ImageJ分析电泳条带灰度
imagelab 算条带灰度值
imagelab 算条带灰度值
摘要:
1.介绍ImageLab 工具
2.讲解如何使用ImageLab 计算条带灰度值
3.总结ImageLab 在图像处理领域的应用
正文:
ImageLab 是一款功能强大的图像处理软件,广泛应用于遥感、医学、科研等领域。
今天,我们将以ImageLab 为例,向大家介绍如何计算条带灰度值。
首先,我们需要准备一些图像数据,可以通过遥感影像、摄像头捕捉的图片等方式获取。
然后,利用ImageLab 的打开功能,将图像数据导入软件中。
接下来,我们进行图像预处理,包括图像配准、裁剪、滤波等操作,以便更好地计算条带灰度值。
在ImageLab 中,这些操作都可以通过简单的拖拽、点击等方式完成。
完成预处理后,我们开始计算条带灰度值。
在ImageLab 中,可以通过以下步骤实现:
1.选择计算区域:在软件中框选出需要计算灰度值的范围。
2.选择计算方法:ImageLab 提供了多种计算方法,如平均值、中位数、最大值等。
选择合适的方法后,软件会自动计算出条带灰度值。
3.导出结果:将计算得到的条带灰度值导出为Excel、CSV 等格式,方便
后续分析。
计算条带灰度值只是ImageLab 在图像处理领域的一个应用。
除此之外,ImageLab 还具备丰富的功能,如图像增强、分类、特征提取等。
通过这些功能,我们可以从图像中挖掘更多有价值的信息,为科研和实际应用提供有力支持。
总之,ImageLab 作为一款强大的图像处理软件,可以帮助我们轻松计算条带灰度值,同时还能应用于其他图像处理任务。
imagelab 算条带灰度值
imagelab 算条带灰度值摘要:1.介绍ImageLab 及其功能2.解释条带灰度值的概念3.说明如何使用ImageLab 计算条带灰度值4.讨论计算条带灰度值的应用和重要性正文:ImageLab 是一款功能强大的图像处理软件,广泛应用于生物学、医学和材料科学等领域。
它能够实现多种图像处理功能,例如图像增强、滤波、分割、测量等,为科研工作者提供了极大的便利。
在ImageLab 中,条带灰度值是一个重要的参数,用于衡量图像中条带区域的灰度水平。
条带灰度值是指图像中条带区域的平均灰度值。
在生物学和生物技术领域,条带常常出现在电泳图、Western Blot 和免疫组化等实验图像中。
这些条带通常表示蛋白质或其他生物大分子的分布情况,对于分析实验结果具有重要意义。
因此,计算条带灰度值是ImageLab 中常见的操作之一。
要使用ImageLab 计算条带灰度值,可以按照以下步骤进行:1.打开ImageLab 软件,导入需要处理的图像文件。
2.使用ImageLab 的分割功能,将图像中的条带区域与背景进行区分。
可以使用阈值分割、区域生长等方法实现。
3.对分割后的条带区域进行灰度值计算。
可以选择整个区域,也可以选择特定的子区域。
计算方法可以是求平均值、中值或众数等。
4.根据计算结果,可以对条带的灰度值进行分析,例如比较不同实验条件下条带的灰度值差异,评估实验结果的可靠性等。
计算条带灰度值在生物学和医学研究中具有重要应用。
通过分析条带灰度值,科研工作者可以更准确地评估实验结果,为研究提供有力的支持。
此外,条带灰度值的计算还可以应用于图像的定量分析,例如测量条带的面积、长度等参数,进一步挖掘图像中的有价值信息。
总之,ImageLab 是一款实用的图像处理软件,能够帮助科研工作者轻松地计算条带灰度值,为实验结果的分析提供有力支持。
ImageJ分析电泳条带灰度
教你使用ImageJ分析电泳条带灰度比-ImageJ使用教程
摘要:ImageJ这套软件可以自动帮你你计算细胞数,也可以定量分析DNA电泳或是Western blot条带。
