怎么使用NCBI[1]
ncbi使用指导
ncbi使用指导导言：NCBI（National Center for Biotechnology Information）是美国国家生物技术信息中心，是全球最大的生物信息学数据库。
NCBI提供了丰富的生物学资源，包括基因序列、蛋白质序列、科学文献等。
本文将为您介绍如何使用NCBI来获取和利用生物学信息。
一、注册NCBI账号在使用NCBI之前，首先需要注册一个账号。
在NCBI官方网站（）的主页上，点击右上角的“Sign In”按钮，并选择“Register for an NCBI account”。
根据提示提供相关信息，完成注册流程。
二、搜索和获取基因序列1. 打开NCBI网站后，点击主页上的“Search”按钮，进入搜索页面。
2. 在搜索框中输入您感兴趣的基因名称或者序列标识符，如“BRCA1”。
3. 点击“Search”按钮进行搜索。
4. 在搜索结果中，选择您需要的基因序列，点击链接进入该基因的详细信息页面。
5. 在详细信息页面中，您可以获取该基因的序列信息，可以下载或拷贝该序列以供后续分析使用。
三、检索科学文献1. 在NCBI主页上方的搜索框中，选择“PubMed”为搜索目标。
2. 输入您感兴趣的科学文献关键词，如“cancer treatment”。
3. 点击搜索按钮进行检索。
4. 在搜索结果中，选择您需要的文献，点击链接进入该文献的详细页面。
5. 在详细页面中，您可以阅读文章摘要，并根据需要下载全文或进行其他操作。
四、利用NCBI工具进行序列分析1. 在NCBI主页上方的菜单栏中，选择“Tools”进行工具选择。
2. 根据您的需求选择相应的工具，如“BLAST”进行序列比对分析。
3. 进入选择的工具页面后，按照提示上传或输入您的序列数据。
4. 设定参数并运行分析。
5. 分析完成后，您可以查看比对结果、序列保守性等信息，并进行进一步的分析和解释。
五、订阅NCBI数据库更新信息1. 在NCBI主页上方菜单栏中选择“NCBI Account”。
怎样使用NCBI
怎样使用NCBINCBI（National Center for Biotechnology Information，国家生物技术信息中心）是一个提供生物医学和基因组学相关信息和工具的资源中心，为全球研究人员提供了公共数据库和计算工具。
NCBI不仅提供了各种数据库（如PubMed、GenBank和BLAST等），还提供了多种工具和程序包，可以帮助用户在完整的基因组中、分析和解释生物信息。
1. PubMedPubMed是NCBI最受欢迎的数据库之一，它提供了全球各领域生物医学和生物科学研究的相关文献。
用户可以在框中输入关键词来相关的医学文献，也可以使用高级功能来筛选文献。
在结果中，用户可以找到文献的摘要、全文和相关信息。
2. GenBankGenBank是NCBI的核心数据库之一，它收集和存储了全球各领域基因组学研究的DNA序列数据。
用户可以通过框中输入基因名、序列ID或其他相关信息来特定的DNA序列数据。
结果会提供序列的相关信息、注释、变异等。
3.BLASTBLAST（Basic Local Alignment Search Tool）是一种用于在NCBI数据库中相似序列的工具。
BLAST可以用来比对一段DNA或者蛋白质序列与数据库中的其他序列进行比对，用户可以通过输入序列或者上传文件的方式使用BLAST。
BLAST结果会给出匹配的序列、相似度和其他相关信息。
4. Primer-BLASTPrimer-BLAST是一个用于设计引物（primers）的工具，该工具可以帮助用户设计用于PCR扩增特定DNA区域的引物。
用户可以在框中输入目标基因的序列，Primer-BLAST会自动生成一对合适的引物，并提供引物的相关信息和参数。
除了上述常用的NCBI工具和数据库外，NCBI还提供了其他许多强大且有用的工具和资源，如ClinVar（帮助研究人员了解基因变异与遗传疾病的关系）、Entrez（提供了多个数据库的交叉功能）和PubChem（提供化合物信息和化学数据库）等。
ncbi使用指导
ncbi使用指导摘要：一、NCBI简介1.NCBI的定义与作用2.NCBI的主要数据库二、NCBI数据库的使用1.基因数据库1.1 基因序列数据库1.2 基因表达数据库1.3 基因调控数据库2.蛋白质数据库2.1 蛋白质序列数据库2.2 蛋白质结构数据库3.核酸序列数据库3.1 核酸序列数据库概述3.2 核酸序列数据库的使用方法4.文献数据库4.1 PubMed简介4.2 如何利用PubMed进行文献检索三、NCBI工具的使用1.基因芯片数据分析工具2.基因序列比对工具3.蛋白质结构预测工具四、NCBI的进阶使用技巧1.如何利用NCBI进行基因注释2.如何利用NCBI进行基因家族分析3.如何利用NCBI进行共表达网络分析正文：一、NCBI简介CBI（National Center for Biotechnology Information，美国国家生物技术信息中心）是一个提供生物信息学资源的网站，它为全球科研工作者提供了大量的生物学数据和工具。
NCBI的主要数据库包括基因数据库、蛋白质数据库、核酸序列数据库和文献数据库等。
二、NCBI数据库的使用1.基因数据库基因数据库包括基因序列数据库、基因表达数据库和基因调控数据库。
基因序列数据库提供了大量的基因序列信息，用户可以通过关键词搜索、序列相似性搜索等方式找到需要的基因序列。
基因表达数据库则提供了基因在不同生物体、不同组织、不同发育阶段的表达信息。
基因调控数据库则包含了基因调控相关的信息，如启动子、转录因子结合位点等。
2.蛋白质数据库蛋白质数据库包括蛋白质序列数据库和蛋白质结构数据库。
蛋白质序列数据库提供了蛋白质的氨基酸序列信息，用户可以通过序列相似性搜索找到相似的蛋白质序列。
