生物信息学,实验一
生物信息学-BLAST
南方医科大学实验报告姓名学号专业年级基础学院生物信息学教研室题目BLAST 日期实验者实验者一、实验目的一、实验目的1，了解BLAST算法原理算法原理2，掌握BLAST参数设定的意义参数设定的意义3，利用BLAST解决生物学问题，如寻找给定序列（DNA或者蛋白质）的同源序列。
或者蛋白质）的同源序列。
二、实验器材二、实验器材电脑电脑三、方法与步骤三、方法与步骤）或者用自己的序列。
给定人蛋白RBP4（NP_006735）或者用自己的序列。
1 限定物种为人（Homo sapiens ），在参考序列数据库中搜索，列出结果（具体比对不列）。
1）进入BLAST主页主页/Blast.cgi2）限定物种为人Homo sapiens 3）在参考序列数据库中搜索在参考序列数据库中搜索4）CLICK BLAST 2 分别限定物种为Mus musculus ，Rattus norvegicus ，Drosophila melanogaster ，Bos taurus ，Danio rerio，各列出E值最小的两条序列。
值最小的两条序列。
1）选择物种选择物种3）输入序列，选择数据库和BALST程序，点击BLAST 4）E值最小的两个序列值最小的两个序列5）其余物种依次重复其余物种依次重复四、结果与讨论四、结果与讨论限定物种为人（Homo sapiens ），在参考序列数据库中搜索，列出结果（具体比对不列）。
分别限定物种为Mus musculus ，Rattus norvegicus ，Drosophila melanogaster ，Bos taurus ，Danio rerio，各列出E值最小的两条序列。
值最小的两条序列。
Mus musculus Rattus norvegicus Drosophila melanogaster Bos taurus Danio rerio 。
生物信息学的实验研究
生物信息学的实验研究近年来，随着基因测序和生物信息学技术的飞速发展，生物信息学已经成为生命科学领域中不可或缺的重要分支之一。
生物信息学的主要研究内容包括：基因组学、转录组学、代谢组学、蛋白质组学等方面，其中涉及生物大数据的处理和解读等重要研究内容。
因此，越来越多的生命科学研究者开始涉足生物信息学领域，不断开展有关生物信息学的实验研究。
随着生物信息学技术的发展，生物信息学实验研究的方法和手段也越来越多样化。
其中，最常见的实验方法包括：RNA测序、蛋白质组学、基因组学等。
其中，RNA测序是一种比较常用的生物信息学实验方法，它可以通过测定细胞或组织中的RNA分子来获取有关基因功能的信息。
RNA测序技术已经在多个研究领域中得到了广泛应用，例如：诊断疾病、寻找药物靶点、发现新的基因等。
以肿瘤研究为例，RNA测序技术可以用于研究肿瘤细胞中的基因表达变化，进而推断肿瘤相关的信号途径和调控机制。
蛋白质组学是另一种重要的生物信息学实验研究方法，它可以通过分析细胞或组织中的蛋白质来获取有关细胞功能和代谢途径的信息。
蛋白质组学技术通过分离、纯化、鉴定、定量、结构和功能分析、互作网络分析等手段，来研究细胞内蛋白质组成及其变化情况。
在癌症研究中，蛋白质组学技术可以用于鉴定肿瘤标志物、发现新的肿瘤治疗靶点、分析药物作用机制等。
除了RNA测序和蛋白质组学外，基因组学是另一个重要的生物信息学实验研究方法。
基因组学主要研究基因组的序列、特征、功能和进化等问题。
基因组学技术包括：基因鉴定、功能分析、基因进化等方面，并且在生命科学研究领域中得到广泛的应用。
在深度研究人类基因组序列的过程中，人体基因组计划已经开始，其目标是：通过测序人类所有染色体的序列，解析和研究基因的功能和调控机制，这一计划为生物信息学实验研究提供了更多的研究对象和内容。
总之，生物信息学实验研究方法的不断发展，为生命科学领域的研究和应用提供了更多的可能性。
随着技术的不断更新和优化，生物信息学实验研究将进一步加强其在生命科学领域中的地位和作用，为人类的健康和幸福不断做出更大的贡献。
生物信息学实验指导
生物信息学实验讲义广东药学院生命科学与生物制药学院二○一一年三月目录实验1. 生物信息学数据库与软件搜索 (1)实验2.核酸序列的检索 (2)实验3. 核酸序列分析 (3)实验4.多重序列比对及系统发生树的构建 (5)实验5. PCR 引物设计及评价 (7)实验6.蛋白质序列分析和结构预测 (9)实验一生物信息学数据库和软件的搜索【实验目的】熟练掌握上网搜索生物信息学数据库和软件的方法及技能。
【实验内容】1、搜索生物信息学数据库或者软件数据库是生物信息学的主要内容，各种数据库几乎覆盖了生命科学的各个领域。
核酸序列数据库有GenBank, EMBL, DDB等，蛋白质序列数据库有SWISS-PROT, PIR, OWL, NRL3D, TrEMBL等，蛋白质片段数据库有PROSITE, BLOCKS, PRINTS等，三维结构数据库有PDB, NDB, BioMagResBank, CCSD等，与蛋白质结构有关的数据库还有SCOP, CATH, FSSP, 3D-ALI, DSSP等，与基因组有关的数据库还有ESTdb, OMIM, GDB, GSDB等，文献数据库有Medline, Uncover等。
另外一些公司还开发了商业数据库,如MDL等。
生物信息学数据库覆盖面广，分布分散且格式不统一, 因此一些生物计算中心将多个数据库整合在一起提供综合服务，如EBI的SRS(Sequence Retrieval System)包含了核酸序列库、蛋白质序列库，三维结构库等30多个数据库及CLUSTALW、PROSITESEARCH等强有力的搜索工具，用户可以进行多个数据库的多种查询。
2、搜索生物信息学软件生物信息学软件的主要功能有：分析和处理实验数据和公共数据，加快研究进度，缩短科研时间；提示、指导、替代实验操作，利用对实验数据的分析所得的结论设计下一阶段的实验；寻找、预测新基因及预测其结构、功能；蛋白高级结构预测。
生物信息学实验
生物信息学实验生物信息学实验Bioinformatics Experiment【课程编号】1411010【课程类别】专业方向课【学分数】1学分【适用专业】生物技术、生物科学【学时数】32学时【编写日期】2007年6月一、教学目标本课程旨在使学生了解生物信息学基本知识，掌握生物信息学的基本思路与方法。
把最基本的生物信息学计算技术进行联机学习，突出基础性和实用性，让每个同学通过实际操作来体验复杂的生物学数据及其相关的分析手段。
通过本课程的学习，可以深化学生理解和使用由高通量技术所产生的大量生物信息的生物学背景及其分析方法；同时本课程与专业的需求紧密结合，通过学习，使学生能够快速检索网上信息，从而了解本学科的前言知识；通过学习使学生能够与生物信息大型数据库建立连接，取得已有的数据，从而为自己的研究服务。
二、教学内容和学时分配实验一、Genomic Databases4学时基础性主要内容：UCSC Genome, BrowserNCBI Map, ViewerEnsembl教学要求：了解当前全球三个主要的基因组数据库：UCSC、NCBI和Ensembl。
了解三个数据库共有的特点，以及在可视化、提供的信息、所用到的序列比对工具等方面的不同之处。
以人类胰岛素基因Insulin为例，理解三个数据库是如何注释gene duplication、EST、SNP等基因组信息的。
结合三个数据库的各自特点，掌握如何从数据库中获取与基因相关的序列、三维结构、功能、遗传变异等信息。
重点、难点：三个数据库都涵盖了几乎所有的基因组信息，因此从众多信息中如何获得自己所感兴趣的是本次试验课的重点，也是难点。
其它教学环节：实验课刚开始，授课老师结合ppt，以人类胰岛素基因Insulin为例，讲授本次实验课的主要内容，并布置本次实验作业。
在实验过程中，授课老师提议同一个小组的学生一起讨论，有问题向授课老师或助教提问。
同时，学生可以在论坛中（专门为生物信息学试验课设计的）发表自己的见解、交流学习心得。
湖南大学生物信息学实验报告-W8
实验1 DNA Blast（利用DNA数据库上提供的Blast功能）1基本信息：姓名：程瑶学号：201378020205班级：医学1301 实验日期：2016-04-192实验目的和要求：1）掌握BLAST的原理；2）了解如何利用Genbank数据库中提供的Blast功能完成同源性检索3实验仪器、设备与材料：计算机（联网）4实验原理：BLAST是一个NCBI开发的序列相似搜索程序，还可作为鉴别基因和遗传特点的手段。
BLAST能够在小于15秒的时间内对整个DNA数据库执行序列搜索。
BLAST（Basic local alignment search tool）,中文意思为基本的基于局部对准的搜索工具，是一种快速查找与靶序列具有连续相同片段的序列的技术。
5实验步骤：1）进入NCBI主页（/），点击BLAST按钮，进入了BLAST HOME界面。
A、选择blastn，在Enter Query Sequence 输入FASTA格式的序列，以枯草芽孢杆菌的葡萄糖-1-脱氢酶为例。
在choose search set栏中的Database中选择“others”，注意此处的program selection选择Highly similar sequences (megablast)，再点击“BLAST”按钮，需要一定的反应时间，结果可以看到有很多非常相似的序列，打开匹配度较高的序列，查看来源、功能等。
改变下面几个参数（每次只能变化一个参数），看输出结果中打分最高的10条序列是否会发生变；B：进入blastp,在Enter Query Sequence 输入FASTA格式的序列。
