DNA测序分析常见问题整理

DNA测序常见问题及分析

DNA测序过程可能遇到的问题及分析对于一些生物测序公司（如Invitrogen等），我们的菌液或质粒经过PCR和酶切鉴定都没问题，但几天后的测序结果却无法另人满意。

为什么呢？PCR产物直接进行测序，在PCR产物长度以后将无反应信号，机器将产生许多N值。

这是由于Taq酶能够在PCR反应的末端非特异性地加上一个A碱基，我们所用的T载体克隆PCR产物就是应用该原理，通常PCR产物结束的位点，PCR产物测序一般末端的一个碱基为A（绿峰），也就是双脱氧核甘酸ddNTP终止反应的位置之前的A,A后的信号会迅速减弱。

N值情况一般是由于有未去除的染料单体造成的干扰峰。

该干扰峰和正常序列峰重叠在一起，有时机器377以下的测序仪无法正确判断出为何碱基。

有时，在序列的起始端的小片段容易丢失，导致起始区信号过低，机器有时也无法正确判读。

在序列的3’端易产生N值。

一个测序反应一般可以读出900bp以上的碱基（ABI3730可以达到1200bp），但是，只有一般600bp以前的碱基是可靠的，理想条件下，多至700bp的碱基都是可以用的。

一般在650bp以后的序列，由于测序毛细管胶的分辩率问题，会有许多碱基分不开，就会产生N值。

测序模板本身含杂合序列，该情况主要发生在PCR产物直接测序，由于PCR产物本身有突变或含等位基因，会造成在某些位置上有重叠峰，产生N值。

这种情况很容易判断，那就是整个序列信号都非常好，只有在个别位置有明显的重叠峰，视杂合度不同N值也不同。

测序列是从引物3’末端后第一个碱基开始的，所以就看不到引物序列。

有两种方法可以得到引物序列。

1.对于较短的PCR产物（<600bp），可以用另一端的引物进行测序，从另一端测序可以一直测通，可以在序列的末端得到该引物的反向互补序列。

对于较长的序列，一个测序反应测不通，就只能将PCR产物片段克隆到载体中，用载体上的通用引物(T7/SP6)进行测序。

载体上的通用引物与所插入序列间有一段距离，因此就可以得到完整的引物序列。

DNA测序常见问题分析及解决办法总结

DNA测序常见问题分析及解决办法总结PCR类型测序模板注意事项PCR类型测序模板注意事项•总反应体积建议为50uL或100uL，扩增结束后取3ul用1%左右的琼脂糖电泳检测，应为单一的条带。

3ul样品总量不低于50ng(非常小的PCR产物可以酌情减小)，PCR产物产量过低说明PCR扩增结果不是很理想，应改进条件重新扩增。

•对于有杂带和扩增弥散的PCR产物，需经琼脂糖电泳将目的片段切下来并回收，建议将PCR 产物作克隆后进行测序。

有杂带的和扩增弥散的PCR产物即使通过琼脂糖电泳纯化，测序仍有可能出现双峰等异常结果。

•经上述检测合格的PCR产物，需经过琼脂糖电泳纯化去除未反应的引物，dNTP，引物二聚体等影响测序反应的组分。

有多种纯化方法可供选择，Promega，Qiagen和生工等公司都有相应的产品可供选择。

纯化后的PCR产物经电泳检测估计总量应不低于200ng/Kb(非常小的PCR产物可以酌情减小)。

•与质粒模板相比，PCR产物彼此间差异很大，因此，每个PCR模板应尽可能提供相应的PCR 退火温度和PCR产物的长度，以供测序时参考。

•PCR模板一般不应短于200bp，过短的PCR产物应经克隆后进行测序。

•纯化好的PCR产物应溶于双蒸水中，TE缓冲液会严重影响测序反应。

•若让公司对PCR产物进行纯化，PCR产物需满足∶总量不低于1ug/kb，片段长度不低于200bp •各种PCR测序模板均应提供相应的测序引物，并尽可能提供引物的全序列，并将引物浓度准确稀释到5pmole/ul 。

引物浓度的换算关系∶总ng数 = pmole x 分子量/1000由于PCR产物测序相对较难，为使您能拿到一个好的结果，请尽量满足上述要求。

DNA测序常见问题分析及解决办法总结测序常见问题分析序列中出现N值的常见原因：通常有以下几种情况将造成测序结果中N值较多：•PCR产物直接进行测序，在PCR产物长度以后将无反应信号，机器将产生许多N值。