蛋白质结构数据库则提供了蛋白质的三维结构信息，用户可以通过结构域、功能域等关键词搜索需要的蛋白质结构。
3.核酸序列数据库核酸序列数据库包括DNA序列数据库和RNA序列数据库。
ncbi使用方法
ncbi使用方法（原创版4篇）《ncbi使用方法》篇1CBI（National Center for Biotechnology Information）是美国国家生物技术信息中心的缩写，它提供了许多生物学和生命科学相关的数据库和工具。
以下是使用NCBI 的一些基本方法：1. 核酸序列数据库（Nucleotide Sequence Database）：在NCBI 主页上，可以选择核酸序列数据库，输入序列名称或序列号，然后点击“Search”按钮即可查询序列信息。
2. 蛋白质序列数据库（Protein Sequence Database）：在NCBI 主页上，可以选择蛋白质序列数据库，输入蛋白质名称或蛋白质号，然后点击“Search”按钮即可查询蛋白质信息。
3. 基因组数据库（Genome Database）：在NCBI 主页上，可以选择基因组数据库，输入基因组名称或基因组号，然后点击“Search”按钮即可查询基因组信息。
4. 代谢通路数据库（Metabolic Pathway Database）：在NCBI 主页上，可以选择代谢通路数据库，输入代谢通路名称或代谢通路号，然后点击“Search”按钮即可查询代谢通路信息。
5. 生物投影数据库（BioProject Database）：在NCBI 主页上，可以选择生物投影数据库，输入生物投影名称或生物投影号，然后点击“Search”按钮即可查询生物投影信息。
6. 序列比对工具（Sequence Alignment Tool）：NCBI 提供了一款名为“Clustal Omega”的序列比对工具，可以在NCBI 主页上使用该工具进行序列比对。
7. 基因表达数据库（Gene Expression Database）：NCBI 提供了一款名为“GEO”的基因表达数据库，可以在NCBI 主页上查询基因表达数据。
8. 蛋白质结构数据库（Protein Structure Database）：NCBI 提供了一款名为“RCSB PDB”的蛋白质结构数据库，可以在NCBI 主页上查询蛋白质结构信息。
ncbi使用指导
ncbi使用指导【原创版】目录1.NCBI 的概述2.NCBI 的使用方法3.NCBI 的数据库资源4.NCBI 的实用工具5.NCBI 的注意事项正文CBI（National Center for Biotechnology Information）是美国国家生物技术信息中心的缩写，是一个提供生物学和医学信息的数据库和工具的官方网站。
该网站由美国国家卫生研究院（NIH）建立，旨在为科学家、医生、研究人员和学生提供免费的生物学和医学信息。
以下是 NCBI 的使用指导：一、NCBI 的概述CBI 提供了多种数据库资源和实用工具，包括基因序列、蛋白质序列、基因组信息、生物学文献等。
这些资源对于生物学和医学研究非常重要。
二、NCBI 的使用方法1.访问 NCBI 的官方网站：https:///2.在主页上，你可以看到 NCBI 提供的各种数据库和工具的链接。
你可以点击链接进入相应的数据库或工具页面。
3.在数据库或工具页面，你可以使用各种搜索框和过滤器来查找你需要的信息。
例如，在基因序列数据库中，你可以输入基因名称或序列号来查找相关的基因序列信息。
三、NCBI 的数据库资源1.基因序列数据库（GenBank）：提供了全球各种生物的基因序列信息。
2.蛋白质序列数据库（Protein Database）：提供了全球各种生物的蛋白质序列信息。
3.基因组数据库（Genome Database）：提供了全球各种生物的基因组信息。
4.生物学文献数据库（PubMed）：提供了全球生物学和医学领域的文献信息。
四、NCBI 的实用工具1.BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）：用于比较基因序列或蛋白质序列的相似性。
2.Entrez：用于在 NCBI 的数据库中搜索和获取相关的生物学信息。
3.Coffee Break：用于查看和下载基因序列或蛋白质序列的图片。
五、NCBI 的注意事项1.在使用 NCBI 的数据库和工具时，请遵守相关的知识产权和版权规定。
NCBIblast使用教程[1]
![NCBIblast使用教程[1]](https://img.taocdn.com/s3/m/0f001b46910ef12d2bf9e73e.png)
E值范围
3.设置结果输出显示格式
选择需要显示的选项 以及显示的文件格式
显示数目
Alignment的显
筛选结果
示方式
点击开始搜索
其他一些显示格式参数
NCBIblast使用教程[1]
提交任务
返回查询号（request id） 修改完显示格式后点 击进入结果界面
可以修改显示结果格式
NCBIblast使用教程[1]
NCBIblast使用教程[1]
Blast程序评价序列相似性的两个数据
Score：使用打分矩阵对匹配的片段进行打分，这是
对各对氨基酸残基（或碱基）打分求和的结果，一般来 说，匹配片段越长、 相似性越高则Score值越大。
E value:在相同长度的情况下，两个氨基酸残基（或
碱基）随机排列的序列进行打分，得到上述Score值的 概率的大小。E值越小表示随机情况下得到该Score值的 可能性越低。
分析过程（一）
1.登陆ncbi的blast主页
2.选择程序，因为 查询序列是蛋白序 列可以选择blastp，
点击进入
也可以选择tblastn
作为演示， 我们这里选blastp
NCBIblast使用教程[1]
分析过程（二）
3.填入序列（copy＋pa索整个序列，不填
