一种基于SSR标记遗传图谱品种识别中的核心应用方法
ssr分子标记原理
ssr分子标记原理SSR分子标记原理引言：SSR分子标记（SSR molecular tagging）是一种用于分析和鉴定生物体内特定分子的技术。
它基于分子生物学和生物化学的原理，通过特定的标记物，可以在细胞、组织或体液中准确地检测和定位目标分子。
本文将介绍SSR分子标记的原理及其在科研和医学领域的应用。
一、SSR分子标记的原理SSR分子标记是一种基于DNA序列多态性的分子标记技术。
它利用了DNA序列中的简单重复序列（simple sequence repeat, SSR），即由1-6个碱基重复组成的核酸序列。
SSR序列在基因组中广泛存在，具有高度变异性和遗传稳定性，因此可以作为DNA分子标记的候选序列。
SSR分子标记的原理可以简单概括为以下几个步骤：1. DNA提取：从样品（如细胞、组织或体液）中提取总DNA。
2. SSR标记物设计：根据目标分子的序列信息，设计特异性引物，引物的两端分别包含互补的SSR序列。
3. PCR扩增：利用PCR技术，使用设计好的引物对DNA进行扩增，扩增产物中包含了目标分子的序列和SSR序列。
4. 电泳分析：将PCR扩增产物进行电泳分析，根据SSR序列的长度变异性，可以将不同样品中的目标分子进行定性和定量分析。
二、SSR分子标记的应用SSR分子标记技术在科研和医学领域具有广泛的应用价值，以下是几个典型的应用案例：1. 遗传多样性研究：SSR分子标记可以用于研究不同物种或不同个体间的遗传多样性。
通过对多个基因座进行SSR分子标记，可以获得物种或个体的遗传背景信息，进而推断种群结构、基因流动和进化关系等。
2. 基因定位和图谱构建：SSR分子标记可以用于构建遗传图谱，帮助研究人员定位和克隆感兴趣的基因。
通过SSR标记物在遗传图谱上的位置，可以确定目标基因的大致区域，为后续的克隆工作提供有力的指导。
3. 疾病诊断和预后评估：SSR分子标记在医学诊断中的应用也日益广泛。
通过对特定基因的SSR序列进行分子标记，可以检测和鉴定与疾病相关的突变或多态性。
利用SSR标记筛选水稻富γ-氨基丁酸后代材料
利用SSR标记筛选水稻富γ-氨基丁酸后代材料1. 引言1.1 研究背景水稻是世界上最重要的粮食作物之一，而γ-氨基丁酸是一种重要的氨基酸，对人体健康具有重要作用。
目前市场上水稻中γ-氨基丁酸含量较低，无法满足人们对高营养水稻的需求。
寻找富含γ-氨基丁酸的水稻后代材料成为当前研究的热点之一。
本研究旨在利用SSR标记技术，筛选出富γ-氨基丁酸基因的水稻后代材料，为水稻遗传改良和培育高营养水稻品种提供理论和实验基础。
通过对水稻中γ-氨基丁酸代谢途径的深入研究，将有望实现水稻营养成分的提高，为人类健康和粮食安全做出贡献。
1.2 研究目的本研究的目的是利用SSR标记筛选水稻富γ-氨基丁酸后代材料，以提高水稻对γ-氨基丁酸的含量和抗逆性。
在现代农业生产中，逆境胁迫对作物生长和产量造成了严重影响，而γ-氨基丁酸被证明是一种重要的抗逆物质。
通过筛选出富γ-氨基丁酸后代材料，可以有效提高水稻的抗逆性和生产潜力。
本研究将结合SSR标记技术，旨在快速、准确地鉴定出含有丰富γ-氨基丁酸基因的水稻品种，为进一步的育种工作奠定基础。
通过本研究的实施，期望能够为提高水稻的抗逆性和适应性提供科学依据，为解决粮食安全和农业可持续发展问题做出贡献。
2. 正文2.1 SSR标记在水稻中的应用SSR标记（Simple Sequence Repeats）是一种常用的分子标记技术，在水稻中的应用颇为广泛。
通过对水稻基因组中的SSR序列进行PCR扩增，可以得到一系列与特定基因或性状相关的DNA标记，从而实现遗传图谱构建、种质资源鉴定、品种鉴别等多种用途。
在水稻育种中，利用SSR标记可以快速、准确地进行遗传图谱构建，揭示基因座与性状之间的关系，为后代品种的选育提供重要依据。
SSR标记还可用于鉴别不同品种之间的遗传差异，帮助种子企业保护品种权益，加强品种管理。
SSR标记还可以用于研究水稻的遗传多样性和遗传演化。
通过对不同种质资源的SSR标记分析，可以揭示不同种群之间的遗传关系和进化规律，为水稻种质资源的合理利用和保护提供科学依据。
SSR分子标记在植物遗传育种中的应用
SSR分子标记在植物遗传育种中的应用摘要: SSR ( Simple Sequence Repeat)是建立在PCR技术上的一种广泛应用的分子标记，具有含量丰富、多态性高、共显性等优点。
简要介绍了SSR标记技术的原理和特点，并总结了该技术在植物遗传多样性、遗传图谱构建、分子标记辅助选择、种质资源保存、利用评价、植物群体遗传分析等方面的应用。
关键词:SSR ( Simple Sequence Repeat) ；分子标记；遗传多样性；遗传图谱；遗传分析在人类及动植物的基因组中，包括内含子、编码区及染色体上的任一区域，均存在着1-6个核苷酸为基本重复单位的串联重复序列（simple sequence repeats），简称SSR，又称微卫星DNA（microsatellite DNA），其长度大多在100bp 以内。
研究表明，在真核生物中大约每隔10-50kb就存在1个微卫星，其主要以2个核苷酸为重复单位，也有一些微卫星重复单位以3个核苷酸，极少数为4个核苷酸或更多，如（GA）n、（AC）n、（GAA）n、（GATA）n等。
人和动物中的微卫星重复单位主要为（TG），植物基因组中（AT）重复较（AC）重复更为普遍。
而且从进化的角度看，物种间重复序列的差异是自然选择和生物对环境适应的结果，生物进化的水平越高，重复序列占DNA总量的比重就越大，如噬菌体基因组中重复序列占10%，细菌位20%，酵母为30%，小麦为83%，在人的基因组中这一指数高达90%。
遗传标记(Genetic markers)是指与目标性状紧密连锁且与该性状共同分离并易于识别的可遗传等位基因变异。
在遗传育种研究中，遗传标记指的是与目标性状紧密连锁,同该性状共分离的可遗传的标识。
遗传标记已经经历了形态标记,细胞学标记,生化标记和分子标记4个阶段。
前3类遗传标记都是对基因的间接表达,并且标记位点少，多态性差，容易受到季节变化、环境因素等的影响,所以已经逐步被分子标记所代替。
基于SSR标记的我国主栽日本栗品种(系)遗传结构分析和指纹图谱构建
点；多态信息含量（ ＰＩＣ） 变幅为 ０ ３７５ ～ ０ ８１５，平均值为 ０ ６０５；供试日本栗品种表现出高的遗传多样
性。 系统发育树、群体结构和主坐标分析结果一致，支持中国境内的部分日本栗品种（ 系） 独立形成一
８月３日
日本
所属种
Ｓｐｅｃｉｅｓ
ＣＣ－１５
烧锅 ８ 号
ＣＣ－１７
和睦实生
ＣＣ－１９
武藏
日本
品种（ 系）
Ｃａｓｔａｎｅａ ｃｒｅｎａｔａ
ＣＣ－２１
国见
日本
品种（ 系）
Ｃａｓｔａｎｅａ ｃｒｅｎａｔａ
石槌
日本
品种（ 系）
Ｃａｓｔａｎｅａ ｃｒｅｎａｔａ
中国
品种（ 系）
Ｃａｓｔａｎｅａ ｃｒｅｎａｔａ
中国
ＣＭ－２０
ＣＭ－２３
ＣＭ－２６
ＣＭ－２９
－
编号
Ｎｕｍｂｅｒ
品种名
Ｃｕｌｔｉｖａｒ ｎａｍｅ
来源
Ｏｒｉｇｉｎ
资源类型
Ｇｅｒｍｐｌａｓｍ ｔｙｐｅ
１９０１
品种（ 系）
Ｃａｓｔａｎｅａ ｃｒｅｎａｔａ
中国
品种（ 系）
Ｃａｓｔａｎｅａ ｃｒｅｎａｔａ
中国
品种（ 系）
Ｃａｓｔａｎｅａ ｃｒｅｎａｔａ
中国
品种（ 系）
日本栗品种，并利用荧光 ＳＳＲ 分子标记对 １２４ 份栗属
ｒｅｐｅａｔ，ＳＳＲ） 具有共显性、稳定性、可重复性和多态性
和日本栗品种的遗传结构，旨在为日本栗在栗属植物
ＱＴＬ） 分析
基于SSR标记的石榴品种遗传多样性分析和指纹图谱构建
