孔雀微卫星引物筛选及其遗传多样性分析
利用微卫星分析家禽的遗传多样性
利用微卫星分析家禽的遗传多样性作者：韩雪粟朝芝朱丽莉顾永芬陶宇航来源：《南方农业·下旬》2015年第11期摘要当前，微卫星技术研究为我国的家禽饲养方面提供了科学保障，在研究家禽分子生物学的领域得到社会各界的关注，也是微卫星为家禽分子生物学领域的热点。
为了研究分析广东地区饲养家禽的品种分类的进化、种群遗传的多样性，利用微卫星来进行分析，能够有效进行基因鉴定和系谱分析，并评估鸡群之间的遗传距离。
微卫星通过卫星标记，计算每个等位基因的频率，然后再以等位基因的频率为基础来研究鸡群品种内的遗传变异及家禽品种间的遗传距离。
关键词微卫星；家禽；分子生物学；遗传多样性中图分类号：S813.1 文献标志码：B 文章编号：1673-890X（2015）33--02微卫星是近几年来应用最多的一种分子标记。
近年来，随着科学技术的发展，利用微卫星分析家禽的品种的遗传多样性也已经成为最主要的研究方法。
微卫星的实验使人们对牲畜生物学的分析和研究迈进了一个新的高度。
其以少数的核苷酸DNA序列，本身具有的高度保守性及位点多态性的特征[1]。
所以在具体的实验中，可以利用微卫星的这种保守性，在一个微卫星的物种研究结果运用到另一物种研究的结果，继而更快、更准确的找到该物种里的更多的微卫星位点。
微卫星的另外一种多态性是目前我国微卫星多数的实践呈现，并且实验分析证明了微卫星的核心序列的重复越大，变异性也大，等位基因数也越多。
1 采取样本1.1 取样方式在实验中的采取样本是实验的基础，而最常见的就是采集血样进行研究。
但是采样是否含有代表性直接的影响到实验的结果。
我国牲畜养殖业历史悠久，由于每个地方性的气候类型不一样，再加上人们的生活习惯有着明显的差异，是我国的牲畜业也体现出来复杂，品种多样，特征不同的各种家禽[2]。
据我国数据统计现存的牲畜品种数量大约就有576种，其中的地方品种就有426个，还有经过改良培育的品种有73个。
在这些牲畜品种由于人们的饲养习惯的不一样，各地区环境差异，这些品种完全处于人们自发、粗放的养殖方式。
基于PCR技术的遗传多样性分析
基于PCR技术的遗传多样性分析PCR技术是一种常用的遗传分析技术。
通过扩增DNA片段，可以从微小的样本中获得足够的DNA量进行遗传多样性研究。
基于PCR技术的遗传多样性分析已经广泛应用于生态学、进化生物学、农业等领域。
本文将从PCR技术的基本原理、PCR扩增产物的分析和遗传多样性分析方法等三个方面介绍基于PCR技术的遗传多样性分析。
一、PCR技术的基本原理PCR技术是一种体外扩增DNA的方法，它是从自然界中发现的一种DNA复制机制借鉴而来。
PCR技术的基本原理是在一定的条件下，使用DNA引物（即核酸探针）将目标DNA分子在体外迅速而准确地扩增。
PCR技术中，DNA引物是起到扩增作用的关键因素。
引物应分别与DNA的5’-末端和3’-末端相向而设计，以保证扩增的准确性和特异性。
在PCR过程中，引物和DNA混合在一起，并加入适宜浓度的DNA聚合酶、dNTPs和缓冲液等试剂。
PCR反应通常包括三个步骤：变性、退火和延伸。
在变性步骤中，DNA双螺旋结构被高温变性，使得双链DNA分离成一条条单链DNA；在退火步骤中，引物在一定温度下结合到目标DNA片段的两个末端；在延伸步骤中，DNA聚合酶沿着单链DNA模板在合适的温度下合成互补链，从而形成新的双链DNA。
PCR反应周期性地加热和降温，从而在短时间内迅速扩增目标DNA。
二、PCR扩增产物的分析PCR扩增产物的分析是PCR技术在遗传多样性分析中的重要环节。
如何准确判断PCR扩增产物的质量和纯度是遗传多样性研究的核心问题。
PCR扩增产物的质量和纯度受到PCR反应条件、DNA聚合酶、引物浓度、DNA模板质量和纯度等多种因素的影响。
常用的PCR扩增产物分析方法包括凝胶电泳、测序、RFLP分析等。
其中，凝胶电泳是最常用的方法。
凝胶电泳分为琼脂糖凝胶电泳和聚丙烯酰胺凝胶电泳两种。
琼脂糖凝胶适用于小分子量的DNA和RNA分子，而聚丙烯酰胺凝胶适用于大分子量的蛋白质和DNA分子。
SSR分析遗传多样性
SSR分析遗传多样性1 SSR简介简单重复序列，也称微卫星（SSR），其串联重复的核心序列为1-6bp，其中最常见的是双核苷酸重复，即（CA）n和（TG）n，在植物基因组中（AT）n最多，长度一般在100bp以内。
尽管微卫星DNA分布于整个基因组的不同位置，但其两端序列多是保守单拷贝序列，因此可以根据这两端的序列设计以对特异引物，通过PCR技术将其间的核心微卫星DNA序列扩增出来，利用电泳分析技术就可以获得其长度多态性。
SSR标记的高度多态性主要来源与串联数目的不同。
根据分离片段的大小决定基因型，并计算等位基因发生频率。
2 SSR的分类根据SSR核心序列排列方式的不同，可分为3种类型：1）完全型，指核心序列以不间断的重复方式首尾相连构成的DNA。
如：ATATATATATATATATATATATATATATATATAT；2）不完全型，指在SSR的核心序列之间有3个以下的非重复碱基，但两端的连续重复核心序列重复数大于 3 。
如：ATATATATGGATATATATATCGATATATATATATATATGGATATATATAT；3）复合型，指2个或2个以上的串联核心序列由3个或3个以上的连续的非重复碱基分隔开，但这种连续性的核心序列重复数不少于5 。
如：ATATATATATATATGGGATATATATATATA 。
3种类型中完全型是SSR标记中应用较多的一种类型。
