神经网络仿真工具

GENESIS & PGENESIS

GENESIS(General Neural Simulation System)是一个通用的神经系统仿真平台。支持但神经细胞简单模型和大型神经网络的仿真。拥有图形化仿真前端(XODUS)。GENESIS是一个开源工具，GENESIS软件支持自己的脚本语言和脚本文件，以解释的方式执行。GENESIS可扩展性较强，提供了添加新的命令和函数的接口，以便用户可以方便地加入新的概念并验证。PGENESIS(Parallel GENESIS)是GENESIS基于并行虚拟机的并行化仿真版本。

GENESIS 3.0是GENESIS的一个新版本，以核心-组件为基本架构。目前包括一个交互式的shell，模型库，一个快速的划分求解器，调度器，图形化浏览器和开发包。

源码下载：/GENESIS

教材：the book of GENESIS:Exploring Realistic Neural Models with the general Neural Simulation System

MOOSE - Multiscale Object-Oriented Simulation Environment

MOOSE支持单个分子以及分子网络、单细胞以及神经网络的仿真。MOOSE不仅与GENESIS 兼容而且与Python兼容，而且支持基于XML的模型定义标准，比如SBML、MorphML。

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NEURON at Yale

NEURON作为最早出现的神经网络仿真工具由Y ale大学和杜克大学联合开发的。NEURON可以仿真单个神经元和神经网络。它提供的工具可以方便地构建、管理和使用模型并且具有较好的计算效率。NEURON适合用于解决与试验数据密切相关的问题，特别是涉及到复杂的解剖学和生物学性质的细胞的问题。NEURON最大的优点是提供了大量的GUI工具在几乎没有任何编程经验的情况下也能够容易地创建和修改各种模型，为神经科学的研究者提供了极大的便利。另外，与其它的众多神经网络模拟器设计理念不同的是，NEURON中的很多参数概念直接对应到生物系统中的物理性质和概念，这为快速实现实验假设到仿真模型的转化奠定了基础。目前Python可以用来作为NEURON的命令行解释器，并且可以导入NeuroML模型。

免费得到安装包及源代码：/

/neuron/

关于NEURON工具箱如何建模和使用的教材：The NEURON book。

CISM即神经电路模拟器(全称Neural Circuit Simulator)。CISM支持异构的神经网络仿真，可以在一个网络中同时仿真多种类型的神经元和突触。CISM由Ｃ++语言开发实现的，同时通过提供mex接口，以支持matlab语言的直接调用。另外，CISM提供了添加用户模型的接口，通过在MyModel.h和MyModel.cpp的基础上修改，添加到makefile中，重新编译完成模型的添加。PCSIM是它的支持并行仿真的版本。

下载地址：http://www.igi.tugraz.at/csim

Brian是由Python语言实现的以时钟为驱动的神经网络仿真器。

与其他仿真工具相比，Brain采用通用语言Python，不用像NEURON、GENESIS等工具一样采用专用的语言。Brain容易建立新的模型。

下载地址: http://brain.di.ens.fr

PyNN是一个开源的神经网络仿真器的编程接口，是以根据“一次书写，到处使用”的理念开发的，就是只要是按照PyNN规定的标准开发的神经网络仿真代码，就可以不加修改地在PyNN所支持的所有仿真器中运行。由于存在大量的神经网络仿真工具，并且大多使用不同的编程和仿真语言，支持不同的模型，这对于模型的可移植性和仿真器之间交叉验证是极大的缺陷，因此提出这样的目标。目前PyNN支持的仿真工具包括NEURON、PCSIM、Brain、NEST以及海德堡大学的硬件神经网络仿真平台。

下载地址:

NEST则也是一个开源的神经玩过仿真工具，与其他不同的是它是一个用来进行大规模的神经网络仿真的并行和分布式仿真器。在NEST中仿真的神经元是点神经元，不支持复杂的神经元形态，因此降低了单个神经元仿真的复杂性，从而可以支持大规模的神经网络仿真。下载地址:

SNNAP是一个可以快速建立并仿真单个神经元和神经网络的的工具。包括离子电流、细胞内第二信使(intracellular second messengers and ions)、离子的数学描述。此外，还可以通过使用描述点耦合的方程式来仿真多房室的电流。SNNAP还可以对模电流的调制和突触传递进行仿真。

SNNAP由Java开发，可以在任何计算机系统上运行。具有图形化用户接口和模拟实验操作的能力。

/snnap/

关于神经系统包括神经网络的：/~perlewitz/sftwr.html