密度泛函理论与从头计算分子动力学
计算材料学第一性原理密度泛函理论分子动力学md课件
-如果 和 是体系的两个可能状态,对于某测量量A,测得的值是 a1, a2
也是这个体系可能的状态 对于A的测量结果计可算能材料是学a第1一, 性也原可理密能度是泛函a理2,论而分子且动测力学得m的d 相应几率是确定的。
薛定谔方程
• 波函数怎么随着时间变化,各种具体情况下怎么找出相应的波函数?
这个方程为1926年薛定谔提出的一个假说。但是,正确性已经得到了验证。
自由粒子的能量为常数,其解当定态,通解为:
因此自由粒子有着平面波的形式
计算材料学第一性原理密度泛函理论分子动力学md
简单例子二:一维无限深势阱(1)
• 势函数 • 薛定谔方程将可以写成:
在
的区域内的通解是:
利用边界条件:
得:
计算材料学第一性原理密度泛函理论分子动力学md
Hale Waihona Puke 简单例子二:一维无限深势阱(1)
解:A=0, cos =0, B=0, sin =0,
能级(能量本征值) :
波函数:
(n 为奇数)
(n 为偶数)
分立能级!!! n= 1, 2,3, 。。。
计算材料学第一性原理密度泛函理论分子动力学md
简单例子三:库仑场(中心力场)中的电子(1)
• 原子核产生的库仑场是一种特殊的中心力场, 如果原子核外只有一个电子:质量为m, 带电 量-e, 取原子核为坐标原点,电子受原子核吸引的势能为:
计算材料学第一性原理密度泛函理论分子动力学md
物质的波粒二象性
• 光具有波动性和粒子性的双重特性 -20世纪初,爱因斯坦(Einstein)提出光子学说解释了光电效应(photoemission) • 物质也具有波粒二象性。
- 1924年,法国科学家L.de Broglie认为:既然光具有二象性,则电子等微观粒子 也可有波动性 - 1927年,Davisson和Germer应用Ni晶体进行的电子衍射实验证实了de Broglie的 假设:电子具有波动性。将一束电子流经一定电压加速后通过金属单晶体,像单 色光通过小圆孔一样发生衍射现象,在感光底片的屏幕上,得到一系列明暗相间 的衍射环(图9-1)
从头计算分子动力学方法及其应用
收稿日期:2004-12-21基金项目:山东省自然科学基金资助项目(Y2003A01)和石油科技中青年创新基金(04E7038)作者简介:蓝建慧(1979-),女(汉族),山东即墨人,硕士研究生,专业方向为计算物理。
文章编号:100025870(2005)0420143204综述从头计算分子动力学方法及其应用蓝建慧,卢贵武,黄乔松,李英峰,朱 阁(中国石油大学物理科学与技术学院,山东东营257061)摘要:从头计算分子动力学方法把密度泛函理论和分子动力学方法有机地结合起来,使电子的极化效应及化学键的本质均可用计算机分子模拟方法进行研究,是目前计算机模拟实验中最先进、最重要的方法之一。
文章简述了从头计算分子动力学方法的基本原理,介绍了该方法在水、水溶液及其他氢键液体的结构与动力学研究中的应用。
关键词:从头计算;密度泛函理论;分子动力学;计算机分子模拟中图分类号:O 35 文献标识码:AMethod of ab initio molecular dynamics and its applicationsLAN Jian 2hui ,L U Gui 2wu ,HUAN G Qiao 2song ,L I Y ing 2feng ,ZHU G e(College of Physics Science and Technology in China U niversity of Pet roleum ,Dongying 257061,China )Abstract :The ab initio molecular dynamics method ,which combines the density functional theory with the molecular dy 2namics methodology ,made it convenient to study the electronic polarization effects and the nature of the chemical bonds in term of the computer molecular simulation.The method is one of the most im portant and advanced com puter simulation ex 2periment methods.The basic principle of the ab initio molecular dynamics method and its applications in structure and dy 2namics research of liquid water ,aqueous solutions and other hydrogen 2bond liquids were introduced.K ey w ords :ab initio ;density functional theory ;molecular dynamics ;computer molecular simulation 现代凝聚态理论研究应用最普遍的方法之一是分子动力学(MD )方法。
从头计算分子动力学基本理论和高级方法
从头计算分子动力学基本理论和高级方法Dominik MarxAb Initio MolecularDynamicsBasic Theory and Advanced Methods2009;584ppHardbackISBN9780521898638D. Marx等著从头计算分子动力学方法或称为第一原理分子动力学,是对分子作经典与量子混合处理的一种方法,其基本思想最早是由Paul Enrenfest 提出来的,他把原子核视为经典粒子而把电子仍作为量子对象,实质是一种平均场理论。
其后,发展成著名的Born?Oppenheimo "绝热分子动力学",广泛地应用于量子化学和一些少体问题的研究工作。
1985年R.Car 和M. Parrinello 把两者的优点以优化的方法结合起来,极大地提高了这一方法的应用能力和使用范围,因而受到普遍的重视。