在choose search set栏中的Database中选择“others”，注意此处的program selection选择Highlysimilar sequences (megablast)，再点击“BLAST”按钮，需要一定的反应时间，结果可以看到有很多非常相似的序列，打开匹配度较高的序列，查看来源、功能等。
生物信息学实习报告
实习报告一、实习背景与目的随着生物信息学在生物科学、医学、农业等领域的广泛应用，我意识到掌握生物信息学技能对于我未来的职业发展至关重要。
因此，我参加了为期两周的生物信息学实习，以提高我的生物信息学技能并深入了解该领域的实际应用。
二、实习内容与过程在实习的第一周，我主要学习了生物信息学的基础知识，包括生物信息学的基本概念、生物数据库的使用、序列比对和分子进化分析等。
通过查阅资料和参与讨论，我了解了生物信息学在基因组学、蛋白质学和代谢组学等领域的应用，并掌握了相关软件和工具的使用方法。
在实习的第二周，我参与了一个实际项目，对某个基因家族进行进化分析。
首先，我使用序列比对工具对基因家族的成员进行比对，识别出保守区域和变异区域。
然后，我使用分子进化分析工具对序列进行 phylogenetic 分析，构建进化树并分析基因家族的进化关系。
最后，我使用代谢组学数据分析工具对实验数据进行分析，识别出与基因家族进化相关的代谢物。
三、实习成果与反思通过这次实习，我不仅掌握了生物信息学的基本知识和技能，还了解了生物信息学在实际研究中的应用。
我能够独立完成基因家族的进化分析，并能够使用相关软件和工具进行数据分析。
然而，我也意识到生物信息学是一个不断发展的领域，需要不断学习和更新知识。
在实习过程中，我遇到了一些挑战，例如数据分析工具的使用困难和生物信息学概念的理解。
这使我意识到理论与实践之间的差距，并激发了我进一步学习的动力。
四、实习总结通过这次生物信息学实习，我对生物信息学有了更深入的了解，并提高了我的实际操作能力。
我认识到生物信息学在现代生物学研究中的重要性，并决心在未来的学习和工作中不断努力，成为一名优秀的生物信息学专家。
生物信息学实验
实验一生物信息学资源的利用—Genebank核苷酸序列的查找一、实验目的：了解生物信息学的各大门户网站以及其中的主要资源，并以NCBI提供的Genebank为例，学习核苷酸序列的分类学检索方法和使用技巧。
二、实验器材：计算机，NCBI、EMBL等生物信息学网络资源。
三、实验原理：根据Genebank 提供的数据资源，应用分类学方法进行核苷酸序列的查找。
四、实验内容：查找下列不同物种的不同基因组的核苷酸序列。
表1：不同物种的不同基因组的核苷酸序列表五、实验步骤：1、打开NCBI网站的主页，然后点击Genebank，进入到Genebank 的界面，然后点击网页上端Search后面的基本检索输入框选择所要查询的数据库，然后在后面一个方框中输入所查询的核苷酸序列的相关的关键词，点击检索按钮。
2、进入对应的核苷酸序列子库界面，点击目标核苷酸序列子库。
3、根据子库中提供的各条序列的注释及各自的GenBank收录号，寻找自己查找的目标序列，点击目标序列的GenBank收录号，进入目标核苷酸序列界面。
4、点击所需要的目标核苷酸序列的GenBank收录号就可以得到我们想要的核苷酸序列，然后将它们拷贝下来。
六、实验要求：每个人必须至少查找3个种，5条核苷酸序列。
必须写明查找到的核苷酸序列以及各条核苷酸序列的GenBank收录号-LOCUS，基因注释-DEFINITION，文章的作者AUTHORS，文章题目-TITLE，文章所发表的期刊-JOURNAL。
七、实验结果：查找的核苷酸序列基本情况表1LOCUS JN054403 894 bp DNA linear PLN01-NOV-2011DEFINITION Phytophthora melonis strain NN-1 18S ribosomal RNA gene, partial sequence; internal transcribed spacer 1, 5.8S ribosomal RNA gene, and internal transcribed spacer 2, complete sequence; and 28Sribosomal RNA gene, partial sequence.AUTHORS Wu,Y.G., Huang,S.L., Fu,G., Hu,C.J. and Lu,S.F.TITLE Identification of the causal agent of wax gourd blight in South ChinaJOURNAL UnpublishedORIGIN1 tgggattccc accctagaac tttccacgtg aaccgtatca acaagtagtt gggggcctgc 61 tctgtgtggc tagctgtcga tgtcaaagtc ggcgactggc tgctatgtgg cgggctctat 121 catggcgatt ggtttgggtc ctcctcgtgg ggaactggat catgagccca ccttttaaac 181 ccattcttga ttactgaata tactgtgggg acgaaagtct ctgcttttaa ctagatagca 241 actttcagca gtggatgtct aggctcgcac atcgatgaag aacgctgcga actgcgatac 301 gtaatgcgaa ttgcaggatt cagtgagtca tcgaaatttt gaacgcatat tgcacttccg 361 ggttagtcct gggagtatgc ctgtatcagt gtccgtacat caaacttggc tctcttcctt 421 ccgtgtagtc ggtggatgga gacgccagac gtgaggtgtc ttgcggcgcg gccttcgggc481 tgcctgcgag tcccttgaaa tgtactgaac tgtacttctc tttgctcgaa aagcgtgacg 541 ttgttggttg tggaggctgc ctgtatggcc agtcggcgac cagtttgtct gctgcggcgt 601 ttaatggagg agtgttcgat tcgcggtatg gttggcttcg gctgaacaat gcgcttattg 661 gatgcttttc ctgctgtggt ggtatgggct ggtgaaccgt agttgtgcga ggcttggctt 721 ttgaaccggc ggtgttgtag cgaagtagag tggcggcttc ggctgtcgag ggtcgatcca 781 tttgggaact ctgtgttgtc tctgcggctt gctgtggagg tagcatctca attggacctg 841 atatcaggca agattacccg ctgaacttaa gcatatcata aacgcggagg act2LOCUS HM596011 530 bp DNA linear PLN01-JUL-2011DEFINITION Ophiocordyceps sinensis culture-collection ARSEF:6282 clone C 18S ribosomal RNA gene, partial sequence; internal transcribed spacer 1, 5.8S ribosomal RNA gene, and internal transcribed spacer 2,complete sequence; and 28S ribosomal RNA gene, partial sequence. AUTHORS Chan,W.H.TITLE Direct SubmissionJOURNAL Submitted (28-JUN-2010) Depatment of Biology, The ChineseUniversity of Hong Kong, Shatin, Hong Kong 852, ChinaORIGIN1 tctccgttgg tgaaccagcg gagggatcat tatcgagtca ccactcccaa accccctgcg 61 aacaccacag cagttgcctc ggcgggaccg ccccggcgcc ccagggcccg gaccagggcg 121 cccgccggag gacccccaga ccctcctgtc gcagtggcat ctctcagtca agaagcaagc 181 aaatgaatca aaactttcaa caacggatct cttggttctg gcatcgatga agaacgcagc 241 gaaatgcgat aagtaatgtg aatcgcagaa ttcagtgaac catcgaatct ttgaacgcac 301 attgcgcccg ccagcactct ggcgggcatg cctgtccgag cgtcatctca accctcgagc 361 cccccgcctc gcggcggcgg ggcccggcct tgggggtcac ggccccgcgc cgccccctaa 421 acgcagtggc gaccccgccg cggctcccct gcgcagtagc tcgctgagaa cctcgcaccg 481 ggagcgcgga ggcggtcacg ccgtgaaacc accacaccct ccagttgacc3LOCUS HQ114254 711 bp DNA linear PLN31-AUG-2011DEFINITION Dendrobium densiflorum voucher PS2528MT01 18S ribosomal RNA gene, partial sequence; internal transcribed spacer 1, 5.8S ribosomal RNA gene, and internal transcribed spacer 2, complete sequence; and 28S ribosomal RNA gene, partial sequence.AUTHORS Yao,H., Gao,T. and Chen,S.