ImageJ这套软件可以自动帮你你计算细胞数,也可以定量分析DNA电泳或是Western blot条带。
step 1.首先打开软件后,开启图档
step 2.请先做校正,选择Analyze底下的Calibrate选项,再选择校正的模式,使用Uncalibrate OD,再按ok
按下ok之后会出现校正的图形
Step 3.在要分析的第一条(first lane)加上一个长型框(工具列第一个选项),再按下Analyze/Gels/select first Lane快速键(Ctr+1),此时框架中会出现一个号码1,之后可以移动框架到第二个lane再选择Analyze/Gels/select second Lane快速键(Ctr+2),当然可以一直加下去,最后按Analyze/Gels/plot Lanes快速键(Ctr +3)。
Step 4.分析以后会出现图型表示你刚选择的框内的影像强度,此时可以看到有几个比较高的区段,就是我们想定量的band,使用直线工具(工具列第五个选项)先将图形中高点为有band 的区域和没有band的区域分开再,使用魔术棒工具(工具列第八个选项)点选要分析的区域。
Step 5.当我们点选分析时,在result的对话视窗会出现分析的数据,依序点选就会出现每个band的值。
注:当我们选择分析的条带也可以是横向选取,就可以只比较相同大小的DNA的含量,同样也可以应用在western blot或其它类似实验条带的分析上。
IMAGEJ灰度分析
IMAGEJ灰度分析灰度分析是一种用于图像处理和计算机视觉领域的常见工具,它可以帮助我们理解和分析图像中不同区域的强度差异。
在灰度分析中,我们通常使用灰度级别来表示图像中每个像素的亮度值,从而描述图像的不同部分。
本文将介绍灰度分析的基本概念和常用方法,并且探讨一些应用场景。
首先,让我们了解一下灰度级别的基本概念。
在图像处理中,灰度级别通常是指像素的亮度或强度值。
在大多数情况下,灰度级别是一个介于0和255之间的整数,其中0代表黑色,255代表白色。
图像中的每个像素都具有一个灰度级别,该级别决定了像素的亮度或灰度。
在灰度分析中,我们通常希望通过分析图像中不同区域的灰度级别来提取有关图像的信息。
例如,在医学图像领域,灰度分析可以用于检测和识别肿瘤等异常结构。
在机器视觉领域,灰度分析可以用于目标检测和识别,例如人脸识别或物体识别等应用。
灰度分析的一个常见方法是直方图分析。
直方图是一种用于表示图像中不同灰度级别出现频率的直方图。
通过分析直方图,我们可以获得关于图像中不同灰度级别的分布情况的信息。
例如,直方图的峰值表示图像中出现最频繁的灰度级别。
另外,直方图的形状可以提供有关图像对比度和亮度的信息。
例如,对于一个对比度较低的图像来说,其直方图可能会呈现一个更加平缓的形状,而对于一个对比度较高的图像来说,其直方图可能会呈现一个更加陡峭的形状。
除了直方图分析外,还有一些其他的灰度分析方法。
例如,我们可以使用灰度共生矩阵(Gray-level Co-occurrence Matrix,GLCM)来描述图像中不同灰度级别出现的空间关系。
GLCM可以提供关于图像纹理和结构的信息,例如纹理的粗糙度和方向性。
此外,我们还可以使用局部二值模式(Local Binary Patterns,LBP)来描述图像中不同区域的纹理特征。
LBP可以用于纹理分类和纹理检测等任务。
灰度分析在各个领域和应用中都有广泛的应用。
在医学图像处理领域,灰度分析可以用于肿瘤检测、病变分割和组织分类等任务。
10分钟Get!大牛教你用imageJ对Westernblot条带进行灰度分析!
10分钟Get!大牛教你用imageJ对Westernblot条带进行
灰度分析!