DNA测序技术的使用中常见问题

DNA测序技术的使用中常见问题DNA测序技术是一项重要的科学工具，被广泛应用于生物医学研究、进化学、司法科学等领域。

然而，在使用DNA测序技术的过程中，常常会遇到一些问题。

本文将介绍DNA测序技术使用中常见的问题，并提供相应的解决方案。

1. 样品质量问题在DNA测序之前，样品质量是至关重要的。

低质量的样品会导致测序结果的偏差和错误。

常见的样品质量问题包括样品的纯度不高、浓度不足或者样品受到了污染。

解决方案：- 提高样品纯化方法：使用恰当的纯化试剂和技术来提高样品的纯度，例如使用芳香族化合物或异维酮类物质。

- 检测样品浓度：使用光谱法或者比色法来测量样品中DNA的浓度，确保其符合测序要求。

- 避免样品污染：在样品处理过程中，严格遵守无菌操作规程，使用经过无菌过滤器过滤的试剂和器具。

2. 序列读取长度问题DNA测序技术可以产生从数十个碱基对到上百万个碱基对的序列。

然而，部分DNA测序技术的读取长度有限，这可能影响到某些研究或应用的结果。

解决方案：- 选择合适的测序方法：不同的测序方法具有不同的读取长度，选择适合自己研究目的的测序方法，以满足相关的研究需求。

- 使用测序技术的新发展：不断发展的测序技术，如第三代测序技术，具有较长的读取长度和更高的准确性，可以解决传统测序方法的限制。

3. 突变检测问题DNA测序技术不仅可以用于确定特定序列的顺序，还可以用于检测和鉴定突变。

然而，突变的检测可能受到多种因素的影响，如检测方法的灵敏度和特异性、突变类型的多样性等。

解决方案：- 选择合适的突变检测方法：不同的突变具有不同的检测方法，如SNP分析、插入和缺失突变的分析等。

选择合适的方法来检测特定类型的突变。

- 结合多种检测方法：结合使用不同的突变检测方法可以提高突变检测的准确性和可靠性。

- 验证突变结果：通过使用其他独立的测序技术或方法来验证突变结果，以确保结果的可靠性。

4. 数据分析问题DNA测序技术生成的数据量巨大，数据分析是一个复杂而耗时的过程。

DNA测序常见问题分析及解决办法

质粒产量极低
客户自己提供2ug纯化好的质粒
PCR产物定量
极低
重新电泳检测已纯化的PCR产物，确认有足够的量，或提供PCR原液由公司进行纯化
测序结果正常，与预期不符
找不到引物
质粒模板
检测是否为空载体，从其互补链上寻找，克隆位点离测序引物太近，长插入片段未测通。
PCR模板
不可能找到所用的测序引物，短片段可以从互补链上找到另一段的引物，长片段由于测不通，无法找到相应序列想得到全序列，短片段可以从两端进行测序，长片段需要经克隆后进行测序。
现象
可能原因
是否收费
收
不收
反应无信号或全部杂峰
引物与模板结合不好（引物或模板原因）
不收
质粒抽提未成功
质粒太大或活化方式不好、转化不好
不收
鉴定质粒或PCR浓度
建议50ul(pcr)/20ul(质粒)去离子水溶解
不收
帮助客户设计引物和序列拼接
不收
300bp以前中断或衰减
高级结构GC结构重复序列
PCR除外
收
客户提供引物导致测序结果不理想
引物不纯
收
质粒抽提成功率60%以下（大单）
质粒太大或活化方式不好、转化不好
质粒抽提不成功的，加收3元/质粒
验证实验结果，两次结果
一致
收2次费
不一致
收1收费
PCR原液纯化后
无反应结果
引物与模板结合不好（引物或模板原因）
收纯化费
不收测序费
测反向互补序列，AC结构不影响测序
严重的重复结构
测反向互补序列
模板特性决定的
根据具体情况决定
信号极弱或无信号
信号极弱或无信号
模板质量差

DNA测序常见问题分析及解决办法总结

结果完全不对
请提供详细资料我们会根据结果具体分析。
常见问题
具体情况
可能的原因
处理办法
备注
样品准备问题
菌培养不好或失败
抗性不对或菌已死
核对抗性，尽可能提供载体信息。
或菌培养条件特殊
重新提供菌液，或提供2ug纯化质粒。
质粒提不出
质粒拷贝数极低或
客户自己采取大量提取的方法提供2ug纯化质粒。
培养方式不当
质粒产量很低
低拷贝数质粒或
客户自己采取大量提取的方法提供2ug纯化质粒。
培养方式不当
自带质粒或已纯化PCR产物量极低
是否为电泳法定量，
质粒：电泳检测浓度大于100ng/ul，体积大于20ul。
测OD值法不可靠,电泳检测
总量是否足够
已纯化PCR产物：根据片段长度提供足够量的模板，一般要求是100ng/反应/Kb，进行多个反应的应相应增加量。
测序出现双峰或信号中断
双峰
重复序列，如polyT、polyA或几个碱基重复
质粒产量极低
客户自己提供2ug纯化好的质粒
PCR产物定量极低
重新电泳检测已纯化的PCR产物，确认有足够的量，或提供PCR原液由公司进行纯化
测序结果正常，与预期不符
找不到引物
质粒模板
检测是否为空载体，从其互补链上寻找，克隆位点离测序引物太近，长插入片段未测通。
PCR模板
不可能找到所用的测序引物，短片段可以从互补链上找到另一段的引物，长片段由于测不通，无法找到相应序列想得到全序列，短片段可以从两端进行测序，长片段需要经克隆后进行测序。
用反向引物中出现套峰
可能是样品非单克隆，挑其他克隆测序。
PCR产物测序中，某一点后序列变乱