㊀山东农业科学㊀２０２３ꎬ５５(１２):２６~３３ＳｈａｎｄｏｎｇＡｇｒｉｃｕｌｔｕｒａｌＳｃｉｅｎｃｅｓ㊀ＤＯＩ:１０.１４０８３/ｊ.ｉｓｓｎ.１００１－４９４２.２０２３.１２.００４收稿日期:２０２３－０２－２４基金项目:山东省农业科学院农业科技创新工程项目(ＣＸＧＣ２０２３Ａ１２)ꎻ山东省重点研发计划项目(２０２１ＬＺＧＣ００７)ꎻ枣庄学院山东省石榴精深加工工程技术研究中心/山东省石榴资源综合开发工程实验室开放课题(ＳＬＫＦ２０２１００１)ꎻ山东省农业科学院揭榜科技难题项目(ＳＨＪＢ２０２２－４２)作者简介:冯立娟(１９８２ )ꎬ女ꎬ山东聊城人ꎬ博士ꎬ副研究员ꎬ研究方向为石榴种质资源评价与创新利用研究ꎮＥ－ｍａｉｌ:ｆｅｎｇｌｊ１２３０＠１２６.ｃｏｍ通信作者:尹燕雷(１９７６ )ꎬ男ꎬ山东肥城人ꎬ硕士ꎬ研究员ꎬ研究方向为石榴种质资源评价与创新利用研究ꎮＥ－ｍａｉｌ:ｙｙｌｅｉ６６＠ｓｉｎａ.ｃｏｍ基于ＳＳＲ标记的石榴品种遗传多样性分析和指纹图谱构建冯立娟１ꎬ程云２ꎬ王传增３ꎬ焦其庆３ꎬ尹燕雷１(１.山东省果树研究所ꎬ山东泰安㊀２７１０００ꎻ２.聊城市林业发展中心ꎬ山东聊城㊀２５２０００ꎻ３.山东省农业科学院ꎬ山东济南㊀２５０１００)㊀㊀摘要:为明确国内主产区不同主栽石榴品种的遗传多样性ꎬ构建ＤＮＡ指纹图谱ꎬ本研究以３０个石榴品种为试材ꎬ利用琼脂糖凝胶电泳和毛细管电泳筛选多态性引物ꎬ建立了石榴品种ＳＳＲ分子标记鉴定体系ꎬ然后利用样品信息与指纹代码配置组合的串联代码ꎬ构建了不同石榴品种的ＤＮＡ指纹图谱ꎮ结果表明ꎬ从３６对引物中筛选出扩增产物条带清晰稳定㊁多态性高的引物１０对ꎬ共检测出４８个等位基因ꎬ平均为４.８个ꎬ观察杂合度和期望杂合度平均分别为０.５０和０.６０ꎬＳｈａｎｎｏｎ ｓ指数和Ｎｅｉ ｓ多样性指数平均分别为１.１１和０.５９ꎬ多态信息含量在０.３３~０.７２之间ꎬ平均为０.５３ꎮ聚类分析发现ꎬ３０个品种被分为３组ꎬＡ组包括１６个品种ꎬＢ组包括８个品种ꎬＣ组包括６个品种ꎮ基于样品㊁引物和等位基因信息ꎬ构建了３０个品种的特异指纹代码及指纹图谱二维码ꎮ本研究结果可为石榴种质资源分子鉴定及开发利用提供理论依据ꎮ关键词:石榴品种ꎻＳＳＲ分子标记ꎻ遗传多样性ꎻＤＮＡ指纹图谱中图分类号:Ｓ６６５.４０１㊀㊀文献标识号:Ａ㊀㊀文章编号:１００１－４９４２(２０２３)１２－００２６－０８ＧｅｎｅｔｉｃＤｉｖｅｒｓｉｔｙＡｎａｌｙｓｉｓａｎｄＤＮＡＦｉｎｇｅｒｐｒｉｎｔＣｏｎｓｔｒｕｃｔｉｏｎｏｆＰｏｍｅｇｒａｎａｔｅＶａｒｉｅｔｉｅｓＢａｓｅｄｏｎＳＳＲＭｏｌｅｃｕｌａｒＭａｒｋｅｒｓＦｅｎｇＬｉｊｕａｎ１ꎬＣｈｅｎｇＹｕｎ２ꎬＷａｎｇＣｈｕａｎｚｅｎｇ３ꎬＪｉａｏＱｉｑｉｎｇ３ꎬＹｉｎＹａｎｌｅｉ１(１.ＳｈａｎｄｏｎｇＩｎｓｔｉｔｕｔｅｏｆＰｏｍｏｌｏｇｙꎬＴａｉａｎ２７１０００ꎬＣｈｉｎａꎻ２.ＬｉａｏｃｈｅｎｇＦｏｒｅｓｔｒｙＤｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔＣｅｎｔｅｒꎬＬｉａｏｃｈｅｎｇ２５２０００ꎬＣｈｉｎａꎻ３.ＳｈａｎｄｏｎｇＡｃａｄｅｍｙｏｆＡｇｒｉｃｕｌｔｕｒａｌＳｃｉｅｎｃｅｓꎬＪｉｎａｎ２５０１００ꎬＣｈｉｎａ)Ａｂｓｔｒａｃｔ㊀ＩｎｏｒｄｅｒｔｏｉｄｅｎｔｉｆｙｔｈｅｇｅｎｅｔｉｃｄｉｖｅｒｓｉｔｙｏｆｍａｊｏｒｐｏｍｅｇｒａｎａｔｅｖａｒｉｅｔｉｅｓａｎｄｃｏｎｓｔｒｕｃｔｔｈｅｉｒＤＮＡｆｉｎｇｅｒｐｒｉｎｔｓꎬ３０ｐｏｍｅｇｒａｎａｔｅｖａｒｉｅｔｉｅｓｗｅｒｅｕｓｅｄａｓｍａｔｅｒｉａｌｓꎬｔｈｅａｇａｒｏｓｅａｎｄｃａｐｉｌｌａｒｙｅｌｅｃｔｒｏｐｈｏｒｅｓｉｓｗｅｒｅｕｓｅｄｔｏｓｃｒｅｅｎｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｃｐｒｉｍｅｒｓꎬａｎｄｔｈｅＳＳＲｍｏｌｅｃｕｌａｒｍａｒｋｅｒｉｄｅｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎｓｙｓｔｅｍｗｅｒｅｃｏｎｓｔｒｕｃ￣ｔｅｄ.ＴｈｅｎｔｈｅＤＮＡｆｉｎｇｅｒｐｒｉｎｔｓｏｆｔｈｅｐｏｍｅｇｒａｎａｔｅｖａｒｉｅｔｉｅｓｗｅｒｅｃｏｎｓｔｒｕｃｔｅｄｂｙｕｓｉｎｇｔｈｅｔａｎｄｅｍｃｏｄｅｓｃｏｎ￣ｔａｉｎｉｎｇｓａｍｐｌｅꎬｐｒｉｍｅｒａｎｄａｌｌｅｌｅｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ.Ｔｈｅｒｅｓｕｌｔｓｓｈｏｗｅｄｔｈａｔｔｅｎｐａｉｒｓｏｆｐｒｉｍｅｒｓｗｉｔｈｃｌｅａｒａｎｄｓｔａ￣ｂｌｅｂａｎｄｓａｎｄｈｉｇｈｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍｗｅｒｅｓｅｌｅｃｔｅｄｆｒｏｍ３６ｐａｉｒｓｏｆｐｒｉｍｅｒｓ.Ｕｓｉｎｇｔｈｅｍꎬ４８ａｌｌｅｌｅｓｗｅｒｅｄｅｔｅｃｔｅｄｗｉｔｈｔｈｅｍｅａｎｏｆ４.８ｐｅｒｅｖｅｒｙｐａｉｒｏｆｐｒｉｍｅｒ.Ｔｈｅａｖｅｒａｇｅｏｂｓｅｒｖｅｄｈｅｔｅｒｏｚｙｇｏｓｉｔｙａｎｄｅｘｐｅｃｔｅｄｈｅｔｅｒｏｚｙｇｏｓｉｔｙｗｅｒｅ０.５０ａｎｄ０.６０ꎬｒｅｓｐｅｃｔｉｖｅｌｙ.ＴｈｅＳｈａｎｎｏｎ ｓｉｎｄｅｘａｎｄＮｅｉ ｓｄｉｖｅｒｓｉｔｙｉｎｄｅｘｗｅｒｅ１.１１ａｎｄ０.５９ꎬｒｅ￣ｓｐｅｃｔｉｖｅｌｙ.Ｔｈｅｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎｃｏｎｔｅｎｔｒａｎｇｅｄｆｒｏｍ０.３３ｔｏ０.７２ꎬｗｉｔｈｔｈｅｍｅａｎｏｆ０.５３.Ｔｈｅｃｌｕｓｔｅｒａｎａｌｙｓｉｓｒｅｓｕｌｔｓｓｈｏｗｅｄｔｈａｔｔｈｅ３０ｖａｒｉｅｔｉｅｓｃｏｕｌｄｂｅｃｌａｓｓｉｆｉｅｄｉｎｔｏ３ｇｒｏｕｐｓꎬａｍｏｎｇｗｈｉｃｈꎬｔｈｅｇｒｏｕｐＡｉｎ￣ｃｌｕｄｅｄ１６ｖａｒｉｅｔｉｅｓꎬｔｈｅｇｒｏｕｐＢｉｎｃｌｕｄｅｄ８ｖａｒｉｅｔｉｅｓꎬａｎｄｔｈｅｇｒｏｕｐＣｉｎｃｌｕｄｅｄ６ｖａｒｉｅｔｉｅｓ.Ｂａｓｅｄｏｎｔｈｅｉｎ￣ｆｏｒｍａｔｉｏｎｏｆｓａｍｐｌｅｓꎬｐｒｉｍｅｒｓａｎｄａｌｌｅｌｅｓꎬｔｈｅｓｐｅｃｉｆｉｃｆｉｎｇｅｒｐｒｉｎｔｃｏｄｅｓａｎｄｔｈｅｉｒｔｗｏ￣ｄｉｍｅｎｓｉｏｎａｌｃｏｄｅｓｏｆｔｈｅ３０ｖａｒｉｅｔｉｅｓｗｅｒｅｃｏｎｓｔｒｕｃｔｅｄ.Ｔｈｅｒｅｓｕｌｔｓｏｆｔｈｉｓｓｔｕｄｙｃｏｕｌｄｐｒｏｖｉｄｅｔｈｅｏｒｅｔｉｃａｌｂａｓｅｓｆｏｒｍｏｌｅｃｕｌａｒｉｄｅｎｔｉｆｉｃａ￣ｔｉｏｎꎬｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔａｎｄｕｔｉｌｉｚａｔｉｏｎｏｆｇｅｒｍｐｌａｓｍｒｅｓｏｕｒｃｅｓｏｆｐｏｍｅｇｒａｎａｔｅ.Ｋｅｙｗｏｒｄｓ㊀Ｐｏｍｅｇｒａｎａｔｅ(Ｐｕｎｉｃａｇｒａｎａｔｕｍ)ｖａｒｉｅｔｙꎻＳＳＲｍｏｌｅｃｕｌａｒｍａｒｋｅｒꎻＧｅｎｅｔｉｃｄｉｖｅｒｓｉｔｙꎻＤＮＡｆｉｎｇｅｒｐｒｉｎｔ㊀㊀石榴(ＰｕｎｉｃａｇｒａｎａｔｕｍＬ.)