-L.TITLE Direct SubmissionJOURNAL Submitted (10-AUG-2010) Institute of Medicinal Plant Development, Chinese Academy of Medical Sciences, Peking Union Medical College, No. 151 Malianwa North Road, Haidian District, Beijing 100193,ChinaORIGIN1 tttccgtagg tgaacctgcg gaaggatcat tgtcgagacc aaaataaatc gagcgatttg61 gagaaccggt caaaataagc ggtgattatt atttccgtga tgaacgccat cccagtcgtt121 acctcatccc cttagggtcg aggatgcgag taaggatgga tgaacactca agccggcgca181 gcatcgcgcc aagggaaata tcgaaacatg agcccttaaa tgggtttggt ggaatggggt241 gctgttgcac gccatatgga ttgacatgac tctcggcaat ggatatctcg gctcacgcat301 cgatgaagag cgcagcgaaa tgcgatacgt ggtgcgaatt gcagaatccc gcgaaccatc361 gagtctttga acgcaagttg cgcccgaggc caactggcca agggcacgtt tgcctgggcg421 tcaagcgtta tgtcgcttcg tgtcaactcc atcccgtcga tgtatgggct ggcgaaggct481 cggatgtgca gagtggctca tcgtgcccct cggtgcggtg agctgaagag cgggtcatca541 tctcgttggc tgcgaacgat aaggggtgga ttaaagcgag gcctatgtta ttgtgtcgtg601 tatgcccgag agaagattat acatactcag gagatcccaa atcatgcgtc gatcaaagga661 tggcgcttgg aatgcgaccc caggatgggc gaggccaccc gctgagttta a4LOCUS AJ966733 585 bp DNA linear PLN11-APR-2008DEFINITION Saccharomyces sp. CECT 11011 mitochondrial partial COII gene forcytochrome c oxidase, subunit II.AUTHORS Gonzalez,S.S., Barrio,E. and Querol,A.TITLE Molecular characterization of new natural hybrids of Saccharomyces cerevisiae and S. kudriavzevii in brewingJOURNAL Appl. Environ. Microbiol. 74 (8), 2314-2320 (2008)ORIGIN1 aatattatgt tttatttatt agttatttta ggtttagtat cttgaatgtt atatactatt61 gtaataacat attcaaaaaa ccctattgct tataaatata ttaaacatgg acaaactatt121 gaagttattt gaacaatttt cccagcagta gtattattaa ttattgcttt cccatcattt181 attttattat atttatgtga tgaagttatt tcaccagcta taactattaa agctattgga241 tatcaatgat attgaaaata tgaatattct gattttatta atgatagtgg tgaaactgtt301 gaatttgaat catatgttat tcctgatgaa ttattagaag aaggtcaatt aagattatta361 gatactgata cttctatagt tgtacctgta gatacacata ttagatttgt tgtaacagct421 gctgatgtta ttcatgattt cgctatccca agtttaggta ttaaagttga tgctactcct481 ggtagattaa atcaagtttc tgctttaatt caaagagaag gtgttttcta tgggcaatgc541 tcagagttgt gcgggctggg acatgccaac ataccaatta aaatt5LOCUS Y09069 459 bp mRNA linear INV18-APR-2005DEFINITION D.melanogaster mRNA for NADH-ubiquinone oxidoreductase acyl-carrier subunit, splice variant.AUTHORS Ragone,G., Caizzi,R., Moschetti,R., Barsanti,P., De Pinto,V. and Caggese,C.TITLE The Drosophila melanogaster gene for the NADH:ubiquinoneoxidoreductase acyl carrier protein: developmental expressionanalysis and evidence for alternatively spliced formsJOURNAL Mol. Gen. Genet. 261 (4-5), 690-697 (1999)ORIGIN1 atgtcgttca cacagatcgc gcgcagctgc agtcgactgg cggccacttt ggccccaagg61 agggtcgcct ccggcattct catccaatca caggcctcca ggatgatgca caggatcgcc121 gtgccatcga tgaccagcca gttgagccaa gagtgccgtg gtcgctggca aacgcaattg181 gtgcgcaaat actcggcgaa accgccgctc tcgctgaagc tgatcaatga gcgcgtcttg241 cttgtgctca agctctacga caagatcgat cccagcaagc tcaacgttga gtcgcacttc301 atcaacgact tgggactgga ttccttggac cacgtggagg tcatcatggc catggaggac361 gagttcggtt tcgagatccc cgactctgat gccgagaagc tgcttaaacc tgccgacatt421 attaagtacg tcgccgacaa ggaggatgtg tacgagtaa实验二序列相似性搜索软件—BLAST的使用一、实验目的：掌握序列相似性查询工具—BLAST使用方法和技巧，理解与序列相似性查询相关的几个基本概念。
生物信息学实验一
生物信息学实验一简介：生物信息学实验一是生物信息学实验课程的第一部分，旨在介绍生物信息学的基本概念、工具和技术，以及生物信息学在生物学研究中的应用。
本实验将引导学生通过实际操作，学习并掌握生物信息学的基本原理和操作技巧。
实验设备和材料：- 计算机或笔记本电脑- 生物信息学软件（例如NCBI BLAST、UCSC Genome Browser等）- 相关数据库和工具（例如GenBank、KEGG等）实验目的：1. 了解生物信息学的基本概念和应用领域；2. 学习生物信息学的常用工具和技术；3. 掌握生物序列分析、基因注释和比对等基本操作；4. 学会使用生物信息学软件和数据库进行数据查询和分析；5. 培养科学研究的数据处理和解读能力。
实验步骤：1. 确定研究对象：选择一个感兴趣的生物学问题或基因序列进行研究。
2. 数据获取：使用生物信息学工具和数据库，获取与研究对象相关的生物序列数据。
3. 序列分析：使用生物信息学软件对序列数据进行分析，包括碱基组成、氨基酸序列、启动子分析等。
4. 基因注释：通过比对算法和数据库，对序列进行基因功能注释，确定基因的命名、结构和功能信息。
5. 比对分析：使用比对工具进行序列比对，比较两个或多个序列之间的相似性和差异性。
6. 数据解读：根据分析结果，结合相关文献和知识，对实验数据进行解读和分析，得出科学结论。
实验注意事项：1. 在进行实验前，先了解所要使用的工具和软件的基本操作方法和原理；2. 实验过程中注意数据安全和保密，不得将数据泄露或用于非科研目的；3. 在进行数据分析和解读时，务必准确、客观地进行，不得造假或歪曲实验结果；4. 注意数据的备份和存储，以防止数据丢失或损坏；5. 尊重他人的研究成果和知识产权，合理引用和参考相关文献。
实验结果与讨论：本实验所得的结果可以根据具体的研究对象和实验数据来展开讨论和分析。