科研人员做的western blot实验一般需要对其结果扫描后进行灰度分析,一般使用的软件为Image 。
采用Image J 软件对蛋白质印迹实验结果(Western Blot)进行灰度半定量分析,是分子生物学实验中比较常用的方法,可实现对WB实验结果进行准确、简单和快速的分析。
ImageJ分析Westernblot条带图
Step 1:打开Image J, 导入图片→Image→Type→8 bit
Step 2:选择工具框中第一个矩形框选项,选中所有的条带
Step 3:点击Analyze→Gels→Plot Lanes
Step 4:选用工具框中的直线工具,将开口波峰封闭
Step 5:选用工具框中的魔棒工具,点击相应的波峰,相应area值
ImageJ分析Westernblot条带图
Step 1:打开Image J, 导入图片。
Image→Type→8 bit
Step 2:扣除背景P→rocess→Subtract Background→选择50 pixels和Lightbackground
Step 3:设定参数→Analyze→Set Measures→按照下图勾选参数
Step 4:设定参数→Analyze→Set scale→unit of length选项改为pixels
Step 5:图像分割→Edit→Invert→选用椭圆或自定义工具选中条带
Step 6:Analyze→Measure→得到 IntDen值Step 7:重复Step5、6,得到所有条带的IntDen值
以上实用干货来源于课程
30分钟精通Image J图片处理。
imageJ灰度检测
imageJ灰度检测ImagJ是一款简单的图像处理与分析软件,可以用来进行WB定量分析。
一、利用ImagJ对WB条带进行灰度分析1、File——》open 打开WB片子2、把图片转化成灰度图片image——》type——》8-bit3、消除背景影响process——》subtract background 选择50基本可以4、设置定量参数analyze——》set measurements,点击面积,平均密度和灰度值及Integrated Density5、设置单位analyze——》set scale ,在“unit of length”的方框里输入“pixels”6、把图片转换成亮带,Edit——》invert7、选择FreehandSelection,尽量把条带圈起来,点击键盘m,出来IntDen灰度值8、复制数据IntDen进行分析二、利用ImagJ对WB条带进行密度分析1、File——》open 打开WB片子2、如条带不正,需修正image——》transform——》rotate调节angle值,直到条带水平为止3、选中矩形选项,圈中第一个条带,然后analyze——》gels——》select firstlane(快捷键ctrl+1),然后移动第一个条带上的矩形到第二个条带上,analyze——》gels——》select second lane(快捷键ctrl+2),最后analyze——》gels——》plotlanes4、选中直线工具,将开口的波峰关闭5、选中魔棒工具,点击波峰可以显示波峰下面积,即条带的密度值6、以第一个数值为基数,其他数值与第一个数值的比值为相对密度。
imagelab 算条带灰度值
imagelab 算条带灰度值摘要:1.介绍ImageLab 工具2.讲解ImageLab 处理条带灰度值的方法3.总结ImageLab 在处理条带灰度值方面的优势和应用场景正文:ImageLab 是一款强大的图像处理软件,广泛应用于遥感、地质、环境监测等领域。
它不仅可以进行基本的图像处理操作,如图像增强、滤波、分类等,还可以进行高级的图像处理任务,如条带灰度值的计算。
ImageLab 处理条带灰度值的方法非常简单。
首先,用户需要将包含条带灰度值信息的图像文件导入到ImageLab 中。
接下来,通过调用ImageLab 中的相关功能模块,对图像进行预处理,如去除噪声、对比度增强等,以便更好地提取条带灰度值信息。
最后,使用ImageLab 提供的灰度值计算工具,根据条带区域的特性,自动计算出条带灰度值。
ImageLab 在处理条带灰度值方面具有显著的优势。
首先,ImageLab 支持多种图像格式,兼容性强,用户可以根据需要选择合适的图像文件。
其次,ImageLab 具有丰富的图像处理功能,可以满足用户在处理条带灰度值过程中的各种需求。
