药物靶标发现与筛选 (2)讲解
合集下载
相关主题
- 1、下载文档前请自行甄别文档内容的完整性，平台不提供额外的编辑、内容补充、找答案等附加服务。
- 2、"仅部分预览"的文档,不可在线预览部分如存在完整性等问题,可反馈申请退款(可完整预览的文档不适用该条件!)。
- 3、如文档侵犯您的权益，请联系客服反馈,我们会尽快为您处理(人工客服工作时间：9:00-18:30)。
PNAS 2007; 104（2): 4852-4857
E2-induced gene expression and the biological relevance of direct ER target genes
PNAS 2007; 104（2): 4852-4857
一、基因靶标
3、基因敲除（knock-out) 技术
一、基因靶标
2、基因芯片技术
（1）普通基因芯片
（2）ChIP-DSL （coupling ChIP with a DNA selection and ligation strategy ），染色质免 疫沉淀/DNA选择连接技术
基因芯片（Gene Chip）通常指DNA芯片，其基本 原理是将指大量寡核苷酸分子固定于支持物上，然后 与标记的样品进行杂交，通过检测杂交信号的强弱进 而判断样品中靶分子的数量。基因芯片的概念现已泛 化到生物芯片（biochip）、微阵列（Microarray）、 DNA芯片（DNA chip），甚至蛋白芯片。
用INH处理INH 耐药的结核菌株 用乙硫异烟胺处理INH 耐药的结核菌株
Temporal profile of INH-induced expression of selected genes.
PNAS 1999; 96(22): 12833-12838.
Roles of INH-induced genes in the context of a proposed pathway for mycolic acid (结核环脂酸) biosynthesis.
Phosphorylation of signaling proteins in cells treated with SB 247464 or G-CSF.
Science. 1998; 281(5374):257-259
The murine G-CSF receptor confers responsiveness to SB 247464.
药物靶标发现与筛选
基因靶标 核糖核酸靶标
蛋白靶标
一、基因靶标
1、在基因数据库中搜寻药物靶标 （1）表达序列标志(expressed sequence tag, EST)数据库 （2）归纳逻辑设计程序
EST是从一个随机选择的cDNA 克隆进行5’端和3’端单 一次测序获得的短的cDNA 部分序列,代表一个完整基 因的一小部分,在数据库中其长度一般从20 到7000bp 不等,平均长度为360 ±120bp 。EST 来源于一定环境 下一个组织总mRNA 所构建的cDNA 文库,因此EST也 能说明该组织中各基因的表达水平。
PNAS 1999; 96(22): 12833-12838.
The ChIP-DSL scheme
PNAS 2007; 104（2): 4852-4857
E2-induced gene expression and the biological relevance of direct ER target genes
Copyright restrictions may apply.
Cell death activity of differentially expressed genes in PD Upregulated genes
Copyright restrictions may apply.
Downregulated genes
首先从样品组织中提取mRNA ,在逆转录酶的作用下用 oligo ( dT) 作为引物进行RT -PCR 合成cDNA ,再选 择合适的载体构建cDNA 文库,对各菌株加以整理,将每 一个菌株的插入片段根据载体多克隆位点设计引物进行 两端一次性自动化测序,这就是EST 序列的产生过程。
Identification of PD-related genes
Copyright restrictions may apply.
Immunohistochemical staining for TH and alpha-tubulin in the SN of an MPTP mice model
TH
alpha-tubulin
Kim, J.-M. et al. DNA Res 2006 13:275-286; doi:10.1093/dnares/dsl016
INH(异烟阱)-induced mRNA expression profiles monitored by microarray hybridization analysis.
用INH处理INH 敏感 的结核菌株(红:INH处 理的;绿:INH未处理的)
PNAS 1999; 96(22): 12833-12838.
