[的方法提取细胞总 D ] NA。 D mt - N — o 扩增所用的引物 , A Dl p o 根据 A dro n esn等[ 已 6 ] 发 表的牛 m D t NA全 序列 中进 行设 计 , C 引物 PR 为: 正 链 引 物 为 5, T C G C C C ’C G A T T A - 一 T G A C T A C 一’ A C A C 3, 反链引物为 5 a3m ’ ( 一
di N m D A) r l A, t N 是共价闭合的双链分子 , aD 每个
细胞 中有多个拷贝, 且无组织特异性; D A严格 mt N 遵循母系遗 传, 其基因组织结构简单、 稳定, 但进化 速率 陕( 约为单拷贝核 D A的 5 O )且 m I 主要来源 于突变而 非重组 。正 是 由于 A
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第 3 卷 第 1期 2
中国牛 业科 学
C tl ce c a te S in e
Vo . 2 No 1 1 3 . Jn 2 0 a . 0 6
文 章 编 号 :0 19 1 (O 6O 一O 40 10 —1 1 2 O ) 1O 1— 3
mtNA这些遗传特性而被广泛地用于分子进 化、 D
生物分类、 群体遗 传结构分析及家畜经济性状等方
面的研 究。 线粒体 D A D l p 即线粒体 D A 的 N - o , o N
和进化, 根据形态学和近十几年来的分子 生物学研
究, 一般认为 , 现存的牛是由驯化前就 已分化的普通 牛 ( o t rs和瘤牛 ( o i is的野生祖先分别 B s a u) u B s n u) d 驯化而来 , 而普 通牛类 型还有 欧洲和 非洲驯 化 中 心[z 可能还有东北亚驯化 中心[ 。我国学者在这 - ,, 引 方面也做了大量工作 , 陈宏等[通过对我国一些黄 ‘ ]
州威 宁黄牛 m D A D l p区进行 全序列 的测定 tN - o o 以研究威宁牛的遗传多样性, 为威宁牛保种、 杂交利 用及其在贵州乃至中国黄牛品种 中的遗传分化地位 的确认奠定分子基础 。
牛 Y染色体多态性研究 , 发现北方黄牛受普通牛的
影响大 , 南方黄牛受瘤牛的影响大 , 中原黄牛同时受 普通牛和瘤牛的影响。 由于 Y染色体遵循父系遗传 方式 , 因而这个指标只能用于调查黄牛的父系起源 。 Y 等[对 中国 1 个南方黄牛品种 14 u s ] 2 5 头个体进行 mD A R L t N F P分析 , 揭示普通牛与 瘤牛是 中国南 方黄牛的主要起源 , 但瘤牛的影响更大一些 , 而且还 发现在迪庆黄牛 中存在牦牛基因。 线粒体是细胞 中重要的细胞器之一, 也是重要 的遗传信息载体 。 高等动物线粒体 D A( i eo — N mt hn o
统发生树 , 结果发现它们明显分为普通牛血统单倍型组和瘤牛血统单倍型组两组。 关键词 : 威宁黄牛 ; 线粒体 D A D l p 遗传 多样性 N - o ; o
中 图分 类 号 :8 3 2 ¥ 2 . 文献标识码 : A
在现代分类学上 , 黄牛属偶蹄 目, 反刍亚 目, 牛
科, 牛属 。 黄牛的起源和分化一直是人们感兴趣的问 题, 专家们对此做 了大量的研究工作 。 关于牛的起源
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第1 期
刘若余等 : 贵州威宁黄牛线粒体 D A D l p区全序列分析 N - o o
序列 由于 2 6 2 p处为连续 6 1  ̄2 1 b 个碱基 C,1 p 91 b 的序列为连续 7 个碱基 C,1 p的序列为连续 8 9 2b
非编码区, 其进化速率较其他 区域高数倍 , 检测这一 区域 D A序列的变异 , N 了解碱基转换、 颠换 、 失/ 缺 插入等造成的差异, 从而探讨亲缘关系较近的群体 间的遗 传分 化。牛的线粒体 D A 全序列 长为 1 N 6 3 8 p 其中 D l p区长为 90 p引 3 , b -o o 1 c。本研究就贵 b
G T G 一一 C T C 3, 中间还设计 了内引物 用来测序 , 们 它
收 稿 日期 :0 50 —O 20 — 63
基金项 目: 贵州省重点攻关项 目《 贵州优质 肉牛产业化技术研究及示范工程》 黔科合农字 (0 1 14 号 。 20)13 作者简介 : 刘若余 (9 3 , 湖南邵中人 , 1 6 一) 男, 副教授 , 在读 博士 , 研究方 向: 动物遗传 育种。
是 :5- ' ATTAG C C ATTA GTC ATC 3和 5 A C -, ' G- - G AT TG C C GTT r盯 C r - C r C 3。P R 扩 增 体 系 - C 为 :5 4ri 9 ℃ n+ 3 a 5个循 环 (4 0S 6 ℃ 6 9  ̄ 3 O C 0S 一 7 ℃ 6 ) 7 ℃ 1 i。P R 产物 用 15%的 2 Os一 2 0r n C a .
贵州威宁黄牛线粒体 D — o NA D l p区全序 列分析 o
刘若余1, , 杨公 社 夏 先 林 刘培 琼 张 明 忠。 雷初 朝 2 , , , ,
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