w 其他问题：实际使用时选择哪种方式（网 络，本地化），参数的选择，结果的解 释…
NCBIblast使用教程[1]
Blast资源
1.NCBI主站点：
/BLAST/(网络版) ftp:///blast/ (单机版)
5.选择搜索数据库，这里我们 选nr(非冗余的蛋白序列库)。
是否搜索保守区域数据库 （cdd），蛋白序列搜索才有。
一步一步教你使用NCBI数据库资源
一步一步教你使用NCBI数据库资源NCBI（National Center for Biotechnology Information）是一个提供生物医学和基因组学信息的在线数据库资源平台。
它提供了众多的数据库和工具，包括基因序列，蛋白质序列，文献数据库等。
下面将一步一步地介绍如何使用NCBI的数据库资源。
第一步：打开NCBI网站第二步：选择想要访问的数据库或工具NCBI提供了多个数据库和工具，根据自己的需要选择相应的链接。
一些常用的数据库和工具包括：- PubMed：PubMed是由NCBI提供的一个生物医学文献数据库，包含众多的科学论文和文章。
- GenBank：GenBank是一个存储DNA序列的数据库，包含了全球范围内的基因序列数据。
-BLAST：BLAST是一个用于序列比对和相似性序列的工具。
- Gene：Gene是一个存储基因信息的数据库，提供了基因功能、表达和序列等信息。
- Protein：Protein是一个存储蛋白质序列和功能信息的数据库。
- Structure：Structure是一个存储蛋白质三维结构信息的数据库。
-GEO：GEO是一个存储基因表达和调控数据的数据库。
第三步：使用数据库或工具进行查询根据选择的数据库或工具，进入相应的页面后，你可以使用框输入关键词进行查询。
例如，在PubMed中可以输入关键词来相关的科学论文。
在GenBank中，你可以输入基因名或序列来查找相应的DNA序列信息。
第四步：浏览结果并获取需要的信息第五步：导出或保存数据如果你想保存查询结果或将其用于后续分析，NCBI提供了导出和保存的选项。
可以将结果导出为文本文件或保存为特定的格式（如FASTA格式的基因序列）。
第六步：使用其他工具进行进一步分析NCBI还提供了各种分析工具，可以对查询结果进行进一步分析和处理。
例如，可以使用BLAST工具进行序列比对，找到与查询序列相似的序列。
总结：NCBI的数据库资源为生物医学和基因组学研究者提供了丰富的数据和工具。
ncbi的使用方法
ncbi的使用方法
1.功能：
-在NCBI网站的主页上，可以找到一个栏。
在栏中输入关键词，可以特定的基因、蛋白质、序列或文献等。
-在结果页面中，可以使用筛选器（过滤器）来缩小范围，例如按照物种、文章类型、出版日期等进行筛选。
2.数据库浏览：
- NCBI拥有多个数据库，包括GenBank、PubMed、Protein、Nucleotide等。
用户可以通过点击导航栏上的“主页”选择相应的数据库。
- 在每个数据库页面上，用户可以找到相关的方法和信息。
例如，在GenBank数据库页面上，用户可以和浏览基因序列的信息。
- NCBI 的PubMed数据库提供了数百万篇生物医学文献的摘要和全文信息。
用户可以通过在栏中输入关键词来特定的文献。
- 在结果页面上，用户可以点击文章标题来查看摘要，进一步点击“Full Text”或“PDF”链接来获取全文。
一些文章可能需要订阅或付费获取。
- 用户还可以使用PUBMED Central（PMC）数据库来获取免费的全文文章。
4.序列和分析：
- NCBI 的Nucleotide和Protein数据库提供了大量的基因和蛋白质序列。
用户可以通过在栏中输入基因或蛋白质的名称、序列号或其他相关信息来相应的序列。
- NCBI还提供了一些序列分析工具，例如BLAST（Basic Local Alignment Search Tool），可以对新序列进行比对和分析。
6.创建和保存历史：
7.利用NCBIAPI：。
ncbi使用指导
ncbi使用指导NCBI是美国国家生物技术信息中心（National Center for Biotechnology Information）的缩写，是一个提供生物医学和遗传学相关数据和信息的数据库。
NCBI提供了许多工具和资源，以帮助研究人员在基因组学、蛋白质学、遗传学和生物信息学等领域进行研究。
以下是使用NCBI的一些基本指南：1. 访问NCBI网站：使用任何现代网络浏览器，打开NCBI的主页（https://）即可开始使用。
2. 搜索文献：在NCBI主页上的搜索框中，输入你要搜索的关键词，如基因名、疾病名或其他相关的信息。
点击“搜索”按钮，即可看到与你的搜索关键词相关的论文和研究。
3. 搜索序列：如果你希望搜索某个特定基因或蛋白质的序列，可以使用“基因”或“蛋白质”选项卡下的搜索工具。
在搜索框中输入你要搜索的序列信息，点击“搜索”按钮，即可找到与该序列相关的信息和研究。
4. 访问数据库：NCBI提供了许多数据库，如GenBank（基因组数据库）、PubMed（文献数据库）和BLAST（序列比对工具）。
你可以使用NCBI的导航菜单，选择你感兴趣的数据库进行浏览和搜索。
5. 下载数据：在NCBI的数据库中，你可以找到大量的基因组序列、蛋白质序列和其他相关数据。
你可以通过点击数据记录的链接，进入详情页，然后选择下载你需要的数据文件或信息。
6. 利用NCBI工具：NCBI还提供了一些生物信息学工具，如BLAST（序列比对工具）、Primer-BLAST（引物设计工具）和Gene Expression Omnibus（基因表达数据库）。
你可以使用这些工具进行基因序列比对、引物设计和基因表达分析等。
7. 阅读文献：NCBI的PubMed数据库是一个广泛的生物医学文献数据库，你可以使用关键词搜索文献，并阅读或下载全文。
