pbs提交作业

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HPC作业调度系统openPBS说明

1．首先是到 openpbs 的目录下面执行./configure。执行这个命令有很多选项，执行./configure --help 可以获得相关的信息。一般用默
认的设置就行，这里说一下要注意的几个选项。 --enable-docs 这个选项是用来安装 PBS 的文档的，默认是 disable 的。 --enable-debug 这个选项允许 PBS 进行 debug,默认也是 disable 的。 --set-default-server=your_server_name,指定默认的 server --set-server-home=your_pbs_Home_path, 指定 PBS_HOME 的路径，默认是在 /usr/spool/PBS
openpbs 的安装及使用
【一】简介 PBS是Portable Batch System的简称，是一个管理任务和计算机资源的系统。它能接受由shell
脚本和控制属性组成的任务，并且保存任务直到任务被运行，运行完任务后会把结果送回提交作业的用户。
openpbs就是开源可以免费使用的PBS。 openpbs既可以运行在单机系统上，也可以运行在机群上，适应性很强。
set queue medium max_running = 10 set queue medium resources_max.cput = 02:00:00 set queue medium resources_min.cput = 00:20:01 set queue medium resources_default.cput = 02:00:00 set queue medium enabled = True set queue medium started = True # # Create and define queue small # create queue small set queue small queue_type = Execution set queue small Priority = 100 set queue small max_running = 10 set queue small resources_max.cput = 00:20:00 set queue small resources_default.cput = 00:20:00 set queue small enabled = True set queue small started = True # # Create and define queue default # create queue default set queue default queue_type = Route set queue default max_running = 10 set queue default route_destinations = small set queue default route_destinations += medium set queue default route_destinations += long set queue default route_destinations += verylong set queue default enabled = True set queue default started = True # # Set server attributes. # set server scheduling = True set server max_user_run = 6 set server acl_host_enable = True set server acl_hosts = * set server default_queue = default set server log_events = 63 set server mail_from = adm set server query_other_jobs = True set server resources_default.cput = 01:00:00 set server resources_default.neednodes = 1 set server resources_default.nodect = 1 set server resources_default.nodes = 1

pbs提交作业

pbs提交作业如何如何使⽤使⽤pbs 提交作业1 串⾏任务提交⽤户通过qsub 命令来向系统提交任务，有两种⽅式提交：脚本⽅式和命令⾏⽅式。

（⼀般情况下，不允许root ⽤户使⽤qsub 命令提交作业）1.1 脚本⽅式提交⽤户将需要执⾏的程序或命令写⼊脚本中，再加⼊⼀些必要或者可选的语句，就可以通过脚本⽅式提交。

脚本提交⽐较⽅便，⽤户可以⽤最简单的⽂字编辑器（例如vi ）编写⼀个脚本，然后使⽤qsub 命令提交该脚本，pbs 会按照脚本内容执⾏相应的任务。

脚本提交的不⾜之处就是需要⽤户执⾏任务前编写脚本。

脚本⽅式提交任务的⼀般格式为：qsub[script_name]，script_name 是任务脚本的名称。

下⾯介绍pbs 任务脚本的编写⽅法。

pbs 任务脚本包括三部分：shell 说明语句：⽤来说明⽤户使⽤的是哪种shell ，例如 #!/bin/sh 说明⽤户需要使⽤Bourne shell ，如果⽤户没有指定，则默认为 Bourne shell pbs 指⽰语句：pbs 指⽰语句是⽤户⽤来请求任务运⾏时所需的资源或设置任务的⼀些属性的。

以#PBS 开头，如#PBS –N taskname 是⽤来设置任务名称的。

pbs 指⽰语句是可选的，⽤户可以不⽤关⼼它如何写，系统会⾃动设置。

pbs 指⽰句的⼀个主要作⽤是请求任务执⾏时所需要的系统资源，如cpu 数⽬，存储容量，运⾏时间，运⾏优先级等等。

以脚本⽅式提交的任务的资源请求是通过pbs 指⽰语句，⼀般格式为 #PBS –l [选项=] [选项对应的值]，如#PBS –l ncpus=5表⽰请求5个cpu 为之服务。

系统资源如下表所⽰资源描述举例 arch 所需要的系统结构，只⽤在资源块中 -l arch=linux cput 任务的所有进程拥有的最⼤cpu 执⾏时间 -l cput=1:00:00 file 任务能够创建的⽂件的⼤⼩ -l file=45mb nodes 主机的个数-l nodes=2 ppn 每个主机的处理器个数 -l nodes=2:ppn=2 host指定执⾏主机的名称-l nodes=X:host 分配X 个主机名称中含有host 的执⾏节点mem 任务的所有进程能够分配到的最⼤物理内存数 -l mem=100mb ncpus 请求的cpu 数-l ncups=5 nice 任务运⾏时的nice 优先级值-l nice=3 pcput 任务的任何⼀个进程拥有的最⼤cpu 执⾏时间 -l pcput=1:00:00 pmem 任务的任何⼀个进程能够分配到的最⼤物理内存数 -l pmem=45mb pvmem 任务的任何⼀个进程能够使⽤的虚拟内存的最⼤数 -l pvmem=100mb vmem 任务的所有并发进程能够使⽤的最⼤虚存数 -l vmem=100mb walltime任务可以处于运⾏态的最⼤wall-clock 时间-l walltime=1:00:00注：表中最常⽤的⼏种资源是：nodes, ppn, walltime, ncpus, mem 。