是千屈菜科(Ｌｙｔｈ￣ｒａｃｅａｅ)石榴属(Ｐｕｎｉｃａ)的特色果树ꎬ果实营养丰富ꎬ保健功能强ꎬ且观赏价值高ꎬ适应性广ꎬ在世界热带和亚热带地区均可栽植[１－２]ꎮ中国石榴栽培历史悠久ꎬ经过长期的自然选择和人工驯化ꎬ已形成山东㊁安徽㊁河南㊁四川㊁云南㊁陕西㊁新疆和河北等主产区ꎬ筛选出许多优异的品种资源[３]ꎮ石榴遗传背景复杂ꎬ亲缘关系模糊ꎬ品种间表型性状差异较小ꎬ通过形态特征鉴定品种并分类较为困难ꎬ同物异名或同名异物情况时有发生ꎬ限制了石榴的栽培育种工作[４]ꎮ因此ꎬ开展石榴种质资源评价对其开发利用及新品种选育具有重要意义ꎮ简单重复序列(ｓｉｍｐｌｅｓｅｑｕｅｎｃｅｒｅｐｅａｔꎬＳＳＲ)分子标记通过扩增目的ＤＮＡ片段ꎬ利用电泳检测产物ꎬ不受环境㊁生长发育阶段和人为因素的影响ꎬ具有多态性高㊁重复性好㊁共显性㊁多等位位点变异㊁操作简便等优点[５－６]ꎬ已广泛应用于梨[７－８]㊁桃[９]㊁枇杷[１０]㊁板栗[１１]等果树种质资源的遗传多样性分析和遗传图谱构建等研究中ꎮ近年来ꎬ石榴种质资源遗传多样性方面的研究已有相关报道ꎮＰａｔｉｌ等[１２]利用ＳＳＲ分子标记对印度４２个石榴品种进行了遗传多样性和群体结构分析ꎮ洪文娟等[４]利用石榴全基因组序列ꎬ鉴定出大量适用于遗传多样性分析和品种鉴定等研究的ＳＳＲ引物ꎬ分析了１７９份石榴种质的遗传多样性ꎬ构建了ＤＮＡ遗传图谱[１３]ꎮ我国石榴种质资源丰富ꎬ近年来ꎬ通过省级审定或获国家植物新品种权的品种较多ꎬ但利用ＳＳＲ分子标记技术构建这些石榴品种ＤＮＡ图谱的研究鲜有报道ꎮ因此ꎬ本研究以３０个石榴品种为试材ꎬ利用ＳＳＲ标记技术对其进行遗传多样性分析和ＤＮＡ指纹图谱构建ꎬ旨在为石榴育种材料选择㊁品种保护及分子鉴定提供重要依据ꎮ１㊀材料与方法１.１㊀试验材料供试３０个石榴品种(表１)ꎬ分别定植于山东省果树研究所万吉山石榴种质资源圃和山东省淄博市淄川区黛青山石榴基地ꎮ每个品种选１０个单株ꎬ于２０２２年６月份采集健康鲜嫩幼叶混合ꎬ用硅胶干燥后保存在室内干燥阴凉处备用ꎮ㊀㊀表１㊀供试石榴品种编号品种缩写编号品种缩写１泰山红ＴＳＨ１６竹叶青ＺＹＱ２泰山三白甜ＴＳＳＢＴ１７白花玉石籽ＢＨＹＳＺ３玉丰ＹＦ１８红花玉石籽ＨＨＹＳＺ４小红皮甜ＸＨＰＴ１９泰山金红ＴＳＪＨ５岱红１号ＤＨ１２０秋艳ＱＹ６岱红２号ＤＨ２２１三白酸ＳＢＳ７岱红３号ＤＨ３２２河阴软籽ＨＹＲＺ８鲁青１号ＬＱ１２３蓝宝石ＬＢＳ９鲁青２号ＬＱ２２４锈皮石榴ＸＰＳＬ１０鲁青３号ＬＱ３２５突尼斯软籽ＴＮＳＲＺ１１大青皮酸ＤＱＰＳ２６黛丹１号ＤＤ１１２榴花粉ＬＨＦ２７黛丹２号ＤＤ２１３单瓣粉花酸ＤＢＦＨＳ２８黛丹４号ＤＤ４１４枣庄红牡丹ＺＺＨＭＤ２９黛丹８号ＤＤ８１５牡丹ＭＤ３０黛丹９号ＤＤ９１.２㊀ＤＮＡ提取采用改良ＣＴＡＢ法提取基因组ＤＮＡꎬ用Ｎａｎ￣ｏＤｒｏｐｏｎｅ超微量紫外分光光度计测ＤＮＡ浓度ꎬ１.２％琼脂糖凝胶电泳检验ＤＮＡ质量ꎬ然后将ＤＮＡ母液稀释至５０ｎｇ μＬ－１ꎬ－２０ħ保存备用ꎮ１.３㊀ＳＳＲ引物筛选搜集参考文献[４]和[１２]报道的引物信息ꎬ根据石榴参考基因组进行设计ꎬ共合成３６对ＳＳＲ引物ꎮ通过１.５％琼脂糖凝胶电泳ꎬ初次筛选出能７２㊀第１２期㊀㊀㊀冯立娟ꎬ等:基于ＳＳＲ标记的石榴品种遗传多样性分析和指纹图谱构建够扩增出清晰稳定条带的引物ꎻ然后对初次筛选出的引物通过ＡＢＩ３７３０ＸＬ测序仪进行毛细管电泳多态性检测ꎮ共选出多态性较高的ＳＳＲ引物１０对ꎬ见表２ꎮ㊀㊀表２㊀选出的１０对ＳＳＲ引物引物正向序列(５ᶄ－３ᶄ)反向序列(５ᶄ－３ᶄ)Ｍ０６ＴＧＧＴＴＡＧＧＣＡＴＧＣＡＡＧＡＧＴＧＧＡＧＣＴＧＧＴＧＡＴＴＴＣＡＴＴＧＧＧＭ０７ＴＡＧＣＣＣＣＡＴＴＴＴＧＣＴＧＡＴＴＣＧＴＣＧＣＧＴＧＡＡＡＴＴＣＣＣＴＡＡＡＭ０９ＧＣＣＡＧＧＡＣＡＡＡＴＴＧＡＣＣＣＴＡＴＧＴＴＴＣＴＴＧＴＧＡＧＣＴＧＡＴＴＧＧＰ２０ＧＣＡＧＡＡＣＴＣＣＡＧＡＣＴＣＧＴＴＣＡＣＴＣＣＡＣＣＣＧＴＣＴＡＡＴＣＴＰ２３ＣＴＣＡＣＧＧＧＡＴＧＡＡＴＡＡＣＧＴＴＧＧＧＴＣＴＴＧＴＣＴＧＡＡＣＧＰ２４ＧＣＣＧＡＴＧＧＣＴＴＡＣＣＴＡＡＴＣＣＡＴＡＴＣＧＡＧＧＣＧＴＴＡＣＡＰ３４ＣＧＧＣＴＴＴＣＣＣＴＴＧＴＴＴＡＧＡＡＴＧＧＧＧＡＣＴＴＧＧＡＡＧＧＴＰ４１ＧＡＧＧＡＧＴＣＡＡＴＴＣＧＡＣＣＣＡＡＣＡＴＣＧＡＡＴＴＣＴＡＴＴＣＣＣＴＣＣＣＰ４８ＴＴＧＴＣＧＡＣＧＡＡＣＴＣＧＡＡＣＡＧＴＧＣＡＴＧＣＡＧＡＣＡＧＣＴＴＴＡＧＧＰ４９ＧＧＡＣＧＡＧＡＴＡＣＧＧＣＡＧＡＧＡＣＴＧＣＡＧＡＧＧＡＴＴＧＣＴＧＡＧＡＴＧ１.４㊀ＳＳＲ－ＰＣＲ扩增ＰＣＲ反应体系(共２０μＬ):ｄｄＨ２Ｏ１４.８μＬꎬｄＮＴＰ０.４μＬꎬＢｕｆｆｅｒ２.０μＬꎬ正㊁反向引物(２０μｍｏｌ/Ｌ)各０.３μＬꎬＤＮＡ模板２.０μＬꎬＴａｑ０.２μＬꎮＰＣＲ扩增程序:９４ħ预变性５ｍｉｎꎻ９４ħ变性３０ｓꎬ６５ħ到５０ħ降落复性３０ｓꎬ７２ħ延伸４０ｓꎬ共３５个循环ꎻ最终７２ħ延伸３ｍｉｎꎮ１.５㊀毛细管电泳检测ＰＣＲ产物经琼脂糖凝胶电泳抽检合格后进行毛细管电泳检测ꎮ将甲酰胺与分子量内标按１００ʒ１的体积比混匀后ꎬ取１５μＬ加入上样板中ꎬ再加入１μＬ稀释１０倍的ＰＣＲ产物ꎬ然后使用ＡＢＩ３７３０ＸＬ测序仪进行毛细管电泳ꎮ利用ＧｅｎｅＭａｒｋｅｒＶ２.２.０软件中的Ｆｒａｇｍｅｎｔ(Ｐｌａｎｔ)片段ꎬ分析测序仪得到的原始数据ꎬ比较各泳道内分子量内标的位置与各样品峰值的位置ꎬ得到片段大小ꎮ１.６㊀指纹图谱构建参照韩志强等[１４]的方法ꎬ记录各品种在每个ＳＳＲ位点上的等位标记配置(略去单位ｂｐ)ꎬ将１０对ＳＳＲ引物按固定顺序进行编码ꎬＳＳＲ标记位点记为Ａ Ｊꎬ以等位标记形式读取样品与引物扩增后的产物大小ꎬ中间由 ꎬ 进行分隔ꎬ将引物编号与读数之间用 － 连接构成引物与等位标记配置的组合ꎬ组合之间依次用 / 分隔ꎮ１０个引物与扩增产物组合串联构成该品种的指纹代码ꎮ最后ꎬ将每个样品信息(编号㊁名称㊁缩写和植物学分类)与其指纹代码结合后导入ＱＲｃｏｄｅ软件ꎬ生成该品种的指纹代码二维码ꎮ１.７㊀数据分析一个引物为一个等位基因位点ꎬ将每个样品在各个等位基因位点的片段大小按Ｃｏｎｖｅｒｔ１.３１软件要求的格式录入到ＭｉｃｒｏｓｏｆｔＥｘｃｅｌ２０１０中ꎬ然后用Ｃｏｎｖｅｒｔ１.３１软件转化成ＰＯＰＧＥＮＥ软件所要求格式ꎮ使用ＰＯＰＧＥＮＥ３２软件分别进行各引物及各品种的遗传多样性分析ꎮ基于遗传相似系数ꎬ使用ＮＴＳＹＳｐｃＶｅｒｓｉｏｎ２.１０ｅ软件中ＵＰＧ￣ＭＡ法对各样品进行聚类分析ꎬ构建系统发育树ꎮ２㊀结果与分析２.１㊀ＳＳＲ引物筛选利用３６对引物对 小红皮甜 ㊁ 岱红１号 ㊁ 岱红２号 和 岱红３号 ４个品种进行扩增ꎬ经１.５％琼脂糖凝胶电泳检测ꎬ筛选出扩增产物条带清晰稳定的引物１０对(表２)ꎮ以 岱红１号 为例ꎬ其在１０个引物中的毛细管电泳图见图１ꎬ可见筛选引物具有较高多态性ꎮ２.２㊀ＳＳＲ引物的遗传多样性分析在３０个石榴品种中ꎬ１０对ＳＳＲ引物共检测出４８个等位基因ꎬ最多的１０个ꎬ最少的２个ꎬ平均４.８个(表３)ꎮ有效等位基因为１.６４~４.２４个ꎬ平均２.７６个ꎮ观察杂合度在０.３７~０.６０之间ꎬ平均为０.５０ꎻ期望杂合度为０.４０~０.７８ꎬ平均为０.６０ꎮＳｈａｎｎｏｎ ｓ指数和多态信息含量分别为０.６１~１.７０和０.３３~０.７２ꎬ平均分别为１.１１和０.５３ꎮＮｅｉ ｓ多样性指数为０.３９~０.７６ꎬ平均为０.５９ꎮ表明供试品种遗传多样性丰富ꎮ２.３㊀石榴种质资源聚类分析由图２可见ꎬ３０个石榴品种在遗传相似系数为０.５２处被分为３组ꎬＡ组包括１６个品种ꎬＢ组包括８个品种ꎬＣ组包括６个品种ꎻ当遗传相似系数为０.５９时ꎬＡ组又分为３个小组ꎬＢ组分为２个小组ꎮＡ１小组包括 白花玉石籽 ㊁ 河阴软籽 ㊁ 大青皮酸 ㊁ 黛丹８号 ㊁ 竹叶青 ㊁ 枣庄红牡丹 和 牡丹 ７个品种ꎮＡ２小组包括 岱红３号 ㊁ 鲁青３号 ㊁ 鲁青１号 ㊁ 泰山金红 ４个品种ꎮＡ３小组包括 岱红１号 ㊁ 秋艳 ㊁ 小红皮甜 ㊁ 鲁青２号 和 突尼斯软籽 ５个品种ꎮＢ１小组包括 单瓣粉花酸 ㊁ 岱红２号 ㊁ 黛丹１８２㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀山东农业科学㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀第５５卷㊀号 ㊁ 黛丹２号 ㊁ 锈皮石榴 和 三白酸 ６个品种ꎮＢ２小组包括 黛丹９号 和 红花玉石籽 ꎮＣ组包括 黛丹４号 ㊁ 蓝宝石 ㊁ 榴花粉 ㊁ 泰山红 ㊁ 玉丰 和 泰山三白甜 ６个品种ꎮ图１㊀ 岱红１号 在筛选出的１０个ＳＳＲ引物中的毛细管电泳结果９２㊀第１２期㊀㊀㊀冯立娟ꎬ等:基于ＳＳＲ标记的石榴品种遗传多样性分析和指纹图谱构建㊀㊀表３㊀１０对ＳＳＲ引物的遗传信息引物等位基因数/个有效等位基因数/个观察杂合度期望杂合度Ｓｈａｎｎｏｎ ｓ指数多态信息含量Ｎｅｉ ｓ多样性指数Ｍ０６６４.