ChIP操作步骤
CHIP实验操作
ChIP实验操作指南国家瓜果改良中心荔枝分中心采用Bowler等（2005）的方法，具体如下：1收获2.0g花生根、茎、也、种子于一个50ml离心管中。
2加40 ml超纯水于离心管中，轻柔颠倒离心管洗材料2次。
3去掉尽可能多的水，再加入37ml 1% 甲醛，与15-25 ℃，真空放置15 min。
4 加入2.5 ml 2 M甘氨酸是离心管中的甘氨酸的终浓度为0.125 M，再真空放置5 min。
5 加40ml超纯水与离心管中，轻柔颠倒离心管洗材料2-3次。
6去掉尽可能多的水，液氮速冻后-80℃保存或直接利用。
第一天1 准备核酸提取液Extraction buffer 1、2、3，并4 ℃预冷。
2 液氮淹没样品，样品尽量磨碎，注意不用潮解样品。
3 预冷的50 ml离心管中加入预冷的30 ml核酸提取液1 ，再将样品粉末加入离心管中，轻柔颠倒混匀后放在冰上5 min.4 再拿一个50 ml离心管于冰上预冷，用两层滤膜将样品过滤入该离心管，如果滤液中仍有残渣，重复步骤4。
5 4 ℃， 3000g 离心10min。
6 小心弃上清，加入1 ml 4 ℃预冷核酸提取液2重悬浮沉淀，移入进口（或严格灭菌）的1.5ml 离心管，4 ℃，12000g离心溶液10Min.7 小心弃上清，加入300μl 4 ℃预冷核酸提取液3重悬浮沉淀,可以轻柔颠倒助匀，但要避免起泡。
（核酸提取液3很粘稠，但还是要尽量重悬浮好沉淀）。
8 在一新4 ℃预冷离心管中加300μl 4 ℃预冷核酸提取液3，再将步骤7的溶液小心加入上层，4 ℃，16000g离心溶液1h（准备步骤9，制一块1%琼脂糖凝胶，用80μl CHIP 洗液洗磁珠）。
9 准备核酸裂解液 Nuclei lysis Buffer。
10 小心弃上清，加入300μl预冷核酸裂解液，于冰上用（剪过尖端）枪头吹打溶液混匀或轻柔颠倒助匀，但要注意避免起泡。
并取出1-2μl混匀也来作为对照看超声波破碎后的对照。
CHIP技术操作步骤
CHIP技术操作步骤CHIP技术（也称为微芯片或集成电路）是一种用于制造电子设备的技术，它将数十亿个晶体管和其他电子元件集成在一个小小的硅芯片上。
CHIP技术在各个领域都有广泛的应用，包括计算机、通信、医疗和汽车等。
下面是CHIP技术操作的一般步骤：1.设计：首先，需要进行芯片的设计。
这个过程通常由专门的集成电路设计工程师完成。
设计师使用计算机辅助设计软件来创建芯片的电路图和布局。
他们还需要考虑功耗、散热和信号传输等因素。
2.掩膜制备：一旦设计完成，接下来需要制备用于芯片制造的掩膜。
掩膜是一种通过光刻技术将芯片上的电路图转移到硅片上的透明薄膜。
制备掩膜需要使用电子束或激光刻蚀等先进的技术。
3.硅片制备：在制备掩膜的同时，需要准备用于芯片制造的硅片。
硅片是一种高纯度的硅晶体，上面没有电路图。
硅片的制备通常通过铸造、切割和抛光等步骤完成。
4.光刻：一旦掩膜和硅片准备好，接下来需要进行光刻。
光刻是将掩膜上的电路图转移到硅片上的过程。
在光刻中，硅片表面涂上光刻胶，然后将掩膜放在光刻机上，通过紫外线照射，将电路图转移到光刻胶上。
5.刻蚀：一旦光刻胶上有了电路图，接下来需要进行刻蚀。
刻蚀是将光刻胶上的电路图转移到硅片上的过程。
刻蚀通常使用化学物质或离子束进行，以去除光刻胶上的多余部分。
6.清洗和检验：刻蚀完成后，需要对芯片进行清洗和检验。
清洗可以去除刻蚀过程中的残留物，确保芯片表面干净。
检验可以检查芯片上是否有缺陷或损坏。
7.封装和测试：一旦芯片制造完成，接下来需要进行封装和测试。
封装是将芯片放入塑料或陶瓷封装中的过程，以保护芯片并提供连接外部设备的接口。
测试是对芯片进行功能和可靠性测试，以确保其正常工作。
8.成品芯片：经过封装和测试后，芯片将成为最终的成品。
它可以被集成到各种电子设备中，如计算机、手机和汽车等。
总结：CHIP技术操作步骤包括设计、掩膜制备、硅片制备、光刻、刻蚀、清洗和检验、封装和测试，最终得到成品芯片。
chip基本实验步骤
基本实验步骤（1）收获细胞，加入适量细胞IP裂解缓冲液（含蛋白酶抑制剂），冰上或者4℃裂解30min, 12,000g离心30 min后取上清；（2）取少量裂解液以备Western blot分析，剩余裂解液将1μg相应的抗体和10-50 μl protein A/G-beads加入到细胞裂解液，4°C缓慢摇晃孵育过夜；（3）免疫沉淀反应后，在4°C 以3,000 g速度离心5 min,将proteinA/G-beads离心至管底；将上清小心吸去，protein A/G-beads用1ml裂解缓冲液洗3-4次；最后加入15μl的2×SDS 加样缓冲液，沸水煮10分钟；（4）SDS-PAGE, Western blotting或进行质谱分析。
一、样品处理：免疫沉淀实验成功与否，第一步处理样品非常关键。
免疫沉淀实验本质上是处于天然构象状态的抗原和抗体之间的反应，而样品处理的质量决定了抗原抗体反应中的抗原的质量，浓度以及抗原是否处于天然构象状态。
所以制备高质量的样品以用于后续的抗体-agarose beads孵育对免疫沉淀实验是否成功非常关键。
在这个环节中，除了要控制所有操作尽量在冰上或者4°完成外，最为关键的是裂解液的成份。
用于免疫沉淀实验的样品一般是原代培养细胞裂解液或者细胞系裂解液。
我们以常用的RIPA裂解液为例（主要含有pH7.4左右的离子缓冲液，接近生理浓度下的NaCl,一定比例的去垢剂和甘油以及各类蛋白酶抑制剂等）来说明其各主要成份的用途，进而帮助我们如何针对不同的实验目的和不同的蛋白质特性来选择最佳的裂解液。
a. 缓冲液：离子缓冲液常采用pH7.4的Hepes或者Tris-Cl。
b. NaCl浓度一般习惯用150 mM,这主要是因为150 mM接近生理浓度，不会破坏蛋白质之间的相互作用。
然而细胞内部的NaCl浓度并不是均一的，局部NaCl 的浓度可以低到50 mM,150 mM的NaCl有可能会破坏这个区域的蛋白质相互作用。
chip操作步骤
磁珠吸附法chip操作步骤及试剂配方1、每盘细胞（8ml培液），加入11×Fixation solution 800ul使得甲醛的终浓度为1%，fixation solution为现配，室温摇床10min。
(甲醛能有效的使蛋白质-蛋白质，蛋白质-DNA，蛋白质-RNA交联，形成生物复合体，防止细胞内组分的重新分布。
甲醛的交联反应是完全可逆的，便于在后续步骤中对DNA和蛋白质进行分析; 交联时间如果过长，细胞染色质难以用超声波破碎，影响ChIP结果，而且实验材料也容易在离心过程中丢失。
交联时间如果过短，则交联不完全，产生假阴性。
甲醛的交联反应可被加入的甘氨酸终止。
