缢蛏_Sinonovaculac_省略_微卫星标记的分离及近缘物种通用性_吴雪萍
低盐压力下缢蛏血淋巴蛋白的比较蛋白质组学研究
摘 要: 应用双向聚丙烯酰胺凝胶电泳技术及 图像分 析技术寻 找缢蛏 在低盐 环境压 力下血 淋巴内 40 kD 以
下小分子蛋白质组差异, 制成肽质指 纹图 谱, MALDI - TOF- MS 测 序, 通过数 据库 检索快 速鉴 定蛋白 质或 多
肽。研究结果 表明: 低盐压力 下, 缢 蛏血 淋巴 内有多 种蛋 白质发 生变 化, 共鉴 定出 包括 磷脂 酶 A2 ( Phospho-
P00993
0143
IBP- CarcrCheloniana Caretta carett a 11 9151 66
P18720
0138
Zinc finger protein Xenopus laevis
)
理论等电点 Theoret ical
PI 81 35
)
101 09 81 19
81 67 )
3讨论
11214 图像及质谱分析 用 Investigator HT Analyzer Version 2102 图像 分析软 件进行 差异 检测。 差异点 PMF 样品制备后利用 ProFlex III MALDITOF 质谱仪进行质谱检测[ 5] 。 11215 数据库搜索 肽指纹图谱匹配使用 Peptident ( www1expasy1orgPtoolsPpeptident1pI ) 参 数 设 置, 分别为物种来源 ) 后生动物 ( Metazoa) ; Mw ) 表观 分 子 量 ? 30% ; PI ) 不 设 限 制; 酶 ) 胰 酶 ( trypsin) ; 允许忽略的酶切位点 1~ 2; 修饰类型 ) 碘乙酰化。
已有越来越多的证据表明蛋白质的合成和分 解是机体抵抗环境压力的一种对策, 无脊椎动物 可以通过调节其血淋巴自由氨基酸及其它因子的 浓度来维持血淋巴渗透压稳定。盐度调节实际上 是渗透压调节。
缢蛏
缢蛏广泛分布于中国、日本和朝鲜等国的沿 缢蛏广泛分布于中国、 海地区,在我国北自辽宁、山东,南至广东、 海地区,在我国北自辽宁、山东,南至广东、福 建都有分布。其肉丰腴脆嫩,鲜美清甜, 建都有分布。其肉丰腴脆嫩,鲜美清甜,药物功 效显著,含有蛋白质5.5%,脂肪0.8%, 1.8%, 效显著,含有蛋白质5.5%,脂肪0.8%,糖1.8%, 无机盐1.1%。除供鲜食外,还可制成蛏干, 无机盐1.1%。除供鲜食外,还可制成蛏干,蛏油 是沿海居民和港澳同胞喜爱的海产食品。 等,是沿海居民和港澳同胞喜爱的海产食品。
1 研究现状 1.1 养殖技术 1.2 人工育苗技术 1.3分子生物学 1.3分子生物学 2 存在问题 2.1 滩涂老化 2.2 饵料 2.3 种质退化 3 发展前景
1 研究现状
1.1 养殖技术
2000 年以来,缢蛏人工育苗技术逐渐成熟,养殖面 年以来,缢蛏人工育苗技术逐渐成熟, 积不断扩大,江苏、山东等地纷纷引进缢蛏苗种, 积不断扩大,江苏、山东等地纷纷引进缢蛏苗种,发展 缢蛏养殖业,使其成为北方滩涂养殖的一个新亮点。 缢蛏养殖业,使其成为北方滩涂养殖的一个新亮点。 周维武等研究并报道了缢蛏全人工养殖的三个主要工 作环节,即室内人工育苗、室外越冬暂养和滩涂围网养 作环节,即室内人工育苗、 成。 为了充分利用现有虾池面积,增加养殖户的经济收入, 为了充分利用现有虾池面积,增加养殖户的经济收入, 目前还有虾、泥蚶、梭子蟹等与缢蛏混养的立体、 目前还有虾、泥蚶、梭子蟹等与缢蛏混养的立体、综合 生产模式和养殖技术,不仅经济效益可观, 生产模式和养殖技术,不仅经济效益可观,而且有利于 净化环境和生态平衡,达到了增产增效的目的。 净化环境和生态平衡,达到了增产增效的目的。
3 发展前景 3.2 保鲜加工技术急需解决 缢蛏目前除鲜食外就是制作蛏干。 缢蛏目前除鲜食外就是制作蛏干。而 缢蛏壳薄易碎,加之容易腐败, 缢蛏壳薄易碎,加之容易腐败,很难长途 运输,只能在靠近产地销售, 运输,只能在靠近产地销售,大大减少了 缢蛏的市场范围, 缢蛏的市场范围,有必要研究开发缢蛏保 鲜和加工技术。 鲜和加工技术。
缢蛏致病菌假单胞菌的分子生物学分析
td wih t e ta iin m eh d. Th 6S DNA rg e twa a lfe r e t h r dto to e1 r fa m n s mp iid fom sri ta n l# b y PCR . Is e e fa me t o ti s t g n r g n s c na n 1 38 4 bp. Usng t e Alg o t r i he M g i n s fwa e, te ho oo u s q n e r o a e a he h m lg s e ue c s we e c mp r d nd t moe u a yo e e i te wa lc lr ph lg n tc r e s
2 2 0 , hn ; a y i e e h i l xe s n C ne ,G n u 2 2 0 ,C ia 2 0 5 C i 2 G n u Fs r T c n a E t i e t a h y c no r a y 2 1 0 hn )
Ab ta t T ee w so e p t o e i tan ioa e o S n n v c l o s it ,w ih w sn me # h s r c : h r a n ah g n csr i s lt df m i v o a u ac n t ca h c a a d 1 .T eDNA wa x rc r r se t 。 a
刺参微卫星DNA分子标记的分离及筛选
13 1 接头的制备 ..