从头计算分子动力学通过统一处理分子动力学和电子结构理论把密度泛函理论和分子动力学方法有机地结合,使复杂分子体系和过程,包括化学反应以及电子的极化效应和化学键的本质等实际的计算机模拟领域发生了革命性改变。
本书第一次提供了这一快速增长领域涉及的方法及其广泛的应用范围,从基础理论直到先进的方法给出了协调一致的阐述,堪称是对研究生和研究人员的一部极具吸引力的教材。
它包含了各种从头分子动力学技术的系统推导,使读者能理解常用的方法,评估它们的优点和缺点。
本书还讨论了广泛使用的Car?Parrinello方法的特点,纠正了目前在研究文献中发现的各种错误。
此外,本书还详细地介绍了一些用于典型平面波的电子结构编码和程序设计的、使该领域的初学者容易理解并普遍使用的程序包,并使开发人员能够方便地改进它们的代码及添加新的功能。
除了前言和第1章开场白“为什么需要从头计算分子动力学”之外,本书的内容分为三大部分共10章,第一部分基本技巧,含第2-4章,2. 入门:统一MD和电子结构;3. 实现:使用平面波的基;4. 用平面波处理原子:精确的赝势。
量子化学计算方法在分子反应动力学中的应用
量子化学计算方法在分子反应动力学中的应用随着科学技术的不断发展,量子化学计算方法在分子反应动力学研究中的应用得到了广泛关注。
这种方法基于量子力学理论,通过计算和模拟来研究原子和分子的结构、性质以及化学反应的动力学过程。
本文将探讨量子化学计算方法在分子反应动力学中的应用,并重点介绍几种常用的计算方法。
首先,我们需要了解分子反应动力学的基本概念。
分子反应动力学研究的是化学反应的速率和机理,包括反应速率常数、能量变化、过渡态、反应路径等。
传统的实验方法在研究分子反应动力学时受到了许多限制,而量子化学计算方法可以通过模拟和计算来获得更为精确和详细的信息。
一种常用的量子化学计算方法是密度泛函理论(Density Functional Theory, DFT)。
DFT是一个基于电子云密度的近似方法,可以用来计算分子中电子态的性质。
在分子反应动力学研究中,DFT被广泛应用于计算反应势能面、过渡态结构和反应物、产物的能量变化。
通过分析这些数据,我们可以预测化学反应的速率和机理,并对反应路径做出评估。
另一个常用的计算方法是分子力场理论(Molecular Mechanics, MM)。
MM通过模拟分子内原子之间的相互作用力来研究分子的结构和性质。
在分子反应动力学研究中,MM可以用于计算反应物、产物的结构和能量,并通过这些数据来预测反应的速率。
MM的计算速度很快,适用于研究大分子系统的反应动力学。
此外,还有一种重要的计算方法是从头算量子力学(Ab Initio Quantum Mechanics)。
从头算方法是一种基于量子力学的精确计算方法,可以计算分子系统的电子结构和能量。
具体来说,从头算方法可以通过解决薛定谔方程来获得分子的势能面,并通过这些数据来预测反应的速率和机理。
从头算方法具有较高的精度,但计算复杂度很高,适用于小分子系统的研究。
除了上述常用的计算方法,还有一些其他的方法在分子反应动力学中也有应用。
例如,多体展开方法(Multi-body Expansion)可以用于处理由多个原子组成的系统,而量子化学动力学方法(Quantum Chemical Dynamics)则可以模拟系统在能级跃迁过程中的动力学行为。
分子激发态计算的理论方法综述
分子激发态计算的理论方法综述理论方法的选择在很大程度上取决于所研究的分子体系的规模和性质。
下面将综述几种常用的计算方法。
1.量子化学计算方法量子化学方法是计算分子激发态性质的主要方法之一、它通过求解分子的薛定谔方程,给出分子的能级和波函数。
常见的量子化学方法包括基态与激发态的哈特里-福克方法(HF),密度泛函理论(DFT),以及大小关联方法(CC,CI)。
这些方法分别在计算分子的电子结构、电子激发态、电子转移等方面具有很高的准确性。
2.多体微扰理论方法多体微扰理论(MBPT)是一种获得相对准确的分子激发态能级和振动频率的方法。
它通过将体系的能量表达式展开成级数,然后逐级考虑体系的微扰,从而得到较高阶的激发态能量表达式。
MBPT方法可以用于计算分子的激发态、震动光谱和光吸收谱等。
3.量子动力学方法量子动力学方法是研究分子激发态动力学的重要方法。
它可以通过求解时间依赖薛定谔方程来模拟分子的光激发过程,从而得到包括光吸收、荧光和光解离在内的动力学信息。
常见的量子动力学方法包括时间依赖的密度泛函理论(TDDFT)和耦合簇方法(CC)。
4.分子动力学方法分子动力学方法可以用于模拟分子在激发态下的结构和动力学行为。
它通过解决牛顿运动方程来模拟分子的轨迹,从而探索分子的结构演化、激发态寿命和非绝热效应等。
分子动力学方法非常适用于复杂分子体系和非平衡态过程的研究,如溶液体系和界面反应等。
总的来说,分子激发态计算的理论方法多种多样,每种方法都有其适用范围和优势,选择合适的方法取决于所研究的分子体系的性质和研究目的。
将这些方法相互结合,可以得到更为准确的分子激发态性质和动力学行为的描述。
PuH2体系从头算分子动力学的研究
: ; ; ; ; Key words PuH2 system reaction mechanism transition state weak interaction classical trajectory calculation
钚极易与 O2、H2、H2O 等环境气体发生一系 化反应,另一种是钚与氢气之间的氢化反应。这 列化学反应,给钚材料的保存带来了极大困难。 两种腐蚀都可以使钚金属严重变质而影响钚材料 钚表面的腐蚀主要有两种,一种是钚与氧气的氧 的使用。相比之下,钚的氢化反应更严重,因为氢
( , , , ; 1 School of Electronics and Information Engineering Jinggangshan University Ji'an 343009 China , , , ; 2 Institute of Atomic and Molecular Physics Sichuan University Chengdu 610065 China