)2、终止交联：加1M甘氨酸1.26ml，使其终浓度为0.125。
室温摇床5min。
3、用冰冷的PBS 冲洗两次后，加适量pbs+pmsf，用细胞刷刮下细胞，4℃ 1000RPM离心5min。
4、倒去上清，加入1ml Scell Lysis Buffer，冰上放置10min，匀浆器匀浆后转入2ml Ep管中，4℃ 5000RPM离心5min.5、弃上清，300ul nuclei Lysis buffer，吹散沉淀。
6、socinate破碎：1min on off 30 10次左右，4℃ 13000RPM离心20min，琼脂糖胶电泳，亮带集中在1000bp左右的方可。
(以便暴露目标蛋白，利于抗体识别。
)7、分别收集20ul样品做input -20℃保存。
(Input是断裂后的基因组DNA，需要与沉淀后的样品DNA一起经过逆转交联，DNA纯化，以及最后的PCR或其他方法检测。
Input对照不仅可以验证染色质断裂的效果，还可以根据Input中的靶序列的含量以及染色质沉淀中的靶序列的含量，按照取样比例换算出ChIP的效率，所以Input对照是ChIP实验必不可少的步骤。
)8、用 Chip Diluiton Buffer 稀释样品10倍9、准备beads，用Pre-Blocking buffer for dynabeads 洗beads3次.(Protein A是一种金黄色葡萄球菌细胞壁蛋白质，能特异性地与人和哺乳动物抗体（主要是IgG）的Fc区结合)，最好实验前一天准备beads。
ChIP原理及实验方法
ChIP原理及实验方法ChIP（Chromatin Immunoprecipitation）是一种用于研究蛋白质与DNA相互作用的实验方法。
该方法主要用于探究转录因子与染色质的相互作用、蛋白质修饰与基因表达调控之间的关系等。
下面将详细介绍ChIP的原理和实验步骤。
ChIP的原理：ChIP的基本原理是通过特异性抗体结合到目标蛋白质上，然后通过交联、裂解、免疫沉淀和DNA提取等步骤分离出与目标蛋白质结合的DNA片段。
通过对这些DNA片段的分析，可以了解目标蛋白质在染色质上的分布情况，从而揭示蛋白质与DNA相互作用的生物学功能。
ChIP的实验步骤：1.交联：将细胞或组织与甲醛交联，使蛋白质与DNA形成稳定的结合。
2.裂解：将交联的样品进行裂解，使细胞核和染色质释放出来。
3.免疫沉淀：将特异性抗体加入裂解的样品中，使其与目标蛋白质结合。
通过免疫沉淀，可以分离出与抗体结合的蛋白质-DNA复合物。
4.洗涤：通过洗涤去除非特异性结合的蛋白质和DNA。
5.解交联：通过高温或酶解去除交联，使DNA恢复原始状态。
6.DNA提取：将解交联后的样品进行DNA提取，获取与目标蛋白质结合的DNA片段。
7.PCR扩增：使用特异性引物对提取的DNA片段进行PCR扩增，以检测目标DNA片段的存在与否。
8.数据分析：通过测定PCR产物的数量，可以推断目标蛋白质在染色质上的结合情况。
ChIP的注意事项：1.选择合适的抗体：要确保选择的抗体具有高特异性和敏感性，以避免误差和背景信号。
2.优化实验条件：包括交联时间、裂解方法、洗涤条件等，以获得清晰的信号和较低的背景噪音。
3.正负对照组：需要设置正负对照组，以验证实验结果的可靠性。
4.数据分析：可以使用定量PCR、测序等方法对ChIP的结果进行定量和定性分析。
总结：ChIP是一种用于研究蛋白质与DNA相互作用的重要实验方法。
通过ChIP，可以了解转录因子在染色质上的定位、蛋白质修饰与基因表达调控之间的关系等。
CHIP实验步骤
CHIP实验步骤CHIP（Chemiluminescence Immunoassay Platform）是一种化学发光免疫分析平台，用于检测生物样本中的目标分子。
以下是进行CHIP实验的一般步骤，包括准备试剂和设备、样本处理、操作步骤、结果分析等。
1.准备试剂和设备a.试剂：准备所需的试剂，包括化学发光底物、缓冲液、酶标抗体、标准物质等。
b.CHIP分析仪：确保设备完好，对仪器进行校准和灵敏度测试。
2.样本处理a.生物样本采集：根据研究目的选择适当的生物样本，如血清、尿液或细胞培养上清等。
b.样本预处理：根据实验要求，进行样本的预处理，如离心、冻存等。
c.样本稀释：对样本进行适当的稀释，以保证在检测范围内。
3.实验操作a.准备酶标板：将酶标板板孔均匀涂覆酶标抗体，或者根据实验需要的反应物质进行固定。
b.加入标准曲线：将标准物质以不同浓度加入酶标板孔中，用于绘制标准曲线。
c.加入样本：将处理好的样本加入空白酶标板孔中，并与标准曲线孔一同进行测定。
d.加入辅助试剂：加入辅助试剂，如酶标抗体、荧光素底物等，使其与样本中的目标分子反应。
e.反应：将酶标板放入恒温水浴或实验室平台，使其反应一定时间。
f.清洗：将酶标板反复洗涤，去除未与目标分子结合的物质。
g.加入底物：加入化学发光底物，使其与酶标板上的酶反应发光。
h.测量发光：将酶标板装入CHIP分析仪中，测量发光强度。
4.数据分析a.标准曲线测定：根据标准曲线上各点的发光强度，绘制标准曲线，用于计算未知样本中目标分子的浓度。
b.样本浓度计算：根据未知样本的发光强度，通过标准曲线插值法计算目标分子的浓度。
c.质控分析：检查质控样本的测定结果是否在预设范围内，以确保实验的准确性和可靠性。
d.统计分析：对实验结果进行统计分析，如平均值、标准差等。
通过实验步骤的规范操作，可以使用CHIP分析平台进行免疫分析，检测生物样本中的目标分子。
这种分析方法具有灵敏度高、快速、准确性以及对多个样本的同时处理能力等优点，被广泛应用于临床诊断、药物研发、食品安全等领域。
ChIP操作步骤
ChIP1.介绍Chromatin immunoprecipitation (ChIP) is a type of immunoprecipitation experimental technique used to investigate the interaction between proteins and DNA in the cell. It aims to determine whether specific proteins are associated with specific genomic regions, such as transcription factors on promoters orother DNA binding sites, and possibly defining cistromes. ChIP also aims to determine the specific location in the genome that