TOPOS4.0检查MOF拓扑简易操作流程
拓扑检查的步骤
拓扑检查的步骤
拓扑检查是指对通信网络中的节点和链接进行验证和检测的过程。
以下是拓扑检查的一般步骤：
1. 收集拓扑数据：首先需要收集网络拓扑的数据，包括节点的位置、连接的类型和带宽等信息。
这可以通过交换设备的配置信息、网络地图或其他工具得到。
2. 确定目标：确定所需检查的目标，例如检查故障点、瓶颈或冗余链接等。
根据目标，制定适当的检查步骤和策略。
3. 确定检查方法：选择适合的检查方法，如物理检查、链路状态检查、连通性检查等。
根据需要，可以使用各种工具和技术，如网络分析仪、ping命令、traceroute命令等。
4. 进行检查：根据目标和选择的检查方法，开始执行拓扑检查。
这可能涉及到对节点连通性的测试，对链路带宽的测量，或对网络设备配置的验证等。
5. 分析结果：根据检查的结果，进行数据分析和解释。
识别潜在的问题、瓶颈或错误，并采取相应的纠正措施。
6. 记录报告：将检查的结果和分析记录在报告中。
报告可以包括拓扑图、问题描述、解决方案建议等内容，以便后续参考和记录。
7. 验证和跟踪：根据检查的结果和纠正措施的实施，验证问题
是否得到解决，是否达到预期的效果。
同时，保持对网络拓扑的跟踪和更新，以保持其准确性。
需要注意的是，拓扑检查是一个持续的过程，网络拓扑会随着时间和变化不断发展。
因此，定期进行拓扑检查，并及时更新拓扑信息是十分重要的。
数据检查和拓扑处理培训课件.pptx
14
2.2.2两个图层之间拓扑 点面之间
中国科学院计算技术研究所教育中心
点面拓扑-检查点
Must Be Covered By Boundary Of 点必须在多边形（面） 的边界上
Must Be Properly Inside点层的要素必须全部在多边形（面） 内，点在多边形边上也是错误
首先要建立Feature Dataset（要素集），把需要检查的数据 放在同一要素集下,要素集和检查数据的数据基础（坐标系统、 坐标范围）要一致，直接拖进入就可以，拖出来也可以，有 拓扑时要先删除拓扑
拓扑分为两种：
1. 一个图层自身拓扑：数据类型肯定一致，要么是点，要么线、 要么面
2. 两个图层之间的拓扑：数据类型可能不同，有线点、点面、 线面、线线、面面五种，检查前提必须在同一Feature Dataset（要素集）下，数据基础（坐标系统、坐标范围）要 一致
4
1.数据质量检查的内容-属性检查
① 属性查询 ②Get unique values 可以
获得对应字段的唯一值 ③ 查询产生选择集方法：创
立新的选择集、添加到当 前选择集、删除从当前选 择集、从当前选择集中选 择 ④ 可以实现二次查询 ⑤ 也可以使用下列方式设置
中国科学院计算技术研究所教育中心
5
SQL的语法
13
2.2.1两个图层之间拓扑 点线之间
中国科学院计算技术研究所教育中心
点线拓扑
must be covered by endpoint of：点被线终 点完全重合如①红点错误
point must be covered by line：点都在线上
如②红点错误
可以看出①包含②
线点拓扑
endpoint must be covered by：线＋点， 线层中的终点必须和点层的部分（或全部）点 重合
网络环路排查SOP
网络环路处理SOP
一、相同VLAN交换机端口环路
1.检查汇聚层交换机端口灯状态，确认被STP阻塞的下联接入层交换机的端口号。
2.将此接入层交换机连接汇聚层交换机的主干网线移除
3.将测试电脑接到接入层交换机上，看是否获得IP地址。
4.获得IP地址后ping远端服务器，然后逐个移除此接入层交换机的网线。
5.当发现ping中断时，就可以确认环路端口电了。
二、不同VLAN交换机端口环路
1.检查汇聚层交换机LOG，检查是否有同一MAC地址在不同VLAN出现的报警，确
认下联接入层交换机的端口号。
2.将此接入层交换机连接汇聚层交换机的主干网线移除
3.将测试电脑接到接入层交换机上，看是否获得IP地址。
4.获得IP地址后ping远端服务器，然后逐个移除此接入层交换机的网线。
5.当发现ping中断时，就可以确认环路端口点了。
三、网络设备内环
1.将汇聚层交换机上的所有主干网线移除，确认汇聚层交换机至核心交换机线路正
常。
（网络设备内环交换机无LOG）
2.将测试电脑接到汇聚层交换机的端口上，ping远端服务器。
3.逐一将主干网线插回到汇聚层交换机上
4.当发现某一主干网线插上，ping发生丢包或中断时可基本确认此主干下联接入层
交换机有问题。
5.将此接入层交换机网线全部移除。
确认交换机本身硬件是否正常。
6. 将测试电脑接到接入层交换机的端口上，ping远端服务器。
7.再逐一将网线插回接入层交换机，当ping发生丢包或中断时可基本确认此网线下
联设备网卡有问题。
氧化还原电位测定仪操作守则之欧阳美创编
氧化还原电位测定仪操作守则1、2、测氧化还原电位（ORP）1.1、接通电源，按【ON/OFF】启动仪器，按【MODE】键置mV 档；1.2、用去离子水（或二次蒸馏水，下同）清洗ORP电极，再用滤纸吸干，将电极插入被测溶液中；1.3、待“READY”显示稳定后，仪器显示的即为该溶液氧化还原电位值；1.4、若数据被锁定，则按【READ】键解锁，再待“READY”显示稳定后读数；1.5、测量完毕后将电极用离子水（或二次蒸馏水，下同）清洗干净后浸入缓冲溶液；氧化还原电极标准电位值（25℃）：86mV±15mV（在pH7.00缓冲溶液中，加入过量醌氢醌）265mV±15mV（在pH4.00缓冲溶液中，加入过量醌氢醌）2、手动温度补偿按【MODE】键置pH档，接上电极，用去离子水（或蒸馏水，下同）清洗电极并用滤纸吸干水珠，讲电极插入被测溶液中，调节【▲】/【▼】滚动键，使仪器显示温度值和被测溶液温度一致。
3、电极维护及注意事项3.1、电极在测量时，电极的测试部分必须同时浸没（铂金环合参比液络部）3.2、电极的标准溶液——醌氢醌饱和溶液，保存时间为48小时；3.3、电极铂环表面若沾有污染会使电极钝化，此时应根据污染物的性质，以适当的溶液清洗。
4、仪器说明2.1、显示屏仪器的显示屏有多种参数和状态显示。
【CAL】：校准状态显示，仪器在校准时显示“CAL”。
【READY】：当电极信号锁定后，仪器显示“READY”。
【ERR】：当仪器校准时出错或测量超量程时显示“ERR”。
【ATC】：自动温度补偿指示，当温度探头插上时显示“ATC”。
2.2、键盘仪器共设有6个键【ON/OFF】：电源键，开启、关闭键。
【MODE】：功能键，①pH/mV、Temp测量模式切换。
②在“CAL”状态下，按【MODE】键，返回pH测量模式。
③连续按【MODE】键5秒钟，恢复出厂设置。
【CAL】：校准键，按键显示电极斜率值。
Topos4.0软件分析MOFs拓扑实例
Import，IsoCryst
AutoCN
Simplify adjacent matrix
IsoCryst
ADS
Isocryst
ADS
Export
diamond
AutoCN
ADS
小结
• Topos4.0功能强大。除分析拓扑外， 作图（isocryst）； 分析tilings， 产生3dt软件的输入文件； 导出各种不同格式文件，cif文件可用于diamond作图， systre.cgd文 件可用于systre 软件的输入文件；等等。 • 对简单的化合物，智能化程度较高，如ZIF-8，全部按照默认操作进 行即可。 • 不具备纠错功能。 • 分析拓扑的目的在于简化，便于结构描述和他人的认知，单纯的new topology 没有任何意义。对同一结构，不同的人进行分析可能会得 到不同的结果，没有对错之分，关键是选取节点要有一定的化学意 义，和结构描述有关联性。因此，做拓扑分析前，需要对化合物的 结构很熟悉，做到心中有数，合理选取节点。
Import .cif
IsoCryst
AutoCN
IsoCryst
ADS
Simplify adjacent matrix
ADS
断键型分子筛-LTA 拓扑分析
Hai-Xia Zhang, Jian Zhang*, J. Am. Chem. Soc. 2011, 133 (31), 11884–11887
谢谢大家！
Zif-8为例分析MOFs拓扑的具体流程
双击此代码， 查看ZIF-8的一些信息。
运行“IsoCryst”
运行auto CN
运行“ADS”
多核金属和簇单元处理-配位键弱化成氢键
BOPP薄膜检测规程,测厚仪操作规程
BOPP 薄膜检测规程为了规范对我公司薄膜产品的尺寸偏差及物理机械性能的检测，以作为单项性能合格与否的判定，并为产品的监控和分析提供准确依据，特制定本规程。
1、 拉伸过程检验流程1.1取样方法半成品膜检测试样品从约8米的原始膜卷上去掉表层后，按国际规定的取样数量沿膜卷宽度方向割开取样，及外观及尺寸和物理性能测试，并标记电晕处理面。
1.2试验环境试样应在一般标准环境条件下（温度：23。
C ±2。
C 相对温度：50±10%）进行状态调试和检测。
1.3膜卷宽度测量将上述试样展开平置于检测平台上，用精确度为1mm ，量程为10米的卷尺测量，并将卷尺置于料材上，使尺与料材纵向成直角，尺上的零刻度与材料左侧长边成一直线，确定材料右侧的精确度位置，并读数记录结果（精确到1mm ）1.4表面张力检测1.4.1测试器具按国际GB/T14216-93第5条的规定，配制符合要求的系列试验混合液、脂棉、镊子。
1.4.2测试去掉样品的外层，并使被测试的表面不要接触任何其他物质，然后用端部缠有脱脂棉的镊子，涂敷试验混合液，顺一方向在试样上水平移动镊子涂敷，应使混合液立即扩散到试样上，沿试样宽度方向均匀涂敷，所涂液体的量应使之形成一薄膜而无积液存在。
1.4.3表面张力的判断根据涂敷混合液2S 以上液膜层的状态，来判断表面张力。
如果液膜持续2S 以上不破裂，用下一较高表面张力的混合液重新涂在一新的试样上，直到液膜在2S 破裂；如果连续液膜 保持不到2S ，用较低表面张力的混合液，直到液膜能持续2S 为止。
使试样表面润湿接近2S 的混合液，用这种混合液至少测定3次，该混合液的润湿张力即为试样的表面张力。
1.5克重的测定1.5.1仪器电子天平和100mm*100mm 的标准取样板1.5.2试样制备用00mm*100mm 的取样板沿试样的宽度方向均匀截取10个样块。
1.5.3测量去掉表层，截取样块，且10个样块必须在同一层截取，然后置于电子天平称重即可。
布鲁克 兆核磁操作使用指南
布鲁克400兆核磁氢谱操作使用指南1．氢谱——进入到topspin操作界面，用高度量桶准确量测核磁管高度后，键入ej命令，气体自动吹出，等到感觉气体气流最大时，放入样品，然后在topspin界面上，键入ij命令，样品自动下滑到探头位置。
