MEGA软件——系统发育树构建方法
最新MEGA5使用说明
1MEGA软件——系统发育树构建方法（图文讲解）22012年12月02日⁄Evolution⁄字号小中大⁄评论 3 条⁄阅读 3,872 3次[点击加入在线收藏夹]4一、序列文本的准备5构树之前先将目标基因序列都分别保存为txt文本文件中（或者把所有序列6保存在同一个txt文本中,可以用“>基因名称”作为第一行，然后重起一行编7辑基因序列），序列只包含序列字母（ATCG或氨基酸简写字母）。
文件名名称8可以已经您的想法随意编辑。
910111213二、序列导入到Mega 5软件14（1）打开Mega 5软件，界面如下151617（2）导入需要构建系统发育树的目的序列1819202122OK23选择分析序列类型（如果是DNA序列，点击DNA，如果是蛋白序列，点击24Protein）252627出现新的对话框，创建新的数据文件282930选择序列类型313233导入序列34353637383940导入序列成功。
41（3）序列比对分析424344点击工具栏中“W”工具，进行比对分析，比对结束后删除两端不能够完全对45齐碱基464748（4）系统发育分析495051关闭窗口，选择保存文件路径，自定义文件名称525354三、系统发育树构建555657根据不同分析目的，选择相应的分析算法，本例子以N—J算法为例585960Bootstrap 选择1000，点击Compute，开始计算616263计算完毕后，生成系统发育树。
646566根据不同目的，导出分析结果，进行简单的修饰，保存67本方法来自网络，经小编microibs编辑，修改补充，如果转载请注明PLoB 68出处。
69。
系统进化树制作步骤MEGA5.10
系统进化树制作步骤MEGA5.1
先要把格式弄成该软件识别的meg格式，fasta格式也行，只要能够导入
1导入，点击左上角Align，选择创建新的比对Alignment，点击OK，
2提示创建DNA分析文件，进入如下右边界面
3打开fasta格式的序列文件，如下
4选择Alignment中的比对选项，使用Clastaw比对，会有比对参数，默认即可，点OK，会自行完成比对。
5比对好的文件须保存，选Data中的save session，提示保存命名
即导入数据如右。
7选中带有TA的方框，如上图，点击主界面上的进化树选项，如下图中间，可选择不同的
进化树类型，一般用NJ树。
8出现提示参数，默认即可，点compute执行。
会完成进化树
9做好的进化树可以以图片方式保存。
MEGA 软件——系统发育树构建方法
• 双击图标
，
• 下载下来的序列片段保存文件为FASTA格式，打开方式为TXT格式。 • 将Blast对比后所Download的序列筛选后，构建系统发育进化树。 • 构建系统发育树需要测序所得序列1个，Blast对比得出序列5-10个， 构建出的为单枝系统发育进化树。通过这个对比可以确定出所测 定的序列最相似物种，当相似度为99%甚至100%时，基本可以确 定所测定的基因序列所属物种。
ME待测PCR产物送测序后，一个星期左右会得到生物 公司发的邮件，里面包含测序结果的附件，下载后得到文件压缩 包 ，将文件包解压，可以看到文件夹里有文件
• 测序公司会提供一款解读软件Chromas，免安装类型，能够直接 打开测序结果并通过软件直接进入NCBI数据库进行Blast搜索。
• 可培养真菌可以选定对比物种种属后构建大型系统发育进化树， 不可培养真菌则可直接构建系统发育进化树。
• 双击
后打开MEGA软件
MEGA-系统发育树-快速入门
系统发育树
1.软件准备
DNAman、MEGA
2.序列文件转换格式
2.1先准备一个txt记事本文件，在序列的上一行添加字符>和名称（如>R31-ITS1），然后用MEGA打
开seq格式的序列文件，复制序列到名称下一行
2.2将所需要的比对的所有序列以相同方式写入同一个txt文件中
2.3在MEGA中用ALIGN功能打开准备好的txt文件，选择create a new alignment，数据类型选DNA，
然后从编辑edit中导入新的序列文件（即txt文本）即可导入所需序列
2.4删除无关序列后，先对序列进行分析然后再把序列对齐，类型选DNA，参数默认
颜色一致即为对齐，不一致的就是突变的位点。
