电泳拖带的原因

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电泳出现片状拖带或涂抹带

电泳出现片状拖带或涂抹带

出现片状拖带或涂抹带PCR扩增有时出现涂抹带或片状带或地毯样带。

其原因往往由于酶量过多或酶的质量差,dNTP浓度过高,Mg2+浓度过高,退火温度过低,循环次数过多引起。

其对策有:减少酶量,或调换另一来源的酶。

②减少dNTP的浓度。

适当降低Mg2+浓度。

增加模板量,减少循环次数。

2)PCR产物是否需要用凝胶纯化?如凝胶分析扩增产物只有一条带,不需要用凝胶纯化。

如可见其他杂带,可能是积累了大量引物的二聚体。

少量的引物二聚体的摩尔数也很高,这会产生高比例的带有引物二聚体的克隆,而非目的插入片段。

为此需在克隆前做凝胶纯化。

3)如果没有回收到目的片段,还需要作什么对照实验?A)涂布未转化的感受态细胞。

如有菌落,表明氨苄失效,或污染上带有氨苄抗型的质粒,或产生氨苄抗型的菌落。

B)转化完整质粒,计算菌落生长数,测定转化效率。

A 重组菌的培养及诱导表达用重组质粒pET-20b-xynB转化宿主菌株 E. coli JM109(DE3)或BL21-CodonPlus(DE3)-RIL,挑取单菌落接入含有Amp或Cam的LB培养液中,37℃培养过夜;取500 μL过夜培养液接入100ml含Amp或Cam的LB培养液中,37℃振荡培养至OD600达0.6~0.8, 吸出1mL未诱导的培养物,剩余培养物中加入IPTG至浓度1 mmol/L,并继续培养,培养结束后,取1mL菌液,以1,2000 rpm离心1min收集菌体,用TE缓冲液(10mmol/LTris,1mmol/LEDTA pH 7.6) 洗涤细胞两次,并用300 μL同样缓冲液重悬细胞,加溶菌酶至2 mg/mL,25℃1h , 1,2000 rpm离心30min,取上清测酶活和蛋白质浓度。

B 粗酶液的制备取1 mL培养液,离心,去上清,加1 mL TE 缓冲液洗细胞,离心,去上清,用400 μL 、50 mmol/L、Tris-Cl (pH 7.5 )重悬,加溶菌酶至终浓度为1 mg/mL,室温反应30 min,离心,取上清测木聚糖酶活性。

电泳拖尾原因

电泳拖尾原因

1、可以考虑是不是样品不纯,目的产物与杂带相差不大,所以要多跑一段时间才有尾巴。

参考marker,marker应该不会有。

如果有的话说明配胶有问题。

2 、琼脂糖检测DNA一般去1~5微升原液,加2微升溴酚蓝便可,注意上样浓度;3、可能是原液浓度太大造成的;4、可能DNA已降解。

5、在提取前对样品进行一定的脱腐处理呀。

很简单。

有一种TENP buffer,文献中查的到的。

6、 DNA降解避免核酸酶污染。

7、 DNA上样量过多??减少凝胶中DNA上样量。

8、所用电泳条件不合适??电泳时电压不应超过20V/cm,温度<30℃,巨大DNA 链,温度应<15℃,核查所用电泳缓冲液是否有足够的缓冲能力。

9、 DNA样含盐过高??电泳前通过乙醇沉淀去除过多的盐。

10、有蛋白污染??电泳前酚抽提去除蛋白。

11、 DNA变性,?电泳前勿加热,用20mM NaCl缓冲液稀释DNA。

12、电泳缓冲液的PH根据片段的大小选择合适的胶浓度和电压,胶要完全凝好再用(微微发白)13、根据目的条带大小,选作不同浓度的胶,这个很重要,浓度通常在0.5~2%之间,低浓度的用来进行大片段核酸的电泳,高浓度的用来进行小片段分析。

一般是1%的。

煮胶时,沸腾3次以上,煮胶一定要均匀,加入尽量少的EB或核酸染料。

14、点样前,先把胶放在槽里,空跑10分钟,预电泳,让电泳液均匀。

15、预电泳后,先冲洗胶孔,点样时样品要被垂直点如,在胶孔中来回移动,使样品均匀进入。

16、电泳的电压根据电泳槽选定,别太大,不然会出现微笑型条带注:凝胶回收DNA实验的关键在哪里?参考见解:最关键的是切胶之后,溶胶的那一步.切胶的时候要尽量把多余的琼脂糖凝胶切干净,按照实验步骤,第一步应该是将胶充分的溶化.这以后步一定要做充分,保证凝胶已经完全溶解了.加乙醇这步也很关键,当凝胶溶解后最好多过几次柱子。