２４０.３７０.７８１.５３０.７２０.７６Ｍ０７６２.５６０.５７０.６２１.１８０.５５０.６１Ｍ０９１０３.７３０.４００.７４１.７００.７００.７３Ｐ２０７４.１２０.４５０.７７１.５７０.７２０.７６Ｐ２３２１.７２０.６００.４３０.６１０.３３０.４２Ｐ２４５３.４７０.４００.７２１.３３０.６６０.７１Ｐ３４３１.６４０.５７０.４００.６６０.３４０.３９Ｐ４１４２.０５０.５００.５２０.９７０.４７０.５１Ｐ４８２１.９００.５７０.４８０.６７０.３６０.４７Ｐ４９３２.１８０.５７０.５５０.８９０.４６０.５４平均４.８２.７６０.５００.６０１.１１０.５３０.５９图２㊀３０个石榴品种的ＵＰＧＭＡ聚类分析２.４㊀ＤＮＡ指纹图谱构建ＤＮＡ指纹图谱可以有效鉴定果树品种的真实性和纯度ꎬ在果树遗传育种和品种保护研究中发挥效用[１５－１６]ꎮ３０个石榴品种用１０对引物扩增后ꎬ读取扩增产物的等位标记碱基长度ꎮ依据设计的指纹图谱代码构建方法ꎬ为３０个品种建立能够相互区别于其他品种的指纹图谱代码(表４)ꎬ将每个品种的信息及指纹图谱代码导入ＱＲｃｏｄｅ软件生成ＱＲ指纹图谱二维码(图３)ꎮ利用１０对引物能有效区分２８个石榴品种ꎬ无法区分ＤＨ１和ＤＨ２及ＤＤ１和ＤＤ９ꎮ㊀㊀表４㊀３０个石榴品种的ＤＮＡ指纹图谱代码ＴＳＨＡ－２０３ꎬ２０３/Ｂ－２３０ꎬ２３０/Ｃ－２０８ꎬ２０８/Ｄ－?ꎬ?/Ｅ－２７１ꎬ２７１/Ｆ－２１８ꎬ２１８/Ｇ－１７９ꎬ２９３/Ｈ－１９２ꎬ１９２/Ｉ－２３５ꎬ２４１/Ｊ－２１７ꎬ２１７ＺＹＱＡ－１８５ꎬ２０３/Ｂ－２２４ꎬ２３０/Ｃ－２０８ꎬ２１８/Ｄ－２２０ꎬ２２０/Ｅ－２７１ꎬ２７１/Ｆ－２２２ꎬ２２２/Ｇ－１７９ꎬ２９３/Ｈ－１９２ꎬ１９２/Ｉ－２３５ꎬ２３５/Ｊ－２０２ꎬ２１１ＴＳＳＢＴＡ－１９１ꎬ１９１/Ｂ－２２４ꎬ２２４/Ｃ－２０８ꎬ２０８/Ｄ－２１４ꎬ２２０/Ｅ－２６６ꎬ２７１/Ｆ－２２２ꎬ２２８/Ｇ－２９３ꎬ２９３/Ｈ－１８７ꎬ１８７/Ｉ－２３５ꎬ２３５/Ｊ－２０２ꎬ２０２ＢＨＹＳＺＡ－１９１ꎬ１９１/Ｂ－２３０ꎬ２３０/Ｃ－２０８ꎬ２０８/Ｄ－２２０ꎬ２２３/Ｅ－２７１ꎬ２７１/Ｆ－２１８ꎬ２２２/Ｇ－１７９ꎬ２９３/Ｈ－１９２ꎬ１９２/Ｉ－２３５ꎬ２４１/Ｊ－２０２ꎬ２０２ＹＦＡ－１９１ꎬ１９１/Ｂ－２２４ꎬ２３０/Ｃ－２０８ꎬ２０８/Ｄ－２２０ꎬ２２０/Ｅ－２６６ꎬ２７１/Ｆ－２２２ꎬ２２８/Ｇ－１７９ꎬ２９３/Ｈ－１９２ꎬ１９２/Ｉ－２３５ꎬ２３５/Ｊ－２０２ꎬ２０２ＨＨＹＳＺＡ－１８５ꎬ１８８/Ｂ－２２４ꎬ２３０/Ｃ－２４７ꎬ２６５/Ｄ－２１４ꎬ２２３/Ｅ－２７１ꎬ２７１/Ｆ－２２２ꎬ２２２/Ｇ－１７９ꎬ２９３/Ｈ－１９２ꎬ２０２/Ｉ－２３５ꎬ２３５/Ｊ－２０２ꎬ２０２０３㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀山东农业科学㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀第５５卷㊀㊀㊀表４(续)ＸＨＰＴＡ－２０３ꎬ２０７/Ｂ－２２４ꎬ２３３/Ｃ－２０８ꎬ２１８/Ｄ－２２３ꎬ２３１/Ｅ－２７１ꎬ２７１/Ｆ－２１８ꎬ２１８/Ｇ－２９３ꎬ２９３/Ｈ－１９２ꎬ１９２/Ｉ－２３５ꎬ２４１/Ｊ－２０２ꎬ２１７ＴＳＪＨＡ－１８５ꎬ１９１/Ｂ－２２４ꎬ２３０/Ｃ－２０８ꎬ２０８/Ｄ－２１４ꎬ２１４/Ｅ－２６６ꎬ２６６/Ｆ－２２８ꎬ２２８/Ｇ－２９３ꎬ２９３/Ｈ－１９２ꎬ１９２/Ｉ－２４１ꎬ２４１/Ｊ－２０２ꎬ２１１ＤＨ１Ａ－１９１ꎬ２０３/Ｂ－２２４ꎬ２２４/Ｃ－２０８ꎬ２０８/Ｄ－２２０ꎬ２２３/Ｅ－２６６ꎬ２７１/Ｆ－２２２ꎬ２２８/Ｇ－２９３ꎬ３１７/Ｈ－１８７ꎬ１９２/Ｉ－２３５ꎬ２４１/Ｊ－２１１ꎬ２１１ＱＹＡ－１８５ꎬ１９１/Ｂ－２３０ꎬ２３０/Ｃ－２０８ꎬ２１１/Ｄ－２００ꎬ２２３/Ｅ－２６６ꎬ２７１/Ｆ－２１８ꎬ２２８/Ｇ－１７９ꎬ２９３/Ｈ－１９２ꎬ１９２/Ｉ－２３５ꎬ２４１/Ｊ－２０２ꎬ２０２ＤＨ２Ａ－１９１ꎬ２０３/Ｂ－２２４ꎬ２２４/Ｃ－２０８ꎬ２０８/Ｄ－２２０ꎬ２２３/Ｅ－２６６ꎬ２７１/Ｆ－２２２ꎬ２２８/Ｇ－２９３ꎬ３１７/Ｈ－１８７ꎬ１９２/Ｉ－２３５ꎬ２４１/Ｊ－２１１ꎬ２１１ＳＢＳＡ－２０３ꎬ２０３/Ｂ－２２４ꎬ２３０/Ｃ－２０８ꎬ２１８/Ｄ－２１４ꎬ２２０/Ｅ－２６６ꎬ２７１/Ｆ－２２２ꎬ２２８/Ｇ－１７９ꎬ２９３/Ｈ－１９２ꎬ１９２/Ｉ－２４１ꎬ２４１/Ｊ－２０２ꎬ２１１ＤＨ３Ａ－１８８ꎬ１８８/Ｂ－２２４ꎬ２２４/Ｃ－２１８ꎬ２１８/Ｄ－２３１ꎬ２３１/Ｅ－２７１ꎬ２７１/Ｆ－２２２ꎬ２２２/Ｇ－２９３ꎬ２９３/Ｈ－１９２ꎬ２０２/Ｉ－２３５ꎬ２３５/Ｊ－２０２ꎬ２１１ＨＹＲＺＡ－１８８ꎬ２０３/Ｂ－２２４ꎬ２４６/Ｃ－２１１ꎬ２６５/Ｄ－２１４ꎬ２１４/Ｅ－２６６ꎬ２７１/Ｆ－２２２ꎬ２２８/Ｇ－１７９ꎬ２９３/Ｈ－１９２ꎬ２０２/Ｉ－２３５ꎬ２４１/Ｊ－２０２ꎬ２０２ＬＱ１Ａ－１８５ꎬ１９１/Ｂ－２２４ꎬ２２４/Ｃ－２１８ꎬ２３４/Ｄ－２２３ꎬ２２３/Ｅ－２７１ꎬ２７１/Ｆ－２１８ꎬ２１８/Ｇ－１７９ꎬ２９３/Ｈ－１８７ꎬ１９２/Ｉ－２３５ꎬ２３５/Ｊ－２０２ꎬ２１１ＬＢＳＡ－１８５ꎬ１８５/Ｂ－２２４ꎬ２２４/Ｃ－２０１ꎬ２０５/Ｄ－２１４ꎬ２１４/Ｅ－２６６ꎬ２７１/Ｆ－２２４ꎬ２２８/Ｇ－２９３ꎬ２９３/Ｈ－１９２ꎬ２０２/Ｉ－２３５ꎬ２４１/Ｊ－２０２ꎬ２０２ＬＱ２Ａ－１８５ꎬ１８５/Ｂ－２２４ꎬ２３０/Ｃ－２０８ꎬ２１８/Ｄ－２２３ꎬ２３１/Ｅ－２７１ꎬ２７１/Ｆ－２１８ꎬ２２２/Ｇ－１７９ꎬ２９３/Ｈ－１９２ꎬ２０２/Ｉ－２４１ꎬ２４１/Ｊ－２０２ꎬ２１１ＸＰＳＬＡ－２０３ꎬ２０３/Ｂ－２３０ꎬ２３０/Ｃ－２０８ꎬ２０８/Ｄ－２２９ꎬ２３１/Ｅ－２７１ꎬ２７１/Ｆ－２１８ꎬ２１８/Ｇ－１７９ꎬ１７９/Ｈ－１９２ꎬ１９２/Ｉ－２３５ꎬ２４１/Ｊ－２１７ꎬ２１７ＬＱ３Ａ－１８５ꎬ１８８/Ｂ－２２４ꎬ２２４/Ｃ－２１８ꎬ２１８/Ｄ－２１４ꎬ２３１/Ｅ－２７１ꎬ２７１/Ｆ－２２２ꎬ２２２/Ｇ－１７９ꎬ２９３/Ｈ－１９２ꎬ１９２/Ｉ－２３５ꎬ２３５/Ｊ－２０２ꎬ２１１ＴＮＳＲＺＡ－１８８ꎬ２０３/Ｂ－２２４ꎬ２４６/Ｃ－２１１ꎬ２６５/Ｄ－２１４ꎬ２１４/Ｅ－２６６ꎬ２７１/Ｆ－２２２ꎬ２２８/Ｇ－２９３ꎬ２９３/Ｈ－１９２ꎬ２０２/Ｉ－２３５ꎬ２４１/Ｊ－２０２ꎬ２０２ＤＱＰＳＡ－１８５ꎬ１８８/Ｂ－２２４ꎬ２２４/Ｃ－２０８ꎬ２１８/Ｄ－２２３ꎬ２３１/Ｅ－２７１ꎬ２７１/Ｆ－２１８ꎬ２２２/Ｇ－２９３ꎬ２９３/Ｈ－１８７ꎬ１９２/Ｉ－２３５ꎬ２３５/Ｊ－２０２ꎬ２１１ＤＤ１Ａ－１８５ꎬ１８８/Ｂ－２２０ꎬ２４９/Ｃ－２６２ꎬ２６５/Ｄ－２１４ꎬ２１４/Ｅ－２６６ꎬ２７１/Ｆ－２２４ꎬ２２８/Ｇ－２９３ꎬ２９３/Ｈ－１８７ꎬ１９２/Ｉ－２３５ꎬ２３５/Ｊ－２０２ꎬ２１１ＬＨＦＡ－１９１ꎬ２０３/Ｂ－２２４ꎬ２２４/Ｃ－２０８ꎬ２０８/Ｄ－２２０ꎬ２２３/Ｅ－２７１ꎬ２７１/Ｆ－２