——键入edc命令，在出现如下窗口时分别在name栏目中填入实验名字，expno为实验序号，一般为数字，procno为处理序号，默认设定为1，dir为硬盘符，默认值为d:，user为用户账号，一般使用导师英文名称的缩写。
其它的不用填写。
点击ok即可。
——键入rpar protonx all命令后回车。
——键入getprosol命令，获取仪器参数。
——锁场键入lock命令，弹出溶剂对话框，选择所用的氘代试剂，点中后仪器自动完成锁场工作，最后出现lock finished字样。
——匀场键入topshim字样，仪器进入到自动匀场过程。
匀场结束出现topshim finished 字样，意味匀场结束。
(当氘代试剂为氘代氯仿时，请使用gradshim进行匀场，不然匀场时间会很长。
具体使用方法为键入gradshim命令，点击start gradient shimming命令，当锁场线恢复正常时即表示匀场结束。
)——采样前准备键入rga命令，仪器将根据样品浓度情况调整仪器增益。
——开始采样键入zgefp命令，仪器将进行采样，并在实验结束后对原始数据进行傅立叶变化处理；——相位调整键入apk命令即可——基线平滑键入abs命令即可。
——谱峰校准点击按钮，选择需要校准的谱峰，鼠标左键点击后出现一对话框，输入标准值即可。
——谱峰积分在topspin菜单上，点击按钮，进入到积分界面。
点击按钮，选择原先被积分的谱峰，点击按钮，删除原先谱峰的积分。
确认后即可删除。
然后，点击按钮，利用鼠标左键选择需要积分的谱峰。
具体做法是按着鼠标左键不松手，选择需要积分的谱峰后松手，积分即可完成。
重复上述过程，直到所用谱峰都被积分。
TOPOS4.0检查MOF拓扑简易操作流程
TOPOS4.0检查MOF 拓扑简易操作流程拓扑简易操作流程非澹泊无以明志，非宁静无以致远！1. 下载下载与与安装topos4.0程序可以直接在http://www.topos.ssu.samara.ru 网站上免费注册下载。
除下载主程序之外，可以把网站提供的一些拓扑数据文件和说明帮助文件也同时下载。
下载完成之后解压即可使用。
注意注意：：需要把数据库文件依照扩展名不同分别放入TTD 目录和TTO 目录（若无此目录就新建之），这用于将来MOF 的拓扑是否属于已知的拓扑类型。
2. 设定TTD 和TTO 目录打开topos40.exe ，出现如下界面：点击System 按钮检查TOPOS paramaters ，查看其中的数据库文件的路径是否正确，若不正确，修正之。
3. 检查拓扑检查拓扑类型类型类型的具体流程的具体流程(以HKUST-1为例来说明)(a) 对于HKUST-1这个著名的MOF ，我想大家都应该很熟悉了，这里就不多做介绍了。
从CCDC 数据库中得到HKUST-1的晶体结构，cif 格式或者res 格式都可以(个人比较喜欢res 格式)。
在HKUST-1晶体结构中，均苯三甲酸(BTC)连接paddle-wheel 双核Cu SBU 构成了三维网络结构。
对于它的拓扑，我们可以先做简单的评估，把BTC 看成三连接的结点，同时把双核Cu 看成四连接的结点。
有了这些初步的简化，我们就可以利用topos4.0来检查其具体的拓扑类型了。
(注意注意：：拓扑的类型决定于你简化的方式，不同的简化方式的得到拓扑类型可能完全不同)(b) 直接把原始的cif 或者res 数据导入topos4.0来检查拓扑有时候不太方面，特别是对于以金属簇为结点的结构。
因此我们可以在XP ，或者Xseed 程序中进行一下技术处理。
如图所示，首先删除所有的游离水分子和H 原子，这些对拓扑没影响；然后找到BTC 苯环的中心，将其命名为新的C3，删除原先的C3；同样操作找到双核Cu 的中心，命名为Cu1，删除原先的Cu1和O2；保存修改后的res 文件。
关于拓扑检查的步骤
关于拓扑步骤的检查
一、拓扑检查分为3个步骤，
1、是同一个层的面与面之间的检查
2、不同层之间的面与面之间的检查
3、多个层之间的缝隙检查
二、检查方法如下
1、关于同一个层的面与面之间的检查可以用MAPINFO做检查
（1）将原数据存为2000格式
（2）打开MAPINFO，选择：工具——通用转换器——通用转换器—
再在源数据中选择你的DWG格式，目标选择TAB格式，最后选择保存的位置。
再重新打开MAPINFO打开你所转换的数据，开始编辑-再选择全部的图形——右击——编辑对象——检查区域——勾选自相交，重叠，缝隙，确定之后，可以看到相应的错误，再对照修改
2、关于不同层之间面与面的检查
打开ARCGIS，打开中的红色按钮
再选择相交
再选择你要进行检查的两个层的面
之后会自动出现一个图层，打开属性表，这个就是两个图层相交的部分，对照属性表，将不是正常相交的部分改正
4、关于多个层之间的缝隙检查
首先将所做的图备份一份
然后将所要检查的几个层附加到一起，成为一个整体
选择下面的附加
下一步是
到这个时候请注意，输入要素与输出要素不能重复，类型要选择NO——TEST
这时会把所有的面都附加到JMD——PG中，
最后，将一个内框面去擦除所有的面
最后生成一个新面，新建一个字段（面积），统计一下新面的面积，如果小于1的面都要去查询一下应该是各面之间的缝隙了
最后可能是一个整体，可以将这个SHP输入到CAD中，将面积小于1的快速选择出来，最
后对照原图修改
这个是我们检查的方法，如果你们有更好的方法可以自己检查，这个仅供参考，不过到时候我们检查你们的拓扑关系，我们会依照上面的方法检查。
TOPOS操作流程
TOPOS操作流程
TOPOS简易教程
1. 打开TOPOS 4.0 Professional软件→Databas→Import，选择cif文件（随便取名）→点击yes→输入1→一直OK到底，界面显示为Compounds.
2.点击（Run AutoCN）→点Run→关掉当前窗口→选择yes.
3. 点击（Run IsoCryst），出现图形界面→再点击此小铅笔按钮，出现不完整结构→接着点击（Growing structure）长出完整结构→找出与金属原子配位的原子，记住需要将配位键弱化为氢键的键→双击分子式→在中选择
需要弱化的键，右击→→→点击save保存.
4. （无需弱化为氢键时不需要这一步，如单核）
关掉界面，回到主菜单→点击（Run ADS）→点击Options→Common下选择第3个→Topology下全都不选→H bonds 处记得选择Mol→OK→Run→Yes→1→点击Whole molecule→OK.
5. 回到主菜单，点击C ompound→选择最下方的倒数第二行
→再选择第四行的→OK→OK.
6. 再回到主菜单，点击（Run ADS）→点击Options→Common 下选择第2个
→Topology下选择第3和第5个→H bonds处记得选择None →OK→Run→Yes→全选→OK（出分析结果）。
7. 点击（Run IsoCryst），画拓扑结构（最好用Diamond画）。
关于拓扑检查的步骤
关于拓扑步骤的检查
一、拓扑检查分为3个步骤，
1、是同一个层的面与面之间的检查
2、不同层之间的面与面之间的检查
3、多个层之间的缝隙检查
二、检查方法如下
1、关于同一个层的面与面之间的检查可以用MAPINFO做检查
（1）将原数据存为2000格式
（2）打开MAPINFO，选择：工具——通用转换器——通用转换器—
再在源数据中选择你的DWG格式，目标选择TAB格式，最后选择保存的位置。
再重新打开MAPINFO打开你所转换的数据，开始编辑-再选择全部的图形——右击——编辑对象——检查区域——勾选自相交，重叠，缝隙，确定之后，可以看到相应的错误，再对照修改
2、关于不同层之间面与面的检查
打开ARCGIS，打开中的红色按钮
再选择相交
再选择你要进行检查的两个层的面
之后会自动出现一个图层，打开属性表，这个就是两个图层相交的部分，对照属性表，将不是正常相交的部分改正
4、关于多个层之间的缝隙检查
首先将所做的图备份一份
然后将所要检查的几个层附加到一起，成为一个整体
选择下面的附加
下一步是
到这个时候请注意，输入要素与输出要素不能重复，类型要选择NO——TEST
这时会把所有的面都附加到JMD——PG中，
最后，将一个内框面去擦除所有的面
最后生成一个新面，新建一个字段（面积），统计一下新面的面积，如果小于1的面都要去查询一下应该是各面之间的缝隙了
最后可能是一个整体，可以将这个SHP输入到CAD中，将面积小于1的快速选择出来，最
后对照原图修改
这个是我们检查的方法，如果你们有更好的方法可以自己检查，这个仅供参考，不过到时候我们检查你们的拓扑关系，我们会依照上面的方法检查。
Topos40软件分析MOFs拓扑实例
• 不具备纠错功能。 • 分析拓扑的目的在于简化，便于结构描述和他人的认知，单纯的new
topology 没有任何意义。对同一结构，不同的人进行分析可能会得 到不同的结果，没有对错之分，关键是选取节点要有一定的化学意 义，和结构描述有关联性。因此，做拓扑分析前，需要对化合物的 结构很熟悉，做到心中有数，合理选取节点。
Topos4.0软件官方网站： http://www.topos.ssu.samara.ru/
Kit文件下载
软件使用检查
主要功能简介
IsoTest ADS
DiAn (Distances and Angles)
HSite AutoCN
Dirichlet
IsoCryst
主要功能简介
分析MOFs拓扑实例
• 运行“ADS”，点击图标，
分析结果。
Zif-8为例分析MOFs拓扑的具体流程
双击此代码， 查看ZIF-8的一些信息。
运行“IsoCryst”
运行auto CN
运行“ADS”
多核金属和簇单元处理-配位键弱化成氢键
Zhong min Su, CrystEngComm. 2012, DOI: 10.1039/c0xx00000x
Import，IsoCryst
AutoCN
Simplify adjacent matrix
IsoCryst
ADS
Isocryst
ADS
Export
diamond
AutoCN
ADS
小结
• Topos4.0功能强大。除分析拓扑外， 作图（isocryst）； 分析tilings， 产生3dt软件的输入文件； 导出各种不同格式文件，cif文件可用于diamond作图， systre.cgd文 件可用于systre 软件的输入文件；等等。
O分析仪表操作规程
O分析仪表操作规程O分析仪表是一种重要的工业自动化仪表，主要用于检测和分析各种气体、液体或固体样品中的氧气含量。
为了保证O分析仪表的正常运行和精度，必须遵循正确的操作规程。