还有就是洗脱的那一步。

洗脱的时候最好用加热到60度的洗脱液洗脱,如果实在效果不好可以分两次洗脱。

电泳拖尾原因

电泳拖尾原因

1、可以考虑是不是样品不纯,目的产物与杂带相差不大,所以要多跑一段时间才有尾巴。

参考marker,marker应该不会有。

如果有的话说明配胶有问题。

2 、琼脂糖检测DNA一般去1~5微升原液,加2微升溴酚蓝便可,注意上样浓度;3、可能是原液浓度太大造成的;4、可能DNA已降解。

5、在提取前对样品进行一定的脱腐处理呀。

很简单。

有一种TENP buffer,文献中查的到的。

6、 DNA降解避免核酸酶污染。

7、 DNA上样量过多??减少凝胶中DNA上样量。

8、所用电泳条件不合适??电泳时电压不应超过20V/cm,温度<30℃,巨大DNA 链,温度应<15℃,核查所用电泳缓冲液是否有足够的缓冲能力。

9、 DNA样含盐过高??电泳前通过乙醇沉淀去除过多的盐。

10、有蛋白污染??电泳前酚抽提去除蛋白。

11、 DNA变性,?电泳前勿加热,用20mM NaCl缓冲液稀释DNA。

12、电泳缓冲液的PH根据片段的大小选择合适的胶浓度和电压,胶要完全凝好再用(微微发白)13、根据目的条带大小,选作不同浓度的胶,这个很重要,浓度通常在0.5~2%之间,低浓度的用来进行大片段核酸的电泳,高浓度的用来进行小片段分析。

一般是1%的。

煮胶时,沸腾3次以上,煮胶一定要均匀,加入尽量少的EB或核酸染料。

14、点样前,先把胶放在槽里,空跑10分钟,预电泳,让电泳液均匀。

15、预电泳后,先冲洗胶孔,点样时样品要被垂直点如,在胶孔中来回移动,使样品均匀进入。

16、电泳的电压根据电泳槽选定,别太大,不然会出现微笑型条带注:凝胶回收DNA实验的关键在哪里?参考见解:最关键的是切胶之后,溶胶的那一步.切胶的时候要尽量把多余的琼脂糖凝胶切干净,按照实验步骤,第一步应该是将胶充分的溶化.这以后步一定要做充分,保证凝胶已经完全溶解了.加乙醇这步也很关键,当凝胶溶解后最好多过几次柱子。

还有就是洗脱的那一步。

洗脱的时候最好用加热到60度的洗脱液洗脱,如果实在效果不好可以分两次洗脱。

电泳拖带的原因

电泳拖带的原因

电泳拖带的原因电泳出现拖尾现象电泳出现拖尾现象,英文成为smear,就是弥散。

琼脂糖凝胶电泳拖尾是怎么回事?1:样品浓度过高。

这种情况稀释一下就行了。

提质粒的时候常出现这种情况。

2:蛋白杂质阻碍DNA的泳动。

提基因组DNA时常出现这种情况。

以上两种情况,拖尾都是在电泳条带的后面。

3:样品破碎或是被降解4:存在RNA这两种情况,拖尾都是在电泳条带的前面。

PCR产物电泳拖尾,主要从以下两个方面考虑:1、PCR产物自身原因:往往由于酶量过多或酶的质量差,dNTP浓度过高,Mg2+浓度过高,退火温度过低,循环次数过多,而造成PCR的非特异性产物过多。

对策:①减少Taq酶的量,或调换另一来源的酶。

②减少dNTP 的浓度。

③适当降低Mg2+浓度。

④增加模板量,减少引物的用量,减少循环次数,提高退火温度。

2、电泳体系的问题:(1)电泳缓冲液TAE或者TBE的污染,建议更换缓冲液。

(2)上样时样品漂了,建议增加上样缓冲液的用量,以及小心加样。

(3)电压太高。

(4)适当把你的胶的浓度加大。

(根据你的片断大小而定)(5)观察你的marker是否也存在拖尾现象,作为对照。

PCR拖尾及假阳性的原因及对策拖尾现象:产物在凝胶上呈Smear状态。

原因:1.模板不纯2.Buffer不合适3.退火温度偏低4.酶量过多5.dNTP、Mg2+浓度偏高6.循环次数过多对策:1.纯化模板2.更换Buffer3.适当提高退火温度4.适量用酶5.适当降低dNTP和镁离子的浓度6.减少循环次数假阳性现象:空白对照出现目的扩增产物原因:靶序列或扩增产物的交*污染对策:1.操作时应小心轻柔,防止将靶序列吸入加样枪内或溅出离心管外;2.除酶及不能耐高温的物质外,所有试剂或器材均应高压消毒。

所用离心管及加样枪头等均应一次性使用。

3.各种试剂最好先进行分装,然后低温贮存。

电泳常见问题

电泳常见问题

Marker参考见解:marker有时会出现这样的问题,应该是时间久了。

新买时跑胶在点样孔没有,过一段时间就会在点样孔出现亮点。

也可能是蛋白,有时DNA提的不纯含有蛋白时就会出现上样孔有条带的现象琼脂糖凝胶电泳检测DNA时,跑出的带后面出现拖尾现象,什么原因造成的?参考见解:DNA带模糊??:1、DNA降解??避免核酸酶污染。