3 SSR在植物基因组中的分布在植物中，平均23.3kb就有一个SSR；双子叶植物中的SSR数量大于单子叶植物，前者两个SSR之间的平均间距为21.2kb，后者为64.6kb；绝大多数单碱基重复型及2碱基重复型SSR存在于非编码区，3碱基重复型多位于编码区。
4 SSR标记的应用目前SSR分子标记已成为系谱分析、分类鉴定、亲缘关系分析、体细胞杂种鉴定、遗传图谱构建、基因定位、育种材料早期选择首选的分子标记之一。
SSR技术已在苹果、梨、桃、杏、葡萄、柑橘、称猴桃、板栗、核桃、樱桃、山植、椰子等果树上有了很多的应用。
影响微卫星分析家禽遗传多样性有关因素的探讨
影响微卫星分析家禽遗传多样性有关因素的探讨汤青萍;陈宽维;章双杰;李慧芳;屠云洁;赵东伟【期刊名称】《云南农业大学学报》【年(卷),期】2006(021)001【摘要】微卫星现为我国家禽分子生物学研究领域中的一大热点,在利用微卫星分析家禽遗传多样性时,其试验结果会受到采样、引物选择及数据分析等因素的影响.本文结合自身用30个微卫星对我国76个地方鸡种进行遗传多样性分析时的具体情况分别进行阐述.并指出要克服这些因素的影响,采样时尽量选择有品种代表性的群体,采样数达60羽,公母比1:4;选择的引物应分散在不同的染色体上,引物的个数应不低于25对;在凝胶条带判型时最大限度的减少认为因素;数据分析应用规范、大家广泛使用认可的生物学软件.【总页数】4页(P86-89)【作者】汤青萍;陈宽维;章双杰;李慧芳;屠云洁;赵东伟【作者单位】中国农业科学院家禽研究所,江苏,扬州,225003;中国农业科学院家禽研究所,江苏,扬州,225003;中国农业科学院家禽研究所,江苏,扬州,225003;中国农业科学院家禽研究所,江苏,扬州,225003;中国农业科学院家禽研究所,江苏,扬州,225003;中国农业科学院家禽研究所,江苏,扬州,225003【正文语种】中文【中图分类】S813【相关文献】1.利用微卫星分析家禽的遗传多样性 [J], 韩雪;粟朝芝;朱丽莉;顾永芬;陶宇航2.微卫星标记在人工养殖小体鲟种群的数据分析方法比较和遗传多样性分析 [J], 董颖;杨瑞;姜志强;胡红霞3.种群微卫星DNA分析中样本量对各种遗传多样性度量指标的影响 [J], 闫路娜;张德兴4.样本量和性比对微卫星分析中群体遗传多样性指标的影响 [J], 包文斌;束婧婷;许盛海;李慧芳;陈国宏5.缢蛏群体微卫星分析中样本量对遗传多样性指标的影响 [J], 牛东红;陈慧;林国文;李家乐因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。
实验用狨猴微卫星引物筛选及遗传多样性分析
应用微卫星标记分析我国西南地区12个地方特色鸡群体的遗传多样性
应用微卫星标记分析我国西南地区12个地方特色鸡群体的遗传多样性应用微卫星标记分析我国西南地区12个地方特色鸡群体的遗传多样性概述随着农业生产的发展，地方特色鸡种群的保护与研究成为了学术界的关注点之一。
微卫星标记作为一种高变异性的分子标记，已被广泛用于评估物种和种群的遗传多样性。
本研究应用微卫星标记对我国西南地区12个地方特色鸡群体的遗传多样性进行了分析，并对其结果进行了探讨。
方法本研究选择了12个地方特色鸡群体样本，采集了其血液样品。
首先，从该血液样品中提取了基因组DNA，然后根据之前已报道的微卫星标记的引物序列进行扩增。
扩增产物经琼脂糖凝胶电泳分析后，得到了该群体的微卫星型谱。
结果通过对12个地方特色鸡群体的微卫星型谱进行分析，我们获得了大量的遗传信息。
首先，我们计算了每个群体的多态信息含量（PIC），结果显示大部分群体的PIC值在0.5到0.8之间，表明这些地方特色鸡群体具有较高的遗传多样性。
同时，我们还计算了遗传相似系数，并使用聚类分析对群体进行了分类。
结果显示，这12个地方特色鸡群体可以分为3个大的类群，分别是A、B和C类群。
这些类群的构成反映了地理位置的影响，即相近地区的群体更为相似。
讨论通过对我国西南地区12个地方特色鸡群体的微卫星标记分析，我们发现这些群体大部分具有较高的遗传多样性。
这表明我国西南地区的地方特色鸡群体具有比较高的适应力和生物多样性，这对于它们的长期保护和品种改良具有重要意义。
另外，聚类分析结果也反映了地理位置对于群体遗传多样性的影响，这与地域中心性理论相吻合。
具体来说，地理上相邻的地方特色鸡群体更容易发生基因流，从而导致它们的遗传相似度更高。
结论本研究应用微卫星标记分析了我国西南地区12个地方特色鸡群体的遗传多样性，并对其遗传关系进行了研究。
结果显示，这些地方特色鸡群体具有较高的遗传多样性，并且地理位置对其遗传相似性具有影响。
这为地方特色鸡的保护和品种改良提供了基础数据和科学依据，并为进一步研究提供了新的方向。
遗传多样性的分析方法及其在种质资源保护中的应用
遗传多样性的分析方法及其在种质资源保护中的应用种质资源是指作为遗传多样性基础的生命资产，是植物和动物的基因质、种子、胚囊、幼苗、组织细胞、骨架等优良元素，在生态与环境保护、农业生产、食品安全、药物研发等方面发挥着重要作用。
保护种质资源，不但能促进优良物种的保存和利用，也能为人类的生产生活做出贡献。
而保护种质资源的核心在于遗传多样性的保护，因此遗传多样性分析也逐渐成为了种质资源保护的重要手段之一。
遗传多样性是种质资源保护的核心，它是指生物种类内各个个体之间遗传变异的差异。
遗传多样性越丰富，就意味着这个物种适应环境、抵御病虫害的能力越强，也就更容易适应因生态环境的改变而带来的生存挑战。
