X-TRACT软件介绍及应用实例

X-TRACT简介

•CSIRO开发，与SSRF合作推出

•相位恢复、CT重建及图像处理的软件

•GPU加速、多CPU/GPU并行运算

•计算模式：本地电脑和远程Cluster模式–当数据很大，本地机运行较慢或者无法计算时，采用远程Cluster计算可以大量提高速度。

X-TRACT安装

•X-TRACT账户注册申请、下载软件、安装

•网址：https:///

•32bits或者64bits

X-TRACT安装

•安装后使用需联网，使用前需进行用户登录

打开图像默认大小线程设置Cluster线程设置服务器 URL

允许本地电脑GPU使用Cluster设置

X-TRACT设置

X-TRACT设置

计算模式选取

数据上传下载

•远程Cluster模式计算需将数据先上传到Cluster上，可用FileZilla

–主机：

–用户名、密码

–端口：2121

图像信息

衬度调

节

图像大小调节图像基本信息：

图像头文件、类型、图像尺

寸、波长、灰度值范围、鼠

标所在点信息（像素位置、

尺寸位置、灰度值）

图像信息

10

图像信息

支持的图像格式，

常用：tif、vod等

CT原理及重建

同步辐射CT示意图

CT原理及重建

实验投影图背景扣除正弦图(sinogram)切片图

(slice)12

12

减背景

Tomo

image

Dark image

Flat image

背景扣除投影

I1=tomo-dark

I2=flat-dark

I3=I1/I2

背景扣除方法

I=(tomo-dark)/(flat-dark)

减背景+正弦图

Tomo image

Dark image

Flat image

Sino

image

归一化及求log

求sinogram

勿忘！

环形伪影消除，

可选择

只能选择奇数。一

般3-5，太大可能损

失细节信息，太小

伪影效果不好

切片

同步辐射平行光

输入刚计算好的sinogram

=180/tomo图像数目

旋转轴心

波长(um)=0.00124/E(keV)

探测器像素尺寸，如9um、3.7um等

初始slice

最后slice

文件保存路径

不要打勾！！

第一张投影

最后一张投影重要参数！根

据重建结果做

出调整

轴心不准可能出现的情况

轴心：26轴心：36轴心：46偏小！合适！偏大！

图像格式转换：vod 8 bits tif

输入待转换slice图像

灰度值最小

最大值选取

保存路径

小鱼吸收投影像和相衬投影像的对比n=1-

δ

+i β

δ ：折射率系数，相位信

息

β: 吸收系数，吸收信息

吸收CT、相衬

CT及相位恢复

切片对比

为什么需要相位恢复？什么时候需要？

实验投影图背景扣除

正弦图

切片图

2相位恢复

1

相位恢复及CT重建

相位恢复

成像距离(um)

δ/β，重要参

数！

波长(um)

图像大小(um)=

图像像素*每个

像素尺寸

特别留意

–1、必须选择log

–2、合适的δ/β值

–3、选准轴心

–4、正确的间隔角度

–5、选择滤波

选择log

选择与未选择log对比

合适的δ/β值δ/β

=500δ/β=1500δ/β=5000

选准轴心轴心=30，38，40

正确的间隔角度间隔角度：

0.6, 0.45,

0.3

选择滤波

是否滤波对比

其他应用：计算器等

图像与图像、图像与

数字计算

图像大小剪切、滤波

等，可根据实际需要

选择应用

Thank

you！

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