例如，如果研究对象是某个基因序列，可以讨论其结构和功能，与其他基因的关联性，以及在哪些生物过程中有重要作用等。
生物信息学实验报告
生命科学技术学院实验（实习）报告专业班级：生物技术专业2009级班组别： 1 学号：课程名称：《生物信息学》设计性实习指导教师：成绩：姓名(E-mail):1 目的意义通过本实习，旨在学会利用国际国内科学文献资源库数据和生物信息资源数据库，查询文献资源、基因和蛋白质资源，并利用相关数据工具进行生物信息分析，最后对结果进行正确的分析，得出结论，探讨其生物学意义。
2 实验方法2.1 胰岛素mRNA序列的查询打开NCBI主页，选择Nucleotide，得到如下图所示的界面；在搜索框内输入insulin（胰岛素），点击Search进行搜索，得到胰岛素mRNA序列：ORIGIN1 gggaagaggg gcagacagaa cctggagcct gggaaggaag caccatgcca gcggggacag61 cagctagagc ctgggtgctg gttcttgctc tatggggtga gacactccca gccccaactc121 tccccctcag cagccctgct cccaccccac ccccagtacc tccctgcccc ctagaaatcc181 ccctgaacct gggcaccact ttccaaagac cctcacccac cctgtcctac acacgcacac241 cccagcccca cctctcccct tccaccctcc cacaatgatg ctatcaccca ggagctgtag301 ctggtggtca gaacatcaca gcccggattg gagagccact tgtgctaagc tgtaaggggg361 cccctaagaa gccgccccag cagctagaat ggaaactgcc actggaattg tcgatgaggg421 gactttccgg tgtcgggcaa ctaacaggcg agggaaggag gtcaagtcca actaccgagt481 ccgagtctac cagattcctg ggaagccaga aattgtggat cctgcctctg aactcacagc541 cagtgtccct aataaggtgg ggacatgtgt gtctgaggga agctaccctg cagggaccct601 tagctggcac ttagatggga aacttctgat tcccgatggc aaagaaacac tcgtgaagga661 agagaccagg agacaccctg agacgggact ctttacactg cggtcagagc tgacagtgat721 ccccacccaa ggaggaaccc atcctacctt ctcctgcagt ttcagcctgg gccttccccg781 gcgcagaccc ctgaacacag cccccatcca actccgagtc agggagcctg ggcctccaga841 gggcattcag ctgttggttg agcctgaagg tggaatagtc gctcctggtg ggactgtgac901 cttgacctgt gccatctctg cccagccccc tcctcaggtc cactggataa aggatggtgc961 acccttgccc ctggctccca gccctgtgct gctcctccct gaggtggggc acgaggatga1021 gggcacctat agctgcgtgg ccacccaccc tagccacgga cctcaggaaa gccctcctgt1081 cagcatcagg gtcacaggct ctgtgggtga gtctgggctg ggtacgctag ccctggcctt1141 ggggatcctg ggaggcctgg gagtagtagc cctgctcgtc ggggctatcc tgtggcgaaa1201 acgacaaccc aggcgtgagg agaggaaggc cccggaaagc caggaggatg aggaggaacg 1261 tgcagagctg aatcagtcag aggaagcgga gatgccagag aatggtgccg ggggaccgta 1321 agagcaccca gatcgagcct gtgtgatggc cctagagcag ctcccccaca ttccatccca1381 attcctcctt gaggcacttc cttctccaac cagagcccac atgatccatg ctgagtaaac1441 atttgacacg gtgtg//2.2 胰岛素mRNA序列的比对分析打开NCBI主页，选择BLAST，进入后选择nucleotide blast打开如下图所示的界面，在输入框内输入进行比对的序列：点击BLAST进行序列比对，得到结果。
生物信息学实验报告
生物信息学实验报告班级：：学号：日期：实验一核酸和蛋白质序列数据的使用实验目的了解常用的序列数据库，掌握基本的序列数据信息的查询方法。
教学基本要求了解和熟悉NCBI 核酸和蛋白质序列数据库，可以使用BLAST进行序列搜索，解读BLAST 搜索结果，可以利用PHI-BLAST 等工具进行蛋白质序列的结构域搜索，解读蛋白质序列信息，可以在蛋白质三维数据库中查询相关结构信息并进行显示。
实验容提要在序列数据库中查找某条基因序列（BRCA1），通过相关一系列数据库的搜索、比对与结果解释，回答以下问题：1. 该基因的基本功能？2. 编码的蛋白质序列是怎样的？3. 该蛋白质有没有保守的功能结构域 (NCBI CD-search)？4. 该蛋白质的功能是怎样的？5. 该蛋白质的三级结构是什么？如果没有的话，和它最相似的同源物的结构是什么样子的？给出示意图。
实验结果及结论1. 该基因的基本功能？This gene encodes a nuclear phosphoprotein that plays a role in maintaining genomic stability, and it also acts as a tumor suppressor. The encoded protein combines with other tumor suppressors, DNA damagesensors, and signal transducers to form a large multi-subunit protein complex known as the BRCA1-associated genome surveillance complex (BASC). This gene product associates with RNA polymerase II, and through the C-terminal domain, also interacts with histone deacetylase complexes. This protein thus plays a role in transcription, DNA repair of double-stranded breaks, and recombination. Mutations in this gene are responsible for approximately 40% of inherited breast cancers and more than 80% of inherited breast and ovarian cancers. Alternative splicing plays a role in modulating the subcellular localization and physiological function of this gene. Many alternatively spliced transcript variants, some of which are disease-associated mutations, have been described for this gene, but the full-length natures of only some of these variants has been described. A related pseudogene, which is also located on chromosome 17, has been identified. [provided by RefSeq, May 2009]2. 编码的蛋白质序列是怎样的？