然后通常需要把首尾两端没有对齐的序列删掉（只处理首尾两端未对其的序列）
对齐部分
未对齐的删掉
2.5处理完后保存文件并关闭当前窗口，如果不是连续使用的话，切换不同功能时一般点close date
关闭之前的数据
3.构建系统发育树
3.1邻接法构建系统发育树。
MEGA
Search 菜单： 用来快捷查找序列中的标记未定或者目的碱基或残基。 Find motif：选择后出现如左图对话框： 输入你想要查看的一小段序列。找到后会以黄色标出； Find next：在序列的下游查找目的序列片段； Find preious：在序列的上有查找目的序列片段； Find marked sites：查找标记位点； Highlight motif：突出标记已经选择的位点。
Web 菜单 这个菜单提供一个链接 Genbank 的入口，可以在网上直接做Blast 搜索。当 手上没有准备好要比对的序列时，可以直接去网上搜索。 Query gene banks：开启NCBI 的主页； Do blast search:开启NCBI BLAST 主页； Show browser：开启网页浏览器。 Sequencer 菜单 此菜单下只有一个子菜单：edit sequencer file，用来打开一个打开文件对话 框，此对话框可以打开一个sequencer data file，一旦打开，这个文件就在trace data file viewer/editor 的对话框中展示出来。这个编辑窗口允许你查看和编辑automatd DNA sequencer 产生的trace data。它可以阅读和编辑ABI 和Staden 格式文件并 且序列可以直接被导入到序列比对窗口或被上传到网页浏览器做blast 搜索。
氨基酸序列是与DNA序列对应的翻译蛋白的序列，如果DNA序列是非编码的，则氨 基酸序列标签可以忽略。
Undo：撤销上一步操作； Copy：复制；cut：剪切；Paste：粘贴；前面三个操作都可以只针对一个碱 基或氨基酸残基也可以是一段甚至是整个序列； Delete：从比对表格中删除一段序列； Delete gaps：去掉序列中的空缺； Insert blank sequence：重新插入一空行；标签和序列都是空的； Insert sequence from file：从已保存的文件中插入新的序列； Select sites：选择一列序列，与点击比对表上方的灰白空格作用类似； Select sequence：选择一行序列，与点击比对表格左侧的标签名作用类似； Select all：全选； Allow base editing：只读保护，只有选择后才能对序列进行编辑操作，否则 所以的序列为只读格式，不能进行任何编辑操作。
系统发育树构建(MEGA4的使用步骤)选编
——MEGA4A的全称是Molecular Evolutionary Genetics Analysis 分子进化遗传分析 。
• MEGA 可用于序列比对、进化树的推断、估 计分子进化速度、验证进化假说等。MEGA 还可以通过网络（NCBI）进行序列的比对 和数据的搜索。
• 目前最新版本：MEGA 4.1 Beta
人有了知识，就会具备各种分析能力， 明辨是非的能力。 所以我们要勤恳读书，广泛阅读， 古人说“书中自有黄金屋。 ”通过阅读科技书籍，我们能丰富知识， 培养逻辑思维能力； 通过阅读文学作品，我们能提高文学鉴赏水平， 培养文学情趣； 通过阅读报刊，我们能增长见识，扩大自己的知识面。 有许多书籍还能培养我们的道德情操， 给我们巨大的精神力量， 鼓舞我们前进。
运用mega5构建系统发生进化树
运用mega5构建系统发生进化树1．准备序列文件准备fasta格式序列文件（fasta格式：大于号>后紧跟序列名，换行后是序列。
举例如下）。
每条序列可以单独为一个文件，也可以把所有序列放在同一文件内。
核酸序列：>sequence1_nameCCTGGCTCAGGATGAACGCT氨基酸序列：>sequence2_nameMQSPINSFKKALAEGRTQIGF2．多序列比对打开MEGA 5，点击Align，选择Edit/Build Alignment，选择Create a new alignment，点击OK。
这时需要选择序列类型，核酸（DNA）或氨基酸（Protein）。