DNA测序常见问题分析及解决办法总结

DNA测序常见问题分析及解决办法总结PCR类型测序模板注意事项PCR类型测序模板注意事项•总反应体积建议为50uL或100uL，扩增结束后取3ul用1%左右的琼脂糖电泳检测，应为单一的条带。

3ul样品总量不低于50ng(非常小的PCR产物可以酌情减小)，PCR产物产量过低说明PCR扩增结果不是很理想，应改进条件重新扩增。

•对于有杂带和扩增弥散的PCR产物，需经琼脂糖电泳将目的片段切下来并回收，建议将PCR 产物作克隆后进行测序。

有杂带的和扩增弥散的PCR产物即使通过琼脂糖电泳纯化，测序仍有可能出现双峰等异常结果。

•经上述检测合格的PCR产物，需经过琼脂糖电泳纯化去除未反应的引物，dNTP，引物二聚体等影响测序反应的组分。

有多种纯化方法可供选择，Promega，Qiagen和生工等公司都有相应的产品可供选择。

纯化后的PCR产物经电泳检测估计总量应不低于200ng/Kb(非常小的PCR产物可以酌情减小)。

•与质粒模板相比，PCR产物彼此间差异很大，因此，每个PCR模板应尽可能提供相应的PCR 退火温度和PCR产物的长度，以供测序时参考。

•PCR模板一般不应短于200bp，过短的PCR产物应经克隆后进行测序。

•纯化好的PCR产物应溶于双蒸水中，TE缓冲液会严重影响测序反应。

•若让公司对PCR产物进行纯化，PCR产物需满足∶总量不低于1ug/kb，片段长度不低于200bp •各种PCR测序模板均应提供相应的测序引物，并尽可能提供引物的全序列，并将引物浓度准确稀释到5pmole/ul 。

引物浓度的换算关系∶总ng数 = pmole x 分子量/1000由于PCR产物测序相对较难，为使您能拿到一个好的结果，请尽量满足上述要求。

DNA测序常见问题分析及解决办法总结测序常见问题分析序列中出现N值的常见原因：通常有以下几种情况将造成测序结果中N值较多：•PCR产物直接进行测序，在PCR产物长度以后将无反应信号，机器将产生许多N值。

20个测序常见的问题

20个测序常见的问题20个测序常见的问题1．为什么需要新鲜的菌液？首先，新鲜的菌液易于培养，可以获得更多的DNA，同时最大限度地保证菌种的纯度。

2．如何提供菌液？如果您提供新鲜菌液，用封口膜封口以免泄漏；也可以将培养好的4～5ml菌液沉淀下来，倒去上清以方便邮寄。

同时邮寄时最好用盒子以免邮寄过程中压破。

3．如何制作穿刺菌？用灭菌过1.5ml或2ml离心管加入LB琼脂(7g/L)斜面凝固，用接种针挑取分散良好的单菌落穿过琼脂直达管底，不完全盖紧管盖适当温度培养过夜，然后盖紧盖子加封口膜，室温或4度保存。

4．PCR产物直接测序有什么要求？（1)扩增产物必须特异性扩增，条带单一。

如果扩增产物中存在非特异性扩增产物，一般难以得到好的测序结果；(2）必须进行胶回收纯化；(3）DNA纯度在1.6—2.0之间，浓度50ng/ul以上。

5．为什么PCR产物直接测序必须进行Agarose胶纯化？如果不进行胶纯化而直接用试剂盒回收，经常会导致测序出现双峰甚至乱峰，这主要是非特异性扩增产物或者原来的PCR引物去除不干净所导致。

大多所谓的PCR“纯化试剂盒”实际上只是回收产物而不能起到纯化的作用的。

对于非特异性扩增产物肯定无法去除，而且通常他们不能够完全去除所有的PCR引物，这会造成残留的引物在测序反应过程中参与反应而导致乱峰。

6．如何进行PCR产物纯化？PCR产物首先必须用Agarose胶电泳，将特异扩增的条带切割下，然后纯化。

使用凝胶回收试剂盒回收，产物用ddH2O溶解。

7．PCR产物直接测序的好处？（1) PCR产物直接测序可以反映模板的真实情况；（2) 省去克隆的实验费用和时间；（3) PCR产物测序正确的片段进行下一步克隆实验使结果更有保障；（4) 混合模板进行PCR的产物直接测序可以发现其中的点突变。

8．对用于测序的质粒DNA的要求有哪些？对测序模板DNA的一般要求：（1)DNA纯度要求高，1.6—2.0之间，不能有混合模板，也不能含有RNA，染色体DNA，蛋白质等；（2)溶于ddH2O中，溶液不能含杂质，如盐类，或EDTA等螯合剂，将干扰测序反应正常进行。