2、DNA上样量过多??减少凝胶中DNA上样量。

3、所用电泳条件不合适??电泳时电压不应超过20V/cm,温度<30℃,巨大DNA链,温度应<15℃,核查所用电泳缓冲液是否有足够的缓冲能力。

4、DNA样含盐过高??电泳前通过乙醇沉淀去除过多的盐。

5、有蛋白污染??电泳前酚抽提去除蛋白。

6、DNA变性,?电泳前勿加热,用20mM NaCl缓冲液稀释DNA。

将从组织提取的DNA进琼行脂糖凝胶电泳,用的1.5%的胶加了EB,80V跑1小时,溴酚蓝已经跑到头了,在紫外灯观察什么带也没有,只见孔里面有橘红色的亮光。

好象没跑出来,是怎么回事?参考见解:1、根据目的条带长度来调整凝胶浓度,一般1.5%左右,也不一定。

2、紫外灯下没见带,不一定没有出孔,而是量少看不到,可以测一下浓度看一下,或直接试跑一下PCR。

3、最好加一个marker孔,尤其你第一次跑胶时。

4、电泳时间可能过长,一般75v×30min左右,但是具体看溴酚蓝的离孔距离和目的条带离孔距离。

怎样根据目测条带亮度来判断DNA浓度?参考见解:1、跑胶时候marker 可以加成定量marker,如1kb、100bp等marker,按说明书的量上样电泳,如加500ng量的DNA marker,电泳完毕后,就可将目的DNA条带和MARKER 条带的亮度做个大致的比较,找出两者最接近亮度的条带。

因为marker的各条带都已知所含的DNA浓度(说明书中详细注明),因此根据条带的亮度、大小大致就可推测目的DNA的浓度。

2、在通过目测DNA浓度的时候,最好要把加样量设一个梯度,比如从0。

DNA电泳带型原因分析及解决办法

DNA电泳带型原因分析及解决办法

分子大小相近的 DNA 增加电泳时间, 核准正确的凝胶 带不易分辨 浓度 电泳前请勿高温加热 DNA 链, 以 DNA 变性 20 mM NaCl Buffer 稀释 DNA 巨大 DNA 链, 凝胶电泳 在脉冲凝胶电泳上分析 不合适 DNA 带模糊 DNA 降解 避免核酸酶污染 DNA 上样量过多 减少凝胶中 DNA 上样量 电泳时电压不应超过 20 V/cm, 温度<30℃,巨大 DNA 链,温度 所用电泳条件不合适 应<15℃, 核查所用电泳缓冲液 是否有足够的缓冲能力 DNA 样含盐过高 电泳前通过乙醇沉淀去除过多
DNA 电泳带型原因分析及解决办法
DNA 电泳需要进行带型分析,在实验过程中常会发现所得的带型出现在这样那样的问 题。在此,对 DNA 带型做了相应的分析。带型原因分析解决办法弱带或无带上样的 DNA 量不够增加 DNA 的上样量,聚丙烯酰胺凝胶电泳比琼脂糖电泳灵敏度稍高 DNA 降解避免 DNA。
有蛋白污染 DNA 变性 不规则 DNA 带迁移 电泳条件不合适 DNA 变性
的盐 电泳前酚抽提去除蛋白 电泳前勿加热,用 20 mM NaCl 缓冲液稀释 DNA 对于 λ/Hind III 片段 COS 位点 电泳前加热 DNA 65℃加热 5-10 复性 分钟,然后在冰上冷却 5 分钟 电泳电压不超过 20 V/cm,温度 <30℃, 电泳缓冲液有足够的缓 冲能力 以 20 mM NaCl Buffer 稀释 DNA, 电泳
带型 弱带或无带
原酰 胺凝胶电泳比琼脂糖电泳灵敏 度稍高
DNA 降解 避免 DNA 的核酸酶污染 电泳时间过长,DNA 跑 减短电泳时间,降低电压,增强 出 凝胶浓度 EB 染色的 DNA, 紫外光 应用短波长(254 nm),增强紫 源不合适 外灯灵敏度 DNA 带缺失 小 DNA 带走出凝胶 减短电泳时间,降低电压,增 强凝胶浓度

容易被误读的凝胶电泳图分析 条带拖尾不一定都是DNA降解

容易被误读的凝胶电泳图分析 条带拖尾不一定都是DNA降解

容易被误读的凝胶电泳图分析条带拖尾不一定是DNA降解经常会遇到一些电泳新手的对DNA有降解问题困扰,究其原因是看电泳没经验,误读导致的误解。

所以很有必要就一种很容易被误读的电泳图进行深入分析。

以某一用户反馈的实验电泳图为例,用户提取的是新鲜分离的小鼠肝脏组织DNA实验。

图一:1-4孔为Q-PCR产物电泳图5为DNA Marker电泳图6、7为DNA电泳图大家第一眼看上去觉得最后一孔出现拖尾带是个什么情况?拖尾严重且DNA主带较暗,是DNA降解了吗?错。

主带(长片段)是基因组DNA,拖尾带是残留的降解RNA条带。

--凭什么这么说?用户提取的是新鲜分离的小鼠肝脏组织DNA,并且没有加RNA酶消化。

同样条件提取的DNA(第六孔)残留的拖尾带是不连续的,集中在某一区域(可以解读为残留的降解RNA较少,如果降解DNA的典型带型参考图四)。

所以我们立刻坚决地否定了用户有关DNA有降解的投诉,并预言:如果在提取DNA时加入RNase A就不会出现这种现象。

延长电泳时间,RNA拖尾会消失,DNA主带会变亮。

将电泳凝胶放置一段时间(如过夜),拖尾带会变暗甚至消失,而DNA主带会变亮(可能变模糊但不会消失)。

用户带着满满的疑惑尝试了延长电泳,结果对比如图二:图二:左边是电泳时间较长的电泳图,右边是电泳时间较短的电泳图有人也许会有疑问,如果不是DNA降解的话,那么DNA主带为什么会这么暗呢?其实这并非DNA量少产生的,而是由于残留的RNA过多以致电泳过程中将大部分EB带走,使得DNA主带没有足够的EB对其进行染色。