[Homo sapiens]1 mdlsalrvee vqnvinamqk ilecpiclel ikepvstkcd hifckfcmlk llnqkkgpsq61 cplcknditk rslqestrfs qlveellkii cafqldtgle yansynfakk ennspehlkd121 evsiiqsmgy rnrakrllqs epenpslqet slsvqlsnlg tvrtlrtkqr iqpqktsvyi181 elgsdssedt vnkatycsvg dqellqitpq gtrdeislds akkaacefse tdvtntehhq241 psnndlntte kraaerhpek yqgssvsnlh vepcgtntha sslqhenssl lltkdrmnve301 kaefcnkskq pglarsqhnr wagsketcnd rrtpstekkv dlnadplcer kewnkqklpc361 senprdtedv pwitlnssiq kvnewfsrsd ellgsddshd gesesnakva dvldvlnevd421 eysgssekid llasdpheal ickservhsk svesniedki fgktyrkkas lpnlshvten481 liigafvtep qiiqerpltn klkrkrrpts glhpedfikk adlavqktpe minqgtnqte541 qngqvmnitn sghenktkgd siqneknpnp ieslekesaf ktkaepisss isnmelelni601 hnskapkknr lrrksstrhi halelvvsrn lsppnctelq idscssseei kkkkynqmpv661 rhsrnlqlme gkepatgakk snkpneqtsk rhdsdtfpel kltnapgsft kcsntselke721 fvnpslpree keekletvkv snnaedpkdl mlsgervlqt ersvesssis lvpgtdygtq781 esisllevst lgkaktepnk cvsqcaafen pkglihgcsk dnrndtegfk yplghevnhs 841 retsiemees eldaqylqnt fkvskrqsfa pfsnpgnaee ecatfsahsg slkkqspkvt 901 feceqkeenq gknesnikpv qtvnitagfp vvgqkdkpvd nakcsikggs rfclssqfrg 961 netglitpnk hgllqnpyri pplfpiksfv ktkckknlle enfeehsmsp eremgnenip 1021 stvstisrnn irenvfkeas ssninevgss tnevgssine igssdeniqa elgrnrgpkl 1081 namlrlgvlq pevykqslpg snckhpeikk qeyeevvqtv ntdfspylis dnleqpmgss 1141 hasqvcsetp ddllddgeik edtsfaendi kessavfsks vqkgelsrsp spfththlaq 1201 gyrrgakkle sseenlssed eelpcfqhll fgkvnnipsq strhstvate clsknteenl 1261 lslknslndc snqvilakas qehhlseetk csaslfssqc seledltant ntqdpfligs 1321 skqmrhqses qgvglsdkel vsddeergtg leennqeeqs mdsnlgeaas gcesetsvse 1381 dcsglssqsd ilttqqrdtm qhnliklqqe maeleavleq hgsqpsnsyp siisdssale 1441 dlrnpeqsts ekavltsqks seypisqnpe glsadkfevs adsstsknke pgversspsk 1501 cpslddrwym hscsgslqnr nypsqeelik vvdveeqqle esgphdltet sylprqdleg 1561 tpylesgisl fsddpesdps edrapesarv gnipsstsal kvpqlkvaes aqspaaahtt 1621 dtagynamee svsrekpelt astervnkrm smvvsgltpe efmlvykfar khhitltnli 1681 teetthvvmk tdaefvcert lkyflgiagg kwvvsyfwvt qsikerkmln ehdfevrgdv 1741 vngrnhqgpk raresqdrki frgleiccyg pftnmptdql ewmvqlcgas vvkelssftl 1801 gtgvhpivvv qpdawtedng fhaigqmcea pvvtrewvld svalyqcqel dtylipqiph 1861 shy3. 该蛋白质有没有保守的功能结构域 (NCBI CD-search)？有保守的供能结构域。
生物信息学实验报告
生物信息学实验报告**：__ **____ __ _ 学号：___ *********_ ___ 宋晓峰 _指导老师：__ 宋晓峰南京航空航天大学2013年4月实验一实验一 生物信息数据库的检索生物信息数据库的检索生物信息数据库的检索一．实验目的：一．实验目的：1.1.了解生物信息学的各大门户网站以及其中的主要资源。
了解生物信息学的各大门户网站以及其中的主要资源。
了解生物信息学的各大门户网站以及其中的主要资源。
2.2.了解主要数据库的内容及结构，理解各数据库注释的含义。
了解主要数据库的内容及结构，理解各数据库注释的含义。
了解主要数据库的内容及结构，理解各数据库注释的含义。
3.3.以以PubMed 为例，学会文献数据库的基本查询检索方法。
为例，学会文献数据库的基本查询检索方法。
二．实验内容：二．实验内容：（1）国际与国内的生物信息中心）国际与国内的生物信息中心国际NCBI NCBI、、EBI EBI、、ExPASy ExPASy，，EMBL EMBL、、SIB SIB、、TIGR 以及国内CBI CBI、、BioSino 网站的熟悉及内容的了解。
解。
核酸序列数据库：核酸序列数据库：genbank/EMBL-bank/DDBJ genbank/EMBL-bank/DDBJNCBI 网址：网址：//EBI 网址：网址：//EMBL 网址：网址：/embl /embl蛋白质序列数据库：蛋白质序列数据库：Swiss Prot Swiss Prot 、、ExPASy 网址：网址：//Uniprot 网址：网址：//蛋白质结构数据库：蛋白质结构数据库：PDB 网址：网址：/pdb//pdb/（2）数据库内容、结构与注释的浏览）数据库内容、结构与注释的浏览分别读取The spike protein of SARS-Corona Virus 在NCBI 中的核酸序列、SWISS-PROT 蛋白质序列以及PDB 蛋白质结构序列，熟悉数据库记录的结构，学会看懂其中的注释。
生物信息实践的实习报告
生物信息实践的实习报告一、实验目的本次实习的主要目的是让我们学习和掌握生物信息学的基本理论知识，并通过实际操作培养我们分析生物数据、解决生物问题的能力。
二、实验步骤1. 学习基本的生物信息学理论知识。
我们首先学习了生物信息学的基本概念和数据处理方法，包括序列比对、序列注释、基因表达分析等内容。
2. 获取实验所需的生物数据。
我们在实验中使用了一组转录组测序数据，通过学习使用生物信息学工具，对这组数据进行分析。
3. 数据预处理。
由于原始数据存在噪音和杂质，我们进行了数据清洗和质量控制，以确保后续分析的准确性和可靠性。
4. 序列比对。
我们使用Bowtie2工具将清洗后的转录组测序数据与参考基因组序列进行比对，以找到相应的基因位点。
5. 差异表达分析。
根据比对结果，我们使用DESeq2等工具对不同样本之间的基因表达差异进行分析，并统计差异表达基因的数量和分布情况。
6. 功能注释和富集分析。
根据差异表达基因的基因符号和基因功能，我们使用生物信息学数据库对这些基因进行功能注释和富集分析，以了解其生物学功能和相关的生物过程和通路。
7. 结果可视化。
最后，我们使用生物信息学工具对分析结果进行可视化展示，并生成直观清晰的图表和图像。
三、实验结果经过上述实验步骤，我们成功地完成了对转录组测序数据的分析。
通过比对和差异表达分析，我们发现了一些在不同样本中表达差异显著的基因，并通过功能注释和富集分析揭示了这些基因的生物学功能和相关通路。
实验结果还包括分析报告和可视化图表。
我们撰写了一份详细的实验报告，介绍了整个实验的目的、步骤和结果，并对分析结果进行了进一步的讨论和解释。
同时，我们还根据分析结果生成了各种图表和图像，如差异表达基因的散点图、聚类热图等，以便更直观地展示实验结果。
四、实习收获通过本次生物信息实践的实习，我对生物信息学的基本理论和实际操作有了更深入的了解和掌握。
我学会了使用生物信息学工具进行数据分析和处理，如Bowtie2、DESeq2等，同时也熟悉了常用的生物信息学数据库和分析软件。
生物信息学实验报告
生物信息学实验报告姓名：__ 王思__＿_ __ _学号:__＿03_ ___指导老师：__ 宋晓峰_南京航空航天大学２013年４月ﻬ实验一生物信息数据库的检索一．实验目的:１.了解生物信息学的各大门户网站以及其中的主要资源。
2。
了解主要数据库的内容及结构，理解各数据库注释的含义。
3.以PｕｂＭｅd为例，学会文献数据库的基本查询检索方法。
二．实验内容：（１）国际与国内的生物信息中心国际NCBI、EBI、EｘPASｙ，ＥMBL、SIB、TIGＲ以及国内CBI、BiｏSinｏ网站的熟悉及内容的了解.核酸序列数据库：ｇeｎbａnk/EMBL－ｂanｋ/DDBJNCBI网址：EBI网址:EMBＬ网址:i。
aｃ.ｕk/emｂl蛋白质序列数据库:Swｉss Ｐrot 、ExPASy网址：Uniｐｒot网址:蛋白质结构数据库:ＰDＢ网址：csb。
org/pｄｂ/(2）数据库内容、结构与注释的浏览分别读取The ｓpike pｒｏｔeiｎof SAＲS—Coｒoｎa Virus在NCBI中的核酸序列、SWISS—PROT蛋白质序列以及ＰDB蛋白质结构序列，熟悉数据库记录的结构，学会看懂其中的注释。
核酸序列：SWISS-ＰROT蛋白质序列：PＤＢ蛋白质结构序列：其PDB文件见附件ＳARS—Cｏrona Ｖirｕs。
ＰDB文件分别读取Ｈeａmagglutinｉn Genes oｆＨ９N2 Sｕbtypｅ Inｆｌueｎza Ａ V ｉｒuses（禽流感H9Ｎ2亚型HA基因）在NＣＢI中的核酸序列、SWＩSS-PROT蛋白质序列以及PDB蛋白质结构序列，熟悉数据库记录的结构,学会看懂其中的注释。