以下是O分析仪表操作规程，分为以下几个方面：一、仪表的准备工作1、检查仪器仪表是否完好无损，是否缺损或损坏等；2、检查电源电压是否符合仪表电源要求，将电源线接好；3、检查仪器是否安装在稳定平整的工作台上，并注意通风情况；4、对仪器进行简单的清洁和消毒处理，以确保样品的纯度和准确性；5、进行加热和预热处理，满足仪器要求的温度和湿度条件。
二、仪表的操作方法1、将样品放入仪器中，按照仪器操作程序进行操作，调整为合适的分析程序；2、设置仪器和样品的初始参数，包括分析时间、温度、压力、流量等；3、进行样品的加热和预热处理，保持温度和湿度的稳定性；4、开启检测程序，等待仪表分析结果显示；5、在仪器分析结果显示后，根据需要对样品进行进一步处理，进行数据统计和分析。
三、仪表的维护保养1、定期进行仪器的检查和保养，包括清洁、消毒、润滑、校准等；2、定期更换仪器的部件和耗材，例如滤芯、热敏元件、传感器等；3、定期对仪器进行校准和调试，保证仪器的准确性和稳定性；4、注意仪器的安全使用，防范意外事故和损坏；5、在长期存放或闲置之前，进行相应的保护措施，例如封存、定期检查等。
以上是O分析仪表操作规程的详细内容，要求操作人员每次使用前都要认真检查和操作，确保仪器的正常运行和数据的准确性。
同时，在操作过程中，还应特别注意安全事项，例如防止火灾、爆炸、电击等。
只有保持良好的操作习惯和维护保养，才能确保O分析仪表的长期稳定工作和准确性。
穆斯堡尔谱仪操作规程(3篇)
第1篇一、概述穆斯堡尔谱仪是一种利用穆斯堡尔效应进行物质结构分析的高精度仪器。
它广泛应用于材料科学、化学、物理学等领域。
以下是穆斯堡尔谱仪的操作规程，旨在确保实验结果的准确性和仪器的安全使用。
二、操作前的准备工作1. 了解仪器原理：操作人员应充分理解穆斯堡尔效应的基本原理和谱仪的工作原理。
2. 熟悉仪器构造：熟悉穆斯堡尔谱仪各部件的名称、位置和功能。
3. 检查仪器状态：在开始实验前，检查谱仪各部件是否完好，电源、气源等是否正常。
4. 准备样品：按照样品要求准备样品，确保样品量充足，粉末细度适宜。
三、操作步骤1. 开启谱仪：- 打开谱仪电源，启动谱仪控制系统。
- 检查谱仪运行状态，确保无异常。
2. 设置实验参数：- 根据实验需求，设置谱仪的工作参数，如温度、探测器位置等。
- 调整谱仪分辨率，确保谱线清晰。
3. 样品放置：- 将样品放置在样品架上，确保样品与探测器距离适中。
- 根据样品要求，调整样品架高度和角度。
4. 进行测量：- 启动谱仪测量程序，开始收集数据。
- 观察谱仪运行状态，确保数据采集正常。
5. 数据处理：- 数据采集完成后，进行数据处理，如谱线拟合、峰位分析等。
- 根据实验需求，选择合适的处理方法。
6. 关闭谱仪：- 数据处理完毕后，关闭谱仪控制系统。
- 关闭谱仪电源，确保仪器安全。
四、注意事项1. 安全操作：操作过程中，注意人身安全，避免发生意外伤害。
2. 样品保护：在操作过程中，避免样品受到污染或损坏。
3. 环境要求：保持谱仪工作环境清洁、干燥，避免振动和电磁干扰。
4. 设备维护：定期检查谱仪各部件，及时进行维护和保养。
五、操作后的工作1. 记录实验数据：将实验数据、谱图、处理结果等记录在实验报告中。
2. 清理仪器：清理谱仪各部件，确保仪器干净、整洁。
3. 整理实验室：将实验室恢复至实验前的状态。
六、总结穆斯堡尔谱仪操作规程是保证实验结果准确性和仪器安全使用的重要依据。
操作人员应严格遵守操作规程，确保实验顺利进行。
Topos4.0分析拓扑简单流程-ZIF-8为例
Topos4.0分析拓扑简单流程---ZIF-8为例打开topos4.0软件，在database里，点击“import”出现下面对话框，找到zif-8.cif文件，点击“打开”出现下面对话框：“文件名”输入任意名字（如zif-8），“打开”，出现确认对话框，点击“yes”，用户代码输入“1”，点击“OK”，文件导入完成，可以进行分析。
首先，运行“IsoCryst”，点击图标，出现新的界面，点击“Draw structure”，为便于分析金属zn原子的配位情况，可以左键点击任一个金属Zn原子，此时，选中的金属原子为黄色，工具栏中的“show selection only”按钮也由灰色（不可选）变为黄色高亮显示，，点击，只有该金属原子显示在图中。
图中任意空白处点击右键，取消选择，金属原子颜色恢复，点击“growing structure”按钮，即显示与该金属原子配位的所有原子（该示例中均为N原子），Zn为4-配位，4-连接节点。
继续点击，3D结构显示。
同样地，每个咪唑配体为2-连接节点。
ZIF-8为高对称性结构，每个金属原子均为4-配位，4-连接节点，每个咪唑为桥连配体，2-连接节点。
因此，上面的检查已经结束，可以进下一步。
第二步，运行auto CN，点击图标，出现对话框点击option选项，点击matrix默认选择的“Spec.Cont.”和“vdW Cont”这2项不要，把前面的勾点掉，不选，然后OK。
点击run。
第三步，run ADS。
点击图标，出现点击run，“yes”,输入“1”按下ctrl键，同时左键点击Zn原子，，Zn原子被选中，高亮显示。
点击“OK”，即可进行拓扑结果分析。
结果查看：点击program，每一步的运行结果均在其中，选则ADS的结果或者，在存放文件夹下，找到.ado文件可直接打开查看结果。
到此，整个流程结束，对于简单结构，基本全部选择默认的（default）选项即可完成。
TOPOS4.0 教程
Interpenetration with TOPOS4.0 ProfessionalI. Converting crystal data from *.cif and *.res files to the TOPOS databaseformat (*.cmp)1) Run TOPOS;2) Go to the Database menu and select Import;3) Select *.cif or *.res file(s) to be converted;4) Click Open and type the name of the database to store the compounds processed;5) Click Open again;6) Answer 'yes' when TOPOS asks you 'Create database...' and enter '1' as default user code;7) TOPOS informs you on the number of the compounds processed:8) Click OK and the database with the compounds processed will be opened.II. Performing calculationsExercise 1. The compound we are going to analyse has a refcode YEYLUJ1. Calculating an adjacency matrix1) Point the cursor towards the formula of the compound in demo database and L-click;2) Select AutoCN in the Program menu;3) Choose the 'Sectors' method to build up an adjacency matrix in the Matrix tab, in the Matrix data you needn't turn on any options;4) Make sure that atoms is turned on in Save (otherwise an adjacency matrix would not be saved!);5) Click OK to close the AutoCN Options tab;6) Click the Run menu item;7) Close the window after the AutoCN calculation completed (answer 'yes' when TOPOS asks you 'Destroy data of calculation in AutoCN?').2. Test on interpenetration1) Select ADS on the Program menu;2) Turn Classification on in the Topology tab (all other options to calculate interpenetration parameters will be set automatically);3) Turn Valence/At. on and ignore other types of bonds in the Bond types:4) Click OK to close the ADS Options tab;5) Click the Run menu item;6) Choose Ag(1) from the atom list by pressing an Insert key after TOPOS tells you 'Choose Central Atoms'7) Click OK.The results of the calculation are as follows:1;RefCode:YEYLUJ :(C20 H16 AG1 N4 +)N, N(C1 F3 O3 S1 -) /Z=4Author(s): Carlucci L.,Ciani G.,Proserpio D.M.,Sironi A.Journal: J.CHEM.SOC.,M. Year: 1994 Volume: Number: Pages: 2755###############################################################Topology for Ag1--------------------Atom Ag1 links by bridge ligands and hasCommon vertex with R(A-A) fAg 1 0.0044 0.2361 -0.0638 (-1 0 0) 11.614A 1Ag 1 1.0044 0.2361 -0.0638 ( 0 0 0) 11.614A 1Ag 1 0.4956 0.7361 0.9362 ( 1 0 1) 11.569A 1Ag 1 0.4956 -0.2639 0.9362 ( 1-1 1) 11.569A 1Structure consists of 3D framework with AgN4C20H16There are 4 interpenetrated netsZt=2; Zn=2Translating interpenetration vectors------------------------------------[0,0,1] (13.32A)------------------------------------Symmetry operations-------------------1-2 nets1: (1/2-x,-y,1/2+z)2: (-x,-y,-z)3: (1/2+x,1/2-y,-z)4: (x,1/2-y,1/2+z)-------------------PIC: [0,0,2][1,0,0][0,1,0] (V=2)Class IIIa Z=4(2*2)Coordination sequences----------------------Ag1: 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10Num 4 12 24 42 64 92 124 162 204 252Cum 4 16 40 82 146 238 362 524 728 980----------------------Vertex symbols for selected sublattice--------------------------------------Ag1 Schlafli symbol:{6^6}With circuits:[6(2).6(2).6(2).6(2).6(2).6(2)]--------------------------------------Total Schlafli symbol: {6^6}Topological type: Diamond dia {6^6} - VS [6(2).6(2).6(2).6(2).6(2).6(2)] Comment. To perform a calculation on a group of compounds or a whole database, you should select the compounds you are interested in (to select all the compounds in a database press '+' on the right side of the keyboard) and go through the steps 1.2-7. Before the calculation with the ADS program, set all the options described in 2.2-4, then go to the Continuous tab, type 'Me' in the Central Atoms line and click the RUN button.How to detect interpenetration of H bonded nets in TOPOS?The main problem when analyzing H bonded structures is how to determine H bonds correctly. TOPOS selects H bonds among the contacts you define in the Matrix data, i.e. specific and/or van der Waals, applying the following default geometrical criteria (you may change them if necessary):1) the H bond distance r(H...B) ≤ 2.5 Å;2) the distance between the atoms separated by an H bridge r(A-B) ≤ 3.8 Å;3) the A-H...B angle is 120° degrees or greater.NOTE! It makes sense to turn Spec. Cont. and/or vdW Cont. on in the Matrix data only if either ' Using Rsds' or 'Sectors' methods are used.Two different methods to analyse interpenetration of H bonded nets are implemented in TOPOS:1) if the structure consists of 0D species linked together by H bonds, we consider valence bonds to be the only type of the bond within the 0D species and H bond is the only type of intermolecular interactions we take into account. The following options should be set on the Topology tab:2) if the structure consists of infinite chains linked together by H bonds, we treat H bonds as valence (formally). This means that H bonds participate in forming structural groups together with valence bonds. The following options should be set on the Topology tab:This variant of calculation is almost the same as that described above (see Exercise 1). But the compounds with H bonds are much more complex that is why the calculation in the ADS program should be accompanied by simplification of the structure in some cases.We dwell on the three crystal structures with interpenetrating H bonded nets.Exercise 2. Let us consider an organic crystal with the refcode JOLSAE1. Calculating an adjacency matrix1) Point the cursor towards the formula of the compound in demo database and L-click;2) Select AutoCN on the Program menu;3) Choose the 'Sectors' method to build up an adjacency matrix in the Matrix tab, turn Spec. Cont. and Dist.+Rsds on in the Matrix data;4) Enter N and O as the A atoms, the same for the B atoms, other options leave default in the H bonds tab;5) Click OK to close the AutoCN Options tab;6) Click the Run menu item;7) Close the window after the calculation completed (answer 'yes' of the TOPOS question 'Destroy data of calculation in AutoCN?').2. Test on interpenetration1) Select ADS in the Program menu;2) Turn Classification on in the Topology tab;3) Turn Valence/At. and H bonds/Mol. on, set 'none' to ignore specific and van der Waals interactions in the Bond types. This set of options implies a valence bond to be the type of the bond linking the atoms together within a molecule and H bond to be the only type of intermolecular interactions we take into account;4) Click OK to close the ADS Options tab;5) Click the Run menu item.The calculation results are as follows:2;RefCode:JOLSAE :4(C3 H3 N3 O3), 4(C2 H5 N3 O2)Author(s): Stainton N.M.,Harris K.D.M.,Howie R.A.Journal: J.CHEM.SOC.,M. Year: 1991 Volume: Number: Pages: 1781##################################################################Structure consists of molecules (ZA1). The composition of molecule is C2H5N3O2 Structure consists of molecules (ZB1). The composition of molecule is C3H3N3O3 Topology for ZA1--------------------Atom