DNA测序结果中常见的几个问题

1 、为什么开始一段序列的信号很杂乱，几乎难以辨别这主要是因为残存的染料单体造成的干扰峰所致，该干扰峰和正常序列峰重叠在一起；另外，测序电泳开始阶段电压有一个稳定期，所以经常有20-50 bp 的紧接着引物的片段读不清楚，有时甚至更长。

2 、为什么在序列的末端容易产生 N 值，峰图较杂由于测序反应的信号是逐渐减弱的，所以序列末端的信号会很弱，峰图自然就会杂乱，加上测序胶的分辨率问题，如果碱基分不开，就会产生 N 值，正常情况下ABI377测序仪能正确读出500个碱基的有效序列。

3 、测序结果怎么找不到我的引物序列如果找不到测序所用的引物序列。

这是正常的，因为引物本身是不被标记的，所以在测序报告中是找不到的；如果找不到克隆片段中的扩增引物，可能是您克隆的酶切位点距离您的测序引物太近，开始一段序列很杂，几乎难以辨别，有可能看不清或看不到扩增引物；另外插入片段的插入方向如果是反的，此时需找引物的互补序列。

4 、测序结果怎么看不到我克隆的酶切位点可能的原因同上，您克隆的酶切位点距离您的测序引物太近，开始一段序列很杂，几乎难以辨别，有可能看不清或看不到酶切位点。

通常我们会尽量选择距离酶切位点远点的引物，当然，若是样品出现意外原因，如空载、载体自连等，克隆的酶切位点也是看不到的。

5 、你测出的结果与我预想的不一致，给我的结果与我需要的序列有差距，这是怎么回事首先，我们会核实给您的测序结果是否对应您的样品编号，如果对应的是您的样品，由于不知您的实验背景，测得的序列是否与您预想的结果一致我们无法判断，我们能做到的是检查发送给您的测序结果和您提供来的样品是否一致。

6 、序列图为什么会有背景噪音(杂带)是否会影响测序结果序列图的背景杂带是由荧光染料引起，如果太强会影响测序结果，要看信噪比，我们给的结果信噪比大都在98%以上。

7 、测序结果为什么与标准序列有差别原因可能有：样品个体之间的差别、测序准确率的问题，自动测序仪分析序列的准确并非100%，建议至少测一次双向，通过双向测序可以最大限度减少测序的错误。

DNA测序分析常见问题整理

二、模板对测序结果的影响
① 模板不纯 ② 点突变（SNP） ③ 移码突变 ④ 杂合子 ⑤ 非单克隆
正常模板与噪音
PCR正常终止
PCR正常终止后面的噪音峰
噪音信号高
终止峰
模板不纯（非特异性PCR产物）
● 现象：每个峰下面都有其它颜色 ● 原因：PCR主带与杂带混在一起测序 ● 对策：凝胶电泳回收主带，重新测序
非单克隆
特征：左边清晰，右边全部像杂合子原因：挑克隆时两个质粒混在一起对策：新挑克隆，重新制DNA
三、纯化对测序结果的影响
① 染料峰 ② 酒精峰 ③ 荧光物质污染 ④ 钉子峰 ⑤ 有机物污染（瀑布效应）
染料峰
特征：染料峰位于序列的前100bp左右，是残余的A、T、C、G、 4个BigDye峰，其不影响其它序列的可靠性。
“钉子”峰
● 现象：四色并存突然拔起的尖峰，峰形锐利。 ● 原因：毛细管内有气泡、灰尘、尿素结晶等，对激光全反射。 ● 对策 – 灌胶时，避免气泡产生； – 上样前，样品先离心； – 毛细管、检测窗口保持清洁； – 胶内有尿素结晶时，注意不要吸进注射器； – 样品纯化干净。
有机物污染（瀑布效应）
合成时部分引物多一个碱基
合成时部分引物少一个碱基
● 现象：每个峰后面有个同样荧光信号的小“尾巴”。 ● 原因：合成时引物多一个碱基。 ● 对策：重新合成引物
● 现象：每个峰前面有个同样荧光信号的小“尾巴”。 ● 原因：合成时引物多一个碱基。 ● 对策：重新合成引物
引物（模板）不纯
● 现象：整个峰图噪音都比较高。（区别与小片段的干扰） ● 原因：引物（模板）纯度太低，含有较多杂质 ● 对策： –建议使用HPLC（柱子纯化）或PAGE 纯化的测序引物。 –脱盐纯化的引物纯度较低，适合做普通PCR，但不建议用来测序。