你还可以使用PubMed Central（PMC）访问免费的全文文章。
总之，NCBI是一个丰富的生物医学信息资源，提供了许多工具和数据库，以帮助研究人员进行基因组学和生物信息学研究。
一步一步教你使用 NCBI 查找DNA、mRNA、cDNA、Protein、promoter、引物设计、BLAST 序列比对等
一步一步教你使用NCBI 查找DNA、mRNA、cDNA、Protein、promoter、引物设计、BLAST 序列比对等最近看到很多战友在论坛上询问如何查询基因序列、如何进行引物设计、如何使用BLAST 进行序列比对……，这些问题在NCBI 上都可以方便的找到答案。
现在我就结合我自己使用NCBI的一些经历（经验）跟大家交流一下BCBI 的使用。
希望大家都能发表自己的使用心得，让我们共同进步！我分以下几个部分说一下NCBI 的使用：Part one 如何查找基因序列、mRNA、PromoterPart two 如何查找连续的mRNA、cDNA、蛋白序列Part three 运用STS 查找已经公布的引物序列Part four 如何运用BLAST 进行序列比对、检验引物特异性特别感谢本版版主，将这个帖子置顶！从发帖到现在，很多战友对该帖给与了积极的关注，在此向给我投票的（以及想给我投票却暂时不能投票的）各位战友表示真诚的感谢，谢谢各位战友！请大家对以下我发表的内容提出自己的意见。
关于NCBI 其他方面的使用也请水平较高的战友给予补充First of all，还是让我们从查找基因序列开始。
第一部分利用Map viewer 查找基因序列、mRNA 序列、启动子（Promoter）下面以人的IL6（白细胞介素6）为例讲述一下具体的操作步骤1．打开Map viewer 页面，网址为：/mapview/index.html 在search 的下拉菜单里选择物种，for 后面填写你的目的基因。
操作完毕如图所示：2．点击“GO”出现如下页面：3．在步骤二图示的右下角有一个Quick Filter,下面是让你选择的几个复选框，在Gene 前面的小方框里打勾，然后点击Filter. 出现下图：说明一下：1、染色体的红色区域即为你的目的基因所处位置。
2、下面参考序列给出了三个，是不同的部门做出来的，经我验证，序列有微小的差异，但总体来说基本相同。
一步一步教你使用NCBI1
一步一步教你使用NCBI 查找DNA、mRNA、cDNA、Protein、promoter、引物设计、BLAST序列比对等作者：urbest2007-8-1苏州大学生命科学学院最近看到很多战友在论坛上询问如何查询基因序列、如何进行引物设计、如何使用BLAST进行序列比对……，这些问题在NCBI上都可以方便的找到答案。
现在我就结合我自己使用NCBI的一些经历（经验）跟大家交流一下BCBI的使用。
希望大家都能发表自己的使用心得，让我们共同进步！我分以下几个部分说一下NCBI的使用：Part one 如何查找基因序列、mRNA、PromoterPart two 如何查找连续的mRNA、cDNA、蛋白序列Part three 运用STS查找已经公布的引物序列Part four 如何运用BLAST进行序列比对、检验引物特异性特别感谢本版版主，将这个帖子置顶！从发帖到现在，很多战友对该帖给与了积极的关注，在此向给我投票的（以及想给我投票却暂时不能投票的）各位战友表示真诚的感谢，谢谢各位战友！请大家对以下我发表的内容提出自己的意见。
关于NCBI其他方面的使用也请水平较高的战友给予补充First of all，还是让我们从查找基因序列开始。
第一部分 利用Map viewer查找基因序列、mRNA序列、启动子（Promoter）下面以人的IL6（白细胞介素6）为例讲述一下具体的操作步骤1．打开Map viewer页面，网址为：/mapview/index.html 在search的下拉菜单里选择物种，for后面填写你的目的基因。
操作完毕如图所示：2．点击“GO”出现如下页面：3．在步骤二图示的右下角有一个Quick Filter,下面是让你选择的几个复选框，在Gene 前面的小方框里打勾，然后点击Filter. 出现下图：说明一下：1、染色体的红色区域即为你的目的基因所处位置。
2、下面参考序列给出了三个，是不同的部门做出来的，经我验证，序列有微小的差异，但总体来说基本相同。
一步一步教你使用-NCBI-查找DNA
一步一步教你使用NCBI 查找DNA、mRNA、cDNA、Protein、promoter、引物设计、BLAST序列比对等最近看到很多战友在论坛上询问如何查询基因序列、如何进行引物设计、如何使用BLAST 进行序列比对……，这些问题在 NCBI 上都可以方便的找到答案。
现在我就结合我自己使用 NCBI的一些经历（经验）跟大家交流一下 BCBI 的使用。
希望大家都能发表自己的使用心得，让我们共同进步！我分以下几个部分说一下 NCBI 的使用：Part one 如何查找基因序列、mRNA、PromoterPart two 如何查找连续的 mRNA、cDNA、蛋白序列Part three 运用 STS 查找已经公布的引物序列Part four 如何运用 BLAST 进行序列比对、检验引物特异性特别感谢本版版主，将这个帖子置顶！从发帖到现在，很多战友对该帖给与了积极的关注，在此向给我投票的（以及想给我投票却暂时不能投票的）各位战友表示真诚的感谢，谢谢各位战友！请大家对以下我发表的内容提出自己的意见。
关于NCBI 其他方面的使用也请水平较高的战友给予补充First of all，还是让我们从查找基因序列开始。
第一部分利用Map viewer 查找基因序列、mRNA 序列、启动子（Promoter）下面以人的 IL6（白细胞介素 6）为例讲述一下具体的操作步骤1．打开Map viewer 页面，网址为：在 search 的下拉菜单里选择物种，for 后面填写你的目的基因。