lf e t r h i t g
将两组寡核苷酸等 比例混合 ,使每组 的终浓度 为 2 m lL 5 ̄ o ,降温条件下进行 /
5’GA C C T GT GAC T G GG ACC AAT C T T 3’ AGC GC AT C AAGA C T C GG Tr ACT G
e . 件设计 引 物 6 r 0软 5 5对 。
微卫星 D A分子标记的关键技术在于根据微卫星的两翼 序列设计 出适用的引物。本试验 中,作 N
者采用磁珠富集法分离刺参 A o i ou } ol s psc psa n u 的微卫星序列 ,并对其进行分析和初步筛选 ,以期 th p c
为刺参群体遗传标记研究和 良 种选育提供有力的分子遗传学研究工具。鉴于微卫星位点的侧翼序列保
究、个体亲缘关系鉴定 、遗传病鉴定、分子进化和生物遗传作图等方面。 在水产动物方面,李琪等¨ 应用杂交选择法分离出 8对皱纹盘鲍微卫星标记,并采用磁珠 富集
法对长牡蛎 的微卫星克隆进行快速分离 ;孙效文等 采用小片段法 和磁珠吸附法获得 了普 通鲤 的微 卫星序列并进行 了分析 ;鲁翠云等 采用经典生物学方法获得了 8 个鳙的微卫星序列 ,并通过 Pi— 2 r m
摘要: 采用磁珠富集法分离刺参 Aoiouj ois的微卫星分子标记, psc psa nu th p c 共获得阳性克隆 13个, 2
其 中 16 0 个含微卫 星 D A序列 。分析结果表明 : N 完美 型有 4 个 ,占4.8 ,非完美型有 3 个 ,占 8 52 % 9
3 .9% ,复合型有 1 ,占 1.2 ;重复碱基数 以双核苷酸 重复最常 见 ,占 8 . 1 ,双核 苷酸 67 9个 79 % 49% 中又 以 C / T重复所 占比例最大 ;在重复次数方面 ,以重 复数 为 3一I 、l —l AG O次 l 8次和 i3 最为 > 5次 常 见,各 占 3 .2 、2 .2 96% 64 %和 1. 8 ,重复数达 10次以上的有 5个 ,最多 的达 到 18次 ,有 2 69 % 0 4 8 个微卫星序列微卫星含量丰富。筛选的 2 2对引物 中 ,可产生 出扩增产 物的有 l ,其 中 1 引物 7对 6对
缢蛏基因组DNA的提取及其效果分析(1)
生物技术通报BIOTECHNOLOGYBULLETIN・研究报告・2007年第5期收稿日期:2007-04-04基金项目:大连水产学院科研基金项目作者简介:于颖(1982-),女,在读硕士生,研究方向:海洋生物技术通讯作者:王秀利(1964-),男,博士,教授;研究方向:水产动物基因工程,E-mail:xiuliwang417@sina.com缢蛏(SinonovaculaconstrictaLamarck)属软体动物门、瓣鳃纲、异齿亚纲、帘蛤目、竹蛏科、缢蛏属,俗称蛏子、青子。
它们大多分布于热带和温带,特别是在我国分布很广,北起辽东半岛,南至海南都有分布。
因其蛋白质和多糖的含量高,肉味鲜美,营养丰富,是我国沿海居民和港澳同胞所喜爱的海产贝类之一。
随着我国经济的快速发展,人们的生活水平不断提高,广大群众对海产品的需求量也日益增大,进而推动贝类养殖业不断发展,缢蛏的养殖业也相继不断扩大,而环境的污染给缢蛏养殖业的发展带来很大的压力。
种质退化[1]是水产养殖业日益面临的三大问题之一,优良的种质是养殖生产实现可持续发展必不可少的物质基础。
基于人们需求和养殖业的可持续发展来说,保护和保存缢蛏的优良性状及种质、防止生产过程中出现种质退化、培育经济性状优良的增养殖新品种对缢蛏养殖业可持续发展具有重要的意义。
近些年来,分子生物学技术飞速发展,并已广泛应用于人及哺乳动物,但在水产业中的应用却方兴未艾。
目前的研究绝大多数应用于种质鉴定、种群遗传结构分析、遗传多样性研究、遗传图谱的构建等方面[2]。
常用的分子技术大多以DNA为研究对象,所以DNA提取的质量就直接影响下一步的研究结果,稳定的、高质量的DNA提取技术就显得尤为重要。
对缢蛏基因组DNA的提取方法进行了优化并对所提取的基因组DNA进行了质量分析,希望对缢蛏优良种质资源的保存、新品种的培育、多样性研究以及分子标记辅助育种提供技术保障。
缢蛏基因组DNA的提取及其效果分析于颖王秀利郑明洁单雪(大连水产学院生命科学与技术学院,大连116023)摘要:应用酚/氯仿抽提法提取缢蛏基因组DNA,并以所提取的基因组DNA为材料进行酶切反应及RAPD分析。
缢蛏群体微卫星分析中样本量对遗传多样性指标的影响
收 稿 日期 : 0 9 0 — 2 2 0 — 31
资 助 项 目 : 家高 技 术 研 究 发 展 计 划 项 目— — 缢 蛏 高 产 、 逆 品种 培 育 ( 0 6 国 抗 2 0 AA1 A4 0 ; 建 省 海 洋 与 渔 业 局 重 点 项 目—— 缢 蛏 优 良 0 1)福 品种 选 育 与 高 产 养 殖 技 术 研 究 ( 海 渔 2 0 0 5 闽 0 7 1)
法n 。关 于样本 量与群 体遗 传多 样性 之 间的相关 性 分析 , 在 部分脊 椎 动物例 如鸡 [ 、 ] 仅 1 棉铃 虫[ 、 蝗 ] 镜 ] 2飞 ] 、 鲤l 、 _ 草鱼[ 的群体 遗传 分析 中有所 报道 , 软体 动物 的相关 研究 还未 见报 道 。 4 ] 5 而 利用 微卫 星标记 开展 海洋 贝类 群体遗 传结 构 的研究 屡见 不鲜 , 样本 量 多少 缺 乏 可 以借 鉴 的标准 。 川 但
淡 水注 入 的内湾潮 间带 中 、 区软 泥滩 , 下 是我 国四大养 殖 贝类 之 一 。关 于 缢 蛏 的群 体 遗传 学 研 究 , 近几 年 在
才逐步 开展起 来 。
在 群体 遗传 学研究 中 , 本量 的确 定是 首要 步骤 之一 。样 本 量过 少 , 分 析结 果 可 靠度 下 降 , 样 其 而样 本 量
摘 要 : 用微 卫 星标 记进 行 缢 蛏 ( io o a u ac ntit 群 体 遗 传 研 究 时 , 体 的 样 本 量 多少 对 遗 传 多 样 性 指 采 S n n v c l s c o r a) 群
பைடு நூலகம்
标 准 确 性 有 影 响 。 实 验 设 置 了 l 个 样 本 量 梯 度 , 对 观 测 等 位 基 因 数 ( ) 有 效 等 位 基 因 数 ( ) 表 观 杂 合 度 1 并 Na , Ne , ( ) 期 望 杂合 度 ( ) N is 传 多样 性指 数 ( 的 变 化 趋 势 进 行 了分 析 。结 果 表 明 , 本 量 与观 测 等 位 基 因 Ho , He 和 e’ 遗 H) 样
缢蛏5个群体遗传多样性和遗传分化的SNP分析
数量
壳高
壳长
壳宽
全重
Size Shell height (mm) Shell length (mm) Shell width (mm) Total weight (g)
40
18.37±1.75
58.32±6.08
12.90±1.41
7.33±2.03
40
20.05±1.47
59.15±4.37
14.60±1.25
(1. 浙江省海洋水产养殖研究所, 浙江省近岸水域生物资源开发与保护重点实验室, 温州市海洋生物遗传育种重点实验室, 温州 325005; 2. 三门县农业农村局, 台州 317100)