核酸序列：SWＩSS-PROT蛋白质序列PDＢ蛋白质结构序列其PDＢ文件见附件Ｈ9Ｎ2．ＰDB文件(3)文献信息的查找与管理有效地使用ＮＣBI PｕbＭed提供的各种主要功能,查询并下载相关课题或研究方向的论文文摘与文献全文。
生物信息学学习心得
生物信息学学习心得第一篇：生物信息学生物信息学是上世纪90年代初人类基因组计划(hgp)依赖，随着基因组学、蛋白组学等新兴学科的建立，逐渐发展起来的生物学、数学和计算机信息科学的一门交叉应用学科。
目前生物信息学的研究领域主要包括基于生物序列数据的整理和注释、生物信息挖掘工具开发及利用这些工具揭示生物学基础理论知识等领域。
生物信息学作为新型交叉应用学科，可以依托本校已有的计算机科学、信息学、生物学和数学等学科优势，充分展现投入少、见效快、起点高的特色，推动学校学科建设和本科教学水平。
本实验指导书中的8个实验均设计为综合性开发实验，面向生物信息学院全体本科学生和研究生，以及全校对生物信息学感兴趣的其他专业学生开放。
生物信息学实验室将提供系统的保障，包括采用mail服务器和linux帐号管理等进行实验过程管理和支持。
限选《生物信息学及实验》的生物技术专业本科生至少选择其中5个实验，并不少于8个学时，即为课程要求的0.5个学分。
其他选修者按照课时和学校相关规定计算创新学分。
实验一熟悉生物信息学站及其数据的生物学意义实验目的：培养学生利用互联资源获取生物信息学研究前沿和相关数据的能力，熟悉生物信息学相关的一些重要国内外站，及其核酸序列、蛋白质序列及代谢途径等功能相关数据库，学会下载生物相关的信息数据，了解不同的数据件格式和其中重要的生物学意义。
实验原理：利用互联资源检索相关的国内外生物信息学相关站，如：ncbi、sanger、tigr、kegg、swissport、ensemble、中科院北京基因组研究所、北大生物信息学中心等，下载其中相关的数据，如fasta、genbank格式的核算和蛋白质序列、pathway等数据，理解其重要的生物学意义。
实验内容：1. 浏览和搜索至少10个国外和至少5个国内生物信息学相关站，并描述站特征；2. 下载各站的代表性数据各10条（组）以上，并说明其生物学意义；3. 讨论各站适合做何种生物信息学研究的平台，并设计一个研究设想。
实验一利用BLAST的数据库比对分析
实验一利用BLAST的数据库比对分析引言:BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) 是一种常用的生物信息学工具，用于比对和分析生物序列。
BLAST利用数据库中已知的序列信息，来对输入的待比对序列进行比对。
BLAST数据库比对分析是生物信息学研究中非常重要的一部分，在基因组学、蛋白质组学和进化生物学等领域有着广泛的应用。
方法:BLAST数据库比对分析的基本步骤包括：选择合适的数据库，准备待比对序列，进行BLAST比对分析，解析比对结果。
下面将详细介绍每个步骤：1.选择合适的数据库:BLAST数据库包含各种物种的基因组、转录组和蛋白质序列等信息。
在进行比对分析之前，需要选择适合的数据库来进行比对。
常用的数据库包括NCBI的nr数据库、nt数据库和UniProt数据库等。
根据具体的研究目的和物种，选择最合适的数据库进行比对。
2.准备待比对序列:准备待比对的序列是BLAST分析的关键步骤。
可以通过实验测序或者从公共数据库中获取待比对的序列信息。
在准备序列时，需要注意序列的长度、质量和格式等要求。
3.进行BLAST比对分析:在进行BLAST比对分析之前，需要先设置比对参数。
比对参数包括比对算法、比对类型、比对阈值等。
根据研究需求，选择合适的比对参数进行比对分析。
然后，将待比对的序列输入到BLAST工具中进行比对。
BLAST会将待比对序列与数据库中的序列进行全局或局部比对，找到最相似的序列。
4.解析比对结果:比对分析结束后，可以从比对结果中获取有关待比对序列与数据库中相似序列的信息。
比对结果包括比对得分、比对位置、比对序列的长度等。
可以根据比对结果进一步分析序列的同源性、进化关系等。
结果与讨论:BLAST数据库比对分析结果可以帮助我们了解待比对序列与已知序列的相似性和同源性。
比对结果中较高的比对得分和较长的比对长度表明待比对序列与数据库中的序列具有较高的相似性。
此外，比对结果还可以帮助我们鉴定新的序列、预测序列的功能和进行系统进化分析等。
生物信息学实验一
生物信息学实验一生物信息学实验一: DNA序列比对一、引言DNA序列比对是生物信息学中的基础操作之一。
DNA序列比对可以通过比较两个或多个DNA序列之间的相似性和差异性，进而揭示序列之间的进化关系、基因功能以及潜在的生物学意义。
本实验旨在介绍DNA序列比对的基本原理、常见比对工具以及实验操作步骤。
二、实验原理1. 基本原理DNA序列比对是指将两个或多个DNA序列在相同参考框架下进行对比，以确定序列之间的相似性和差异性。
基于比对结果，可以推断序列中的保守区域、突变位点、插入缺失等信息。
2. 比对方法常见的DNA序列比对方法包括全局比对和局部比对。
全局比对适用于两个序列长度相似且整体结构相似的情况，例如比对同一基因的两个亚型。
而局部比对适用于两个序列之间存在较大差异的情况，例如比对基因组中的编码区域。
3. 比对工具生物信息学领域中有许多常用的DNA序列比对工具，如BLAST （Basic Local Alignment Search Tool）、ClustalW和MUSCLE等。
每个工具都有其独特的优势和适用范围，根据具体的研究目的和样本特点选择合适的比对工具。
三、实验步骤1. 收集序列数据在进行DNA序列比对实验前，首先需要收集待比对的DNA序列数据。
可以从公共数据库（如GenBank）或实验室已有的数据中获取所需序列，并保存为FASTA格式。
2. 选择比对工具根据比对的目的和序列特点，选择合适的比对工具。
例如，对于全局比对，可以选用BLAST工具；对于局部比对，可以选择ClustalW或MUSCLE工具。
3. 导入序列数据将收集到的DNA序列导入所选择的比对工具中。
一般来说，比对工具能够接受FASTA格式的输入。
确保正确导入所有待比对的序列，并设置比对参数。
4. 进行比对运行选定的比对工具，开始进行DNA序列比对。
比对过程可能需要花费一定的时间，具体时间取决于比对工具的算法和序列的长度。
5. 分析比对结果比对完成后，可以获取比对结果。
生物信息学实验报告
丁大鹏等通过对不同杂交体系下芯片探针的荧光信号强度的比对得出，普通基因芯片杂 交过程中，样品是滴加到了打印好的阵列表面，然后覆盖了与阵列大小对应的盖玻片，由于 液体表面张力的存在，会造成样品液滴在阵列表面呈现不均匀的分布，常常在液滴的边缘样 品浓度要超过旁边的浓度，从而在杂交后常常出现边缘效应，导致影响对芯片杂交图像的分 析。相反，如Agilent和Gene Machine 的杂交体系建立都是在消除边缘效应的研究目的下， 在这两种体系下的样品都是在一种流动的状态下与芯片阵列表面进行接触来进行与探针的 杂交，因此保证了液-固相杂交反应是在均匀随机的过程中完成，并且由于不受液体表面张 力的影响，单位体积内的样品与单位面积的阵列反应的概率相同，杂交后的数据更科学。
4.2.5 基因芯片存在的局限
（1）大量的已知序列的基因或基因片段是制备基因芯片的材料，虽然这个资源库还不够丰 富，但是随着基因组测序计划的继续进行，各个物种的序列片段将会极大的丰富起来。 （2）我们应进一步简化基因芯片的制作过程，制作高密度探针的芯片，并降低成本，使基 因芯片从实验室研究走向实际应用。 （3）对基因芯片技术的一些基本问题，如探针对杂交体的稳定性影响，靶分子浓度、探针 浓度、杂交双方的序列组成、盐浓度及温度等对杂交的动力学影响分子原理研究还不够深入。 这都需要进一步研究掌握其生物物理学和生物化学的性质。
4.2.3 显色方法的局限性
基因芯片显色和分析测定方法主要为荧光法，其重复性较好，不足的是灵敏度仍较低。 目前正在发展的方法有质谱法、化学发光法、光导纤维法等。以荧光法为例，当前主要的检 测手段是激光共聚焦显微扫描技术，以便于对高密度探针阵列每个位点的荧光强度进行定量 分析。因为探针与样品完全正常配对时所产生的荧光信号强度是具有单个或两个错配碱基探 针的 5-35 倍，所以对荧光信号强度精确测定是实现检测特异性的基础。但荧光法存在的问 题是，只要标记的样品结合到探针阵列上后就会发出阳性信号，这种结合是否为正常配对， 或正常配对与错配兼而有之，该方法本身并不能提供足够的信息进行分辨。
生物信息学实验
生物信息学实验实验一生物信息数据库的使用一、实验目的了解NCBI、EMBL、SWISS-PROT、PDB数据库的结构掌握NCBI、EMBL数据库检索系统ENTREZ、SRS、CN3D的操作方法，掌握文献、序列的快速高效检索方法FASTA的操作方法一、实验目的掌握GenBank数据库序列格式及其主要字段的含义了解EBML数据库序列格式及其主要字段的含义掌握GenBank数据库序列格式的FASTA序列格式显示与保存二、实验内容及操作步骤内容一：登陆NCBI、EMBL、SWISS-PROT、PDB数据库主页，打开数据库的SITE MAP页面，了解各网站的结构网址:NCBI: EMBL: SWISS-PROT: /sprot/PDB: /pdb/FASTA3 :/fasta33/index.html二、实验内容及操作步骤内容二：使用Entrez信息查询系统检索与禽流感相关的文献，并阅读感兴趣文献的摘要或全文调用Internet浏览器并在其地址栏输入Entrez网址(/Entrez)进入Entrez 主页选择pubmed文献数据库→在输入栏内输入关键词“Avian Influenza”→点击go查询练习使用AND OR BUT逻辑词来限定关键词，如Avian Influenza AND human infect等查询人感染禽流感的相关记录，比较查询结果二、实验内容及操作步骤内容三：使用Entrez信息查询系统检索与禽流感相关的核酸序列，链接提取其中一条感兴趣的序列内容，阅读序列格式的解释，理解其含义二、实验内容及操作步骤进入Entrez Home页面→选择Nucleotide数据库→在Search后的输入栏中选择Nucleotide→在输入栏内输入关键词Avian Influenza→点击go查询选择一条感兴趣的核酸序列，点击该序列与数据库的超链接，阅读序列格式的解释，理解其含义，如LOCUS、DEFINITION、ACCESSION等二、实验内容及操作步骤3. 在NCBI上找苯丙氨酸解氨酶基因序列1，打开NCBI，选择核苷酸（Nucleotide）数据库，填上Phenylalanine ammonia-lyase，点击GO，搜索二、实验内容及操作步骤2、我们来看结果，总共有1022个，结果太多二、实验内容及操作步骤3、这个时候我们可以再想办法缩少范围，比方你要找的是豆科的，我们来大豆（soybean）来作例子。