Fra Baidu bibliotek未转染受体
转染CSF受体
Structure of SB 247464
Science. 1998;281(5374):257-259
Activity of G-CSF(粒细胞集落刺激因子) and SB 247464 in NFS60 cell luciferase assays
Science. 1998;281(5374):257-259
Luo et al., Stem Cells 2010
Zhang et al., J Neurosci 2010
一、基因靶标
4、检测报告基因
把靶基因表达的调控序列与编码某种酶活性的基因 相连转导入细胞内,通过简单地检测酶活性的变化, 就可以反映化合物对转录因子和基因表达的作用性 质和程度。这种能间接反映基因转录水平的编码某 种酶活性的基因称为报告基因。
Quantitative real-time RT-PCR of upregulated or downregulated genes randomly selected from the libraries of human normal SN (黑质)and PD's SN
Kim, J.-M. et al. DNA Res 2006 13:275-286
E2-induced gene expression and the biological relevance of direct ER target genes
PNAS 2007; 104（2): 4852-4857
一、基因靶标
3、基因敲除（knock-out) 技术
一、基因靶标
2、基因芯片技术
（1）普通基因芯片
（2）ChIP-DSL （coupling ChIP with a DNA selection and ligation strategy ），染色质免 疫沉淀/DNA选择连接技术
基因芯片（Gene Chip）通常指DNA芯片，其基本 原理是将指大量寡核苷酸分子固定于支持物上，然后 与标记的样品进行杂交，通过检测杂交信号的强弱进 而判断样品中靶分子的数量。基因芯片的概念现已泛 化到生物芯片（biochip）、微阵列（Microarray）、 DNA芯片（DNA chip），甚至蛋白芯片。
用INH处理INH 耐药的结核菌株 用乙硫异烟胺处理INH 耐药的结核菌株
Temporal profile of INH-induced expression of selected genes.
PNAS 1999; 96(22): 12833-12838.
Roles of INH-induced genes in the context of a proposed pathway for mycolic acid (结核环脂酸) biosynthesis.
Phosphorylation of signaling proteins in cells treated with SB 247464 or G-CSF.
Science. 1998; 281(5374):257-259
The murine G-CSF receptor confers responsiveness to SB 247464.
药物靶标发现与筛选
基因靶标 核糖核酸靶标
蛋白靶标
一、基因靶标
1、在基因数据库中搜寻药物靶标 （1）表达序列标志(expressed sequence tag, EST)数据库 （2）归纳逻辑设计程序
EST是从一个随机选择的cDNA 克隆进行5’端和3’端单 一次测序获得的短的cDNA 部分序列,代表一个完整基 因的一小部分,在数据库中其长度一般从20 到7000bp 不等,平均长度为360 ±120bp 。EST 来源于一定环境 下一个组织总mRNA 所构建的cDNA 文库,因此EST也 能说明该组织中各基因的表达水平。
PNAS 1999; 96(22): 12833-12838.
The ChIP-DSL scheme
PNAS 2007; 104（2): 4852-4857
E2-induced gene expression and the biological relevance of direct ER target genes
Copyright restrictions may apply.
Cell death activity of differentially expressed genes in PD Upregulated genes
Copyright restrictions may apply.
Downregulated genes
首先从样品组织中提取mRNA ,在逆转录酶的作用下用 oligo ( dT) 作为引物进行RT -PCR 合成cDNA ,再选 择合适的载体构建cDNA 文库,对各菌株加以整理,将每 一个菌株的插入片段根据载体多克隆位点设计引物进行 两端一次性自动化测序,这就是EST 序列的产生过程。
Identification of PD-related genes
Copyright restrictions may apply.
Immunohistochemical staining for TH and alpha-tubulin in the SN of an MPTP mice model
TH
alpha-tubulin
Kim, J.-M. et al. DNA Res 2006 13:275-286; doi:10.1093/dnares/dsl016
INH(异烟阱)-induced mRNA expression profiles monitored by microarray hybridization analysis.
用INH处理INH 敏感 的结核菌株(红:INH处 理的;绿:INH未处理的)
PNAS 1999; 96(22): 12833-12838.
Fra Baidu bibliotek未转染受体
转染CSF受体
Structure of SB 247464
Science. 1998;281(5374):257-259
Activity of G-CSF(粒细胞集落刺激因子) and SB 247464 in NFS60 cell luciferase assays
Science. 1998;281(5374):257-259
Luo et al., Stem Cells 2010
Zhang et al., J Neurosci 2010
一、基因靶标
4、检测报告基因
把靶基因表达的调控序列与编码某种酶活性的基因 相连转导入细胞内,通过简单地检测酶活性的变化, 就可以反映化合物对转录因子和基因表达的作用性 质和程度。这种能间接反映基因转录水平的编码某 种酶活性的基因称为报告基因。
Quantitative real-time RT-PCR of upregulated or downregulated genes randomly selected from the libraries of human normal SN (黑质)and PD's SN
Kim, J.-M. et al. DNA Res 2006 13:275-286