ZA1 links by bridge ligands and hasCommon edge with R(A-A) f Total SAZA 1 -0.0548 0.7898 0.4765 ( 0 0 0) 6.881A 2ZB 1 0.2980 1.0472 -0.0805 ( 0 1-1) 5.727A 2ZB 1 -0.2020 0.5472 -0.0805 (-1 0-1) 5.458A 2Topology for ZB1--------------------Atom ZB1 links by bridge ligands and hasCommon vertex with R(A-A) f Total SAZB 1 0.2980 -0.0472 0.4195 ( 0 0-1) 6.731A 1ZB 1 0.2980 -0.0472 1.4195 ( 0 0 0) 6.731A 1Common edge with R(A-A)ZA 1 0.5548 0.2898 1.0235 ( 0-1 1) 5.458A 2ZA 1 0.0548 -0.2102 1.0235 ( 0-1 1) 5.727A 2Structure consists of 3D framework with ZBZACoordination sequences----------------------ZA1: 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10Num 3 8 22 44 80 116 168 220 288 356Cum 3 11 33 77 157 273 441 661 949 1305----------------------ZB1: 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10Num 4 10 24 48 80 120 168 224 288 360Cum 4 14 38 86 166 286 454 678 966 1326----------------------Vertex symbols for selected sublattice--------------------------------------ZA1 Schlafli symbol:{8^3}With circuits:[8(2).8(4).8(4)]--------------------------------------ZB1 Schlafli symbol:{8^5;10}With circuits:[8(2).10(4).8(3).8(3).8(3).8(3)]--------------------------------------Total Schlafli symbol: {8^3}{8^5;10}New topology, please, contact the authorsWhat is happening? The structure does not contain any interpenetrating nets and is a single H bonded 3D net!3. Examining an adjacency matrix of the structure1) Сlose the window after the ADS calculation completed (answer 'yes' of the TOPOS question 'Destroy data of calculation in ADS?');2) Press F4 (or select Edit from the Compound menu) and the box with crystal data on the compound appears;3) Point the cursor towards General, then R-click and select Show Adj. Matrix;4) L-click on Adjacent Matrix and the list of all non-equivalent atoms appears:5) L-click on the 'plus' (left to the atom symbol) and the list of the atoms bonded to the upper one (bold underlined) appears:All atoms that have strong valence contacts with the bold underlined atom are shown in bold (not underlined). In the figure it is shown that the atom H1 with the spherical domain radius Rsd =1.430 Å is valently bonded to the atom N5, and the H1-N5 distance (R) is 0.967 Å. If the H atom is H bonded to another one, say O, then O is underlined. In the figure you can see that H1-O5 is an H bond and the H1-O5 distance is 2.098 Å.6) R-click in an empty area and select Expand All to see the neighbours of each atom in the structure;7) You see that both O4 and O5 atoms take part in the two H bonds.Suppose that O5-H1 is not a strong H bond to be taken in account and let us tryto change the type of this bond, say, to van der Waals.8) R-click on the H5 atom and select Change type/van der Waals9) L-click on Save;10) Go through the steps Exercise 2.2.1-6. The results are as follows:2;RefCode:JOLSAE :4(C3 H3 N3 O3), 4(C2 H5 N3 O2)Author(s): Stainton N.M.,Harris K.D.M.,Howie R.A.Journal: J.CHEM.SOC.,M. Year: 1991 Volume: Number: Pages: 1781##################################################################Structure consists of molecules (ZA1). The composition of molecule is C2H5N3O2Structure consists of molecules (ZB1). The composition of molecule is C3H3N3O3 Topology for ZA1--------------------Atom ZA1 links by bridge ligands and hasCommon edge with R(A-A) f Total SAZB 1 0.2980 1.0472 -0.0805 ( 0 1-1) 5.727A 2ZB 1 -0.2020 0.5472 -0.0805 (-1 0-1) 5.458A 2Topology for ZB1--------------------Atom ZB1 links by bridge ligands and hasCommon vertex with R(A-A) f Total SAZB 1 0.2980 -0.0472 0.4195 ( 0 0-1) 6.731A 1ZB 1 0.2980 -0.0472 1.4195 ( 0 0 0) 6.731A 1Common edge with R(A-A)ZA 1 0.5548 0.2898 1.0235 ( 0-1 1) 5.458A 2ZA 1 0.0548 -0.2102 1.0235 ( 0-1 1) 5.727A 2Structure consists of 3D framework with ZBZAThere are 2 interpenetrated netsZt=1; Zn=2Symmetry operations-------------------1-2 nets1: (-x,y,1/2-z)2: (-x,-y,-z)3: (-x,y,1/2-z;1/2,1/2,0)4: (-x,-y,-z;1/2,1/2,0)-------------------PIC: [0,1,0][1/2,1/2,0][0,0,1] (V=1)Class IIa Z=2Coordination sequences----------------------ZA1: 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10Num 2 6 14 24 46 66 94 122 158 194Cum 2 8 22 46 92 158 252 374 532 726----------------------ZB1: 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10Num 4 8 16 30 48 70 96 126 160 198Cum 4 12 28 58 106 176 272 398 558 756----------------------Vertex symbols for selected sublattice--------------------------------------ZA1 Schlafli symbol:{8}With circuits:[8(2)]--------------------------------------ZB1 Schlafli symbol:{8^5;12}With