研究生 生物信息学 蛋白部分(上机)_1[30页]
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UniProKB数据库
实例： 获取SOD1人超氧化物歧 化酶的功能及结构信息。
输入 http://www.uniprot.org
以人类SOD1为例，介绍Uniprot数据库中贮存形式
选择目标数据库
输入目标蛋白
点击查找
最常见物种
选择物种为人的SOD1蛋白
快速导航栏 方便查找
蛋白主要的功能
特征序列注释
在基因表达谱分析中，GO常用于提供基因功能分类标 签和基因功能研究的背景知识。利用GO的知识体系和 结构特点，旨在发掘与基因差异表达现象关联的单个 特征基因功能类或多个特征功能类的组合。
命名及物种
正式名称 别名
物种
亚细胞定位
GO：细胞组分
蛋白缺陷与疾病
OMIM链接“在线人类孟德尔遗 传”
蛋白质的翻译后修饰
GO分析 分子功能、生物过程
Gene Ontology（GO分类）
Gene Ontology包含了基因参与的生物过程，所处的细 胞位置，发挥的分子功能三方面功能信息，并将概念 粗细不同的功能概念组织成DAG（有向无环图）的结 构。
Gene Ontology是一个使用有控制的词汇表和严格定义 的概念关系，以有向无环图的形式统一表示各物种的 基因功能分类体系，从而较全面地概括了基因的功能 信息。
氨基酸修饰：乙酰化、磷酸化等
蛋白质表达
蛋白质参与的相互作用
STRING数据库中 SOD1蛋白与其他蛋白相互作用信息
蛋白质结构
点击进入PDB数据库中该蛋白的链接
蛋白家族和结构域
Prosite数据库中的保守结构域
Prosite数据库中的人SOD1蛋白的保守结构域
蛋白质序列
FASTA格式序列
KEGG通路分析
KEGG日本京都基因和基因组百科全书
全球影响力最大的代谢数据库之一，它的生物学 途 径 （ pathway ） 数 据 库 有 细 分 成 代 谢 （ metabolism ） 、 遗 传 信 息 处 理 （ genetic information processing ） 、 环 境 信 息 处 理 （environmental information processing）细胞代谢 （cellular process）和人类疾病（human disease）5 个方面
蛋白涉及5条通路 点击进入详细源自文库目
SOD1参与的过氧化物酶途径
蛋白质在其他数据库中的链接
SOD1 相关的文献
课堂练习作业： 查询人类P53蛋白，说明其主要功能、主
要的结构域、主要的翻译后修饰、参与的代 谢途径、相互作用的蛋白、主要涉及的疾病
FASTA格式
FASTA格式第一行是描述行，第一个字符必须是“>”字符。 随后的行是序列本身，每行序列不超过80个字符。 序列由标准的IUB/IUPAC氨基酸和核酸代码代表。
>sp|P00441|SODC_HUMAN Superoxide dismutase [Cu-Zn] OS=Homo sapiens GN=SOD1 PE=1 SV=2 MATKAVCVLKGDGPVQGIINFEQKESNGPVKVWGSIKGLTEGLHGFHVHEFGDNTAGCTS AGPHFNPLSRKHGGPKDEERHVGDLGNVTADKDGVADVSIEDSVISLSGDHCIIGRTLVV HEKADDLGKGGNEESTKTGNAGSRLACGVIGIAQ
实例： 获取SOD1人超氧化物歧 化酶的功能及结构信息。
输入 http://www.uniprot.org
以人类SOD1为例，介绍Uniprot数据库中贮存形式
选择目标数据库
输入目标蛋白
点击查找
最常见物种
选择物种为人的SOD1蛋白
快速导航栏 方便查找
蛋白主要的功能
特征序列注释
在基因表达谱分析中，GO常用于提供基因功能分类标 签和基因功能研究的背景知识。利用GO的知识体系和 结构特点，旨在发掘与基因差异表达现象关联的单个 特征基因功能类或多个特征功能类的组合。
命名及物种
正式名称 别名
物种
亚细胞定位
GO：细胞组分
蛋白缺陷与疾病
OMIM链接“在线人类孟德尔遗 传”
蛋白质的翻译后修饰
GO分析 分子功能、生物过程
Gene Ontology（GO分类）
Gene Ontology包含了基因参与的生物过程，所处的细 胞位置，发挥的分子功能三方面功能信息，并将概念 粗细不同的功能概念组织成DAG（有向无环图）的结 构。
Gene Ontology是一个使用有控制的词汇表和严格定义 的概念关系，以有向无环图的形式统一表示各物种的 基因功能分类体系，从而较全面地概括了基因的功能 信息。
氨基酸修饰：乙酰化、磷酸化等
蛋白质表达
蛋白质参与的相互作用
STRING数据库中 SOD1蛋白与其他蛋白相互作用信息
蛋白质结构
点击进入PDB数据库中该蛋白的链接
蛋白家族和结构域
Prosite数据库中的保守结构域
Prosite数据库中的人SOD1蛋白的保守结构域
蛋白质序列
FASTA格式序列
KEGG通路分析
KEGG日本京都基因和基因组百科全书
全球影响力最大的代谢数据库之一，它的生物学 途 径 （ pathway ） 数 据 库 有 细 分 成 代 谢 （ metabolism ） 、 遗 传 信 息 处 理 （ genetic information processing ） 、 环 境 信 息 处 理 （environmental information processing）细胞代谢 （cellular process）和人类疾病（human disease）5 个方面
蛋白涉及5条通路 点击进入详细源自文库目
SOD1参与的过氧化物酶途径
蛋白质在其他数据库中的链接
SOD1 相关的文献
课堂练习作业： 查询人类P53蛋白，说明其主要功能、主
要的结构域、主要的翻译后修饰、参与的代 谢途径、相互作用的蛋白、主要涉及的疾病
FASTA格式
FASTA格式第一行是描述行，第一个字符必须是“>”字符。 随后的行是序列本身，每行序列不超过80个字符。 序列由标准的IUB/IUPAC氨基酸和核酸代码代表。
>sp|P00441|SODC_HUMAN Superoxide dismutase [Cu-Zn] OS=Homo sapiens GN=SOD1 PE=1 SV=2 MATKAVCVLKGDGPVQGIINFEQKESNGPVKVWGSIKGLTEGLHGFHVHEFGDNTAGCTS AGPHFNPLSRKHGGPKDEERHVGDLGNVTADKDGVADVSIEDSVISLSGDHCIIGRTLVV HEKADDLGKGGNEESTKTGNAGSRLACGVIGIAQ