选择之后，在弹出的窗口中直接Ctrl + V粘贴序列（如果所有序列在同一个文件中，即可全选序列，复制）。
也可以：点击Edit，选择Insert Sequence From File，选择序列文件（可多选）。
序列文件加载之后，呈蓝色背景（为选中状态）。
点击按钮，选择Align DNA （如果是氨基酸序列，则会出现Align Protein）。
弹出的窗口中设置比对参数，一般都是采用默认参数即可。
点击OK，开始多序列比对。
比对完成后，呈现以下状态。
这时需要截齐两端含有---的序列：选中含有---的序列，按键Delete删除（注意：两端都需要截齐）。
截齐之后，保存文件为：filename.mas3．构建系统进化树多序列比对窗口，点击Data，选择Phylogenetic Analysis，弹出窗口询问：所用序列是否编码蛋白质，根据实际情况选择Yes或No。
此时，多序列比对文件就激活了，可以返回MEGA 5主界面建树了。
MEGA 5主界面。
点击Phylogeny，选择Construct/Test Neighbor-Joining Tree…弹出的对话框询问：是否使用当前激活的数据，选择Yes。
这时弹出建树参数设置对话框，更改No. of Bootstrap Replications为1000，其他参数默认即可，点击Compute。
使用MEGA6软件建树
使用MEGA6.0软件构建系统发育树所有序列可以在Bioedit里整理成为一个FASTA文件将FASTA格式的文件在MEGA软件里打开123点击Open A File/Session，打开FASTA格式的文件4点击Align56点击Edit，Select All7点击W图标，或者8 点击OK（默认参数）910 删除头尾有空缺的地方11 点击Data，选择phylogenetic Analysis，将这个窗口最小化12 MEGA软件窗口增加了两个方框13 点击Phylogeny，选择需要建树的类型，以NJ树为例14 询问是否使用当前数据继续建树，点击Yes15 数值设置好后，点击Compute16 表示程序正在运行17 原始结果显示如下，可以根据自己的需求进行调整18 View里可以调整数值宽度等1920 图片导出，点击Image，选择Copy to Clipboard，粘贴到word文档2121 选中图片，点击编辑图片，对字体大小及内容能够进行调整与修改AAG51164.1Arabidopsis thalianaAAL35328.1 Oryza sativ aCAA43142.1 Malus domesticaNP 001281081.1 Zea maysGAQ91141.1Klebsormidium flaccidumAAA34144.1 Solanum lycopersicumADD85140.1 Triticum aestiv umNP 031615.1 Mus musculusNP 001286337.1Drosophila melanogaster AES82664.1 Medicago truncatulaCAA55612.1 Saccharomyces cerev isiae。
MEGA软件系统发育树构建方法
MEGA软件——系统发育树构建方法（图
文讲解）
一、序列文本的准备
构树之前先将目标基因序列都分别保存为txt文本文件中（或者把所有序列保存在同一个txt文本中,可以用“>基因名称”作为第一行，然后重起一行编辑基因序列），序列只包含序列字母（ATCG或氨基酸简写字母）。
文件名名称可以已经您
的想法随意编辑。
二、序列导入到Mega 5软件
（1）打开Mega 5软件，界面如下
（2）导入需要构建系统发育树的目的序列
OK
选择分析序列类型（如果是DNA序列，点击DNA，如果是蛋白序列，点击Prot
ein）
出现新的对话框，创建新的数据文件
选择序列类型
导入序列
导入序列成功。
（3）序列比对分析
点击工具栏中“W”工具，进行比对分析，比对结束后删除两端不能够完全对齐
碱基
（4）系统发育分析
关闭窗口，选择保存文件路径，自定义文件名称
三、系统发育树构建
根据不同分析目的，选择相应的分析算法，本例子以N—J算法为例
Bootstrap 选择1000，点击Compute，开始计算
计算完毕后，生成系统发育树。
.