various histone modifications are associated with,indicating the target of the histone modifiers.Briefly, the conventional method is as follows:1.DNA and associated proteins on chromatin in living cells ortissues are crosslinked (this step is omitted in Native ChIP).2.The DNA-protein complexes (chromatin-protein) are thensheared into ~500 bp DNA fragments by sonicationor nucleasedigestion.3.Cross-linked DNA fragments associated with the protein(s) ofinterest are selectively immunoprecipitated from the cell debrisusing an appropriate protein-specific antibody.4.The associated DNA fragments are purified and their sequenceis determined. Enrichment of specific DNA sequencesrepresents regions on the genome that the protein of interest isassociated with in vivo.1.1试剂ChIP SolutionsRIPA 0 BufferRIPA 0.3 BufferLiCl Wash BufferTE BufferSDS Elution Buffer2.步骤1. Cell preparation: 1×107 cells/ChIP.2. Cross-linking:a. Adherent cells: directly add 37% formaldehyde (270 μl/10 ml) to the plates at RT to final concentration （F.C.）1%. Incubate for 10 min at RT with shaking.Note: The incubation time can be extended if the proteins of interest cannot be easily cross-linked.The sonication time must be adjusted according to different fixation time.b. Non-adherent cells: Add 37% formaldehyde (270 μl/10 ml) to F.C. 1%. Incubate for 10 min at RT with gently shaking.c. Add 2.5 M glycine to F.C. 125 mM for 5 min at RT with gently shaking.3. Lyse cells:a. Wash cells twice with ice-cold PBS.b. (Adherent cells) scrape cells into 2 ml PBS (with 2×protease inhibitors)/10 cm plate. Spin cells down at 1500 rpm for 5 min at 4 o C, wash cells one more time with PBS.Note: Cells can be frozen in liquid N2 or -80 o C at this step as a pellet.4. Sonication:a. Add 300 μl lysis buffer plus complete cocktail (avoid creating bubbles).Sonicate lysate to shear DNA to 500 bp to 1 kb (keep on ice). we use bioruptor for sonication: 30 sec/30 sec, the cycles of sonication dependent on cell type, cell numbers and crosslinking methods. (for example: 293T, 1%formaldehyde, cells did not freeze; 20 cyces can obtain acceptable DNA fragment)b. Max speed, 10~15 min 4 o C to precipitate cell lysate. Check DNA size : take 5 μl supernatant, add20 μl TE with 0.1% SDS, boil for 15 min, and check the size on 1.5% agarose gel.Note: during test, samples should be kept at 4℃ instead of ice bath.If the size of DNA fragment met ChIP grade requirement, then continue to the next step; if not, resuspend samples for further sonication.c. Cell lysate should be diluted 10-fold by dilution buffer plus cocktail (150 μl cell lysate plus 1350 μl dilution buffer) and left 5 μl cell lysate as input.5. Pre-treatment of beads and antibodies:a. Take 10 μl/sample of Dynabeads Protein A or G into a new 1.5 ml tube, sit the tube on magnet for 2 min and get rid of supernatant by