１８ꎬ２２２/Ｇ－２９３ꎬ２９３/Ｈ－１８７ꎬ１９２/Ｉ－２３５ꎬ２４１/Ｊ－２０２ꎬ２１１ＤＤ２Ａ－１８５ꎬ２０３/Ｂ－２４６ꎬ２４９/Ｃ－２４０ꎬ２６２/Ｄ－２１４ꎬ２１４/Ｅ－２６６ꎬ２６６/Ｆ－２２４ꎬ２２８/Ｇ－２９３ꎬ２９３/Ｈ－１９７ꎬ１９７/Ｉ－２３５ꎬ２３５/Ｊ－２０２ꎬ２０２ＤＢＦＨＳＡ－２０３ꎬ２０３/Ｂ－２２４ꎬ２２４/Ｃ－２１８ꎬ２１８/Ｄ－２２３ꎬ２２３/Ｅ－２７１ꎬ２７１/Ｆ－２１８ꎬ２１８/Ｇ－２９３ꎬ２９３/Ｈ－１８７ꎬ２０２/Ｉ－２３５ꎬ２４１/Ｊ－２１１ꎬ２１１ＤＤ４Ａ－１８５ꎬ２０７/Ｂ－２３０ꎬ２３０/Ｃ－２０８ꎬ２３４/Ｄ－２２３ꎬ２２９/Ｅ－２７１ꎬ２７１/Ｆ－２１８ꎬ２１８/Ｇ－２９３ꎬ２９３/Ｈ－１９２ꎬ１９２/Ｉ－２４１ꎬ２４１/Ｊ－２０２ꎬ２０２ＺＺＨＭＤＡ－２０３ꎬ２０３/Ｂ－２３０ꎬ２３０/Ｃ－２０８ꎬ２１８/Ｄ－２１２ꎬ２２３/Ｅ－２６６ꎬ２６６/Ｆ－２２８ꎬ２３０/Ｇ－２９３ꎬ２９３/Ｈ－１９２ꎬ１９７/Ｉ－２３５ꎬ２４１/Ｊ－２０２ꎬ２１１ＤＤ８Ａ－１８８ꎬ２１０/Ｂ－２２４ꎬ２２４/Ｃ－２３４ꎬ２６２/Ｄ－２１４ꎬ２１４/Ｅ－２７１ꎬ２７１/Ｆ－２２２ꎬ２２２/Ｇ－２９３ꎬ２９３/Ｈ－１９２ꎬ１９２/Ｉ－２３５ꎬ２３５/Ｊ－２０２ꎬ２０２ＭＤＡ－１８５ꎬ１８８/Ｂ－２２４ꎬ２３０/Ｃ－２０８ꎬ２４７/Ｄ－２２３ꎬ２２９/Ｅ－２６６ꎬ２７１/Ｆ－２１８ꎬ２２８/Ｇ－２９３ꎬ２９３/Ｈ－１９２ꎬ１９２/Ｉ－２４１ꎬ２４１/Ｊ－２１１ꎬ２１１ＤＤ９Ａ－１８５ꎬ１８８/Ｂ－２２０ꎬ２４９/Ｃ－２６２ꎬ２６５/Ｄ－２１４ꎬ２１４/Ｅ－２６６ꎬ２７１/Ｆ－２２４ꎬ２２８/Ｇ－２９３ꎬ２９３/Ｈ－１８７ꎬ１９２/Ｉ－２３５ꎬ２３５/Ｊ－２０２ꎬ２１１１３㊀第１２期㊀㊀㊀冯立娟ꎬ等:基于ＳＳＲ标记的石榴品种遗传多样性分析和指纹图谱构建１~３０为品种编号ꎬ对应品种名见表１ꎮ图３㊀３０个石榴品种的指纹图谱二维码３㊀讨论与结论遗传多样性是评价植物遗传潜力和适应环境变化能力的重要指标ꎬ能从基因水平反映群体变异性ꎬ对优良种质初步筛选具有重要的指导意义[１７－１８]ꎮＳＳＲ标记能在分子水平上更为深入地反映物种品种间的遗传多样性和亲缘关系远近[１９]ꎮ本研究利用１０对ＳＳＲ引物在３０个石榴品种中共检测出４８个等位基因ꎬ平均每对引物检出４.８个ꎬＳｈａｎｎｏｎ ｓ信息指数和Ｎｅｉ ｓ多样性指数平均分别为１.１１和０.５９ꎬ多态信息含量(ＰＩＣ)平均为０.５３ꎬ表明ＳＳＲ引物具有较高的多态性ꎮＰＩＣ值代表ＳＳＲ位点的变异程度ꎬ可用来评估ＳＳＲ标记的鉴别水平ꎬＰＩＣȡ０.５０表示高多态性ꎬ０.２５ɤＰＩＣ<０.５０表示中多态性ꎬＰＩＣ<０.２５表示低多态性ꎬ不受种质数量㊁地理分布差异和ＳＳＲ标记所处位置的影响[４ꎬ２０]ꎮ本研究所得ＰＩＣ平均值高于Ｌｕｏ等[２１]利用１３对ＳＳＲ引物分析１３６个石榴种质遗传结构得到的ＰＩＣ值(０.２２)ꎬ略高于Ｐａｔｉｌ等[１２]利用２１对ＳＳＲ引物分析印度４２个石榴品种遗传多样性得到的ＰＩＣ值(０.４４)ꎮ说明本研究筛选的核心引物在多态性和通用性方面得到明显提升ꎬ建立的ＳＳＲ标记技术能应用于石榴种质资源遗传多样性分析ꎮ一般认为ꎬ杂合度高于０.５的种群遗传多样性较高[２２]ꎮ本研究３０个石榴品种的观察杂合度平均为０.５０ꎬ期望杂合度平均为０.６０ꎬ说明供试石榴品种间遗传多样性相对较高ꎮ遗传相似系数是判断品种间亲缘关系及遗传基础的标准之一ꎮ遗传相似系数越大ꎬ亲缘关系越近ꎬ遗传相似系数的变幅越大ꎬ供试材料的遗传基础越丰富[２３－２６]ꎮ本研究中ꎬ供试石榴品种的遗传相似系数在０.２５~０.８８之间ꎬ遗传多样性比较丰富ꎮ聚类分析发现ꎬ３０个石榴品种被分为３组ꎬ很多亲缘关系比较近㊁遗传背景相似的品种聚在了一起ꎬ如Ａ１小组中的 枣庄红牡丹 和 牡丹 ꎬＡ２小组中的 鲁青１号 和 鲁青３号 ꎬＢ１小组中的 黛丹１号 和 黛丹２号 等ꎬ这与Ｌｕｏ等[２１]的研究结果一致ꎮＤＮＡ指纹图谱将不同材料ＤＮＡ水平上的差异转化成字符串㊁条形码和二维码ꎬ更加便捷直观地呈现品种相关信息ꎬ是鉴别品种(系)的有力工具[２７]ꎮ利用分子标记技术构建石榴种质资源ＤＮＡ指纹图谱ꎬ可为实现石榴种质资源的快速鉴定及收集保存提供理论依据ꎮ本研究构建了３０个品种的指纹图谱代码ꎬ并生成了指纹图谱二维码ꎬ更具直观性ꎬ易被扫描识别ꎬ有利于对石榴品种进行高效㊁准确㊁稳定的鉴定ꎬ可为石榴品种知识产权保护提供可靠的技术支撑[２８]ꎮ本研究发现ꎬ 岱红１号 和 岱红２号 在１０对引物中扩增出相同的条带ꎬ这两个品种都是从 小红皮甜 实生群体中选育出来的ꎬ表型性状相似ꎬ亲缘关系也非常相近ꎻ 黛丹１号 和 黛丹９号 是从 突尼斯软籽 实生群体中选育出来的ꎬ亲缘关系较近ꎬ筛选的１０对引物也未将其区分开ꎮ因此ꎬ还需要挖掘更多的多态性ＳＳＲ引物ꎬ以便更好地揭示其亲缘关系ꎮ在后续研究中ꎬ利用ＳＳＲ分子标记技术的同时ꎬ应结合表型特征及细胞学等其他２３㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀山东农业科学㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀㊀第５５卷㊀分类学方法ꎬ制定科学的分类体系ꎬ为石榴的开发利用和品种选育提供科学依据ꎮ参㊀考㊀文㊀献:[１]㊀ＨｕＬꎬＺｈａｎｇＸꎬＮｉＨＨꎬｅｔａｌ.Ｉｄｅｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎａｎｄｆｕｎｃｔｉｏｎａｌａ￣ｎａｌｙｓｉｓｏｆＣＡＤｇｅｎｅｆａｍｉｌｙｉｎｐｏｍｅｇｒａｎａｔｅ(Ｐｕｎｉｃａｇｒａｎａｔｕｍ)[Ｊ].Ｇｅｎｅｓꎬ２０２２ꎬ１４(１):２６.[２]㊀ＷａｎｇＹＹꎬＺｈａｏＹＪꎬＷｕＹＱꎬｅｔａｌ.Ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎａｌｐｒｏｆｉｌｉｎｇｏｆｌｏｎｇｎｏｎ￣ｃｏｄｉｎｇＲＮＡｓｒｅｇｕｌａｔｉｎｇｆｒｕｉｔｃｒａｃｋｉｎｇｉｎＰｕｎｉｃａｇｒａｎａｔｕｍＬ.ｕｎｄｅｒｂａｇｇｉｎｇ[Ｊ].ＦｒｏｎｔｉｅｒｓｉｎＰｌａｎｔＳｃｉｅｎｃｅꎬ２０２２ꎬ１３:９４３５４７.[３]㊀ＣｈｅｎＹＨꎬＧａｏＨＦꎬＷａｎｇＳꎬｅｔａｌ.Ｃｏｍｐｒｅｈｅｎｓｉｖｅｅｖａｌｕａｔｉｏｎｏｆ２０ｐｏｍｅｇｒａｎａｔｅ(ＰｕｎｉｃａｇｒａｎａｔｕｍＬ.)ｃｕｌｔｉｖａｒｓｉｎＣｈｉｎａ[Ｊ].ＪｏｕｒｎａｌｏｆＩｎｔｅｇｒａｔｉｖｅＡｇｒｉｃｕｌｔｕｒｅꎬ２０２２ꎬ２１(２):４３４－４４５.[４]㊀洪文娟ꎬ郝兆祥ꎬ刘康佳ꎬ等.基于石榴全基因组序列的ＳＳＲ标记开发及鉴定[Ｊ].北京林业大学学报ꎬ２０１９ꎬ４１(８):３８－４７.[５]㊀李志强ꎬ吴超ꎬ贺熙勇ꎬ等.基于ＳＳＲ标记的澳洲坚果种质资源ＤＮＡ指纹图谱的构建[Ｊ].果树学报ꎬ２０２２ꎬ３９(１１):２０２８－２０３５.[６]㊀白晓倩ꎬ陈于ꎬ张仕杰ꎬ等.基于表型性状和ＳＳＲ标记的板栗品种遗传多样性分析及分子身份证构建[Ｊ].植物遗传资源学报ꎬ２０２２ꎬ２３(４):９７２－９８４.[７]㊀ＯｕｎｉＲꎬＺｂｏｒｏｗｓｋａＡꎬＳｅｈｉｃＪꎬｅｔａｌ.ＧｅｎｅｔｉｃｄｉｖｅｒｓｉｔｙａｎｄｓｔｒｕｃｔｕｒｅｏｆＴｕｎｉｓｉａｎｌｏｃａｌｐｅａｒｇｅｒｍｐｌａｓｍａｓｒｅｖｅａｌｅｄｂｙＳＳＲｍａｒｋｅｒｓ[Ｊ].ＨｏｒｔｉｃｕｌｔｕｒａｌＰｌａｎｔＪｏｕｒｎａｌꎬ２０２０ꎬ６(２):６１－７０. [８]㊀Ｖｅｌａｚｑｕｅｚ￣ＢａｒｒｅｒａＭＥꎬＲａｍｏｓ￣ＣａｂｒｅｒＡＭꎬＰｅｒｅｉｒａ￣ＬｏｒｅｎｚｏＳꎬｅｔａｌ.