但是如果继续电泳一段时间,或者干脆电泳至RNA跑到电泳缓冲液中后,DNA也就会染上足够的EB了,这时就能看到正常亮度的DNA主带了。

我们来看看真正有降解的DNA条带是怎样的吧:图三:第一孔为DNA Marker电泳图后面几孔均为DNA 电泳图(从长期冻存的血液中提取的DNA)是不是觉得第二孔和图一的第七孔很像呢?如果说这是DNA降解的拖尾而不是RNA 降解的拖尾,是不是有点懵了。

SDS-PAGE(聚丙烯凝胶电泳)常见问题及解决方案

SDS-PAGE(聚丙烯凝胶电泳)常见问题及解决方案

1.配胶缓冲液系统对电泳的影响?在SDS-PAGE不连续电泳中,制胶缓冲液使用的是Tris-HCL缓冲系统,浓缩胶是pH6.7,分离胶pH8.9;而电泳缓冲液使用的Tris-甘氨酸缓冲系统。

在浓缩胶中,其pH 环境呈弱酸性,因此甘氨酸解离很少,其在电场的作用下,泳动效率低;而CL离子却很高,两者之间形成导电性较低的区带,蛋白分子就介于二者之间泳动。

由于导电性与电场强度成反比,这一区带便形成了较高的电压剃度,压着蛋白质分子聚集到一起,浓缩为一狭窄的区带。

当样品进入分离胶后,由于胶中pH的增加,呈碱性,甘氨酸大量解离,泳动速率增加,直接紧随氯离子之后,同时由于分离胶孔径的缩小,在电场的作用下,蛋白分子根据其固有的带电性和分子大小进行分离。

所以,pH对整个反应体系的影响是至关重要的,实验中在排除其他因素之后仍不能很好解决问题的情况,应首要考虑该因素。

2.样品如何处理?根据样品分离目的不同,主要有三种处理方法:还原SDS处理、非还原SDS处理、带有烷基化作用的还原SDS处理。

1)还原SDS处理:在上样buffer中加入SDS和DTT(或Beta巯基乙醇)后,蛋白质构象被解离,电荷被中和,形成SDS与蛋白相结合的分子,在电泳中,只根据分子量来分离。

一般电泳均按这种方式处理,样品稀释适当浓度,加入上样Buffer,离心,沸水煮5min,再离心加样。

2)带有烷基化作用的还原SDS处理:碘乙酸胺的烷基化作用可以很好的并经久牢固的保护SH基团,得到较窄的谱带;另碘乙酸胺可捕集过量的DTT,而防止银染时的纹理现象。

100ul样品缓冲液中10ul20%的碘乙酸胺,并在室温保温30min。

3)非还原SDS处理:生理体液、血清、尿素等样品,一般只用1%SDS沸水中煮3min,未加还原剂,因而蛋白折叠未被破坏,不可作为测定分子量来使用。

3.SDS-PAGE电泳凝胶中各主要成分的作用?聚丙烯酰胺的作用:丙烯酰胺与为蛋白质电泳提供载体,其凝固的好坏直接关系到电泳成功与否,与促凝剂及环境密切相关;制胶缓冲液:浓缩胶选择pH6.7,分离胶选择pH8.9,选择tris-HCL系统,TEMED 与AP:AP提供自由基,TEMED是催化剂,催化自由基引起的聚合反应进行;十二烷基硫酸钠(SDS):阳离子去污剂,作用有四:去蛋白质电荷、解离蛋白质之间的氢键、取消蛋白分子内的疏水作用、去多肽折叠。

条带问题

条带问题

SDS电泳带弥散和拖尾的原因和改进措施(2013-10-7)
1.原因一:上样量过多,应该减少上样量。

对策:加样体积根据样品浓度和凝胶厚度灵活掌握。

一般上样体积为10-15µL(即2-10µg蛋白质)。

如果样品很稀上样量可以达到100µL。

2.原因二:样品溶解不完全。

对策:
(1)样品应该充分溶解:保持各种蛋白质样品和Marker在上样前能够充分溶解,上样前最好离心一下,实在溶解不掉的颗粒就去掉。

(2)可以根据分子量标准的蛋白质试剂盒的要求加入样品溶解液;如果是自行配置标准和未知样品,按照0.5-1.0mg/L样品溶解液。

溶解后,将其转移至Eppendorf管,盖上盖子(可以在盖子处加上卡子)后在110度沸水中水浴加热3分钟(可以在薄泡沫塑料板上钻出几个与Eppendorf管直径形同的圆洞,Eppendorf管放下去直到盖子边缘约束不能再往下为止,把薄泡沫塑料板的暴露出Eppendorf管的管体大部分的那一面放入沸水浴锅中,薄泡沫塑料板自然飘在沸水表面,便于取用和加热,也可避免沸水溅起。