ory. Thegeometry structuresof the special points along the potential energy profile of plutonium and hydrogenareobtained. The proper ties of the bonds of all special structuresin the reaction pathareanalyzed by the method of thereduced density gradient analy
Studying on ab initio molecular dynamics of PuH2system
密度泛函理论与从头计算分子动力学
密度泛函理论与从头计算分子动力学
从头计算分子动力学(FCMD)是密度泛函理论的一种拓展,它可以以一
种特定的数学方法来模拟分子运动过程,从而计算其物理属性。
这一方法
利用受时间的局域密度和具有一定格式的等离子体格构形成分子规范性和
电子结构,用于分子的活性,模拟自由能,前瞻,对比,反应,转换,并
计算材料的热力学性质和其他属性。
FCMD的优势在于可以计算出准确的分子性质,因此能够以一种相对
比较低成本的方式提供密度泛函理论的解决方案。
另外,基于FCMD的计
算可以更好地控制反应动力学,从而更准确地模拟复杂的分子动力学系统。
由于FCMD的计算使用经典方法,其计算效率比量子化学方法更高,并且
可以很容易地模拟微观或宏观尺度的分子系统。
密度泛函理论DFT和从头算、第一性原理的关系
密度泛函理论和从头算、第一性原理的关系密度泛函理论(DFT)和从头算(ab initio)是固体物理学和材料科学领域中重要的理论和计算方法,它们之间有着密切的关系。
从头算是一种计算材料物性的方法,其基本思想是使用量子力学基本原理计算材料中每个原子的电子结构和物理性质,然后通过这些微观信息推导出材料的宏观性质。
从头算所使用的基本理论包括量子力学、波函数理论和密度泛函理论等。
从头算的优点是可以在不依赖任何经验参数的情况下计算出材料的各种物理性质,具有高度的预测性和可靠性,尤其适用于那些难以通过实验方法研究的材料。
密度泛函理论是一种从头算方法,其核心思想是通过电子密度函数的概念描述多体量子体系中的基态能量和物理性质。
在DFT中,系统的全部信息都可以用电子密度函数表示,因此可以大大简化问题的处理。
DFT的发展历程可以追溯到1960年代,当时Hohenberg和Kohn 提出了两个基本定理,即:对于给定系统的电子密度函数,其基态能量是唯一确定的;对于任何给定的外势能,系统的基态电子密度函数是唯一确定的。
这两个定理奠定了DFT的基础,使得DFT成为研究多体量子体系的一种强有力的工具。
从头算和DFT的关系在于,从头算是DFT的一种具体实现方式。
DFT的核心是电子密度函数,而从头算可以通过计算每个原子的电子结构来得到整个系统的电子密度函数。
从头算通常会采用Kohn-Sham方程(Kohn-Sham equation)来描述体系的电子结构,该方程由Kohn 和Sham在1965年提出,是DFT中的一种实现方法。
Kohn-Sham方程将多体问题转化为一系列单电子问题,通过求解这些单电子问题来得到整个体系的电子密度函数。
虽然从头算和DFT都是计算材料性质的方法,但它们的计算量和精度存在一定的差异。
从头算的精度往往比DFT更高,但也需要更多的计算资源。
在实际应用中,人们通常会根据问题的具体情况选择合适的方法,比如对于那些化学反应、表面吸附等需要。
新材料研发中的计算材料学方法介绍
新材料研发中的计算材料学方法介绍在新材料研发领域中,计算材料学方法的应用越来越广泛。
计算材料学利用计算机模拟和预测材料性质和行为的方法,可以加快新材料的研发过程,降低成本,提高效率。
本文将介绍几种常见的计算材料学方法,包括密度泛函理论、分子动力学模拟、晶体结构预测和高通量计算。
首先,密度泛函理论是计算材料学中应用最广泛的方法之一。
它基于量子力学的原理,通过求解电子的运动方程来预测材料的性质和行为。
密度泛函理论可以计算材料的能带结构、电子密度分布、电荷分布等重要性质。
通过密度泛函理论,研究人员可以预测新材料的电子结构、导电性能、光学特性等,帮助材料科学家设计并优化新材料。
其次,分子动力学模拟是一种模拟材料原子和分子运动的方法。
分子动力学模拟可以通过模拟原子和分子之间的相互作用来预测材料的力学性能、热学性质以及相变行为。
研究人员可以根据不同温度、不同应力条件下的材料表现进行模拟,进而了解材料的稳定性和响应。
分子动力学模拟可以帮助科学家研究材料的微观结构和动力学行为,为材料设计提供关键信息。
第三,晶体结构预测是一种基于计算材料学的方法,用于预测未知材料的结晶结构。
晶体结构预测可以通过计算材料的能量、对称性以及晶胞参数等来确定材料的晶体结构。
采用晶体结构预测方法可以帮助研究人员发现新的材料结构,挖掘潜在的功能性材料。
通过晶体结构预测,研究人员可以在实验之前对候选材料进行筛选和优化,提高材料研发的效率。
最后,高通量计算是一种利用计算机自动化进行大规模计算的方法。
高通量计算可以对大量材料进行快速计算,预测材料的性质和行为。
高通量计算可以通过高级算法和数据分析方法,自动化地进行模拟和预测,为研究人员提供大量的材料信息。
高通量计算能够快速筛选和优化材料,加速新材料的发现和研发过程,为材料科学的发展做出了重要贡献。
综上所述,计算材料学方法在新材料研发中具有重要的应用价值。
密度泛函理论可以预测材料的电子结构和性质,分子动力学模拟能够模拟材料的力学行为和热学性质,晶体结构预测方法有助于发现新的材料结构,高通量计算能够快速筛选和优化大量材料。
计算材料学(第一性原理-密度泛函理论-分子动力学)-md.共101页文档
6、最大的骄傲于最大的自卑都表示心灵的最软弱无力。——斯宾诺莎 7、自知之明是最难得的知识。——西班牙 8、勇气通往天堂,怯懦通往地狱。——塞内加 9、有时候读书是一种巧妙地避开思考的方法。——赫尔普斯 10、阅读一切好书如同和过去最杰出的人谈话。——笛卡儿
计算材料学(第一性原理-密度泛函理 论-分子动力学)-md.