摘要: 利用多态性SNP标记, 采用SNaPShot方法分析了缢蛏(Sinonovacula constricta)5个群体(山东东营群体 DY、浙江乐清群体YQ、福建云霄群体YX、广东湛江群体ZJ及广西钦州群体QZ)的遗传多样性和遗传结 构。结果表明, DY、YQ、YX、ZJ和QZ的平均有效等位基因数(Ne)分别是1.754、1.555、1.558、1.533和 1.519; 平均香农指数(I)为0.605、0.501、0.502、0.489和0.471; 平均观测杂合度(Ho)为0.317、0.282、0.282、 0.265和0.285; 平均期望杂合度(He)为0.423、0.336、0.338、0.325和0.313; 平均最小等位基因频率(MAF)为 0.336、0.241、0.238、0.234和0.229; 缢蛏5个群体具有较高遗传多样性。STRUCTURE分析显示所有的缢蛏 个体可以划分为5个聚类簇, 5个群体在每个聚类簇中占比为0.075—0.397, 均未聚集到单个聚类簇中; AMOVA分析结果显示, 群体间遗传分化系数(Fst)值为–0.0061—0.0829; 群体两两之间遗传距离为0.0023— 0.0537, Nei’遗传相似度为0.9477—0.9977; UPGMA聚类分析表明乐清群体和云霄群体聚为一支, 湛江群体和 钦州群体聚为一支, 东营群体与其他4个群体遗传距离最远, 单独为一支。群体遗传结构分析表明, 群体间遗 传变异主要来自群体内部, 群体间具有较高的遗传相似度和较低的遗传分化, 推测缢蛏在养殖过程中频繁的 亲贝引种和苗种移养可能是导致群体遗传分化程度不高的主要原因。
缢蛏和长竹蛏中枢神经系统的显微观察
收稿日期:2006207212 基金项目:国家973计划资助项目(G 1999012005). 作者简介:孙虎山(1962—),男,教授,博士,主要从事贝类免疫学研究,(E -mail )s hushan @.缢蛏和长竹蛏中枢神经系统的显微观察孙虎山,王宜艳,武光全(鲁东大学生命科学学院,山东烟台264025)摘要:采用甲苯胺蓝染色法,对缢蛏和长竹蛏中枢神经系统进行了显微观察.结果表明,两种蛏中枢神经系统结构相似,均由脑神经节、脏神经节和足神经节各1对以及脑脏和脑足神经索组成,其中左右脏神经节及足神经节分别愈合.各神经节均由表面的神经节被膜、周边的胞体层和中央纤维网构成.胞体层分层和分区现象不明显,神经元胞体发出的突起均进入中央神经纤维网.胞体根据其大小可分为直径30—45μm 的大型细胞、15—30μm 的中型细胞和6—15μm 的小型细胞3种类型.缢蛏3对神经节内3种类型的细胞均有,且均为大型细胞的数量最少,其中脑神经节内中型细胞最多,脏神经节和足神经节内小型细胞最多.长竹蛏脑神经节内的神经元胞体主要为中型细胞,小型细胞很少,无大型细胞;脏神经节内中型和小型细胞较多,大型细胞较少;足神经节内中型细胞较多,大型和小型细胞较少.关键词:缢蛏;长竹蛏;中枢神经系统;神经细胞;显微观察中图分类号:Q9591215 文献标识码:A 文章编号:167328020(2006)0320216205 有关贝类神经系统显微结构的研究,已有对蜗牛、钉螺、脉红螺和中国蛤蜊等种类的报道[1—4],主要集中在腹足纲,而对双壳纲种类的研究报道较少[4],对许多重要经济双壳贝类神经细胞的分布情况还不了解,从而影响了贝类神经内分泌免疫调节研究的深入开展.缢蛏(Sinonovacula constricta )和长竹蛏(Solen strictus )同属双壳纲、帘蛤目、竹蛏科,广泛分布于我国南北沿海.其中缢蛏在我国已有数百年的养殖历史,是我国四大养殖贝类之一;长竹蛏天然产量大,也有重要的经济价值[5].有关缢蛏和长竹蛏神经系统显微结构的研究尚未见报道.本文采用组织学方法对缢蛏和长竹蛏中枢神经系统的显微结构进行了观察,以期为贝类神经内分泌系统的研究和比较神经生物学研究积累资料.1 材料和方法 缢蛏和长竹蛏购自烟台水产市场,水族箱中充气暂养.选取健壮无伤、对外界刺激反应灵敏的缢蛏和长竹蛏各10只,去壳后立即投入Bouin ’s 固定液中,固定12h ;解剖出各神经节,梯度酒精脱水,二甲苯透明,常规石蜡包埋,连续切片,切片厚度7μm ;1%甲苯胺蓝水溶液于60℃浸染40min [6];脱水,透明后中性树胶封片;镜检并拍照记录结果.2 结果 缢蛏和长竹蛏中枢神经系统均由脑、脏和足3对神经节及脑脏和脑足4条神经索组成,神经节和神经的分布位置和形态结构均非常相似.由各神经节发出的神经分布到身体的各个部位.甲苯胺蓝染色,神经细胞和神经纤维均着色较好,神经元胞体胞质、核仁和神经纤维呈深蓝色,核质不着色,反差较大.各神经节均由表面的神经节被膜、周边的胞体层和中央纤维网构成.神经节被膜与神经干被膜相延续,神经干及神经索中无神经元胞体,仅有沿神经索方向分布的神经纤维.各神经节的结构和显微结构分述如下.211 脑神经节 缢蛏和长竹蛏脑神经节均在唇瓣基部,左右各一,稍呈菱形.2个脑神经节间有1条短的脑联合.由该神经节侧面发出脑2脏神经索与脏神经节相连,后面发出脑2足神经索与足神经节相连,前 鲁东大学学报(自然科学版) Ludong University Journal (Natural Science Edition )2006,22(3):216—220 面发出外套膜前闭壳肌神经分布到前端外套膜和前闭壳肌,另外发出较细的神经分布到唇瓣、食道、胃、生殖腺和肝胰脏等器官.脑神经节除了和其他神经节联系外,主要是控制身体前端各器官的生命活动. 从切片看,缢蛏脑神经节(图1A )表面常不平,具有大量小的隆起和凹陷,而长竹蛏脑神经节(图2A )表面较平滑.两种蛏脑神经节神经元胞体均只分布于表层,形成胞体层,且分层和分区现象不明显,只是在各条神经发出部位的周围神经元胞体较少.不同大小的细胞混杂分布于胞体层中,较大的胞体主要位于背侧面和外侧面.中央纤维网内的神经纤维主要横向分布,在两侧通至各神经干.图1 缢蛏神经节的显微结构A 脑神经节纵切;B 脑神经节纵切局部;C 脏神经节纵切;D 脏神经节纵切局部;E 足神经节纵切;F 足神经节纵切局部;CG C脑神经节连接神经;CPC 脑足神经索;CT 结缔组织;CVC 脑脏神经索;PN 足神经;RC B 胞体区;RN 中央纤维网;SS 神经节被膜;△大型神经元;▲中型神经元;↑小型神经元 神经元胞体呈圆形、卵圆形、梨形或不规则形,由胞体发出的突起均进入中央纤维网.根据胞体大小可分为大、中、小3种类型.大型细胞的胞体呈梨形或不规则形,约30—45μm ,胞质染色较深;胞核圆形或椭圆形,多居于胞质中央,约13—16μm ,染色很浅,核仁一个,大多居于核的一侧,染色很深.中型细胞的胞体多呈梨形,约15—30μm ,胞核多椭圆形,约10—13μm ,核仁一个, 第3期孙虎山,等:缢蛏和长竹蛏中枢神经系统的显微观察217居于核的一侧或中央,细胞各部分着色与大型细胞相似.小型细胞的胞体多呈圆形,约6—15μm ,胞质很少,胞核圆形,居于胞质中央,约5—8μm ,核仁一个,常居于核中央.缢蛏脑神经节内3种类型的细胞均有,中型细胞最多,大型细胞最少(图1B ).长竹蛏脑神经节内的神经细胞主要为中型细胞,无大型细胞,小型细胞也很少(图2B ).