可以一批对于多个Eppendorf 管进行不同时间的沸水浴。

不要把Eppendorf管扔进沸水浴锅中,盖子可能会被冲开),而后在室温下冷却待用。

如果较长时间不用,则将样品放入零下20度冰箱中储存,需用时在取出后使用前在110度沸水中加热3分钟室温冷却后再上样,以去掉样品蛋白质中的亚稳态聚合体。

(3)改变样品缓冲溶液使得样品能够充分溶解,SDS 用量要充分。

楼主的图看不见,更具楼主的情况加上一条:
3.原因三.原核细胞的表达产物发生了降解或者提前终止了翻译。

电泳的影响因素.pptx

电泳的影响因素.pptx
电渗方向与电泳方向相同,粒子移动速度是二者速度之 和,反之是二者之差。
电泳的影响因素
(六)吸附作用 吸附作用:介质对样品的滞留作用。 吸附作用导致样品的拖尾现象,从而降低分辨率。
纸的吸附作用最大,醋酸纤维素膜的吸附作用较小或无。
电泳的影响因素
(七)其他 焦耳热、溶液黏度、湿度、电压稳定度和支持物筛
电泳的影响因素
(二)溶液的pH值 作用:决定粒子荷电性质。 荷电量多少。
电泳的影响因素
(二)溶液的pH值 等电点:当溶液的酸碱度处于某一特定pH值时,它将带
有相同数量的正、负电荷,致使蛋白质分子在电场中不会移 动,故此特定的pH值被称为该蛋白质的等电点。
蛋白质、氨基酸等是两性电解质,溶液的pH值离等电点 越远,颗粒所带的电荷越多,电泳速度越快。
离子强度越高,颗粒泳动速度越慢。 离子强度越低,颗粒泳动速度越快。 离子强度太低,扩散现象严重,使分辨力明显降低,从 而影响泳动的速率。 离子强度太高,会降低颗粒的泳动速度。
电泳的影响因素
(四)粒子的迁移率 定义:带电颗粒在单位电场作用下的泳动速度。
迁移率的大小是由离子半径、溶剂化作用、介电常数、溶 剂粘度、离子形状和净电荷、溶液pH、解离度和温度等多 因素决定的。
电泳的影响因素
(四)粒子的迁移率 颗粒带净电荷量越大或其直径越小,其形状越接近球形, 在
电场中的泳动速度就越快。 颗粒带净电荷量越小或其直径越大,在电场中的泳动速度就
越慢。
电泳的影响因素
(五)电渗作用 电渗:在电场中溶液对于固体支持物的相对移动现象。
产生的原因:固相支持物表面带有正电荷,吸附缓冲液 中的负离子,形成贴壁负电层,在电场作用下向正极定向 移动,反之向负极移动。

核酸电泳条带扩散

核酸电泳条带扩散

核酸电泳条带扩散
核酸电泳条带扩散可能由多种原因引起,以下是一些可能的原因和解决办法:
1. 琼脂糖溶解不充分或凝胶时间过短导致胶未完全凝固。

这种情况下,核酸电泳速度不均匀,可能出现抹带现象。

解决办法是确保琼脂糖充分溶解,并适当延长凝胶时间。

2. 胶孔大小不均匀。

如果胶孔大小不一致,可能导致样品在电泳过程中扩散不均匀。

解决办法是使用合适的梳子制作胶孔,并确保梳子干净、无杂质。

3. 电泳缓冲液浓度不正确或过期。

电泳缓冲液的浓度对电泳效果有很大影响,如果浓度不正确或过期,可能导致条带扩散。

解决办法是检查电泳缓冲液的浓度和有效期,确保使用正确的缓冲液。

4. 电压过高或电泳时间过长。

电压过高或电泳时间过长可能导致条带扩散。

解决办法是适当降低电压或缩短电泳时间,根据具体的实验条件和样品类型进行优化。

5. 样品浓度过高或体积过大。

如果样品浓度过高或体积过大,可能导致条带扩散。

解决办法是适当稀释样品或减小样品体积,以减少条带扩散的可能性。

总之,要解决核酸电泳条带扩散的问题,需要根据具体
情况分析原因,并采取相应的解决办法。

同时,注意实验操作的细节和规范,确保实验结果的准确性和可靠性。

SDS-PAGE电泳过程中常见问题以及解决方法

SDS-PAGE电泳过程中常见问题以及解决方法

SDS-PAGE电泳过程中常见问题以及解决方法SDS-PAGE电泳过程中常见问题以及解决方法几乎所有蛋白质电泳分析都在聚丙烯酰胺凝胶上进行,而所有条件总要确保蛋白质解离单个多肽亚基并进可能减少其相互间的聚集,最常用的就是SDS-PAGE电泳技术。

1. SDS-PAGE电泳的基本原理SDS-聚丙烯酰胺凝胶电泳,是在聚丙烯酰胺凝胶系统中引进SDS (十二烷基硫酸钠),SDS会与变性的多肽,并使蛋白带负电荷,由于多肽结合SDS的量几乎总是与多肽的分子量成正比而与其序列无关,因此SDS多肽复合物在丙稀酰胺凝胶电泳中的迁移率只与多肽的大小有关,在达到饱和的状态下,每克多肽可与1.4g去污剂结合。