51、没有哪个社会可以制订一部永远 适用的 宪法, 甚至一 条永远 适用的 法律。 ——杰 斐逊 52、法律源于人的自卫本能。——英 格索尔
53、人们通常会发现,法律就是这样 一种的 网,触 犯法律 的人, 小的可 以穿网 而过, 大的可 以破网 而出, 只有中 等的才 会坠入 网中。 ——申 斯通 54、法律就是法律它是一座雄伟的大 夏,庇 护着我 们大家 ;它的 每一块 砖石都 垒在另 一块砖 石上。 ——高 尔斯华 绥 55、今天的法律未必明天仍是法律。 ——罗·
密度泛函理论与从头计算分子动力学
EXC = drρ(r) xc[ρ(r)] (2.13)
至 于 交 换 关 联 势EXC的 具 体 表 达 式 不 断 有 著 者 给 出 。 目 前 用 的 最 广 泛 的 是Cepeley和Alder在 八 十 年 代 用Monte Carlo方 法 导 出 的 解 析 表 示(Phys.Rev.lett(566568)Vol.45.No.7)。从方法推导近似来看,LDA只局限于那些电子密度缓变的系统。因 而,在1996年,Perdew,Burke,Ernzerhof把它推广到包括电子梯度密度在内的函数,并给 出了解析表示式。称为GGA方法。(Generalized Gradient Approximation.Phys.Rev.lett Vol.77.No.8(3895-3897)),如包含电子自旋极化(LSD)情况在内,则(2.13)可写为
传统的,如果给定原子坐标{ RI},由从头计算方法推导离子间相互作用势V[{ RI}],然后 进行第一性原理的分子动力学模拟,一般有三个基本步骤,即在每个MD 过程中:(1)对于给定 的{ RI}求解自洽的KS方程.(2)根据Hellman–Feymam的力定理计算每个离子受到的力.(3) 求解牛顿运动方程
速降法的有效性取决于波函数达到收敛的有效步数,这个步数可能很多,特别是在低 对称下,人们也做了许多改善速降法的尝试,如有更复杂的积分方程,以及改善的速降 法,及共扼梯度法等等。
象速降法及共扼梯度法这样的算法在哈密顿量Hˆ K S 作用到φi 的每步计算中都需要适当 的正交化操作。如果φi是用平面波展开的(设N个单电子轨道均用M个平面波展开), 则解HKSφi就需要NM 2次浮点计算。加上正交化需要N 2M次操作,计算量很大。为了减少 计算量,可以把算符HK S 分成动能项与势能项,动能项在倒格矢空间是对角的,作用到
第一性原理分子动力学
3. 应用
n 材料物性模拟 n 化学反应机制研究
PRL (Physical Review Letters)
n 也译作物理评论快报,是一本声誉卓版。
n 物理学类顶级杂志
2. 计算框架
n 第一性原理分子动力学模拟可归结为 l 电子系统动力学计算 l 电子和离子耦合系统动力学计算
电子系统动力学计算(第一过程) 1、根据电子系统动力学计算原子初始构型的基态单电子轨 道波函数 2、根据DFT计算电子体系的总能和离子间的相互作用势能; 3、计算电子波函数正交化产生的虚拟力,求解运动方程, 得到新体系的电子波函数; 电子和离子耦合系统动力学计算(第二过程) 根据第一过程的计算结果即可计算离子运动方程中的虚 拟力,求解离子运动方程并得到t+Δt时刻的离子坐标。
第一性原理分子动力学
理论基础
计算框架
应用
1. 理论基础
n 第一性原理分子动力学:密度泛函理论与分子
动力学相结合
n 电子的状态由KS方程进行描述;离子的运动
状态由经典的牛顿方程描述。
n 离子受到的力包括:DFT理论中HK定理导出
的电子状态对离子作用的贡献。
n 代表性计算软件:CPMD
理论基础
n 与CPMD并行发展的分子动力学: Ø 从头计算分子动力学 Ø 第一性原理分子动力学 Ø 波恩-奥本海默分子动力学
计算化学-4.从头计算法原理
无需经验参数
可解释性强
从头计算法不需要引入经验参数,只需要 根据量子力学原理进行计算即可,因此计 算过程相对客观。
由于从头计算法基于量子力学原理,因此 其计算结果具有很强的可解释性,能够深 入揭示分子的性质和行为。
缺点
计算量大
由于从头计算法需要基于量 子力学原理进行大量的数学 运算,因此计算量较大,需 要高性能计算机才能完成。
薛定谔方程的求解难度,提高计算效率。
在从头计算法中,根据不同的近似方法,可以得到不 同的波函数和电子密度,进而描述分子的电子结构和
性质。
03
从头计算法的实施步骤
基组选择
基组是用于描述电子状态的函 数集,选择合适的基组是计算
化学中的重要步骤。
基组大小(基组轨道数)会 影响计算精度和计算量,通 常需要根据计算精度要求和
在从头计算法中,通过求解薛定谔方程得到波 函数,进而计算电子密度,以描述分子的电子 结构和性质。
近似方法
量子力学中的薛定谔方程是一个高度非线性的偏微分 方程,求解难度较大。为了简化计算过程,从头计算
法中采用了一些近似方法。
最常用的近似方法包括:Born-Oppenheimer近似、 Hartree近似和Pauli近似等。这些近似方法可以降低
环境化学
从头计算法可以模拟和预测有毒 有害物质的性质和行为,为环境 污染治理和保护提供理论支持。
从头计算法的历史与发展
历史
从头计算法最早起源于20世纪50年代,经过几十年的发展,已经成为计算化学 领域的重要分支。
发展
随着计算机技术的不断进步和算法的改进,从头计算法的精度和可靠性不断提 高,应用范围也不断扩大。未来,从头计算法将继续发展,并与其他计算化学 方法相结合,为解决复杂化学问题提供更多有效的手段。
谷氨酰胺热分解机理的从头算研究
谷氨酰胺热分解机理的从头算研究文章目的本文旨在从头模拟谷氨酰胺(Glu)的热分解反应机理,以更好地理解它的分解与核热化学反应有关的物理和化学过程。
文章方法为了研究谷氨酰胺的热分解机理,本研究构建了一种分子动力学方法,利用分子力场(MMFF94)进行模拟。