图2 长竹蛏神经节的显微结构A 脑神经节纵切;B 脑神经节纵切局部;C 脏神经节纵切;D 脏神经节纵切局部;E 足神经节纵切;F 足神经节纵切局部;CG C脑神经节连接神经;CPC 脑足神经索;CVC 脑脏神经索;G 生殖腺;NF 神经纤维;RC B 胞体区;RN 中央纤维网;SS 神经节被膜;△大型神经元;▲中型神经元;↑小型神经元212 脏神经节 缢蛏和长竹蛏脏神经节均为1对,并在中央愈合,略呈四方形,位于鳃的背面,围心腔膜和后闭壳肌交界之腹面.前端发出2条脑脏神经索与脑神经节相连,后端发出2条外套膜后闭壳肌神经,向后延伸,分出一支伸入后闭壳肌,另一支通入后端外套膜和水管,腹侧发出2条短而粗的鳃神经,由鳃基部通入鳃中,另外发出2条很细的肾管围心腔神经和1条极细的直肠神经,分布到围心腔膜、肾管和直肠等器官. 缢蛏(图1C )和长竹蛏(图2C )脏神经节胞体层分层和分区现象也不明显.神经元胞体也分为大、中、小3种类型,大中型细胞一般分布于神经218 鲁东大学学报(自然科学版)第22卷 节近表层,而小型细胞多靠近中央纤维网分布,在神经节前背侧和背外侧大中型细胞相对多一些,胞体的形状、胞核的形状与大小和细胞的着色情况与脑神经节相似.各部位神经元胞体发出的突起也均进入中央纤维网,神经节前部的神经纤维主要纵向分布,向前进入脑2脏神经索;后部的神经纤维则横向分布较多,分别进入外套膜后闭壳肌神经、鳃神经和肾管围心腔神经. 缢蛏脏神经节内小型细胞最多,中型细胞次之,大型细胞最少.大型细胞呈圆形或梨形,胞体直径32μm左右,主要分布于背外侧;中型细胞多呈梨形,胞体直径20μm左右,分布于神经节胞体层各部,仅在神经节后部数量较少;小型细胞呈圆形,胞体直径7μm左右(图1D).长竹蛏脏神经节内神经细胞的数量明显比缢蛏的少,其中小型和中型细胞较多,大型细胞较少,大型细胞多呈梨形,胞体直径36μm左右,也主要分布于背外侧,大型细胞的数量较缢蛏脏神经节稍多一些;中型细胞也多呈梨形,胞体直径18μm左右;小型细胞也呈圆形,胞体直径7μm左右(图2D).213 足神经节 缢蛏和长竹蛏足神经节均为1对并愈合成豆形,位于足的基部内脏囊内,分出脑足神经索与脑神经节相连,还分出数条足神经分布于足的各部. 缢蛏(图1E)和长竹蛏(图2E)足神经节神经元胞体除了在神经干发出部位没有分布外,在整个足神经节的表层均有分布,且分层现象也不明显,其中背侧神经元胞体较腹侧多,胞体也较大.胞体的形状、胞核的形状与大小和细胞的着色情况与脑和脏神经节均相似.中央神经纤维网内的大部分神经纤维沿两神经节愈合的方向横向分布,从左右两侧进入脑足神经索,部分神经纤维进入足神经.缢蛏足神经节表面具有大量小的隆起和凹陷,而长竹蛏足神经节表面较平滑. 缢蛏足神经节内小型细胞最多,大型细胞最少.大型细胞胞体直径32μm左右,中型细胞胞体直径18μm左右,小型细胞的胞体大小约6μm (图1F).长竹蛏足神经节内中型细胞较多,大型细胞和小型细胞数量较少.大型细胞胞体直径40μm左右,中型细胞胞体直径25μm左右,小型细胞的胞体直径约7μm(图2F).长竹蛏足神经节内神经元的大小较缢蛏同类型神经元普遍要大一些.3 讨论 甲苯胺蓝染色法是组织学和神经生物学中用于对神经细胞内尼氏小体进行特殊染色的方法[6],在医学研究中应用较多,而在无脊椎动物研究中应用较少.本实验采用甲苯胺蓝染色法对缢蛏和长竹蛏中枢神经系统进行了显微观察,结果神经元胞体和神经纤维均着色很深,反差大,效果好.缢蛏和长竹蛏属无脊椎动物中比较低等的软体动物门,笔者曾将此方法用于其他几种贝类神经组织的染色,得到了相似的结果,这说明甲苯胺蓝染色法是用于贝类神经组织染色比较理想的方法. 双壳贝类的中枢神经系统一般由脑神经节、足神经节和脏神经节及脑足神经索和脑脏神经索组成,但神经节的愈合程度是不同的.神经节愈合程度高的类群,在进化上相对比较高等.只有帘蛤科和蛤蜊科的种类1对脑神经节彼此连结,而其他双壳贝类1对脑神经节都是彼此分离的[7],这与根据其他分类特征认为此2科贝类是双壳贝类中最高等的类群的观点相一致.本研究表明,同属竹蛏科的缢蛏和长竹蛏的脏神经节和足神经节均愈合程度较高,与帘蛤科和蛤蜊科的种类相似;而脑神经节彼此分离,与帘蛤科和蛤蜊科的种类又有所不同,说明尽管竹蛏科、帘蛤科和蛤蜊科同属帘蛤目,但竹蛏科要较其他2科低等一些.显微观察表明,缢蛏和长竹蛏神经元胞体根据其大小大致可分为直径30—45μm的大型细胞、15—30μm的中型细胞和6—15μm的小型细胞3种类型,与中国蛤蜊神经元胞体分为大(40—54μm)、中(25—40μm)和小(6—20μm)3种类型相似[4],但均相对小一些,是否是因竹蛏科较蛤蜊科低等,有待进一步研究. 贝类缺乏专门的内分泌器官,已有研究表明,其神经系统的部分神经细胞具有内分泌作用,可分泌激素类物质调节其生理活动[8,9].文[10]从贻贝的足神经节分离出了脑啡肽,其分子组成与哺乳动物体内的脑啡肽相同.文[11]证明贻贝体内的脑啡肽参与其免疫调节等.缢蛏和长竹蛏在进化上较贻贝高等,其神经系统肯定也具有内分泌作用,而哪一类神经细胞为神经内分泌细胞、可分泌哪些调节物质、如何实现对其生理活动的调节等问题均需作进一步研究. 第3期孙虎山,等:缢蛏和长竹蛏中枢神经系统的显微观察219参考文献:[1] 戴鸿佐,李瑞秋.褐云玛瑙螺(Achatina fulica Ferus 2sac )脑神经节显微结构的观察[J ].神经解剖学杂志,1989,5(2):229—234.[2] 李国华,程济民,王秋雨,等.脉红螺(Rapana venosa )神经系统解剖的初步研究[J ].动物学报,1990,36(4):345—351.[3] 金志良.钉螺神经系统的显微解剖[J ].动物学报,1993,39(3):229—238.[4] 王晓安,蒋小满.中国蛤蜊神经系统显微结构的初步研究[J ].动物学杂志,1999,34(4):6—9.[5] 齐钟彦,马绣同,王祯瑞,等.黄渤海的软体动物[M].北京:农业出版社,1989:208—213.[6] 龚志锦,詹洲.病理组织制片和染色技术[M].上海:上海科学技术出版社,1994:98—268.[7] 蔡英亚,张英,魏若飞.贝类学概论[M].上海:上海科学技术出版社,1995:64—65.[8] Ottaviani E ,Franchini A.Immune and neuroendocrine re 2sponses in m ollusks :the role of cytokines[J ].Acta Biol Hung ,1995,46:341—349.[9] Nieto 2Fernadez F E ,Alcide K,Rialas C.Heavy metalsand neuroimmunom odulation in Mytilus edulis [J ].Acta Biol Hung ,2000,51:325—329.[10] Leung M K,S tefano G B.Is olation and iden fication ofenkephalins in pedal ganglia of Mytilus edulis (M ollusca )[J ].Pro Natl Sci US A.1984,81:955—958.