Icimapping 连锁图中文操作说明

• 从标记群中删除标记 (例如”Group4”中的”FRI”和”SNP254”): 鼠标指向待删除 标记” FRI”, 然后右击, 从弹出的快捷菜单中, 选择”Delete” 将”FRI” 从”Group4[*]”中删除; 对”SNP254”重复上述过程.
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遗传连锁图谱构建
14. 高级用户 – 排序标记(即连锁群)信息的管理 • 连锁群间移动标记 (例如, 把 “Chromosome5”和”Deleted Markers”中的一些标
记移动到”Chromosome4”): 鼠标指向所要移动的标记”F6L9.78”, 然后右击, 从 弹出的快捷菜单中选择”Move to -> Chromosome4”将 ”F6L9.78”移动 到”Chromosome4”; 对”SNP53”, “FRI”和”CNP254”重复上述过程.
• 对连锁群”Chromsome4”再排序: 鼠标指向连锁群”Chromsome4”, 然后右击, 从弹出的快捷菜单中选择”Ordering”实现对”Chromosome4”的重排序
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10. 绘制连锁图谱 • 单击”MAP”图标
遗传连锁图谱构建
• 或者从”Figures”菜单 中选择”Linkage Map”
• 通过参数设置改变连 锁图谱的格式
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10. 绘制连锁图谱 (续) • 在图形区域右击鼠
标弹出快捷菜单， 通过快捷菜单改变 图形的格式
遗传连锁图谱构建
• 在作图区域右击鼠 标, 以复制/打印/保 存连锁图谱
参数选择/设置窗口
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6. 标记分群
遗传连锁图谱构建
• 单击Grouping下的 箭头, 软件将利用默 认/设定参数对标记 进行分群, 例如图例 中, 按LOD临界值 3.00 的标准分群
7. 标记排序
• 单击Ordering下的箭 头, 软件将利用默认 /设定参数对标记进 行排序, 例如图例中, 利用nnTwoOpt算法 排序
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遗传连锁图谱构建
8. 标记排序调整 (此选 项可跳过, 调整的目 的是获得更短的图 谱)
• 单击Rippling下的箭 头, 软件将利用默认 /设定参数对标记顺 序进行调整, 例如图 例中, 利用SARF做标 准, 窗口大小为5
9. 结果输出
这个图标只有在执行 “Outputting”后才可用
• 单击Outputting下 的箭头, 软件将输 出作图结果, 例如 图例中, 输出成对 标记间的LOD值, 重 组率, 图距, 以及 QTL分析中用到的 输入文件
右击, 从弹出的快捷菜单中, 选择”New Group”. 一个新群”Group5[0]”出现在 这个窗口内.
• 向新建标记群中添加标记 (例如”Group4”中的”F6L9.78”和”SNP53”): 鼠标指向 待移动标记”F6L9.78”, 然后右击, 从弹出的快捷菜单中, 选择”Move to -> Group5” 将”F6L9.78” 添加到”Group5[*]”中; 对”SNP53”重复上述过程.
• 连锁图谱可以保存 成多种文件格式
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遗传连锁图谱构建
11. 在”结果展示窗口”中浏览结果文件 • 在”工程窗口”的文件列表中, 双击待浏览的结果文件, 这个结果文件将显示在”
结果浏览窗口”, 图例中, 打开/显示的文件是”Aradbidopsis.sum”
• 所有输出结果文件保存在”D:\Tutorial\MAP\Arabidopsis\Results\...”中 • “Tutorial”是工程的名称 • “MAP”指示软件的功能. 目前有7大功能 • “ArabidopsisRIL”是导入遗传群体文件的前缀 • “Results”是保存结果文件夹的名称
• 输入”工程名称” (例如, 图 示中的工程名称为Tutorial) 和选择路径 (例如, 图示中 的路径为D:\)
• 单击”OK” 完成”新工程”创 建
新建工程显示在”工程窗 口”中
所有与此工程相关的各种 输入/输出, 按特定的组织
形式自动保存在路 径”D:\Tutorial\...”下的各
种文件夹中
• 选择”Tool -> 2pointREC”
• 选择群体类型 • 选择标记类型 • 输入不同标记型
下的观测样本量 • 单击”RUN”
• 浏览重组率的估 计值, 检验遗传连 锁的LOD值, 以及 位点间的图距等
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遗传连锁图谱构建
12. 高级用户 – 锚定信息的管理 • 清空作图结果: 鼠标指向遗传群体文件名称”Arabidopsis.map”, 然后右击, 从弹
出的快捷菜单中, 选择”Clear Results”, 然后在弹出的对话框中选择”OK”
• 建立新的锚定信息群: 鼠标指向”锚定信息/分组信息/染色体信息展示窗口”, 然后右击, 从弹出的快捷菜单中, 选择”New Anchor”. 锚定信息群“Anchor1[0]” 出现在这个窗口内.