当分子量在15KD到200KD之间时,蛋白质的迁移率和分子量的对数呈线性关系,符合下式:logMW=K-bX,式中:MW为分子量,X为迁移率,k、b均为常数,若将已知分子量的标准蛋白质的迁移率对分子量对数作图,可获得一条标准曲线,未知蛋白质在相同条件下进行电泳,根据它的电泳迁移率即可在标准曲线上求得分子量。

2. 配胶缓冲液系统对电泳的影响在SDS-PAGE不连续电泳中,制胶缓冲液使用的是Tris-HCL缓冲系统,浓缩胶是pH6.7,分离胶pH8.9;而电泳缓冲液使用的Tris-甘氨酸缓冲系统。

在浓缩胶中,其pH环境呈弱酸性,因此甘氨酸解离很少,其在电场的作用下,泳动效率低;而CL离子却很高,两者之间形成导电性较低的区带,蛋白分子就介于二者之间泳动。

由于导电性与电场强度成反比,这一区带便形成了较高的电压剃度,压着蛋白质分子聚集到一起,浓缩为一狭窄的区带。

当样品进入分离胶后,由于胶中pH的增加,呈碱性,甘氨酸大量解离,泳动速率增加,直接紧随氯离子之后,同时由于分离胶孔径的缩小,在电场的作用下,蛋白分子根据其固有的带电性和分子大小进行分离。

所以,pH对整个反应体系的影响是至关重要的,实验中在排除其他因素之后仍不能很好解决问题的情况下,应首考虑该因素。

条带不规则

条带不规则

1). 电泳中,只有在恒压的条件下电泳期间蛋白质才可以保持恒定的迁移速率。

2). 电泳时出现不规则的迁移条带的原因多是电流不稳定。

因此,要确保上下电泳槽中的电泳液与凝胶保持良好的接触。

其他可能的原因包括:加样孔中加入的样品太多;样品中盐浓度太高;边缘效应。

在凝胶边缘,迁移条带出现“微笑”状或样品迁移速度减慢,可能是因为凝胶的中间比两侧更热造成的,降低电压有助于改善这种情况。

3). 染色和脱色一般用最短的时间已足够。

如果染色过夜,则需要更长的时间脱色。

如果脱色后发现染色不彻底,还可以重新染色。

4). 非特异性的考马斯亮蓝染色主要是由于未溶解的染料沉积而成,应将染料溶液过滤后使用。

5). 样品缓冲液中煮沸的样品可以在-20℃保存数周,但是反复冻融会导致蛋白质降解。

储存在-20℃的样品上样前,应该先使样品升温至室温,使得SDS沉淀溶解。

6). 样品不能沉到加样孔底部的原因是:sample loading buffer中没有足够量的甘油;或梳子安放不合适,使得加样孔底部留有聚合的丙烯酰胺。

7). 制样过程中,如果样品混合物变为黄色,说明溶液太酸,应加入NaOH调至蓝色,否则样品在电泳时会出现反常迁移。

8). 如果在4℃进行电泳,可以用十二烷基硫酸锂(LiDS)替代SDS,低温下Li DS不会沉淀。

9). 蛋白质条带的清晰与否取决于SDS的级别和品牌。

10). 丙烯酰胺有剧毒,可导致中枢神经麻痹,也可能有致癌或致畸变的作用。

可被正常皮肤吸收。

如果接触了丙烯酰胺粉末或溶液相,应立即用肥皂水冲洗。

未聚合的丙烯酰胺应加入过量催化剂,以固体形式处理。

出现片状拖带或涂抹带

出现片状拖带或涂抹带

出现片状拖带或涂抹带PCR扩增有时出现涂抹带或片状带或地毯样带。

其原因往往由于酶量过多或酶的质量差,dNTP浓度过高,Mg2+浓度过高,退火温度过低,循环次数过多引起。

其对策有:减少酶量,或调换另一来源的酶。

②减少dNTP的浓度。

适当降低Mg2+浓度。

增加模板量,减少循环次数。

PCR产物的电泳检测时间一般为48h以内,有些最好于当日电泳检测,大于48h后带型不规则甚致消失。

假阴性,不出现扩增条带PCR反应的关键环节有①模板核酸的制备,②引物的质量与特异性,③酶的质量及,④PCR循环条件。

寻找原因亦应针对上述环节进行分析研究。

模板:①模板中含有杂蛋白质,②模板中含有Taq酶抑制剂,③模板中蛋白质没有消化除净,特别是染色体中的组蛋白,④在提取制备模板时丢失过多,或吸入酚。

⑤模板核酸变性不彻底。

在酶和引物质量好时,不出现扩增带,极有可能是标本的消化处理,模板核酸提取过程出了毛病,因而要配制有效而稳定的消化处理液,其程序亦应固定不宜随意更改。

酶失活:需更换新酶,或新旧两种酶同时使用,以分析是否因酶的活性丧失或不够而导致假阴性。

需注意的是有时忘加Taq酶或溴乙锭。

引物:引物质量、引物的浓度、两条引物的浓度是否对称,是PCR失败或扩增条带不理想、容易弥散的常见原因。

有些批号的引物合成质量有问题,两条引物一条浓度高,一条浓度低,造成低效率的不对称扩增,对策为:①选定一个好的引物合成单位。

②引物的浓度不仅要看OD值,更要注重引物原液做琼脂糖凝胶电泳,一定要有引物条带出现,而且两引物带的亮度应大体一致,如一条引物有条带,一条引物无条带,此时做PCR有可能失败,应和引物合成单位协商解决。