生物信息学实验教程
生物信息学实验教程实验一、基因、蛋白质序列分析【实验目的】1、掌握基因、蛋白质序列检索的操作方法；2、熟悉蛋白质基本性质分析及其电子表达谱3、蛋白基因的引物设计【实验内容】1、使用Entrez或SRS信息查询系统检索人脂联素(adiponectin)蛋白质序列；2、使用网站对上述蛋白质序列进行分子质量、氨基酸组成、和疏水性等基本性质分析；3、蛋白基因的引物设计【实验方法】1、人脂联素基因、蛋白质序列的检索：（1）调用Internet浏览器并在其地址栏输入Entrez网址(/Entrez)；（2）在Search后的选择栏中选择nucleartide\protein；（3）在输入栏输入homo sapiens adiponectin；（4）点击go后显示序列接受号及序列名称；（5）点击序列接受号NP_004788 (adiponectin precursor; adipose most abundant genetranscript 1 [Homo sapiens])后显示序列详细信息；（6）将序列转为FASTA格式保存(参考上述步骤使用SRS信息查询系统检索人脂联素蛋白质序列)；（7）进入UNIGENE数据库分析其电子表达谱2、进入网站对人脂联素蛋白质序列进行分子质量、氨基酸组成和疏水性等基本性质分析：3、利用prime prime5.0设计此基因PCR引物4、独立完成NYGGF4、LYRM1两个基因的上述操作。
【作业】1、提交使用上述软件对人脂联素、NYGGF4、LYRM1蛋白质序列进行基本性质分析及其电子表达谱蛋白质实验二、序列结构预测【实验目的】1、熟悉基于序列同源性分析的蛋白质功能预测，了解基于motif、结构位点、结构功能域数据库的蛋白质功能预测；2、了解蛋白质结构预测。
【实验内容】1、对人脂联素蛋白质序列进行基于NCBI/Blast软件的蛋白质同源性分析；2、对人脂联素蛋白质序列进行motif结构分析；3、对人脂联素蛋白质序列进行二级结构和三维结构预测。
生物信息学实验报告
生物信息学实验报告姓名：__**_______学号：___*********____指导老师：___***____南京航空航天大学2011年11月实验一生物信息数据库的检索一．实验目的：1.了解生物信息学的各大门户网站以及其中的主要资源。
2.了解主要数据库的内容及结构，理解各数据库注释的含义。
3.以PubMed为例，学会文献数据库的基本查询检索方法。
二．实验内容：（1）国际与国内的生物信息中心国际NCBI、EBI、ExPASy，EMBL、SIB、TIGR以及国内CBI、BioSino网站的熟悉及内容的了解。
核酸序列数据库：genbank/EMBL-bank/DDBJNCBI网址：/EBI网址：/EMBL网址：/embl蛋白质序列数据库：Swiss Prot 、ExPASy网址：/Uniprot网址：/蛋白质结构数据库：PDB网址：/pdb/（2）检索练习：The spike protein of SARS-Corona Virus在NCBI中的核酸记录序列：LOCUS CS244439 3897 bp DNA linear PAT 17-JUL-2006DEFINITION Sequence 3 from Patent WO2005118813.ACCESSION CS244439VERSION CS244439.1 GI:84659113KEYWORDS .SOURCE SARS coronavirusORGANISM SARS coronavirusViruses; ssRNA positive-strand viruses, no DNA stage; Nidovirales;Coronaviridae; Coronavirinae; Betacoronavirus.REFERENCE 1AUTHORS Altmeyer,R., Nal-Rogier,B., Chan,C., Kien,F., Kam,Y.W., Siu,Y.L.,Tse,K.S., Staropoli,I. and Manuguerra,J.C.TITLE Nucleic acids, polypeptides, methods of expression, and immunogeniccompositions associated with sars corona virus spike proteinJOURNAL Patent: WO 2005118813-A2 3 15-DEC-2005;INSTITUT PASTEUR (FR); Hong Kong Pasteur Research Centre Limited(CN)FEATURES Location/Qualifierssource 1..3897/organism="SARS coronavirus"/mol_type="unassigned DNA"/db_xref="taxon:227859"CDS 44..3847/note="unnamed protein product"/codon_start=1/protein_id="CAJ56183.1"/db_xref="GI:84659114"/translation="MFIFLLFLTLTSGSDLDRCTTFDDVQAPNYTQHTSSMRGVYYPDEIFRSD TLYLTQDLFLPFYSNVTGFHTINHTFGNPVIPFKDGIYFAATEKSNVVRGWVFGSTMN NKSQSVIIINNSTNVVIRACNFELCDNPFFA VSKPMGTQTHTMIFDNAFNCTFEYISDA FSLDVSEKSGNFKHLREFVFKNKDGFL YVYKGYQPIDVVRDLPSGFNTLKPIFKLPLG INITNFRAILTAFSPAQDIWGTSAAAYFVGYLKPTTFMLKYDENGTITDA VDCSQNPLA ELKCSVKSFEIDKGIYQTSNFRVVPSGDVVRFPNITNLCPFGEVFNATKFPSVY AWERK KISNCVADYSVL YNSTFFSTFKCYGVSATKLNDLCFSNVYADSFVVKGDDVRQIAPG QTGVIADYNYKLPDDFMGCVLAWNTRNIDA TSTGNYNYKYRYLRHGKLRPFERDIS NVPFSPDGKPCTPPALNCYWPLNDYGFYTTTGIGYQPYRVVVLSFELLNAPATVCGP KLSTDLIKNQCVNFNFNGLTGTGVLTPSSKRFQPFQQFGRDVSDFTDSVRDPKTSEIL DISPCSFGGVSVITPGTNASSEV A VL YQDVNCTDVSTAIHADQLTPAWRIYSTGNNVFQ TQAGCLIGAEHVDTSYECDIPIGAGICASYHTVSLLRSTSQKSIV AYTMSLGADSSIAY SNNTIAIPTNFSISITTEVMPVSMAKTSVDCNMYICGDSTECANLLLQYGSFCTQLNR ALSGIAAEQDRNTREVFAQVKQMYKTPTLKYFGGFNFSQILPDPLKPTKRSFIEDLLF NKVTLADAGFMKQYGECLGDINARDLICAQKFNGLTVLPPLLTDDMIAAYTAALVSG 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ccagctttgt tcccttaThe spike protein of SARS-Corona Virus在SWISS-PROT蛋白质序列：The spike protein of SARS-Corona Virus在PDB蛋白质结构序列：（3）文献信息的查找与管理有效地使用NCBI PubMed提供的各种主要功能，查询并下载相关课题或研究方向的论文文摘与文献全文。
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实验一文献检索和浏览各大生物分子数据库一、实验目的1、学习文献检索方法2、了解生物信息学常用数据库的结构二、实验内容本实验通过登陆GenBank、EMBL、DDBJ三个国际上权威的核酸序列数据库、GDB基因组数据库、人类基因组数据库Ensembl、表达序列标记数据库dbEST、序列标记位点数据库dbSTS，以及PIR、SWISS-PROT、TrEMBL蛋白质序列数据库、蛋白质数据仓库UniProt、生物大分子数据库 PDB等，了解各数据库的结构，。
三、实验仪器、设备及材料计算机（联网）四、实验原理建立生物分子数据库的动因是由于生物分子数据的高速增长，而另一方面也是为了满足分子生物学及相关领域研究人员迅速获得最新实验数据的要求。