此外,ImageLab 还提供了大量的预设参数和模板,用户可以根据实际需求选择合适的参数和模板,简化操作流程,提高工作效率。
ImageLab 在处理条带灰度值方面的应用场景非常广泛。
例如,在遥感影像处理中,ImageLab 可以用于计算地表各类地物的灰度值,从而辅助进行地物分类和信息提取。
在地质勘探中,ImageLab 可以用于分析岩层的灰度值分布,为地质研究提供依据。
在环境监测领域,ImageLab 可以用于分析水体的灰度值变化,为水质监测提供数据支持。
总之,ImageLab 作为一款功能强大的图像处理软件,在处理条带灰度值方面具有显著的优势和广泛的应用前景。
WB灰度值测定
Image J测到了WB条带灰度值关于用Image J量化westernblot条带灰度值,在网上一直盛传着两种操作方法,然鹅~小伙伴们却一直不确定到底哪种才是正确的测量灰度方法,甚至将灰度与光密度弄混淆。
今天咱们一起就这个机会学习下,请先看看你是用以下那种方法测量灰度值?以下是两种方法的具体操作。
方法一:1、打开Image J软件→左上角file→Open 选择自己的条带图片(事先把条带摆正)2、把图片转化成灰度图片:Image→type→8—bit3、第一个矩形工具→选上所有条带4、analyze→Gels→select first lane→Gels→plot lanes(在这第四步也可以分开选取,如:框选第一个条带→analyze→Gels→select firstlane→将第一个框拖移到余下条带→Gels→select nextlane)5、选中直线工具,将开口波峰关闭6、选中魔棒工具(正数第七个),点击波峰,就得出所有area值。
方法二1、打开Image J软件→左上角file→Open 选择自己的条带图片(事先条带弄正)2、把图片转化成灰度图片:Image→type→8—bit3、扣除背景:Process→Subtract Background→50pixels 并勾选Light Background5、设定参数:Analyze→set measurement→勾选Area、Mean gray value、Min & max gray value、Integrated density6、Analyze→set scale→unit of length选项里改为pixels,确定6、图像分割。
Edit→Invert→选中椭圆圈(手残党首选)/不规则圆圈(心灵手巧党义无反顾),手动圈上单个条带7、Analyze→Measurement即得到Intden,重复6、7步就得到所有Intden值小伙伴们,你们是哪种方法呢?首先先把结论说出来,其实两者得出的area和Intden严格来说都不是灰度值,前者是面积而后者是光密度值,但用来量化WB条带都是OK的。
灰度分析和细胞计数神器:ImageJ(附软件下载)
灰度分析和细胞计数神器:ImageJ(附软件下载)作者:解螺旋·叶子如需转载请注明来源:解螺旋·医生科研助手导语Image J是NIH推出的分子生物分析软件,使用方便,简单易学。
与PS比起来,Image J有个强大的优势,就是分析处理的结果比较受到普遍承认,不会被怀疑作假(小保方晴子哭晕在厕所)。
Image J用于生物医学领域最多的就是条带灰度值分析(DNA电泳或者Western Blot条带分析)和细胞计数。
来具体看看怎么操作。
条带灰度值分析打开Image J软件,在File里打开图片,并且转化为8-bit灰度图(Image→Type→8bit)。
方框工具选择并画出条带,然后选择Analyze→Gels→Select First Lane。
最后按Analyze→Gels→plot Lanes,就会出现山峰样图。
但这样是不够的,要把每个山峰分开。
这就用到了直线功能,把下面都封口后点击"魔棒"。
分别点击每个峰下方的区域,在"Results" 里就会出现面积,表示相应条带的灰度值。
如果要测多个条带的灰度,就用在Select First Lane后,点Select Next Lane来复选。
这里注意,每个框的形状大小必须是一样的。
分析图像中的颗粒数(细胞计数)打开Image J软件,在File里打开图片,并且转化为8-bit灰度图(Image→Type→8bit)。
这种黑底的图数起来非常困难,需要反相下变成白底图。
框定区域后,选择Edit→Invert。
比之前清楚多了吧,再设置下阈值(Image→Adjust→Threshold)。
经过调整后对比非常明显。