pipetting.magnetb. Wash with RIPA 0.3 buffer twice (add 1 ml of buffer, vortex 15 sec, sit on magnet for 2 min, and get rid of supernatant by pipetting).c. After second wash, add sonicated chromatin directed into naked beads.Note: If chromatin was from -80o C, keep on ice until completely thawed, centrifuge 13,000 rpm for 5 min at 4o C. Add clear supernatant into beads.d. Rotate at least 1 hour at 4 o C.6. Immunoprecipitation:a. Sit the tube on magnet for 2 min,transfer all of the clear supernatant(get rid of beads)into a new tube,add2.5 μg specific antibody (2-5 μg), 4 o C rotation overnight.b. Add beads 30 μl per sample,4 o C rotation, 3-4 hrs7. Washing:Sit the tube on magnet for 2 min , get rid of supernatant.a.Wash twice with 1 ml of RIPA 0.3 buffer.b.Wash twice with 1 ml of RIPA 0 buffer.c.Wash twice with 1 ml of LiCl buffer.d.Wash twice with 1 ml of TE.( For each wash, add 1 ml of buffer, vortex 15 sec, sit on magnet for 2 min, and get rid of supernatant by pipetting).8. Elution/Reverse Crosslinking:300 μl per sample of TE/SDS buffer (decrosslinking buffer)at 65 o C , 1400 rpm mixing 1 min every 1hour overnight using Eppendorf Thermomixer for 6 hours to O/N. Briefly spin to collect beads. Sit on magnet for 3 min, transfer supernatant to new tubes.9. Recover DNA:a. Quickly short centrifugation and put samples on Magnet,following steps according to the Bioteck column DNA gel extraction kit instructions:(1)、Transfer supernatant to a new 2 ml tube which contains 1.2 ml DB Buffer in advance.(2)、Mix up and down gently by pipettor，then transfer samples to spin column，maxi speed, 1 min(3)、750 μl WB wash column, maxi speed, 1 min(4)、Maxi speed 1 min to remove residual WB buffer completely(5)、60 μl EB buffer to elute DNA fragment.b. Real-time ChIP-PCR, use 2 μl for each PCR.。
chip流程
chip流程Chip流程。
芯片（Chip）是集成电路（Integrated Circuit）的俗称，它是由一系列电子元件组成的微小晶片，可以实现各种功能，如计算、存储、控制等。
芯片的制造过程被称为芯片流程（Chip Process），是一项高度复杂的工程，涉及到材料科学、物理学、化学等多个学科领域。
本文将介绍芯片流程的基本步骤，帮助读者了解芯片制造的基本原理和流程。
首先，芯片流程的第一步是设计。
在芯片制造之前，需要进行芯片的设计，包括功能设计、电路设计、布局设计等。
设计阶段需要借助计算机辅助设计软件（CAD）进行模拟和验证，确保芯片的功能和性能符合要求。
设计完成后，需要进行电路板的制作，将设计好的电路图转化成实际的电路板。
接下来是芯片的制造。
芯片制造的第一步是选择合适的材料。
芯片通常采用硅（Silicon）作为基材，通过化学气相沉积（CVD）或物理气相沉积（PVD）等方法在硅片表面形成氧化层。
然后利用光刻技术，在氧化层上覆盖一层光刻胶，并通过光刻机将电路图案投射到光刻胶上，形成光刻图案。
接着进行腐蚀，去除未被光刻胶保护的部分，形成芯片上的电路图案。
随后是芯片的加工。
通过离子注入、扩散、蒸发等方法，对芯片进行掺杂、扩散和金属化处理，形成芯片上的导电层和绝缘层。
这些工艺步骤可以改变芯片材料的电学性能，实现电子元件的功能。
加工完成后，需要进行芯片的封装和测试。
芯片封装是将芯片封装在塑料封装体中，以保护芯片不受外界环境的影响。
芯片测试是对封装好的芯片进行功能测试和可靠性测试，确保芯片的性能和质量符合要求。
最后是芯片的应用。
经过设计、制造、加工、封装和测试，芯片最终可以被应用到各种电子产品中，如手机、电脑、汽车、家电等。
芯片的应用领域非常广泛，它是现代电子产品的核心部件，推动了信息技术的发展和智能化产品的普及。
总之，芯片流程是一个复杂而精密的工程，涉及到多个学科领域的知识和技术。
通过设计、制造、加工、封装和测试等步骤，可以实现芯片的功能和性能要求，推动电子产品的不断创新和发展。
CHIP实验操作过程
CHIP实验操作过程（一）、细胞的甲醛交联与超声破碎。
1、取出1平皿细胞（10cm平皿），在9ml培养基中加入243ul 37％甲醛，使得甲醛的终浓度为1％。
2、37摄氏度孵育10min。
（此时准备1*PBS，加入蛋白酶抑制剂混合物5ul/ml）。
3、终止交联：加10*甘氨酸900ul，混匀后，在室温下放置5min即可，置冰上。
