oncomine数据库应用实例 ppt课件

1.申请账号
• 需要非盈利机构邮箱：大学或研究机构 • 免费使用可满足一般需要，若想导出数据需要付费
2.键入用户名与密码
用户界面
3.限定条件
• 从primary filter-analysis type—cancer vs normal、cancer vs cancer、normal vs normal三者中选一，在cancer type中选择 你所研究的肿瘤类型（图一）
• 若要比较多个结果，请展开箭头，并将可信的结果打钩（图 五）
• Compare后数据库会自动mata分析并列出结果，红色代表高 表达，蓝色则代表低表达。如图六示RPS10 gene rank靠前， 高表达趋势明显
图四
图五
图六
oncomine数据库应用实例
Oncomine数百度文库库应用实例
介绍
• Oncomine是大型肿瘤基因芯片数据库，涵盖65个基因芯片 数据集、4700个芯片及4亿8千万个基因表达数据，可用于分 析基因表达差异、寻找离群值、预测共表达基因等，并可根 据肿瘤分期、分级、组织类型等临床信息进行分类。你还可 限定分泌型、激酶、膜型等参数。更有趣的是，还可依据已 知的基因—药物分析寻找可能的分子标记物与治疗靶点。下 面仅介绍如何分析表达差异，更多内容可参考网站 online help。
• 从sample filter—sample type中选择 clinical specimen，还可进 一步细分为组织标本、血液标本等，在Dataset filter— datatype中选择mRNA（图二）
• 在search中键入你想要搜索的基因（图三）
图一
图二
图三
RPS10
4.比较
• 可从groupe by 中选择你感兴趣的临床信息，如选择cancer vs normal，统计图下方1代表癌组织、2代表正常组织（图四）