如一条引物亮度高,一条亮度低,在稀释引物时要平衡其浓度。

③引物应高浓度小量分装保存,防止多次冻融或长期放冰箱冷藏部分,导致引物变质降解失效。

④引物设计不合理,如引物长度不够,引物之间形成二聚体等。

Mg2+浓度:Mg2+离子浓度对PCR扩增效率影响很大,浓度过高可降低PCR扩增的特异性,浓度过低则影响PCR扩增产量甚至使PCR扩增失败而不出扩增条带。

重组质粒跑胶结果分析拖尾

重组质粒跑胶结果分析拖尾

重组质粒跑胶结果分析拖尾
1、提纯的纯度不够,就是杂质太多了。

2、被打开的质粒跑的慢,完整的跑的快,建议上样少点,避免裂的过久。

3、你先看看marker跑得好不好.marker也不好的话:1.跑胶时电压太高2.染料问题3.胶没做好如果marker没有问题的话:
1.loading buffer 可能有细菌污染
2.pcr问题
4、可能是胶没煮好!煮的时候要沸腾三次,摇匀,不然胶的密度不均一。

电压,电压过高也会拖带可以适当提高电泳槽里面的缓冲液浓度。

如果还是不好,可以换一个稍微宽一点的梳子,一般效果会好很多。

6、一般来说,5261marker除了能检测DNA的分子4102质量外,还可以侧面1653反应你的胶是否制的成功,从你的图上看,胶的问题比较大一些,胶的浓度和你溶胶的时间以及最后的溶解情况都有一些关系,跑过pcr后分子大小等出现了变化,也可能是受到了空气的污染等,为了检测你的maker是否有问题,可以在同块胶上点上别的MAKER,或者请别人帮你制胶后再跑一下。

7、镁离子的浓度问题,镁离子浓度不合适本身就很容易拖尾,前8个样在跑PCR的时候都加了镁离子,而总DNA没有,这也是他们的区别,也可以从这点找找原因。

8、样品加得太多了,有三分之一就足够了。

应该有个marker,好看看那条亮带是什么。

如果是你要的产物就好。

琼脂糖凝胶电泳拖尾

琼脂糖凝胶电泳拖尾

琼脂糖凝胶电泳拖尾琼脂糖凝胶电泳拖尾是分子生物学研究中常用的一种技术方法。

这种方法可以用来察看DNA或RNA中不同大小的分子。

它是通过电泳的方式将DNA或RNA分子按照大小分离出来,形成一条又一条不同长度的带状图案。

在这些带状图案中,我们经常会发现一些“拖尾”现象。

本文将介绍琼脂糖凝胶电泳拖尾的原因及其可能的解释。

一、琼脂糖凝胶电泳的基本原理琼脂糖凝胶电泳是一种通过可视化DNA分子大小的方法。

首先,我们将样品加入琼脂糖上,以便分离DNA分子;然后将琼脂糖切成一条细长的条形,放在一个水槽中;再用电流将DNA带到正在形成的凝胶中,从而形成一条稍微扭曲的DNA带。

通过这种方法,我们可以将不同大小的DNA带分离出来,进行定量或可视化。

二、拖尾现象的成因在进行琼脂糖凝胶电泳时,我们可能会看到一些稍微弱一些的、细一些的DNA带留在琼脂糖上。

这种现象就被称作“拖尾”。

其成因有以下几点:1. 带电量不同DNA带的不同长度、序列或含量可能使得它们具有不同的带电量。

这种情况下,或多或少会有一些分子留在琼脂糖上,并表现为拖尾现象。

2. 过度凝胶如果我们在凝胶中添加了过多的琼脂糖,那么凝胶的毛细管就会非常细,DNA分子就会有更多机会留在凝胶中。

在这种情况下,我们可能会看到非常明显的拖尾现象。

3. 过浓的样品DNA带的浓度过高,可能会使得我们看到拖尾。

在琼脂糖凝胶中,DNA浓度越高,越有可能留在凝胶中。

三、拖尾现象的解释拖尾现象包含了一些不同的解释。

例如:1. 样品纯度不高DNA质量差、含有RNA、酶或其他杂质可能导致拖尾现象的出现。

2. 变性试剂的气味如果使用含有气味的变性试剂来处理DNA样品,可能会损害DNA结构,使得它不完全进入琼脂糖凝胶中,从而导致拖尾现象。

3. 过芯珠在加样品的时候,如果我们用过芯珠,就可能损伤DNA分子,造成分子不完整,留在琼脂糖凝胶中。

四、怎样减少或避免拖尾现象为了减少或避免拖尾现象,我们可以:1. 使用更加纯净的试剂在制备DNA样品时,要使用纯净、无污染的试剂,以排除可能的杂质。

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电泳出现拖尾现象
电泳出现拖尾现象,英文成为smear,就是弥散。