操作完毕如图所示：2．点击“GO”出现如下页面：3．在步骤二图示的右下角有一个Quick Filter,下面是让你选择的几个复选框，在Gene 前面的小方框里打勾，然后点击Filter. 出现下图：说明一下：1、染色体的红色区域即为你的目的基因所处位置。
2、下面参考序列给出了三个，是不同的部门做出来的，经我验证，序列有微小的差异，但总体来说基本相同。
NCBI使用简明教程，一步一步教会你使用
NCBI使用简明教程，一步一步教会你使用
NCBI (National Center for Biotechnology Information )是指美国国立生物技术信息中心，是一个内容丰富、功能强大的数据库工具。
几乎每个生命科学研究者都需要使用NCBI，很多刚接触生命科学研究的小伙伴经常会问：如何使用NCBI 查询基因序列、如何进行引物设计、如何使用BLAST 进行序列比对等等？
针对这些问题，我们收集、整理此教程，为科研工作者提供一份相对专业和简明的资料，以作基础参考之用！
主要内容分4部分，包括：
1、如何查找基因序列、mRNA、Promoter
2、如何查找连续的 mRNA、cDNA、蛋白序列
3、运用 STS 查找已经公布的引物序列
4、如何运用 BLAST 进行序列比对、检验引物特异性。
NCBI使用方法
NCBI使用方法NCBI（National Center for Biotechnology Information）是一个提供生物学数据库和工具的公共资源。
它提供了许多与生物学相关的数据库，如基因、蛋白质、序列、文献等。
这些数据库对于生物学研究者和生物信息学家来说是非常有用的。
本文将介绍如何使用NCBI进行常见的生物学研究。
另一个常用的NCBI数据库是GenBank，它是一个包含DNA序列、RNA序列和蛋白质序列的数据库。
要在GenBank中查找特定序列，可以在NCBI主页中的框中输入序列信息，如基因名称、序列碱基或蛋白质序列；还可以输入序列的GenBank号、Accession号或序列的FASTA格式。
点击后，系统会返回与查询相关的序列记录。
每个记录都包含序列信息、注释和相关文献等。
当找到感兴趣的序列后，可以查看其详细信息。
如果序列是基因，可以了解它的基因组位置、启动子区域、外显子和内含子等信息。
如果序列是蛋白质，可以了解其氨基酸序列、结构、功能等信息。
此外，在GenBank中还可以找到与特定序列关联的其他序列记录，如同一基因的多个转录本、同源基因等。
除了PubMed和GenBank外，NCBI还提供了许多其他有用的数据库和工具。
例如，BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）是一个用于比较序列相似性的工具，可以帮助找到特定序列的同源序列。
通过输入查询序列，BLAST可以在NCBI的数据库中相似的序列，并对它们进行比对。
这对于鉴定未知序列的功能以及研究序列进化关系非常有用。
此外，NCBI还提供了一些用于序列分析和生物信息学研究的工具。
例如，COBALT（Constraint-Based Multiple Alignment Tool）可以用于多序列比对，Open Reading Frame Finder可以用于预测DNA序列中的开放阅读框，而RefSeq database则提供了高质量的基因组和蛋白质序列等。
NCBI使用攻略
（一）DNA序列比对分析一）两个DNA序列的相似性比对分析1．进入NCBI主页（）2. 点击所有资源（All Resources）3．点击工具栏目（Tool）点击进入。
5. 找到Specialized BLAST，点击Align two (or more) sequences using BLAST (bl2seq)6. 将序列1复制、黏贴到Enter Query Sequence框中。
7. 将序列2复制、黏贴到Enter Subject Sequence框中。
8. 在Program Selection下面，选择Highly similar sequences (megablast) （高度相似序列）或其他分析程序9、点击BLAST按钮，进行比对分析。
10、观察、记录和分析两序列比对结果。
二）待查DNA序列与国际基因数据库中已有DNA序列的相似性比对分析。
1、进入NCBI主页（）2、点击所有资源（all resources）3．点击工具栏目（Tool）点击进入。
5．在Basic BLAST下，找到nucleotide blast（Search a nucleotide database using a nucleotide query），点击进入。
6. 将DNA序列复制、粘贴到Enter Query Sequence下面的方框中。
7. 在Choose Search Set栏目下，选择others数据库8. 选择Highly similar sequences (megablast)或其他程序。
9. 按BLAST按钮。
10. 观察、记录和分析DNA序列与国际基因库已有序列的比对结果。
（二）DNA序列开放阅读框的分析1．进入NCBI主页（）2．点击所有资源（all resources (A-Z) ）3．点击工具栏目（Tool）4. 找到Open Reading Frame Finder (ORF Finder)，点击进入。
怎样使用NCBI搜索并下载基因序列
注意事项
NCBI的功能非常强大，熟练使用才能快速找到目标序列。
觉得实用投个票呗，共同学习！搜索键入“NCBI”，点击“搜索”，第一个就是官方主页，点击打开。
2
关键字查找
以H9亚型流感病毒HA基因下载为例，说明详细过程。
既然要下载基因序列，需要在栏目内找到“Nucleotide”，搜索栏内填入“Avian influenza virus H9 HA”，点击“search”。