最后,进入Analyze→Analyze Particles, 键入微粒大小的下限和上限,并且选择显示轮廓(Show outlines)和显示结果(Display Results)。
点击ok,被计数的微粒将显示轮廓和编号。
Image-J-对WB进行灰度分析
Image J 对WB条带进行灰度分析Image J软件:Windows 版本第一步:软件安装1.下载地址:2.下载windows 32位带Java版本,双击软件安装。
第二步:界面介绍1.软件界面第三步:图片分析1.下图为样板图片2.导入图片:File> Open> Sample1.jpg图片导入后,Sample1.jpg在新的窗口中打开3.图片类型设置:Image> Type> 8 bit4.去除图片背景:Process> Subtract Background> …4.1Subtract Background 窗口:Rolling ball radius 设为50 pixels,勾选light background,可选preview,点击“OK”确定5.工具栏:选择“矩形选框”6.最大化“Sample1.jpg”窗口,便于矩形选择,矩形选择第一个泳道7.标记“矩形选框”为1:矩形选择后,调整矩形至合适大小,按下数字键“1”,或者Analyze> Gels> Select Fist Lane。
8.选择“泳道2”:拖动“1”的矩形框,会出现两个矩形选框,拖动矩形框至泳道2,调整位置,并按下数字键“2”,Image J 会自动调整大小使“矩形框2”与“矩形框1”保持同一水平。
9.继续拖动,会出项新的“矩形选框”,调增至泳道3,并按下数字键“2”(注意:是按下数字键“2”),重复9至6个泳道全部选择。
10.所有泳道选择后,按下数字键“3”,出现分析图谱。
11.“直线”封闭峰:工具栏选择“直线”,从起峰处至落峰处。
11.计算峰值:工具栏> Wand(tracing) tool,点下刚才封闭的区域,峰值结果出现在新的窗口中。
计算结果:。
imagelab 算条带灰度值
imagelab 算条带灰度值【最新版】目录1.介绍 ImageLab2.条带灰度值的概念3.ImageLab 实现条带灰度值计算的方法4.应用案例正文1.介绍 ImageLabImageLab 是一款图像处理软件,广泛应用于生物学、医学等领域的科研工作中。
它功能强大,能够满足科研人员在图像分析、处理和可视化方面的需求。
在基因组学、蛋白质组学等研究领域,条带图像分析是常用的一种手段。
2.条带灰度值的概念在条带图像分析中,条带灰度值是指图像中每个像素点的灰度值。
灰度值是表示图像亮度的指标,其取值范围通常为 0(黑色)到 255(白色)。
在条带图像中,灰度值的变化可以反映出不同生物标志物的表达水平。
3.ImageLab 实现条带灰度值计算的方法ImageLab 提供了多种方法来计算条带灰度值。
其中,最常用的方法是使用“Measure”工具。
具体操作步骤如下:(1)打开 ImageLab 软件,导入需要分析的条带图像。
(2)在工具栏中选择“Measure”,然后在图像上绘制需要计算灰度值的条带区域。
(3)绘制完成后,在“Measure”工具栏中选择“Statistics”,即可显示所选区域的灰度值统计信息。
(4)根据需要,可以继续绘制其他条带区域,并分别计算其灰度值。
4.应用案例假设我们有一张蛋白质电泳条带图像,需要分析其中某个目标蛋白的表达水平。
可以使用 ImageLab 的“Measure”工具,先绘制目标蛋白所在的条带区域,然后计算该区域的灰度值。
将得到的灰度值进行统计分析,可以得到目标蛋白在不同样本中的表达水平。
imagelab 算条带灰度值
题目:详解imagelab 算条带灰度值一、imagelab 算条带灰度值的作用imagelab 算法是一种用于图像处理和分析的算法,最常用于灰度值处理。
而算条带灰度值是 imagelab 算法中的一项关键功能,其作用是对图像中的条纹和灰度值进行精准计算和分析。
二、使用imagelab 算条带灰度值的方法1. 数据采集:首先需要进行图像数据的采集,可以通过摄像头或者其他图像获取设备进行采集,将图像数据输入到计算机中。
2. 数据处理:在计算机中利用 imagelab 算法进行数据处理,对图像中的条纹和灰度值进行识别和提取。
3. 灰度值计算:通过 imagelab 算法对图像中的灰度值进行精确的计算和分析,得出条带灰度值的数据。