对遗传多样性进行分析，并不仅仅包括了基因的分析，还包括了亲缘关系、种群结构、基因流等方面。
以下将着重介绍遗传多样性分析的几种常用方法及其在种质资源保护中的应用。
1、PCR-SSR技术PCR-SSR技术是一种高效的遗传多样性分析方法。
SSR是指微卫星序列，这种方法通过仪器进行多个基因区域的扩增，使得几千个微卫星基因片段扩增至20-300基对的长度，从而分析出物种内同等基因不同等位基因的数量、型态、基因频率和表型频率等。
这种技术可以在短时间内快速、准确地进行多个引物扩增，获取大量的基因片段。
PCR-SSR技术广泛应用于植物、动物、微生物的遗传多样性分析中。
2、RFLP技术RFLP技术是通过核苷酸链断裂酶（restriction endonuclease）水解DNA，生成不同的DNA片段，再通过电泳技术将其分离，经过染色而被观察到。
这种方法可以检测出基因组中的多态性，对不同基因型共有的限制性内切酶切位点，进行Elecrophoresis分析，以分类，如亲缘关系，种群结构等。
这种技术在遗传多样性分析中有着重要的应用。
是其他技术无法替代的。
3、AFLP技术AFLP是基于PCR扩增出来的DNA序列，通过限制性内切酶切割和PCR扩增，获得多个特征DNA分子，随后将这些特征分子进行电泳分离和检测即可。
全基因组范围内的微卫星多态性分析技术
全基因组范围内的微卫星多态性分析技术微卫星多态性分析技术是在全基因组范围内进行的一种重要的分子生物学技术。
该技术主要利用微卫星序列的高度可变性，通过PCR扩增等方法，建立微卫星多态性分析体系，并通过对分析结果的比对，对物种、个体间的遗传关系、多样性、进化历史等问题进行研究。
本文将介绍全基因组范围内的微卫星多态性分析技术的研究现状和应用的前景。
一、微卫星多态性分析技术的发展历程微卫星是一种由重复的2-6个碱基序列组成的短片段DNA，长度在10-50个碱基对之间。
由于微卫星序列的高度可变性，其在全基因组中具有广泛的存在性，且不受编码区限制。
微卫星重复次数的改变可以观察到PCR扩增产物电泳分析图谱上的不同等位基因，进而对个体间的遗传关系、多样性、进化历史等问题进行研究。
微卫星多态性分析技术在20世纪80年代初期就开始被应用于分子生物学领域内的遗传分析和种群学研究中。
20世纪90年代以来，读长技术的进步和计算机处理能力的提高，使得微卫星多态性分析技术得以应用于全基因组水平的遗传多样性和基因组进化的研究中。
近年来，随着第二代和第三代测序技术的不断发展，微卫星多态性分析技术的应用也得到了新的拓展。
二、微卫星多态性分析技术的原理和方法微卫星多态性分析技术的原理和方法主要包括：1）PCR扩增和电泳检测；2）全基因组微卫星扫描；3）比对和分析。
1）PCR扩增和电泳检测PCR扩增是微卫星多态性分析技术的核心步骤。
PCR扩增过程中，需要设计合适的引物和PCR反应条件。
PCR产物通过电泳分析，可以将不同等位基因分离出来，从而对个体间遗传关系进行研究。
PCR扩增和电泳检测的方法对于单个微卫星标记的分型具有高度的灵敏性和可靠性。
2）全基因组微卫星扫描随着第二代测序技术的发展和成本的降低，全基因组微卫星扫描技术开始逐渐被应用。
该技术通过对全基因组内微卫星序列的筛选和扩增，得到大量微卫星标记，再利用高通量测序技术进行分型，以便快速得到个体间的遗传关系、多样性和进化历史等信息。
利用微卫星标记分析核盘菌遗传多样性
ｆ ｅｔ ｏ ｕａ ｏｓ（ｒｍ ０ ０ ９６ ｔ ０ ０ ９６ ｅ ｎ ｐ ｌ ｉ ｒ ｐ ｔ ｎ ｆ ． ０ ｏ ． ４ ）ｗ ｓｖｒ ｈｒ，ａｄ ｔｅｇｎｔ ｉａ ｃ ｅ ｅｎ Ｒ ｓ ａａ ｄ ｔｅ ｏ ａ ｅｙｓｏ ｔ ｎ ｈ ｅ ｅ ｃｄｓ ｎｅｂ ｔ ｅ ｕｓ ｎ ｉ ｔ ｗ ｉ ｈ
２ Ｉｓｔｔ ｏ ｌｎ ｅｅ ｃ， ｏｉ ｃｄｍ ｃ ｎｅ， ０— ７ ｏｎ ｎ Ｐ ｌｎ ） ．ｎｔｕ Ｐａ ｔ ｎｔｓ Ｐ ｌｈＡ ａ ｅ ｙｏ Ｓｉ ｃｓ ６ ４ ９Ｐ ｚａ ， ｏａ ｄ ｉ ｅｆ Ｇ ｉ ｓ ｆ ｅ
Ａｂｓｒ ｔ Ｇｅ ｅｉ ａ ｉｂ ｌ ｙ ｏ ｈ ０ ｉｏａｅ ｒ ｍ ｒ ｐ ｎ ｉ ａ ｗａ ｎ ｌ ｚ ｄ ｕ ｉ Ｓ ｍａ ｋ ｒ ． Ｉ ｏ ｔａｃ ： ｎ ｔｃ ｖ ｒａ ｉｉ ｆｔ ｅ ３ ｓ ｌｔ ｓｆｏ Ｅｕ ｏ ｅ ａ ｄ Ｃｈ ｎ ｓａ ａｙ ｅ ｓｎｇ Ｓ Ｒ ｒ ｅ ｓ ｓ — ｔ
ＤＵ ａ ＡＮ Ｘｉｏ—ｌ ，Ｗ ｉ ｌ ｒｙ ｏ ｋ ，Ｍａｇ ｒａａＪｄ ｙ ｚ ａ ， ｉ ｔ ｄ Ｉｚｋ ｗｓ ｉ ｏ ｌｏｚｔ ｅ ｒｃ ｋ
Ｌ ｉ ｇ—ｓｅｇ ， Ｉ Ｎ ｉｇ ｆｎ ，Ａ ｈ —ｘ ｎ ＨＵ Ｂ ｏ ｈ ｎ Ｉ ａ Ｑ ｎ ｈｎ ＪＡ Ｇ Ｙ ｎ — ｅ Ｆ Ｎ Ｚ ｉ ｉ ｇ ， ａ —ｃ ｅｇ ｏ
（ ．ｎｔｕ ｒ ｅ ａｃ ， ｎ ｕ ｃｄｍ Ａ ｒ ｕ ｕａ Ｓ ｉ ｃｓ Ｈｆｉ ３ ０ ｌ Ｃ ｉ ； １ Ｉｓ ｔｔ ｏ Ｃｏ Ｒ ｓ ｒ Ａ ｈ ｉ ａ ｅ ｙｏ ｇｉ ｌ ｒｌ ｃ ｎｅ， ｅ ０ ３ ， ｈｎ ｉ ｅｆ ｐ ｅ ｈ Ａ ｆ ｃｔ ｅ ｅ２ ａ