4、吸尽培养基，用冰冷的PBS清洗细胞2次。
5、加入含有蛋白酶抑制剂的PBS 2ml，细胞刮刀收集细胞于15ml离心管中。
预冷后4度，700g，5min收集细胞。
（此时准备SDS Lysis buffer，加入蛋白酶抑制剂混合物5ul/ml）。
6、倒去上清。
按照细胞量，加入SDS Lysis Buffer。
使得细胞终浓度为每200ul含2×106个细胞。
这样每100ul溶液含1×106个细胞。
再加入蛋白酶抑制剂复合物。
假设MCF7长满板为5×106个细胞。
本次细胞长得约为80％。
即为4×106个细胞。
因此每管加入400ul SDS Lysis Buffer，将2管混在一起，共800ul。
7、超声破碎：VCX750，25％功率，4.5S冲击，9S间隙（共18S*3+9S）。
共14次。
（破碎前可取10ul样品，用于琼脂糖电泳，冻存）（二）、除杂及抗体孵育。
8、超声破碎结束后，15.000g 4度离心10min，去除不溶物质。
留取300ul做实验，其余保存于－80度，最多可以保存2个月。
（可取10ul样品，用于琼脂糖电泳，冻存）300ul中，100ul加抗体（anti-STAT1）做为实验组；100ul加anti-RNA Polymerase II做为阳性对照组；100ul加Normal rabbit IgG作为阴性对照。
9、15ml离心管，300ul的超声破碎产物中，加入2.7ml ChIP Dilution Buffer和13.5ul的Protease Inhibitor Cocktail II，再加入180ul Protein G Agarose，4度颠转混匀1h。
CHIP实验步骤
CHIP-qPCR实验步骤一、实验材料●主要试剂●主要仪器及器材二、实验步骤1. 细胞交联：a. 用1ml PBS重悬细胞；b.加28ul 37%甲醛（终浓度为1%）进行交联，室温翻转孵育10min；c.加入10×甘氨酸至终浓度为1×；室温翻转孵育5min，终止交联；d.4℃，3000g，离心3min；弃上清液；e. 用1ml预冷的1X PBS重悬细胞，用3000g，4℃，5min离心，去上清。
f．重复e步骤一遍（此步骤沉淀可冻存于-80℃）；2. 胞核制备和染色质碎裂：a. 用200ul Membrane Extraction Buffer(使用前加入2ul蛋白酶/磷酸酶抑制剂)重悬细胞；冰上静置10min；b. 4℃，3000g，离心3min；弃上清液；c. 用200ul MNase Digestion Buffer （使用前加入0.2ul DTT）重悬细胞核;d. 加入0.2ul MNase ,吹打混匀；37℃水浴30min，期间5min混匀一次；e. 加入20μL MNase Stop Solution；混匀后冰上放置5min;f. 4℃，9000g，离心5min；弃上清液；g. 用100μL of 1X IP Dilution Buffer（使用前加入1ul蛋白酶/磷酸酶抑制剂）重悬沉淀；h. 冰上超声打断5次，每次2min。
i. 4℃,9000g离心5min;转移上清到新的EP管中3. 免疫沉淀：a. 取10ul上清作为input,-20℃冻存备用；b. 取90ul上清加入410ul X IP Dilution Buffer；阳性对照组加入10ul Anti-RNA Polymerase II Antibody，IP组加入10ug目的抗体；阴性对照组加入2μL IgG 。
c. 样本管放到翻转仪4℃翻转过夜孵育；d. 震荡混匀Protein A/G磁珠，并取20ul到每个实验组中；e. 将样品置于磁力架上，静置2min进行磁性分离，弃上清；f. 加入1ml IP Wash Buffer 1，并吹打混匀；置于翻转仪上，洗涤5min；g．将样品置于磁力架上，静置2min进行磁性分离，弃上清；h. 重复步骤f~g 3次；i. 加入1ml IP Wash Buffer 2，并吹打混匀；置于翻转仪上，洗涤5min；j. 将样品置于磁力架上，静置2min进行磁性分离，弃上清；4. 洗脱：a.加入150ul 1X IP Elution Buffer重悬磁珠，37℃震荡孵育30min；b.将样品置于磁力架上，静置2min进行磁性分离，将上清转移到一个新的EP管中；c. input样本中加入150ul 1X IP Elution Buffer；d.各样本中分别加入6μL NaCl(5M) 、2μL 蛋白酶K(20mg/Ml);e. 65℃孵育2h;f. 使用DNA 纯化离心柱从样品中纯化DNA。
ChIP具体操作流程
ChIP具体操作流程ChIP（染色质免疫沉淀）是一种用于研究染色质蛋白质与DNA相互作用的实验方法。
下面是ChIP的具体操作流程：1.细胞或组织处理：a.培养或收集要研究的细胞或组织。
b.如有需要，对细胞或组织进行处理，如刺激、药物处理等。
2.交联：a.向培养细胞或组织中加入足量的交联剂，如甲醛，使染色质与蛋白质交联。
b.在室温下轻轻摇动培养细胞或组织，使交联剂充分混合。
3.停止交联：a.加入甘氨酸或甘氨酸盐酸盐来中和剩余的交联剂。
b.在室温下继续摇动培养细胞或组织。
4.细胞或组织裂解：a.用裂解缓冲液裂解交联细胞或组织，释放出染色质。
b.在冰上孵育细胞或组织，使细胞或组织裂解。
5.染色质切割：a.使用限制性内切酶或超声波将染色质切割成较小的片段。
b.在室温下孵育样品，使切割反应进行。
6.免疫沉淀：a.加入特异性抗体（抗目标蛋白）到裂解的细胞或组织中，与目标蛋白结合。
b.在4℃下孵育样品，使抗体与目标蛋白结合。
c.加入蛋白A/G琼脂糖磁珠，使其与抗体-蛋白质复合物结合。
d.在4℃下孵育样品，使磁珠与抗体-蛋白质复合物结合。
7.洗涤：a.使用洗涤缓冲液洗涤磁珠，去除非特异性结合的蛋白质和DNA。
b.重复洗涤步骤，至少洗涤3次。
8.去交联：a.加入适量的去交联缓冲液，去除染色质与蛋白质的交联。
b.在65℃下孵育样品，使染色质与蛋白质解交联。
9.DNA纯化：a.使用DNA提取试剂盒提取免疫沉淀后的DNA。
b.按照提取试剂盒的操作手册进行操作。
10.DNA定量和质检：a.使用紫外可见光谱仪或荧光光度计测量提取的DNA的浓度。
b.使用琼脂糖凝胶电泳检测DNA的大小和纯度。
11.DNA分析：a.使用PCR、实时荧光PCR、测序等方法对ChIP后的DNA进行分析。
b.根据需要选择适当的方法进行进一步的分析。
需要注意的是，不同实验室可能会有一些微小的差异或优化步骤，这些步骤可能根据具体实验要求而有所不同。
此外，ChIP实验是一个复杂的过程，需要仔细操作和严格控制实验条件，以确保结果的准确性和可重复性。
ChIP基本流程图
