网上生物信息学教程

网上生物信息学教程EMBL biocomputing tutorials

/Embnetut/Gcg/index.html Plant genome dababase tutorial

/pgdic

生物信息学机

NCBI

/

International Nucleotide Sequence Database Collaboration. /collab/

EBI

/

USDA

/

Sanger Centre

/

北京大学生物信息学中心

数据库信息发布及其它

GenBank Release Notes

ftp:///genbank/gbrel.txt

dbEST summary report

/dbEST/dbESTsummarv.html EMBL release notes

http://www.bio.unizh.ch/db/docu.html?data=emrel Eukaryotic promoter database release notes

http://www.genome.ad.jp/dbget/dbget2.html

KEGG release notes

http://www.genome.jp/kegg/docs/relnote.html

核苷酸数据库

GenBank

/

dbEST

/dbEST/index.html

dbSTS

/dbSTS/index.html

dbGSS

/dbGSS/index.html

Genome (NCBI)

/entrez/query.fcgi?db=Genome dbSNP

/SNP/

HTGS

/HTGS/

UniGene

/UniGene/

EMBL核苷酸数据库

/embl

Genome (EBI)

/genomes/

向EMBL数据库提交序列

/embl/Submission/webin.html

DDBJ

http://www.ddbj.nig.ac.jp/

启动子数据库Eukaryotic promoter database

http://www.epd.isb-sib.ch/

转录因子数据库FRANSFAC

/pub/databases.html

TFD

基因分类数据库Gene Ontology (GO)

蛋白质数据库SWISS-PROT或TrEMBL

/swissprot/

http://www.expasy.ch/sprot/

PIR

/pir/

PRF

http://www.prf.or.jp/

PDBSTR

http://www.genome.ad.jp/dbget-bin/www_bfind?pdbstr Prosite

http://www.expasy.ch/sprot/prosite.html

结构数据库PDB

/pdb

NDB

/NDB/ndb.html

/

DNA-Binding Protein Database

/NDB/structure-finder/dnabind/index.html NMR Nucleic Acids Database

/NDB/structure-finder/nmr/index.html Protein Plus Database

/NDB/structure-finder/protein/index.html Swiss 3Dimage

http://www.expasy.ch/sw3d/

SCOP

/scop/

CATH

/bsm/cath/

酶、代谢和调控路径数据库KEGG

http://www.genome.ad.jp/kegg/

Enzyme Nomenclature Database

http://expasy.hcuge.ch/sprot/enzyme.html

Protein Kinase Resource (PKR)

/kinases/

LIGAND

http://www.genome.ad.jp/dbget/ligand.html

WIT

/WIT/

EcoCyc

/ecocyc/

UM-BBD

/umbbd/

多种代谢路径数据库

/stc-95/ResTools/biotools/biotools8.html

基因调控路径数据库(TRANSPATH)

http://transfac.gbf.de

基因组数据库禾本科比较基因组

GrainGene

Botanical Databases

/botanicaldatabase.htm

Botanical Data

/calflora/batanical.html

日本水稻基因组(RGP)

http://rgp.dna.affrc.go.jp

水稻物理图谱

/projects/rice/fpc

华大水稻基因组框架图

欧洲水稻测序（第12染色体）

s.fr

Maize genome

Barley genome

/Research/barley/nabgmp.htm Forage grasses genomes

/

/Topics/Species/Grasses/ Triticum genomes

/index.shtml

Arabidopsis genome

SoyBase

http://129.186.26.94

Alfalfa genome

Cotton genome

Glycine max genome

/PlantGDB/glycine_max.html /PlantGDBC. elegans genome

藻类（Chlamydomonas）基因组

/chlamy_genome

粘菌（Dictyostelium）基因组

Animal genomes (ArkDB)