pbs使用手册

pbs使用手册PBS（Portable Batch System）是一种用于管理和调度作业的软件系统，广泛应用于高性能计算和云计算环境。

以下是PBS使用手册的简要介绍：1. 作业提交：用户可以使用PBS命令行工具或脚本提交作业。

提交作业时，需要指定作业的名称、脚本文件、执行所需的资源等信息。

作业提交后，PBS会将作业放入队列中等待调度。

2. 作业调度：PBS使用作业调度器来决定作业的执行顺序。

调度器会根据作业的优先级、资源需求和可用资源的情况来选择合适的作业执行。

3. 作业执行：一旦作业被调度器选中，PBS会将作业分配到指定的计算节点上执行。

在作业执行期间，PBS会监控作业的运行状态，确保资源的正确使用和管理。

4. 作业管理：用户可以通过PBS命令行工具或Web界面查看作业的状态、资源使用情况、执行日志等信息。

用户还可以对作业进行控制，如暂停、恢复、杀死等操作。

5. 资源管理：PBS提供了一套完整的资源管理机制，包括对计算节点、存储设备和网络资源的管理。

用户可以通过PBS来申请和释放资源，以满足作业的资源需求。

6. 用户认证和权限管理：PBS支持用户认证和权限管理功能，以确保只有授权用户才能提交和管理作业。

用户需要使用有效的用户名和密码登录系统，并具有相应的权限来执行特定的操作。

7. 日志和监控：PBS提供了详细的日志记录和监控功能，以便用户了解作业的执行情况和系统的运行状态。

用户可以通过查看日志文件来获取作业的执行日志、系统事件等信息。

以上是PBS使用手册的简要介绍，具体的操作细节和配置选项可能因版本和实际应用而有所不同。

建议查阅具体版本的PBS文档或向专业人员咨询以获得更详细的信息和使用指导。

PBS,QSUB常用命令

PBS,QSUB常用命令1、后台提交作业qsub语法: qsub [-a date_time] [-A account_string] [-e path] [-h] [-I] [-j join] [-k keep] [-l resource_list] [-m mail_options] [-n Node_allocation_Method [-L v1,[v2,[v3,[v4]]]]] [-M user_list] [-N name] [-o path] [-p priority] [-q pool] [-r y|n] [-u user_list] [-v variable_list] [-V] [script]参数: script参数被省略时，该命令可以从标准输入获得脚本文件名。

-a 间。

格式为[[[[CC]YY]MM]DD]hhmm[.SS]。

CC表示世纪，YY 表示年（后两位数字），MM表示月（两位数字），DD表示天（两位数字），hh表示小时（两位数字），mm表示分（两位数字），SS 表示秒（两位数字）。

如果DD指定的是未来日子，而未指定MM，则MM缺省值为当前月，否则，MM的缺省值为下个月。

如果hhmm 指定的未来时间，而未指定DD,则DD的缺省值为当天，否则，DD的缺省值为明天。

如果提交作业时使用该选项，当指定时间还没到时，作业状态显示为”W”。

-e 指定错误输出文件名，格式为[hostname:]path_home。

Hostname是返回错误输出文件的主机名，path_home是错误输出文件的绝对路径，如果指定了相对路径，则相对用户的主目录。

不使用该选项时，缺省值是在用户主目录下，以“作业名.e作业ID”命名的文件-o 指定输出文件名，格式为[hostname:]path_home。

缺省值是在用户主目录下，以“作业名.e作业ID”命名的文件-h 指定在提交作业时，设置用户级’u’挂起。

PBS用户使用指南

PBS是公开源代码的作业管理系统，在此环境下运行，用户不需要指定程序在哪些节点上运行，程序所需的硬件资源由PBS管理和分配。

1、PBS命令PBS提供用于作业管理的命令。

(1)qsub 命令—用于提交作业脚本命令格式：qsub [-a date_time] [-c interval] [-C directive_prefix][-e path] [-I] [-j join] [-k keep] [-l resource_list] [-m mail_options][-M user_list][-N name] [-o path] [-p priority] [-q destination] [-r c][-S path_list] [-u user_list][-v variable_list] [-V][-W additional_attributes] [-z][script]参数说明：因为所采用的选项一般放在pbs脚本中提交，所以具体见PBS脚本选项。