DNA测序中的一些常见问题和对策

其抗 <+ 抗体属中和抗 $%&’# 和 $%&’! 的共同抗原决定簇，体，中和病毒的能力最强，能与 $%& 的 <+ 抗原特异结合，结果改变了病毒的表面结构，阻断了病毒对宿主细胞的吸附，
［@］使病毒失去了感染能力。本实验所用的 5678% 中既有能
识别 $%& 的 <;、也有 <+ 抗原的型共同性特异性单克隆抗体，能识别 $%& 的 <= 的型特异性单克隆抗体，体外中和试验也证明其中和效价为 #( 2 #( ，具有很强的中和病毒的作用
［$， %］序，都存在下列问题。
点琼脂糖凝胶回收并用专用试剂盒纯化，注意纯化后要进行电泳检测。 # 测序信号提前共同终止，测序反应无法继续进行
［@］、常见原因：模板 !"# 中有二级结构形成 8"?& 浓度不
当或模板浓度过大，导致测序反应提前终止。对策：一般商售试剂盒中配套试剂很少出现问题，若为自制试剂，可予替换或重新配制，再重复实验。由于测序反应要求模板必须为单链，所以对于二级结构形成导致的测序反应共同终止，可以提高模板变性温度使之充分分解为单链，或加入甲酰胺使模板变性充分、彻底。 $ 无正常测序信号常见原因：引物设计不当或模板 3A’ 含量过高。对策：测序引物通常分为通用引物和特异性引物。前者是针对不同克隆载体设计的引物，一般不会存在上述问题。特异性引物是指与模板特异性且唯一性结合的引物，设计原则如下：（$）引物长度 ! $= .B，一般 %)%C .B；（ %） 3A’ 含量 ! 一般为 C)D<)D （；@）避免引物自身形成互补；（ E） C)D ， @F 末端为 3 或 ’ 更为合理。模板 3A’ 含量过高者可采用专门为高 3A’ 含量模板设计的测序试剂盒。靠近引物的区域，其测序信号可能由于引物峰遮盖而无法阅读，是测序的难点。可以尝试加入 /*% G（ $)) HH64 , I

DNA测序结果中常见的几个问题

D N A测序结果中常见的几个问题公司内部档案编码：[OPPTR-OPPT28-OPPTL98-OPPNN08]1 、为什么开始一段序列的信号很杂乱，几乎难以辨别这主要是因为残存的染料单体造成的干扰峰所致，该干扰峰和正常序列峰重叠在一起；另外，测序电泳开始阶段电压有一个稳定期，所以经常有20-50 bp 的紧接着引物的片段读不清楚，有时甚至更长。

2 、为什么在序列的末端容易产生 N 值，峰图较杂由于测序反应的信号是逐渐减弱的，所以序列末端的信号会很弱，峰图自然就会杂乱，加上测序胶的分辨率问题，如果碱基分不开，就会产生N 值，正常情况下ABI377测序仪能正确读出500个碱基的有效序列。

3 、测序结果怎么找不到我的引物序列如果找不到测序所用的引物序列。

这是正常的，因为引物本身是不被标记的，所以在测序报告中是找不到的；如果找不到克隆片段中的扩增引物，可能是您克隆的酶切位点距离您的测序引物太近，开始一段序列很杂，几乎难以辨别，有可能看不清或看不到扩增引物；另外插入片段的插入方向如果是反的，此时需找引物的互补序列。

4 、测序结果怎么看不到我克隆的酶切位点可能的原因同上，您克隆的酶切位点距离您的测序引物太近，开始一段序列很杂，几乎难以辨别，有可能看不清或看不到酶切位点。

通常我们会尽量选择距离酶切位点远点的引物，当然，若是样品出现意外原因，如空载、载体自连等，克隆的酶切位点也是看不到的。

5 、你测出的结果与我预想的不一致，给我的结果与我需要的序列有差距，这是怎么回事首先，我们会核实给您的测序结果是否对应您的样品编号，如果对应的是您的样品，由于不知您的实验背景，测得的序列是否与您预想的结果一致我们无法判断，我们能做到的是检查发送给您的测序结果和您提供来的样品是否一致。

6 、序列图为什么会有背景噪音(杂带)是否会影响测序结果序列图的背景杂带是由荧光染料引起，如果太强会影响测序结果，要看信噪比，我们给的结果信噪比大都在98%以上。