Ｇｅｎｅｔｉｃｐｏｏｌｏｆｔｈｅｃｕｌｔｉｖａｔｅｄｐｅａｒｔｒｅｅ(Ｐｙｒｕｓｓｐｐ.)ｉｎｔｈｅｃａｎａｒｙｉｓｌａｎｄｓ(Ｓｐａｉｎ)ꎬｓｔｕｄｉｅｄｕｓｉｎｇＳＳＲｍｏｌｅｃｕｌａｒｍａｒｋｅｒｓ[Ｊ].Ａｇｒｏｎｏｍｙꎬ２０２２ꎬ１２:１７１１.[９]㊀王璐伟ꎬ沈志军ꎬ李贺欢ꎬ等.基于ＳＳＲ荧光标记的７９份桃种质遗传多样性分析[Ｊ].中国农业科学ꎬ２０２２ꎬ５(１５):３００２－３０１７.[１０]蒋爽ꎬ张学英ꎬ安海山ꎬ等.枇杷全基因组ＳＳＲ标记开发及其多态性研究[Ｊ].园艺学报ꎬ２０２１ꎬ４８(５):１０１３－１０２２. [１１]聂兴华ꎬ刘松ꎬ王碧瑶ꎬ等.基于ＳＳＲ标记的我国主栽日本栗品种(系)遗传结构分析和指纹图谱构建[Ｊ].核农学报ꎬ２０２２ꎬ３６(１１):２１０４－２１１４.[１２]ＰａｔｉｌＰＧꎬＪａｍｍａＳＭꎬＳｉｎｇｈＮＶꎬｅｔａｌ.Ａｓｓｅｓｓｍｅｎｔｏｆｇｅｎｅｔ￣ｉｃｄｉｖｅｒｓｉｔｙａｎｄｐｏｐｕｌａｔｉｏｎｓｔｒｕｃｔｕｒｅｉｎｐｏｍｅｇｒａｎａｔｅ(ＰｕｎｉｃａｇｒａｎａｔｕｍＬ.)ｕｓｉｎｇｈｙｐｅｒｖａｒｉａｂｌｅＳＳＲｍａｒｋｅｒｓ[Ｊ].ＰｈｙｓｉｏｌｏｇｙａｎｄＭｏｌｅｃｕｌａｒＢｉｏｌｏｇｙｏｆＰｌａｎｔｓꎬ２０２０ꎬ２６(６):１２４９－１２６１. 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SSR分子标记在水稻品种鉴定和遗传育种中的应用
SSR分子标记在水稻品种鉴定和遗传育种中的应用作者：管敏来源：《硅谷》2014年第17期摘要我国最早的引入分子标记技术是在20世纪的80年代，经过近几十年的不断发展，分子标记法也取得了较快进步，不仅应用领域在不断拓展，应用成果也非常显著。
作为世界上最重要粮食作物之一的水稻，对于人类的生存与发展起到了十分关键性的作用，而如何更好的运用生物技术全面提高水稻亩产量，提升水稻品质已经成为了国际社会共同关注的焦点话题。
经过多年的技术研究和发展，遗传标记在识别生物群体的多态性的过程中逐渐充当着重要的角色，通过形态标记可以对生物的形态差异进行比较，分子标记直接检测出生物DNA分子结构上的变化，进而更好的将好的品种和遗传特性保留下来。
在这种情况下，对于SSR分子标记在水稻品种鉴定和遗传育种中的应用进行分析和研究具有重要的现实意义。
关键词 SSR分子标记；水稻；品种鉴定；遗传育种；应用中图分类号：S336 文献标识码：A 文章编号：1671-7597（2014）17-0071-02在水稻品种鉴定和遗传育种以及水稻的遗传作图中，SSR分子标记一直都充当着重要的角色。
以往的育种主要依赖的是植株的表现型进行品种的鉴定和选择的，这对于育种者的经验具有很高的要求，而且需要进行多次技术测定，不仅耗时而且费力，因此需要在此基础上去寻求更好更加准确的标记方式，以此来提高项目育种的质量和效率。
而自从SSR分子标记的出现和发展，对于水稻育种工作和品种的鉴定具有重要的促进作用。
和普通的标记方法相比，SSR 标记是不受到周围的环境条件以及相关的因素影响的，因此具有很好的发展前景。
本文也将从SSR标记的基本原理出发，对于SSR分子标记在水稻品种鉴定和遗传育种中的应用进行了分析和论述，希望给读者一定的启示。
1 SSR标记的基本原理分析无论是水稻还是其他的生物作物都是由特定的基因组组成的，但是由于每一个SSR序列的存在单元存在一定的差异性，因此基因的座位也存在多态性。
苹果品种鉴定技术规程 ssr分子标记法全文
苹果品种鉴定技术规程 ssr分子标记法全文苹果品种鉴定技术规程序号一：引言苹果品种鉴定是农业领域中的一个重要课题，对于苹果种植者和消费者来说具有重大意义。
很多时候，我们在购买苹果时往往无法准确地辨别不同品种之间的差异，这导致了市场上出现了一些品质不佳、假冒伪劣的苹果。
苹果品种鉴定技术规程的制定和实施对于保障苹果产业的健康发展以及消费者的权益至关重要。
序号二：苹果品种鉴定技术概述苹果品种鉴定技术经过多年的发展和实践，目前已经有了多种方法和技术供我们选择。
其中，ssr分子标记法是一种被广泛接受和应用的分子遗传学技术。
相比传统的鉴定方法，ssr分子标记法具有高效性、准确性和可重复性的优势。
序号三：ssr分子标记法原理ssr分子标记法是通过特定的引物与DNA序列中的简单序列重复（simple sequence repeat, SSR）区域发生特异性扩增，从而形成特定的标记。
这种标记具有多态性，不同苹果品种的SSR标记图谱也会有所差异，因此可以通过分析苹果品种样品的SSR标记图谱来进行鉴定和识别。
序号四：ssr分子标记法的实施步骤1. 提取DNA样品：从苹果树的叶片或果实中提取DNA样品，以获取作为鉴定和分析的基础材料。
2. 扩增SSR标记：使用特定的引物和PCR反应体系，对提取得到的DNA进行PCR扩增，以获得苹果品种的SSR标记图谱。
3. 电泳分析：将PCR扩增后的产物进行电泳分析，在聚丙烯酰胺凝胶上进行分离和检测。
根据不同品种之间的SSR标记差异，可以进行苹果品种的鉴定和识别。
4. 数据处理和结果分析：对电泳结果进行图谱绘制和数据分析，根据不同苹果品种的SSR标记图谱特征，可以确定苹果品种的身份。
序号五：ssr分子标记法的应用价值ssr分子标记法作为一种先进的苹果品种鉴定技术，具有多种应用价值。
它可以帮助种植者确认自己所种植的苹果品种，避免因品种不符导致的收益损失。
它可以帮助监管部门加强市场监管，检测和防止假冒伪劣苹果的流入市场。
《2024年基于SSR标记的小豆品种鉴定体系建立及应用》范文
《基于SSR标记的小豆品种鉴定体系建立及应用》篇一一、引言小豆是一种重要的粮食作物，其品种多样性和品质的差异对于农业生产和食品安全具有重要影响。
为了确保小豆品种的纯度和真实性，以及防止种子市场上的假冒伪劣，建立一个高效、准确的品种鉴定体系显得尤为重要。
本文将探讨基于SSR（Simple Sequence Repeat）标记的小豆品种鉴定体系的建立及其应用。
二、SSR标记技术及其在小豆品种鉴定中的应用SSR标记技术是一种基于基因组DNA多态性的分子标记技术，具有操作简便、重复性好、信息含量高等优点。
在小豆品种鉴定中，SSR标记技术可以用于检测不同品种间的遗传差异，从而实现对小豆品种的准确鉴定。
（一）SSR标记技术的原理及特点SSR标记技术基于基因组中简单重复序列的变异，通过PCR 扩增反应检测这些重复序列的变异，从而得到不同品种间的遗传差异信息。
该技术具有操作简便、成本低、重复性好、信息含量高等优点，被广泛应用于动植物品种鉴定、遗传图谱构建等领域。
（二）SSR标记在小豆品种鉴定中的应用小豆品种繁多，不同品种间在形态特征、生理生化特性及遗传背景等方面存在差异。
通过SSR标记技术检测这些差异，可以实现对小豆品种的准确鉴定。
同时，SSR标记还可以用于构建小豆的遗传图谱，为小豆的基因定位和分子育种提供有力支持。
三、小豆品种鉴定体系的建立（一）样品收集与DNA提取建立小豆品种鉴定体系首先需要收集不同品种的小豆样品，并提取其基因组DNA。
样品来源可以是农田、种子市场等。
DNA提取可采用常用的植物基因组DNA提取方法。
（二）SSR引物设计及筛选根据小豆基因组数据库设计SSR引物，并通过对不同品种的PCR扩增反应筛选出多态性较好的引物。
引物设计需遵循一定的原则，如引物长度、退火温度等。
（三）PCR扩增及数据分析以提取的DNA为模板，使用筛选出的SSR引物进行PCR扩增反应。
扩增产物通过电泳、测序等方法进行分析，得到不同品种间的遗传差异信息。
SSR分子标记技术在杂交水稻品种鉴定中的应用_戴剑