ChIP基本流程图ChIP（染色质免疫沉淀）是一种用于研究蛋白质与染色质相互作用的实验技术。
下面是ChIP的基本流程图，以便更好地了解该技术的原理和步骤。
1.交联：首先，将细胞或组织交联。
这一步骤的目的是固定蛋白质-DNA复合物，以便后续的实验处理。
交联通常通过添加交联剂（如甲醛）来完成。
2.细胞裂解：将交联的细胞或组织裂解，以释放细胞核。
这可以通过机械破碎、化学裂解或超声波处理来完成。
裂解的目的是将染色质解离为小片段，以便后续的免疫沉淀步骤。
3.DNA切割：使用特定的限制酶或酶切剂切割DNA。
这一步骤的目的是产生适当大小的DNA片段，以便后续的免疫沉淀和测序分析。
4.免疫沉淀：将特定抗体与要研究的蛋白质结合。
这些抗体通常是针对特定蛋白质的单克隆或多克隆抗体。
将抗体与它们所结合的蛋白质-DNA复合物一起孵育，以形成抗原-抗体复合物。
5.洗涤：使用缓冲液洗涤掉非特异性的蛋白质-DNA复合物，以去除非特异性结合的物质。
这一步骤的目的是减少背景噪音，提高实验的特异性。
6.反交联：通过加热或酶切等方法去除交联剂，以使蛋白质-DNA复合物解离。
这将使DNA片段从蛋白质中释放出来，以便后续的纯化和分析。
7.DNA纯化：纯化被免疫沉淀的DNA片段，以去除杂质。
这可以通过酚/氯仿提取、柱层析或磁珠纯化等方法完成。
8.DNA分析：对纯化的DNA片段进行进一步的分析。
这可以包括PCR扩增、测序、芯片分析或基因组定位等技术。
这些分析将帮助确定与特定蛋白质结合的DNA区域，并揭示蛋白质与基因调控之间的关系。
ChIP作为一种重要的基因组学技术，广泛应用于研究基因调控、表观遗传学和疾病发生机制等方面。
通过了解ChIP的基本流程，我们可以更好地理解该技术的原理和操作步骤，从而更好地利用它来解答科学问题。
chip流程
chip流程Chip流程。
芯片制造工艺流程是一项复杂而又精密的工程，它涉及到多个领域的知识和技术，包括材料科学、化学工程、物理学等。
在芯片制造的过程中，需要经历多个步骤和工艺，以确保最终产品的质量和性能。
本文将介绍芯片制造的一般流程，以及每个步骤的主要内容和关键技术。
首先，芯片制造的第一步是晶圆加工。
晶圆是芯片制造的基础材料，它通常由硅材料制成。
在晶圆加工过程中，需要进行切割、抛光和清洗等工艺，以确保晶圆表面的平整度和干净度。
这一步骤的关键技术包括切割工艺、抛光工艺和清洗工艺。
接下来，是芯片的光刻工艺。
光刻工艺是将芯片上的电路图案转移到晶圆表面的关键步骤。
在这一步骤中，需要使用光刻胶和光刻机，通过光刻胶的曝光和显影，将电路图案转移到晶圆表面。
这一步骤的关键技术包括光刻胶的选择和光刻机的参数调节。
然后，是芯片的沉积工艺。
沉积工艺是在晶圆表面沉积各种材料，包括金属、绝缘体和半导体材料。
这一步骤的关键技术包括化学气相沉积、物理气相沉积和溅射沉积等技术。
接着，是芯片的刻蚀工艺。
刻蚀工艺是将多余的材料从晶圆表面去除，以形成电路图案。
这一步骤的关键技术包括干法刻蚀和湿法刻蚀等技术。
最后，是芯片的封装和测试。
封装是将晶圆切割成单个的芯片，并封装到塑料或陶瓷封装体中。
测试是对芯片的性能和质量进行测试和筛选。
这一步骤的关键技术包括封装工艺和测试技术。
总的来说，芯片制造工艺流程包括晶圆加工、光刻工艺、沉积工艺、刻蚀工艺、封装和测试等步骤。
每个步骤都涉及到多种材料和工艺技术，需要高度的精密度和稳定性。
只有在每个步骤都严格控制和优化，才能保证最终芯片的质量和性能。
在未来，随着科技的不断发展，芯片制造工艺也将不断创新和进步，为各行各业的发展提供更强大的支持。
ChIP实验流程整理
1、ChIP实验用的苗是正常光照条件下生长的四周大的苗子，取1.5克嫩苗组织，放入50ml 1%甲醛溶液中，抽真空交联。
2、用2.5ml 2M甘氨酸溶液停止交联反应。
3、水洗苗子数次，然后将苗用吸水纸吸干，液氮碾磨，然后用25ml提取缓冲液1重悬。
extraction buffer I0.4 M sucrose,10 mM Tris-HCl, pH 8,10 mM MgCl2,5mM b-mercaptoethanol,0.1mM phenylmethylsulfonyl fluoride [PMSF],1* protease inhibitor; Roche),4、用神奇滤器或者是金属筛过滤，然后4000rpm, 4℃离心20分钟5、用1ml提取缓冲液2，重悬沉淀物，14,000 rpm ，4℃离心10分钟。
extraction buffer II0.25 M sucrose,10 mM Tris-HCl, pH 8,10mMMgCl2,1%Triton X-100,5mM b-mercaptoethanol,0.1mM PMSF,1*protease inhibitor)6、用300ul提取缓冲液3，重悬沉淀物，14,000 rpm ，4℃离心60分钟。
extraction bufferIII1.7Msucrose,10mMTris-HCl, pH8,0.15%Triton X-100,2mMMgCl2,5mMb-mercaptoethanol,0.1mM PMSF,1*protease inhibitor)7、粗核提取物用200ul裂解缓冲液重悬，在冰浴上孵育10分钟，以充分裂解细胞。
8、超声处理，以剪切基因组DNA，使DNA大部分断裂成200-1000bp大小，如果能把大部分控制在400-800bp则更佳。
超声过程中请一定注意要保持样品处于冰浴中，并且处于较低温度。
超声剪切的效果在后续去交联后可以用常规的DNA琼脂糖凝胶电泳检测。
CHIP技术操作步骤
CHIP技术操作步骤CHIP（Chemical Identification Profile）技术是一种常用于药物研发、化学分析和化学生物学研究的分析技术。
它基于微流控技术，可以实现高通量的化学反应和分析。
以下是CHIP技术的操作步骤：1.设计和制造CHIP芯片：首先，根据实验需求设计和制造CHIP芯片。
CHIP芯片通常由透明的玻璃或聚合物材料制成，其表面经过特殊处理，可以固定化分析物质，如抗体、酶、核酸等。
2.洗涤和预处理CHIP芯片：在使用之前，需要对CHIP芯片进行洗涤和预处理，以去除可能存在的污染物，并使芯片表面更适合固定化分析物质。
3.固定化分析物质：将需要固定化的分析物质溶液加到CHIP芯片的特定区域，利用化学键或物理吸附的方法将分析物质固定在芯片表面上。
这个过程通常需要在适当的pH、温度和时间条件下进行。
4.样品处理：将待测样品处理成适合于CHIP芯片检测的形式。
这可能涉及样品的纯化、浓缩、稀释等步骤，以确保样品中目标物质的浓度在合适的范围内，并且不会影响后续的分析步骤。
