Ampliseq外显子数据分析流程-用户手册

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Ampliseq 外显子数据分析流程
该分析流程基于 Ion Torrent 信息平台 Torrent Suite（TS） 和 Ion Reporter（IR）两大系统，对 Ampliseq 外显子数据进行一站式的快速分析，包含数据质控、比对、变异位点检出，变异位点注 释，以及报告生成等重要生物信息学分析步骤。 
目录 
1. Ion Torrent 信息平台简介 ....................................................................................................................... 1 2. 基于 Torrent Suite 的数据分析流程 ....................................................................................................... 2 2.1 测序质量控制 ..................................................................................................................................... 2 2.2 比对 ..................................................................................................................................................... 3 2.3 扩增子覆盖度分析............................................................................................................................. 5 2.4 变异位点检测 .................................................................................................................................... 6 3. 基于 Ion Reporter 的数据分析流程 ........................................................................................................ 8 3.1 丰富的注释信息 ................................................................................................................................. 8 3.2 强大的分析过滤器 ........................................................................................................................... 10 3.3 生产最终报告 ................................................................................................................................... 11
1. Ion Torrent 信息平台简介 
Ion Torrent 测序技术平台，提供的不仅仅是一个测序仪器，而是包含数据分析流程在内的一 整套解决方案。 Torrent Suite（TS）和 Ion Reporter （IR）两大系统完成了测序数据的处理、分析 以及生成报告等整个过程。TS 系统主要负责测序和数据的常规分析，IR 系统主要完成对数据的生 物学功能注释以及对结果的解读和生成报告。其数据流及分析流程如图 1 所示，测序过程经过信 号处理（Signal Processing）和碱基读出（Base Calling）两个主要步骤获得序列数据；序列数据在 TS 上可以完成比对（Alignment）和变异读出（Variant Call）等常规操作。在 TS 上所得的数据可以 1 / 12

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图 1：Ion Torrent 技术平台数据流, Ampliseq 数据分析流程及相关信息处理模块 
 
2. 基于 Torrent Suite 的数据分析流程 
2.1 测序质量控制 
测序质量将直接影响后续数据分析的结果。在数据下机之前， TS 系统会按照严格的质控指标， 对数据进行过滤和筛选。如图 2 所示，经过一系列的过滤程序，最后下机数据（ Final Library Reads）可以直接用于后续的分析流程。下机数据以通用文件格式 BAM 保存， TS 后续的数据分析 将基于 BAM 文件展开。同时 TS 系统提供文件转换插件（File Exporter），可以方便地自动或手动 将 BAM 文件转换成其它通用格式，如 FASTQ 等。 
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