[11] S tefano G B ,Leung M K,Zhao X ,et al.Evidence for theinv olvement of opioid neuropeptides in the adherence and migration of immunocmpetant invertebrate hem ocytes[J ].Proc Natl Acad Sci US A ,1989,86:626—630.Microscopic Observation of the Center N ervous Systems of Tw o R azor ClamsSinonovacula constricta and Solen strictusS UN Hu 2shan ,W ANG Y i 2yan ,W U G uang 2quan(School of Life Science ,Ludong University ,Y antai 264025,China )Abstract :The central nerv ous systems (C NS )of tw o razor clams Sinonovacula constricta and Solen strictus were ob 2served with microscopy by toluidine blue staining procedure.The results are as follows.The C NS of the tw o razor clams are similar ,both of which consisted of one pair of separated cerebral ganglia ,visceral and pedal ganglion cica 2trized with right 2and 2left ganglia ,cerebrovisceral commissure and cerebropedal connective.All of the ganglia have three parts that are a surrounding sheath ,a region of cell bodies and a region of central neuropile.The phenomena of zonation and lamination of neurons in the ganglia are not obvious .Cytoplasmic process from neurons in the gangliaenters central neuropile.According to their sizes ,neurons can be classed into g ood 2sized cells (30—45μm in diame 2ter ),medium 2sized cells (15—30μm in diameter ),pint 2sized cells (6—15μm in diameter ).All the three pairs of ganglia of Sinonovacula constricta have those three kinds of cells ,besides ,the g ood 2sized cells are the least in all of them.Furtherm ore ,the number of medium 2sized cells is the m ost in cerebra ganglia ,while visceral ganglion and ped 2al ganglion have the m ost pint 2sized cells.The majority of neurons in the ganglia of Solen strictus are the medium 2sized ,but fews are the pint 2sized cells and none is the g ood 2sized cells.In its pedal ganglia ,the numbers of the medium 2sized cells are much m ore than that of the g ood 2sized and the pint 2sized.K ey w ords :Sinonovacula constricta ;Solen strictus ;central nerv ous system ;microscopic observation(责任编辑 司丽琴)220 鲁东大学学报(自然科学版)第22卷 。
4个缢蛏群体遗传多样性和系统发生关系的微卫星分析
4个缢蛏群体遗传多样性和系统发生关系的微卫星分析刘博;邵艳卿;王侃;滕爽爽;柴雪良;方军;张炯明;肖国强【期刊名称】《海洋科学》【年(卷),期】2013(000)008【摘要】采用12个微卫星分子标记,对4个不同缢蛏(Sinonovacula Constricta)群体:福建云霄群体、广东湛江群体、天津塘沽群体以及浙江乐清湾群体进行了遗传多样性和系统发生关系的分析。
研究结果显示,12个微卫星共有46个等位基因,4个缢蛏群体的平均观测等位基因数(Ao)、平均观测杂合度(Ho)、平均期望杂合度(He)和平均多态信息含量(PIC)分别为3.25~3.50、0.59~0.74、0.55~0.58和0.46~0.50。
说明4个缢蛏群体遗传多样性处于中等多态。
UPGMA 聚类分析表明:乐清湾群体、天津塘沽群体间的遗传距离最小,亲缘关系最近,首先聚为一支,福建云霄群体和广东湛江群体聚为另一支。
群体的 F-统计量(Fst)为0.07,表明缢蛏群体分化很微弱。
%Twelve microsatellite markers were used to study genetic diversity and phylogenetic relationship of four geographic populations of razor clam Sinonovacula constricta. The four populations were sampled from Yunxiao City of Fujian, Zhanjiang City of Guangdong, Tanggu City of Tianjin and Yueqing City of Zhejiang. The results showed that total of 46 alleles were found among 12 SSR markers. The average observed numberof alleles (Ao) was from 3.25 to 3.50, the average observed heterozygosity (Ho) was from 0.59 to 0.74, the average excepted het-erozygosity (He) was