例：# qsub aaa.pbs 提交某作业，系统将产生一个作业号(2)qstat 命令—用于查询作业状态信息命令格式：qatat [-f][-a][-i] [-n][-s] [-R] [-Q][-q][-B][-u]参数说明：-f jobid 列出指定作业的信息-a 列出系统所有作业-i 列出不在运行的作业-n 列出分配给此作业的结点-s 列出队列管理员与scheduler所提供的建议-R 列出磁盘预留信息-Q 操作符是destination id，指明请求的是队列状态-q 列出队列状态，并以alternative形式显示-au userid 列出指定用户的所有作业-B 列出PBS Server信息-r 列出所有正在运行的作业-Qf queue 列出指定队列的信息-u 若操作符为作业号，则列出其状态。

若操作符为destination id，则列出运行在其上的属于user_list中用户的作业状态。

pbs作业管理命令

pbs作业管理命令PBS 提供4 条命令⽤于作业管理。

(1) qsub 命令—⽤于提交作业脚本命令格式：qsub [-a date_time] [-c interval] [-C directive_prefix][-e path] [-I] [-j join] [-k keep] [-l resource_list] [-m mail_options][-M user_list][-N name] [-o path] [-p priority] [-q destination] [-r c][-S path_list] [-u user_list][-v variable_list] [-V][-W additional_attributes] [-z][script]参数说明：因为所采⽤的选项⼀般放在pbs 脚本中提交，所以具体见PBS 脚本选项。

例：# qsub aaa.pbs 提交某作业，系统将产⽣⼀个作业号(2) qstat 命令—⽤于查询作业状态信息命令格式：qatat [-f][-a][-i] [-n][-s] [-R] [-Q][-q][-B][-u]参数说明：-f jobid 列出指定作业的信息-a 列出系统所有作业-i 列出不在运⾏的作业-n 列出分配给此作业的结点-s 列出队列管理员与scheduler 所提供的建议-R 列出磁盘预留信息-Q 操作符是destination id，指明请求的是队列状态-q 列出队列状态，并以alternative 形式显⽰-au userid 列出指定⽤户的所有作业-B 列出PBS Server 信息-r 列出所有正在运⾏的作业-Qf queue 列出指定队列的信息-u 若操作符为作业号，则列出其状态。

若操作符为destination id，则列出运⾏在其上的属于user_list 中⽤户的作业状态。

例：# qstat -f 211 查询作业号为211 的作业的具体信息。

PBS管理系统--torque

PBS 管理系统（一）作业提交系统Torque 个人安装总结(PBS)PBS 是功能最为齐全，历史最悠久，支持最广泛的本地集群调度器之一。

PBS 的目前包括openPBS，PBS Pro 和Torque 三个主要分支。

其中OpenPBS 是最早的PBS 系统，目前已经没有太多后续开发，PBS pro 是PBS 的商业版本，功能最为丰富。

Torque 是Clustering 公司接过了OpenPBS，并给与后续支持的一个开源版本。

下面是本人安装torque 的过程。

一、Torque 安装在master（管理结点上）1、解压安装包[root@master tmp]# tar zxvf torque-2.3.0.tar.gz2、进入到解压后的文件夹./configure --with-default-server=mastermakemake install3、（1）[*********************.0]#./torque.setup<user><user>必须是个普通用户（2）[*********************.0]#makepackages把产生的 tpackages , torque-package-clients-linux-x86-64.sh,torque-package-mom-linux-x86-64.sh 拷贝到所有节点。

（3）[root@mastertorque-2.3.0]# ./torque-package-clients-linux-x86_64.sh --install[*********************.0]#./torque-package-mom-linux-x86_64.sh --install（4）编辑/var/spool/torque/server_priv/nodes （需要自己建立）加入如下内容master np=4node01 np=4........node09 np=4（5）启动pbs_server,pbs_sched,pbs_mom,并把其写到/etc/rc.local 里使其能开机自启动。

PBS作业调度系统

PBS的环境变量
变量名
说明
登陆SHELL继承来的变量 $PBS_O_HOST $PBS_O_QUEUE $PBS_O_WORKDIR $PBS_JOBID $PBS_JOBNAME $PBS_NODEFILE
$PBS_QUEUE
包括$HOME，$LANG，$LOGNAME，$PATH，$MAIL， $SHELL和$TZ。
# 这是一个并行作业脚本的例子 #PBS -N vasp.Hg #PBS -j oe #PBS -l nodes=2:ppn=12:amd #PBS -q low
echo "This jobs is "$PBS_JOBID@$PBS_QUEUE NP=`cat $PBS_NODEFILE | wc -l` cd $PBS_O_WORKDIR mpirun -np $NP -machinefile $PBS_NODEFILE ./vasp
93.node1 test.pbs
zhaocs
95.node1 vasp.Hg
vasp
111.node1 structure
amber
Time Use S Queue -------- - ----0 R default 0 E default 0 Q default
qdel 93.node1 注：用户只能删除自己的作业，管理员可以删除所有用户作业
qsub提交的节点名称
qsub提交的作业的最初队列名称
qsub提交的作业的绝对路径
作业被PBS系统指定的作业号
用户指定的作业名，可以在作业提交的时候用qsub –N <作业名> 指定，或者在PBS脚本中加入#PBS –N <作业名>。
PBS系统指定的作业运行的节点名。该变量在并行机和机群中使用。当在PBS脚本中用#PBS –l nodes=2:ppn=2指定程序运行的节点数时，可以使用$PBS_NODEFILE在脚本中引用PBS系统指定的作业运行的节点名。比如：