3Leabharlann 添加限定词点击搜索后，我们看到页面中间显示了很多关于“Avian influenza virus H9 HA”的基因序列，如果其中的一个符合你的要求，就可以下载。如何不符合你的要求，可以继续在搜索条内添加限定，比如添加“2010”，即2010年分离到的病毒。
4
序列选定
找到目标基因序列后，我们要将其下载下来。以给出第一个序列为例，点击序列前面的“小方格”，将其选定。
怎样使用NCBI搜索并下载基因序列
分步阅读
NCBI是生物学科经常使用的搜索引擎，其收纳了大量的基因和蛋白序列，可以对这些序列进行比对、设计引物等，功能非常强大，下面是小编经常使用的一个功能，即基因序列信息的查找和下载，希望和大家一起学习。
工具/原料
NCBI，基因序列，查找，下载
方法/步骤
1
打开NCBI
5
下载序列
选定后，点击页面右上角的“Send to”，选择“file”，再将format选择为“FASTA”格式，点击“Create file”，将序列下载到自定的文件夹内。
6
用DNAStar打开
下载的序列为FASTA格式，需要使用相关的软件打开，小编经常使用的是DNAStar中的Editseq，这个功能还是很强大的。
NCBI使用方法详解
NCBI使用方法详解NCBI是美国国家图书馆国家医学院的生物信息学中心（National Center for Biotechnology Information）的缩写。
该中心为生物学研究提供了大量的数据库资源和工具，供科学家和研究人员使用。
NCBI的数据库涵盖了生物学、医学和生物化学等领域的各种数据，包括基因序列、蛋白质序列、文献数据等。
这些数据资源可以帮助研究人员进行基因和蛋白质的功能注释、序列比对、基因表达分析等生物信息学分析。
以下是NCBI的使用方法的详细介绍。
1.访问NCBI网站2.注册NCBI账号如果是第一次使用NCBI，建议注册一个账号。
点击页面右上方的“Sign In”按钮，再选择“Register for an NCBI Account”选项，根据指引填写必要的信息，完成注册。
3.和浏览数据库NCBI提供了多个数据库，如Pubmed（文献数据库）、GenBank（基因序列数据库）和Protein（蛋白质序列数据库）等。
在首页的框中输入关键词，即可相应的数据库。
4.进行基因和蛋白质的序列比对在NCBI中进行序列比对，可以使用BLAST（基本局部序列比对工具）或者BLAST+（改进版局部序列比对工具）工具。
点击首页的“BLAST”链接，选择相应的工具，输入查询序列，选择目标数据库和参数，点击“Submit”按钮开始比对。
5.获取文献信息NCBI的Pubmed数据库包含了大量的科学文献，可以通过关键词或是使用高级功能来获取所需的文献。
在结果页面，可以查看摘要、全文以及相关的引用文献。
6.分析基因表达数据NCBI提供了一系列工具，用于分析基因表达数据，如GEO（基因表达数据库）和SRA（短读测序存储库）等。
可以在首页的“Datasets”菜单中选择相应的工具，上传或所需的基因表达数据进行分析。
7.获取基因和蛋白质的注释信息NCBI的GenBank和Protein数据库中包含了大量的基因和蛋白质的序列和注释信息。
ncbi使用方法
ncbi使用方法NCBI (National Center for Biotechnology Information) 是一个提供生物信息学工具和数据库的资源。
它为生物学家和研究人员提供了许多用于分析和研究生物信息的工具和数据库。
以下是一些使用 NCBI 的基本方法。
1.注册和登录：2. PubMed ：3.基因组检索和比对：NCBI 提供了多个基因组数据库，如 GenBank 和 RefSeq。
这些数据库包含了大量的基因组序列和注释信息。
您可以使用 BLAST 工具来进行基因组比对。
在 NCBI 的主页上点击 BLAST 链接，选择您要比对的数据库和序列类型，然后输入您的查询序列。
点击按钮后，您将获得与查询序列匹配的相关结果。
4.基因和蛋白质序列：如果您有一个具体的基因或蛋白质序列，您可以使用 NCBI 提供的工具进行。
在 NCBI 的主页上找到“nucleotide”或“protein”链接，然后在框中输入您的序列。
点击按钮后，您将获得与查询序列相关的数据库记录和注释信息。
6.文献管理：7.数据库交叉：NCBI 提供多个数据库，它们彼此之间可能存在关联。
您可以利用NCBI 的链接和工具来进行数据库间的交叉。
例如，在 PubMed 的结果中，您可以找到与其他数据库相关的链接和注释信息。
8.其他工具和资源：总结起来，NCBI提供了丰富的生物信息学工具和数据库，可以帮助生物学家和研究人员在基因组学、生物医学和其他生物领域进行各种类型的研究和分析。
熟练掌握NCBI的使用方法将能够提高您在生物信息学研究中的效率和准确性。
NCBI使用方法详解
NCBI使用方法详解NCBI（National Center for Biotechnology Information）是一个国际知名的生物技术信息中心，在生物信息学和生物医学研究领域起到重要的引领和支持作用。
在NCBI中，可以获取到海量的生物信息资源，同时也提供了一系列的工具和数据库，方便研究人员进行生物信息分析和研究。
本文将详细介绍NCBI的使用方法。
一、注册和登录在使用NCBI之前，首先需要注册一个账号。
在NCBI主页上，点击右上角的“Sign in to NCBI”按钮，然后选择“Register for an NCBI account”选项。
二、浏览和NCBI提供了海量的生物信息资源，可以通过浏览或者的方式来获取所需的信息。
1.浏览NCBI的主页上展示了许多重要的生物学数据库和工具，如Pubmed、Gene、BLAST等。