from 0.55 to 0.58 and the average polymorphism information content (PIC) ranged from 0.46 to 0.50, respectively. All of these results indicated thatgenetic diversity of the four populations was at a medium level. UPGMA cluster analysis showed that Yueqing population was clustered with Tanggu population into one clad, then Yunxiao population and Zhanjiang population were in a second group. The value of the F-statistics was 0.07 and this suggested that the four populations of S.Constricta had a relatively lower genetic variation and its genetic structure between populations was weak.【总页数】7页(P96-102)【作者】刘博;邵艳卿;王侃;滕爽爽;柴雪良;方军;张炯明;肖国强【作者单位】浙江省海洋水产养殖研究所浙江省近岸水域生物资源开发与保护重点实验室,浙江温州,325001;浙江省海洋水产养殖研究所浙江省近岸水域生物资源开发与保护重点实验室,浙江温州,325001;浙江省海洋水产养殖研究所浙江省近岸水域生物资源开发与保护重点实验室,浙江温州,325001;浙江省海洋水产养殖研究所浙江省近岸水域生物资源开发与保护重点实验室,浙江温州,325001;浙江省海洋水产养殖研究所浙江省近岸水域生物资源开发与保护重点实验室,浙江温州,325001;浙江省海洋水产养殖研究所浙江省近岸水域生物资源开发与保护重点实验室,浙江温州,325001;浙江省海洋水产养殖研究所浙江省近岸水域生物资源开发与保护重点实验室,浙江温州,325001;浙江省海洋水产养殖研究所浙江省近岸水域生物资源开发与保护重点实验室,浙江温州,325001【正文语种】中文【中图分类】Q959.2【相关文献】1.浙闽沿海缢蛏群体遗传结构的微卫星和线粒体CO Ⅰ序列分析 [J], 牛东红;冯冰冰;刘达博;沈和定;李家乐2.象山缢蛏养殖群体和野生群体遗传多样性的比较 [J], 王冬群;李太武;苏秀榕3.缢蛏群体微卫星分析中样本量对遗传多样性指标的影响 [J], 牛东红;陈慧;林国文;李家乐4.缢蛏5个群体遗传多样性和遗传分化的SNP分析 [J], 滕爽爽;胡高宇;范建勋;柴雪良;肖国强5.乐清湾养殖缢蛏群体遗传结构的微卫星标记分析 [J], 刘博;邵艳卿;滕爽爽;柴雪良;肖国强因版权原因,仅展示原文概要,查看原文内容请购买。
缢蛏生长因子受体结合蛋白2基因克隆、时空表达及SNP筛查
缢蛏生长因子受体结合蛋白2基因克隆、时空表达及SNP筛查赵家熙;崔宝月;董迎辉;姚韩韩;林志华【摘要】To explore the molecular structure and biological function of GRB2 in Sinonovacula constricta (ScGRB2),its cDNA was cloned by SMART RACE techniques,then the bioinformatics,SNPs in exon and expression profiles in different tissues and developmental stages were analyzed.The results indicated that the full length cDNA of Sc-GRB2 gene was 1 223bp,containing a complete 711 bp ORF encoding 236 aminoparisons of animal acid sequence,Sc-GRB2 has high homology with bivalves of Meretrix meretrix and Tegillarca granosa (64 % and59 %).Sc-GRB 2 has homologous with others share 45 %-58 %0 similarity,it indicate GRB 2 is relatively conservative.The result of qRT-PCRin different tissues showed that Sc-GRB2 expressed in all seven tissues,the expression of foot was extremely significantly higher than others (P<0.01).The relative expression in different stages revealed that the expression of juvenile clams was extremely significantly higher than other stages (P< 0.01).A total of 11 SNPs in the exon of Sc-GRB2 were identified.%为了探索生长因子受体结合蛋白2 (GRB2)在缢蛏生长发育中的作用,本实验基于缢蛏转录组文库,利用SMART RACE技术克隆缢蛏GRB2(Sc-GRB2)基因的cDNA全长序列,分析其在不同组织和发育时期的表达差异,并在外显子中进行了SNP位点筛选.结果表明,Sc-GRB2基因cDNA全长1 223 bp,开放阅读框711 bp,编码236个氨基酸;氨基酸序列比对发现,缢蛏与文蛤、泥蚶等双壳贝类同源性较高(64%00、59%),而与其他物种的同源性为45%~58%,表明GRB2基因比较保守;不同组织的荧光定量PCR (qRT-PCR)结果显示,Sc-GRB2基因在缢蛏7个组织中均有表达,其中足中的表达量极显著地高于其他6个组织(P<0.01);在8个发育时期的表达差异分析发现,该基因在稚贝期表达量极显著地高于其他7个时期(P<0.01).SNP位点筛选结果表明,在Sc-GRB2基因的外显子区域共发现11个SNP位点.【期刊名称】《海洋学报(中文版)》【年(卷),期】2018(040)002【总页数】8页(P87-94)【关键词】缢蛏;生长因子受体结合蛋白2;克隆;SNP【作者】赵家熙;崔宝月;董迎辉;姚韩韩;林志华【作者单位】浙江万里学院浙江省水产种质资源高效利用技术研究重点实验室,浙江宁波315100;上海海洋大学水产与生命学院,上海201306;浙江万里学院浙江省水产种质资源高效利用技术研究重点实验室,浙江宁波315100;浙江万里学院浙江省水产种质资源高效利用技术研究重点实验室,浙江宁波315100;浙江万里学院浙江省水产种质资源高效利用技术研究重点实验室,浙江宁波315100【正文语种】中文【中图分类】P917.41 引言生长因子受体结合蛋白2 (growth factor receptor-bound protein 2, GRB2),是一种重要的接头蛋白,它通过对上游受体激酶的调控参与各类细胞的信号转导,从而影响细胞的增殖、生长、分化[1-3]。