三、imagelab 算条带灰度值的优势1. 高精度:imagelab 算法具有较高的计算精度,能够精确计算出图像中的条带灰度值,为后续的分析和处理提供可靠的数据支持。
2. 快速计算:imagelab 算法能够快速进行图像数据的处理和分析,对于大规模数据的处理具有较高的效率和速度。
3. 灵活性强:imagelab 算法可以根据不同的需求进行灰度值计算,对于不同类型的图像和条带具有较强的适应性。
四、应用场景imagelab 算条带灰度值的应用场景非常广泛,主要包括以下几个方面:1. 工业检测:在工业生产中,可以利用 imagelab 算法对产品表面的条纹和灰度值进行检测,用于质量控制和产品分析。
2. 医学影像:在医学影像处理中,imagelab 算法可以对医学图像中的灰度值进行精确计算,用于疾病诊断和医学研究。
3. 地质勘探:在地质勘探中,可以利用 imagelab 算法对地质剖面的条纹和灰度值进行分析,用于资源勘探和地质评估。
五、总结imagelab 算条带灰度值是一项在图像处理和分析领域中具有重要作用的功能,其应用范围广泛,具有计算精度高、计算速度快和灵活性强的优点。
在各个领域中都有着重要的应用价值,是图像处理技术中不可或缺的一部分。
Image J和Graphpad如何对Western Blot条带灰度分析
Image J和Graphpad如何对Western Blot条带灰度分析WB是研究蛋白表达的一个经典方法。
对于一些时间点或者是不同组织蛋白表达量的分析就涉及到量的变化。
一些凝胶成像软件带有此分析工具,比如Quantity One,Bandscan,Gel-Pro Analyzer等成像系统专用软件。
除了这些软件,还有一个比较简单的综合性质图像处理软件Image J可以很方便的进行灰度分析。
而且Image J是开源性质的免费软件,可以在其官网直接下载使用。
对Western Blot条带进行数值化有两种方法——灰度分析和光密度分析。
灰度是计算机图像分析仪根据图像颜色深浅分为256个级别。
灰度值越小物体颜色越深。
光密度是指光线通过溶液或某一物质前的入射光强度IO与该光线通过溶液或物质后的透射光强度Ib比值的对数OD=log(IO/Ib);图像分析中,入射光和透射光强度分别被切片上最亮区域的平均灰度值和待测目标平均灰度值取代,则图像分析系统的光密度值=log(切片标本最亮区域的平均灰度值(g0)/待测目标的平均灰度值(g))。
光密度值越大,物体颜色越深,阳性物质相对含量越大。
对于灰度值来说,切片标本制作时染色时间长短,以及测量时显微镜照明光源电压的大小对其影响很大。
而光密度是一个比值。
是通过计算一张切片标本最亮区域的平均灰度值与该切片标本中待测目标的平均灰度值的比值,再根据数学公式计算而来的,所以受切片标本染色时间长短及照明光源电压关系很小。
然而有研究实践显示,灰度值与光密度值二者之间存在着线性关系,都可以用来进行WB定量分析。
同样,Image J软件进行WB条带定量分析时也存在两种方法,此处只列举一种方法,具体步骤如下。
1、下载安装,并打开Image J软件。
2、导入WB条带图片。
File→Open→弹出对话框→选择文件夹→找到WB条带。
3、把图片转化成灰度图片:Image→Type→8-bit。
这时WB图片将会随之改变。
ImageJ对WesternBlot进行灰度分析
ImageJ对WesternBlot进行灰度分析Western Blotting是生物学领域常用的分析蛋白质的实验技术,它可以提供蛋白质定量和免疫印迹图像。
Western Blot的数据分析需要使用图像处理软件,ImageJ是一款免费的开源软件,是生物医学图像处理分析领域的标准工具之一。
本文将介绍ImageJ如何对Western Blot图像进行灰度分析。
背景Western Blotting技术是分析蛋白质表达及功能的一种常用方法,它可以检测蛋白质的存在、分子量、相对表达量、修饰等信息。
通常利用免疫学方法检测Western Blot膜上的蛋白质,检测后得到的结果是一张黑白图像。
这个图像需要进行处理和分析,以得到蛋白质的数量和变化。
ImageJ是一个开源的图像处理和分析软件,它可以用于各种各样的生物医学图像分析,包括Western Blotting图像分析。
ImageJ提供了灰度分析的功能,可以实现对Western Blotting图像的结果定量分析。
灰度分析可以测量Western Blotting图像的灰度值,这个值可以代表蛋白质的含量,从而实现对蛋白质表达量的分析。
