手把手教你构建系统进化树PPT课件

系统发育进化树优化后，复制黏贴到WORD里，用Microsoft office打 开可直接在原图上编辑，将拉丁文斜体，用WPS office打开无法在原 图上编辑，需要用画图软件将拉丁文斜体
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一般情况下点
击该页的右上 角有send 图标， 选择后点击 create file 即 可下载。Txt可 以打开。
该图显示的是
序列全长的 FASTA格式下 载。
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因为我采取基于氨
基酸序列比对，所 以选择coding sequences和fasta protein，下载编码 区氨基酸序列。
选择邻接法建树
当前打开的文件
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选择Bootstrap 检验
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设定完成，点compute，开始计算得到进化树构建的
结果。
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双击文字，可以修改树枝后的名称，名称要么全部 斜体，要么全部不斜体CHE，NLI 无法只让拉丁文斜体 27
双击文字，可以修改树枝后的名称，名称要么全部 斜体，要么全部不斜体CHE，NLI 无法只让拉丁文斜体 28
•用ClustalW做多序列联配
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以.meg格式保 存结果
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回到MEGA主窗口 打开所保存的文件（.meg）
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点击按钮打开文件窗口
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显示保守位点 显示变异位点
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回到MEGA主窗口构建进化树
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2Leabharlann Baidu
MEGA是一个关于序列分析以及比较统计的软件。现主要介 绍使用Mega 6.0构建系统进化树的方法。供大家参考。
用MEGA构建进化树有以下步骤：
1、测序：
将克隆扩增测序得到的基因进行测序。
2、NCBI上做Blast
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/blast/Blast.cgi
如何构建系统进化树
YZU.TRY
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系统发生树（英文：Phylogenetic tree） 又称为演化树（evolutionary tree），是 表明被认为具有共同祖先的各物种间演化关 系的树。是一种亲缘分支分类方法 （cladogram）。在树中，每个节点代表其 各分支的最近共同祖先，而节点间的线段长 度对应演化距离（如估计的演化时间）。
4、构建系统进化树
打开保存的*.meg格式文件，选择邻接法构建系统发育 进化树。
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以外米缀蛾的cds为例，点击cds，出现下图。
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点击FASTA，出现下图。
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该图为外米缀蛾的 FASTA格式，如何保 存见下图
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文件名未下载时不要更改，下下来之后再更改
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将所有下载下来的fasta格式序列用记事本打 开，集中到一个记事本里
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MEGA6可以识别fasta格式文件。如图，将全 部-基因.txt重命名为全部-基因.fasta
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•选择打开方式为MEGA6，打开全部-基因.fasta，自动跳出序列窗口
比对找到相似度最高的几个基因，将这几个基因的序 列（Fasta格式文件）下载下来，或点击GenBank登录号， 复制FSATA格式，整合在一个*.txt文档中。
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3、比对序列，比对结果转化为*.meg格式
用Mega 6.0的ClustalW做多序列联配，比对结果用 *.meg格式保存。或者用Clustal X软件进行比对，比对结果 保存为*.aln,再用Mega 6.0转化为*.meg格式。