明 ， 微卫 星引物共扩增 出 ２ 条清晰 的谱带 ， ３对 １ 平均每对引物扩增 ７条谱带 ， 片段长度为 １８ ｐ一 ５ ｂ 。根据 Ｓ Ｒ ５ｂ ３８ｐ Ｓ 分析结果 ，０个核盘菌分离物具有较高 的遗传相似性 。物种水平 的 Ｎ ｉ ３ ｅ 遗传多样性 指数 为 ０ １９３ Ｓ ａｎ ｎ多样 ．３ ，ｈｎ ｏ 性指数为 ０ ２ ８８ ．４ 。不同菌株群体 的 Ｎ ｉ ｅ 遗传距离都较小 ， ００ ９６— ．４ 。其 中俄罗斯群 体和奥地 利及 英 国 为 ．０ ０ ０９６ 群体之间的遗传距离最大 。从 ３ Ｏ个菌株的 Ｕ Ｇ Ｐ ＭＡ聚类分析结果看 ， 核盘菌群体结构 与地理来源没有 明显的直接 关系。许多地理来源相 同的菌株分散在不同的组里 。仅第三 组组 内的菌株地理来 源一致 ， 均来 自于 中国 ， 遗传 且 距离比其 他菌株的远。群体遗传分析显示 ， 总群体 的基 因流 比较高 （ ． １ ６ ， 因分化系数 比较低 （ ．９ ） ２１１ ）基 ０ １１ 。 ５
微卫星引物筛选步骤
1．进行酶切用Vs pⅠ对四种鱼（GC、GS、NL和ZZ）基因组DNA（需基因组DNA浓度较高）进行酶切。
反应体系为：ddH2O 15µLVs pⅠbuffer 2µLVs pⅠ酶1µLDNA 2µL总体积20µL酶切在37℃反应3～4h即可，但是为了提高酶切效率可切4～6h。
PCR反应程序为：94℃ 5min，（94℃ 1min，53℃ 1min，72℃ 1min）×30，72℃ 10min，4℃ hold。
Vs pⅠ酶即（AseⅠ酶）：酶切识别位点为：5’A T↓T A A T 3’5’T A A T↑T A 3’AseⅠ酶的接头为：A1：5’CTC GTA GAC TGC GTA CC 3’A2：5’TAG GTA CGC AGT C 3’AseⅠ酶用的预扩增产物为：A3：5’CTC GTA GAC TGC GTA CCT AAT 3’2．接头制备用10µL A1（200µM）和10µL A2（200µM）混合，94℃ 3min后室温放置30min。
3．酶切片段与接头连接接头为A1和A2制备的接头，命名为AE。
连接反应体系如下：ddH2O 5µLT4 ligation酶0.5µLT4 buffer4µL酶切产物20µLA TP（10mM）0.3µLAE 1µL总体积30.8µL上述混合体系在16℃连接过夜。
10h左右。
4．连接产物PCR扩增对连接产物进行PCR扩增，每个样本做4管。
扩增引物为A3。
反应体系如下：ddH2O 14µL10×buffer 2.5µLMg2＋2µLdNTPs（10mM）0.5µLA3 1µLDNA（连接产物）5µLTaqE（2.5U/µL）0.2µL总体积25.2µLPCR反应程序为：（94℃ 30sec，56℃ 1min，72℃ 1min）×20，72℃ 10min，4℃ hold。
微卫星技术及在动物遗传多样性研究中的应用
微卫星技术及在动物遗传多样性研究中的应用
张于光;李迪强;肖启明;饶力群
【期刊名称】《湖南农业大学学报（自然科学版）》
【年(卷),期】2001(027)005
【摘要】微卫星作为第二代分子遗传标记,已经在很多领域得到广泛应用.微卫星位点的获得有两条常用技术途径:1)利用已发现的微卫星位点寻找新的位点;2)用经典分子生物学方法克隆特定基因组的微卫星位点.微卫星分析的一般步骤包括:DNA 的提取,PCR扩增,扩增产物及大小的检测和数据分析.DNA芯片技术的出现,为微卫星技术的应用提供了更广阔的前景.在动物遗传多样性研究中,可以通过微卫星技术进行种间、种内、群体之间、甚至是个体之间的亲缘关系分析包括亲子鉴定等.【总页数】5页(P410-414)
【作者】张于光;李迪强;肖启明;饶力群
【作者单位】湖南农业大学理学院,;中国林业科学院生态环境与保护研究所,;湖南农业大学植物科学技术学院,;湖南农业大学理学院,
【正文语种】中文
【中图分类】Q78
【相关文献】
1.微卫星DNA标记技术及其在遗传多样性研究中的应用 [J], 徐莉;赵桂仿
2.微卫星分子标记技术及其在水产动物研究中的应用 [J], 黎玉元;姚一彬;孙念
3.微卫星DNA标记技术的特点及其在动物研究中的应用 [J], 徐兴莉;杨虎
4.微卫星标记技术及其在鸡遗传多样性研究中的应用 [J], 苟想珍;党岩;张建军;孙春香
5.微卫星DNA标记技术在畜禽遗传多样性研究中的应用 [J], 李馨;崔燕;杨隽;耿忠诚
因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。
利用微卫星标记分析蓝孔雀群体的遗传多样性
利 用 微 卫星 标 记 分 析蓝 孔 雀 Hale Waihona Puke 群 体 的 遗传 多样 性
陈 涛 苗永 旺 ， ， 霍金 龙 ，魏红江 ，叶朗惠 ， 潘伟荣。 ，田应华。
（． １ 云南农业 大学动物科学技术学 院 ， 云南 昆明 ６０ ０ ； ５２ １
２ 云南 大学 生物资源保护与利用 国家重点实验 室 ， ． 云南 昆明 ６０９ ； ５０ １
ｗｅｅ ｐ ｌｍｏ ｐ ｉ ｎ ｅ ｎ ｍｂ ｒｏ ｌ ｌ ｓ ｖ ｒｅ ｒ ｍ ｏ ５， ｉｉ ｇ ａ ｍｅ ｎ ｎ ｍｂ ｒｏ ． ０ ａｌ ｌｓ ｒ ｏ ｙ ｒ ｈ ｃ ａ ｄ ｔ ｕ ｅ ｆａｌ ｅ ａ ｄ ｆｏ ２ ｔ ｇｖ ｎ ａ ｕ ｅ ｆ ５ ｌ ｅ ｈ ｅ ｉ ３ ｅ
Ａｂ ｔ ａ ｔ ｌ ｅ ｐ ａｏ ｌ Ｌ ｂ ａ ｔ ｕ ｉ ｓ ｎ ｔｏ ｌ ａ ｅ ｔ ｅ ｖ ｌ ｅ ｏ ｉｗ ｎ ｎ ｄ ｒ ｇ ｂ ｔ ａｓ ｓｒ ｃ ：Ｂ ｕ ｅ ｆ ｗ ｓ ａ ｅ ｕ ｉ ｌｂ ｒ ｏ ｎ ｙ ｈ ｖ ｈ ａｕ ｆｖｅ ｉ ｇ ａ ｄ ａ ｍｉ ｎ ． ｕ ｌ ｓ ｆ ｄ ｉ ｏ ｈ ｖ ｉｈ ｅ ｏ ｏ ｃ ｖ ｌ ｅ ｗｈ ｎ ｔ ｅ ｒ ａ ｓ ｄ ａ ｉ ｄ ｏ ｅ ｉ ｏ ｌ ｙ Ｉ ｒ ｅ ｖ ｕ ｔ ｓｇ — ａ ｅ ｈ ｇ ｃ ｎ ｍｉ ａｕ ｅ ｈ ｙ ａ ｅ ｒ ｉ ｓ ａ ｋ ｎ ｆ ｐ ｃ ａ ｐ ｕ ｔ ． ｎ ｏ ｄ ｒｔ ｅ ａ ａ ｅ ｉ ｅ ｅ ｓ ｌ ｒ ｏ ｌ ｔ