PBS管理系统(两篇)2024

引言概述：本文将详细介绍PBS管理系统的相关内容。

PBS管理系统是一种专门设计用于管理和调度计算机集群资源的系统。

随着计算机集群的规模和复杂性不断增加，PBS管理系统在提高资源利用率、优化作业调度、降低负载等方面发挥着重要作用。

本文将从五个主要方面进行阐述，分别是资源管理、作业调度、性能优化、用户界面和安全性。

正文内容：一、资源管理1. 节点管理：介绍如何通过PBS管理系统对计算机集群中的节点进行管理，包括添加、删除、配置等操作。

2. 队列管理：详细介绍如何创建和管理多个队列，以及如何为不同类型的作业分配合适的队列。

3. 资源分配策略：探讨不同的资源分配策略，如按照节点数量、负载情况、作业优先级等进行资源分配。

4. 优先级管理：解释如何设置作业的优先级，以便合理分配资源和满足用户需求。

5. 负载平衡：说明如何通过PBS管理系统实现计算机集群的负载平衡，提高资源利用率和系统性能。

二、作业调度1. 作业提交与监控：介绍如何通过PBS管理系统提交和监控作业的状态、进程和资源使用情况。

2. 作业依赖性管理：讨论如何设置作业之间的依赖关系，以实现作业之间的顺序执行和数据传递。

3. 作业调度策略：探讨不同的作业调度策略，包括先来先服务、最短作业优先、公平分享等，以满足用户需求和提高系统性能。

4. 作业优化技巧：介绍一些优化作业调度性能的技巧，如并行作业调度、负载预测等。

5. 容错与恢复：详细说明如何通过PBS管理系统实现作业容错和故障恢复，保证作业的可靠执行。

三、性能优化1. 系统调优：介绍如何通过调整系统参数、优化硬件设备和网络等方式提高系统的整体性能。

2. 作业性能分析：讨论如何通过PBS管理系统对作业性能进行分析，找出性能瓶颈并进行优化。

3. 资源利用率优化：探讨如何通过合理的资源分配和负载平衡来提高资源利用率和系统性能。

4. 作业并行计算优化：解释如何通过并行计算技术优化作业的计算性能，提高作业执行速度和效率。

pbs提交作业

PBS提交作业介绍PBS（Portable Batch System）是一种用于提交、管理和调度作业的系统。

它是一个开放源代码的作业调度系统，在大规模的并行计算环境中被广泛使用。

本文将详细介绍如何使用PBS提交作业，包括作业的准备、提交、管理和调度等方面。

准备作业在使用PBS提交作业之前，我们需要准备好作业的相关内容。

包括作业的脚本、输入数据和输出路径等。

编写作业脚本作业脚本是用于告诉PBS系统如何运行作业的脚本文件。

它通常是一个批处理脚本，可以使用各种编程语言编写，比如Shell脚本、Python脚本等。

作业脚本需要包括作业的运行命令、输入参数、输出路径等信息。

以下是一个示例的PBS作业脚本：#PBS -N MyJob#PBS -l nodes=1:ppn=8#PBS -l walltime=1:00:00#PBS -o output.log#PBS -e error.logcd $PBS_O_WORKDIRecho "Job started on `hostname` at `date`"# 运行作业命令./myjob.exe -input input.txt -output output.txtecho "Job ended at `date`"上述脚本中的PBS指令用于设置作业的相关参数，包括作业名称、使用节点数量、运行时间限制、标准输出和错误输出文件等。

在作业脚本的末尾，我们可以定义具体的作业运行命令。

准备输入数据在提交作业之前，我们需要确保有足够的输入数据供作业使用。

可以将输入数据存放在本地文件系统或者分布式文件系统中，根据实际情况来选择。

设置输出路径作业运行结束后，输出的结果需要保存在一个确定的路径上。

可以将输出数据存放在本地文件系统或者指定的网络存储中。

提交作业准备完作业相关内容后，我们可以使用PBS提交作业。

在PBS环境下，通过使用qsub命令来提交作业。

pbs系统使用文档

作业管理系统（PBS+MAUI）使用说明用户篇12一、本文档符号说明1、命令、代码和超链接采用斜体五号字表示2、二、PBS 脚本编辑pbs 系统通过脚本方式提交作业，因此，在发起作业之前，需要编写pbs 系统能够识别的脚本。