DNA测序分析常见问题整理

DNA测序分析常见问题整理
酒精峰
特征：酒精峰位于序列的200bp-300bp碱基之间，图谱被“透明抬高，其同样不影响其它序列的可靠性。
DNA测序分析常见问题整理
荧光物质污染
● 现象：红色峰异常高。 ● 原因：未知大分子荧光物质污染，恰好是红色，被软件误认为红色峰。 ● 对策：依次更换水、缓冲液、甲酰胺、测序胶、毛细管；清洗或更换胶引导块、针筒。
DNA测序分析常见问题整理
有机物污染（瀑布效应）
● 现象：基线从高处突然下降。 ● 原因：有机物进入毛细管，受激发产生一定波长的荧光，抬高基线。 ● 对策：依次更换水、缓冲液、甲酰胺、测序胶、毛细管；清洗或更换胶引导块、针筒。
DNA测序分析常见问题整理
四、困难模板对测序结果的影响
① 特殊结构 ② Ploy结构 ③ 高GC ④ 重复序列 ⑤ 回文结构
Applied Biosystems 3730/3730xl DNA Analyzers
DNA测序分析常见问题整理
DNA测序分析常见问题整理
测序结果—峰图
四色图谱：每一种颜色对应一种碱基 A T CG
DNA测序分析常见问题整理
影响测序质量的主要因素
引物 DNA模板纯化困难模板机器影响
DNA测序分析常见问题整理
“钉子”峰
● 现象：四色并存突然拔起的尖峰，峰形锐利。 ● 原因：毛细管内有气泡、灰尘、尿素结晶等，对激光全反射。 ● 对策 – 灌胶时，避免气泡产生； – 上样前，样品先离心； – 毛细管、检测窗口保持清洁； – 胶内有尿素结晶时，注意不要吸进注射器； – 样品纯化干净。
正常模板与噪音
PCR正常终止
PCR正常终止后面的噪音峰

测序过程常见问题分析与解答

测序过程常见问题分析与解答1、DNA测序样品用什么溶液溶解比较好？答：溶解DNA测序样品时，用灭菌蒸馏水溶解最好。

DNA的测序反应也是Taq酶的聚合反应，需要一个最佳的酶反应条件。

如果DNA用缓冲液溶解后，在进行了测序反应时，DNA溶液中的缓冲液组份会影响测序反应的体系条件，造成Taq酶的聚合性能下降。

有很多客户在溶解DNA测序样品时使用TE Buffer。

的确，TE Buffer能增加DNA样品保存期间的稳定性，但TE Buffer对DNA测序反应有影响，根据我们的经验，我们还是推荐使用灭菌蒸馏水来溶解DNA测序样品。

2、提供DNA测序样品时，提供何种形态的比较好？答：我们推荐客户提供菌体，由我们来提取质粒，这样DNA样品比较稳定。

如果您要以提供DNA样品，我们也很欢迎，但一定要注意样品纯度和数量。

提供的测序样品为PCR产物时，特别需要注意DNA的纯度和数量。

PCR产物应该进行切胶回收，否则无法得到良好的测序效果。

有关DNA测序样品的详细情况请严格参照“测序模板的要求”部分的说明。

3、提供的测序样品为菌体时，以什么形态提供为好？答：一般菌体的形态有：平板培养菌、穿刺培养菌，甘油保存菌或新鲜菌液等。

我们提倡寄送穿刺培养菌或新鲜菌液。

平板培养菌运送特别不方便，我们收到的一些平板培养菌的培养皿在运送过程中常常已经破碎，面目全非，需要用户重新寄样。

这样既误时间，又浪费客户的样品。

一旦是客户非常重要的样品时，其后果更不可设想。

而甘油保存菌则容易污染。

制作穿刺菌时，可在1.5ml的Tube管中加入琼脂培养基，把菌体用牙签穿刺于琼脂培养基（固体）中，37℃培养一个晚上后便可使用。

穿刺培养菌在4℃下可保存数个月，并且不容易污染，便于运送。

4、与测序引物有关的问题答：对于通用测序引物，只要正确使用，一般不会有太大问题，测序引物问题主要发生在客户自己提供的PCR引物上。

应该明确的一点是并不是所用的用于PCR的引物都可以用来作测序，以下几种PCR引物将是不适合用作测序引物的：（1）简并引物，简并引物必然要在测序模板上有多个结合位点，直接影响测序结果。

DNA测序结果中常见的几个问题

1 、为什么开始一段序列的信号很杂乱，几乎难以辨别这主要是因为残存的染料单体造成的干扰峰所致，该干扰峰和正常序列峰重叠在一起；另外，测序电泳开始阶段电压有一个稳定期，所以经常有20-50 bp 的紧接着引物的片段读不清楚，有时甚至更长。

2 、为什么在序列的末端容易产生 N 值，峰图较杂由于测序反应的信号是逐渐减弱的，所以序列末端的信号会很弱，峰图自然就会杂乱，加上测序胶的分辨率问题，如果碱基分不开，就会产生 N 值，正常情况下ABI377测序仪能正确读出500个碱基的有效序列。

3 、测序结果怎么找不到我的引物序列如果找不到测序所用的引物序列。

这是正常的，因为引物本身是不被标记的，所以在测序报告中是找不到的；如果找不到克隆片段中的扩增引物，可能是您克隆的酶切位点距离您的测序引物太近，开始一段序列很杂，几乎难以辨别，有可能看不清或看不到扩增引物；另外插入片段的插入方向如果是反的，此时需找引物的互补序列。