circuits:[8.8.8.8.8(2).12(2)]--------------------------------------Total Schlafli symbol: {8^5;12}{8}New topology, please, contact the authors4. Studying topological properties of the structure1) Run the ADS program with the option Save Centroid turned on;2) Answer 'yes' when TOPOS asks you 'Create database...' and enter '1' as youruser code;3) Choose 'No Atoms' when TOPOS tells you 'Choose Central Atoms';4) A new database with the name '<old name>_c' (demo_c) will be opened afterthe ADS calculation completed. The entry in this database will contain all crystallographic data on JOLSAE, but centroids of all molecular groups will replace the atoms. Use F4 key to open Compound Card and go to Atoms tab to see the list of centroids. They will be named as pseudo-atoms with the names 'H', 'He', 'Li',…, the legend for these names will be given in Comment window of the General tab;5) Go to the Compound menu/Auto Determine, select Simplify Adjacent Matrix andthe Simplify box appears:6) Specify structural units to be removed (0-, 1- or 2-connected ones). If you want the data on a simplified adjacency matrix to be saved in an another database, turn Write to Other Database on and choose the database to store the data;4) Go through the steps Exercise2.2.1-6.The results of the calculation are as follows:2;RefCode:JOLSAE :4(C3 H3 N3 O3), 4(C2 H5 N3 O2)Author(s): Stainton N.M.,Harris K.D.M.,Howie R.A.Journal: J.CHEM.SOC.,M. Year: 1991 Volume: Number: Pages: 1781##################################################Topology for He1--------------------Atom He1 links by bridge ligands and hasCommon vertex with R(A-A)He 1 0.2980 -0.0472 1.4195 ( 0 0 0) 6.731A 1He 1 0.2980 -0.0472 0.4195 ( 0 0-1) 6.731A 1He 1 -0.2020 -0.4528 0.9195 (-1-1 0) 10.845A 1He 1 0.7980 0.5472 0.9195 ( 0 0 0) 10.845A 1Structure consists of 3D framework with HeThere are 2 interpenetrated netsZt=1; Zn=2Symmetry operations-------------------1-2 nets1: (-x,y,1/2-z)2: (-x,-y,-z)3: (-x,-y,-z;1/2,1/2,0)4: (-x,y,1/2-z;1/2,1/2,0)-------------------PIC: [0,1,0][1/2,1/2,0][0,0,1] (V=1)Class IIa Z=2Coordination sequences----------------------He1: 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10Num 4 12 30 58 94 138 190 250 318 394Cum 4 16 46 104 198 336 526 776 1094 1488----------------------Vertex symbols for selected sublattice--------------------------------------He1 Schlafli symbol:{6^5;8}With circuits:[6.6.6.6.6(2).8(2)]--------------------------------------Total Schlafli symbol: {6^5;8}Topological type: CdSO4 cds {6^5;8} - VS [6.6.6.6.6(2).*]Exercise 3. Let us try a metal-organic compound with the refcode LADQEM01 This is the case when the calculation in the ADS program should be accompanied by simplification of the structure. Because we formally treat H bonds as valence, then we have to deal with infinite chains (1,2-bis(4-pyridyl)ethane⋅H2O)n (Fig.1). To avoid this, we should contract oxygens of the water molecules to the Mn atoms. As a result, 1,2-bis(4-pyridyl)ethane will be connected to the Mn atoms through the hydrogens. There are two non-equivalent Mn atoms and two non-equivalent pairs of oxygens (each one connected to each of the Mn atoms) in LADQEM01.ab Fig.1. (a) Chains (1,2-bis(4-pyridyl)ethane⋅H2O)n connected with Mn atoms (blue balls) in LADQEM01. We need to contract oxygen atom (red ball) to Mn atoms to avoid infinite ligands. (b) The resulted structure.1. Calculating an adjacency matrix1) Point the cursor towards the formula of the compound in demo database and L-click;2) Select AutoCN in the Program menu;3) Choose the 'Sectors' method to build up an adjacency matrix in the Matrix tab, turn Spec. Cont. and Dist.+Rsds on in the Matrix data;4) Enter N and O as the A atoms, the same for the B atoms, other options default in the H bonds tab;5) Click OK to close the AutoCN Options tab;6) Click the Run menu item;7) Close the window after the calculation completed (answer 'yes' of the TOPOS question 'Destroy data of calculation in AutoCN?').2. Test on interpenetration1) Select ADS on the Program menu;2) Turn Classification and Contract Atom (the order is important!) on in the Topology Flags;3) Turn Valence/At. and H bonds/At. on (set 'none' to ignore specific and van der Waals interactions) in the Bond types;4) Click OK to close the ADS Options tab;5) Click the Run menu item;6) Choose Mn(1) and Mn(2) when TOPOS asks you 'Choose Central Atoms';7) Choose Mn(1) and Mn(2) when TOPOS asks you 'Choose Atoms to Contract to';8) Choose O(1), O(2), O(3), O(4) when TOPOS asks you 'Choose Atoms to Contract';10) Click OK.The results are as follows:3;RefCode:LADQEM01:(C12 