1、作业脚本： 1.1 串行作业：(test.pb)#!/bin/sh #PBS -N test//pbs 任务名#PBS -l nodes=1:ppn=1//指定一个节点与一个处理器核心进行计算echo "This job is "$PBS_JOBID@$PBS_QUEUE cd $PBS_O_WORKDIR touch test.tmp//修改为执行文件1.2 并行作业：(test2.pb)#!/bin/sh #PBS -N test2//pbs 任务名#PBS -l nodes=5:ppn=4//指定5个节点，每节点4个处理器核心进行计算#PBS -q@gnode21 cd $PBS_O_WORKDIR/opt/mpich1.2.7/bin/mpirun -np 20 -machinefile $PBS_NODEFILE ./cpi //修改为可执行并行文件1.3 单进程多线程作业：#!/bin/sh #PBS -N test3//pbs 任务名#PBS -l nodes=1:ppn=4//划分1个节点，每节点4个处理器核心的计算资源cd $PBS_O_WORKDIR3./XXX //修改为可执行文件1.4 多进程多线程作业：#!/bin/sh #PBS -N test3//pbs 任务名#PBS -l nodes=5:ppn=1//划分5个节点，每节点1个处理器核心的计算资源，让pbs 自动扩充计算需要的线程#PBS -q@gnode21 cd $PBS_O_WORKDIR/opt/mpich1.2.7/bin/mpirun -np 20 -machinefile $PBS_NODEFILE ./XXX //修改为可执行并行文件2、 pbs 命令： 2.1 发作业$ qsub test.pb2.2 查看作业状态$ showq2.3 查看节点状态$ pbsnodes -a2.4 删除作业$ canceljob ID3、其他特殊需求3.1 当需要对作业运行所在节点进行预处理时，如需要在运行作业前source 某个配置文件，可采用在pbs 脚本中添加命令的方式实现，如下（红色为添加部分）：#PBS -N test#PBS -l nodes=3:ppn=1echo "This job is "$PBS_JOBID@$PBS_QUEUE for i in $(uniq $PBS_NODEFILE) dorsh $i source XXXX4donempirun …… //执行实际任务！4、三、其他需要注意的地方1、由于mpich 编译的多线程程序可能存在导致pbs 僵尸的问题，因此建议大家采用openmpi 编译多线程程序。

PBS作业调度使用方法

PBS作业调度使用方法:1.IBM HPC Platform 作业提交流程用户需要使用集群资源进行作业计算时，需要使用作业调度系统。

IBM HPC Platform集群采用的是开源的Torque+Maui作业调度系统。

●任何用户都需要产生Job_que.sh任务作业脚本:>> genQue当前文件夹下会产生一个Job_que.sh 的shell作业脚本文件●编辑Job_que.sh任务作业脚本:>> vi Job_que.sh●提交Job_que.sh任务作业脚本:>> qsub Job_que.sh注意：在Job_que.sh中，所有任务的运行时间超过120小时的情况下，job作业将会被自动停止！如果有疑问和延长作业运行时间的需要请直接联系管理员。

具体的更多关于任务作业脚本的说明、使用和提交请参考vi和本章第2小节：Torque PBS作业调度系统使用说明。

2.Torque PBS作业调度系统使用说明Torque PBS 提供对批处理作业和分散的计算节点(Compute nodes)的控制。

PBS是Protable Batch System的缩写，是一个任务管理系统。

当多个用户使用同一个计算资源时，每个用户用PBS脚本提交自己的任务，由PBS对这些任务进行管理和资源的分配。

●matlab作业的PBS脚本说明：#!/bin/sh#PBS -N JOB#PBS -l nodes=1:ppn=8#PBS -l feature=xe#PBS -l naccesspolicy=singlejob#PBS -o RunJob.out#PBS -e RunJob.err#PBS -l walltime=120:00:00#PBS -q batchecho --------- `date` ----------echo HomeDirectory is $PWDechoecho Current Dir is $PBS_O_WORKDIRechocd $PBS_O_WORKDIRecho "------------This is the node file -------------"cat $PBS_NODEFILEecho "-----------------------------------------------"cat $PBS_NODEFILE > host.mpdnp=$(cat $PBS_NODEFILE | wc -l)echo The number of core is $npechoecho#-----------------------------------------------------## OpenMPI Job Submitting Example ### mpirun -np $np -machinefile host.mpd $BINPATH ...###-__--------------------------------------------------## -__- have fun! #matlab –nojvm –nodesktop < test.m > log将这个脚本保存成为Job_que.sh后，使用然后qsub Job_que.sh就将这个任务提交给了系统。