SSR分子标记技术在杂交水稻品种鉴定中的应用X戴 剑1,2,洪德林2(1.江苏省农业科学院粮食作物研究所,江苏 南京 210014;2.南京农业大学作物遗传与种质创新国家重点实验室,江苏 南京 210095)摘 要:主要介绍了SSR分子标记快速检测技术对杂交水稻品种鉴定的重要性和应用情况,并指出了在江苏省及周边地区应用SSR分子标记技术鉴定杂交水稻品种具有重要的现实意义。
关键词:杂交水稻;SSR分子标记;技术要点;研究内容中图分类号:S511 文献标识码:A 文章编号:1672-755X(2012)01-0045-07The Application of SSR Molecular Marker in Identificationof Hybrid Rice VarietiesDai Jian1,2,H ong De-lin2(1.Instit ut e o f F ood Cro ps,Jiangsu A cademy o f A gr icult ur al Sciences,N anjing210014,China;2.Sta te Key L abor ator y o f Cro p G enetics and G ermplasm Enhancement,N anjing A gr icultur al U niver sity,N anjing210095,China)Abstract:T he application of SSR m olecular marker on identification of hy brid v arieties is intro-duced.T he significance on study ing identification techno logy of hybr id varieties by SSR molec-ular markers in Jiang su prov ince and its vicinity is po inted o ut.Key words:hybrid rice;SSR mo lecular m ar ker;technical po ints;research content水稻是我国重要的粮食作物,全国以稻米为主食的人口约占总人口数的65%[1]。
苹果品种鉴定技术规程 ssr分子标记法全文
苹果品种鉴定技术规程 ssr分子标记法全文苹果品种鉴定技术规程—— SSR分子标记法一、技术原理SSR（Simple Sequence Repeats）分子标记法是一种常用的遗传标记技术，也称为微卫星标记法。
该技术基于植物DNA中包含的重复序列，通过PCR扩增特定的SSR位点，进而对DNA序列进行分析，从而实现对苹果品种的鉴定。
二、实验步骤1. DNA提取：从苹果叶片或幼芽中提取基因组DNA。
2. SSR扩增反应：选择特定的SSR引物对DNA进行PCR扩增反应，得到扩增产物。
3. PCR产物分析：将PCR产品通过电泳方法分离在聚丙烯酰胺凝胶上，通过比较DNA片段迁移距离，鉴定不同苹果品种之间的差异。
三、实验材料1.离心管和PCR试管：用于提取DNA和进行PCR反应。
2. DNA提取试剂盒：用于提取DNA样品。
3. SSR引物组合：根据需要选择适宜的SSR引物。
4. PCR试剂盒：用于PCR反应。
5. DNA电泳试剂盒：用于DNA样品分离。
四、实验操作细节1. DNA提取：按照DNA提取试剂盒的说明进行操作，提取苹果叶片或幼芽中的基因组DNA。
2. SSR扩增反应：准备PCR反应体系，包括DNA模板、引物、酶和缓冲液等。
根据引物选择，设置合适数量的PCR反应管。
3. PCR条件设置：根据引物的特性，设置适当的扩增温度和周期。
4. PCR产物分析：将PCR反应产物通过电泳方法分离在聚丙烯酰胺凝胶上，根据DNA片段大小进行鉴定。
5.结果解读：根据电泳图像，比较不同苹果品种之间的DNA条带差异，判断品种间的差异和相似性。
五、结果分析1. SSR分离电泳图像：根据电泳分离的结果，分析苹果品种之间的遗传关系和差异。
2. SSR结构鉴定：通过比对已知品种的SSR位点，来反推未知品种的SSR结构和遗传关系。
3. SSR图谱构建：通过整理分析的SSR位点数据，构建苹果品种的SSR图谱，进一步研究苹果品种的遗传表达规律。
小麦品种纯度鉴定ssr分子标记法
小麦品种纯度鉴定ssr分子标记法
小麦品种纯度鉴定是指通过分子标记技术对小麦品种的遗传纯
度进行鉴定。
SSR（Simple Sequence Repeat）分子标记法是一种常
用的分子标记技朮，也称为微卫星分子标记。
下面我将从几个方面
来详细介绍小麦品种纯度鉴定SSR分子标记法。
首先，SSR分子标记法的原理是利用DNA序列中的微卫星序列
进行分子标记。
微卫星是DNA序列中短重复的核苷酸序列，它们在
基因组中存在广泛且具有高度多态性。
通过PCR扩增和电泳分析，
可以检测微卫星位点的多态性，从而对不同小麦品种进行鉴定。
其次，小麦品种纯度鉴定SSR分子标记法的步骤包括DNA提取、PCR扩增、电泳分析和数据解读。
首先是DNA提取，从不同小麦品
种的叶片或种子中提取DNA样品；然后进行PCR扩增，利用特定的
微卫星引物对DNA进行扩增，得到特定微卫星位点的DNA片段；接
下来是电泳分析，将PCR产物进行电泳分离，根据片段大小进行鉴定；最后是数据解读，根据电泳图谱分析不同小麦品种的微卫星位
点多态性，从而判断它们的遗传纯度。
另外，SSR分子标记法具有高度多态性、重复性强、稳定可靠
等特点，可以对小麦品种进行高效的鉴定。
通过分析不同小麦品种
的微卫星位点多态性，可以快速、准确地鉴定小麦品种的遗传纯度，为小麦育种和品种纯度管理提供重要的技术支持。
综上所述，小麦品种纯度鉴定SSR分子标记法是一种有效的分
子标记技朮，通过对小麦品种的微卫星位点多态性进行分析，可以
实现对小麦品种遗传纯度的准确鉴定，为小麦育种和种质资源管理
提供重要的技术手段。
ssr分子标记技术及其在玉米种子鉴定上的应用
ssr分子标记技术及其在玉米种子鉴定上的应用随着现代农业的发展，种子质量的鉴定变得越来越重要。
其中，分子标记技术成为了种子鉴定的重要手段之一。
SSR分子标记技术是一种基于DNA序列多态性的分子标记技术，具有高度的稳定性、可重复性和高度的信息含量。
本文将介绍SSR分子标记技术及其在玉米种子鉴定上的应用。
一、SSR分子标记技术的基本原理SSR分子标记技术是基于DNA序列上短重复序列的多态性而开发的一种分子标记技术。
这些短重复序列通常为2-6个碱基的重复序列，如ATATAT、AGAGAG等。
在不同个体中，这些短重复序列的重复次数和排列方式不同，因此可以用作分子标记。
SSR分子标记技术的基本原理是：首先从待分析的DNA样品中提取出DNA，并使用PCR技术扩增出含有SSR位点的DNA片段。
然后，利用电泳技术将扩增出的DNA片段分离出来，并通过染色体特异性的显色剂进行染色。
最后，通过比较不同个体的DNA条带图谱，确定不同个体之间的遗传差异。
二、SSR分子标记技术在玉米种子鉴定中的应用SSR分子标记技术在玉米种子鉴定中的应用主要体现在以下几个方面：1.玉米品种的鉴定SSR分子标记技术可以通过比较不同玉米品种的DNA条带图谱，确定不同品种之间的遗传差异。
这种方法比传统的形态学鉴定方法更为准确和可靠。
2.杂交种子的鉴定杂交种子是由不同品种的玉米杂交而成的，因此杂交种子的遗传背景比较复杂。
使用SSR分子标记技术可以快速准确地鉴定杂交种子的亲本品种，有助于杂交育种的进展。
3.种子纯度的鉴定种子纯度是指种子中所含的杂质和其他品种的比例。
使用SSR分子标记技术可以准确地鉴定种子的纯度，有助于保证种子的品质和纯度。
4.种子存储的鉴定种子存储过程中，可能会发生一些突变和遗传变异，从而影响种子的品质和纯度。