H20 MN1 N2 O4 ++)N, 4N(C12 H12 N2), 2N(CL1 O4 -), 2N(H2 O1) /Z=2Author(s): Chang SEOP HONG,Sang-Kil SON,Yoon SUP LEE,Moo-Jin JUN,Youngkyu DOJournal: INORG.CHEM. Year: 1999 Volume: 38 Number: Pages: 5602#########################################################################################Topology for Mn1--------------------Atom Mn1 links by bridge ligands and hasCommon vertex with R(A-A) fMn 1 -0.5000 1.5000 0.0000 (-1 1 0) 16.649A 1Mn 1 1.5000 -0.5000 0.0000 ( 1-1 0) 16.649A 1Mn 1 1.5000 0.5000 -1.0000 ( 1 0-1) 17.038A 1Mn 1 -0.5000 0.5000 1.0000 (-1 0 1) 17.038A 1Common face with R(A-A)Mn 1 1.5000 0.5000 0.0000 ( 1 0 0) 14.045A 3Mn 1 -0.5000 0.5000 0.0000 (-1 0 0) 14.045A 3Topology for Mn2--------------------Atom Mn2 links by bridge ligands and hasCommon vertex with R(A-A) fMn 2 0.5000 1.0000 0.5000 ( 0 1 0) 16.649A 1Mn 2 0.5000 -1.0000 0.5000 ( 0-1 0) 16.649A 1Mn 2 0.5000 0.0000 -0.5000 ( 0 0-1) 17.028A 1Mn 2 0.5000 0.0000 1.5000 ( 0 0 1) 17.028A 1Common face with R(A-A)Mn 2 1.5000 0.0000 0.5000 ( 1 0 0) 14.045A 3Mn 2 -0.5000 0.0000 0.5000 (-1 0 0) 14.045A 3Structure consists of 3D framework with MnH6Structure consists of 3D framework with MnH6Totally 2(1+1) interpenetrated netsCoordination sequences----------------------Mn1: 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10Num 6 18 38 66 102 146 198 258 326 402Cum 6 24 62 128 230 376 574 832 1158 1560----------------------Mn2: 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10Num 6 18 38 66 102 146 198 258 326 402Cum 6 24 62 128 230 376 574 832 1158 1560----------------------Vertex symbols for selected sublattice--------------------------------------Mn1 Schlafli symbol:{4^12;6^3}With circuits:[4.4.4.4.4.4.4.4.4.4.4.4.6(4).6(4).6(4)]--------------------------------------Mn2 Schlafli symbol:{4^12;6^3}With circuits:[4.4.4.4.4.4.4.4.4.4.4.4.6(4).6(4).6(4)]--------------------------------------Total Schlafli symbol: {4^12;6^3}Topological type: alpha-Po primitive cubic pcu {4^12;6^3} - VS [4.4.4.4.4.4.4.4.4.4.4.4.*.*.*] This structure belongs to a rare type of interpenetration (1+1) because the nets are not related by either translational or non-translational symmetry operations.Exercise 4. Let us try another metal-organic compound with a refcode NEPWOU1. Calculating an adjacency matrix1) Point the cursor towards the formula of the compound in demo database and L-click;2) Select AutoCN in the Program menu;3) Choose the 'Sectors' method to build up an adjacency matrix in the Matrix tab, turn Spec. Cont. and Dist.+Rsds on in the Matrix data;4) Enter N and O as the A atoms, the same for the B atoms, other options default in the H bonds tab;5) Click OK to close the AutoCN Options tab;6) Click the Run menu item;7) Close the window after the calculation completed (answer 'yes' of the TOPOS question 'Destroy data of calculation in AutoCN?').2. Examining an adjacency matrix of the structure1) Point the cursor towards the formula of the compound in demo database and L-click;2) Press F4 (or select Edit from the Compound menu) and the box with crystal data on the compound appears;3) Point the cursor towards General, then R-click and select Show Adj. Matrix;4) L-click on Adjacent Matrix to see the list of all non-equivalent atoms:5) Look through the atom list and note that the atom H9 has a suspicious coordination number CN=2. L-click on the 'plus' (left to the atom symbol) and examine the list of the atoms bonded to this one;6) You see that the atom H9 has a strong valence contact (1.008 Å) with the O1 atom and a weaker contact (1.45 Å) with the O3 atom. Obviously, H9 - O3 is a very strong H bond determined as valence in the AutoCN program;7) R-click on the O3 atom and select Change type/H bond:8) Click on Save.3. Test on interpenetration1) Select ADS in the Program menu;2) Make sure that in the ADS Options/Common/Common Flags Dimen. Calc. is turned on;3) Turn Classification on in the Topology tab;4) Turn Valence/At. and H bonds/At. on, set 'none' to ignore specific and van der Waals interactions in the Bond types;5) Click OK to close the ADS Options tab;6) Click the Run menu item.The calculation results are as follows:4;RefCode:NEPWOU :C48 H26 N4 O8 ZN1 --, C22 H20 N4 ++, C24 H32 O8, 4(H2 O1) Author(s): Diskin-Posner Y.,Patra G.K.,Goldberg I.Journal: Year: 2001 Volume: Number: Pages: 2515############################################################################ Structure consists of layer ( 1 0 3) with O4N2C24H13Topology for Zn1--------------------Atom Zn1 links by bridge ligands and hasCommon vertex with R(A-A) fZn 1 0.5000 