PBS脚本JobSubmissionandScheduling（PBSScripts）

PBS脚本JobSubmissionandScheduling（PBSScripts）参考：⼀介绍超算系统使⽤作业队列来管理计算任务的执⾏。

将计算任务提交到作业队列后，它们将在队列中等待，直到有可⽤的适当的计算资源。

常见的排队系统为PBS(Portable Batch System.)。

要将作业提交到PBS队列，⽤户可以创建PBS作业脚本（PBS job scripts）。

PBS作业脚本包含有关计算所需资源的信息，以及⽤于执⾏计算的命令。

⼆ PBS Script格式PBS作业脚本是⼀个⼩型⽂本⽂件，其中包含有关作业所需资源的信息，包括时间，节点数和内存。

PBS脚本还包含让超算系统执⾏的命令（commands needed to begin executing the desired computation）。

⽐如linux系统命令（由超算的操作系统决定）。

PBS作业脚本⽰例：1 #!/bin/bash -l2 #PBS -l walltime=8:00:00,nodes=1:ppn=8,mem=10gb3 #PBS -m abe4#*************************5 cd ~/program_directory6 module load intel7 module load ompi/intel8 mpirun -np 8 program_name < inputfile > outputfilePBS脚本的第⼀⾏定义了将使⽤哪种shell读取脚本（系统将如何读取⽂件）。

建议使第⼀⾏＃！/ bin / bash -l⽤于PBS查询系统的命令以 #PBS 开头。

上⾯的⽰例脚本中的第⼆⾏包含PBS资源请求。

该⽰例作业将需要8个⼩时，每个节点8个处理器核（ppn），以及10 GB的内存（mem）。

资源请求必须包含适当的值；如果请求的时间，处理器或内存不适合硬件，则该作业将⽆法运⾏。

pbs作业系统的应用原理

PBS作业系统的应用原理什么是PBS作业系统？PBS（Portable Batch System）作业系统是一种用于管理和调度大规模计算集群上任务的软件系统。

它允许用户向集群提交作业，并负责分配集群资源、调度任务和监控作业执行情况。

PBS作业系统的应用原理PBS作业系统的应用原理可以概括为以下几个步骤：1.作业定义和提交:–用户使用PBS命令行工具或PBS作业管理界面定义作业的资源需求、执行命令、作业优先级等参数。

–用户将作业提交给PBS作业队列。

2.资源请求和分配:–PBS作业队列接收到用户提交的作业后，根据作业的资源需求、当前集群的资源状况和调度策略，决定将作业放入哪个作业队列。

–当作业队列中有可用资源时，PBS作业调度器将根据作业的优先级和其他调度策略，为作业分配资源。

–资源可以包括CPU核心、内存、GPU等。

3.作业执行:–一旦作业被分配到资源，PBS作业系统将启动相应的进程来执行该作业。

–PBS作业系统会为每个作业分配一个专门的执行环境，以避免作业之间的干扰。

–作业执行过程中，PBS作业系统会监控作业的状态，并记录相关日志。

4.作业调度和控制:–在作业执行过程中，PBS作业系统会根据资源的可用情况和调度策略，以及作业的优先级，动态调整作业队列中的作业顺序。

–如果作业的资源需求无法满足，作业将被暂时挂起，直到有足够的资源可用时再继续执行。

–PBS作业系统还支持作业的暂停、恢复、终止等控制操作。

5.作业完成和输出:–一旦作业完成，PBS作业系统会将作业的输出文件复制到指定的目录。

–用户可以通过PBS作业系统提供的命令行工具或界面查看作业的状态和输出结果。

PBS作业系统的优点•资源利用率高：PBS作业系统能够根据资源的可用情况和作业的优先级，动态调整作业队列中的作业顺序，从而最大化资源的利用率。

•作业调度灵活：PBS作业系统支持多种调度策略，用户可以根据实际需求选择最合适的调度策略。

同时，PBS作业系统还允许用户自定义调度策略。

PBS简要使用说明

PBS作业调度系统简要使用说明提交作业以test01用户登录到lxcn01..04任一节点,并ssh到lx0110上使用qsub命令行提交作业下面是418号作业的输出使用脚本提交作业脚本内容如下：提交作业及查看作业状态（要查看列详尽作业相关请执行qstat -f job_id）：下面的为419号作业标准输出部分截图作业提交脚本编写参考其实质是shell脚本，只不过添加了一些PBS参数或设定而已常用的PBS选项有：这里要特别说明一下是的#PBS -l，其格式与qsub -l是一样的，下面举例说明ex1: qsub -l nodes=5等价于脚本中的#PBS -l nodes=5,表示使用集群中任意五个节点来执行该作业ex2: qsub -l nodes=2:server+14等价于脚本中的#PBS -l nodes=2:server+14,表示使用集群中的两个server节点与另外十四个节点来执行该作业ex3: qsub -l nodes=4:ppn=2等价于脚本中的 #PBS -l nodes=4:ppn=2，表示该作业需要四个节点且每个节点都有两个虚拟处理器空闲ex4: qsub -l nodes=lx0111:ppn=4+lx0112:ppn=2等价于脚本中的#PBS -l nodes=lx0111:ppn=4+lx0112:ppn=2，表示该作业需要lx0111上的四个空闲处理器与lx0112上的两个空闲处理器来共同完成注：更详细用法请参照官方手册常用命令pbsnodes: 查看节点状态相关参数有：-a 列出所有结点及其属性，属性包括“state”和“properties”-o 将指定结点的状态标记为“offline”。