ｏ ｉｒ ｓ ｔｌ ｔ ａ ｋ ｒ ｎ Ｍ ｃ ｏ ａ ｅｌ ｅ Ｍ ｒ ｅ ｓ ｉ
ＣＨ Ｎ Ｔ ｏ ， Ａ ｏ ｇｗａ ｇ 一，ＨＵ ｉ— ｎ ＷＥ ｏ ｇ ｊ ｎ Ｅ ａ ＭＩＯ Ｙ ｎ — ｎ Ｏ Ｊｎ ｌ ｇ ， Ｉ ｎ —ａ ｇ ， ｏ Ｈ ｉ
SSR分析遗传多样性
SSR分析遗传多样性SSR（Simple Sequence Repeat，简称SSR），也称为微卫星分子标记，是一类单核苷酸序列的重复结构，广泛分布在基因组中。
SSR具有高度多态性、遗传稳定性好、易于分析和重复性高等优点，因此在遗传多样性研究中得到广泛应用。
首先，选择适当材料是进行SSR分析的基础。
一般来说，选择具有代表性的材料样本，包括不同种群、地理分布范围广等特点的样本，以最大程度地反映种群的遗传多样性。
样本采集时应注意确保样本的纯度，避免杂交或污染。
同时，还要保证样本数量足够，以提高分析的准确性与可靠性。
其次，进行实验方法。
SSR分析主要包括DNA的提取、PCR扩增和基因分型三个步骤。
DNA提取是获取样本基因组DNA的关键步骤，要注意选择适当的提取方法，以保证提取的DNA质量和纯度。
PCR扩增是从样本DNA中扩增出所需的微卫星DNA序列，需要根据相关文献选择适当的引物。
在PCR扩增过程中，要注意避免扩增偏倚，并进行质控措施以确保扩增产物的准确性。
基因分型是利用PCR扩增得到的扩增产物进行电泳分析，可以采用聚丙烯酰胺凝胶电泳或毛细管电泳等方法。
电泳分析结果可用于构建遗传图谱、计算遗传相似性和种群遗传结构等。
最后，进行数据分析。
根据电泳分析结果，我们可以计算各个样本的等位基因频率和遗传多样性指数等。
等位基因频率是指不同等位基因在样本中的占比，可以用于估计种群的遗传多样性和变异程度。
遗传多样性指数包括多态信息内容（PIC）、香农信息指数（I）和Weir&Cockerham's Fst等。
PIC是一种测量位点多态性的指标，I是一种描述群体内基因多样性的指标，Fst则是一种测量种群间基因流动程度的指标。
这些指标的计算可以借助计算机软件进行。
总结来说，SSR分析遗传多样性是一种重要的分子标记技术，其研究流程包括材料选择、实验方法和数据分析等步骤。
通过SSR分析，可以揭示不同种群之间的遗传多样性特征，为种质资源鉴定、基因组定位和保护物种等方面的研究提供重要依据。
微卫星位点筛选方法综述
论文综述微卫星分子标记筛选方法综述摘要：微卫星是一种短的串联重复序列(short tandem repeat, STR)或简单重复序列(simple sequence repeats, SSR)。
它作为一种重要的分子遗传标记，能较好地反映物种的遗传结构和遗传多样性变化，被广泛应用于实验动物的研究。
本文概述了获得和富集微卫星位点的常用方法。
最简便、最省时的方法是从从公共数据库（如Genbank、EMBL、EST数据库等）或已发表的文献中查找到微卫星位点，但只限于已经有序列数据发布的物种；第二种方法是种间转移扩增，即从相近物种的数据库中查找微卫星位点，或使用已有数据发表的遗传距离相近物种的微卫星标记。
第三种方法是从基因组DNA中筛选微卫星位点，其中用于富集微卫星的方法有引物法、磁珠杂交法、尼龙膜杂交法以及分子标记技术法。
关键词：微卫星；分子标记；实验动物微卫星（Microsatellite），又称为简单序列重复（Simple Sequence Repeat , SSR），短串联重复（Short Tandem Repeat STR），是以少数几个核苷酸（一般1～6个）为重复单位的串联重复DNA序列。
微卫星位点广泛分布于真核生物的基因组中[1]，在植物基因组中平均每33 Kb存在一个20 bp长的微卫星位点，而在哺乳动物中每6 Kb存在一个20 bp长的微卫星位点[2]。
并且SSR的重复次数不同和重复程度不同，使其呈现高度的多态性。
微卫星标记共显性的特点使它能够用于研究等位基因，区分二倍体（或多倍体）的纯合体或杂合体，这是AFLP、RAPD 等显性标记所无法做到的。
另外，微卫星的特异性引物扩增具有良好的重复性和保真性，方便各实验室间的交流。
目前，微卫星标记已被广泛应用到基因连锁与遗传图谱构建、遗传多样性研究、谱系和发育研究、疾病检测以及品种鉴定、亲本分析与个体、纯系检验上。
随着微卫星标记在图谱上的丰富,将显现出更大的优势。
生物大数据分析中的遗传多态性检测方法与技巧
生物大数据分析中的遗传多态性检测方法与技巧遗传多态性是生物学研究中非常重要的一个概念，它指的是个体或群体基因组中存在的多个变异形式或等位基因。
遗传多态性不仅与个体间的差异有关，还与个体在适应环境和抵抗疾病方面的差异密切相关。
因此，在生物大数据分析中，准确检测和分析遗传多态性至关重要。
本文将介绍一些常用的遗传多态性检测方法与技巧。
1. 单核苷酸多态性（SNP）的检测方法：SNP是最为常见的遗传多态性形式之一，它是DNA中单个核苷酸（A、T、C或G）的变异。
SNP的检测可通过基于测序技术的方法，如Sanger测序、测序用探针芯片和下一代测序技术等。
这些方法可以快速、准确地检测出SNP位点上的碱基变异情况。
此外，还可以利用聚合酶链式反应（PCR）结合限制性内切酶（RFLP）方法，通过分析产生的DNA片段长度差异来检测SNP位点。