通过点击相应的链接，可以进入到对应的数据库或工具页面，进行浏览和。
2.NCBI提供了集中化的检索系统，可以通过关键词或者序列等信息进行。
在NCBI主页的框中输入关键词，然后点击“Search”按钮，即可进行。
结果中会显示相关资源的链接，点击链接即可进入具体的资源页面。
三、基因和序列NCBI提供了全面的基因和序列数据库，方便用户查找和获取相关信息。
1. Gene数据库Gene数据库是一个基因注释和浏览数据库，包含了所有已知的基因信息。
在NCBI主页的框中输入基因名或者ID，然后选择“Gene”选项，点击“Search”按钮即可进行。
结果中会显示与输入关键词相关的基因信息，点击链接即可进入基因信息页面，查看基因注释、对应的序列、蛋白质信息等。
2. Nucleotide数据库Nucleotide数据库是一个存储和管理核酸序列的数据库，包含了各种生物组织中的DNA和RNA序列信息。
在NCBI主页的框中输入序列的名称、ID或者序列本身，然后选择“Nucleotide”选项，点击“Search”按钮即可进行。
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怎么使用NCBI (National Center for Biotechnology Information), 美国国家生物技术信息中心[url][/url]NCBI是NIH的国立医学图书馆（NLM）的一个分支。
NCBI提供检索的服务包括：1．GenBank（NIH遗传序列数据库）：一个可以公开获得所有的DNA序列的注释过的收集。
GenBank是由NCBI受过分子生物学高级训练的工作人员通过来自各个实验室递交的序列和同国际核酸序列数据库（EMBL和DDBJ）交换数据建立起数据库的。
它同日本和欧洲分子生物学实验室的DNA数据库共同构成了国际核酸序列数据库合作。
这三个组织每天交换数据。
其中的数据以指数形式增长，最近的数据为它已经有来自47000个物种的30亿个碱基。
2．Molecular Databases（分子数据库）：Nucleotide Sequence（核酸序列库）：从NCBI其他如Genbank数据库中收集整理核酸序列，提供直接的检索。
Protein Sequence （蛋白质序列库）：与核酸类似，也是从NCBI多个不同资源中编译整理的，方便研究者的直接查询。
Structure（结构）-——关于NCBI结构小组的一般信息和他们的研究计划，另外也可以访问三维蛋白质结构的分子模型数据库（MMDB）和用来搜索和显示结构的相关工具。
MMDB：分子模型数据库—一个关于三维生物分子结构的数据库，结构来自于X-ray晶体衍射和NMR色谱分析。
Taxonomy（分类学）——NCBI的分类数据库，包括大于7万余个物种的名字和种系，这些物种都至少在遗传数据库中有一条核酸或蛋白序列。
其目的是为序列数据库建立一个一致的种系发生分类学。
3．Literature Databases（文献数据库）（1）PubMed是NLM提供的一项服务，能够对MEDLINE上超过1200万条的上世纪六十年代中期至今的杂志引用和其他的生命科学期刊进行访问，并可以连接到参与的出版商网络站点的全文文章和其他相关资源。
（2）PMC/PubMed Center：也是NLM的生命科学期刊文献的数字化存储数据库，用户可以免费获取PMC的文章全文，除了部分期刊要求对近期的文章付费。
（3）OMIM（孟德尔人类遗传）：有关人类基因和无序基因的目录数据库由Victor A.McKusick 和他的同事共同创造和编辑的，由NCBI网站负责开发，其中也包括对MEDINE众多资源和Entrez系统的序列记录，以及NCBI中其他有关资源的链接。
（4）Books：NCBI的书库不断收集生物医学方面的书籍，提供这些书籍的出版信息、摘要、目录和全文的连接，用户可以直接在检索文本框内输入一个观念就可以查询。
4．NCBI提供的附加的软件工具有：开放阅读框寻觅器（ORF Finder），电子PCR，和序列提交工具Sequin和BankIt。
所有的NCBI数据库和软件工具可以从来获得。
NCBI还有E-mail服务器，提供用文本搜索或序列相似搜索访问数据库一种可选方法。
NCBI网站上还提供了一些诸如研究热点问题、研究小组情况、教育培训、联系方式等信息，还提供了到NIH、NLM等的链接。
使用方法:用户可以免费登陆NCBI的网站，NCBI为使用者提供了方便的检索系统和检索方法：1．Entrez是NCBI为用户提供整合所有数据库的访问序列，定位，分类，和结构数据的搜索和检索工具系统，同时也提供序列和染色体图谱的图形视图。
用户进入系统或者进入任意一个数据库，都会看到简单检索的界面，选择数据库输入关键词即可进行查询。
Entrez也提供条件限制和高级检索、布尔逻辑查询。
使用新的Linkout服务，外部资源可以被链接到Entrez记录。
2．BLAST是一个NCBI开发的序列相似搜索程序，还可作为鉴别基因和遗传特点的手段。
BLAST能够在小于15秒的时间内对整个DNA数据库执行序列搜索。
NCBI Education[url][/url]网址详情:这是NCBI在线教育资源的索引页，从这里出发你会找到NCBI提供的教学资源，这些教程不仅囊括了NCBI网站提供的最常用的工具和数据库（BLAST，Entrez，PubMed，NCBI News，Resource publications ，Map Viewer exercises，Structure ，NCBI Handbook）的使用方法和信息,还有一些相关的分子生物学的基础入门知识(NCBI science primer...)。
教程大多不仅有文字图片还有动画，直观易懂，目的就是一个让大家尽可能快而有效的掌握好NCBI的使用，在这个聚宝盆里淘到真金。