请注意: 开始之前, 请确认您的计算机已安装了QTL IciMapping集成软件!
遗传连锁图谱构建 (MAP)
1. 打开软件: QTL IciMapping 软件可通 过两种方式打开 • 双击QTL IciMapping 软件在桌 面上的快捷图标 • 从”所有程序”菜单中选择QTL IciMapping 软件
2. 软件浏览. 单击StartPage中的”左箭头”或 ”右箭头”, 可以看到: • 软件所能处理的遗传群体类型 • 共显性标记是如何编码的 • 显性标记是如何编码的 • 隐性标记是如何编码的
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3. 建立一个”新工程” • 单击”File”菜单 • 选择”New Project”
遗传连锁图谱构建
• 向锚定信息群中添加标记 (例如”SNP71”和”SNP251”): 鼠标指向待添加标 记”SNP71”, 然后右击, 从弹出的快捷菜单中, 选择”Anchor to -> Anchor1” 将”SNP71” 添加到Anchor1中; 对”SNP251”重复上述过程.
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遗传连锁图谱构建
13. 高级用户 – 分组标记信息的管理 • 建立新的标记群: 鼠标指向”锚定信息/分组信息/染色体信息展示窗口”, 然后
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如何构建整合图谱?
• 选择软件的IMP功能 • 向工程中导入待整合的
图谱. 例如, 把软件中附 带的”Arab_1.imp”打开. • 依次执行”Grouping”, “Ordering”, “Rippling (可 选项)”, 和”Outputting”建 立整合图谱.
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如果想要计算F2群体中, 2个显性标记间的重组率, 怎么办?
• 对连锁群重命名: 鼠标指向连锁群”Chromsome4”, 然后右击, 从弹出的快捷菜 单中选择”Rename”实现对”Chromosome4”的重命名, 或者…
• 将连锁群上移或下移
• 删除连锁群内的所有标记
• 改变连锁群首尾标记的循序
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遗传连锁图谱构建
15. 高级用户 – 在EXCEL中管理遗传群体的信息 • 工作表”GeneralInfo”定义遗传群体的一些基本信息, 每项信息占1行.
• 工作表”Genotype”定义遗传群体中每个个体的标记型, 每个标记占1行. 每行 第1列为标记名称, 其他列为标记型.
• 工作表”Anchor”定义标记的锚定信息, 每个标记占1行. 每行第1列为标记名称, 第2列为锚定信息, 用正整数表示, 0表示未知锚定信息.
• EXCEL中管理遗传群体的注意事项 • 从软件附带的EXCEL群体实例开始, 用这些实例做模板 • 不要改变EXCEL工作表的名称 • 确认信息的完整性, 不同工作表间无冲突. 例如, 工作表”GeneralInfo”定 义群体大小为120, 那么工作表”Genotype”要包含121列. 每行第1列为标 记名称, 其他120列为标记型. • 文件名称, 标记名称, 性状名称中不包含空格.
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遗传连锁图谱构建
4. 向新建工程中导入遗传群体 • 单击”File”菜单, 然后选择
File -> Open File -> *.map
• 或者单击”Open”, 然后选择 *.map (Linkage map construction) 文件类型
• 在文件列表中选择要打开的 群体 (例如: “C:\CAAS\QTL IciMapping\Examples\MAP\ ArabidopsisRIL.map”)
• 单击”打开(O)” 完成
由此选择打开EXCE3L 2003/2007文件
遗传连锁图谱构建
5. MAP功能浏览: MAP功能把窗口分为4部分 • 工程窗口 • 标记整理信息和结果展示窗口 • 锚定信息/分组信息/染色体信息展示窗口 • 参数选择/设置窗口
工程窗口
标记整理信息和 结果展示窗口
锚定信息/ 分组信息/ 染色体信息 展示窗口