2. 微卫星序列的分析方法：微卫星序列是在基因组中广泛分布的、重复的DNA序列，由于个体间的插入、缺失或重复次数的差异，微卫星序列具有高度多态性。
检测微卫星序列的多态性可以通过PCR扩增方法，使用特异性引物扩增目标微卫星位点，然后通过电泳检测扩增片段的长度差异。
此外，还可以利用基于测序的方法来检测微卫星序列的变异情况。
3. 多态性标记的选择与筛选：在生物大数据分析中，选择适当的多态性标记对于准确检测遗传多样性至关重要。
一种常用的多态性标记是限制性片段长度多态性（RFLP），其基本原理是利用限制性内切酶切割DNA产生的不同长度的片段。
此外，还有单序列重复多态性（SSR）和随机扩增多态性（RAPD）等多态性标记可以选择。
在筛选多态性标记时，通常考虑标记的多态性、位点的连锁关系、扩增效果等因素。
4. 基于群体遗传学的分析方法：群体遗传学是研究个体在群体中遗传结构和动态变化的学科。
在生物大数据分析中，利用群体遗传学的方法可以检测遗传多样性和演化过程。
例如，可以通过计算群体间的遗传距离和群体结构来判断不同种群间的基因流程度。
遗传多样性分析的方法与步骤
遗传多样性分析的方法与步骤摘要：本文对生物的遗传多样性进行阐述，并综述了检测遗传多样性的形态学标记、细胞学标记、生物化学标记和分子标记4种遗传标记的发生与发展过程,并比较了各自的优缺点及其应用。
关键词：遗传多样性；形态学标记；细胞学标记；生物化学标记；DNA分子标记Genetic Diversity Analysis Method and StepsAbstract:In this paper, the biological genetic diversity were summarized, and elaborates the detection of genetic diversity morphology mark, cytology mark, biochemical markers and molecular marker and genetic markers of the occurrence and development of the process, and compare their advantages and disadvantages and application.Keywords:genetic diversity; Morphological markers; Cytology mark; Biochemical markers; DNA molecular markers前言遗传多样性是生态系统多样性和物种多样性的基础,任何物种都有其独特的基因库或遗传组织形式[1]。
广义的遗传多样性是指地球上所有生物所携带的遗传信息的总和,但通常所说的遗传多样性是指种内的遗传多样性,即种内不同种群之间或一个种群内不同个体的遗传变异[2]。
遗传多样性的表现形式是多层次的,可以从形态特征、细胞学特征、生理特征、基因位点及DNA序列等不同方面来体现,其中DNA多样性是遗传多样性的本质[3]。
微卫星DNA在分析核桃遗传多样性上的应用
Ａｂ ｓ ｔ ｒ ａｃ ｔ ：Ｉ ｎ ｏ ｒ ｄｅ ｒ ｔ ｏ ｓ ｕｄ ｔ ｙ ｇ ｅ ｎ ｅ ｔ ｉ ｃ ｄ ｉ ｖ ｅ ｒ ｓ ｉ ｔ ｙ ｏ ｆ ｄ ｉ ｆ ｆ ｅ ｒ ｅ ｎ ｔ ｗａ ｌ ｎ ｕ ｔ ｖ ａ ｒ ｉ ｅ ｔ ｉ ｅ ｓ ｎｄ ａ ｔ ｏ ｐ ｒ ｏ ｖｉ ｄ ｅ ｔ ｈ ｅ ｏ ｒ ｅ ｔ ｉ ｃ ａ ｌ ｂ ａ ｓ ｉ ｓ ｆ ｏ ｒ ｂ ｒ ｅ ｅ ｄ ｉ ｎ ｇ ｎ ｅ ｗ ｖ ａ ｒ ｉ ｅ ｔ ｉ ｅ ｓ ｎｄ ａ
Ａｐｐｌ ｉ ｃ ａ ｔ ｉ ｏ ｎ ｏ ｆ ｍｉ ｃ ｒ ｏ ｓ ａ ｔ ｅ ｌ ｌ ｉ ｔ ｅ ＤＮＡ ｏ ｎ ａ ｎａ ｌ ｙ ｚ ｉ ｎｇ ｇ ｅ ｎｅ ｔ ｉ ｃ ｄ ｉ ｖｅ ｒ ｓ ｉ ｔ ｙ ｏ ｆ
Ｊｕ ｇｌ ａ ｎｓ ｒ ｅ ｇｉ ａ
ＸＩ ＡＯ Ｚ ｈ ｉ － ｊ ｕ ａ ｎ ， Ｚ ＨＡＩ Ｍｅ ｉ — ｚ ｈ ｉ ， ＷＡＮＧ Ｚ ｈ ｅ ｎ — ｙ ｕ ａ ｎ ， Ｘ Ｕ Ｊ ｉ ｎ ｇ ， Ｌ Ｉ Ｌ ｉ ， Ｙ ＡＮＧ Ｈ ｕ ｉ
白孔雀微卫星DNA遗传多样性及其分类地位
白孔雀微卫星DNA遗传多样性及其分类地位包文斌;吴信生;徐琪;张红霞;胡飞;陈国宏【期刊名称】《农业生物技术学报》【年(卷),期】2008(16)6【摘要】利用14对蓝孔雀(Pavo cristatus)和绿孔雀(p.muticus)的微卫星标记对白孔雀基因组DNA进行扩增,发现都能扩增出特异性条带,每对引物扩增的平均等位基因数为1.71,有7对引物具有较丰富的多态性,其中MCW0080和MCW0098标记期望杂合度分别为0.7207和0.7571,多态信息含量分别为0.658和0.695,表现出丰富的遗传多样性和较高的选择潜力.白孔雀×蓝孔雀和绿孔雀群体的遗传多样性分析结果表明,白孔雀、绿孔雀和蓝孔雀3个群体的杂合度和遗传多样性水平都很低,期望杂合度分别为0.2579、0.2482和0.2744,群体间的遗传分化系数为9.7%,群体间分化极显著(P<0.001),白孔雀与蓝孔雀的亲缘关系最近,Reynolds'遗传距离和基因流分别为0.0295和8.6112,表明白孔雀不是蓝孔雀一个亚种.【总页数】5页(P947-951)【作者】包文斌;吴信生;徐琪;张红霞;胡飞;陈国宏【作者单位】扬州大学动物科学与技术学院,扬州,225009;扬州大学动物科学与技术学院,扬州,225009;扬州大学动物科学与技术学院,扬州,225009;扬州大学动物科学与技术学院,扬州,225009;江苏省无锡市动物园,无锡,214035;扬州大学动物科学与技术学院,扬州,225009【正文语种】中文【中图分类】S188【相关文献】1.