当然您如果想对所有NCBI的数据库和工具有更透彻深入的了解，请绝对不要错过共24章的NCBI手册(NCBI Handbook)[url][/url]小何2007-9-7 09:20GenBank数据库简介[color=green][i]不错的内容，我来补充下[/i][/color][color=red]GenBank数据库简介[/color][b]基本信息：[/b]1. GenBank属于一个序列数据库的国际合作组织，包括EMBL和DDBJ。
是NIH遗传序列数据库，一个所有可以公开获得的DNA序列的注释过的收集。
GenBank同日本和欧洲分子生物学实验室的DNA数据库共同构成了国际核酸序列数据库合作。
唯一人类基因序列集合（UniGene），人类基因组基因图谱，分类学浏览器，同国立癌症研究所合作的癌症基因组剖析计划（CGAP）等数据库。
GenBank以指数形式增长，核酸碱基数目大概每14个月就翻一个倍。
2. 纪录样本- 关于GenBank的各个字段的详细描述，以及同Entrez搜索字段的交叉索引。
3. 访问GenBank - 通过Entrez Nucleotides来查询。
用accession number，作者姓名，物种，基因/蛋白名字，还有许多其他的文本术语来查询。
关于Entrez更多的信息请看下文。
用BLAST来在GenBank和其他数据库中进行序列相似搜索。
用E-mail来访问Entrez和BLAST 可以通过Query和BLAST服务器。
另外一种选择是可以用FTP下载整个的GenBank和更新数据。
4. 增长统计- 参见公布通知的2.2.6（每个分类的统计），2.2.7（每个物种的统计），2.2.8（GenBank增长）小节。
5. 公布通知，最新- 最近和即将有的变化，GenBank的分类，数据增长统计，GenBank的引用。
6. 公布通知，旧- 同上相同，是过去公布的统计。
7. 遗传密码- 15个遗传密码的概要。
用来确保GenBank中纪录的编码序列被正确的翻译。
[b]向GenBank提交数据：[/b]1. 关于提交序列数据，收到accession number，和对纪录作更新的一般信息。
2. BankIt - 用于一条或者少数条提交的基于WWW的提交工具软件。
（请在提交前用VecScreen去除载体）3. Sequin - 提交软件程序，用于一条或者很多条的提交，长序列，完整基因组，alignments，人群/种系/突变研究的提交。
可以独立使用，或者用基于TCP/IP的“network aware”模式，可以链接到其他NCBI的资源和软件比如Entrez和PowerBLAST。
（请在提交前用VecScreen 去除载体）4. ESTs - 表达序列标签，短的、单次（测序）阅读的cDNA序列。
也包括来自于差异显示和RACE实验的cDNA序列。
5. GSSs - 基因组调查序列，短的、单次（测序）阅读的cDNA序列，exon trap获得的序列，cosmid/BAC/YAC末端，及其他。
6. HTGs - 来自于大规模测序中心的高通量基因组序列，未完成的（阶段0，1，2）和完成的（阶段3）序列。
（注意：完成的人类的HTG序列可以同时在GenBank和Human Genome Sequencing页面上访问。
）7. STSs - 序列标签位点。
短的在基因组上可以被唯一操作的序列，用于产生作图位点。
8. 注：SNPs - 人类的和其他物种的遗传变异数据可以提交到NCBI数据库的单核苷酸多态性库中（dbSNP）。
[b]国际核苷酸序列数据库合作组织：[/b]1. GenBank，DDBJ，EMBL - 合作计划的概述，并链接到相应的主页。
GenBank，DDBJ（DNA Data Bank of Japan），and EMBL （European Molecular Biology Laboratory）数据库共享的数据是每天都交换的，因此他们是相等的。
数据纪录的格式和搜索方式可能会不一样，但是accession number，序列数据和注解都是一模一样的。
即，你可以用accession number U12345在GenBank，DDBJ或EMBL中查找相应纪录，得到的结果是完全一样的序列数据，参考内容等等2. DDBJ/EMBJ/GenBank特性表—特性表格式和标准被合作数据库用在序列记录的注释上，使得数据共享成为可能，包括详细的描述生物特性和特性限定语的附录，以及IUPAC 规定的核苷酸和氨基酸的代号。
[b] and Daily Updates：[/b]1. GenBank普通文件格式—参见GenBank记录样本和在GenBank公布通知中的详细描述，下载大多数最近的完全公告和日常积累或非积累更新数据。
2. ASN.1格式—摘要句法记号1，国际标准组织（ISO）数据表示格式，下载大多数最近的完全公告和日常积累或非积累更新数据。
3. FASTA格式—定义行号后只跟随序列数据（示例），参见描述数据库的readme文件，包括nt.Z（每天更新的非冗余BLAST核酸数据库，包括GenBank+EMBL+DDBJ+PDB序列，但是不包括EST, STS, GSS, or HTGS序列），nr.Z（每日更新的非冗余蛋白质），est.Z, gss.Z, htg.Z, sts.Z,和其它文件。
[b]分子数据库：[/b]1. 核酸序列1、Entrez核酸：用accession number,作者姓名，物种，基因/蛋白名字，以及很多其它的文本术语来搜索核酸序列记录（在GenBank + PDB中）。
更多的关于Entrez的信息见下。
如果要检索大量数据，也可使用Batch Entrez（批量Entrez）。
2、RefSeq ：NCBI数据库的参考序列。
校正的，非冗余集合，包括基因组DNA contigs，已知基因的mRNAs和蛋白，在将来，整个的染色体。