由于谷氨酰胺中的氮原子有较高的共价度,本文还考虑了反应中引入多酸性离子交换剂(PIE)以加速反应的进行。
在反应温度为102 K和50 K下,温度步长为25 K,共运行了200 ps的分子动力学模拟,使之保持在NVT(弹性相变温度)的温度模型下。
±2.0 kcal/mol的结合能限制条件来获得准确的反应温度。
本研究中使用的分子动力学软件是CPMD(版本3.14.1.0),此外,还使用了密度泛函理论(DFT)进行研究和理论分析,使用其B3LYP级别的组态计算。
文章结果本文得出以下结论:(1)在谷氨酰胺高温热分解过程中,引入多酸性反应媒介或离子交换剂(PIE)可以有效促进反应。
(2)分子动力学模拟的反应机理表明,在低温条件下,反应的中间体主要由氧化谷氨酰胺开始,然后通过C-N水解和碳氢分裂产生分子氧化物CH2NO2。
(3)密度泛函理论(DFT)的分子模拟结果显示,谷氨酰胺是在102 K下首次发生氧化的。
(4)DFT的计算结果表明,谷氨酰胺的氧化的反应活化能项是- 55.5 kcal / mol,碳氢分裂的活化能项是-38.6 kcal / mol。
文章结论本文研究结果表明,在低温条件下,谷氨酰胺经过氧化和C-N水解,可生成一系列分子氧化物,而且引入多酸性反应媒介或离子交换剂(PIE)可有效促进反应。
本文研究可以为核实验室测量谷氨酰胺热分解反应机理提供重要的理论基础和参考。
dft和md方法研究固态电解质构效关系
dft和md方法研究固态电解质构效关系
固态电解质是一种具有高离子导电性质的固体材料,可应用于固态电池等领域。
研究固态电解质的构效关系可以帮助开发出具有高离子导电性能和稳定性的材料。
DFT(密度泛函理论)和MD(分子动力学)方法是常用的研究固态电解质构效关系的计算方法。
DFT方法利用基态电子密度来计算材料的物理和化学性质。
它可以用来计算固态电解质的离子传输路径、离子迁移能垒、电子结构等参数。
通过对不同结构和化学组成的固态电解质进行DFT计算,可以预测材料的离子导电性和稳定性。
MD方法则模拟固态电解质中粒子的运动行为,可以研究材料的离子扩散和离子传输动力学过程。
通过MD模拟,可以计算固态电解质中离子的扩散系数、离子迁移速率等参数,并研究材料的晶体结构和动力学性质。
通过结合DFT和MD方法,可以综合考虑固态电解质的结构、电子能带结构、离子迁移动力学等方面的信息,从而深入理解和揭示固态电解质的构效关系。
这种研究方法可以指导固态电解质材料的设计和优化,提高固态电解质的离子导电性和稳定性。
从头计算分子动力学
第18卷 第1期1998年 3月物 理 学 进 展PRO CR ESS I N PH YS I CSV o l.18,N o.1M arch.,1998从头计算分子动力学赵宇军 姜明 曹培林(杭州 浙江大学物理系 310027)提 要Car、Parrinello首次提出的从头计算分子动力学方法有机地结合了密度泛函理论和分子动力学技术,是目前计算机模拟实验中最先进最重要的方法之一。
本文简要地阐述了从头计算分子动力学方法的原理和具体实现,以及近年来这一方法的发展和重要应用。
一、引 言分子动力学计算机模拟是研究复杂的凝聚态系统的有力工具[1,2]。
这一技术既能得到原子的运动轨迹,还能象做实验一样作各种观察。
对于平衡系统,可以在一个分子动力学观察时间(observa tion ti m e)内作时间平均来计算一个物理量的统计平均值,对于一个非平衡系统过程,只要发生在一个分子动力学观察时间内(一般为1~10p s)的物理现象也可以用分子动力学计算进行直接模拟。
可见数值实验是对理论和实验的有力补充,特别是许多与原子有关的微观细节,在实际实验中无法获得,而在计算机模拟中可以方便地得到。
这种优点使分子动力学在材料科学中显得非常有吸引力。
因为许多人们感兴趣的领域,如晶格生长、外延生长(ep itaxy)、离子移植、缺陷运动、无定型结构(am orp hous structu re)、表面与界面的重构等问题,原则上都可以进行计算机模拟研究。
分子动力学假定原子的运动是由牛顿运动方程决定的,这意味着原子的运动是与特定的轨道联系在一起的。
当核运动的量子效应可以忽略,以及绝热近似严格成立时,分子动力学的这一假定是可行的。
绝热近似也就是要求在分子动力学过程中,每一时刻电子均要处在相应原子结构的基态。
大多数情形下,这一条件都是满足的。
要进行分子动力学模拟需要知道原子间正确的相互作用势,从而必须知道相应的电子基态。
电子基态的计算是一个非常困难的量子多体问题。
dft ab initio 分子动力学 材料计算分类与区别
dft ab initio 分子动力学材料计算分类与区别【实用版】目录1.引言2.DFT ab initio 方法的介绍3.分子动力学的介绍4.材料计算的分类与区别5.总结正文1.引言计算材料科学是现代材料研究中的重要分支,其方法包括密度泛函理论 (DFT) ab initio 方法、分子动力学等。
这些方法在材料的研究与设计中发挥了重要作用。
本文将对 DFT ab initio 方法、分子动力学以及材料计算的分类与区别进行介绍。
2.DFT ab initio 方法的介绍DFT ab initio 方法是一种基于密度泛函理论的从头算方法,用于研究材料的电子结构和性质。
这种方法通过对体系的电子密度进行自洽计算,可以得到体系的能量、力常数、结构参数等重要信息。
DFT ab initio 方法广泛应用于晶体、非晶体、分子等体系的研究。
3.分子动力学的介绍分子动力学是一种基于牛顿力学的分子模拟方法,用于研究分子体系的动态行为。
分子动力学通过计算分子体系的势能曲面,模拟分子在势能曲面上的运动,从而得到分子体系的动态结构和动力学性质。
分子动力学广泛应用于高分子、液晶、生物体系等研究领域。
4.材料计算的分类与区别材料计算主要分为以下几类:(1) DFT ab initio 方法:主要用于研究材料的电子结构和性质,适用于晶体、非晶体、分子等体系。