这将帮助管理员暂时停止某些结点的服务-l 以行的方式列出被标记的结点的状态，如-l free，-l offline-c 清除结点列表中的“offline”或“down”状态设置，使结点可以被分配给作业-r 清除指定结点的“offline”状态qsub: 作业提交，前面已有举例qdel: 取消作业，指定相关作业的ID号即可，非结束态的作业才能被取消qhold: 挂起作业qrls: 取消挂起qstat:查看作业状态qstat [-f][-a][-i] [-n][-s] [-R] [-Q][-q][-B][-u]参数说明：-f jobid 列出指定作业的信息-a 列出系统所有作业-i 列出不在运行的作业-n 列出分配给此作业的结点-s 列出队列管理员与scheduler所提供的建议-R 列出磁盘预留信息-Q 操作符是destination id，指明请求的是队列状态-q 列出队列状态，并以alternative形式显示-au userid 列出指定用户的所有作业-B 列出PBS Server信息-r 列出所有正在运行的作业-Qf queue 列出指定队列的信息其中，有以下几种状态C：作业完成E：作业退出H：作业挂起中Q：作业排队中R：作业运行中T：作业被移走W：作业等待中S：作业中断更多更详细内容：Do Not Touch!!!通过队列资源控制实现对用户可用资源的控制先建立一个队列test00并指定队列成员能使用的最大CPU核数为100,命令如下qmgr -c 'create queue test00'qmgr -c 'set queue test00 queue_type = Execution'qmgr -c 'set queue test00 resources_max.procct = 100'qmgr -c 'set queue test00 acl_group_enable = True'qmgr -c 'set queue test00 acl_groups = users'qmgr -c 'set queue test00 enabled = True'qmgr -c 'set queue test00 started = True'队列创建好后，测试提交；测试脚本如下：[test01@lx0110 ~]$ cat test.pbs#PBS -N test00#PBS -q test00#PBS -l nodes=10:ppn=12NP=`cat $PBS_NODEFILE | wc -l`cd $PBS_O_WORKDIR#cat $PBS_NODEFILE | uniqecho Job started at `date`sleep 20echo Job finished at `date`测试结果如下：[test01@lx0110 ~]$ qsub test.pbsqsub: Job exceeds queue resource limits MSG=cannot satisfy queue max procct requirement。

PBS作业调度使用方法

PBS作业调度使用方法PBS（Portable Batch System）是一种常用的作业调度系统，广泛应用于高性能计算领域。

它可以帮助用户合理利用计算资源，提高作业的执行效率。

下面将介绍PBS作业调度的使用方法。

第一步：了解PBS系统在开始使用PBS之前，用户需要了解PBS系统的基本原理和工作机制。

PBS系统由三个主要组件组成：作业队列、作业调度器和计算节点。

作业队列是存放待执行作业的地方，作业调度器负责根据预设规则从队列中选择合适的作业进行调度，计算节点是具体的计算资源。

了解这些组件的工作原理，可以帮助用户更好地使用PBS系统。

第二步：编写PBS作业脚本1.指定作业名称：使用#PBS-N命令指定作业的名称，便于区分和管理不同的作业。

3. 指定作业运行位置：使用#PBS -l nodes命令指定作业在计算节点上的运行位置。

可以指定节点的数量和类型。

4.指定作业输出和错误信息：使用#PBS-o和#PBS-e命令指定作业的输出和错误信息保存的文件。

5. 指定作业执行脚本：使用#PBS -l select和#PBS -l place命令指定作业执行的脚本。

6.指定作业执行的其他参数：用户还可以根据自己的需要指定其他的作业执行参数，如内存占用、运行环境等。

第三步：提交作业在编写完PBS作业脚本之后，用户可以使用qsub命令将作业提交给PBS系统进行执行。

qsub命令的基本语法如下：``````其中，X是所需的节点数，Y是每个节点所需的CPU数，Z是每个节点所需的内存数，W是作业的运行时长。

output_file和error_file分别是指定的输出和错误文件，PBS_script是用户编写的PBS作业脚本。

第四步：管理和控制作业在作业提交之后，用户可以使用qstat命令查看作业的状态和进度。

qstat命令可以显示当前队列中的所有作业及其相关信息，包括作业ID、状态、所需资源等。

用户还可以使用qdel命令取消正在执行或排队的作业。

PBS 脚本实例说明

PBS脚本实例说明【摘要】本文主要通过一个算例来详细描述PBS脚本。

以下为提交wrf作业的脚本实例，解释说明部分用##开头和结尾。

此PBS脚本表明本次提交的作业申请计算资源为2个计算节点，每个计算节点12个cpu核，内存为24G，其中红色部分，用户可根据具体需要进行修改。

#PBS -Nwrf##（#PBS表示PBS指令，以#PBS开头；-N为PBS指令参数，用于指定提交作业名称，wrf表示作业名）。

###PBS -l nodes=2:ppn=12##(#PBS表示PBS指令，-l为PBS指令参数，表示申请资源列表；nodes=2:ppn=12表示申请2个节点，每个节点12个cpu核，之间用分号隔开。