根据不同目的，导出分析结果，进行简单的修饰，保存
精选范本。
MEGA 系列软件系统发育树构建方法
MEGA软件——系统发育树构建方法1)序列文本构树之前先将每个样品的序列都保存在同一个txt文本文件中，序列只包含序列字母（ATCG或氨基酸简写字母）。
文件名名称可以已经您的想法随意编辑（不能有中文）。
保存为fasta格式2)右键点击fasta文件，打开方式，mega3、全选，点击alignment，algin by culstx（按钮W），OK4、关闭此窗口，点击Yes保存5、再次点击Yes保存，6、点击cancel取消7、选择是否为编码蛋白质的核酸序列8、选择是否用mega打开文件9、点击YES，激活mega，此时mega的菜单栏与刚开始打开的菜单栏有区别。
10、系统发育树构建原理不讲了，此处以构建NJ树为例。
点击工具栏上的phylogeny，construct phylogeny，neighbor joining (NJ).出现如下界面(注意几个绿颜色的小方块)：点击第一个小绿方块，选择，小绿方块会变成四个点的省略号，再点击出现如下页面：选择Bootstrap，后面的replication改为1000，点击对勾。
然后点击第三个小绿方块，这个时候对于蛋白质序列以及DNA序列，两者模型的选择是不同的。
对于蛋白质的序列，多选择Poisson Correction (泊松修正)这一模型。
而对于核酸序列，多选择Kimura 2-parameter (Kimura-2参数) 模型。
所有设置完毕之后，点击compute，雏形的树就出来了：可以对此树做出一些修改，比如线条粗细，树的形状等等，此处自己多试试。
6)树的修饰建好树之后，往往需要对树做一些美化。
这个工作完全可以在word中完成，达到发表文章的要求。
点击image，copy to clipboard。
新建一个word文档，选择粘贴。
见下图：在图上点击右键，就可以对文字的字体大小，倾斜等做出修饰。
见下图：PDF，见下图：将打印出来的PDF保存在桌面上，打开，如下图：此时，点击工具，高级编辑工具，裁剪工具，如下图所示：选择需要的区域以删除周围的空白区，双击发育树，会出现下图：点击确定，出现下图(把空边切掉了)：点击文件，另存为，在保存类型一栏中选择TIFF格式，点击确定后会生成下面这个图片，所生成图片绝对可以满足文章的发表：OK，结束了，自己玩一把吧。
MEGA4.0构树步骤
MEGA构建系统进化树的步骤1. 将要用于构建系统进化树的所有序列合并到同一个fasta格式文件，注意：所有序列的方向都要保持一致( 5’-3’)。
2. 打开MEGA软件，选择”Alignment” –“Alignment Explorer/CLUSTAL”，在对话框中选择Retrieve sequences from a file, 然后点OK，找到准备好的序列文件并打开。
3. 在打开的窗口中选择”Alignment”-“Align by ClustalX” 进行对齐，对齐过程需要一段时间，对齐完成后，最好将序列两端切齐，选择两端不齐的部分，单击右键，选择delete即可。
4. 关闭当前窗口，关闭的时候会提示两次否保存，第一次无所谓，保存不保存都可以，第二次一定要保存，保存的文件格式是.meg。
根据提示输入Title，然后会出现一个对话框询问是否是Protein-coding nucleotide sequence data, 根据情况选择Yes或No。
最后出现一个对话框询问是否打开，选择Yes。
5. 回到MEGA主窗口，在菜单栏中选择”Phylogeny”-“Bootstrap Test of Phylogeny”-“Neighbor-joining”，打开一个窗口，里面有很多参数可以设置，如何设置这些参数请参考详细的MEGA说明书，不会设置就暂且使用默认值，不要修改，点击下面的Compute按钮，系统进化树就画出来了。
6. 最后，使用TreeExplorer窗口中提供的一些功能可以对生成的系统进化树进行调整和美化。
另外，还可以用Word进一步编辑MEGA构建的进化树。
一般说来，MEGA适用于对少量的序列进行比对和画Tree，如需处理大量或海量的序列数据，建议使用ARB。
用BioEdit合并序列：1、打开BioEdit，点击“File”->”New Alignment”;2、“File”->”import”->”Sequence Alignment file”，将全部要合并的序列导入；3、”File“->”Save“ or “Save as”，保存为.fas格式文件。
MEGA构建系统进化树的步骤(以MEGA7为例)
MEGA构建系统进化树的步骤（以MEGA7为例）本文是看中国慕课山东大学生物信息学课程总结出来的分子进化的研究对象是核酸和蛋白质序列。
研究某个基因的进化，是用它的DNA序列，还是翻译后的蛋白质序列呢？序列的选取要遵循以下原则：1）如果DNA序列的两两间的一致度≥70%，选用DNA 序列。
因为，如果DNA序列都如此相似，它的蛋白质会相似到看不出区别，这对构建系统发生树是不利的。
所以这种情况下应该选用DNA序列，而不选蛋白质序列。