(2) 分子动力学:主要用于研究分子体系的动态行为,适用于高分子、液晶、生物体系等。
(3) 蒙特卡洛模拟:通过随机抽样方法,模拟材料体系的微观行为,用于研究材料的宏观性质。
(4) 量子力学方法:包括量子力学从头算 (QM/DFT) 等方法,用于研究材料的电子结构和性质。
(5) 实验模拟方法:如分子动力学模拟、蒙特卡洛模拟等,用于模拟实验过程,以提高实验效率。
5.总结DFT ab initio 方法和分子动力学是计算材料科学中的重要方法,它们在材料的研究与设计中发挥了重要作用。
双分子反应全维从头算势能面和微观动力学的开题报告
双分子反应全维从头算势能面和微观动力学的开题报告双分子反应是化学反应中的一种基本类型,其涉及到两种分子中的原子之间的相互作用。
为了更好地理解这类反应的本质和它们发生的微观过程,我们需要进行全维从头算的势能面计算和微观动力学模拟。
本项目的研究目的是用量子力学方法计算双分子反应的势能面,并使用分子动力学方法对反应的微观动力学进行模拟。
具体来说,我们将采用从头算方法,通过密度泛函理论(DFT)在分子结构水平上计算势能面。
核心部分的程序包括VASP、Gaussian 等。
这里我们将研究以下双分子反应:单甲醛和氢分子的加成反应H2 + HCHO →H3CO。
我们的研究将涉及到以下方面:1. DFT计算体系结构:在计算硅墨烯的能带结构之前,我们将基于DFT实现单甲醛、氢分子和H3CO体系的几何构型优化,并提取所需的结构参数(如键长和键角),用于势能面的计算。
2. 势能面计算:我们将使用TURBOMOLE、Gaussian和VASP等从头算软件包,在分子结构水平上计算H2+HCHO->H3CO反应的势能面。
计算过程将在不同的几何构型下进行,并且考虑不同的解离分子之间的相互作用。
3. 分子动力学模拟:通过使用GROMACS软件,我们将对反应过程进行分子动力学模拟,研究反应的微观动力学,包括反应轨迹、反应速率、能量散射和动量散射。
我们希望通过这种方式更好地理解反应的中间状态和转化。
本项目的结论将涵盖双分子反应H2+HCHO->H3CO的势能面,以及反应的微观动力学过程。
这将有助于我们更深入地理解反应机理和反应控制,为相关材料的研究提供基础。
dft ab initio 分子动力学 材料计算分类与区别
dft ab initio 分子动力学材料计算分类与区别摘要:1.引言:简要介绍DFT、ab initio分子动力学及材料计算的基本概念2.DFT与ab initio分子动力学的区别2.1 理论基础2.2 应用范围3.DFT与材料计算的关系3.1 计算方法3.2 应用实例4.ab initio分子动力学与材料计算的区别4.1 计算方法4.2 应用实例5.总结:DFT、ab initio分子动力学及材料计算在科学研究中的地位与作用正文:随着科学技术的不断发展,量子化学计算方法在材料科学、生物学、化学等领域发挥着越来越重要的作用。
其中,密度泛函理论(DFT)、ab initio分子动力学以及材料计算等技术在材料研究中具有广泛的应用。
本文将对DFT、ab initio分子动力学以及材料计算的概念、区别和应用进行简要介绍。
首先,我们来了解一下DFT。
密度泛函理论(DFT)是一种基于量子力学的计算方法,它可以用于研究分子、晶体等体系的结构、性质和反应。
DFT通过求解体系的哈密顿量,得到体系的基态或激发态密度,从而预测其物理和化学性质。
DFT在材料研究中具有重要意义,可以用于预测新材料的性能、探索化学反应机制等。
其次,ab initio分子动力学是一种基于第一性原理的计算方法。
它通过求解体系的运动方程,模拟分子或晶体的动力学行为。
与DFT相比,ab initio分子动力学更注重研究体系的时间演化过程,可以提供更丰富的动力学信息。
ab initio分子动力学在材料科学中的应用主要包括研究材料的热力学性质、相图、力学性能等。
接下来,我们来探讨DFT、ab initio分子动力学与材料计算的关系。
材料计算是一种基于计算机模拟的方法,通过求解材料的哈密顿量或运动方程,预测其宏观性质。
DFT和ab initio分子动力学都可以看作是材料计算的一种实现方式。
DFT更适用于研究体系的静态性质,而ab initio分子动力学则适用于研究体系的动力学行为。
晶体表面能计算
晶体表面能计算
计算方法
目前晶体表面能计算的常用方法包括密度泛函理论(DFT)和分子动力学模拟(MD)。
DFT是一种基于量子力学的计算方法,可以精确计算晶体表面的能量和结构,但计算量较大。
MD是一种经典力学的计算方法,可以模拟晶体表面的动态行为,但对于反应过程的描述能力较弱。
计算过程
晶体表面能计算的基本步骤包括几何优化、能量计算和表面性质分析。
首先,需要选择适当的模型和晶面,并进行几何结构的优化,使得晶体表面达到最低能量状态。
然后,计算优化后的晶体表面的能量,得到表面能的数值。
最后,通过对表面能的分析,可以获得一系列表征晶体表面性质的参数,比如表面能的各向异性、表面形貌等。
应用领域
晶体表面能计算在材料科学和催化领域有着广泛的应用。
通过计算晶体表面能,可以预测材料的晶体生长行为、表面稳定性,指导新材料的设计和合成。
在催化领域,晶体表面能计算可以揭示催化剂的活性位点和表面反应机理,为新型催化剂的设计和优化提供理论指导。
发展趋势
随着计算能力的提高和计算方法的发展,晶体表面能计算正逐渐成为材料科学研究和催化领域设计的重要工具。
未来,我们可以预期晶体表面能计算将更加精确、高效,并与实验相结合,共同推动材料科学和催化领域的发展。
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(2.16)
δE 上式中的点· 代表对时间的微分。变分 δφ ∗ = HKS φi ,依赖于φi ,求解上式时,为保证波