5.样品加载：将经过处理的样品加载到CHIP芯片上，通常通过微流控系统控制样品的注入和流动。
在样品流过芯片表面时，目标分析物质与已固定化的分析物质发生特异性的结合反应。
6.控制实验条件：在实验过程中，需要控制一些实验条件来提高分析的准确性和灵敏度。
这包括温度、压力、流速、反应时间等。
适当的实验条件可以确保后续的分析步骤能够准确地进行并且结果可靠。
7.反应和检测：待测样品与固定化的分析物质发生特异性的结合反应后，可以使用不同的检测方法来检测和测量结合事件。
常用的检测方法包括荧光检测、生物传感器、质谱分析等。
根据实验需求，选择适当的检测方法来获得精确的分析结果。
8.数据分析和解释：将检测到的数据进行分析和解释。
通过比较样品与对照组的差异，可以获得目标物质的定量或定性信息。
根据实验设计，可以利用统计学方法来确定结果的可信度和显著性。
ChIP实验操作步骤
ChIP实验操作步骤“酶”处理染色质免疫沉淀(磁珠式)操作方法所需试剂包含在试剂盒SimpleChIP™ Enzymatic Chromatin IP Kit (Magnetic Beads) (#9003)中的试剂：a. 甘氨酸溶液 (10X)b. 缓冲液 A (4X)c. 缓冲液 B (4X)d. ChIP缓冲液 (10X)e. ChIP 洗脱（缓冲）液 (2X)f. 5 M NaClg. 0.5 M EDTAh. 1M DTTi. 结合（缓冲）液j. 漂洗（缓冲）液k. 洗脱（缓冲）液l. DNA纯化柱m. 蛋白酶混合抑制剂 (200X)n. 核糖核酸酶A (10 mg/ml)o. 微球菌核酸酶(2000 gel units/μl): NEB #M0247Sp. 蛋白酶K (20 mg/ml): NEB #P8102Sq. SimpleChIP™ 人 RPL30（Exon 3）阳性对照引物#7014r. SimpleChIP™ 小鼠 RPL30 （Intron 2）阳性对照引物#7015 s. 组蛋白H3 (D2B12) XP™ 兔单抗 (ChIP 专用) #4620t. 正常兔IgG #2729u. ChIP级蛋白G磁珠 #9006不包含在试剂盒SimpleChIP™ Enzymatic Chromatin IP Kit (Magnetic Beads) #9003中的试剂：a. 六管磁性分离架 #7017/十二孔磁性分离架#14654b. 甲醛（37%）（福尔马林）c. 乙醇（96-100%）d. 1X PBS #9872e. 无核酸酶的水 #12931f. Taq DNA聚合酶g. dNTP 混合液I. 细胞交联和样品制备为了获得最优的ChIP结果，一个标准的ChIP反应需要约4X 106个细胞处理后获得的染色质，以Hela细胞为例， 15cm培养皿，90%生长密度下的细胞量约为8X 106个细胞。
ChIP_原理及实验方法
ChIP_原理及实验方法ChIP（Chromatin Immunoprecipitation）是一种常用的分子生物学实验技术，用于研究蛋白质与染色质之间的相互作用。
它可以帮助我们了解基因的表达调控机制，以及特定蛋白质在染色质上的分布情况。
本文将详细介绍ChIP的原理及实验方法。
一、原理ChIP实验的基本原理是通过交联染色质上的蛋白质与DNA分子，然后用特异性抗体将蛋白质-DNA复合物沉淀下来，最后通过PCR或测序等方法检测目标DNA序列的富集情况。
ChIP实验的步骤包括：交联、裂解、免疫沉淀、洗涤和DNA分离等。
具体步骤如下：1.交联：将细胞或组织进行交联，使得染色质上的蛋白质与DNA形成稳定的交联复合物。
常用的交联剂包括甲醛和二甲亚砜。
交联后，用甲醛或二甲亚砜进行破交联，使得蛋白质与DNA分离。
2.裂解：将细胞或组织裂解，释放出染色质，并将染色质切割成适当的片段。
常用的裂解方法包括机械裂解、酶裂解和超声波裂解等。
3.免疫沉淀：将特异性抗体与染色质中的目标蛋白质结合，形成蛋白质-DNA复合物。
免疫沉淀的条件需要优化，包括抗体浓度、缓冲液成分和温度等。
4.洗涤：将免疫沉淀得到的蛋白质-DNA复合物进行洗涤，去除非特异性结合的蛋白质和杂质。
5.DNA分离：将洗涤后的蛋白质-DNA复合物进行解交联，并纯化出目标DNA序列。
常用的方法包括蛋白酶K处理、蛋白质酶解和PCR等。
二、实验方法ChIP实验的方法流程如下：1.细胞或组织处理：根据研究目的，选择合适的细胞系或组织样本，并进行相应的处理。
例如，可以添加药物、诱导表达或处理刺激等。
2.交联：将细胞或组织用1%甲醛溶液交联15-30分钟，停止交联反应，然后加入0.125M甘氨酸进行孵育10分钟。
3.裂解：将细胞或组织裂解，释放出染色质。
可使用适当的细胞裂解缓冲液，如SDS缓冲液、NP-40缓冲液或胶体缓冲液。
4. 切割染色质：使用限制性内切酶或超声波等方法将染色质切割成适当的片段。
chip具体步骤
一、ChIP实验步骤第一天：（一）、细胞的甲醛交联与超声破碎。
1、取出1平皿细胞（10cm平皿），加入243ul 37％甲醛，使得甲醛的终浓度为1％。
（培养基共有9ml）2、37摄氏度孵育10min。
3、终止交联：加甘氨酸至终浓度为0.125M。
450ul 2.5M甘氨酸于平皿中。
混匀后，在室温下放置5min即可。
4、吸尽培养基，用冰冷的PBS清洗细胞2次。
5、细胞刮刀收集细胞于15ml离心管中（PBS依次为5ml，3ml和3ml）。
预冷后2000rpm 5min收集细胞。
6、倒去上清。
按照细胞量，加入S DS Lysis Buffer。
使得细胞终浓度为每200ul含2×106个细胞。
这样每100ul溶液含1×106个细胞。
再加入蛋白酶抑制剂复合物。
假设MCF7长满板为5×106个细胞。
本次细胞长得约为80％。
即为4×106个细胞。
因此每管加入400ul SDS Lysis Buffer。
将2管混在一起，共800ul。
7、超声破碎：VCX750，25％功率，4.5S冲击，9S间隙。
共14次。
（二）、除杂及抗体哺育。
8、超声破碎结束后，10，000g 4度离心10min。
去除不溶物质。
留取300ul做实验，其余保存于－80度。
300ul中，100ul加抗体做为实验组；100ul不加抗体做为对照组；100ul加入4ul 5M NaCl （NaCl终浓度为0.2M），65度处理3h解交联，跑电泳，检测超声破碎的效果。
9、在100ul的超声破碎产物中，加入900ul ChIP Dilution Buffer和20ul的50×PIC。
再各加入60ul Protein A Agarose/Salmon Sperm DNA。
4度颠转混匀1h。
10、1h后，在4度静置10min沉淀，700rpm离心1min。
