核酸序列相似性分析

翻译产物
GenBank data format (4/4)
核苷酸序列
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2.2 序列数据库检索
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All Databases下拉菜单提供 了分类提取数据的功能。
用“序列号”提取核苷酸数 据
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3）Click 2）输入“AF310622” 1）选择Nucleotide
提取结果（1/2）
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提取结果（2/2）
10
用“序列号”提取蛋白质数 据
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3）Click
2）输入“P15172” 1）选择Protein
提取结果（1/2）
12
提取结果（2/2）
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Practice
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请大家回去把刚才讲过的内容练习一遍。
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2.3 核酸序列相似性分析
对一个新测定的核酸序列的序列数据，可以通
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过使用不同的关键词从数据库中检索有用的信
统发生分析时，如果用不同建树方法得到的树形一致并 且自举检验值高于50%时，认为序列之间有同源性。]
相似性（similarity）：只是指两条序列之间的 简单相似。取值：0 ~ 100%，只需通过BLAST （或类似的程序）进行估算。
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“同源”不一定“相似”
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人、猫、鲸和蝙蝠的前肢骨骼具有同源性。
查询序列 Query sequence
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数据库序列 Database sequences
tblastx
核酸序列 Nucleotide sequence blastn 核酸序列 Nucleotide sequences
蛋白质序列 Protein sequence
blastp
蛋白质序列 Protein sequences
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GenBank数据格式
登录号 长度 分子类型 来源 更新日期
3
生物
作者
标题Байду номын сангаас
杂志
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PRI ROD MAM VRT INV PLN BCT VRL PHG SYN UNA EST PAT STS GSS HTG HTC
表2.1 GenBank分类码
primate sequences - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - rodent sequences - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - other mammalian sequences - - - - - - - - - - - - - - - - - - other vertebrate sequences - - - - - - - - - - - - - - - - - - - invertebrate sequences - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - plant, fungal, and algal sequences - - - - - - - - - - - - - - bacterial sequences - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - viral sequences - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - bacteriophage sequences - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - synthetic sequences - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - unannotated sequences - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - EST sequences (expressed sequence tags) - - - - - - - patent sequences - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - STS sequences (sequence tagged sites) - - - - - - - - - - GSS sequences (genome survey sequences) - - - - - - High-throughput genomic sequences - - - - - - - - - - - - High-throughput cDNA sequencing - - - - - - - - - - - - - - -
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灵长类序列 啮齿类序列 其他哺乳动物序列 其他脊椎动物序列 无脊椎动物序列 植物/真菌/藻类序列 细菌序列 病毒序列 噬菌体序列 合成序列 未注释序列 表达序列标签序列 专利序列 序列标签位点序列 基因组探查序列 高通量基因组序列 高通量cDNA序列
Features（特性表）
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coding sequences（编码序列）
第2章 核酸序列分析
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2.1 GenBank数据格式
2.2 序列数据库检索
2.3 核酸序列相似性分析
2.4 核酸的多序列比对
2.5 构建进化树 2.6 核酸序列的预测与鉴定
2.7 核酸序列的酶切位点分析
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2.1 GenBank数据格式
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3) Click “Search”
1) Select “nucleotide” 2) Enter “U49845”
息，还可以做以下的工作：单条序列的序列特 征分析；序列的双重比对和数据库检索；多序
列比对；通过多序列比对分析序列的模块；构
建进化树。
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2.3.1 相似性搜索
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同源性（homology）：指两条序列在进化上相 关（来自于共同祖先），是一种已经发生的进 化事件。取值：Yes or No，需要通过相关分析 才能得出结论。[ 例如：对bHLH转录因子序列的系
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1）BLAST
BLAST: basic local alignment search tool 基本局部比对搜索工具 Basic BLAST（5种） Specialized BLAST（8种）
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Basic BLAST
blastn blastp
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Basic BLAST