琼脂糖凝胶电泳拖尾是怎么回事?
1:样品浓度过高。

这种情况稀释一下就行了。

提质粒的时候常出现这种情况。

2:蛋白杂质阻碍DNA的泳动。

提基因组DNA时常出现这种情况。

以上两种情况,拖尾都是在电泳条带的后面。

3:样品破碎或是被降解4:存在RNA
这两种情况,拖尾都是在电泳条带的前面。

PCR产物电泳拖尾,主要从以下两个方面考虑:
1、PCR产物自身原因:
往往由于酶量过多或酶的质量差,dNTP浓度过高,Mg2+浓度过高,退火温度过低,循环次数过多,而造成PCR的非特异性产物过多。

对策:①减少Taq酶的量,或调换另一来源的酶。

②减少dNTP的浓度。

③适当降低Mg2+浓度。

④增加模板量,减少引物的用量,减少循环次数,提高退火温度。

2、电泳体系的问题:
(1)电泳缓冲液TAE或者TBE的污染,建议更换缓冲液。

(2)上样时样品漂了,建议增加上样缓冲液的用量,以及小心加样。

(3)电压太高。

(4)适当把你的胶的浓度加大。

(根据你的片断大小而定)(5)观察你的marker是否也存在拖尾现象,作为对照。

PCR拖尾及假阳性的原因及对策
拖尾现象:产物在凝胶上呈Smear状态。

原因:
1.模板不纯
2.Buffer不合适
3.退火温度偏低
4.酶量过多
5.dNTP、Mg2+浓度偏高
6.循环次数过多
对策:
1.纯化模板
2.更换Buffer
3.适当提高退火温度
4.适量用酶
5.适当降低dNTP 和镁离子的浓度
6.减少循环次数
假阳性现象:空白对照出现目的扩增产物原因:靶序列或扩增产物的交*污染对策:
1.操作时应小心轻柔,防止将靶序列吸入加样枪内或溅出离心管外;
2.除酶及不能耐高温的物质外,所有试剂或器材均应高压消毒。

所用离心管及加样枪头等均应一次性使用。

3.各种试剂最好先进行分装,然后低温贮存
1921年C.C.Little用Lathrop小鼠作近亲培育时,用No.57雄鼠和No.52雌鼠交配,培育成
C57。

在C57中将毛色呈黑色的进行固定,培育成C57BL。

1937年Little将维持的C57BL第六组亚系定名为C57BL/6,将第十组亚系定名为C57BL/10,继而分别维持至今。

1947年从Little 引入到美国Jackson Lab.,形成C57BL/6J;1951年从Jackson Lab.引到NIH,形成C57BL/6N 亚系。

六十年代到日本实验动物中央研究所,1986年自日本实验动物中央研究所引入到中科院上海实验动物中心。

2001年从美国再次引种.
C57小鼠体重的正常值:雄性:体重(g)日龄<12g <2313~15g 24~2816~18g 29~3519~21g 36~4522~24g 45~63雌性:体重(g)日龄<12g <2313~15g 24~3116~18g 32~5219~21g 53~7722~24g 78~105
特殊性能:乳腺癌发病率较低,有眼睛缺损,对放射性有抵抗力,对结核杆菌敏感,对鼠痘病毒有一定的抵抗力,干扰素产量高,对百日咳易感因子敏感。

常用于致癌研究。

繁殖性能:产仔率:89~95% 平均窝产仔数:6.98~7.48只胎间隔:28~36天离乳存活率:87~93%
1. 品系名称由来
(1)Swiss:1926年美国Rockfeller研究所的Clara Lynch博士从瑞士(Switzerland)Centre Anticancereux Romand的de Coulon实验室引入非近交白化小鼠,培育成Swiss小鼠。

(2)KM:1944年3月17日卫生部北京生物制品研究所汤飞凡教授从印度Hoffkine研究所引进Swiss小鼠,饲养在中国昆明中央防疫处。

由于该小鼠起初引入地是昆明,故称之为昆明小鼠,这就是昆明小鼠品系名称的由来。

(3)ICR:1948年,美国费城癌症研究所(Institute of Cancer Research, ICR)Hauschka以多产为目标,用Rockfeller研究所培育出的Swiss小鼠群进行选育,培育出Ha/ICR,以后由美国肿瘤研究协会分送各国饲养实验,各国称为ICR小鼠。

中国科学院遗传研究所在1973年从日本国立肿瘤研究所引进,1979中国医学科学院分院动物中心引进,1978年北京检定所引进,1983年上海计划生育研究所从瑞士苏黎世毒理学研究所引进。

(4)CD-1:1948年Edward Mirand博士将费城癌症研究所培育的Ha/ICR引入Roswell Park Memorial Institute,命名为HaM/ICR。

1959年美国Charles River Lab引入该品系并于同年进行了剖腹产,并命名CD-1(ICR),并注册CD-1®商标。

后,趋化因子受体引发钙离子内流而产生细胞趋化反应,从而诱导细胞到生物体的特定部位。

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