11、取上清。
各留取20ul做为input。
一管中加入1ul 抗体，另一管中则不加抗体。
ChIP操作步骤
ChIP操作步骤chip实验步骤第一部分：细胞的甲醛交联和超声波破碎1.交联前的准备工作（1）细胞准备：在特定条件下处理细胞，以确保目标基因的转录激活。
细胞密度应达到1×106个细胞/10cm培养皿。
（2）配制1％甲醛溶液：270μl37%甲醛加入10ml无血清细胞培养液中即可，应使用高质量的甲醛。
2.交联和超声波破碎优化超声条件，以保证目的细胞的染色质dna能被剪切为200bp～1000bp的片段，具体操作如下（以hepg2细胞为例）：（1）小心吸取细胞培养基，加入1%甲醛溶液10ml，37℃孵育10min，然后放在冰上5min，终止固定。
（2）小心尽量吸净培养液，用预冷的pbs3ml洗细胞两次。
（3）加入含有PMSF（10ul）的预冷PBS 1ml。
刮去细胞并将其转移到离心管中。
在4℃下以1200rpm（约3000g）离心5min。
小心地去除上清液以获得细胞沉淀（细胞沉淀可在-80℃下储存数月）（4）以200μlsds裂解缓冲液重悬细胞（含pmsf：2ul），冰上放置10min（5）冰上超声剪切染色质dna，使其成为200bp～1000bp的片段（10个脉冲，每个20s，脉冲间隔20s）（6）加入5mnacl8μl.65℃，4小时至隔夜以脱交联（7）琼脂糖凝胶电泳观察剪切效果（所获超声剪切物可于-80℃保存数月）。
第二部分：免疫共沉淀如果超声条件优化已经优化好，在步骤“（一）.2(5)”后，进行下列步骤。
对于阴性对照，采用下述步骤“5”所述。
连接到上面的2（6）1.4℃，13,000rpm离心10min，转移上清至2ml离心管中。
2.用含有蛋白酶抑制剂μl的芯片稀释缓冲液1800。
将200μl上清液稀释至2ml。
3.为了去除不与蛋白质A-琼脂糖特异性结合的分子，添加75μL蛋白质A/鲑鱼精子DNA琼脂,4℃旋转孵育30min。
在4.4℃下，以1000 rpm离心1分钟以沉淀琼脂，并将上清液转移到新的离心管中。
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ChIP实验步骤
第一部分、细胞的甲醛交联与超声破碎
1. 交联前的准备工作
（1）细胞准备：对细胞进行一定条件的处理，以确保目的基因的转录激活。
细胞密度应达到1×106细胞/10 cm培养皿。
（2）配制1％甲醛溶液：270 μl 37%甲醛加入10 ml无血清细胞培养液中即可，应使用高质量的甲醛。
2. 交联与超声破碎
优化超声条件，以保证目的细胞的染色质DNA能被剪切为200 bp～1000 bp的片段，具体操作如下（以HepG2细胞为例）：
（1）小心吸出细胞培养液，加入1％甲醛溶液10 ml，37℃孵育10 min，然后置冰上5 min终止固定。
（2）小心尽量吸净培养液，用预冷的PBS 3 ml洗细胞两次。
（3）加入预冷的内含PMSF（10ul）的PBS 1 ml。
刮取细胞并移至离心管中，于4℃以1200 rpm（约3000 g）离心5 min，小心移走上清液，得到细胞沉淀（细胞沉淀可于-80℃保存数月）
（4）以200μl SDS裂解缓冲液重悬细胞（含PMSF：2ul），冰上放置10 min
（5）冰上超声剪切染色质DNA，使其成为200 bp～1000 bp的片段（10个脉冲，每个20 s，脉冲间隔20 s）
（6）加入5M Nacl 8 μl，65℃，4h至过夜，以解交联
（7）琼脂糖凝胶电泳观察剪切效果（所获超声剪切物可于-80℃保存数月）。
第二部分、免疫共沉淀
如果超声条件优化已经优化好，在步骤“（一）.2(5)”后，进行下列步骤。
对于阴性对照，采用下述步骤“5”所述。
接上述2(6)
1. 4 ℃，13,000rpm离心10min，转移上清至2ml离心管中。
2.以含蛋白酶抑制剂的CHiP稀释缓冲液1800μl，稀释200μl的上清至2ml。
3.为了去除与蛋白A-琼脂糖非特异结合的分子，加入75 μl蛋白A/鲑鱼精DNA
琼脂, 4℃旋转孵育30 min。
4.4℃,以1000 rpm离心1 min以沉淀琼脂，将上清转移至新的离心管中。
并从
这2ml中取出20μl作为“input DNA”对照。
5.将上清分为两份，一份加入针对DNA结合蛋白的特异性抗体2μg，另一份加
强如抗体阴性对照（IgG）2μg，4℃旋转孵育过夜（孵育时间可视情况而调整）。
6.加入60μl蛋白A/鲑鱼精DNA琼脂, 4℃旋转孵育60 min以收集抗体/转录因子
复合体。
7.4℃,以1000 rpm离心1 min，小心移除上清（内含未结合及非特异DNA）。
8.按以下顺序洗涤蛋白A/抗体/转录因子/DNA复合物，每种缓冲液加0.5ml，旋
转孵育3min，然后4℃, 1000 rpm离心1 min，弃上清液。
（1）低盐洗涤缓冲液，1次；
（2）高盐洗涤缓冲液，1次；
（3）LiCL洗涤缓冲液，1次；
（4）TE缓冲液，2次
第三部分、洗脱与转录因子结合的DNA
1. 配制新鲜的洗脱缓冲液（1%SDS, 0.1M NaHCO3, 按照1：9体积比配制）。
2. （接（二）.8）向蛋白A-琼脂糖/抗体/抗原/DNA复合物中，加入200 μl洗脱缓冲液，轻弹管壁混匀，室温放置5min. 1200 rpm离心1 min，收集上清液。
3. 向洗脱上清及放置在一边的“input DNA”管中，分别加入5 mol/L NaCl 20 μl，65℃水浴4 h,以解交联。
短暂离心收集管壁液体（该样品可-20℃保存）。
4. 加入0.5 mol/L EDTA 10 μl，1 mol/L Tris-HCl（pH6.5）20 μl，10 mg/ml的蛋白酶K 2 μl，45℃孵育10min。
5. cycle-pure法回收DNA，-20℃保存样品
①加入400μl PC缓冲液，混匀后12000 rpm离心1 min过柱
②以500μl wash buffer 12000 rpm离心1 min洗柱，弃滤液；
③12000 rpm离心空柱1min，然后将柱置入一新的EP管中，加入30μl ddH2O，12000 rpm离心收集DNA
第四部分、DNA样品PCR分析
以上述溶解于ddH2O中的DNA作模板，利用特异性引物进行PCR。
应使PCR终止于线性反应时段（具体PCR参数和循环次数应进行优化）。
最后通过对扩增产物进行电泳（乃至于测序）来分析蛋白质所结合的DNA情况。
1. PCR体系
2. PCR条件
95℃4min
95℃30 sec.
55℃30 sec. 25 Cycles
72℃30 sec
3. 1%琼脂糖凝胶电泳观察结果。