雉鸡微卫星DNA标记筛选及孔雀绿雉鸡群体遗传变异分析 [J], 高姗姗;付琳;袁峰;欧阳依娜;唐正红;普丽萍;田应华;钱林东;赵跃2.麋鹿的分类地位与遗传多样性研究概述 [J], 张树苗; 白加德; 李夷平; 陈颀; 梁兵宽; 李俊芳; 李俊生; 常江3.麋鹿的分类地位与遗传多样性研究概述 [J], 张树苗; 白加德; 李夷平; 陈颀; 梁兵宽; 李俊芳; 李俊生; 常江4.38株紫色土硅酸盐细菌的遗传多样性和分类地位 [J], 胡桦;陈强;李登煜;周俊初5.树木溃疡病病原真菌类群分子遗传多样性研究Ⅰ.——小穴壳菌属、疡壳孢属、壳囊孢属、盾壳霉属分类地位的分子证明 [J], 张星耀;赵仕光;朴春根;吕全;贾秀贞因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。
利用微卫星座位研究蓝孔雀的遗传结构
利用微卫星座位研究蓝孔雀的遗传结构廖玉英;孙俊丽;张冰;黄丽霞【期刊名称】《广西科学》【年(卷),期】2009(016)003【摘要】利用7对鸡的微卫星引物对蓝孔雀基因组进行种间扩增,其中4对引物能扩增出特异性条带.4个微卫星座位在蓝孔雀群体内均具有遗传多样性,基因杂合度分别为0.8775、0.7325、0.5000、0.7288,多态信息含量分别为0.8751、0.7239、0.3750、0.7123,有效等位基因数为8.1633、3.7383、2.0000、3.6866.4个微卫星座位在蓝孔雀群体中属于多态性座位,可以作为蓝孔雀群体遗传多样性的标记辅助选择位点.【总页数】4页(P338-341)【作者】廖玉英;孙俊丽;张冰;黄丽霞【作者单位】广西壮族自治区畜牧研究所,广西南宁,530001;广西壮族自治区畜牧研究所,广西南宁,530001;广西壮族自治区畜牧研究所,广西南宁,530001;广西壮族自治区畜牧研究所,广西南宁,530001【正文语种】中文【中图分类】S839【相关文献】1.利用微卫星标记分析蓝孔雀群体的遗传多样性 [J], 陈涛;苗永旺;霍金龙;魏红江;叶朗惠;潘伟荣;田应华2.利用18个微卫星座位对剑尾鱼RR-B系遗传质量的分析 [J], 刘宇飞;白俊杰;全迎春;叶星;黄志斌3.利用18个微卫星座位对剑尾鱼RR-B系遗传质量的分析 [J], 刘宇飞;白俊杰;全迎春;叶星;黄志斌4.用6个微卫星座位研究BMY牛和婆罗门牛的遗传多样性和群体遗传结构 [J], 亐开兴;朱芳贤;吴桂生;聂龙;金显栋;杨国荣;袁希平;文际坤;张亚平5.利用24个微卫星进行猪数量性状座位定位及其遗传效应分析 [J], 左波;熊远著;苏玉虹;邓昌彦;郑嵘;雷明刚;余雳因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。
- 1、下载文档前请自行甄别文档内容的完整性，平台不提供额外的编辑、内容补充、找答案等附加服务。
- 2、"仅部分预览"的文档,不可在线预览部分如存在完整性等问题,可反馈申请退款(可完整预览的文档不适用该条件!)。
- 3、如文档侵犯您的权益，请联系客服反馈,我们会尽快为您处理(人工客服工作时间：9:00-18:30)。
Abstract: The applicability of chicken microsatellite primers to peafowl population was analyzed in the present paper, and the results showed 14 of 29 pairs of microsatellite primers from chicken could amplify peafowl DNA and produce specific allele patterns. A mean of 1.71 alleles was found for each locus. Seven pairs were highly polymorphic, and MCW0080 and MCW0098 were ideal markers for peafowl. Genetic diversity analysis within and between the green peafowl and the blue peafowl populations demonstrated that the expected heterozygosity of two peafowl populations were 0.2482 and 0.2744, respectively. The inbreeding index (FST), Reynolds' genetic distance and gene flow between the two populations were 0.078, 0.0603 and 3.896 respectively. These results indicate that the heterozygosity and the genetic diversity of these two peafowl populations were very low, and suggest a tendency towards intermixing.