4 、测序结果怎么看不到我克隆的酶切位点可能的原因同上，您克隆的酶切位点距离您的测序引物太近，开始一段序列很杂，几乎难以辨别，有可能看不清或看不到酶切位点。

通常我们会尽量选择距离酶切位点远点的引物，当然，若是样品出现意外原因，如空载、载体自连等，克隆的酶切位点也是看不到的。

5 、你测出的结果与我预想的不一致，给我的结果与我需要的序列有差距，这是怎么回事首先，我们会核实给您的测序结果是否对应您的样品编号，如果对应的是您的样品，由于不知您的实验背景，测得的序列是否与您预想的结果一致我们无法判断，我们能做到的是检查发送给您的测序结果和您提供来的样品是否一致。

6 、序列图为什么会有背景噪音(杂带)是否会影响测序结果序列图的背景杂带是由荧光染料引起，如果太强会影响测序结果，要看信噪比，我们给的结果信噪比大都在98%以上。

7 、测序结果为什么与标准序列有差别原因可能有：样品个体之间的差别、测序准确率的问题，自动测序仪分析序列的准确并非100%，建议至少测一次双向，通过双向测序可以最大限度减少测序的错误。

DNA测序结果常见问题分析

DNA测序结果分析比对 - 测序图初识通常一份测序结果图由红、黑、绿和蓝色测序峰组成，代表不同的碱基序列。

测序图的两端（本图原图的后半段被剪切掉了）大约50个碱基的测序图部分通常杂质的干扰较大，无法判读，这是正常现象。

这也提醒我们在做引物设计时，要避免将所研究的位点离PCR序列的两端太近（通常要大于50个碱基距离），以免测序后难以分析比对。

我的课题是研究基因多态性的，因此下面要介绍的内容也主要以判读测序图中的等位基因突变位点为主。

实际上，要在一份测序图中找到真正确实的等位基因多态位点并不是一件容易的事情。

由于临床专业的研究生，这些东西是没人带的，只好自己研究。

开始时大概的知道等位基因位点在假如在测序图上出现像套叠的两个峰，就是杂合子位点。

实际比对了数千份序列后才知道，情况并非那么简单，下面测序图中标出的两个套峰均不是杂合子位点，如图并说明如下：说明：第一组套峰，两峰的轴线并不在同一位置，左侧的T峰是干扰峰；第二组套峰，虽两峰轴线位置相同，但两峰的位置太靠近了，不是杂合子峰，蓝色的C峰是干扰峰通常的杂合子峰由一高一略低的两个轴线相同的峰组成，此处的序列被机器误判为“C”，实际的序列应为“A”，通常一个高大碱基峰的前面1～2个位点很容易产生一个相同碱基的干扰峰，峰的高度大约是高大碱基峰的1/2，离得越近受干扰越大。

一个摸索出来的规律是：主峰通常在干扰峰的右侧，干扰峰并不一定比主峰低。

最关键的一点是一定要拿疑似为杂合子峰的测序图位点与测序结果的文本序列和基因库中的比对结果相比较；一个位点的多个样本相比较；你得出的该位点的突变率与权威文献或数据库中的突变率相比较。

通常，对于一个疑似突变位点来说，即使是国际上权威组织大样本的测序结果中都没有报道的话，那么单纯通过测序结果就判定它是突变点，是并不严谨的，因一份PCR产物中各个碱基的实际含量并不相同，很难避免不产生误差的。

对于一个未知突变位点的发现，通常还需要用到更精确的酶切技术。

DNA测序常见问题解析

DNA测序常见问题解析DNA测序常见问题解析⼀．引物问题Q：为什么我在测序报告上找不到我的引物序列？A：这⾥分以下⼏种情况：1. PCR引物作为测序引物进⾏测序时，所测序列是从引物3'末端后第⼀个碱基开始的，⽽且刚刚开始的碱基由于在⽑细管电泳中不能很好地分离⽽导致准确性下降，所以找不到您的引物序列。

（1）对于较短的PCR产物（<600 bp），可以⽤另⼀端的引物进⾏测序，从另⼀端测序可以⼀直测到序列的末端，就可以在序列的末端得到您的引物的反向互补序列。

（2）对于较长的序列，⼀个测序反应测不到头，因此就只能将您的PCR产物⽚段克隆到适当的载体中，⽤载体上的通⽤引物进⾏测序。

由于载体上的通⽤引物与您的插⼊序列之间还有⼀段距离，因此就可以得到您的完整的引物序列。

（3）由于在测序的起始端总会有⼀些碱基⽆法准确读出，因此，您如果想得到您的PCR产物的完整序列，最好克隆后进⾏测序。

2. 有时质粒做模板进⾏测序时，由于某些原因，质粒上没有插⼊外源⽚段，为空载体，所测的序列完全为载体序列，此时也找不到引物序列。

3. 找不到克隆⽚段的扩增引物。

发⽣这种情况原因有2个：（1）您在构建质粒时采⽤的⼯具酶的酶切位点距离您的测序引物太近，由于荧光染料的⼲扰在序列开始的部分会不⼗分准确。

⽐如pBluescript Ⅱ KS这个质粒如果采⽤Sac I做⼯具酶，采⽤T7引物测序：那么从T7引物末端到Sac I的酶切位点只有6个bp，这样酶切位点后的扩增引物序列在测序报告上很可能不完整。