2）如果DNA序列的两两间的一致度≤70%，DNA序列和蛋白质序列都可以选用。
1. 将要用于构建系统进化树的所有序列合并到同一个fasta格式文件，注意：所有序列的方向都要保持一致( 5’-3’)。
想要做系统发生树先要做多序列比对，然后把多序列比对的结果提交给建树软件进行建树，所以在用MEGA建树时可以输入一个已经比对好的多序列比对，也可以输入一条原始序列，让MEGA先来做多序列比对，再建树（一般我们都是原始序列）。
所以我们以后者为例。
2.打开MEGA软件，选择主窗口的”File”→“Open A File”→找到并打开fasta文件，这时会询问以何种方式打开，我们是原始序列，需要先进行多序列比对，所以选择“Align”。
如果是比对好的多序列比对可以直接选择“Analyze”。
3.在打开的Alignment Explorer窗口中选择”Alignment”-“Align by ClustalW”进行多序列比对（MEGA提供了ClustalW和Muscle两种多序列比对方法，这里选择熟悉的ClustalW），弹出窗口询问“Nothing selected for alignment，Select all？”选择“OK”。
4. 之后，弹出多序列比对参数设置窗口。
这个窗口和EMBL在线多序列比对一样，可以设置替换记分矩阵、不同的空位罚分（罚分填写的是正数，计算时按负数计算）等参数。
怎样使用MEGA建立进化树
怎样使用MEGA建立进化树在进行生物信息学研究中，建立进化树是一项非常重要的任务。
MEGA （分子进化遗传学分析）是一款常用的软件，专门用于进行进化树和多序列分析。
下面将详细介绍如何使用MEGA建立进化树。
安装完成后，打开MEGA软件。
在MEGA的主界面上，有几个常用的功能选项，包括「File」、「Edit」、「View」、「Tools」、「Align」、「Phylogeny」和「Help」。
我们主要关注「Phylogeny」（进化树）选项。
在新窗口中，我们需要选择构建进化树的方法。
MEGA支持多种构建进化树的方法，包括Neighbor Joining、Maximum Parsimony、Maximum Likelihood和Bayesian等。
在这里，我们以Neighbor Joining方法为例进行演示。
在Neighbor Joining方法中，我们需要先选择计算进化距离的方法。
MEGA支持许多计算进化距离的方法，如P-distance、Kimura 2-parameter、Tamura 3-parameter等。
在这里，我们选择P-distance方法。
在选择了计算进化距离的方法后，我们还需要选择树的标准。
MEGA支持Bootstrap（Bootstrap方法是统计学中一种用于评估统计性信号和树的可靠性的方法）和Nearest-Neighbor Interchange等标准。
在这里，我们选择Bootstrap标准。
在选择了进化距离的方法和树的标准后，我们需要选择输入序列数据的文件格式。
MEGA支持多种格式的序列文件，如FASTA、PHYLIP和MEGA 等。
选择相应的格式后，我们需要导入序列数据。
可以通过从文件中导入或从剪贴板中粘贴来导入序列数据。
MEGA是一款非常强大的进化树分析软件，但对于初学者来说，可能需要一些时间去了解其中的各种选项和功能。
因此，建议在使用MEGA之前，先阅读相关文档和教程，以便更好地使用MEGA进行进化树的构建和分析。
MEGA构建系统进化树的步骤(以MEGA7为例)
MEGA构建系统进化树的步骤（以MEGA7为例）本文是看中国慕课山东大学生物信息学课程总结出来的分子进化的研究对象是核酸和蛋白质序列。
研究某个基因的进化，是用它的DNA序列，还是翻译后的蛋白质序列呢？序列的选取要遵循以下原则：1）如果DNA序列的两两间的一致度≥70%，选用DNA 序列。
因为，如果DNA序列都如此相似，它的蛋白质会相似到看不出区别，这对构建系统发生树是不利的。
所以这种情况下应该选用DNA序列，而不选蛋白质序列。
2）如果DNA序列的两两间的一致度≤70%，DNA序列和蛋白质序列都可以选用。
1. 将要用于构建系统进化树的所有序列合并到同一个fasta格式文件，注意：所有序列的方向都要保持一致( 5’-3’)。
想要做系统发生树先要做多序列比对，然后把多序列比对的结果提交给建树软件进行建树，所以在用MEGA建树时可以输入一个已经比对好的多序列比对，也可以输入一条原始序列，让MEGA先来做多序列比对，再建树（一般我们都是原始序列）。
所以我们以后者为例。
2.打开MEGA软件，选择主窗口的”File”→“Open A File”→找到并打开fasta文件，这时会询问以何种方式打开，我们是原始序列，需要先进行多序列比对，所以选择“Align”。
如果是比对好的多序列比对可以直接选择“Analyze”。
3.在打开的Alignment Explorer窗口中选择”Alignment”-“Align by ClustalW”进行多序列比对（MEGA提供了ClustalW和Muscle两种多序列比对方法，这里选择熟悉的ClustalW），弹出窗口询问“Nothing selected for alignment，Select all？”选择“OK”。