=1/(4Nm +1)获得。
2 结果与分析
2.1 鸡微卫星引物在孔雀中的 PCR 扩增结果
用 29 对鸡微卫星引物对孔雀基因组 DNA 模板 进行 PCR 扩增, 经检验, 其中有 14 对微卫星引物扩 增产物明显, 引物信息见表 1。14 对微卫星标记分布 于 12 条 染 色 体 或 连 锁 群 中 其 中 ADL0268 、 MCW001ቤተ መጻሕፍቲ ባይዱ 、 MCW0081 、 MCW0111 、 MCW0183 、 MCW0216、MCW0248 这 7 个座位上只有 1 个等位 基因。
遗 传 HEREDITAS (Beijing) 28(10): 1242~1246, 2006
研究报告
孔雀微卫星引物筛选及其遗传多样性分析
包文斌 1,2, 陈国宏 1, 束婧婷 1, 徐 琪 1, 李慧芳 3
(1. 扬州大学动物科学与技术学院, 扬州 225009; 2. 安徽农业大学动物科技学院, 合肥 230036; 3. 中国农业科学院家禽研究所, 扬州 225003)
10 期
包文斌等: 孔雀微卫星引物筛选及其遗传多样性分析
1243
性进行研究, 确定其遗传多样性的变化并据此及时 采取有效措施保护利用孔雀资源具有重要意义。
国内外关于孔雀的研究主要集中于饲养管理、繁 殖技术、疾病防治及产品加工等方面。近年来, 随着 分子标记技术的研究和应用, 孔雀分子遗传学的研 究也得到一定发展。常弘等 [1]、柯亚永等 [2]利用 RAPD技术分别对蓝孔雀和绿孔雀种群进行了研究, 朱世杰等 [3]对孔雀线粒体细胞色素b基因全序列进行 了分析并研究孔雀的系统进化关系。邹东方等 [4]对 孔雀活化素基因βA亚基成熟肽序列进行克隆和序列 分析, 并认为白孔雀来源于绿孔雀。但至今鲜有 孔 雀微卫星标记方面的研究报道。微卫星 (microsatellite)又 称 为 短 串 联 重 复 (short tandem repeats, STR)或简单重复序列(simple sequence repeats, SSR), 微卫星标记, 因其高度的多态性、广泛而又随 机地分布于整个基因组、共显性遗传以及适于自动 化和半自动化检测等优点, 己成为遗传连锁图谱的 构建、分子进化与系统发育研究、遗传疾病诊断、 标记辅助选择以及经济性状的QTL定位等的主要分 子标记之一 [5,6], 孔雀与鸡同属鸡形目, 两者具有较 近的亲缘关系, 因此本研究利用微卫星侧翼序列的 保守性, 筛选一定数量的鸡微卫星标记对蓝孔雀和 绿孔雀基因组DNA的多态性进行分析, 评价它们的 群体遗传结构, 为孔雀资源更有效的保护利用提供 参考。
Table 1 所在染色体 Chromosome
Chr.2 Chr.3 Chr.6 Chr.2 E46C08W48 Chr.15 Chr.5 Chr.1 Chr.7 Chr.13 W29 Chr.4 Chr.17 Chr.4
1.3 统计方法
1.3.1 遗传多样性计算 利用Microsatellite-Toolkit软件 [8]计算等位基因
频率、观察杂合度与期望杂合度。根据Botstein D 等 [9]的公式计算每一个群体每一个位点的多态信息 含量。
1.3.2 遗传分化的计算 根据FSTAT程序 [10]计算F-statistics固定指数, 由
Key words: peafowl; microsatellite; genetic diversity
孔雀属鸟纲、鸟形目、雉科、孔雀属, 按照传统 的分类学标准, 世界上共有两种孔雀, 即绿孔雀 (Green Peafowl, Pavo muticus)和蓝孔雀(Blue Peafowl, Pavo cristatus), 由于栖息环境破坏以及人为捕获,
(1. College of Animal Science and Technology, Yangzhou University, Yangzhou 225009, China; 2. College of Animal Science and Technology, Anhui Agriculture University, Heifei 230036, China; 3. Institute of Poultry Sciences, Chinese Academy of Agricultural
它们都处在灭绝的边缘, 尤其是绿孔雀, 估计在中 国现有的野生种群数量仅有 1 000 只左右, 是我国一 级濒危保护动物; 蓝孔雀为国家二级保护动物, 可 以人工繁殖, 极具开发价值。因此,对孔雀遗传多样
收稿日期: 2006-04-14; 修回日期: 2006-05-12 基金项目: 国家 863 计划(国家高技术研究发展计划项目)(编号：2001AA243082)；国家自然科学基金资助项目(编号：30170673)[Supported by
摘 要: 利用 29 对鸡微卫星标记对孔雀基因组 DNA 进行种间扩增, 发现 14 对引物能扩增出特异性条带, 每对引物扩 增的平均等位基因数为 1.71, 有 7 对引物具有较丰富的多态性, 其中 MCW0080 和 MCW0098 最为理想。蓝孔雀和绿孔 雀群体间和群体内的遗传分析结果表明, 绿孔雀和蓝孔雀两个群体的期望杂合度分别为 0.7422 和 0.6943, 群体间的遗 传分化系数为 0.078, Reynolds’遗传距离和基因流分别为 0.0603 和 3.896, 结果显示这两个孔雀群体的杂合度和遗传多样 性水平都很低, 且有相互混杂的趋势。
1 材料和方法
1.1 实验动物
实验所用蓝孔雀和绿孔雀均来自于云南省野生 动物救护中心, 其中蓝孔雀 16 只, 绿孔雀 12 只, 雌 雄各半, 翼静脉采血, 血液现场裂解。用蛋白酶K-酚 抽提法 [7]提取血样中DNA, 提取的DNA用紫外分光 光度计测定其含量和纯度, －20℃保存备用。
1.2 基因型测定
Chinese National Programs for High Technology Research and Development (No. 2001AA243082) and National Nature Science Foundation of China (No. 30170673)] 作者简介: 包文斌(1974－)，男，安徽贵池人，讲师，在读博士，研究方向：动物遗传资源评价、保护与利用。E-mail: wbbao1974@ 通讯作者: 陈国宏(1963－)，男，江苏扬州人，博士，教授，博导生导师，研究方向：动物遗传资源评价、保护与利用。Tel: 0514-7979230； E-mail: ghchen@
2.2 群体内的遗传变异
2 个孔雀群体中共检测到 26 个等位基因。期望 杂合度、平均多态信息含量列于表 2。单个位点的等 位基因数从 1(ADL0268、MCW0014、MCW0081、 MCW0111、MCW0183、MCW0216 和 MCW0248) 到 4(MCW0080 和 MCW0098)不等, 平均为 1.71。对 于整个群体, ADL0268 等 7 个位点因为只有 1 个等位 基因, 位点的期望杂合度和 PIC 值最低, 为 0; 而 MCW0098 位点则拥有最高的期望杂合度和 PIC 值, 为 0.7422 和 0.6943。2 个孔雀群体的平均期望杂合
使用本研究室 29 对鸡微卫星引物(德国联邦农 业研究所 Steffen Weigend 博士提供)对孔雀基因组 DNA 模板进行 PCR 扩增, 8 μL 反应体系: 模板 DNA 20 ng, 正向引物、反向引物各 10 pmol, 其中正向引 物标有 IRD700 或 IRD800(MWG-Biotech, Ebersberg, Germany), 4 μL HotStarTaq Master Mix (QIAGEN, Germany)。扩增程序为 95℃预变性 15 min; 95℃变性