解决的办法是采⽤M13 Forward引物来测序，这样可以保证Sac I的位点和之后的引物序列都可以完整的出现在报告中。

（2）您的插⼊⽚段的插⼊⽅向是反的，这时您不妨找⼀下您引物的反向互补序列。

或者您插⼊的⽚段可能不是您的⽬的⽚段，⽽是由于⾮特异性扩增出来的⽚段，还有可能您送过来的样品被污染。

Q：测序发现引物有突变或缺失是什么原因？A：测序发现引物区有突变，主要考虑三个⽅⾯的原因：测序，PCR/克隆过程，引物本⾝。

DNA测序常见问题分析及解决办法

结果完全不对
请提供详细资料我们会根据结果具体分析。
关于DNA测序服务的说明
1、如需TA克隆后测序，提供PCR产物的量不少于50ul。我们在收到样品后，先进行回收纯化，再进行克隆实验。
2、目的基因亚克隆实验，请提供含有目的基因的质粒及亚克隆载体质粒，如果质粒量少请提供保存菌种，我们需要额外收取转化或质粒提取费用。我们在收到样品后，先进行预实验检测，检测结果与背景资料一致时开始实验。
培养方式不当
自带质粒或已纯化PCR产物量极低
是否为电泳法定量
质粒：电泳检测浓度大于100ng/ul，体积大于20ul；已纯化PCR产物：根据片段长度提供足够量的模板，一般100ng/反应/Kb，进行多个反应的应相应增加量。
只测OD值不可靠
总量是否足够
测序出现双峰
双峰
重复序列，如polyT、polyA或几个碱基重复
质粒测序时整个结果双峰
引物特异性不好，改用其他引物测序。
质粒和PCR产物测序出现双峰
引物不纯，测序时只要单一引物，请不要将双向PCR引物混合；合成的引物没有纯化或纯化不好。重新合成引物测序。
信号
信号迅速衰减或
中断
模板GC二级结构区后
难以得到好的测序结果，亚克隆成较小的片段进行测序
模板GT二级结构区后
现象
可能原因
是否收费
收
不收
反应无信号或全部杂峰
引物与模板结合不好（引物或模板原因）
不收
质粒抽提未成功
质粒太大或活化方式不好、转化不好
不收
鉴定质粒或PCR浓度
建议50ul(pcr)/20ul(质粒)去离子水溶解
不收
帮助客户设计引物和序列拼接
不收
300bp以前中断或衰减

测序常见问题分析与解答

测序常见问题分析与解答1、DNA测序样品用什么溶液溶解比较好?答：溶解DNA测序样品时，用灭菌蒸馏水溶解最好。

DNA的测序反应也是Taq酶的聚合反应，需要一个最佳的酶反应条件。

如果DNA用缓冲液溶解后，在进行了测序反应时，DNA溶液中的缓冲液组份会影响测序反应的体系条件，造成Taq酶的聚合性能下降。

有很多客户在溶解DNA测序样品时使用TE Buffer。

的确，TE Buffer能增加DNA样品保存期间的稳定性，但TE Buffer对DNA测序反应有影响，根据我们的经验，我们还是推荐使用灭菌蒸馏水来溶解DNA测序样品。

2、提供DNA测序样品时，提供何种形态的比较好？答：我们推荐客户提供菌体，由我们来提取质粒，这样DNA样品比较稳定。

如果您要以提供DNA样品，我们也很欢迎，但一定要注意样品纯度和数量。

提供的测序样品为PCR产物时，特别需要注意DNA的纯度和数量。

PCR产物应该进行切胶回收，否则无法得到良好的测序效果。

有关DNA测序样品的详细情况请严格参照“DNA测序样品准备及注意事项”部分的说明。

3、提供的测序样品为菌体时，以什么形态提供为好？答：一般菌体的形态有：平板培养菌、穿刺培养菌，甘油保存菌或新鲜菌液等。

我们提倡寄送穿刺培养菌或新鲜菌液。

平板培养菌运送特别不方便，我们收到的一些平板培养菌的培养皿在运送过程中常常已经破碎，面目全非，需要用户重新寄样。

这样既误时间，又浪费客户的样品。

一旦是客户非常重要的样品时，其后果更不可设想。

而甘油保存菌则容易污染。

制作穿刺菌时，可在1。

5ml的Tube管中加入琼脂培养基，把菌体用牙签穿刺于琼脂培养基(固体)中，37℃培养一个晚上后便可使用。

穿刺培养菌在4℃下可保存数个月，并且不容易污染，便于运送。

4、与测序引物有关的问题：答：对于通用测序引物，只要正确使用，一般不会有太大问题，测序引物问题主要发生在客户自己提供的PCR引物上。

应该明确的一点是并不是所用的用于PCR的引物都可以用来作测序，以下几种PCR引物将是不适合用作测序引物的：(1)简并引物，简并引物必然要在测序模板上有多个结合位点，直接影响测序结果。