0.0000 -1.0000 ( 0 0-1) 22.314A 1Zn 1 0.5000 0.0000 1.0000 ( 0 0 1) 22.314A 1Structure consists of chains [ 0 0 1] with ZnO8N8C70H46Coordination sequences----------------------Zn1: 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10Num 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2Cum 2 4 6 8 10 12 14 16 18 20----------------------Vertex symbols for selected sublattice--------------------------------------Zn1 NO CIRCUITS--------------------------------------The structure consists both of chains and layers if we treat H bonds as valence and only of chains with Zn atoms if we ignore H bonds. However, interpenetrating H bonded nets have not been detected. If we treat the C-C bond in the 1,2-bis(4-pyridyl)ethane molecule as an H bond formally (to break the chain ligands and to make them molecular), then TOPOS will detect interpenetration. Note that we come to the first variant of calculation on interpenetrating H bonded nets.Thus, we need to correct an adjacency matrix before the calculation in the ADS program.4. Correcting an adjacency matrix1) Сlose the window after the ADS calculation completed (answer 'yes' of the TOPOS question 'Destroy data of calculation in ADS?');2) Press F4 (or select Edit from the Compound menu) and the box with crystal data on the compound appears;3) Point the cursor towards General, then R-click and select Show Adj. Matrix;4) L-click on Adjacent Matrix and the list of all non-equivalent atoms appears;5) Find the C35 atom in the atom list and make the C35 - C35 contact to be an H bond:6) Click on Save;7) Go through the steps Exercise 2.2.1-6.The calculation result is as follows4;RefCode:NEPWOU :C48 H26 N4 O8 ZN1 --, C22 H20 N4 ++, C24 H32 O8, 4(H2 O1)Author(s): Diskin-Posner Y.,Patra G.K.,Goldberg I.Journal: Year: 2001 Volume: Number: Pages: 2515############################################################################## Structure consists of molecules (ZA1). The composition of molecule is C70H46N8O8Zn Structure consists of molecules (ZB1). The composition of molecule is OStructure consists of molecules (ZB2). The composition of molecule is OStructure consists of molecules (ZC1). The composition of molecule is C24H32O8 Topology for ZA1--------------------Atom ZA1 links by bridge ligands and hasCommon vertex with R(A-A) f Total SAZA 1 -1.0000 0.5000 0.5000 (-1 0 0) 21.229A 1ZA 1 2.0000 -0.5000 -0.5000 ( 2-1-1) 21.229A 1ZA 1 0.5000 0.0000 -1.0000 ( 0 0-1) 22.314A 1ZA 1 0.5000 0.0000 1.0000 ( 0 0 1) 22.314A 1ZA 1 2.0000 0.5000 -0.5000 ( 2 0-1) 21.229A 1ZA 1 -1.0000 -0.5000 0.5000 (-1-1 0) 21.229A 1Topology for ZB1--------------------Atom ZB1 doesn't link with bridge molecular ligandsTopology for ZB2--------------------Atom ZB2 doesn't link with bridge molecular ligandsTopology for ZC1--------------------Atom ZC1 doesn't link with bridge molecular ligandsStructure consists of 3D framework with ZAThere are 3 interpenetrated netsZt=3; Zn=1Full interpenetration vectors-----------------------------[1,0,0] (8.07A)-----------------------------PIC: [3,0,0][0,0,1][0,1,0] (V=3)Class Ia Z=3Structure consists of molecular complex groupsCoordination sequences----------------------ZA1: 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10Num 6 18 38 66 102 146 198 258 326 402Cum 6 24 62 128 230 376 574 832 1158 1560----------------------Vertex symbols for selected sublattice--------------------------------------ZA1 Schlafli symbol:{4^12;6^3}With circuits:[4.4.4.4.4.4.4.4.4.4.4.4.6(4).6(4).6(4)]--------------------------------------Total Schlafli symbol: {4^12;6^3}Topological type: alpha-Po primitive cubic pcu {4^12;6^3} - VS [4.4.4.4.4.4.4.4.4.4.4.4.*.*.*]。
最新ARCGIS拓扑检查步骤与修正拓扑错误技巧
A R C G I S拓扑检查步骤与修正拓扑错误技巧ARCGIS 拓扑检查步骤与修正拓扑错误技巧将数据装载如个人地理数据库，用拓扑功能自动检查数据错误启动ArcCatlalog;任意选择一个本地目录，"右键"->"新建"->"创建个人personal GeoDatabase";选择刚才创建的GeoDatabase，"右键"->"新建"->"数据集dataset";设置数据集的坐标系统，如果不能确定就选择你要进行分析的数据的坐标系统;选择刚才创建的数据集,"右键"->"导入要素类inport --feature class single",导入你要进行拓扑分析的数据;选择刚才创建的数据集,"右键"->"新建"->"拓扑"，创建拓扑,根据提示创建拓扑，添加拓扑处理规则；进行拓扑分析。
最后在arcmap中打开由拓扑规则产生的文件，利用topolopy工具条中错误记录信息进行修改将数据集导入ARCMAP中，点击edit按钮进行编辑。
打开eidt下拉菜单，选择more editing tools－－topology出现拓扑编辑工具栏。
选择要拓扑的数据，点击打开error inspector按钮。
在error inspector对话框中点击search now，找出所有拓扑的错误。
对线状错误进行Mark as Exception。
对polygon错误逐个检查，首先选择错误的小班，点击右键选择zoom to，然后点击merge，选择合适的图班进行merge处理，这样不会丢失小班信息。
另一个说法:用catalog建一个个人地理数据库，new一个featuredataset把要修改错误的shp文件导入到featuredataset下面然后右键点featuredataset，new一个topoloy数据层，点击下一步，勾选刚才导入的shp层，下一步，添加拓扑检查规则，这一步很重要，你要显示断线，没接上的线，出头线等，都要选相应的拓扑规则!选完之后，点下一步完成catalog生成一个拓扑检查层文件，用arcmap打开该文件就可以看见你需要显示的错误，这样再用编辑工具修改起来就方便好多。