函数的正交性,还得加上一个约束条件,虚拟动力学方程是: ˙ i (r, t) = − φ δE δφ∗ i (r, t) +
j
∧ij φj
(2.17)
实际上,先用无约束的动力学方程(2.16)计算φi ,然后通过适当的正交化过程对φi 进行 ˙ i = 0 ,即HKS φi = j ∧ij φj ,把相应的约束 修正,并得到系数∧ij 。当系统达到极小值时,φ 矩∧ij 对角化后,既可以得到KS方程的本征矢与本征值。经验表明,对于一定的体系坐 标E只有一个极小值。这样速降法也能得到能量极小值。这种方法与传统的方法相比省去 了大量的对角化计算。 速降法的有效性取决于波函数达到收敛的有效步数,这个步数可能很多,特别是在低 对称下,人们也做了许多改善速降法的尝试,如有更复杂的积分方程,以及改善的速降 法,及共扼梯度法等等。 ˆ KS 作用到φi 的每步计算中都需要适当 象速降法及共扼梯度法这样的算法在哈密顿量H 的正交化操作。如果φi 是用平面波展开的(设N个单电子轨道均用M个平面波展开), 则解HKS φi 就需要NM 2 次浮点计算。加上正交化需要N 2 M次操作,计算量很大。为了减少 计算量,可以把算符HKS 分成动能项与势能项,动能项在倒格矢空间是对角的,作用到
xc (r )只取决于该点的ρ(r )
,整个系统的交换关联能为
xc [ρ(r )]
EXC =
drρ(r)
(2.13)
至 于 交 换 关 联 势EXC 的 具 体 表 达 式 不 断 有 著 者 给 出 。 目 前 用 的 最 广 泛 的 是Cepeley和Alder在 八 十 年 代 用Monte Carlo方 法 导 出 的 解 析 表 示(Phys.Rev.lett(566568)Vol.45.No.7)。从方法推导近似来看,LDA只局限于那些电子密度缓变的系统。因 而,在1996年,Perdew,Burke,Ernzerhof把它推广到包括电子梯度密度在内的函数,并给 出了解析表示式。称为GGA方法。(Generalized Gradient Approximation.Phys.Rev.lett Vol.77.No.8(3895-3897)),如包含电子自旋极化(LSD)情况在内,则(2.13)可写为
i=1 N
drdr
ρo (r)ρo (r ) + |r − r |
Vext [ρ]dr + EXC [ρo ] (2.9)
(2.10)
φ∗ i (r )φi (r ) dr
(2.11) (2.12)
ˆef f = Vext (r) + V
ρ(r ) δEXC [ρ] + δρ(r) |r − r |
2
多不同的方法,这些方法可以用Kohn-Sham方程的有效Hamiltonian的各部分和波函数构造 上的考虑进行归类,如图一所示 传统的DFT―LDA是预言多电子体系基态性质的理论。对于激发态性质的描述总是与 实验不符合,这固然因为(1)激发态本身存在着复杂性质。(2)DFT―LDA理论存在 着对激发态描述困难。此外,对于具有强关联相互作用体系LDA理论描述不够好。因而 发展出LDA+U和LDA++等方法。此外关于大原子数的复杂体系,近几年来发展了各种 线性标度的方法,也称为O(N)算法。为研究复杂体系提供了有力的工具。
传统的,如果给定原子坐标{ RI },由从头计算方法推导离子间相互作用势V[{ RI }],然后 进行第一性原理的分子动力学模拟,一般有三个基本步骤,即在每个MD 过程中:(1)对于给定 的{ RI }求解自洽的KS方程.(2)根据Hellman–Feymam的力定理计算每个离子受到的力.(3) 求解牛顿运动方程 ¨ I = −∇R V MI R I 但需要同时对电子和离子的自由度进行优化(Bendt,Zunger).利用速降法,通过下面的方 程组就可以简单的实现这样的想法. ˙ i = − δE + µi φ δφ∗ i ∧ij φj
6 波函数φi 上只需O(NM)次操作。势能Vef f 是局域的,则作用到波函数φi 上也可方便的用 快速付立叶变换技术(FFT)在实空间计算, 也只要O(NMln M )次操作。因而工作量以线性 或O(NMln M )次增长,这与传统的标准对角化技术相比,工作量有显著减小.
$ 2.4 局域密度近似下的离子间相互作用势的计算
(2.9)–(2.12)式就构成了KS方法的基本方程组。 遗憾的是,它还是形式上的东西,因为包含电子多体效应交换关联效应的EXC 的具体 表达式还不清楚,需作某种近似.现在广泛应用的是局域密度近似(LDA),即把非均匀 电子系统分割成一些小块。在这些小块中认为电子分布是均匀的。这样r处的子块中的交 换关联能密度
LSD EXC [n ↑, n ↓] =
d3 r n
unif xc [n
↑, n ↓]
(2.14)
而在GGA下,则为LSD [n ↑, Fra bibliotek ↓] = EXC
d3 r f (n ↑, n ↓, ∇n ↑, ∇n ↓)
(2.15)
5 现在GGA方法已经得到广泛的应用。总之,局域密度泛函理论,自上世纪60年代提出以 来,经过许多人的发展与完善,已广泛的应用于各领域多原子体系的电子结构计算。由于 在此理论近似下,单电子运动方程中的交换关联势形式简单,使计算工作量大大减少。因 此,现在大多数能带或者原子集团模型中的计算方法,都是在局域密度泛函理论近似的基 础上建立起来的。
$ 2.2 Kohn-Sham方程
K―S方程诞生于1965年,K―S方程提出后,才真正使DFT成为实际计算可能。设总能 量函数Ee [ρ] (包括电子间相关能)及在Hartree-Fock近似下的总能量函数为EHF [ρ](不包 括电子间相关能) 则 Ee =T+V (2.5) EHF = T0 + (VH + VX ) (2.6)
$ 2.3 Kohn-Sham方程的求解