4. 之后，弹出多序列比对参数设置窗口。
这个窗口和EMBL在线多序列比对一样，可以设置替换记分矩阵、不同的空位罚分（罚分填写的是正数，计算时按负数计算）等参数。
手把手教你构建系统进化树
3、比对序列，比对结果转化为*.meg格式
用 Mega 6.0 的 ClustalW 做多序列联配，比对结果用 *.meg格式保存。或者用Clustal X软件进行比对，比对结果 保存为*.aln,再用Mega 6.0转化为*.meg格式。
4、构建系统进化树
打开保存的*.meg格式文件，选择邻接法构建系统发育 进化树。
以外米缀蛾的cds为例，点击cds，出现下图。
点击FASTA，出现下图。
该图为外米缀蛾的 FASTA格式，如何保 存见下图
一般情况下点 击该页的右上 角有send 图标， 选择后点击 create file 即 可下载。Txt可 以打开。 该图显示的是 序列全长的 FASTA格式下 载。
因为我采取基于氨 基酸序列比对，所 以选择coding sequences和fasta protein，下载编码 区氨基酸序列。
文件名未下载时不要更改，下下来之后再更改
MEGA6可以识别fasta格式文件。如图，将全 部-基因.txt重命名为全部-基因.fasta
•选择打开方式为MEGA6，打开全部-基因.fasta，自动跳出序列窗口 •用ClustalW做多序列联配
如何构建系统进化树
YZU.TRY
系统发生树（英文： Phylogenetic tree ） 又称为演化树（ evolutionary tree ），是 表明被认为具有共同祖先的各物种间演化关 系的树。是一种亲缘分支分类方法 （ cladogram ）。在树中，每个节点代表其 各分支的最近共同祖先，而节点间的线段长 度对应演化距离（如估计的演名称要么全部 斜体，要么全部不斜体，无法只让拉丁文斜体
图文详解MEGA5构建系统发育树
图文详解MEGA 5构建系统发育树(2013-10-11 20:52:49)如遇不妥，请指正。
软件下载：MEGA 5 ; DNAMAN 71 •准备序列文件准备fasta格式序列文件(fasta格式：大于号> 后紧跟序列名，换行后是序列。
举例如下)。
每条序列可以单独为一个文件，也可以把所有序列放在同一文件内。
核酸序列：>sequence1_nameCCTGGCTCAGGATGAACGCT氨基酸序列：>sequence2_nameMQSPINSFKKALAEGRTQIGF2 .多序列比对打开MEGA 5，点击Align，选择Edit/Build Alignment ，选择Create a new alignment ，点击OK。
MEGA 5,05File Analysis HelpOpen Saved Alignment Session,..玄Show Web Browser& Query DstabankEDo BLAST SearchSelect an Option -■ * Create a new dig nment( Open a saved alignment sessiDn「Retrieve sequencer from a file4 OK X Parcel这时需要选择序列类型，核酸（DNA ）或氨基酸（Protein ）选择之后，在弹出的窗口中直接 Ctrl + V 粘贴序列（如果所有序列在同一 个文件中，即可全选序列，复制）。
也可以：点击 Edit ，选择Insert Seque nee From File ，选择序列文件（可多选）。
TA■I 鼻■ •DataModefcAl 卯Edrt/View £equ>ercer Ries (Tracc)^Edrt/Build AlignmentDistancM5： Aligrrnnent Editor© S3（为选中状态）。
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MEGA软件——系统发育树构建方法（图
文讲解）
一、序列文本的准备
构树之前先将目标基因序列都分别保存为txt文本文件中（或者把所有序列保存在同一个txt文本中,可以用“>基因名称”作为第一行，然后重起一行编辑基因序列），序列只包含序列字母（ATCG或氨基酸简写字母）。
文件名名称可以已经您
的想法随意编辑。
二、序列导入到Mega 5软件
（1）打开Mega 5软件，界面如下
（2）导入需要构建系统发育树的目的序列
OK
选择分析序列类型（如果是DNA序列，点击DNA，如果是蛋白序列，点击Prot
ein）
出现新的对话框，创建新的数据文件
选择序列类型
导入序列
导入序列成功。
（3）序列比对分析
点击工具栏中“W”工具，进行比对分析，比对结束后删除两端不能够完全对齐
碱基
（4）系统发育分析
关闭窗口，选择保存文件路径，自定义文件名称
三、系统发育树构建
根据不同分析目的，选择相应的分析算法，本例子以N—J算法为例
Bootstrap 选择1000，点击Compute，开始计算
计算完毕后，生成系统发育树。
根据不同目的，导出分析结果，进行简单的修饰，保存。