缢蛏 (Sinonovacula constricta) cDNA 文库的构建 及肌动蛋白基因的研究
第41卷 第1期 海 洋 与 湖 沼Vol.41, No.1 2010年1月OCEANOLOGIA ET LIMNOLOGIA SINICAJan., 2010* 国家高技术研究发展计划(863计划), 2006AA10A410号; 长江学者和创新团队发展计划, 2007—2009; 宁波市科技局资助项目, 2006C100041号; 宁波市海洋渔业局资助项目, 2006—2008。
秦玉明, 硕士研究生, E-mail :qinym99@① 通讯作者: 苏秀榕, 教授, E-mail :suxiurong@ 收稿日期: 2008-12-27, 收修改稿日期: 2009-02-21缢蛏(Sinonovacula constricta )cDNA 文库的构建及肌动蛋白基因的研究*秦玉明1 苏秀榕1①李 晔1 马 斌1 李 惠1王孟前1 贺静静1 李太武1, 2(1. 宁波大学生命科学与生物工程学院 宁波 315211; 2. 宁波城市职业技术学院 宁波 315100)提要 采用SMART(switching metchanism at 5’ end of RNA transcript)技术构建缢蛏cDNA 基因文库。
并对cDNA 文库的滴度, 重组率和插入片段的大小进行了检测。
结果表明, 该cDNA 文库的滴度为5.50×104 cfu/ml, 重组率为92.5%, 插入片段的长度大多在1kb 以上。
对478个克隆子进行了测序, 共得到430个有效序列, 其中166个序列无同源性, 264条序列具有同源性。
从中得到肌动蛋白(actin)cDNA 的全长1538bp, 开放阅读框(ORF)为1131bp, 编码376个氨基酸, 其预测蛋白的分子量为41.78kD, 等电点为5.30。
该氨基酸序列与其它物种的同源性大都在90%以上。
关键词 缢蛏, cDNA 文库, 序列分析, 肌动蛋白基因 中图分类号 S968.3缢蛏(Sinonovacula constricta )俗称蛏子、蜻、海蛏, 属软体动物门(Mollusca), 瓣鳃纲(Lamellibranchia)、异齿亚纲(Heterodonta)、帘蛤目(Veneroida)、竹蛏科(Solcnidoe)、缢蛏属(Sinonovacula )。
缢蛏的染色体研究
缢蛏的染色体研究
王金星;赵小凡;周岭华;相建海
【期刊名称】《海洋与湖沼》
【年(卷),期】1998(29)2
【摘要】于1994年8月在山东省威海和青岛市沿海采集缢蛏,运用PHA每克体重8×10-6g)和秋水仙素(每克体重2—3×10-6g)体内注射法,以其鳃组织为材料,对缢蛏的染色体进行分析研究。
结果表明,缢蛏的二倍体数目为2n=38,核型为26m+8sm+2st+2t,NF=72。
C-带核型展示,有7对染色体恒定地出现C-带,均为端带。
银染核型表明,有一对中着丝粒染色体具Ag-NOR带。
银染带可以作为一种遗传标记。
【总页数】1页(P191)
【作者】王金星;赵小凡;周岭华;相建海
【作者单位】山东大学生命科学学院
【正文语种】中文
【中图分类】Q959.215.4
【相关文献】
1.凡纳滨对虾-缢蛏生态循环养殖池塘中浮游植物群落结构与水质因子相关性研究[J], 骆云慧; 李来国; 赵淳朴; 王丹丽; 徐善良; 徐继林
2.两种前处理对贮藏过程中缢蛏品质的研究 [J], 杨留明;胡远辉;吕春霞;杨华;曹少谦;张慧恩;戚向阳
3.海水池塘养殖缢蛏病原研究 [J], 袁甜
4.斑节对虾、青蟹、缢蛏半咸水土塘生态混养模式研究 [J], 赵艳飞;黄凌光;熊向英
5.拟穴青蟹、斑节对虾和缢蛏不同混养系统氮、磷收支的研究 [J], 赵艳飞;钟声平;王贤丰;黄凌光;刘旭佳;熊向英
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第45卷 第6期 海 洋 与 湖 沼Vol.45, No.6 2014年11月OCEANOLOGIA ET LIMNOLOGIA SINICANov., 2014*山东省农业良种工程课题“优质高产抗逆贝类良种选育”, 2009—2013; 山东省自然科学基金, ZR2012CM037号; 泰山学者岗位“水生动物营养与饲料”, 2008—2013; 国家自然科学基金项目, 31060353号。
吴雪萍, 硕士研究生, E-mail: ab8711xp@① 通讯作者: 刘相全, 副研究员, E-mail: lxq6808@; 潘英, 教授, E-mail: nnpying@收稿日期: 2013-12-15, 收修改稿日期: 2014-02-19缢蛏(Sinonovacula constricta )微卫星标记的分离及近缘物种通用性*吴雪萍1, 2 马海涛2 冯艳微2 刘相全2①潘 英1①(1. 广西大学动物科学技术学院 南宁 530004;2. 山东省海洋资源与环境研究院 山东省海洋生态修复重点实验室 烟台 264006)提要 采用磁珠富集和PCR 筛选相结合的方法, 得到12对缢蛏(Sinonovacula constricta )的多态性微卫星引物。
每个位点的观测等位基因数为2—15个, 有效等位基因数为1.0339—8.8063个; 观测杂合度(H o )为0.0333—1.0000, 平均观测杂合度为0.7525; 期望杂合度(H e )为0.0333—0.9020, 平均期望杂合度为0.6866; 多态信息含量(PIC)为0.0320—0.8680。
所有位点中, 有8个位点属于高度多态位点(PIC>0.5), SC1-5和SC4-6属于低度多态位点(PIC<0.25); 经Bonferroni 校正后, 无显著偏离哈迪-温伯格平衡的位点; 连锁不平衡检验结果表明, 位点间不存在连锁不平衡现象。
此外, 分析了这些引物在近缘种长竹蛏(Solen strictus )、大竹蛏(Solen grandis )和小刀蛏(Cultellus attenuatus )的通用性情况, 结果显示: 长竹蛏中, 位点SC1-4、SC2-8、SC3-1、SC3-14表现出了高度多态(PIC>0.5); 在大竹蛏中, 位点SC3-4、SC3-7、SC4-6表现出了高度多态性(PIC>0.5), SC2-9为低态位点(PIC<0.25); 在小刀蛏中, 位点SC1-7、SC2-9、SC3-4、SC3-14表现出了高度多态性(PIC>0.5), SC4-6为低态位点(PIC<0.25)。
关键词 缢蛏; 长竹蛏; 大竹蛏; 小刀蛏; 微卫星标记; 通用性 中图分类号 S968.3 doi: 10.11693/hyhz20131200199 缢蛏(Sinonovacula constricta Lamarck)俗称蛏子, 属于软体动物门(Mollusca)、瓣鳃纲(Lamellibranchia)、异齿亚纲(Heterodonta)、帘蛤目(Veneroida)、竹蛏科(Solenidae)、缢蛏属(Sinonovacula ), 在中国和日本沿海均有分布, 为广温广盐性的海产双壳贝类。