注意与输入文件保持一致)###PBS -j oe##(#PBS表示PBS指令，-j为PBS指令参数，表示合并标准输出和标准错误输出至同一个文件；o表示标准输出文件的路径，e表示标准错误输出的路径，缺省的情况下，PBS系统把标准输出和标准错误输出放在用户提交作业的目录下。

)###PBS -l walltime=1000:00:00##(#PBS表示PBS指令，-l为PBS指令参数，表示申请资源列表；walltime 为估计最大运算时间，1000:00:00表示设为1000小时0分0秒。

若没有设置这项，系统会自动按所在队列默认处理，超时系统会自动中断作业。

)##nodecpu=`cat /proc/cpuinfo|grep processor|wc -l`## (反引号内的意思为计算系统可用的cpu核数目，然后赋值给变量nodecpu。

反引号即键盘左上角与“~”在同一键上的符号，英文为Backquote)##id=`echo $PBS_JOBID|awk -F. '{print $1}'`##（定义作业ID号）##NP=`cat $PBS_NODEFILE|wc -l`##（计算申请的cpu核数目，并后赋值给变量NP）##echo "The Jobbed is $id"echo "Worker dir is $PBS_O_WORKDIR"echo "Excuting Hosts is flowing:"cat $PBS_NODEFILEecho "begin time is `date`"if [ $NP -lt $nodecpu ];thensharecpu=$NPelif [ $(($NP%$nodecpu)) == 0 ];thensharecpu=$nodecpuelseecho "Error:if cpu number is larger than $nodecpu,it should can be divided by $nodecpu exactly !!"exit -1fi##（这段为if...elif; then选择语句，意思是当所需的cpu核个数小于系统可调用的cpu核数时，调用计算所需的cpu核个数。

bsub原理

bsub是IBM Platform LSF (Load Sharing Facility) 的一个命令，用于在集群上提交作业。

LSF 是一个广泛使用的集群管理和作业调度系统，它允许用户在不同的计算节点上运行并行或串行作业。

bsub的工作原理可以概括为以下几个步骤：
1.作业定义：用户通过bsub命令及其选项来定义要提交的作业。

这包括指定要运
行的命令、作业所需的资源（如CPU 核心数、内存大小等）、作业的优先级等。

2.作业提交：当用户执行bsub命令时，作业请求被发送到LSF 的调度器。

调度
器负责确定在集群的哪个节点上运行该作业。

3.资源分配：LSF 调度器根据集群的当前状态和作业的资源需求来分配资源。

如
果资源可用，作业将被分配到一个或多个节点上。

4.作业执行：一旦作业被分配到节点，它将在那里执行。

作业执行期间，LSF 会
持续监控作业的状态，确保它按预期运行。

5.作业完成：作业完成后，LSF 会收集作业的退出状态和其他相关信息，并将这
些信息返回给用户。

bsub的主要优点是它提供了一种灵活的方式来管理集群上的作业。

用户可以通过不同的选项来控制作业的各个方面，从而优化集群的使用效率。

此外，LSF 还提供了其他功能，如作业优先级管理、资源预留等，以满足不同用户的需求。

LSF简单使用手册

LSF(load sharing Facility)是由platform公司开发的公布资源管理工具。

它用来调度,监视，分析联网计算机的负载，可以对cluster机群的资源统一调度和监控。

一．L SF使用方法1.设置环境变量：用户使用LSF前，应设置相应的环境变量：Csh用户，登陆系统后执行source /export/lsf/cshrc.lsfBash用户，登陆系统后执行./export/lsf/conf/profile.lsf用户也可写入.cshrc或.bashrc,则登录后就能设置相应的环境变量。

2.提交作业LSF使用bsub提交作业。

Bsub命令常见用法如下：Bsub –n z –q QUEUENAME –iinputfile –o outputfile COMMAND其中z代表了提交作业需要的cpu数，-q指定作业提交到的队列。

如果不采-q选项，系统把作业提交到默认作业队列。

Inputfile代表程序需要读入的文件名（例如namelist等），outputfile代表一个文件，作业提交后标准输出的信息将会保存到这个文件中。

COMMOND是用户要运行的程序。

（1）对于串行程序COMMOND可以直接使用用户的程序名例如，对一个运行时间12小时内完成的串行作业mytest,提交方式为：Bsub –n 1 –q QS_Norm –o mytest.out ./test（2）对于并行作业COMMAND为“-a mpich_gm mpirun.lsf 程序名”因为并行作业必须用到MyriNET库，所以提交的时候必须使用-a mpich_gm mpirun.lsf例如，对于一个12个小时内完成，使用16个CPU的并行作业mytest，提交方式为：bsub –n 16 –q QN_Norm –o mytest.out –a mpich_gm mpirun.lsf ./mytest.目前，系统规定每个用户最多只能使用16个CPU。