使用SSR分子标记技术可以快速准确地鉴定种子存储过程中的遗传变异，有助于提高种子的品质和纯度。
三、SSR分子标记技术在玉米种子鉴定中的应用案例1.玉米品种的鉴定一项研究使用SSR分子标记技术对中国南方地区的20个玉米品种进行了鉴定。
遗传学实验中SSR标记的应用实践
性 分 析 法 和 父 性 拆 分 法 等 ，在 植 物 群 体 中利 用 亲本 排
Ｐ ａ ｎ ｇ Ｘｉ ａ ｏ ｍｉ ｎ ｇ， Ｌｉ Ｙｉ ｎ ｇ ｙ ｕ ｅ
Ｂ ｅ ｉ ｊ ｉ ｎ ｇ ｆ ｏ ｒ ｅ ｓ ｔ ｒ ｙ ｕ ｎ ｉ ｖ ｅ ｒ ｓ ｉ ｔ ｙ ， Ｂ ｅ ｉ ｊ ｉ ｎ ｇ ， １ ０ ０ ０ ８ ３ ， Ｃ ｈ ｉ ｎ ａ
Ａｂ ｓ ｔ ｒ ａ ｃ ｔ ：Ｔｈｅ ｗｅ ｌ ｌ — ｄ ｅ ｓ ｉ ｇ ｎｅ ｄ ｅ ｘ ｐｅ ｒ ｉ ｍｅ ｎ ｔ ｉ ｓ ａ ｓ ｕ ｃ ｃ ｅ ｓ ｓ ｆ ｕ ｌ ｃ ａ ｓ ｅ ｏ ｆ ｍａ ｋｉ ｎｇ ｆ ｕ ｌ ｌ ｕｓ ｅ ｏ ｆ ｓ ｃ ｉ ｅ ｎ ｔ ｉ ｉｃ ｆ ｒ ｅ ｓ ｅ ａ ｒ ｃ ｈ ａ ｃ ｈ ｉ ｅ ｖ ｅ ｍｅ ｎ ｔ ｓ ｉ ｎ ｔ ｈｅ ｔ ｅ ａ ｃ ｈｉ ｎｇ ｏ ｆ
传 统指 纹 相 似 的个 体 身份 识别 。Ｄ Ｎ Ａ 指 纹 是 以Ｄ ＮＡ的 多态 性 为 基 础 。Ｓ Ｓ Ｒ （ Ｓ ｉ ｍｐ ｌ ｅ ｓ ｅ ｑ ｕ ｅ ｎ ｃ ｅ ｒ ｅ ｐ ｅ ａ ｔ ， 简 单 重 复 序 列） ，又称微卫星Ｄ ＮＡ，一 般 是 由２ ～６ 个 核 苷 酸 碱 基 组 成 的 基 序 并 串 联而 成 的Ｄ Ｎ Ａ序 列 ，在 真 核 生物 基 凶组 中 广 泛 存 在 。Ｓ Ｓ Ｒ 标 记 具 有 多 态 性 高 、 实 验操
ｗｉ ｌ ｌ ｂ ｅ ｉ ｍ ｐｏ ｒ ｔ ａ ｎ ｔ ｔ ｏ ｉ ｎ ｖ ｏ ｋｅ ｔ ｈ ｅ ｉ ｎｔ ｅ ｒ ｅ ｓ ｔ ｔ ｏ ｌ ｅ ａ ｎ ｒ ｔ ｈｅ ｃ ｏ ｏ ， ｌ ＇ ｓ ｅ ｆ ｏ ｒ ｔ ｈ ｅ ｓ ｔ ｕｄ ｅ ｎ ｔ ｓ ．
摘 要 ：该 实验是科研 成果转 化为实验教 学设计 的一个 成功案例 ，建立 了植 物Ｄ ＮＡ指纹 检测和 父本鉴定 技术 。通 过本 实 验，学生可 以掌握Ｐ Ｃ Ｒ 技术 、ＤＮ Ａ提取 和 电泳检测等 实验技术 ，巩 固关于基因位点／ 等位基 因、纯合体／ 杂合体 、二倍 体 指纹 图谱等 多个（ 对） 重要的遗传学概念 ，提高学生学 习遗传学 的兴趣 。
一种利用SSR指纹图谱鉴别紫云英品种的方法[发明专利]
![一种利用SSR指纹图谱鉴别紫云英品种的方法[发明专利]](https://img.taocdn.com/s3/m/b175a5e3581b6bd97e19ea8f.png)
专利名称：一种利用SSR指纹图谱鉴别紫云英品种的方法专利类型：发明专利
发明人：林新坚,陈坚,张辉,陈济琛,朱炳耀
申请号：CN201010510385.8
申请日：20101019
公开号：CN101974516A
公开日：
20110216
专利内容由知识产权出版社提供
摘要：本发明提供了一种利用SSR指纹图谱鉴别紫云英品种的方法。
本发明涉及的紫云英基因组中特定的SSR位点及其两侧引物序列如SEQ.NO.1-18，利用筛选的引物进行PCR扩增得到的指纹图谱可用于鉴别紫云英品种，鉴别方法主要包括提取紫云英总DNA,用亲和磁珠富集法从基因组DNA中筛选出特定的SSR位点并设计引物，通过对不同紫云英品种的PCR扩增最终得到6个SSR位点的引物对可形成显著条带差异，用其构建的指纹图谱有效地用于鉴别紫云英品种。
申请人：福建省农业科学院土壤肥料研究所
地址：350013 福建省福州市晋安区新店镇埔党村
国籍：CN
代理机构：福州元创专利商标代理有限公司
代理人：蔡学俊
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SSR分子标记技术在草品种鉴定中的应用探讨
SSR分子标记技术在草品种鉴定中的应用探讨高 秋1 王 杰2 马金星1 孙 娟2（1农业部全国草业产品质量监督检验测试中心，北京 100125；2青岛农业大学，山东青岛 266109）摘要：SSR是一种用于植物品种鉴定的分子标记技术，随着草业的发展和草种市场的完善，SSR分子标记技术也逐渐应用于草品种鉴定中，在草种检验和草种市场监管中具有巨大的潜力。
本文综述了SSR分子标记技术原理及其在植物品种鉴定和建立植物品种指纹图谱库等方面的应用现状，并进一步对SSR在草品种鉴定领域应用中存在的问题及原因进行了分析与探讨。
关键词：SSR分子标记；指纹图谱；品种鉴定；草品种简单重复序列SSR（simple sequence repeat），又被称为微卫星DNA（microsatellite DNA），是指一类由1~5个核苷酸为重复单位构成的长达几十个核苷酸的串联重复序列[1]。
在人和动物中的微卫星重复基元主要是（AC）n，而在植物中最丰富的重复基元是（AT）n[2]。
研究发现微卫星DNA 两侧的序列多为保守的单拷贝序列[2]，根据这个原理将微卫星侧翼的DNA片段克隆、测序，使用其互补序列设计位点专一的引物，以总基因组为模版进行PCR扩增。
由于核心序列串联重复数目不同，PCR产物扩增产物具有长度多态性。
将扩增产物经变型聚丙烯酰胺凝胶分离，用核酸银染、荧光技术或放射自显影进行检测，即得到SSR多态性图谱[3]。
SSR分子标记具有可区别纯/杂合位点、扩增位点多态性高、可检测位点遍布全基因组的特点，且该技术试验操作程序性强、扩增时DNA质量和数量要求低、结果稳定、专有引物设计便于实验室间交流。
鉴于以上特点，SSR分子标记技术被广泛应用于植物品种鉴定和植物品种指纹图谱构建等领域中。
1 种子品种鉴定方法种子品种鉴定在种子质量检测工作中被列为最重要的检测项目之一，检测内容是比对送验样品与所标示的种或品种是否相符。
近年来随着种子贸易市场的繁荣，种子交易量不断攀升，个别经营者为了追求经济效益罔顾种子质量和消费者的权益，使用假种子和劣基金项目：国家草品种审定区域试验通信作者：马金星种子进行掺杂使假，不仅给国家和消费者造成经济损失，还导致种子市场上品种混乱，真假难辨，真正的优良品种得不到有效保护，育种者的权益也得不到有效维护。
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An application of kernel methods to variety identification based on SSR markers genetic fingerprinting—— 2015.12来自Abstract1 摘要
Abstract2 摘要
这种方法的主要优势是受益于一个灵活的编码中多态性的核心方法和与特征选择 算法相结合，通过一些特定的标记,会得到基于SSR基因分型准确、经济的识别模 型
Background 背景
Methods 方法
Conclusion 结论
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在作物生产系统研究中,越来越多的遗传标记用来区分作物基因，来获得更完整 的遗传图谱。虽然目前SSR分子标记物力消耗巨大，且SSR标记中 所使用的引物不同，实验结果差异较大，给实际应用带来了一定的困难。在遗传 图谱的构建中，SSR技术只能对重复序列区域进行染色体定位，若要构建高密度 的遗传图谱则通常结合其它分子标记技术以增加相邻重复序列之间的遗传标记数 目。 本文为了完善SSR标记，以获得简便、快捷、高效的分子标记分析手段