其肉味鲜美, 营养丰富, 具有食用和药用价值, 是中国四大养殖贝类之一。
近年来, 无序养殖、盲目移种, 以及海洋资源的过度捕捞和海水环境污染的加剧, 造成缢蛏种质资源混杂和野生群体数量衰减(刘博等, 2013)。
微卫星DNA 是指以少数几个核苷酸(多数为2—6个)为单位的多次串联重复的DNA 序列, 亦称简单重复序列(simple sequence repeats, SSR)、短串联重复(short tandem repeats, STR)、简单序列长度多态性(simple sequence length polymorphism, SSLP)等。
由于其遵循孟德尔遗传规律, 具有共显性、高度多态性、数量丰富、可重复性强等特点, 已经被广泛应用于贝类遗传多样性分析及遗传连锁图谱构建等方面的工作。
关于缢蛏微卫星标记的开发, 仅有少数学者作了相关报道: 牛东红等(2008)利用磁珠富集法和PCR 筛选法开发了18对微卫星引物; Jiang 等(2010)利用磁珠富集法开发了14对微卫星引物; 刘博等(2012)从EST 数据库中开发了14对多态性引物并对乐清湾缢蛏群体进行多样性分析。
但这些标记远不能满足其遗6期吴雪萍等: 缢蛏(Sinonovacula constricta)微卫星标记的分离及近缘物种通用性 1331传图谱构建及数量性状位点定位(QTL)等方面的研究, 急需开发出更多的微卫星标记。
本研究利用磁珠富集和PCR筛选相结合的方法, 快速分离得到12对微卫星引物并在长竹蛏(Solen strictus)、大竹蛏(Solen grandis)和小刀蛏(Cultellus attenuatus)进行通用性分析。
1材料与方法1.1材料缢蛏、长竹蛏及大竹蛏活体样品均采自山东省烟台市, 小刀蛏活体样品采自东营市, 取其闭壳肌保存于75%酒精中, –20°C备用。
1.2缢蛏基因组DNA的提取及酶切利用北京天根海洋动物组织基因组提取试剂盒提取缢蛏基因组DNA后, 再用限制性核酸内切酶Sau 3AI对至少5μg的DNA进行酶切, 反应总体积50μL, 包含: 10×buffer (TaKaRa) 5μL, DNA模板40μL, Sau 3AI 0.6μL, 超纯水4.4μL。
经1.2%的琼脂糖凝胶检测酶切完全后, 使用生工生物(上海)有限公司的SanPrep柱式DNA胶回收试剂盒进行回收400—1000bp片段。
1.3接头序列的制备及连接等摩尔混合两条寡核苷酸链Sau A: 5’-GATCGT CGGTACCGAATTCT-3’, Sau B: 5’-GTCAAGAATTC GGTACCGTCGAC-3’, 经95°C变性10min后, 室温放置4—5小时使其复性。
回收产物与双链接头的连接采用10μL的反应体系, 包含: 接头5μL; 胶回收DNA 3μL; 10×buffer (Takara) 1μL; T4连接酶(Takara) 1μL, 16°C过夜连接。
1.4第一次PCR扩增及纯化PCR反应的总体积为25μL: 去离子水13.6μL; 5×buffer (promega) 5μL; dNTP 1μL; Mg2+ 2μL; Sau A (10μmol/L) 2μL; 目标DNA 100ng; Taq酶(promega) 0.4μL。
PCR程序为94°C预变性5min, 94°C 50s, 60°C 50s, 72°C 1min, 30个循环, 最后72°C延伸10min。
1.5磁珠富集磁珠(Promega)上包被的链霉亲和素(Strep tavidin)可与探针(CA)16和(GA)16上的生物素(biotin)结合, 从而通过磁力将探针连同所需的微卫星序列一同分离出来。
1.5.1PCR产物变性与杂交探针杂交体系为100μL: PCR纯化产物10μL, 生物素标记的DNA探针(CA)16和(GA)16各200pmol, 20×SSC 15μL。
杂交液放入PCR仪中95°C变性5min, 迅速置于冰上冷却后, 68°C温浴1h。
1.5.2磁珠准备取一管新鲜的磁珠(Promega), 轻柔混匀磁珠悬浮液, 吸取100μL放入1.5mL灭菌离心管中, 在磁力架上除去上清后, 用100μL 0.5×SSC清洗3次并除去上清。
1.5.3富集(1) 将杂交混合液加入到磁珠管中, 25°C放置30min, 每10min 混匀1次, 除去上清;(2) 用100μL 6×SSC, 室温清洗2次, 每次4min;(3) 用100μL 3×SSC, 68°C清洗2次, 每次13min;(4) 用 100μL 6×SSC, 室温清洗2次, 每次8min。
1.5.4捕获含微卫星序列的单链DNA 除去上清, 加入30μL灭菌水, 转入PCR管, 95°C热洗脱10min, 迅速吸取上清液至另一灭菌1.5mL离心管中, 即为杂交后单链DNA。
1.6第二次PCR扩增含微卫星序列的DNA片段以Sau A为引物, 对富集的DNA单链片段进行PCR扩增, 25μL反应体系: Sau A 2μL, 5×buffer (Promega) 5μL, dNTP 1μL, Mg2+2μL, 目标DNA 6μL, Taq酶0.4μL。
1.2%的琼脂糖凝胶电泳检测后经生工生物(上海)柱式PCR纯化试剂盒去除多余的dNTP、Sau A等, 置于4°C备用。
1.7富集片段的T载体连接和转化使用 pMD TM 20-T Vector Cloning Kit (Takara)对纯化后的DNA片段进行连接。
载体连接的反应体系为10μL: pMD TM 20-T Vector 1μL; solution I 5μL; 纯化DNA 4μL。
16°C反应连接过夜。
将全部连接产物加入到100μL大肠杆菌DH5α感受态细胞中, 37°C 振荡培养箱培养1h, 菌液涂于含有IPTG、X-gal的氨苄青霉素抗性LB平板上, 37°C培养12h, 挑取阳性克隆在含LB液体培养基(含氨苄青霉素抗性)的96孔细胞培养板中, 37°C培养12h。
用载体引物M13-47、RV-M及无生物素标记的探针序列(CA)12或(GA)12对随机挑选的白斑克隆进行PCR菌落鉴定。
扩增得到的PCR产物通过1.2%琼脂糖电泳检测后, 克隆中若存在相应微卫星核心, 每条产物带应为2条或2条以上。
将符合上述条件的菌落送往上海英俊生物公司测序。
1332 海洋与湖沼45卷1.8引物设计测序结果用SSR Hunter软件查找含有微卫星核心的序列, Primer Premier 5.0 (http://www.premierbiosoft.om/)软件进行引物设计, 并挑选部分引物送生工生物(上海)有限公司进行合成。
1.9引物筛选及检测利用三个样品对合成引物进行退火温度梯度PCR扩增, PCR反应体系10μL包括: 模板DNA 100ng, 引物F 10μmol/L, 引物R 10μmol/L, 10×Buffer 1μL, dNTP 2mmol/L, MgCl2 1.5mmol/L, Taq 0.25 U。