安装ImageJ和导入图像在使用ImageJ进行Western Blotting图像分析前,需要先安装并打开ImageJ。
安装完成后,可以通过以下步骤导入Western Blotting图像:1.打开ImageJ并选择“File”菜单中的“Open”选项。
2.找到Western Blotting图像并选择打开。
3.如果需要对导入的图像进行调整,可以使用ImageJ提供的功能或插件进行操作。
灰度分析灰度分析是Western Blotting图像分析的一个重要步骤,旨在定量分析蛋白质的含量。
以下是使用ImageJ进行灰度分析的步骤:1.进入“Analyze”菜单并选择“Gels”选项。
2.在“Gels”菜单中,选择“Lane Profile”选项。
ImageJ和Graphpad如何对WesternBlot条带灰度分析【干货】每日生物评论
ImageJ和Graphpad如何对WesternBlot条带灰度分析【干货】每日生物评论摘要手把手教你利用Image J和Graphpad软件对Western Blot条带进行灰度分析和柱状图构建,看艾美捷干货分享。
WB是研究蛋白表达的一个经典方法。
对于一些时间点或者是不同组织蛋白表达量的分析就涉及到量的变化。
一些凝胶成像软件带有此分析工具,比如Quantity One,Bandscan,Gel-Pro Analyzer等成像系统专用软件。
除了这些软件,还有一个比较简单的综合性质图像处理软件Image J可以很方便的进行灰度分析。
而且Image J是开源性质的免费软件,可以在其官网直接下载使用。
对Western Blot条带进行数值化有两种方法——灰度分析和光密度分析。
灰度是计算机图像分析仪根据图像颜色深浅分为256个级别。
灰度值越小物体颜色越深。
光密度是指光线通过溶液或某一物质前的入射光强度IO与该光线通过溶液或物质后的透射光强度Ib比值的对数OD=log(IO/Ib);图像分析中,入射光和透射光强度分别被切片上最亮区域的平均灰度值和待测目标平均灰度值取代,则图像分析系统的光密度值=log(切片标本最亮区域的平均灰度值(g0)/待测目标的平均灰度值(g))。
光密度值越大,物体颜色越深,阳性物质相对含量越大。
对于灰度值来说,切片标本制作时染色时间长短,以及测量时显微镜照明光源电压的大小对其影响很大。
而光密度是一个比值。
是通过计算一张切片标本最亮区域的平均灰度值与该切片标本中待测目标的平均灰度值的比值,再根据数学公式计算而来的,所以受切片标本染色时间长短及照明光源电压关系很小。
然而有研究实践显示,灰度值与光密度值二者之间存在着线性关系,都可以用来进行WB定量分析。
同样,Image J软件进行WB条带定量分析时也存在两种方法,此处只列举一种方法,具体步骤如下。
1、下载安装,并打开Image J软件。
image J灰度检测
ImagJ是一款简单的图像处理与分析软件,可以用来进行WB定量分析。
一、利用ImagJ对WB条带进行灰度分析
1、File——》open 打开WB片子
2、把图片转化成灰度图片
image——》type——》8-bit
3、消除背景影响
process——》subtract background 选择50基本可以
4、设置定量参数
analyze——》set measurements,点击面积,平均密度和灰度值及Integrated Density
5、设置单位
analyze——》set scale ,在“unit of length”的方框里输入“pixels”
6、把图片转换成亮带,Edit——》invert
7、选择Freehand
Selection,尽量把条带圈起来,点击键盘m,出来IntDen灰度值
8、复制数据IntDen进行分析
二、利用ImagJ对WB条带进行密度分析
1、File——》open 打开WB片子
2、如条带不正,需修正
image——》transform——》rotate
调节angle值,直到条带水平为止
3、选中矩形选项,圈中第一个条带,然后analyze——》gels——》select first
lane(快捷键ctrl+1),然后移动第一个条带上的矩形到第二个条带上,analyze——》gels——》select second lane(快捷键ctrl+2),最后analyze——》gels——》plotlanes
4、选中直线工具,将开口的波峰关闭
5、选中魔棒工具,点击波峰可以显示波峰下面积,即条带的密度值
6、以第一个数值为基数,其他数值与第一个数值的比值为相对密度。