生物分子信息分析已经成为分子生物学研究必备的一种方法。
数据库及其相关的分析软件是生物信息学研究和应用的重要基础，也是分子生物学研究必备的工具。
国际上权威的核酸序列数据库有三个，分别是美国生物技术信息中心（NCBI）的GenBank （/web/Genbank/index/html）、欧洲分子生物学实验室的EMBL-Bank（简称EMBL，/embl/index/html）及日本遗传研究所的DDBJ （http://www.ddbj.nig.ac.jp/）。
三个数据库中的数据基本一致，仅在数据格式上有所差别，对于特定的查询，三个数据库的响应结果一样GDB（/）是一个出现较早的基因组数据库。
目前GDB包含对下述三种对象的描述：（1）人类基因组区域，包括基因、克隆、PCR标记物、断点、细胞遗传学标记、易碎位点、 EST、综合区域、contigs、重复等；（2）人类基因组图谱，包含细胞遗传学图谱、连接图谱、辐射混合图谱、contig 图谱、集成图谱，所有这些图谱都可以被直观地显示出来；（3）人类基因组中的变化，包括基因突变和基因多态性，加上等位基因频率数据。
Ensembl (/）是一个综合性基因组数据库，Ensembl包括所有公开的人类基因组DNA序列，通过注释形成的关于序列的特征。
现在包括其他基因组，如大鼠、小鼠、线虫、果蝇等。
Ensembl提供多种查询方式：（1）通过关键字查询；（2）用BLAST 进行相似序列的搜索；（3）另一种更直观的方式是显示各染色体；用户可以在染色体水平上选择感兴趣的位点，逐层放大浏览整个基因组。
dbEST (/dbEST/）是GenBank的一个部分，该数据库包括不同生物的EST序列数据及其它相关信息，主要从大量不同组织和器官得到的短mRNA片段。
dbSTS（/dbSTS/）是NCBI的一个数据源，是GenBank 的一个部分。
包含基因组短标记序列（STS）的组成和定位信息。
可通过BLAST搜索STS序列；或通过FTP下载序列。
PIR（/）是一个全面的、经过注释的、非冗余的蛋白质序列数据库。
其中所有序列数据都经过整理，超过99%的序列已按蛋白质家族分类，一半以上还按蛋白质超家族进行分类。
PIR还提供一个蛋白质序列数据库、相关数据库和辅助工具的集成系统，用户可以迅速查找、比较蛋白质序列，得到与蛋白质相关的众多信息。
PIR提供三种类型的检索服务:一是基于文本的交互式查询，用户通过关键字进行数据查询。
二是标准的序列相似性搜索，包括BLAST、FastA等。
三是结合序列相似性、注释信息和蛋白质家族信息的高级搜索，包括按注释分类的相似性搜索、结构域搜索等。
SWISS-PROT (http://www.expasy.ch/sprot/sprot-top.html）是目前国际上比较权威的蛋白质序列数据库,其中的蛋白质序列是经过注释的；与其他蛋白质序列数据库比较，SWISS-PROT有三个明显的特点：（1）注释，在SWISS-PROT中，数据分为核心数据和注释两大类。
核心数据包括：序列数据、参考文献、分类信息（蛋白质生物来源的描述）；注释包括：（A)蛋白质的功能描述；(B)翻译后修饰；(C)域和功能位点，如钙结合区域、ATP结合位点等；(D)蛋白质的二级结构；(E)蛋白质的四级结构，如同构二聚体、异构三聚体等；(F)与其它蛋白质的相似性；(G)由于缺乏该蛋白质而引起的疾病；(H)序列的矛盾、变化等。
（2）最小冗余：尽量将相关的数据归并，降低数据库的冗余程度。
如果不同来源的原始数据有矛盾，则在相应序列特征表中加以注释。
（3）与其它数据库的连接：对于每一个登录项，有许多指向其它数据库相关数据的指针，这便于用户迅速得到相关的信息。
TrEMBL (/trembl/index.html) 是与SWISS-PROT相关的一个数据库。
包含从EMBL核酸数据库中根据编码序列(CDS)翻译而得到的蛋白质序列，并且这些序列尚未集成到SWISS-PROT数据库中。
蛋白质数据仓库UniProt包括：Swiss-Prot、TrEMBL、PIR ；用户可以通过文本查询数据库，可以利用BLAST程序搜索数据库，也可以直接通过FTP下载数据。
UniProt包含3个部分：（1）UniProt Knowledgebase（UniProt）蛋白质序列、功能、分类、交叉引用等信息存取中心（2）UniProt Non-redundant Reference（UniRef）数据库将密切相关的蛋白质序列组合到一条记录中以便提高搜索速度；（3）UniProt Archive（UniParc）资源库，记录所有蛋白质序列的历史。
PDB（/pdb/）是国际上最著名的生物大分子结构数据库，PDB中含有通过实验（X射线晶体衍射，核磁共振NMR）测定的生物大分子的三维结构。
PDB的每条记录有两种序列信息，一种是显式序列信息（explicit sequence）：在PDB文件中，以关键字SEQRES作为显式序列标记，以该关键字打头的每一行都是关于序列的信息。
一种是隐式序列信息(implicit sequence) ：PDB的隐式序列即为立体化学数据，包括每个原子的名称和原子的三维坐标。
五、实验步骤（一）使用中文期刊网和Entrez信息查询系统检索与禽流感相关的文献，并阅读感兴趣文献的摘要或全文。
1、使用中文期刊网检索与禽流感相关的文献（1）输入，进入我校的图书馆，点击“中文数据库”按钮，进入了中文数据库界面，再点击“中文期刊网”按钮，进入中国知识资源总库——CNKI 系列数据库界面，点击“中国期刊全文数据库”按钮，进入中国期刊全文数据库界面；（2）在中国期刊全文数据库界面的检索项中可选择检索种类（主题或关键词或作者等），再填写相关的检索词，最后点击“检索”按钮，进行检索文献。
以禽流感为例，选择检索种类为主题，检索词项填写“禽流感”，点击“检索”按钮，显示共有记录，按年排列。
（3）另外，对检索结果可以进行相应的限制，如时间从哪年到哪年。
若刚才检索的禽流感相关的结果，只需要2007年，可输入2007到2007，按“检索”按钮，；当然，还可以有多个关键词，且还可以选择“在结果中检索”按钮。
2、使用Entrez信息查询系统检索与禽流感相关的文献（1）调用Internet浏览器并在其地址栏输入Entrez网址(/Entrez)进入NCBI主页，进入Entrez Home页面，在search across database栏内输入关键词Avian Influenza/Bird Flu点击go查询。
显示记录，可依次点击开，并阅读感兴趣文献的摘要或全文。
当然，还可以直接进入NCBI主页（/），在search栏中选择PubMed，在for栏中填写关键词Avian Influenza/Bird Flu，最后点击go。
（2）练习使用AND OR BUT逻辑词来限定关键词，如Bird Flu AND human cases 等查询人感染禽流感的相关记录，比较查询结果。
（3）学习使用limits等限制字段查询方式，检索与禽流感相关的文献，并统计检索结果。
比较不同检索方式的查询效率。
A、直接进入NCBI主页（/），选择Pubmed文献数据库，点击search栏下方的limits，进入与Pubmed有关的限制字段设置，如选择Title等不同字段，及限制期刊类型，作者，日期等进行查询。
B、Preview（搜索结果预览）/Index（索引词表检索）的应用。
所谓的索引词表检索是当你选定查询字段并键入检索词如Bird Flu时，点击Index ，这时返回一个在该字段中的以“Bird Flu”开始的索引词表窗口，后面括弧中的数字代表包含该索引词的记录条数；选择一个或几个关键词，点击Preview可进行结果的预览，点击Go可获得查询结果。
C、点击History，可以看到该次练习结果页面的历史记录。
包括所采用的主题词、查询字段范围、花费时间、及相应结果等。
（二）浏览各大数据库网站进入核酸序列数据库GenBank（/web/Genbank/index/html）（包括其上的一些子数据库如dbEST、dbSTS）、EMBL-Bank（简称EMBL，/embl/index/html）及DDBJ（http://www.dd bj.nig.ac.jp/）；进入基因组数据库GDB（/）和Ensembl (/）；进入蛋白质序列数据库PIR（/）、SWISS-PROT (http://www.expasy.ch/sprot/sprot-top.html、TrEMBL (/trembl/index.html)；进入生物大分子数据库PDB （/pdb/）。
点击其上的一些按钮，了解这些数据库的结构。
（1）使用Entrez信息查询系统检索与禽流感相关的核酸序列，链接提取其中一条感兴趣的序列内容，阅读序列格式的解释，理解其含义。
进入NCBI主页，进入Entrez Home页面，在Search后的输入栏中输入关键词H5N1，点击go查询，再选择Nucleotide数据库，共有9632条记录。
阅读查询结果，选择一条感兴趣的核酸序列，点击该序列与数据库的超链接，阅读序列格式的解释，理解其含义。
（2）GenBank数据库序列格式的FASTA序列格式显示与保存；以上一步骤所获得的感兴趣核酸序列结果页面为例，在显示模式“Display”的下拉菜单中选择一个需要的序列格式如FASTA序列格式，然后点击Display按钮，结果就出现该序列的FASTA格式。
如果需要保存该条序列信息，可以直接通过点击浏览器IE的“文件”菜单中的另存为命令将序列保存到本地计算机；也可以利用Entrez系统自身的保存功能，即点击Send to，选择File,就会出现保存文件相应的窗口，然后按指示操作即可。
（3）使用SRS信息查询系统检索在Entrez中查询的同一条核酸序列，连接提取该序列内容，阅读序列格式的解释，理解其含义；比较NCBI与EMBL中序列格式的异同。