在传统的固体,分子的局域密度泛函电子结构计算中,KS自洽方程组一般可以这样求 解:先给定一个电荷ρo (r),比如说可以选用各原子电荷密度的迭加,然后代入(2.12)计算有 ˆ KS 的本征矢。即φi (r)。然后可以求得新的分 效势Vef f ,再通过对角化来求解(2.10) ,得到H 布电荷密度ρo (r),继续进行迭代直致自洽。由于对角化计算工作量以M 3 增加(M为KS轨 道展开所需基函数的个数),因而对有数百个原子的系统工作量非常庞大。 KS方程组也可以通过其它方法解。为了求得能量泛函对电子密度变分的最小值,我们 可以在电子自由度φi 的空间中引入一个虚拟的动力学过程,来使泛函达到极小值。最简单 动力学考虑是速降法。 ˙ i (r, t) = − φ δE δφ∗ i (r, t)
VC VX
(2.7)
4 =T0 +VH +(VX + VC )
VXC
(2.8)
这里VXC 被称为交换–关联势函数,这样总能量泛函可以写为 EVext [ρ] = T0 [ρ0 ] + (1/2) 这里交换关联势可由下式给出 ˆXC = δEXC [ρ] V δρ 对应的系统哈密顿量(通常称为KS哈密顿量)写为 ˆ ks φi = [− 1 ∇2 + V ˆef f ]φi = Ei φi H 2 i 这里单粒子波函数满足 ρ( r ) =
V
T,V为严格的动能及电子间的势能函数。T0 为无相互作用的电子气动能,VH 为电子间 的库仑能,VX 为电子间交换能。因而,不难得到上述两种体系下能量差别仅仅在于电子 相关能VC . 则 VC =Ee − EHF =T-T0 则HK的普适函数FHK 可以写为: FHK = T +V +T0 −T0 = T0 +V +(T − T0 ) = T0 +V +VC +VH −VH = T0 +VH +VC +(V − VH )
$ 2.1 Hohenberg-Kohn定理
1964年,HK提出HK两个定理: ˆ的 1) 多电子系统在外场势Vext 作用下,其基态的电子密度ρ(r), 与基态下任意力学量O 可观测量是一一对应的,且是严格的基态电子密度ρ(r)的泛函. ˆ |Ψ >=O[ρ] < Ψ|O (2.2) ˆ 为哈密顿量H ˆ ,则基态的总能量函数H[ρ]=EV ext [ρ]具有如下形式 2) 若O ˆ+V ˆ |Ψ >+< Ψ|V ˆext |Ψ > EV ext [ρ]=< Ψ|T (2.3) 而对任意多电子体系的普适量FHK [ρ]为 ˆ+V ˆ |Ψ > FHK [ρ]=< Ψ|T EV ext [ρ]=FHK [ρ]+ ρ(r)Vext (r)dr 这里,我们不准备证明上述两个定理,只说明如下3点 1)任何ρ与力学量或势之间存在一一对应性(one to one correspondence) 2)普适函数FHK [ρ]可以很容易用密度算符表示。 3)HK第二定理可以使我们利用变分定理,通过求能量极小值来获得基态的电子密度。 (2.4)
$ 2 基本理论
首先,对包括诸多电子,离子,原子的凝聚态体系来说,面临的首要问题是,由于原 子核较重而且运动中无法跟随电子的运动。因而可以把电子与原子分开考虑,原子实作为
3 带有正电荷的外场存在。这就是所谓的绝热近似或称BO近似(Born–Oppenheimer).因而 我们可以把电子的哈密顿量写成 ˆ =T ˆ+V ˆ +V ˆext H (2.1)
密度泛函理论与从头计算分子动力学
$ 1 引言
自从上世纪60年代以来,密度泛函理论(DFT)建立.并在局域密度近似(LDA)下导出著名 的Kohn-Sham(KS)方程以来,DFT一直是凝聚态物理领域计算电子结构及其特性的最有力 的工具. 近几年来DFT与分子动力学相结合,在材料设计,合成,模拟计算和评价诸多方面有 明显进展,成为计算材料科学的重要基础和核心技术. 特别在量子化学计算领域,1987年以 前主要用Hartree-Fock(HF)方法.但近年来,用DFT的工作以指数增加.以致于HF方法应用已 经相当少.W.Kohn因提出DFT获得1998年诺贝尔化学奖. 已经表明了DFT在计算化学领域 的核心作用与应用的广泛性. 分子动力学计算机模拟是研究复杂的凝聚态系统的有力工具.这一技术既能得到原 子的运动轨迹,还能像做实验一样作各种观察.对于平衡系统,可以在一个分子动力学观 察(observation time)内作时间平均来计算一个物理量的统计平均值.对一个非平衡系统过 程,只要发生在一个分子动力学观察时间内(1-10ps)的物理现象也可以用分子动力学计算进 行直接模拟.可见数值实验对理论与实验的有力补充,特别是许多与原子有关的微观细节,在 实验中无法获得而在计算机模拟中可以方便的得到. DFT与分子动力学(MD)相结合可以有大量不同类型的应用. 如晶格生长,外延生长,离 子移植,缺陷运动,无序结构,表面与界面的重构,电离势的计算,振动谱的研究,化学反应的 问题,生物分子的结构,催化活性位置的特性以及材料电子结构和几何结构.固,液体的相变 等.现在这些方法已发展成为成熟的计算方法.DFT 的另一个特点是,它提供了第一性原 理(first-principal)或称为从头计算的理论框架.在这个框架下可以发展各种各样的能带计 算方法.虽然在DFT的所有这些实际应用中,几乎都采用局域密度近似(LDA),这是一种不能 控制精度的近似,因而DFT方法的有效性在很大程度上要看结果与实验的一致性.人们没 有任何直接的方法可以改善LDA的精度. 然而DFT允许发展别的方法加以补充.例如广义 梯度近似(GGA)等方法,把密度分布n(r )的空间变化包括在方法之中,实现了比较大幅度减 少LDA误差的目的. 相比较传统的量子化学方法,如组态相互作用(CI)方法,DFT+MD方法显然可以用于数 百个原子的大分子体系.但对于具有强关联相互作用的体系,似乎化学家更愿意应用CI方 法.而对于凝聚态物理领域,DFT+MD方法可以相当精确的计算材料的电子结构和相应的 许多物性. 在DFT获得巨大成功的同时,也有些不可忽视的弱点与困难.针对这些问题已经发展了许